ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 15889

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 64, 17, 27, 9, 1, 1, 8, 12, 24, 41, 25, 44, 64, 30, 49, 30, 4, 3, 21,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 B 0, 0.266, 0.646, 1.026, 1.980 max_d=1.980 avg_d=0.646 std_dev=0.380
C4 A 0, 0.101, 0.486, 0.871, 1.987 max_d=1.987 avg_d=0.486 std_dev=0.385
N1 A 0, 0.242, 0.644, 1.045, 2.752 max_d=2.752 avg_d=0.644 std_dev=0.402
N3 A 0, 0.217, 0.632, 1.047, 1.930 max_d=1.930 avg_d=0.632 std_dev=0.415
C5 A 0, 0.223, 0.677, 1.130, 3.137 max_d=3.137 avg_d=0.677 std_dev=0.453
C2 A 0, 0.218, 0.671, 1.125, 2.564 max_d=2.564 avg_d=0.671 std_dev=0.454
N9 A 0, 0.159, 0.635, 1.111, 2.500 max_d=2.500 avg_d=0.635 std_dev=0.476
C6 A 0, 0.247, 0.729, 1.210, 3.185 max_d=3.185 avg_d=0.729 std_dev=0.481
C1' A 0, 0.243, 0.795, 1.348, 2.946 max_d=2.946 avg_d=0.795 std_dev=0.552
C8 A 0, 0.291, 0.910, 1.530, 4.174 max_d=4.174 avg_d=0.910 std_dev=0.620
N7 A 0, 0.337, 0.991, 1.646, 4.516 max_d=4.516 avg_d=0.991 std_dev=0.654
N2 A 0, 0.341, 1.012, 1.683, 3.844 max_d=3.844 avg_d=1.012 std_dev=0.671
C2' A 0, 0.266, 0.945, 1.624, 3.257 max_d=3.257 avg_d=0.945 std_dev=0.679
C4 B 0, 0.434, 1.114, 1.793, 4.618 max_d=4.618 avg_d=1.114 std_dev=0.679
O6 A 0, 0.311, 1.008, 1.705, 4.091 max_d=4.091 avg_d=1.008 std_dev=0.697
C1' B 0, 0.567, 1.298, 2.030, 2.836 max_d=2.836 avg_d=1.298 std_dev=0.732
O4' A 0, 0.338, 1.072, 1.807, 3.810 max_d=3.810 avg_d=1.072 std_dev=0.735
C6 B 0, 0.523, 1.339, 2.155, 3.078 max_d=3.078 avg_d=1.339 std_dev=0.816
C4' A 0, 0.426, 1.250, 2.074, 4.164 max_d=4.164 avg_d=1.250 std_dev=0.824
C3' A 0, 0.384, 1.239, 2.094, 3.735 max_d=3.735 avg_d=1.239 std_dev=0.855
N3 B 0, 0.530, 1.403, 2.275, 4.313 max_d=4.313 avg_d=1.403 std_dev=0.872
C2 B 0, 0.413, 1.320, 2.228, 3.114 max_d=3.114 avg_d=1.320 std_dev=0.907
O2' A 0, 0.354, 1.308, 2.262, 5.355 max_d=5.355 avg_d=1.308 std_dev=0.954
C5 B 0, 0.622, 1.602, 2.581, 4.494 max_d=4.494 avg_d=1.602 std_dev=0.979
N4 B 0, 0.693, 1.747, 2.802, 6.492 max_d=6.492 avg_d=1.747 std_dev=1.055
O3' A 0, 0.530, 1.688, 2.845, 4.723 max_d=4.723 avg_d=1.688 std_dev=1.158
O4' B 0, 0.536, 1.747, 2.958, 5.019 max_d=5.019 avg_d=1.747 std_dev=1.211
C5' A 0, 0.382, 1.596, 2.811, 6.989 max_d=6.989 avg_d=1.596 std_dev=1.214
O5' A 0, 0.519, 1.891, 3.263, 8.039 max_d=8.039 avg_d=1.891 std_dev=1.372
C2' B 0, 1.002, 2.506, 4.009, 4.700 max_d=4.700 avg_d=2.506 std_dev=1.504
O2 B 0, 0.692, 2.396, 4.099, 5.172 max_d=5.172 avg_d=2.396 std_dev=1.704
C4' B 0, 1.032, 2.804, 4.576, 7.233 max_d=7.233 avg_d=2.804 std_dev=1.772
P A 0, 0.645, 2.488, 4.331, 10.712 max_d=10.712 avg_d=2.488 std_dev=1.843
O2' B 0, 1.242, 3.141, 5.039, 6.046 max_d=6.046 avg_d=3.141 std_dev=1.898
C3' B 0, 1.179, 3.145, 5.112, 6.818 max_d=6.818 avg_d=3.145 std_dev=1.967
OP2 A 0, 0.803, 2.775, 4.746, 12.278 max_d=12.278 avg_d=2.775 std_dev=1.972
OP1 A 0, 1.196, 3.168, 5.140, 10.689 max_d=10.689 avg_d=3.168 std_dev=1.972
C5' B 0, 1.413, 3.881, 6.348, 8.974 max_d=8.974 avg_d=3.881 std_dev=2.468
O5' B 0, 1.439, 4.091, 6.744, 8.908 max_d=8.908 avg_d=4.091 std_dev=2.653
O3' B 0, 1.631, 4.359, 7.088, 8.835 max_d=8.835 avg_d=4.359 std_dev=2.728
P B 0, 1.899, 5.520, 9.141, 11.098 max_d=11.098 avg_d=5.520 std_dev=3.621
OP2 B 0, 1.879, 5.594, 9.309, 12.124 max_d=12.124 avg_d=5.594 std_dev=3.715
OP1 B 0, 2.277, 6.589, 10.901, 13.257 max_d=13.257 avg_d=6.589 std_dev=4.312

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.06 0.03 0.02 0.04 0.06 0.05 0.02 0.01 0.02 0.14 0.01 0.21 0.03 0.45 0.35 0.23
C2 0.05 0.00 0.23 0.23 0.01 0.20 0.01 0.39 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.30 0.29 0.22 0.50 0.02 0.86 0.66 0.59
C2' 0.01 0.23 0.00 0.01 0.13 0.02 0.08 0.10 0.12 0.11 0.19 0.28 0.23 0.08 0.03 0.01 0.02 0.01 0.23 0.11 0.45 0.30 0.25
C3' 0.02 0.23 0.01 0.00 0.16 0.01 0.20 0.02 0.21 0.26 0.21 0.27 0.21 0.26 0.13 0.02 0.01 0.02 0.29 0.24 0.39 0.28 0.24
C4 0.02 0.01 0.13 0.16 0.00 0.09 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.18 0.16 0.11 0.42 0.02 0.74 0.51 0.45
C4' 0.01 0.20 0.02 0.01 0.09 0.00 0.09 0.01 0.10 0.20 0.15 0.26 0.19 0.17 0.07 0.15 0.02 0.00 0.02 0.12 0.24 0.29 0.08
C5 0.02 0.01 0.08 0.20 0.01 0.09 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.17 0.17 0.05 0.54 0.02 0.89 0.67 0.59
C5' 0.06 0.39 0.10 0.02 0.20 0.01 0.20 0.00 0.24 0.31 0.31 0.50 0.36 0.29 0.13 0.08 0.11 0.02 0.01 0.25 0.27 0.34 0.02
C6 0.03 0.01 0.12 0.21 0.01 0.10 0.01 0.24 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.21 0.21 0.09 0.54 0.01 0.94 0.71 0.61
C8 0.02 0.02 0.11 0.26 0.01 0.20 0.01 0.31 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.17 0.20 0.13 0.66 0.03 0.88 0.74 0.68
N1 0.04 0.01 0.19 0.21 0.01 0.15 0.01 0.31 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.26 0.25 0.17 0.51 0.02 0.90 0.67 0.58
N2 0.06 0.01 0.28 0.27 0.02 0.26 0.02 0.50 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.36 0.37 0.26 0.58 0.03 0.95 0.80 0.73
N3 0.05 0.01 0.23 0.21 0.01 0.19 0.01 0.36 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.28 0.27 0.22 0.45 0.02 0.76 0.57 0.51
N7 0.02 0.01 0.08 0.26 0.01 0.17 0.00 0.29 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.17 0.21 0.08 0.68 0.03 1.00 0.85 0.76
N9 0.01 0.02 0.03 0.13 0.01 0.07 0.01 0.13 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.10 0.08 0.02 0.41 0.02 0.66 0.47 0.41
O2' 0.02 0.30 0.01 0.02 0.18 0.15 0.17 0.08 0.21 0.17 0.26 0.36 0.28 0.17 0.10 0.00 0.06 0.11 0.11 0.21 0.39 0.29 0.17
O3' 0.14 0.29 0.02 0.01 0.16 0.02 0.17 0.11 0.21 0.20 0.25 0.37 0.27 0.21 0.08 0.06 0.00 0.10 0.29 0.23 0.52 0.35 0.30
O4' 0.01 0.22 0.01 0.02 0.11 0.00 0.05 0.02 0.09 0.13 0.17 0.26 0.22 0.08 0.02 0.11 0.10 0.00 0.18 0.08 0.37 0.41 0.23
O5' 0.21 0.50 0.23 0.29 0.42 0.02 0.54 0.01 0.54 0.66 0.51 0.58 0.45 0.68 0.41 0.11 0.29 0.18 0.00 0.61 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.11 0.24 0.02 0.12 0.02 0.25 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.21 0.23 0.08 0.61 0.00 1.03 0.82 0.70
OP1 0.45 0.86 0.45 0.39 0.74 0.24 0.89 0.27 0.94 0.88 0.90 0.95 0.76 1.00 0.66 0.39 0.52 0.37 0.02 1.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.35 0.66 0.30 0.28 0.51 0.29 0.67 0.34 0.71 0.74 0.67 0.80 0.57 0.85 0.47 0.29 0.35 0.41 0.02 0.82 0.02 0.00 0.01
P 0.23 0.59 0.25 0.24 0.45 0.08 0.59 0.02 0.61 0.68 0.58 0.73 0.51 0.76 0.41 0.17 0.30 0.23 0.01 0.70 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.16 1.43 1.32 1.42 1.32 1.56 1.17 1.95 1.11 1.13 1.51 1.42 1.74 1.64 1.78 1.30 1.77 2.43 1.83 2.03
C2 0.74 1.00 0.41 0.51 1.17 0.95 1.16 1.25 1.07 0.89 1.15 1.26 1.07 0.67 0.87 1.16 1.13 1.34 1.20 1.29
C2' 1.08 1.32 1.21 1.44 1.22 1.68 1.11 2.13 1.06 1.03 1.41 1.33 1.64 1.53 1.86 1.38 1.93 2.71 2.02 2.26
C3' 1.06 1.37 1.22 1.46 1.32 1.68 1.19 2.20 1.12 1.05 1.50 1.46 1.70 1.53 1.93 1.36 2.05 2.98 2.26 2.48
C4 0.92 1.18 0.78 0.88 1.25 1.22 1.16 1.51 1.07 1.00 1.31 1.35 1.34 0.92 1.11 1.19 1.33 1.72 1.37 1.50
C4' 1.23 1.58 1.48 1.63 1.52 1.70 1.36 2.20 1.27 1.24 1.72 1.68 1.92 1.83 2.11 1.38 2.09 3.01 2.31 2.50
C5 0.85 1.16 0.64 0.75 1.34 1.11 1.23 1.41 1.09 0.98 1.35 1.49 1.27 0.73 0.95 1.13 1.26 1.64 1.33 1.44
C5' 1.36 1.73 1.57 1.73 1.71 1.76 1.56 2.24 1.44 1.40 1.88 1.89 2.04 1.86 2.18 1.46 2.16 3.10 2.44 2.60
C6 0.74 1.08 0.44 0.56 1.35 0.98 1.26 1.29 1.10 0.92 1.31 1.53 1.13 0.57 0.81 1.09 1.16 1.46 1.27 1.35
C8 1.02 1.34 0.99 1.09 1.39 1.33 1.24 1.68 1.12 1.08 1.49 1.54 1.55 1.17 1.35 1.19 1.51 2.10 1.61 1.76
N1 0.70 1.02 0.39 0.50 1.29 0.93 1.24 1.25 1.09 0.89 1.24 1.44 1.07 0.63 0.85 1.10 1.15 1.40 1.25 1.34
N2 0.70 0.94 0.45 0.48 1.13 0.87 1.18 1.20 1.10 0.87 1.07 1.20 1.02 0.89 1.03 1.19 1.14 1.31 1.24 1.32
N3 0.88 1.09 0.68 0.78 1.14 1.16 1.09 1.42 1.04 0.95 1.18 1.21 1.22 0.84 1.03 1.22 1.25 1.53 1.26 1.38
N7 0.92 1.25 0.78 0.88 1.40 1.19 1.26 1.52 1.11 1.03 1.44 1.57 1.40 0.89 1.09 1.14 1.36 1.84 1.45 1.57
N9 1.04 1.32 1.04 1.14 1.31 1.38 1.18 1.72 1.10 1.07 1.43 1.42 1.55 1.26 1.42 1.23 1.54 2.08 1.59 1.76
O2' 1.18 1.42 1.42 1.68 1.32 1.83 1.20 2.30 1.16 1.13 1.51 1.43 1.74 1.78 2.20 1.48 2.11 2.95 2.20 2.46
O3' 1.09 1.43 1.23 1.56 1.41 1.79 1.29 2.38 1.21 1.10 1.60 1.59 1.77 1.52 2.12 1.47 2.25 3.32 2.53 2.77
O4' 1.31 1.66 1.53 1.60 1.56 1.63 1.38 2.06 1.30 1.32 1.76 1.69 1.98 1.87 2.00 1.35 1.93 2.71 2.07 2.25
O5' 1.36 1.69 1.51 1.66 1.69 1.72 1.55 2.17 1.44 1.40 1.83 1.84 1.98 1.72 2.05 1.47 2.09 2.96 2.35 2.49
O6 0.71 1.08 0.42 0.55 1.41 0.96 1.31 1.27 1.11 0.91 1.34 1.64 1.10 0.57 0.81 1.06 1.16 1.48 1.29 1.37
OP1 1.43 1.78 1.60 1.86 1.85 1.89 1.71 2.37 1.57 1.49 1.97 2.06 2.04 1.74 2.27 1.58 2.32 3.26 2.66 2.77
OP2 1.51 1.83 1.61 1.74 1.87 1.77 1.75 2.15 1.63 1.58 1.97 2.02 2.05 1.71 1.99 1.58 2.10 2.87 2.37 2.46
P 1.50 1.83 1.64 1.82 1.86 1.83 1.72 2.25 1.60 1.56 1.98 2.03 2.09 1.78 2.18 1.59 2.19 3.03 2.47 2.58

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.03 0.03 0.05 0.02 0.11 0.01 0.17 0.22 0.22 0.16
C2 0.03 0.00 0.11 0.14 0.01 0.06 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.15 0.14 0.05 0.32 0.34 0.45 0.33
C2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.07 0.02 0.11 0.08 0.12 0.03 0.09 0.08 0.22 0.01 0.02 0.01 0.17 0.27 0.24 0.18
C3' 0.02 0.14 0.01 0.00 0.20 0.01 0.24 0.02 0.23 0.12 0.16 0.22 0.20 0.02 0.01 0.02 0.15 0.27 0.20 0.16
C4 0.02 0.01 0.07 0.20 0.00 0.10 0.01 0.18 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.15 0.18 0.04 0.46 0.48 0.70 0.51
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.10 0.00 0.14 0.01 0.14 0.06 0.07 0.11 0.10 0.14 0.03 0.00 0.02 0.18 0.15 0.06
C5 0.02 0.01 0.11 0.24 0.01 0.14 0.00 0.22 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.15 0.24 0.07 0.49 0.51 0.72 0.55
C5' 0.04 0.13 0.08 0.02 0.18 0.01 0.22 0.00 0.20 0.10 0.15 0.20 0.17 0.08 0.09 0.02 0.01 0.16 0.18 0.02
C6 0.02 0.01 0.12 0.23 0.01 0.14 0.00 0.20 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.13 0.21 0.08 0.43 0.42 0.55 0.44
N1 0.01 0.01 0.03 0.12 0.02 0.06 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.09 0.08 0.02 0.31 0.31 0.39 0.30
N3 0.03 0.01 0.09 0.16 0.01 0.07 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.16 0.14 0.04 0.39 0.41 0.59 0.42
N4 0.03 0.02 0.08 0.22 0.01 0.11 0.02 0.20 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.17 0.21 0.04 0.49 0.55 0.79 0.58
O2 0.05 0.01 0.22 0.20 0.02 0.10 0.02 0.17 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.22 0.26 0.09 0.28 0.33 0.40 0.28
O2' 0.02 0.15 0.01 0.02 0.15 0.14 0.15 0.08 0.13 0.09 0.16 0.17 0.22 0.00 0.05 0.10 0.10 0.26 0.23 0.14
O3' 0.11 0.14 0.02 0.01 0.18 0.03 0.24 0.09 0.21 0.08 0.14 0.21 0.26 0.05 0.00 0.08 0.19 0.39 0.29 0.23
O4' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.04 0.00 0.07 0.02 0.08 0.02 0.04 0.04 0.09 0.10 0.08 0.00 0.15 0.22 0.21 0.17
O5' 0.17 0.32 0.17 0.15 0.46 0.02 0.49 0.01 0.43 0.31 0.39 0.49 0.28 0.10 0.19 0.15 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.22 0.34 0.27 0.27 0.48 0.18 0.51 0.16 0.42 0.31 0.41 0.55 0.33 0.26 0.39 0.22 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.22 0.45 0.24 0.20 0.70 0.15 0.72 0.18 0.55 0.39 0.59 0.79 0.40 0.23 0.29 0.21 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.16 0.33 0.18 0.16 0.51 0.06 0.55 0.02 0.44 0.30 0.42 0.58 0.28 0.14 0.23 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00