ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 1536

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 4, 4, 0, 0, 1, 0, 0, 36, 69, 90, 50, 38, 21, 24, 3, 20, 53, 86,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.555, 0.885, 1.216, 2.095 max_d=2.095 avg_d=0.885 std_dev=0.331
N1 B 0, 0.369, 0.751, 1.133, 2.864 max_d=2.864 avg_d=0.751 std_dev=0.382
C2 A 0, 0.586, 1.018, 1.451, 2.165 max_d=2.165 avg_d=1.018 std_dev=0.432
C6 B 0, 0.659, 1.092, 1.525, 3.102 max_d=3.102 avg_d=1.092 std_dev=0.433
N1 A 0, 0.723, 1.179, 1.634, 2.965 max_d=2.965 avg_d=1.179 std_dev=0.455
C4 A 0, 0.133, 0.686, 1.239, 3.553 max_d=3.553 avg_d=0.686 std_dev=0.553
C1' B 0, 1.124, 1.712, 2.300, 4.023 max_d=4.023 avg_d=1.712 std_dev=0.588
C6 A 0, 0.605, 1.200, 1.795, 4.731 max_d=4.731 avg_d=1.200 std_dev=0.595
C5 A 0, 0.292, 0.943, 1.594, 4.975 max_d=4.975 avg_d=0.943 std_dev=0.651
C2 B 0, 0.517, 1.175, 1.833, 4.030 max_d=4.030 avg_d=1.175 std_dev=0.658
C5 B 0, 1.182, 1.850, 2.518, 4.489 max_d=4.489 avg_d=1.850 std_dev=0.668
N2 A 0, 0.974, 1.688, 2.401, 3.376 max_d=3.376 avg_d=1.688 std_dev=0.713
C4 B 0, 1.077, 1.800, 2.524, 5.015 max_d=5.015 avg_d=1.800 std_dev=0.723
N3 B 0, 0.624, 1.377, 2.130, 5.176 max_d=5.176 avg_d=1.377 std_dev=0.753
O6 A 0, 1.000, 1.845, 2.690, 6.419 max_d=6.419 avg_d=1.845 std_dev=0.845
O4' B 0, 1.020, 1.869, 2.717, 4.642 max_d=4.642 avg_d=1.869 std_dev=0.849
N9 A 0, 0.363, 1.279, 2.195, 4.951 max_d=4.951 avg_d=1.279 std_dev=0.916
C2' B 0, 1.410, 2.410, 3.409, 5.750 max_d=5.750 avg_d=2.410 std_dev=1.000
N7 A 0, 0.561, 1.575, 2.589, 6.955 max_d=6.955 avg_d=1.575 std_dev=1.014
O2 B 0, 1.114, 2.137, 3.159, 5.965 max_d=5.965 avg_d=2.137 std_dev=1.022
C1' A 0, 0.891, 1.918, 2.944, 4.960 max_d=4.960 avg_d=1.918 std_dev=1.027
N4 B 0, 1.758, 2.793, 3.829, 7.540 max_d=7.540 avg_d=2.793 std_dev=1.035
C8 A 0, 0.562, 1.677, 2.793, 6.728 max_d=6.728 avg_d=1.677 std_dev=1.116
C2' A 0, 1.266, 2.393, 3.520, 4.658 max_d=4.658 avg_d=2.393 std_dev=1.127
O4' A 0, 1.473, 2.663, 3.852, 5.881 max_d=5.881 avg_d=2.663 std_dev=1.190
O2' A 0, 1.633, 2.859, 4.084, 5.326 max_d=5.326 avg_d=2.859 std_dev=1.226
O2' B 0, 2.344, 3.572, 4.799, 8.088 max_d=8.088 avg_d=3.572 std_dev=1.227
C3' B 0, 1.477, 2.746, 4.014, 6.997 max_d=6.997 avg_d=2.746 std_dev=1.269
C4' B 0, 1.233, 2.522, 3.811, 6.643 max_d=6.643 avg_d=2.522 std_dev=1.289
C3' A 0, 1.777, 3.076, 4.375, 6.176 max_d=6.176 avg_d=3.076 std_dev=1.299
C4' A 0, 1.904, 3.281, 4.657, 6.854 max_d=6.854 avg_d=3.281 std_dev=1.377
O3' A 0, 2.431, 3.895, 5.358, 8.122 max_d=8.122 avg_d=3.895 std_dev=1.464
O5' B 0, 1.323, 2.859, 4.396, 7.516 max_d=7.516 avg_d=2.859 std_dev=1.536
C5' A 0, 2.347, 3.945, 5.544, 9.100 max_d=9.100 avg_d=3.945 std_dev=1.599
C5' B 0, 1.014, 2.680, 4.346, 7.132 max_d=7.132 avg_d=2.680 std_dev=1.666
O3' B 0, 2.128, 3.885, 5.643, 9.498 max_d=9.498 avg_d=3.885 std_dev=1.757
P B 0, 1.735, 3.499, 5.263, 8.121 max_d=8.121 avg_d=3.499 std_dev=1.764
OP2 B 0, 2.324, 4.174, 6.025, 8.922 max_d=8.922 avg_d=4.174 std_dev=1.851
O5' A 0, 2.139, 4.022, 5.905, 10.838 max_d=10.838 avg_d=4.022 std_dev=1.883
OP1 B 0, 2.059, 4.080, 6.101, 10.531 max_d=10.531 avg_d=4.080 std_dev=2.021
P A 0, 2.492, 4.707, 6.923, 13.320 max_d=13.320 avg_d=4.707 std_dev=2.216
OP2 A 0, 2.276, 4.664, 7.052, 13.336 max_d=13.336 avg_d=4.664 std_dev=2.388
OP1 A 0, 3.009, 5.562, 8.116, 15.447 max_d=15.447 avg_d=5.562 std_dev=2.554

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.03 0.02 0.04 0.06 0.04 0.01 0.01 0.02 0.20 0.01 0.23 0.03 0.42 0.26 0.23
C2 0.05 0.00 0.36 0.37 0.01 0.23 0.01 0.41 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.36 0.47 0.26 0.54 0.02 0.94 0.68 0.65
C2' 0.01 0.36 0.00 0.01 0.20 0.02 0.13 0.12 0.20 0.14 0.30 0.42 0.35 0.08 0.04 0.00 0.03 0.01 0.34 0.18 0.49 0.31 0.38
C3' 0.01 0.37 0.01 0.00 0.24 0.01 0.25 0.03 0.29 0.27 0.34 0.43 0.34 0.27 0.15 0.02 0.01 0.02 0.30 0.31 0.36 0.33 0.28
C4 0.02 0.01 0.20 0.24 0.00 0.13 0.01 0.26 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.21 0.23 0.14 0.48 0.02 0.79 0.55 0.52
C4' 0.01 0.23 0.02 0.01 0.13 0.00 0.13 0.01 0.16 0.17 0.20 0.28 0.21 0.16 0.07 0.19 0.03 0.00 0.02 0.16 0.19 0.31 0.06
C5 0.02 0.01 0.13 0.25 0.01 0.13 0.00 0.27 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.22 0.18 0.09 0.57 0.01 0.94 0.69 0.62
C5' 0.06 0.41 0.12 0.03 0.26 0.01 0.27 0.00 0.34 0.23 0.40 0.48 0.36 0.25 0.14 0.09 0.14 0.02 0.01 0.35 0.24 0.40 0.02
C6 0.03 0.01 0.20 0.29 0.01 0.16 0.01 0.34 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.27 0.27 0.14 0.61 0.01 1.07 0.79 0.70
C8 0.02 0.02 0.14 0.27 0.01 0.17 0.01 0.23 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.22 0.20 0.13 0.53 0.02 0.76 0.59 0.49
N1 0.04 0.01 0.30 0.34 0.02 0.20 0.01 0.40 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.32 0.38 0.22 0.59 0.02 1.05 0.76 0.71
N2 0.06 0.01 0.42 0.43 0.02 0.28 0.01 0.48 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.43 0.60 0.31 0.55 0.03 0.97 0.71 0.68
N3 0.04 0.01 0.35 0.34 0.01 0.21 0.01 0.36 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.33 0.43 0.25 0.47 0.02 0.80 0.57 0.55
N7 0.01 0.01 0.08 0.27 0.01 0.16 0.00 0.25 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.22 0.19 0.06 0.59 0.03 0.93 0.74 0.61
N9 0.01 0.02 0.04 0.15 0.01 0.07 0.01 0.14 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.13 0.09 0.02 0.40 0.02 0.64 0.42 0.39
O2' 0.02 0.36 0.00 0.02 0.21 0.19 0.22 0.09 0.27 0.22 0.32 0.43 0.33 0.22 0.13 0.00 0.05 0.14 0.18 0.27 0.40 0.31 0.26
O3' 0.20 0.47 0.03 0.01 0.23 0.03 0.18 0.14 0.27 0.20 0.38 0.60 0.43 0.19 0.09 0.05 0.00 0.14 0.31 0.26 0.51 0.50 0.34
O4' 0.01 0.26 0.01 0.02 0.14 0.00 0.09 0.02 0.14 0.13 0.22 0.31 0.25 0.06 0.02 0.14 0.14 0.00 0.15 0.12 0.30 0.33 0.19
O5' 0.23 0.54 0.34 0.30 0.48 0.02 0.57 0.01 0.61 0.53 0.59 0.55 0.47 0.59 0.40 0.18 0.31 0.15 0.00 0.65 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.18 0.31 0.02 0.16 0.01 0.35 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.27 0.26 0.12 0.65 0.00 1.16 0.88 0.76
OP1 0.42 0.94 0.49 0.36 0.79 0.19 0.94 0.24 1.07 0.76 1.05 0.97 0.80 0.93 0.64 0.40 0.51 0.30 0.02 1.16 0.00 0.02 0.01
OP2 0.26 0.68 0.31 0.33 0.55 0.31 0.69 0.40 0.79 0.59 0.76 0.71 0.57 0.74 0.42 0.31 0.50 0.33 0.02 0.88 0.02 0.00 0.01
P 0.23 0.65 0.38 0.28 0.52 0.06 0.62 0.02 0.70 0.49 0.71 0.68 0.55 0.61 0.39 0.26 0.34 0.19 0.01 0.76 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 2.04 2.52 1.73 1.39 2.78 1.61 2.48 1.37 2.14 2.22 2.75 3.08 2.58 1.93 1.50 1.98 1.00 0.90 1.20 0.69
C2 0.90 1.02 0.95 1.08 1.36 1.14 1.30 1.11 1.00 0.91 1.20 1.60 1.03 1.04 1.48 1.03 0.55 0.63 0.93 0.35
C2' 2.56 2.88 2.30 1.93 2.98 2.15 2.69 1.83 2.43 2.60 3.01 3.22 3.00 2.57 1.99 2.49 1.43 1.12 1.45 1.07
C3' 2.71 3.12 2.43 2.03 3.26 2.23 2.87 1.88 2.55 2.76 3.30 3.61 3.28 2.76 2.13 2.57 1.50 1.15 1.56 1.18
C4 1.33 1.65 1.20 1.14 2.02 1.30 1.86 1.21 1.50 1.45 1.88 2.33 1.64 1.35 1.46 1.39 0.69 0.75 1.10 0.52
C4' 2.57 3.19 2.22 1.77 3.44 1.92 2.99 1.57 2.59 2.76 3.47 3.84 3.31 2.49 1.83 2.38 1.26 1.05 1.35 0.94
C5 1.28 1.57 1.23 1.24 2.01 1.33 1.85 1.21 1.45 1.37 1.83 2.35 1.58 1.40 1.65 1.33 0.64 0.69 1.06 0.47
C5' 2.57 3.27 2.23 1.78 3.59 1.89 3.10 1.53 2.65 2.80 3.61 4.06 3.40 2.51 1.87 2.35 1.26 1.12 1.44 1.00
C6 1.19 1.34 1.26 1.37 1.73 1.36 1.63 1.21 1.27 1.19 1.55 2.04 1.38 1.43 1.85 1.26 0.62 0.61 0.96 0.39
C8 1.70 2.18 1.49 1.30 2.59 1.47 2.29 1.29 1.86 1.88 2.49 2.97 2.21 1.70 1.58 1.67 0.80 0.79 1.16 0.60
N1 1.10 1.16 1.20 1.35 1.46 1.32 1.40 1.19 1.10 1.05 1.31 1.71 1.22 1.32 1.81 1.19 0.62 0.59 0.90 0.34
N2 0.81 0.86 0.90 1.05 1.10 1.07 1.08 1.06 0.85 0.78 0.98 1.29 0.89 0.92 1.39 0.94 0.59 0.60 0.82 0.31
N3 1.11 1.35 1.01 1.00 1.69 1.18 1.59 1.14 1.28 1.20 1.55 1.95 1.33 1.13 1.31 1.22 0.63 0.74 1.05 0.47
N7 1.47 1.88 1.36 1.30 2.35 1.40 2.11 1.25 1.66 1.62 2.19 2.74 1.89 1.57 1.67 1.48 0.70 0.72 1.11 0.53
N9 1.69 2.13 1.46 1.25 2.47 1.45 2.22 1.29 1.84 1.86 2.38 2.79 2.15 1.65 1.48 1.69 0.83 0.82 1.17 0.61
O2' 2.88 3.20 2.56 2.11 3.19 2.32 2.89 1.93 2.69 2.92 3.29 3.34 3.34 2.82 2.11 2.76 1.60 1.22 1.44 1.15
O3' 3.13 3.51 2.86 2.42 3.54 2.60 3.08 2.18 2.79 3.11 3.65 3.90 3.76 3.26 2.52 2.93 1.81 1.39 1.75 1.48
O4' 2.16 2.81 1.82 1.43 3.15 1.57 2.77 1.30 2.35 2.42 3.12 3.54 2.86 2.01 1.52 2.03 1.01 0.97 1.21 0.74
O5' 2.37 3.04 2.09 1.66 3.37 1.76 2.89 1.42 2.43 2.58 3.38 3.85 3.17 2.39 1.80 2.15 1.11 1.12 1.37 0.92
O6 1.32 1.43 1.43 1.53 1.77 1.46 1.67 1.26 1.32 1.28 1.61 2.10 1.51 1.62 2.05 1.35 0.67 0.59 0.93 0.37
OP1 2.58 3.33 2.33 1.90 3.64 1.90 3.08 1.49 2.62 2.80 3.70 4.16 3.51 2.65 2.05 2.30 1.26 1.35 1.50 1.11
OP2 2.22 2.83 2.05 1.74 3.23 1.81 2.78 1.55 2.30 2.40 3.19 3.75 2.94 2.40 2.00 2.04 1.17 1.13 1.51 1.02
P 2.37 3.06 2.12 1.74 3.40 1.79 2.91 1.46 2.44 2.58 3.41 3.91 3.19 2.44 1.92 2.14 1.16 1.18 1.45 1.00

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.09 0.02 0.01 0.02 0.03 0.05 0.02 0.29 0.01 0.28 0.33 0.49 0.30
C2 0.03 0.00 0.18 0.20 0.01 0.07 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.29 0.22 0.12 0.50 0.60 0.66 0.57
C2' 0.01 0.18 0.00 0.01 0.07 0.02 0.14 0.21 0.18 0.03 0.14 0.08 0.32 0.01 0.03 0.02 0.49 0.51 0.82 0.60
C3' 0.02 0.20 0.01 0.00 0.33 0.01 0.39 0.03 0.36 0.20 0.26 0.35 0.22 0.02 0.01 0.02 0.25 0.32 0.47 0.26
C4 0.02 0.01 0.07 0.33 0.00 0.13 0.01 0.28 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.31 0.20 0.04 0.64 0.82 0.85 0.71
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.13 0.00 0.19 0.01 0.19 0.08 0.09 0.15 0.13 0.28 0.03 0.01 0.02 0.21 0.37 0.08
C5 0.02 0.01 0.14 0.39 0.01 0.19 0.00 0.32 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.33 0.28 0.11 0.69 0.85 0.97 0.75
C5' 0.09 0.21 0.21 0.03 0.28 0.01 0.32 0.00 0.29 0.17 0.25 0.31 0.25 0.10 0.21 0.02 0.01 0.31 0.34 0.02
C6 0.02 0.01 0.18 0.36 0.01 0.19 0.00 0.29 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.29 0.24 0.14 0.62 0.70 0.77 0.63
N1 0.01 0.01 0.03 0.20 0.02 0.08 0.01 0.17 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.17 0.13 0.02 0.45 0.51 0.55 0.45
N3 0.02 0.01 0.14 0.26 0.01 0.09 0.01 0.25 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.31 0.18 0.09 0.58 0.73 0.73 0.66
N4 0.03 0.02 0.08 0.35 0.01 0.15 0.01 0.31 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.34 0.25 0.05 0.68 0.92 0.96 0.79
O2 0.05 0.01 0.32 0.22 0.02 0.13 0.02 0.25 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.42 0.39 0.21 0.48 0.59 0.76 0.61
O2' 0.02 0.29 0.01 0.02 0.31 0.28 0.33 0.10 0.29 0.17 0.31 0.34 0.42 0.00 0.06 0.19 0.34 0.42 0.90 0.52
O3' 0.29 0.22 0.03 0.01 0.20 0.03 0.28 0.21 0.24 0.13 0.18 0.25 0.39 0.06 0.00 0.23 0.29 0.48 0.43 0.26
O4' 0.01 0.12 0.02 0.02 0.04 0.01 0.11 0.02 0.14 0.02 0.09 0.05 0.21 0.19 0.23 0.00 0.17 0.29 0.49 0.24
O5' 0.28 0.50 0.49 0.25 0.64 0.02 0.69 0.01 0.62 0.45 0.58 0.68 0.48 0.34 0.29 0.17 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.33 0.60 0.51 0.32 0.82 0.21 0.85 0.31 0.70 0.51 0.73 0.92 0.59 0.42 0.48 0.29 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.49 0.66 0.82 0.47 0.85 0.37 0.97 0.34 0.77 0.55 0.73 0.96 0.76 0.90 0.43 0.49 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.30 0.57 0.60 0.26 0.71 0.08 0.75 0.02 0.63 0.45 0.66 0.79 0.61 0.52 0.26 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00