ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 1535

back

Distances from reference structure (by RMSD)

4, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 9, 10, 6, 3, 6, 67, 20, 23, 29, 65, 30, 2, 223,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N9 B 0, 1.055, 1.546, 2.037, 2.984 max_d=2.984 avg_d=1.546 std_dev=0.491
N3 A 0, 0.712, 1.226, 1.739, 3.107 max_d=3.107 avg_d=1.226 std_dev=0.514
C4 B 0, 0.574, 1.119, 1.664, 3.237 max_d=3.237 avg_d=1.119 std_dev=0.545
C4 A 0, 0.617, 1.241, 1.865, 3.541 max_d=3.541 avg_d=1.241 std_dev=0.624
N9 A 0, 1.080, 1.787, 2.494, 4.020 max_d=4.020 avg_d=1.787 std_dev=0.707
N3 B 0, 0.737, 1.509, 2.281, 4.285 max_d=4.285 avg_d=1.509 std_dev=0.772
C1' A 0, 1.312, 2.119, 2.925, 4.168 max_d=4.168 avg_d=2.119 std_dev=0.807
C2 A 0, 0.424, 1.324, 2.224, 4.149 max_d=4.149 avg_d=1.324 std_dev=0.900
C8 B 0, 1.185, 2.128, 3.072, 4.512 max_d=4.512 avg_d=2.128 std_dev=0.944
C1' B 0, 1.470, 2.414, 3.358, 4.523 max_d=4.523 avg_d=2.414 std_dev=0.944
C2' A 0, 1.648, 2.657, 3.666, 4.760 max_d=4.760 avg_d=2.657 std_dev=1.009
O4' A 0, 1.702, 2.743, 3.785, 5.350 max_d=5.350 avg_d=2.743 std_dev=1.041
C2 B 0, 0.843, 1.898, 2.953, 5.729 max_d=5.729 avg_d=1.898 std_dev=1.055
C8 A 0, 1.401, 2.463, 3.525, 5.740 max_d=5.740 avg_d=2.463 std_dev=1.062
C3' A 0, 2.038, 3.104, 4.170, 5.986 max_d=5.986 avg_d=3.104 std_dev=1.066
C5 A 0, 0.599, 1.667, 2.735, 5.300 max_d=5.300 avg_d=1.667 std_dev=1.068
C5 B 0, 0.788, 1.860, 2.932, 4.706 max_d=4.706 avg_d=1.860 std_dev=1.072
O4' B 0, 1.702, 2.909, 4.115, 5.201 max_d=5.201 avg_d=2.909 std_dev=1.207
N2 A 0, 0.793, 2.020, 3.247, 4.831 max_d=4.831 avg_d=2.020 std_dev=1.227
N1 A 0, 0.145, 1.388, 2.632, 5.289 max_d=5.289 avg_d=1.388 std_dev=1.244
C4' A 0, 1.944, 3.223, 4.502, 6.857 max_d=6.857 avg_d=3.223 std_dev=1.279
N7 B 0, 1.230, 2.526, 3.822, 5.620 max_d=5.620 avg_d=2.526 std_dev=1.296
N7 A 0, 1.180, 2.483, 3.785, 6.572 max_d=6.572 avg_d=2.483 std_dev=1.303
C6 A 0, 0.333, 1.698, 3.064, 6.214 max_d=6.214 avg_d=1.698 std_dev=1.365
O3' A 0, 2.232, 3.624, 5.017, 7.074 max_d=7.074 avg_d=3.624 std_dev=1.392
O2' A 0, 1.768, 3.186, 4.603, 5.869 max_d=5.869 avg_d=3.186 std_dev=1.418
O5' B 0, 2.188, 3.646, 5.105, 8.362 max_d=8.362 avg_d=3.646 std_dev=1.458
N1 B 0, 0.862, 2.327, 3.792, 6.497 max_d=6.497 avg_d=2.327 std_dev=1.465
C5' B 0, 2.357, 3.920, 5.482, 7.742 max_d=7.742 avg_d=3.920 std_dev=1.563
C5' A 0, 2.551, 4.119, 5.687, 8.077 max_d=8.077 avg_d=4.119 std_dev=1.568
C6 B 0, 0.894, 2.472, 4.051, 6.305 max_d=6.305 avg_d=2.472 std_dev=1.578
C2' B 0, 1.472, 3.062, 4.652, 6.722 max_d=6.722 avg_d=3.062 std_dev=1.590
O5' A 0, 2.603, 4.223, 5.843, 9.515 max_d=9.515 avg_d=4.223 std_dev=1.620
C4' B 0, 2.009, 3.632, 5.255, 7.415 max_d=7.415 avg_d=3.632 std_dev=1.623
O6 A 0, 0.646, 2.404, 4.162, 8.008 max_d=8.008 avg_d=2.404 std_dev=1.758
OP1 B 0, 3.176, 5.011, 6.847, 10.532 max_d=10.532 avg_d=5.011 std_dev=1.836
P B 0, 2.637, 4.500, 6.362, 9.852 max_d=9.852 avg_d=4.500 std_dev=1.862
C3' B 0, 1.620, 3.593, 5.565, 8.229 max_d=8.229 avg_d=3.593 std_dev=1.972
O2' B 0, 2.207, 4.239, 6.272, 8.904 max_d=8.904 avg_d=4.239 std_dev=2.032
P A 0, 2.926, 5.095, 7.265, 11.429 max_d=11.429 avg_d=5.095 std_dev=2.169
OP2 A 0, 2.980, 5.242, 7.505, 13.567 max_d=13.567 avg_d=5.242 std_dev=2.263
N6 B 0, 1.342, 3.640, 5.938, 8.435 max_d=8.435 avg_d=3.640 std_dev=2.298
OP1 A 0, 3.590, 5.922, 8.255, 12.513 max_d=12.513 avg_d=5.922 std_dev=2.332
OP2 B 0, 3.106, 5.472, 7.838, 12.147 max_d=12.147 avg_d=5.472 std_dev=2.366
O3' B 0, 2.280, 4.924, 7.569, 10.610 max_d=10.610 avg_d=4.924 std_dev=2.644

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.10 0.03 0.02 0.04 0.06 0.05 0.02 0.01 0.02 0.32 0.01 0.33 0.03 0.55 0.55 0.35
C2 0.05 0.00 0.39 0.48 0.01 0.35 0.01 0.61 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.36 0.50 0.29 0.78 0.02 1.23 1.12 0.91
C2' 0.01 0.39 0.00 0.01 0.20 0.02 0.10 0.21 0.16 0.20 0.29 0.47 0.39 0.12 0.03 0.00 0.03 0.03 0.41 0.12 0.55 0.54 0.46
C3' 0.02 0.48 0.01 0.00 0.35 0.01 0.40 0.02 0.44 0.39 0.46 0.54 0.44 0.42 0.25 0.03 0.01 0.02 0.34 0.46 0.43 0.30 0.28
C4 0.02 0.01 0.20 0.35 0.00 0.19 0.01 0.34 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.26 0.24 0.15 0.62 0.02 0.99 1.03 0.71
C4' 0.01 0.35 0.02 0.01 0.19 0.00 0.18 0.01 0.21 0.27 0.29 0.44 0.33 0.24 0.11 0.32 0.03 0.01 0.02 0.22 0.32 0.38 0.14
C5 0.02 0.01 0.10 0.40 0.01 0.18 0.00 0.34 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.36 0.20 0.07 0.78 0.02 1.20 1.33 0.92
C5' 0.10 0.61 0.21 0.02 0.34 0.01 0.34 0.00 0.41 0.38 0.53 0.74 0.54 0.38 0.20 0.14 0.21 0.02 0.01 0.41 0.35 0.38 0.02
C6 0.03 0.01 0.16 0.44 0.01 0.21 0.01 0.41 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.37 0.28 0.12 0.81 0.01 1.32 1.42 0.99
C8 0.02 0.02 0.20 0.39 0.01 0.27 0.01 0.38 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.42 0.22 0.18 0.93 0.03 1.14 1.32 1.02
N1 0.04 0.01 0.29 0.46 0.02 0.29 0.01 0.53 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.34 0.39 0.22 0.79 0.01 1.32 1.28 0.96
N2 0.06 0.01 0.47 0.54 0.01 0.44 0.02 0.74 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.45 0.64 0.35 0.89 0.03 1.35 1.15 1.05
N3 0.05 0.01 0.39 0.44 0.01 0.33 0.01 0.54 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.34 0.47 0.29 0.67 0.02 1.04 0.95 0.76
N7 0.02 0.01 0.12 0.42 0.01 0.24 0.00 0.38 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.44 0.24 0.10 0.95 0.03 1.31 1.54 1.13
N9 0.01 0.02 0.03 0.25 0.01 0.11 0.01 0.20 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.24 0.10 0.02 0.59 0.02 0.83 0.92 0.63
O2' 0.02 0.36 0.00 0.03 0.26 0.32 0.36 0.14 0.37 0.42 0.34 0.45 0.34 0.44 0.24 0.00 0.07 0.22 0.29 0.42 0.52 0.59 0.40
O3' 0.32 0.50 0.03 0.01 0.24 0.03 0.20 0.21 0.28 0.22 0.39 0.64 0.47 0.24 0.10 0.07 0.00 0.22 0.38 0.29 0.61 0.55 0.42
O4' 0.01 0.29 0.03 0.02 0.15 0.01 0.07 0.02 0.12 0.18 0.22 0.35 0.29 0.10 0.02 0.22 0.22 0.00 0.32 0.09 0.55 0.50 0.32
O5' 0.33 0.78 0.41 0.34 0.62 0.02 0.78 0.01 0.81 0.93 0.79 0.89 0.67 0.95 0.59 0.29 0.38 0.32 0.00 0.88 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.12 0.46 0.02 0.22 0.02 0.41 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.42 0.29 0.09 0.88 0.00 1.44 1.59 1.11
OP1 0.55 1.23 0.55 0.43 0.99 0.32 1.20 0.35 1.32 1.14 1.32 1.35 1.04 1.31 0.83 0.52 0.61 0.55 0.02 1.44 0.00 0.01 0.01
OP2 0.55 1.12 0.54 0.30 1.03 0.38 1.33 0.38 1.42 1.32 1.28 1.15 0.95 1.54 0.92 0.59 0.55 0.50 0.02 1.59 0.01 0.00 0.01
P 0.35 0.91 0.46 0.28 0.71 0.14 0.92 0.02 0.99 1.02 0.96 1.05 0.76 1.13 0.63 0.40 0.42 0.32 0.01 1.11 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 2.17 3.30 1.98 1.67 2.85 1.85 3.27 1.59 3.67 2.68 3.60 2.94 4.12 3.25 2.47 2.22 1.85 2.07 1.04 1.20 1.36 0.84
C2 1.42 2.42 1.20 0.99 2.08 1.14 2.40 1.01 2.66 1.99 2.62 2.14 2.92 2.42 1.76 1.29 1.23 1.39 0.50 1.01 1.05 0.28
C2' 2.34 3.31 2.21 1.94 2.89 2.11 3.25 1.84 3.62 2.71 3.57 2.99 4.05 3.22 2.55 2.48 2.15 2.26 1.36 1.50 1.62 1.23
C3' 2.44 3.54 2.35 2.14 3.03 2.22 3.41 1.94 3.86 2.76 3.84 3.17 4.35 3.31 2.64 2.68 2.46 2.32 1.41 1.48 1.63 1.29
C4 1.71 2.88 1.47 1.17 2.45 1.42 2.89 1.25 3.27 2.33 3.20 2.51 3.70 2.89 2.07 1.66 1.38 1.67 0.65 1.13 1.16 0.51
C4' 2.62 3.83 2.54 2.31 3.28 2.32 3.66 1.97 4.16 2.95 4.15 3.43 4.66 3.52 2.85 2.87 2.63 2.44 1.43 1.36 1.55 1.19
C5 1.77 3.12 1.50 1.20 2.60 1.40 3.05 1.20 3.51 2.37 3.48 2.69 3.97 2.98 2.15 1.72 1.45 1.68 0.59 1.08 1.11 0.42
C5' 2.81 4.04 2.79 2.59 3.46 2.56 3.84 2.20 4.38 3.10 4.40 3.61 4.93 3.67 3.02 3.15 2.95 2.62 1.66 1.64 1.66 1.43
C6 1.76 3.14 1.51 1.24 2.60 1.35 2.99 1.12 3.44 2.29 3.45 2.72 3.82 2.85 2.13 1.69 1.53 1.65 0.56 1.01 1.05 0.31
C8 2.02 3.40 1.77 1.44 2.84 1.66 3.34 1.42 3.86 2.61 3.81 2.93 4.42 3.26 2.38 2.06 1.66 1.92 0.80 1.15 1.23 0.63
N1 1.66 2.83 1.43 1.22 2.40 1.29 2.72 1.07 3.05 2.14 3.05 2.50 3.33 2.63 2.00 1.55 1.50 1.57 0.58 0.97 1.03 0.29
N2 1.28 2.06 1.10 0.99 1.79 1.07 2.00 0.95 2.17 1.74 2.17 1.87 2.34 2.05 1.54 1.14 1.23 1.29 0.58 0.93 1.02 0.30
N3 1.49 2.48 1.27 1.01 2.14 1.24 2.52 1.14 2.79 2.11 2.72 2.18 3.13 2.58 1.83 1.40 1.20 1.48 0.57 1.12 1.13 0.46
N7 1.91 3.38 1.65 1.31 2.79 1.53 3.28 1.30 3.82 2.52 3.79 2.89 4.36 3.17 2.30 1.92 1.56 1.81 0.67 1.11 1.15 0.50
N9 1.95 3.17 1.73 1.42 2.70 1.65 3.16 1.43 3.59 2.54 3.51 2.77 4.07 3.14 2.29 1.97 1.61 1.88 0.83 1.17 1.25 0.68
O2' 2.55 3.40 2.39 2.05 3.03 2.21 3.33 1.91 3.65 2.81 3.61 3.13 3.98 3.26 2.72 2.62 2.16 2.44 1.50 1.57 1.68 1.34
O3' 2.52 3.61 2.45 2.26 3.09 2.29 3.42 2.04 3.88 2.75 3.89 3.25 4.35 3.27 2.69 2.79 2.61 2.38 1.58 1.57 1.77 1.51
O4' 2.47 3.71 2.33 2.05 3.19 2.13 3.61 1.79 4.08 2.92 4.04 3.30 4.57 3.51 2.76 2.61 2.28 2.32 1.24 1.21 1.45 0.99
O5' 2.89 4.10 2.91 2.72 3.53 2.62 3.90 2.25 4.42 3.17 4.44 3.68 4.96 3.73 3.10 3.23 3.06 2.68 1.80 1.77 1.75 1.56
O6 1.90 3.41 1.67 1.39 2.76 1.43 3.13 1.14 3.64 2.35 3.72 2.94 4.03 2.92 2.26 1.86 1.70 1.73 0.61 0.97 1.04 0.32
OP1 3.03 4.18 3.17 3.00 3.56 2.79 3.87 2.37 4.42 3.14 4.50 3.77 4.94 3.65 3.14 3.54 3.40 2.75 1.99 2.09 2.00 1.81
OP2 2.99 4.11 3.11 2.98 3.52 2.83 3.87 2.41 4.42 3.15 4.45 3.70 4.97 3.69 3.11 3.48 3.44 2.78 1.96 1.92 1.83 1.68
P 3.03 4.20 3.12 2.96 3.60 2.79 3.95 2.37 4.50 3.21 4.54 3.78 5.03 3.75 3.18 3.47 3.37 2.79 1.95 1.92 1.84 1.69

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.10 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.02 0.32 0.01 0.30 0.35 0.46 0.27
C2 0.05 0.00 0.45 0.44 0.01 0.36 0.01 0.59 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.42 0.40 0.41 0.69 0.99 0.94 0.82
C2' 0.01 0.45 0.00 0.01 0.24 0.02 0.13 0.23 0.22 0.21 0.35 0.44 0.16 0.12 0.03 0.01 0.04 0.02 0.46 0.61 0.58 0.50
C3' 0.02 0.44 0.01 0.00 0.34 0.01 0.40 0.02 0.43 0.37 0.45 0.39 0.46 0.41 0.25 0.03 0.01 0.03 0.22 0.40 0.30 0.23
C4 0.02 0.01 0.24 0.34 0.00 0.15 0.01 0.25 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.26 0.24 0.21 0.51 0.72 0.83 0.54
C4' 0.02 0.36 0.02 0.01 0.15 0.00 0.13 0.01 0.15 0.30 0.26 0.35 0.15 0.25 0.10 0.33 0.03 0.01 0.02 0.28 0.27 0.08
C5 0.02 0.01 0.13 0.40 0.01 0.13 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.32 0.23 0.09 0.62 0.93 1.11 0.69
C5' 0.10 0.59 0.23 0.02 0.25 0.01 0.22 0.00 0.27 0.48 0.45 0.55 0.27 0.41 0.16 0.13 0.23 0.02 0.01 0.36 0.35 0.02
C6 0.03 0.01 0.22 0.43 0.01 0.15 0.01 0.27 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.33 0.30 0.18 0.63 1.01 1.15 0.73
C8 0.02 0.02 0.21 0.37 0.01 0.30 0.01 0.48 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.45 0.20 0.23 0.81 1.00 1.23 0.88
N1 0.04 0.01 0.35 0.45 0.02 0.26 0.01 0.45 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.36 0.36 0.31 0.65 1.01 1.04 0.77
N3 0.05 0.01 0.44 0.39 0.01 0.35 0.01 0.55 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.40 0.39 0.41 0.63 0.84 0.81 0.71
N6 0.03 0.02 0.16 0.46 0.02 0.15 0.02 0.27 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.37 0.32 0.12 0.69 1.14 1.34 0.83
N7 0.02 0.02 0.12 0.41 0.01 0.25 0.01 0.41 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.44 0.25 0.13 0.81 1.14 1.39 0.94
N9 0.01 0.02 0.03 0.25 0.01 0.10 0.01 0.16 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.22 0.13 0.01 0.48 0.61 0.78 0.49
O2' 0.02 0.42 0.01 0.03 0.26 0.33 0.32 0.13 0.33 0.45 0.36 0.40 0.37 0.44 0.22 0.00 0.08 0.23 0.36 0.57 0.60 0.43
O3' 0.32 0.40 0.04 0.01 0.24 0.03 0.23 0.23 0.30 0.20 0.36 0.39 0.32 0.25 0.13 0.08 0.00 0.23 0.31 0.60 0.41 0.37
O4' 0.01 0.41 0.02 0.03 0.21 0.01 0.09 0.02 0.18 0.23 0.31 0.41 0.12 0.13 0.01 0.23 0.23 0.00 0.24 0.18 0.44 0.23
O5' 0.30 0.69 0.46 0.22 0.51 0.02 0.62 0.01 0.63 0.81 0.65 0.63 0.69 0.81 0.48 0.36 0.31 0.24 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.35 0.99 0.61 0.40 0.72 0.28 0.93 0.36 1.01 1.00 1.01 0.84 1.14 1.14 0.61 0.57 0.60 0.18 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.46 0.94 0.58 0.30 0.83 0.27 1.11 0.35 1.15 1.23 1.04 0.81 1.34 1.39 0.78 0.60 0.41 0.44 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.27 0.82 0.50 0.23 0.54 0.08 0.69 0.02 0.73 0.88 0.77 0.71 0.83 0.94 0.49 0.43 0.37 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00