ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 1480

back

Distances from reference structure (by RMSD)

35, 228, 123, 73, 11, 1, 0, 4, 8, 14, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N4 A 0, -0.404, 1.421, 3.245, 4.784 max_d=4.784 avg_d=1.421 std_dev=1.824
N4 B 0, -0.395, 1.557, 3.509, 5.319 max_d=5.319 avg_d=1.557 std_dev=1.952
N3 A 0, -0.520, 1.573, 3.666, 5.408 max_d=5.408 avg_d=1.573 std_dev=2.093
N3 B 0, -0.502, 1.671, 3.843, 5.572 max_d=5.572 avg_d=1.671 std_dev=2.173
C4 A 0, -0.689, 1.701, 4.092, 5.733 max_d=5.733 avg_d=1.701 std_dev=2.391
O2 A 0, -0.548, 1.865, 4.278, 6.383 max_d=6.383 avg_d=1.865 std_dev=2.413
O2 B 0, -0.485, 1.955, 4.394, 6.017 max_d=6.017 avg_d=1.955 std_dev=2.440
C4 B 0, -0.668, 1.786, 4.240, 6.199 max_d=6.199 avg_d=1.786 std_dev=2.454
C2 A 0, -0.762, 1.948, 4.658, 6.708 max_d=6.708 avg_d=1.948 std_dev=2.710
C2 B 0, -0.726, 1.999, 4.724, 6.532 max_d=6.532 avg_d=1.999 std_dev=2.725
C5 A 0, -1.036, 2.378, 5.793, 8.009 max_d=8.009 avg_d=2.378 std_dev=3.414
C5 B 0, -1.068, 2.387, 5.842, 8.283 max_d=8.283 avg_d=2.387 std_dev=3.455
N1 B 0, -1.230, 2.567, 6.364, 8.725 max_d=8.725 avg_d=2.567 std_dev=3.797
N1 A 0, -1.239, 2.580, 6.399, 8.851 max_d=8.851 avg_d=2.580 std_dev=3.819
C6 A 0, -1.298, 2.837, 6.972, 9.531 max_d=9.531 avg_d=2.837 std_dev=4.135
C6 B 0, -1.350, 2.798, 6.946, 9.586 max_d=9.586 avg_d=2.798 std_dev=4.148
C1' B 0, -1.396, 3.131, 7.657, 10.760 max_d=10.760 avg_d=3.131 std_dev=4.527
C1' A 0, -1.438, 3.160, 7.758, 10.772 max_d=10.772 avg_d=3.160 std_dev=4.598
C2' B 0, -1.453, 3.394, 8.241, 11.480 max_d=11.480 avg_d=3.394 std_dev=4.847
O2' B 0, -1.322, 3.584, 8.491, 12.260 max_d=12.260 avg_d=3.584 std_dev=4.907
C2' A 0, -1.481, 3.508, 8.497, 11.825 max_d=11.825 avg_d=3.508 std_dev=4.989
O2' A 0, -1.404, 3.685, 8.775, 12.415 max_d=12.415 avg_d=3.685 std_dev=5.090
O4' B 0, -1.721, 3.851, 9.422, 13.138 max_d=13.138 avg_d=3.851 std_dev=5.571
O4' A 0, -1.692, 3.904, 9.500, 12.905 max_d=12.905 avg_d=3.904 std_dev=5.596
C3' B 0, -1.807, 4.148, 10.102, 13.912 max_d=13.912 avg_d=4.148 std_dev=5.954
C3' A 0, -1.770, 4.296, 10.362, 14.082 max_d=14.082 avg_d=4.296 std_dev=6.066
C4' B 0, -1.921, 4.482, 10.886, 15.026 max_d=15.026 avg_d=4.482 std_dev=6.404
C4' A 0, -1.900, 4.568, 11.036, 14.932 max_d=14.932 avg_d=4.568 std_dev=6.468
OP2 B 0, -1.278, 5.236, 11.751, 16.584 max_d=16.584 avg_d=5.236 std_dev=6.514
O5' B 0, -1.597, 5.021, 11.639, 15.673 max_d=15.673 avg_d=5.021 std_dev=6.618
OP2 A 0, -1.564, 5.143, 11.849, 18.250 max_d=18.250 avg_d=5.143 std_dev=6.706
O3' B 0, -1.951, 4.802, 11.555, 15.958 max_d=15.958 avg_d=4.802 std_dev=6.753
O5' A 0, -1.872, 4.928, 11.728, 16.806 max_d=16.806 avg_d=4.928 std_dev=6.800
O3' A 0, -1.863, 5.015, 11.893, 16.183 max_d=16.183 avg_d=5.015 std_dev=6.878
C5' B 0, -2.071, 5.158, 12.388, 16.846 max_d=16.846 avg_d=5.158 std_dev=7.229
P B 0, -1.634, 5.619, 12.871, 17.251 max_d=17.251 avg_d=5.619 std_dev=7.252
C5' A 0, -2.058, 5.219, 12.496, 17.144 max_d=17.144 avg_d=5.219 std_dev=7.277
P A 0, -1.910, 5.497, 12.903, 18.964 max_d=18.964 avg_d=5.497 std_dev=7.407
OP1 B 0, -1.947, 6.464, 14.874, 19.845 max_d=19.845 avg_d=6.464 std_dev=8.410
OP1 A 0, -2.125, 6.404, 14.933, 21.662 max_d=21.662 avg_d=6.404 std_dev=8.529

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.08 0.21 0.21 0.12
C2 0.01 0.00 0.07 0.08 0.01 0.03 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.10 0.03 0.15 0.36 0.24 0.18
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.06 0.01 0.07 0.03 0.07 0.03 0.07 0.06 0.12 0.00 0.02 0.01 0.07 0.12 0.14 0.07
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.11 0.00 0.13 0.02 0.12 0.06 0.10 0.12 0.11 0.01 0.01 0.01 0.09 0.14 0.13 0.08
C4 0.01 0.01 0.06 0.11 0.00 0.06 0.00 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.13 0.02 0.22 0.50 0.38 0.26
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.08 0.04 0.04 0.07 0.04 0.05 0.02 0.00 0.01 0.10 0.21 0.05
C5 0.01 0.01 0.07 0.13 0.00 0.08 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.15 0.04 0.23 0.51 0.39 0.27
C5' 0.03 0.08 0.03 0.02 0.13 0.01 0.15 0.00 0.13 0.08 0.10 0.15 0.06 0.05 0.05 0.01 0.01 0.18 0.20 0.01
C6 0.01 0.01 0.07 0.12 0.01 0.08 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.13 0.04 0.21 0.42 0.27 0.21
N1 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.15 0.33 0.21 0.16
N3 0.01 0.00 0.07 0.10 0.00 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.12 0.03 0.19 0.44 0.31 0.22
N4 0.01 0.01 0.06 0.12 0.00 0.07 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.16 0.03 0.23 0.55 0.45 0.29
O2 0.02 0.01 0.12 0.11 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.14 0.14 0.05 0.13 0.32 0.23 0.16
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.06 0.05 0.05 0.05 0.05 0.03 0.09 0.07 0.14 0.00 0.05 0.04 0.06 0.10 0.19 0.06
O3' 0.04 0.10 0.02 0.01 0.13 0.02 0.15 0.05 0.13 0.06 0.12 0.16 0.14 0.05 0.00 0.03 0.12 0.28 0.18 0.15
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.03 0.05 0.04 0.03 0.00 0.08 0.19 0.29 0.15
O5' 0.08 0.15 0.07 0.09 0.22 0.01 0.23 0.01 0.21 0.15 0.19 0.23 0.13 0.06 0.12 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.21 0.36 0.12 0.14 0.50 0.10 0.51 0.18 0.42 0.33 0.44 0.55 0.32 0.10 0.28 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.24 0.14 0.13 0.38 0.21 0.39 0.20 0.27 0.21 0.31 0.45 0.23 0.19 0.18 0.29 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.18 0.07 0.08 0.26 0.05 0.27 0.01 0.21 0.16 0.22 0.29 0.16 0.06 0.15 0.15 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.58 0.67 0.64 0.57 1.41 0.55 1.33 0.61 0.95 0.66 1.02 1.91 0.68 0.94 0.61 0.54 0.84 0.96 1.37 1.05
C2 0.54 0.47 0.70 0.45 1.41 0.43 1.31 0.41 0.80 0.44 0.86 2.06 0.81 1.18 0.59 0.41 0.70 0.85 1.34 0.97
C2' 0.64 0.80 0.68 0.65 1.52 0.62 1.42 0.67 1.05 0.77 1.16 1.98 0.72 0.91 0.66 0.62 0.87 0.95 1.35 1.04
C3' 0.64 0.59 0.72 0.60 1.11 0.60 1.06 0.54 0.74 0.57 0.78 1.54 0.75 1.03 0.67 0.58 0.67 0.75 1.10 0.81
C4 1.28 1.22 1.42 1.01 0.35 0.96 0.38 0.59 0.33 0.92 0.77 0.91 1.88 1.85 1.13 0.99 0.54 0.56 0.89 0.60
C4' 0.63 0.59 0.71 0.61 1.07 0.60 1.04 0.58 0.74 0.58 0.76 1.48 0.74 0.99 0.67 0.58 0.73 0.84 1.17 0.89
C5 1.24 1.19 1.34 0.97 0.27 0.95 0.25 0.60 0.38 0.92 0.80 0.63 1.76 1.74 1.07 0.99 0.57 0.55 0.82 0.58
C5' 0.72 0.56 0.79 0.61 0.66 0.62 0.67 0.50 0.45 0.50 0.45 1.02 0.90 1.12 0.70 0.62 0.59 0.68 0.95 0.71
C6 0.90 0.75 1.01 0.68 0.52 0.68 0.55 0.41 0.26 0.56 0.41 1.04 1.29 1.43 0.80 0.70 0.50 0.59 0.95 0.65
N1 0.61 0.48 0.73 0.50 1.10 0.49 1.05 0.40 0.63 0.41 0.64 1.67 0.88 1.17 0.62 0.47 0.63 0.78 1.20 0.86
N3 0.87 0.66 1.06 0.68 0.99 0.63 0.97 0.33 0.43 0.44 0.46 1.74 1.35 1.57 0.85 0.61 0.51 0.68 1.16 0.78
N4 1.75 1.85 1.85 1.41 0.62 1.34 0.39 0.92 0.79 1.45 1.45 0.48 2.48 2.22 1.49 1.41 0.79 0.63 0.79 0.64
O2 0.53 0.92 0.53 0.53 2.00 0.52 1.82 0.69 1.30 0.88 1.53 2.59 0.62 0.88 0.52 0.56 1.01 1.12 1.63 1.26
O2' 0.93 1.24 0.90 0.94 1.91 0.89 1.78 0.99 1.44 1.19 1.63 2.32 1.01 0.89 0.88 0.92 1.19 1.25 1.63 1.34
O3' 0.70 0.69 0.76 0.69 1.19 0.68 1.14 0.65 0.85 0.68 0.90 1.59 0.75 1.00 0.74 0.67 0.74 0.80 1.11 0.85
O4' 0.59 0.57 0.67 0.57 1.13 0.55 1.09 0.56 0.76 0.55 0.77 1.57 0.73 0.98 0.62 0.53 0.77 0.90 1.26 0.96
O5' 0.93 0.78 1.00 0.74 0.33 0.77 0.35 0.54 0.32 0.64 0.47 0.65 1.21 1.36 0.83 0.80 0.57 0.57 0.79 0.59
OP1 1.20 1.12 1.24 1.04 0.57 1.06 0.51 0.87 0.68 0.98 0.87 0.49 1.46 1.53 1.10 1.09 0.88 0.81 0.88 0.82
OP2 1.54 1.51 1.58 1.30 0.78 1.31 0.64 1.04 0.90 1.31 1.25 0.50 1.92 1.90 1.36 1.37 0.99 0.81 0.80 0.83
P 1.21 1.12 1.25 0.99 0.41 1.01 0.33 0.77 0.58 0.96 0.84 0.28 1.53 1.58 1.06 1.06 0.75 0.65 0.74 0.66

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.13 0.12 0.19 0.13
C2 0.02 0.00 0.09 0.11 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.09 0.12 0.03 0.31 0.28 0.37 0.32
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.04 0.01 0.07 0.02 0.08 0.02 0.07 0.05 0.16 0.00 0.02 0.01 0.20 0.19 0.16 0.16
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.10 0.00 0.12 0.03 0.12 0.06 0.11 0.11 0.17 0.02 0.01 0.01 0.26 0.25 0.14 0.20
C4 0.01 0.01 0.04 0.10 0.00 0.08 0.00 0.18 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.12 0.03 0.45 0.45 0.56 0.49
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.08 0.00 0.09 0.01 0.09 0.04 0.06 0.08 0.06 0.05 0.02 0.00 0.01 0.09 0.20 0.03
C5 0.01 0.01 0.07 0.12 0.00 0.09 0.00 0.20 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.15 0.04 0.47 0.46 0.54 0.50
C5' 0.03 0.11 0.02 0.03 0.18 0.01 0.20 0.00 0.17 0.10 0.14 0.20 0.08 0.04 0.05 0.01 0.01 0.12 0.28 0.01
C6 0.01 0.01 0.08 0.12 0.01 0.09 0.00 0.17 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.14 0.04 0.41 0.36 0.40 0.39
N1 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.04 0.01 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.30 0.25 0.31 0.29
N3 0.01 0.00 0.07 0.11 0.00 0.06 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.13 0.03 0.39 0.37 0.48 0.42
N4 0.01 0.01 0.05 0.11 0.00 0.08 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.14 0.03 0.49 0.51 0.64 0.55
O2 0.03 0.00 0.16 0.17 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.15 0.20 0.05 0.25 0.22 0.32 0.25
O2' 0.01 0.09 0.00 0.02 0.06 0.05 0.06 0.04 0.06 0.03 0.08 0.07 0.15 0.00 0.04 0.05 0.08 0.12 0.14 0.07
O3' 0.02 0.12 0.02 0.01 0.12 0.02 0.15 0.05 0.14 0.06 0.13 0.14 0.20 0.04 0.00 0.02 0.22 0.27 0.16 0.19
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.03 0.05 0.05 0.02 0.00 0.07 0.09 0.23 0.10
O5' 0.13 0.31 0.20 0.26 0.45 0.01 0.47 0.01 0.41 0.30 0.39 0.49 0.25 0.08 0.22 0.07 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.12 0.28 0.19 0.25 0.45 0.09 0.46 0.12 0.36 0.25 0.37 0.51 0.22 0.12 0.27 0.09 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.19 0.37 0.16 0.14 0.56 0.20 0.54 0.28 0.40 0.31 0.48 0.64 0.32 0.14 0.16 0.23 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.32 0.16 0.20 0.49 0.03 0.50 0.01 0.39 0.29 0.42 0.55 0.25 0.07 0.19 0.10 0.00 0.00 0.01 0.00