ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 1538

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 9, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 8, 21, 12, 12, 81, 64, 74, 36, 54, 38, 7, 82,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N9 B 0, 0.566, 1.088, 1.610, 3.228 max_d=3.228 avg_d=1.088 std_dev=0.522
N3 A 0, 0.536, 1.070, 1.603, 3.453 max_d=3.453 avg_d=1.070 std_dev=0.534
C4 B 0, 0.211, 0.813, 1.414, 3.734 max_d=3.734 avg_d=0.813 std_dev=0.602
N3 B 0, 0.871, 1.524, 2.177, 4.551 max_d=4.551 avg_d=1.524 std_dev=0.653
C4 A 0, 0.341, 1.001, 1.661, 4.127 max_d=4.127 avg_d=1.001 std_dev=0.660
C1' B 0, 1.226, 1.899, 2.572, 4.062 max_d=4.062 avg_d=1.899 std_dev=0.673
C1' A 0, 1.483, 2.159, 2.835, 3.926 max_d=3.926 avg_d=2.159 std_dev=0.676
N9 A 0, 0.998, 1.745, 2.493, 4.617 max_d=4.617 avg_d=1.745 std_dev=0.748
C2 A 0, 0.342, 1.182, 2.023, 4.147 max_d=4.147 avg_d=1.182 std_dev=0.841
C8 B 0, 0.764, 1.632, 2.500, 4.392 max_d=4.392 avg_d=1.632 std_dev=0.868
N1 A 0, 0.223, 1.117, 2.010, 5.367 max_d=5.367 avg_d=1.117 std_dev=0.893
C5 B 0, 0.504, 1.407, 2.310, 5.016 max_d=5.016 avg_d=1.407 std_dev=0.903
O4' B 0, 1.025, 1.932, 2.839, 5.128 max_d=5.128 avg_d=1.932 std_dev=0.907
C5 A 0, 0.335, 1.251, 2.167, 5.382 max_d=5.382 avg_d=1.251 std_dev=0.916
C2 B 0, 0.612, 1.552, 2.492, 6.123 max_d=6.123 avg_d=1.552 std_dev=0.940
C2' B 0, 1.992, 2.935, 3.878, 5.639 max_d=5.639 avg_d=2.935 std_dev=0.943
C4' B 0, 1.774, 2.758, 3.742, 6.049 max_d=6.049 avg_d=2.758 std_dev=0.984
O2' A 0, 1.534, 2.534, 3.535, 5.653 max_d=5.653 avg_d=2.534 std_dev=1.000
C2' A 0, 1.291, 2.297, 3.304, 4.867 max_d=4.867 avg_d=2.297 std_dev=1.007
C6 A 0, 0.106, 1.121, 2.135, 5.955 max_d=5.955 avg_d=1.121 std_dev=1.014
C3' B 0, 2.245, 3.344, 4.443, 6.357 max_d=6.357 avg_d=3.344 std_dev=1.099
C5' B 0, 1.754, 2.908, 4.062, 6.326 max_d=6.326 avg_d=2.908 std_dev=1.154
O4' A 0, 1.880, 3.045, 4.209, 5.544 max_d=5.544 avg_d=3.045 std_dev=1.164
O6 A 0, 0.598, 1.769, 2.940, 7.153 max_d=7.153 avg_d=1.769 std_dev=1.171
N7 B 0, 0.916, 2.088, 3.260, 5.841 max_d=5.841 avg_d=2.088 std_dev=1.172
C8 A 0, 1.125, 2.311, 3.497, 6.198 max_d=6.198 avg_d=2.311 std_dev=1.186
N2 B 0, 1.272, 2.468, 3.663, 7.416 max_d=7.416 avg_d=2.468 std_dev=1.195
N7 A 0, 0.959, 2.156, 3.354, 6.470 max_d=6.470 avg_d=2.156 std_dev=1.198
N1 B 0, 0.222, 1.425, 2.628, 7.293 max_d=7.293 avg_d=1.425 std_dev=1.203
N2 A 0, 0.818, 2.028, 3.238, 5.491 max_d=5.491 avg_d=2.028 std_dev=1.210
C6 B 0, 0.608, 1.832, 3.056, 6.511 max_d=6.511 avg_d=1.832 std_dev=1.224
C4' A 0, 2.131, 3.582, 5.033, 6.606 max_d=6.606 avg_d=3.582 std_dev=1.451
O2' B 0, 2.465, 3.920, 5.374, 7.788 max_d=7.788 avg_d=3.920 std_dev=1.455
C3' A 0, 1.726, 3.211, 4.696, 6.779 max_d=6.779 avg_d=3.211 std_dev=1.485
O5' B 0, 1.208, 2.782, 4.356, 7.047 max_d=7.047 avg_d=2.782 std_dev=1.574
O6 B 0, 1.207, 2.844, 4.481, 8.797 max_d=8.797 avg_d=2.844 std_dev=1.637
OP1 B 0, 2.029, 3.698, 5.366, 9.782 max_d=9.782 avg_d=3.698 std_dev=1.668
O3' B 0, 2.805, 4.518, 6.230, 8.208 max_d=8.208 avg_d=4.518 std_dev=1.713
P B 0, 1.418, 3.325, 5.233, 9.010 max_d=9.010 avg_d=3.325 std_dev=1.907
O5' A 0, 2.772, 4.777, 6.781, 9.515 max_d=9.515 avg_d=4.777 std_dev=2.005
O3' A 0, 1.737, 3.745, 5.752, 8.631 max_d=8.631 avg_d=3.745 std_dev=2.008
C5' A 0, 2.426, 4.481, 6.537, 8.946 max_d=8.946 avg_d=4.481 std_dev=2.056
OP2 B 0, 1.764, 4.109, 6.455, 11.292 max_d=11.292 avg_d=4.109 std_dev=2.346
P A 0, 3.432, 6.020, 8.607, 12.293 max_d=12.293 avg_d=6.020 std_dev=2.588
OP2 A 0, 3.688, 6.319, 8.950, 13.218 max_d=13.218 avg_d=6.319 std_dev=2.631
OP1 A 0, 3.834, 6.873, 9.912, 14.214 max_d=14.214 avg_d=6.873 std_dev=3.039

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.07 0.03 0.02 0.04 0.06 0.04 0.02 0.01 0.02 0.20 0.01 0.26 0.03 0.33 0.46 0.29
C2 0.04 0.00 0.36 0.36 0.01 0.18 0.01 0.32 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.30 0.40 0.23 0.50 0.02 0.67 0.92 0.62
C2' 0.00 0.36 0.00 0.01 0.19 0.02 0.10 0.14 0.17 0.17 0.28 0.43 0.35 0.10 0.03 0.00 0.03 0.02 0.31 0.13 0.42 0.47 0.34
C3' 0.02 0.36 0.01 0.00 0.25 0.01 0.28 0.03 0.31 0.27 0.34 0.40 0.32 0.29 0.17 0.02 0.01 0.02 0.28 0.32 0.34 0.32 0.23
C4 0.02 0.01 0.19 0.25 0.00 0.10 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.20 0.12 0.45 0.02 0.56 0.86 0.53
C4' 0.01 0.18 0.02 0.01 0.10 0.00 0.11 0.01 0.12 0.17 0.15 0.22 0.17 0.16 0.08 0.22 0.03 0.00 0.02 0.13 0.26 0.25 0.11
C5 0.02 0.01 0.10 0.28 0.01 0.11 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.21 0.18 0.06 0.54 0.01 0.71 1.09 0.67
C5' 0.07 0.32 0.14 0.03 0.20 0.01 0.22 0.00 0.25 0.26 0.29 0.38 0.28 0.26 0.14 0.09 0.15 0.02 0.01 0.27 0.26 0.29 0.02
C6 0.03 0.01 0.17 0.31 0.01 0.12 0.01 0.25 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.22 0.24 0.11 0.56 0.01 0.77 1.17 0.72
C8 0.02 0.01 0.17 0.27 0.01 0.17 0.01 0.26 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.26 0.22 0.14 0.61 0.02 0.70 1.03 0.67
N1 0.04 0.01 0.28 0.34 0.01 0.15 0.01 0.29 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.25 0.33 0.18 0.53 0.01 0.73 1.07 0.68
N2 0.06 0.01 0.43 0.40 0.01 0.22 0.01 0.38 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.38 0.50 0.28 0.53 0.02 0.72 0.90 0.66
N3 0.04 0.01 0.35 0.32 0.01 0.17 0.01 0.28 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.28 0.36 0.22 0.45 0.02 0.57 0.79 0.53
N7 0.02 0.01 0.10 0.29 0.01 0.16 0.00 0.26 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.26 0.23 0.07 0.64 0.02 0.82 1.22 0.77
N9 0.01 0.02 0.03 0.17 0.01 0.08 0.01 0.14 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.14 0.09 0.01 0.43 0.02 0.49 0.75 0.46
O2' 0.02 0.30 0.00 0.02 0.18 0.22 0.21 0.09 0.22 0.26 0.25 0.38 0.28 0.26 0.14 0.00 0.06 0.15 0.20 0.24 0.44 0.41 0.27
O3' 0.20 0.40 0.03 0.01 0.20 0.03 0.18 0.15 0.24 0.22 0.33 0.50 0.36 0.23 0.09 0.06 0.00 0.14 0.36 0.26 0.54 0.44 0.35
O4' 0.01 0.23 0.02 0.02 0.12 0.00 0.06 0.02 0.11 0.14 0.18 0.28 0.22 0.07 0.01 0.15 0.14 0.00 0.25 0.08 0.29 0.40 0.29
O5' 0.26 0.50 0.31 0.28 0.45 0.02 0.54 0.01 0.56 0.61 0.53 0.53 0.45 0.64 0.43 0.20 0.36 0.25 0.00 0.60 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.13 0.32 0.02 0.13 0.01 0.27 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.24 0.26 0.08 0.60 0.00 0.86 1.30 0.79
OP1 0.33 0.67 0.42 0.34 0.56 0.26 0.71 0.26 0.77 0.70 0.73 0.72 0.57 0.82 0.49 0.44 0.54 0.29 0.02 0.86 0.00 0.01 0.01
OP2 0.46 0.92 0.47 0.32 0.86 0.25 1.09 0.29 1.17 1.03 1.07 0.90 0.79 1.22 0.75 0.41 0.44 0.40 0.02 1.30 0.01 0.00 0.01
P 0.29 0.62 0.34 0.23 0.53 0.11 0.67 0.02 0.72 0.67 0.68 0.66 0.53 0.77 0.46 0.27 0.35 0.29 0.01 0.79 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 2.59 3.14 2.33 2.04 2.74 2.16 2.60 1.67 2.76 2.23 3.01 3.37 3.03 2.31 2.51 2.49 2.10 2.51 1.25 2.70 0.85 0.73 0.55
C2 1.10 1.86 1.09 0.98 1.58 0.84 1.69 0.81 1.88 1.30 1.94 1.94 1.67 1.54 1.30 1.07 1.06 0.98 0.62 1.95 0.73 0.73 0.23
C2' 2.76 3.11 2.54 2.23 2.72 2.39 2.51 1.78 2.64 2.19 2.91 3.36 3.05 2.20 2.54 2.85 2.37 2.69 1.22 2.55 1.00 0.74 0.56
C3' 3.18 3.67 2.95 2.55 3.22 2.67 2.98 1.98 3.12 2.59 3.44 3.98 3.60 2.63 2.99 3.32 2.69 3.02 1.39 3.00 0.86 0.79 0.62
C4 1.72 2.46 1.59 1.42 2.07 1.41 2.07 1.16 2.30 1.63 2.47 2.61 2.27 1.82 1.78 1.66 1.51 1.62 0.89 2.33 0.77 0.73 0.33
C4' 3.36 4.07 3.04 2.59 3.57 2.69 3.38 2.02 3.55 2.92 3.87 4.37 3.95 3.02 3.28 3.32 2.66 3.17 1.50 3.46 0.85 0.83 0.72
C5 1.60 2.54 1.52 1.36 2.08 1.27 2.17 1.06 2.48 1.64 2.63 2.69 2.28 1.91 1.74 1.60 1.48 1.46 0.80 2.57 0.74 0.73 0.27
C5' 3.47 4.42 3.14 2.66 3.82 2.71 3.67 2.02 3.92 3.09 4.26 4.77 4.23 3.28 3.45 3.44 2.74 3.22 1.55 3.87 0.90 0.95 0.82
C6 1.32 2.35 1.31 1.18 1.92 1.00 2.09 0.90 2.42 1.53 2.51 2.46 2.06 1.87 1.55 1.37 1.31 1.14 0.67 2.57 0.72 0.72 0.23
C8 2.21 3.09 2.03 1.79 2.57 1.78 2.56 1.39 2.84 2.04 3.08 3.33 2.85 2.25 2.25 2.18 1.91 2.07 1.03 2.89 0.78 0.73 0.39
N1 1.16 2.09 1.18 1.06 1.74 0.86 1.92 0.83 2.19 1.44 2.23 2.17 1.84 1.75 1.42 1.21 1.16 0.99 0.63 2.31 0.71 0.72 0.24
N2 0.95 1.60 0.97 0.87 1.39 0.71 1.52 0.76 1.67 1.24 1.69 1.66 1.45 1.46 1.18 0.92 0.92 0.84 0.58 1.75 0.72 0.71 0.28
N3 1.43 2.05 1.34 1.20 1.75 1.19 1.76 1.03 1.93 1.39 2.06 2.17 1.91 1.55 1.51 1.35 1.26 1.37 0.81 1.95 0.78 0.74 0.30
N7 1.89 2.87 1.77 1.57 2.35 1.50 2.41 1.20 2.74 1.85 2.94 3.08 2.59 2.11 1.99 1.89 1.71 1.73 0.89 2.84 0.75 0.73 0.31
N9 2.18 2.89 1.99 1.76 2.45 1.80 2.39 1.42 2.61 1.96 2.84 3.10 2.72 2.11 2.18 2.11 1.84 2.09 1.07 2.61 0.80 0.73 0.43
O2' 3.01 3.21 2.77 2.44 2.88 2.62 2.61 1.94 2.69 2.36 2.97 3.44 3.20 2.31 2.75 3.08 2.57 2.95 1.33 2.55 1.09 0.76 0.67
O3' 3.61 4.00 3.42 2.97 3.55 3.07 3.22 2.31 3.32 2.86 3.69 4.34 3.98 2.84 3.34 3.86 3.13 3.41 1.65 3.13 0.98 0.99 0.91
O4' 3.02 3.72 2.69 2.33 3.27 2.43 3.14 1.88 3.32 2.71 3.59 3.98 3.59 2.83 2.99 2.85 2.36 2.88 1.48 3.26 0.89 0.91 0.79
O5' 3.22 4.16 2.93 2.50 3.56 2.52 3.44 1.87 3.71 2.87 4.03 4.50 3.95 3.08 3.20 3.24 2.61 2.97 1.45 3.69 0.99 0.98 0.80
O6 1.32 2.44 1.34 1.19 1.97 0.98 2.19 0.89 2.57 1.58 2.65 2.57 2.11 1.96 1.58 1.43 1.35 1.10 0.66 2.78 0.71 0.72 0.24
OP1 3.59 4.79 3.30 2.79 4.05 2.77 3.93 2.08 4.28 3.23 4.66 5.20 4.51 3.48 3.60 3.65 2.92 3.26 1.64 4.29 1.17 1.15 1.03
OP2 3.07 4.14 2.82 2.41 3.48 2.38 3.40 1.80 3.73 2.79 4.05 4.53 3.88 3.04 3.08 3.13 2.57 2.79 1.45 3.77 1.18 1.14 0.95
P 3.33 4.43 3.04 2.58 3.76 2.57 3.67 1.93 3.99 3.03 4.33 4.81 4.18 3.27 3.35 3.35 2.69 3.04 1.55 4.01 1.08 1.08 0.94

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.08 0.03 0.02 0.04 0.06 0.05 0.02 0.01 0.02 0.30 0.01 0.36 0.03 0.49 0.45 0.28
C2 0.05 0.00 0.41 0.36 0.01 0.19 0.01 0.30 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.32 0.36 0.28 0.64 0.02 0.80 0.93 0.68
C2' 0.01 0.41 0.00 0.01 0.21 0.02 0.11 0.21 0.19 0.20 0.32 0.49 0.40 0.12 0.03 0.00 0.03 0.02 0.49 0.15 0.68 0.55 0.50
C3' 0.02 0.36 0.01 0.00 0.30 0.01 0.37 0.04 0.40 0.35 0.38 0.38 0.32 0.39 0.23 0.02 0.01 0.03 0.36 0.43 0.58 0.21 0.33
C4 0.02 0.01 0.21 0.30 0.00 0.09 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.19 0.19 0.15 0.61 0.02 0.66 0.87 0.60
C4' 0.01 0.19 0.02 0.01 0.09 0.00 0.13 0.01 0.12 0.26 0.14 0.26 0.18 0.23 0.10 0.30 0.03 0.01 0.02 0.15 0.38 0.35 0.14
C5 0.02 0.01 0.11 0.37 0.01 0.13 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.29 0.18 0.07 0.74 0.02 0.78 1.17 0.79
C5' 0.08 0.30 0.21 0.04 0.16 0.01 0.19 0.00 0.21 0.32 0.24 0.39 0.28 0.31 0.12 0.11 0.19 0.02 0.01 0.24 0.27 0.41 0.02
C6 0.03 0.01 0.19 0.40 0.01 0.12 0.01 0.21 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.29 0.23 0.12 0.76 0.01 0.84 1.25 0.84
C8 0.02 0.01 0.20 0.35 0.01 0.26 0.01 0.32 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.43 0.23 0.18 0.84 0.03 0.78 1.17 0.85
N1 0.04 0.01 0.32 0.38 0.01 0.14 0.01 0.24 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.26 0.28 0.22 0.70 0.01 0.82 1.10 0.76
N2 0.06 0.01 0.49 0.38 0.01 0.26 0.01 0.39 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.43 0.47 0.34 0.67 0.02 0.90 0.93 0.74
N3 0.05 0.01 0.40 0.32 0.00 0.18 0.01 0.28 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.30 0.35 0.28 0.58 0.02 0.72 0.78 0.58
N7 0.02 0.01 0.12 0.39 0.01 0.23 0.00 0.31 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.43 0.26 0.10 0.88 0.03 0.89 1.39 0.97
N9 0.01 0.02 0.03 0.23 0.01 0.10 0.01 0.12 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.21 0.11 0.02 0.58 0.03 0.58 0.77 0.53
O2' 0.02 0.32 0.00 0.02 0.19 0.30 0.29 0.11 0.29 0.43 0.26 0.43 0.30 0.43 0.21 0.00 0.06 0.21 0.32 0.34 0.68 0.61 0.43
O3' 0.30 0.36 0.03 0.01 0.19 0.03 0.18 0.19 0.23 0.23 0.28 0.47 0.35 0.26 0.11 0.06 0.00 0.20 0.38 0.27 0.67 0.46 0.44
O4' 0.01 0.28 0.02 0.03 0.15 0.01 0.07 0.02 0.12 0.18 0.22 0.34 0.28 0.10 0.02 0.21 0.20 0.00 0.25 0.09 0.41 0.44 0.20
O5' 0.36 0.64 0.49 0.36 0.61 0.02 0.74 0.01 0.76 0.84 0.70 0.67 0.58 0.88 0.58 0.32 0.38 0.25 0.00 0.83 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.15 0.43 0.02 0.15 0.02 0.24 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.34 0.27 0.09 0.83 0.00 0.93 1.44 0.96
OP1 0.49 0.80 0.68 0.58 0.66 0.38 0.78 0.27 0.84 0.78 0.82 0.90 0.72 0.89 0.58 0.68 0.67 0.41 0.02 0.93 0.00 0.02 0.01
OP2 0.45 0.93 0.55 0.21 0.87 0.35 1.17 0.41 1.25 1.17 1.10 0.93 0.78 1.39 0.77 0.61 0.46 0.44 0.02 1.44 0.02 0.00 0.01
P 0.28 0.68 0.50 0.33 0.60 0.14 0.79 0.02 0.84 0.85 0.76 0.74 0.58 0.97 0.53 0.43 0.44 0.20 0.01 0.96 0.01 0.01 0.00