ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 15886

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 48, 20, 3, 1, 1, 0, 0, 13, 17, 34, 11, 50, 20, 31, 79, 24, 58, 6, 82,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.369, 0.803, 1.237, 2.495 max_d=2.495 avg_d=0.803 std_dev=0.434
C2 A 0, 0.406, 0.865, 1.324, 2.129 max_d=2.129 avg_d=0.865 std_dev=0.459
N3 A 0, 0.378, 0.837, 1.297, 2.075 max_d=2.075 avg_d=0.837 std_dev=0.459
N1 B 0, 0.357, 0.820, 1.282, 2.245 max_d=2.245 avg_d=0.820 std_dev=0.463
C6 A 0, 0.412, 0.945, 1.478, 3.079 max_d=3.079 avg_d=0.945 std_dev=0.533
C4 A 0, 0.181, 0.718, 1.256, 2.128 max_d=2.128 avg_d=0.718 std_dev=0.537
C5 A 0, 0.393, 0.947, 1.501, 2.948 max_d=2.948 avg_d=0.947 std_dev=0.554
N9 A 0, 0.379, 1.006, 1.632, 2.736 max_d=2.736 avg_d=1.006 std_dev=0.627
C2' A 0, 0.600, 1.305, 2.009, 4.179 max_d=4.179 avg_d=1.305 std_dev=0.705
C1' A 0, 0.483, 1.193, 1.903, 3.474 max_d=3.474 avg_d=1.193 std_dev=0.710
O6 A 0, 0.575, 1.292, 2.010, 3.951 max_d=3.951 avg_d=1.292 std_dev=0.717
N2 A 0, 0.534, 1.254, 1.975, 3.640 max_d=3.640 avg_d=1.254 std_dev=0.720
C1' B 0, 0.871, 1.630, 2.390, 3.206 max_d=3.206 avg_d=1.630 std_dev=0.759
C8 A 0, 0.573, 1.346, 2.120, 4.324 max_d=4.324 avg_d=1.346 std_dev=0.774
N7 A 0, 0.585, 1.371, 2.157, 4.580 max_d=4.580 avg_d=1.371 std_dev=0.786
C2 B 0, 0.711, 1.523, 2.334, 3.101 max_d=3.101 avg_d=1.523 std_dev=0.812
C6 B 0, 0.612, 1.434, 2.255, 2.728 max_d=2.728 avg_d=1.434 std_dev=0.821
O2' A 0, 0.733, 1.606, 2.480, 5.857 max_d=5.857 avg_d=1.606 std_dev=0.874
C5 B 0, 0.705, 1.626, 2.548, 4.320 max_d=4.320 avg_d=1.626 std_dev=0.921
C3' A 0, 0.649, 1.597, 2.545, 4.608 max_d=4.608 avg_d=1.597 std_dev=0.948
O4' A 0, 0.620, 1.571, 2.522, 4.238 max_d=4.238 avg_d=1.571 std_dev=0.951
C4' A 0, 0.787, 1.798, 2.808, 5.011 max_d=5.011 avg_d=1.798 std_dev=1.011
N3 B 0, 0.923, 1.948, 2.973, 4.672 max_d=4.672 avg_d=1.948 std_dev=1.025
C4 B 0, 0.614, 1.668, 2.722, 4.967 max_d=4.967 avg_d=1.668 std_dev=1.054
O3' A 0, 0.693, 1.909, 3.125, 6.640 max_d=6.640 avg_d=1.909 std_dev=1.216
C2' B 0, 1.584, 2.820, 4.055, 5.296 max_d=5.296 avg_d=2.820 std_dev=1.235
C5' A 0, 0.932, 2.219, 3.505, 7.040 max_d=7.040 avg_d=2.219 std_dev=1.287
O4' B 0, 1.183, 2.545, 3.907, 5.340 max_d=5.340 avg_d=2.545 std_dev=1.362
O2 B 0, 1.094, 2.481, 3.868, 4.879 max_d=4.879 avg_d=2.481 std_dev=1.387
O4 B 0, 0.991, 2.497, 4.003, 7.128 max_d=7.128 avg_d=2.497 std_dev=1.506
O2' B 0, 1.773, 3.404, 5.035, 6.751 max_d=6.751 avg_d=3.404 std_dev=1.631
O5' A 0, 0.931, 2.590, 4.249, 8.950 max_d=8.950 avg_d=2.590 std_dev=1.659
C3' B 0, 1.967, 3.702, 5.437, 7.285 max_d=7.285 avg_d=3.702 std_dev=1.735
C4' B 0, 1.819, 3.650, 5.481, 7.062 max_d=7.062 avg_d=3.650 std_dev=1.831
O3' B 0, 2.505, 4.733, 6.960, 9.366 max_d=9.366 avg_d=4.733 std_dev=2.227
P A 0, 1.016, 3.252, 5.488, 11.545 max_d=11.545 avg_d=3.252 std_dev=2.236
OP2 A 0, 1.045, 3.486, 5.927, 13.258 max_d=13.258 avg_d=3.486 std_dev=2.441
OP1 A 0, 1.181, 3.755, 6.329, 13.466 max_d=13.466 avg_d=3.755 std_dev=2.574
C5' B 0, 1.996, 4.747, 7.498, 9.572 max_d=9.572 avg_d=4.747 std_dev=2.751
O5' B 0, 1.760, 4.608, 7.455, 9.427 max_d=9.427 avg_d=4.608 std_dev=2.848
P B 0, 2.304, 6.022, 9.739, 11.924 max_d=11.924 avg_d=6.022 std_dev=3.718
OP1 B 0, 3.303, 7.241, 11.180, 13.953 max_d=13.953 avg_d=7.241 std_dev=3.938
OP2 B 0, 1.950, 6.040, 10.131, 12.468 max_d=12.468 avg_d=6.040 std_dev=4.090

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.02 0.01 0.02 0.13 0.01 0.30 0.03 0.34 0.33 0.19
C2 0.04 0.00 0.23 0.23 0.01 0.18 0.01 0.32 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.21 0.25 0.20 0.62 0.02 0.75 0.84 0.64
C2' 0.01 0.23 0.00 0.01 0.12 0.02 0.08 0.08 0.12 0.11 0.18 0.27 0.22 0.07 0.03 0.00 0.02 0.01 0.27 0.10 0.36 0.30 0.20
C3' 0.01 0.23 0.01 0.00 0.16 0.01 0.19 0.03 0.21 0.19 0.22 0.25 0.20 0.20 0.12 0.02 0.01 0.02 0.35 0.22 0.46 0.30 0.28
C4 0.02 0.01 0.12 0.16 0.00 0.09 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.10 0.14 0.10 0.57 0.02 0.69 0.73 0.54
C4' 0.01 0.18 0.02 0.01 0.09 0.00 0.09 0.01 0.10 0.17 0.14 0.24 0.18 0.15 0.06 0.14 0.03 0.01 0.02 0.11 0.24 0.30 0.16
C5 0.02 0.01 0.08 0.19 0.01 0.09 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.13 0.14 0.05 0.68 0.02 0.89 0.97 0.75
C5' 0.04 0.32 0.08 0.03 0.17 0.01 0.18 0.00 0.21 0.26 0.26 0.41 0.30 0.25 0.12 0.08 0.09 0.02 0.01 0.22 0.34 0.39 0.02
C6 0.03 0.01 0.12 0.21 0.01 0.10 0.01 0.21 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.13 0.18 0.09 0.70 0.01 0.95 1.05 0.79
C8 0.02 0.02 0.11 0.19 0.01 0.17 0.01 0.26 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.22 0.15 0.13 0.75 0.03 0.89 0.94 0.80
N1 0.04 0.01 0.18 0.22 0.01 0.14 0.01 0.26 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.16 0.22 0.15 0.65 0.02 0.86 0.95 0.71
N2 0.05 0.01 0.27 0.25 0.02 0.24 0.02 0.41 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.29 0.31 0.25 0.65 0.03 0.79 0.89 0.71
N3 0.04 0.01 0.22 0.20 0.01 0.18 0.01 0.30 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.20 0.23 0.20 0.56 0.02 0.65 0.70 0.54
N7 0.02 0.02 0.07 0.20 0.01 0.15 0.00 0.25 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.21 0.16 0.08 0.79 0.03 1.05 1.13 0.92
N9 0.01 0.02 0.03 0.12 0.01 0.06 0.01 0.12 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.09 0.07 0.02 0.53 0.02 0.61 0.62 0.48
O2' 0.02 0.21 0.00 0.02 0.10 0.14 0.13 0.08 0.13 0.22 0.16 0.29 0.20 0.21 0.09 0.00 0.05 0.10 0.15 0.15 0.39 0.29 0.30
O3' 0.13 0.25 0.02 0.01 0.14 0.03 0.14 0.09 0.18 0.15 0.22 0.31 0.23 0.16 0.07 0.05 0.00 0.09 0.36 0.19 0.60 0.30 0.37
O4' 0.01 0.20 0.01 0.02 0.10 0.01 0.05 0.02 0.09 0.13 0.15 0.25 0.20 0.08 0.02 0.10 0.09 0.00 0.26 0.07 0.30 0.34 0.20
O5' 0.30 0.62 0.27 0.35 0.57 0.02 0.68 0.01 0.70 0.75 0.65 0.65 0.56 0.79 0.53 0.15 0.36 0.26 0.00 0.75 0.03 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.10 0.22 0.02 0.11 0.02 0.22 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.15 0.19 0.07 0.75 0.00 1.07 1.20 0.91
OP1 0.34 0.75 0.36 0.46 0.69 0.24 0.89 0.34 0.95 0.89 0.86 0.79 0.65 1.05 0.61 0.39 0.60 0.30 0.03 1.07 0.00 0.02 0.01
OP2 0.33 0.84 0.30 0.30 0.73 0.30 0.97 0.39 1.05 0.94 0.95 0.89 0.70 1.13 0.62 0.29 0.30 0.34 0.02 1.20 0.02 0.00 0.01
P 0.19 0.64 0.20 0.28 0.54 0.16 0.75 0.02 0.79 0.80 0.71 0.71 0.54 0.92 0.48 0.30 0.37 0.20 0.01 0.91 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.51 2.04 1.28 1.13 2.30 1.56 2.06 1.84 1.82 1.72 2.33 2.17 1.58 1.15 2.51 1.75 1.71 2.31 2.05 1.96
C2 0.91 1.47 0.56 0.51 1.91 1.06 1.74 1.26 1.45 1.24 1.80 1.42 1.14 0.97 2.09 1.31 1.05 1.27 1.34 1.22
C2' 1.53 1.90 1.34 1.24 2.06 1.59 1.91 1.81 1.74 1.66 2.09 2.06 1.63 1.35 2.23 1.78 1.73 2.42 1.97 1.99
C3' 1.52 1.95 1.32 1.24 2.17 1.58 2.01 1.88 1.81 1.69 2.18 2.11 1.57 1.38 2.38 1.77 1.84 2.69 2.16 2.19
C4 1.21 1.77 0.87 0.72 2.18 1.28 1.91 1.47 1.59 1.47 2.12 1.78 1.26 0.85 2.41 1.50 1.25 1.61 1.61 1.43
C4' 1.58 2.13 1.42 1.32 2.44 1.65 2.24 2.01 1.99 1.82 2.44 2.28 1.65 1.44 2.68 1.82 1.98 2.91 2.39 2.38
C5 1.10 1.74 0.75 0.64 2.27 1.22 1.96 1.43 1.57 1.41 2.17 1.72 1.18 0.86 2.59 1.41 1.19 1.56 1.61 1.41
C5' 1.62 2.17 1.47 1.39 2.54 1.69 2.33 2.08 2.04 1.87 2.51 2.29 1.68 1.51 2.83 1.84 2.06 3.04 2.56 2.50
C6 0.91 1.61 0.56 0.55 2.25 1.11 1.95 1.35 1.51 1.29 2.09 1.56 1.09 0.98 2.59 1.28 1.09 1.41 1.50 1.32
C8 1.33 1.93 1.03 0.87 2.39 1.39 2.07 1.66 1.72 1.59 2.33 1.98 1.36 0.93 2.71 1.59 1.47 2.02 1.95 1.74
N1 0.81 1.50 0.49 0.53 2.10 1.06 1.87 1.31 1.47 1.21 1.94 1.44 1.08 1.07 2.37 1.24 1.07 1.36 1.42 1.30
N2 0.73 1.27 0.50 0.53 1.67 0.97 1.60 1.24 1.37 1.10 1.55 1.24 1.18 1.16 1.80 1.25 1.08 1.27 1.31 1.27
N3 1.16 1.64 0.80 0.66 1.97 1.21 1.77 1.35 1.52 1.40 1.92 1.62 1.23 0.83 2.12 1.46 1.14 1.39 1.42 1.28
N7 1.19 1.83 0.86 0.72 2.38 1.29 2.03 1.53 1.64 1.49 2.28 1.84 1.24 0.87 2.73 1.48 1.31 1.78 1.79 1.56
N9 1.37 1.92 1.08 0.91 2.29 1.42 2.01 1.66 1.71 1.60 2.27 1.99 1.41 0.95 2.54 1.62 1.47 1.97 1.87 1.70
O2' 1.64 1.97 1.53 1.47 2.09 1.70 2.01 1.90 1.89 1.77 2.12 2.15 1.80 1.65 2.22 1.88 1.88 2.59 2.03 2.13
O3' 1.58 1.97 1.38 1.35 2.19 1.65 2.08 1.95 1.90 1.75 2.18 2.12 1.60 1.57 2.37 1.82 1.94 2.88 2.20 2.32
O4' 1.58 2.20 1.37 1.23 2.54 1.63 2.27 1.99 1.99 1.85 2.55 2.33 1.62 1.28 2.80 1.80 1.90 2.68 2.36 2.25
O5' 1.63 2.24 1.44 1.31 2.73 1.61 2.52 1.98 2.17 1.95 2.63 2.31 1.65 1.42 3.05 1.82 2.03 3.06 2.54 2.49
O6 0.83 1.60 0.50 0.56 2.32 1.10 2.00 1.36 1.51 1.25 2.13 1.53 1.05 1.06 2.73 1.23 1.09 1.44 1.53 1.35
OP1 1.70 2.28 1.54 1.57 2.94 1.80 2.82 2.28 2.44 2.08 2.72 2.26 1.64 1.68 3.29 1.93 2.44 3.66 3.03 3.01
OP2 1.81 2.38 1.60 1.46 2.98 1.78 2.82 2.22 2.45 2.16 2.80 2.37 1.76 1.42 3.33 2.00 2.32 3.36 3.03 2.85
P 1.81 2.39 1.59 1.53 2.97 1.82 2.82 2.26 2.46 2.16 2.80 2.38 1.71 1.56 3.31 2.02 2.38 3.50 3.00 2.92

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.08 0.02 0.01 0.03 0.05 0.03 0.32 0.03 0.01 0.21 0.37 0.37 0.22
C2 0.03 0.00 0.19 0.25 0.01 0.09 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.22 0.02 0.14 0.27 0.53 0.63 0.25
C2' 0.01 0.19 0.00 0.01 0.07 0.02 0.14 0.20 0.17 0.04 0.15 0.32 0.01 0.03 0.09 0.02 0.42 0.53 0.63 0.53
C3' 0.02 0.25 0.01 0.00 0.39 0.01 0.40 0.03 0.34 0.23 0.33 0.20 0.02 0.01 0.42 0.02 0.14 0.30 0.47 0.22
C4 0.03 0.01 0.07 0.39 0.00 0.16 0.01 0.23 0.01 0.02 0.01 0.02 0.36 0.20 0.01 0.04 0.41 0.68 1.02 0.42
C4' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.16 0.00 0.23 0.01 0.22 0.10 0.11 0.16 0.30 0.03 0.18 0.01 0.02 0.21 0.31 0.06
C5 0.02 0.01 0.14 0.40 0.01 0.23 0.00 0.29 0.01 0.01 0.01 0.02 0.41 0.26 0.02 0.12 0.46 0.71 1.02 0.46
C5' 0.08 0.16 0.20 0.03 0.23 0.01 0.29 0.00 0.25 0.12 0.19 0.23 0.10 0.21 0.25 0.02 0.01 0.31 0.41 0.02
C6 0.02 0.01 0.17 0.34 0.01 0.22 0.01 0.25 0.00 0.01 0.01 0.02 0.37 0.20 0.02 0.16 0.39 0.62 0.75 0.35
N1 0.01 0.01 0.04 0.23 0.02 0.10 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.02 0.21 0.13 0.02 0.02 0.25 0.50 0.53 0.22
N3 0.03 0.01 0.15 0.33 0.01 0.11 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01 0.28 0.16 0.01 0.10 0.33 0.61 0.84 0.33
O2 0.05 0.01 0.32 0.20 0.02 0.16 0.02 0.23 0.02 0.02 0.01 0.00 0.27 0.39 0.02 0.25 0.27 0.50 0.56 0.26
O2' 0.03 0.22 0.01 0.02 0.36 0.30 0.41 0.10 0.37 0.21 0.28 0.27 0.00 0.07 0.38 0.21 0.32 0.49 0.67 0.48
O3' 0.32 0.22 0.03 0.01 0.20 0.03 0.26 0.21 0.20 0.13 0.16 0.39 0.07 0.00 0.25 0.22 0.27 0.64 0.64 0.36
O4 0.03 0.02 0.09 0.42 0.01 0.18 0.02 0.25 0.02 0.02 0.01 0.02 0.38 0.25 0.00 0.05 0.44 0.73 1.15 0.48
O4' 0.01 0.14 0.02 0.02 0.04 0.01 0.12 0.02 0.16 0.02 0.10 0.25 0.21 0.22 0.05 0.00 0.13 0.31 0.26 0.14
O5' 0.21 0.27 0.42 0.14 0.41 0.02 0.46 0.01 0.39 0.25 0.33 0.27 0.32 0.27 0.44 0.13 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.37 0.53 0.53 0.30 0.68 0.21 0.71 0.31 0.62 0.50 0.61 0.50 0.49 0.64 0.73 0.31 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.37 0.63 0.63 0.47 1.02 0.31 1.02 0.41 0.75 0.53 0.84 0.56 0.67 0.64 1.15 0.26 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.22 0.25 0.53 0.22 0.42 0.06 0.46 0.02 0.35 0.22 0.33 0.26 0.48 0.36 0.48 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00