ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 1541

back

Distances from reference structure (by RMSD)

31, 22, 9, 40, 25, 4, 41, 33, 8, 5, 2, 2, 0, 10, 0, 3, 48, 22, 3, 187,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 B 0, 0.213, 0.958, 1.703, 3.001 max_d=3.001 avg_d=0.958 std_dev=0.745
N3 A 0, 0.088, 0.870, 1.652, 2.956 max_d=2.956 avg_d=0.870 std_dev=0.782
C2 A 0, 0.270, 1.056, 1.842, 3.224 max_d=3.224 avg_d=1.056 std_dev=0.786
N1 B 0, 0.173, 0.993, 1.813, 3.388 max_d=3.388 avg_d=0.993 std_dev=0.820
C4 A 0, -0.112, 0.828, 1.768, 3.817 max_d=3.817 avg_d=0.828 std_dev=0.940
N1 A 0, 0.222, 1.176, 2.131, 3.793 max_d=3.793 avg_d=1.176 std_dev=0.955
N2 A 0, 0.492, 1.465, 2.438, 3.599 max_d=3.599 avg_d=1.465 std_dev=0.973
C5 A 0, -0.001, 1.056, 2.112, 4.733 max_d=4.733 avg_d=1.056 std_dev=1.056
C6 A 0, 0.052, 1.171, 2.291, 4.570 max_d=4.570 avg_d=1.171 std_dev=1.119
N9 A 0, 0.132, 1.256, 2.379, 4.586 max_d=4.586 avg_d=1.256 std_dev=1.124
C2 B 0, 0.127, 1.345, 2.563, 4.958 max_d=4.958 avg_d=1.345 std_dev=1.218
C5 B 0, 0.514, 1.752, 2.989, 4.263 max_d=4.263 avg_d=1.752 std_dev=1.237
O4' B 0, 0.676, 1.941, 3.205, 4.803 max_d=4.803 avg_d=1.941 std_dev=1.264
C1' A 0, 0.320, 1.593, 2.866, 4.408 max_d=4.408 avg_d=1.593 std_dev=1.273
C1' B 0, 0.592, 1.915, 3.239, 3.897 max_d=3.897 avg_d=1.915 std_dev=1.323
N7 A 0, 0.161, 1.487, 2.813, 6.021 max_d=6.021 avg_d=1.487 std_dev=1.326
O6 A 0, 0.312, 1.640, 2.968, 5.432 max_d=5.432 avg_d=1.640 std_dev=1.328
O5' B 0, 0.608, 2.003, 3.397, 5.459 max_d=5.459 avg_d=2.003 std_dev=1.395
N3 B 0, 0.151, 1.553, 2.955, 6.177 max_d=6.177 avg_d=1.553 std_dev=1.402
C8 A 0, 0.112, 1.518, 2.924, 5.953 max_d=5.953 avg_d=1.518 std_dev=1.406
C5' B 0, 0.918, 2.401, 3.883, 6.448 max_d=6.448 avg_d=2.401 std_dev=1.483
C2' A 0, 0.108, 1.610, 3.113, 5.184 max_d=5.184 avg_d=1.610 std_dev=1.502
C4 B 0, 0.441, 1.984, 3.527, 6.001 max_d=6.001 avg_d=1.984 std_dev=1.543
C4' B 0, 0.983, 2.577, 4.170, 6.519 max_d=6.519 avg_d=2.577 std_dev=1.594
O2' A 0, 0.322, 1.963, 3.604, 5.926 max_d=5.926 avg_d=1.963 std_dev=1.641
O2 B 0, 0.484, 2.175, 3.867, 6.110 max_d=6.110 avg_d=2.175 std_dev=1.692
O4' A 0, 0.669, 2.436, 4.203, 6.732 max_d=6.732 avg_d=2.436 std_dev=1.767
C3' A 0, 0.516, 2.320, 4.124, 6.870 max_d=6.870 avg_d=2.320 std_dev=1.804
C3' B 0, 1.068, 2.942, 4.816, 6.816 max_d=6.816 avg_d=2.942 std_dev=1.874
P B 0, 0.641, 2.535, 4.428, 6.667 max_d=6.667 avg_d=2.535 std_dev=1.893
C2' B 0, 0.618, 2.580, 4.542, 5.754 max_d=5.754 avg_d=2.580 std_dev=1.962
C4' A 0, 0.761, 2.836, 4.910, 7.744 max_d=7.744 avg_d=2.836 std_dev=2.075
OP1 B 0, 1.160, 3.273, 5.385, 8.243 max_d=8.243 avg_d=3.273 std_dev=2.112
O4 B 0, 0.735, 2.903, 5.071, 8.365 max_d=8.365 avg_d=2.903 std_dev=2.168
O3' A 0, 0.403, 2.571, 4.739, 7.703 max_d=7.703 avg_d=2.571 std_dev=2.168
OP2 B 0, 0.493, 2.972, 5.450, 8.454 max_d=8.454 avg_d=2.972 std_dev=2.479
C5' A 0, 1.049, 3.741, 6.434, 10.056 max_d=10.056 avg_d=3.741 std_dev=2.693
O2' B 0, 0.839, 3.612, 6.386, 8.164 max_d=8.164 avg_d=3.612 std_dev=2.773
O5' A 0, 1.067, 3.845, 6.623, 11.755 max_d=11.755 avg_d=3.845 std_dev=2.778
O3' B 0, 1.349, 4.157, 6.965, 9.627 max_d=9.627 avg_d=4.157 std_dev=2.808
P A 0, 1.280, 4.843, 8.407, 14.605 max_d=14.605 avg_d=4.843 std_dev=3.564
OP2 A 0, 1.298, 5.118, 8.937, 15.651 max_d=15.651 avg_d=5.118 std_dev=3.820
OP1 A 0, 1.602, 5.520, 9.439, 15.329 max_d=15.329 avg_d=5.520 std_dev=3.918

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.10 0.02 0.02 0.03 0.06 0.04 0.02 0.01 0.02 0.30 0.01 0.21 0.03 0.35 0.32 0.21
C2 0.04 0.00 0.37 0.38 0.01 0.53 0.01 1.10 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.27 0.27 0.39 0.96 0.02 1.44 1.25 1.14
C2' 0.01 0.37 0.00 0.01 0.19 0.02 0.11 0.21 0.18 0.17 0.29 0.44 0.36 0.10 0.04 0.01 0.03 0.02 0.34 0.15 0.51 0.37 0.37
C3' 0.01 0.38 0.01 0.00 0.24 0.01 0.35 0.03 0.34 0.50 0.33 0.49 0.36 0.49 0.25 0.02 0.01 0.03 0.32 0.40 0.30 0.44 0.26
C4 0.02 0.01 0.19 0.24 0.00 0.22 0.01 0.52 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.21 0.14 0.21 0.44 0.02 0.67 0.66 0.49
C4' 0.01 0.53 0.02 0.01 0.22 0.00 0.13 0.01 0.20 0.37 0.38 0.68 0.51 0.28 0.09 0.32 0.03 0.01 0.02 0.16 0.24 0.35 0.11
C5 0.02 0.01 0.11 0.35 0.01 0.13 0.00 0.31 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.28 0.17 0.10 0.44 0.02 0.62 0.84 0.54
C5' 0.10 1.10 0.21 0.03 0.52 0.01 0.31 0.00 0.51 0.46 0.86 1.39 1.01 0.33 0.13 0.13 0.21 0.02 0.01 0.41 0.31 0.34 0.02
C6 0.02 0.01 0.18 0.34 0.01 0.20 0.01 0.51 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.28 0.19 0.18 0.51 0.01 0.78 0.95 0.63
C8 0.02 0.02 0.17 0.50 0.01 0.37 0.01 0.46 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.34 0.24 0.22 0.83 0.03 0.90 1.12 0.95
N1 0.03 0.01 0.29 0.33 0.01 0.38 0.01 0.86 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.26 0.19 0.31 0.75 0.01 1.17 1.13 0.92
N2 0.06 0.01 0.44 0.49 0.02 0.68 0.02 1.39 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.34 0.38 0.46 1.25 0.03 1.92 1.63 1.55
N3 0.04 0.01 0.36 0.36 0.01 0.51 0.01 1.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.25 0.30 0.39 0.84 0.02 1.21 1.01 0.95
N7 0.02 0.01 0.10 0.49 0.01 0.28 0.01 0.33 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.36 0.28 0.12 0.74 0.03 0.86 1.19 0.91
N9 0.01 0.02 0.04 0.25 0.01 0.09 0.01 0.13 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.20 0.08 0.02 0.35 0.02 0.45 0.54 0.39
O2' 0.02 0.27 0.01 0.02 0.21 0.32 0.28 0.13 0.28 0.34 0.26 0.34 0.25 0.36 0.20 0.00 0.06 0.21 0.30 0.32 0.45 0.52 0.36
O3' 0.30 0.27 0.03 0.01 0.14 0.03 0.17 0.21 0.19 0.24 0.19 0.38 0.30 0.28 0.08 0.06 0.00 0.22 0.40 0.26 0.61 0.64 0.41
O4' 0.01 0.39 0.02 0.03 0.21 0.01 0.10 0.02 0.18 0.22 0.31 0.46 0.39 0.12 0.02 0.21 0.22 0.00 0.15 0.13 0.26 0.32 0.19
O5' 0.21 0.96 0.34 0.32 0.44 0.02 0.44 0.01 0.51 0.83 0.75 1.25 0.84 0.74 0.35 0.30 0.40 0.15 0.00 0.51 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.15 0.40 0.02 0.16 0.02 0.41 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.32 0.26 0.13 0.51 0.00 0.77 1.06 0.67
OP1 0.35 1.44 0.51 0.30 0.67 0.24 0.62 0.31 0.78 0.90 1.17 1.92 1.21 0.86 0.45 0.45 0.61 0.26 0.02 0.77 0.00 0.02 0.01
OP2 0.32 1.25 0.37 0.44 0.66 0.35 0.84 0.34 0.95 1.12 1.13 1.63 1.01 1.19 0.54 0.52 0.64 0.32 0.02 1.06 0.02 0.00 0.01
P 0.21 1.14 0.37 0.26 0.49 0.11 0.54 0.02 0.63 0.95 0.92 1.55 0.95 0.91 0.39 0.36 0.41 0.19 0.01 0.67 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 2.43 2.70 1.93 1.56 2.36 1.83 2.05 1.37 2.05 2.38 2.66 3.01 2.18 1.61 2.41 2.34 0.99 1.08 0.98 0.51
C2 1.43 1.91 1.09 0.90 2.08 0.90 1.88 0.75 1.69 1.69 2.09 1.91 1.14 1.11 2.18 1.35 0.64 1.05 1.06 0.23
C2' 2.45 2.55 2.05 1.67 2.07 1.92 1.79 1.39 1.86 2.26 2.42 2.92 2.39 1.75 2.08 2.36 0.94 1.07 1.20 0.59
C3' 2.65 2.74 2.30 1.94 2.20 2.13 1.89 1.59 1.96 2.42 2.58 3.17 2.73 2.09 2.22 2.49 1.10 0.82 1.35 0.68
C4 1.90 2.35 1.43 1.12 2.30 1.30 1.98 0.98 1.85 2.03 2.46 2.50 1.62 1.24 2.41 1.81 0.74 1.05 1.06 0.28
C4' 2.82 3.04 2.40 2.05 2.57 2.23 2.22 1.71 2.24 2.67 2.93 3.45 2.77 2.22 2.61 2.64 1.26 0.82 1.47 0.81
C5 1.84 2.45 1.43 1.13 2.55 1.19 2.16 0.90 1.94 2.07 2.67 2.55 1.63 1.34 2.74 1.69 0.70 1.05 1.06 0.24
C5' 3.02 3.28 2.66 2.38 2.86 2.51 2.54 2.12 2.54 2.91 3.20 3.67 3.05 2.59 2.93 2.83 1.80 1.37 2.26 1.57
C6 1.65 2.35 1.35 1.15 2.65 1.03 2.27 0.83 1.95 1.99 2.67 2.36 1.51 1.47 2.89 1.45 0.69 1.06 1.04 0.25
C8 2.22 2.72 1.73 1.34 2.57 1.53 2.17 1.12 2.03 2.31 2.82 2.97 2.02 1.46 2.72 2.06 0.81 1.05 1.04 0.34
N1 1.49 2.13 1.24 1.10 2.45 0.95 2.17 0.81 1.87 1.84 2.41 2.09 1.33 1.43 2.64 1.32 0.69 1.06 1.03 0.29
N2 1.18 1.59 0.95 0.83 1.79 0.78 1.69 0.74 1.53 1.44 1.75 1.56 0.91 1.04 1.87 1.12 0.64 1.05 1.03 0.31
N3 1.68 2.05 1.24 0.98 2.01 1.16 1.79 0.90 1.69 1.81 2.13 2.15 1.35 1.08 2.08 1.65 0.70 1.06 1.07 0.26
N7 2.03 2.64 1.58 1.24 2.66 1.33 2.23 0.98 2.01 2.21 2.84 2.81 1.85 1.42 2.87 1.85 0.74 1.05 1.06 0.27
N9 2.19 2.58 1.70 1.33 2.38 1.57 2.04 1.16 1.96 2.23 2.63 2.83 1.94 1.42 2.48 2.09 0.84 1.06 1.04 0.38
O2' 2.76 2.81 2.32 1.88 2.25 2.14 2.01 1.56 2.14 2.56 2.62 3.17 2.60 1.87 2.20 2.67 1.16 1.37 1.06 0.82
O3' 3.01 3.00 2.74 2.34 2.28 2.52 1.97 1.94 2.13 2.68 2.74 3.48 3.22 2.49 2.25 2.82 1.37 1.02 1.14 0.86
O4' 2.69 3.00 2.20 1.85 2.65 2.05 2.30 1.54 2.27 2.63 2.96 3.33 2.49 1.97 2.72 2.53 1.15 0.85 1.22 0.61
O5' 2.89 3.16 2.57 2.31 2.81 2.40 2.48 2.06 2.46 2.80 3.12 3.54 2.97 2.50 2.90 2.69 1.73 1.36 2.21 1.49
O6 1.65 2.43 1.45 1.28 2.85 1.05 2.41 0.86 2.03 2.04 2.82 2.43 1.62 1.68 3.17 1.40 0.73 1.07 1.03 0.30
OP1 3.53 3.73 3.24 3.05 3.39 3.15 3.15 2.93 3.17 3.44 3.67 4.08 3.59 3.18 3.45 3.39 2.68 2.52 3.16 2.58
OP2 3.18 3.37 2.99 2.82 3.04 2.87 2.74 2.61 2.76 3.06 3.32 3.72 3.41 3.04 3.13 3.01 2.28 1.92 2.68 2.02
P 3.16 3.39 2.88 2.67 3.06 2.76 2.77 2.49 2.77 3.06 3.36 3.75 3.27 2.86 3.15 2.99 2.19 1.90 2.66 2.00

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.08 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.31 0.03 0.01 0.23 0.56 0.36 0.26
C2 0.03 0.00 0.19 0.29 0.01 0.17 0.02 0.26 0.01 0.01 0.01 0.01 0.19 0.24 0.02 0.17 0.39 0.90 0.64 0.48
C2' 0.01 0.19 0.00 0.01 0.08 0.02 0.13 0.21 0.17 0.04 0.15 0.32 0.01 0.03 0.09 0.02 0.43 0.61 0.42 0.46
C3' 0.02 0.29 0.01 0.00 0.40 0.01 0.42 0.02 0.37 0.24 0.35 0.35 0.02 0.01 0.43 0.02 0.20 0.37 0.18 0.18
C4 0.02 0.01 0.08 0.40 0.00 0.15 0.01 0.20 0.01 0.02 0.01 0.02 0.32 0.26 0.01 0.04 0.42 1.13 0.86 0.55
C4' 0.01 0.17 0.02 0.01 0.15 0.00 0.24 0.01 0.25 0.09 0.15 0.32 0.30 0.03 0.16 0.01 0.02 0.25 0.25 0.05
C5 0.02 0.02 0.13 0.42 0.01 0.24 0.00 0.33 0.01 0.01 0.01 0.02 0.38 0.33 0.01 0.13 0.56 1.21 0.96 0.68
C5' 0.08 0.26 0.21 0.02 0.20 0.01 0.33 0.00 0.33 0.11 0.23 0.48 0.12 0.20 0.22 0.02 0.01 0.35 0.37 0.02
C6 0.02 0.01 0.17 0.37 0.01 0.25 0.01 0.33 0.00 0.01 0.01 0.02 0.34 0.28 0.02 0.17 0.54 1.07 0.80 0.62
N1 0.01 0.01 0.04 0.24 0.02 0.09 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.02 0.19 0.15 0.02 0.02 0.29 0.81 0.52 0.36
N3 0.02 0.01 0.15 0.35 0.01 0.15 0.01 0.23 0.01 0.01 0.00 0.01 0.24 0.21 0.02 0.12 0.41 1.03 0.76 0.53
O2 0.05 0.01 0.32 0.35 0.02 0.32 0.02 0.48 0.02 0.02 0.01 0.00 0.27 0.43 0.03 0.30 0.61 0.95 0.80 0.69
O2' 0.02 0.19 0.01 0.02 0.32 0.30 0.38 0.12 0.34 0.19 0.24 0.27 0.00 0.07 0.34 0.20 0.33 0.56 0.38 0.39
O3' 0.31 0.24 0.03 0.01 0.26 0.03 0.33 0.20 0.28 0.15 0.21 0.43 0.07 0.00 0.30 0.23 0.30 0.64 0.36 0.33
O4 0.03 0.02 0.09 0.43 0.01 0.16 0.01 0.22 0.02 0.02 0.02 0.03 0.34 0.30 0.00 0.05 0.45 1.19 0.95 0.60
O4' 0.01 0.17 0.02 0.02 0.04 0.01 0.13 0.02 0.17 0.02 0.12 0.30 0.20 0.23 0.05 0.00 0.17 0.46 0.35 0.18
O5' 0.23 0.39 0.43 0.20 0.42 0.02 0.56 0.01 0.54 0.29 0.41 0.61 0.33 0.30 0.45 0.17 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.56 0.90 0.61 0.37 1.13 0.25 1.21 0.35 1.07 0.81 1.03 0.95 0.56 0.64 1.19 0.46 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.36 0.64 0.42 0.18 0.86 0.25 0.96 0.37 0.80 0.52 0.76 0.80 0.38 0.36 0.95 0.35 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.26 0.48 0.46 0.18 0.55 0.05 0.68 0.02 0.62 0.36 0.53 0.69 0.39 0.33 0.60 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00