ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 1484

back

Distances from reference structure (by RMSD)

4, 36, 74, 30, 24, 11, 10, 27, 53, 26, 25, 3, 0, 1, 2, 0, 2, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.095, 0.313, 0.531, 0.960 max_d=0.960 avg_d=0.313 std_dev=0.218
C6 B 0, 0.168, 0.391, 0.614, 1.399 max_d=1.399 avg_d=0.391 std_dev=0.223
C6 A 0, 0.162, 0.386, 0.611, 0.935 max_d=0.935 avg_d=0.386 std_dev=0.225
C4 A 0, 0.177, 0.414, 0.650, 1.167 max_d=1.167 avg_d=0.414 std_dev=0.237
C5 B 0, 0.085, 0.346, 0.607, 1.713 max_d=1.713 avg_d=0.346 std_dev=0.261
N3 A 0, 0.269, 0.562, 0.856, 1.304 max_d=1.304 avg_d=0.562 std_dev=0.293
N1 B 0, 0.172, 0.485, 0.798, 1.417 max_d=1.417 avg_d=0.485 std_dev=0.313
N1 A 0, 0.171, 0.495, 0.819, 1.430 max_d=1.430 avg_d=0.495 std_dev=0.324
C4 B 0, 0.140, 0.471, 0.801, 2.213 max_d=2.213 avg_d=0.471 std_dev=0.330
C2 A 0, 0.258, 0.596, 0.935, 1.544 max_d=1.544 avg_d=0.596 std_dev=0.338
N3 B 0, 0.216, 0.585, 0.953, 2.066 max_d=2.066 avg_d=0.585 std_dev=0.368
C2 B 0, 0.222, 0.593, 0.964, 2.036 max_d=2.036 avg_d=0.593 std_dev=0.371
N4 A 0, 0.207, 0.586, 0.965, 2.109 max_d=2.109 avg_d=0.586 std_dev=0.379
O4 B 0, 0.123, 0.606, 1.089, 3.538 max_d=3.538 avg_d=0.606 std_dev=0.483
O2 A 0, 0.349, 0.842, 1.334, 2.320 max_d=2.320 avg_d=0.842 std_dev=0.493
C1' A 0, 0.234, 0.734, 1.233, 2.295 max_d=2.295 avg_d=0.734 std_dev=0.500
C1' B 0, 0.182, 0.693, 1.205, 3.049 max_d=3.049 avg_d=0.693 std_dev=0.511
O4' A 0, 0.261, 0.788, 1.315, 3.677 max_d=3.677 avg_d=0.788 std_dev=0.527
O2 B 0, 0.269, 0.810, 1.352, 3.601 max_d=3.601 avg_d=0.810 std_dev=0.541
O4' B 0, 0.165, 0.822, 1.480, 4.711 max_d=4.711 avg_d=0.822 std_dev=0.657
C4' A 0, 0.359, 1.050, 1.741, 4.365 max_d=4.365 avg_d=1.050 std_dev=0.691
C2' A 0, 0.252, 0.947, 1.643, 2.247 max_d=2.247 avg_d=0.947 std_dev=0.695
C2' B 0, 0.255, 0.994, 1.732, 3.220 max_d=3.220 avg_d=0.994 std_dev=0.739
C3' A 0, 0.333, 1.079, 1.825, 3.130 max_d=3.130 avg_d=1.079 std_dev=0.746
C5' A 0, 0.404, 1.169, 1.934, 5.555 max_d=5.555 avg_d=1.169 std_dev=0.765
O2' A 0, 0.446, 1.267, 2.089, 2.978 max_d=2.978 avg_d=1.267 std_dev=0.822
O5' A 0, 0.242, 1.104, 1.967, 5.310 max_d=5.310 avg_d=1.104 std_dev=0.863
C4' B 0, 0.518, 1.465, 2.413, 5.773 max_d=5.773 avg_d=1.465 std_dev=0.948
O3' A 0, 0.476, 1.438, 2.400, 4.531 max_d=4.531 avg_d=1.438 std_dev=0.962
OP2 A 0, 0.254, 1.282, 2.311, 6.130 max_d=6.130 avg_d=1.282 std_dev=1.028
P A 0, 0.211, 1.277, 2.343, 6.132 max_d=6.132 avg_d=1.277 std_dev=1.066
C5' B 0, 0.966, 2.048, 3.131, 7.203 max_d=7.203 avg_d=2.048 std_dev=1.082
O2' B 0, 0.422, 1.556, 2.689, 4.771 max_d=4.771 avg_d=1.556 std_dev=1.133
C3' B 0, 0.478, 1.640, 2.802, 4.127 max_d=4.127 avg_d=1.640 std_dev=1.162
OP1 A 0, 0.370, 1.573, 2.777, 7.252 max_d=7.252 avg_d=1.573 std_dev=1.204
O5' B 0, 0.449, 1.933, 3.418, 7.502 max_d=7.502 avg_d=1.933 std_dev=1.485
O3' B 0, 0.643, 2.479, 4.314, 5.529 max_d=5.529 avg_d=2.479 std_dev=1.835
OP2 B 0, 0.420, 2.264, 4.108, 11.350 max_d=11.350 avg_d=2.264 std_dev=1.844
P B 0, 0.493, 2.344, 4.195, 9.949 max_d=9.949 avg_d=2.344 std_dev=1.851
OP1 B 0, 0.725, 3.044, 5.363, 11.919 max_d=11.919 avg_d=3.044 std_dev=2.319

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.08 0.01 0.11 0.13 0.18 0.11
C2 0.03 0.00 0.10 0.12 0.01 0.04 0.02 0.09 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.08 0.13 0.05 0.21 0.21 0.30 0.23
C2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.06 0.02 0.07 0.06 0.08 0.03 0.09 0.07 0.16 0.01 0.02 0.01 0.14 0.21 0.25 0.17
C3' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.15 0.01 0.15 0.02 0.13 0.09 0.14 0.16 0.14 0.03 0.01 0.02 0.17 0.22 0.20 0.16
C4 0.02 0.01 0.06 0.15 0.00 0.08 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.11 0.15 0.04 0.30 0.33 0.43 0.35
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.08 0.00 0.10 0.01 0.09 0.04 0.06 0.09 0.07 0.11 0.02 0.01 0.02 0.11 0.12 0.04
C5 0.02 0.02 0.07 0.15 0.01 0.10 0.00 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.13 0.15 0.07 0.32 0.34 0.42 0.37
C5' 0.03 0.09 0.06 0.02 0.15 0.01 0.17 0.00 0.15 0.08 0.12 0.16 0.09 0.08 0.07 0.02 0.01 0.10 0.14 0.02
C6 0.02 0.02 0.08 0.13 0.01 0.09 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.13 0.12 0.08 0.28 0.26 0.32 0.29
N1 0.01 0.01 0.03 0.09 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.06 0.07 0.02 0.20 0.19 0.26 0.21
N3 0.02 0.01 0.09 0.14 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.09 0.15 0.05 0.26 0.27 0.37 0.29
N4 0.02 0.02 0.07 0.16 0.01 0.09 0.01 0.16 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.12 0.18 0.05 0.32 0.37 0.48 0.40
O2 0.05 0.01 0.16 0.14 0.02 0.07 0.02 0.09 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.15 0.17 0.10 0.17 0.18 0.26 0.18
O2' 0.02 0.08 0.01 0.03 0.11 0.11 0.13 0.08 0.13 0.06 0.09 0.12 0.15 0.00 0.05 0.08 0.10 0.20 0.23 0.13
O3' 0.08 0.13 0.02 0.01 0.15 0.02 0.15 0.07 0.12 0.07 0.15 0.18 0.17 0.05 0.00 0.06 0.18 0.29 0.25 0.21
O4' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.04 0.01 0.07 0.02 0.08 0.02 0.05 0.05 0.10 0.08 0.06 0.00 0.09 0.10 0.15 0.10
O5' 0.11 0.21 0.14 0.17 0.30 0.02 0.32 0.01 0.28 0.20 0.26 0.32 0.17 0.10 0.18 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.13 0.21 0.21 0.22 0.33 0.11 0.34 0.10 0.26 0.19 0.27 0.37 0.18 0.20 0.29 0.10 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.18 0.30 0.25 0.20 0.43 0.12 0.42 0.14 0.32 0.26 0.37 0.48 0.26 0.23 0.25 0.15 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.11 0.23 0.17 0.16 0.35 0.04 0.37 0.02 0.29 0.21 0.29 0.40 0.18 0.13 0.21 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.39 1.25 1.50 1.46 0.84 1.42 0.85 1.47 1.03 1.22 1.04 1.45 1.79 1.55 0.74 1.39 1.53 2.39 1.27 1.61
C2 1.18 1.11 1.25 1.20 0.83 1.18 0.83 1.26 0.95 1.08 0.98 1.24 1.47 1.22 0.76 1.19 1.34 2.20 1.20 1.44
C2' 1.53 1.32 1.68 1.64 0.86 1.57 0.91 1.59 1.12 1.32 1.07 1.55 2.01 1.82 0.75 1.51 1.63 2.41 1.31 1.66
C3' 1.44 1.23 1.58 1.54 0.75 1.47 0.78 1.46 0.99 1.21 0.97 1.48 1.94 1.76 0.66 1.42 1.46 2.24 1.11 1.45
C4 0.71 0.67 0.71 0.72 0.44 0.67 0.40 0.75 0.46 0.61 0.57 0.83 0.95 0.69 0.49 0.70 0.77 1.62 0.90 0.86
C4' 1.42 1.23 1.54 1.50 0.75 1.45 0.76 1.46 0.96 1.20 0.99 1.48 1.88 1.66 0.65 1.41 1.47 2.31 1.14 1.50
C5 0.76 0.73 0.77 0.75 0.41 0.72 0.36 0.77 0.45 0.64 0.59 0.93 1.05 0.77 0.44 0.75 0.77 1.62 0.87 0.84
C5' 1.33 1.17 1.42 1.37 0.66 1.34 0.65 1.33 0.85 1.11 0.92 1.43 1.79 1.54 0.57 1.31 1.30 2.15 1.01 1.33
C6 0.98 0.91 1.02 0.97 0.55 0.95 0.52 0.99 0.64 0.84 0.75 1.12 1.31 1.03 0.53 0.97 1.00 1.88 0.93 1.07
N1 1.18 1.09 1.25 1.20 0.74 1.18 0.73 1.23 0.87 1.04 0.92 1.27 1.52 1.26 0.67 1.18 1.28 2.15 1.11 1.37
N3 0.91 0.87 0.94 0.91 0.68 0.90 0.67 0.99 0.73 0.83 0.79 0.96 1.14 0.89 0.68 0.92 1.06 1.92 1.05 1.17
N4 0.51 0.51 0.52 0.60 0.32 0.48 0.28 0.56 0.29 0.43 0.42 0.68 0.74 0.50 0.43 0.49 0.57 1.33 0.93 0.65
O2 1.42 1.32 1.52 1.47 1.00 1.45 1.05 1.54 1.19 1.31 1.15 1.44 1.73 1.49 0.89 1.42 1.65 2.49 1.46 1.76
O2' 1.72 1.46 1.92 1.90 0.98 1.81 1.06 1.84 1.28 1.48 1.17 1.68 2.26 2.09 0.83 1.71 1.91 2.68 1.57 1.95
O3' 1.56 1.29 1.74 1.72 0.79 1.61 0.84 1.58 1.06 1.30 1.00 1.55 2.12 2.00 0.68 1.53 1.57 2.30 1.18 1.54
O4' 1.35 1.21 1.45 1.41 0.77 1.38 0.77 1.41 0.95 1.16 0.99 1.43 1.75 1.50 0.67 1.35 1.44 2.33 1.19 1.53
O5' 1.20 1.07 1.27 1.19 0.61 1.16 0.58 1.14 0.74 0.99 0.85 1.34 1.65 1.38 0.57 1.16 1.11 1.94 0.92 1.12
OP1 1.19 1.06 1.26 1.17 0.56 1.14 0.52 1.08 0.69 0.96 0.82 1.35 1.68 1.41 0.53 1.14 1.01 1.80 0.85 0.98
OP2 0.99 0.91 0.99 0.89 0.52 0.89 0.49 0.86 0.59 0.81 0.73 1.18 1.41 1.08 0.54 0.93 0.78 1.56 0.91 0.80
P 1.10 1.00 1.14 1.05 0.54 1.03 0.50 1.00 0.64 0.90 0.78 1.27 1.54 1.24 0.53 1.05 0.94 1.76 0.88 0.94

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.11 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.35 0.03 0.01 0.35 0.60 0.41 0.35
C2 0.03 0.00 0.21 0.25 0.01 0.08 0.02 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.35 0.22 0.02 0.14 0.47 1.08 0.61 0.54
C2' 0.00 0.21 0.00 0.01 0.07 0.03 0.14 0.23 0.19 0.03 0.16 0.36 0.01 0.03 0.08 0.02 0.52 0.72 0.53 0.55
C3' 0.01 0.25 0.01 0.00 0.44 0.01 0.49 0.03 0.43 0.26 0.35 0.21 0.02 0.01 0.48 0.03 0.17 0.26 0.31 0.17
C4 0.03 0.01 0.07 0.44 0.00 0.21 0.01 0.40 0.02 0.02 0.01 0.02 0.37 0.22 0.01 0.05 0.51 1.27 0.87 0.64
C4' 0.01 0.08 0.03 0.01 0.21 0.00 0.29 0.01 0.28 0.12 0.12 0.15 0.34 0.03 0.22 0.01 0.02 0.25 0.27 0.06
C5 0.02 0.02 0.14 0.49 0.01 0.29 0.00 0.48 0.01 0.02 0.01 0.03 0.40 0.31 0.02 0.12 0.52 1.14 0.88 0.62
C5' 0.11 0.22 0.23 0.03 0.40 0.01 0.48 0.00 0.43 0.24 0.29 0.22 0.15 0.22 0.43 0.02 0.01 0.39 0.38 0.02
C6 0.02 0.01 0.19 0.43 0.02 0.28 0.01 0.43 0.00 0.01 0.02 0.02 0.37 0.24 0.02 0.16 0.46 0.91 0.70 0.50
N1 0.01 0.01 0.03 0.26 0.02 0.12 0.02 0.24 0.01 0.00 0.02 0.02 0.22 0.11 0.02 0.02 0.41 0.87 0.56 0.45
N3 0.02 0.01 0.16 0.35 0.01 0.12 0.01 0.29 0.02 0.02 0.00 0.02 0.37 0.15 0.02 0.10 0.49 1.24 0.75 0.61
O2 0.05 0.01 0.36 0.21 0.02 0.15 0.03 0.22 0.02 0.02 0.02 0.00 0.53 0.43 0.03 0.24 0.50 1.08 0.55 0.57
O2' 0.02 0.35 0.01 0.02 0.37 0.34 0.40 0.15 0.37 0.22 0.37 0.53 0.00 0.06 0.39 0.24 0.37 0.64 0.49 0.43
O3' 0.35 0.22 0.03 0.01 0.22 0.03 0.31 0.22 0.24 0.11 0.15 0.43 0.06 0.00 0.28 0.26 0.37 0.63 0.54 0.45
O4 0.03 0.02 0.08 0.48 0.01 0.22 0.02 0.43 0.02 0.02 0.02 0.03 0.39 0.28 0.00 0.06 0.53 1.36 0.95 0.68
O4' 0.01 0.14 0.02 0.03 0.05 0.01 0.12 0.02 0.16 0.02 0.10 0.24 0.24 0.26 0.06 0.00 0.27 0.38 0.35 0.26
O5' 0.35 0.47 0.52 0.17 0.51 0.02 0.52 0.01 0.46 0.41 0.49 0.50 0.37 0.37 0.53 0.27 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.60 1.08 0.72 0.26 1.27 0.25 1.14 0.39 0.91 0.87 1.24 1.08 0.64 0.63 1.36 0.38 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.41 0.61 0.53 0.31 0.87 0.27 0.88 0.38 0.70 0.56 0.75 0.55 0.49 0.54 0.95 0.35 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.35 0.54 0.55 0.17 0.64 0.06 0.62 0.02 0.50 0.45 0.61 0.57 0.43 0.45 0.68 0.26 0.01 0.01 0.01 0.00