ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 15890

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 28, 15, 23, 0, 0, 0, 0, 15, 70, 38, 6, 1, 1, 17, 88, 42, 29, 24, 101,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.365, 0.706, 1.046, 2.245 max_d=2.245 avg_d=0.706 std_dev=0.341
C4 B 0, 0.295, 0.714, 1.132, 1.764 max_d=1.764 avg_d=0.714 std_dev=0.419
C4 A 0, 0.158, 0.610, 1.062, 2.054 max_d=2.054 avg_d=0.610 std_dev=0.452
N9 A 0, 0.427, 1.016, 1.606, 2.758 max_d=2.758 avg_d=1.016 std_dev=0.590
C2 A 0, 0.468, 1.069, 1.670, 2.356 max_d=2.356 avg_d=1.069 std_dev=0.601
N3 B 0, 0.583, 1.193, 1.804, 2.818 max_d=2.818 avg_d=1.193 std_dev=0.611
C5 A 0, 0.266, 0.922, 1.579, 2.931 max_d=2.931 avg_d=0.922 std_dev=0.656
C1' A 0, 0.552, 1.250, 1.947, 3.171 max_d=3.171 avg_d=1.250 std_dev=0.697
N1 A 0, 0.499, 1.231, 1.963, 2.838 max_d=2.838 avg_d=1.231 std_dev=0.732
C2' A 0, 0.669, 1.413, 2.156, 3.610 max_d=3.610 avg_d=1.413 std_dev=0.743
C5 B 0, 0.540, 1.341, 2.142, 3.639 max_d=3.639 avg_d=1.341 std_dev=0.801
C6 A 0, 0.319, 1.124, 1.928, 3.214 max_d=3.214 avg_d=1.124 std_dev=0.804
N9 B 0, 0.730, 1.554, 2.379, 3.433 max_d=3.433 avg_d=1.554 std_dev=0.824
N7 A 0, 0.522, 1.394, 2.267, 3.752 max_d=3.752 avg_d=1.394 std_dev=0.873
C8 A 0, 0.562, 1.441, 2.319, 3.514 max_d=3.514 avg_d=1.441 std_dev=0.878
C3' A 0, 1.038, 1.951, 2.865, 4.555 max_d=4.555 avg_d=1.951 std_dev=0.913
N2 A 0, 0.555, 1.536, 2.517, 3.985 max_d=3.985 avg_d=1.536 std_dev=0.981
N1 B 0, 0.693, 1.684, 2.675, 4.516 max_d=4.516 avg_d=1.684 std_dev=0.991
C6 B 0, 0.459, 1.452, 2.444, 4.831 max_d=4.831 avg_d=1.452 std_dev=0.993
C2 B 0, 0.654, 1.668, 2.682, 3.734 max_d=3.734 avg_d=1.668 std_dev=1.014
O2' A 0, 0.772, 1.820, 2.867, 4.400 max_d=4.400 avg_d=1.820 std_dev=1.048
C1' B 0, 0.924, 1.976, 3.027, 4.265 max_d=4.265 avg_d=1.976 std_dev=1.052
C4' A 0, 1.128, 2.194, 3.260, 4.827 max_d=4.827 avg_d=2.194 std_dev=1.066
O6 A 0, 0.436, 1.510, 2.584, 4.158 max_d=4.158 avg_d=1.510 std_dev=1.074
O4' A 0, 0.779, 1.874, 2.970, 4.688 max_d=4.688 avg_d=1.874 std_dev=1.096
O3' A 0, 1.106, 2.305, 3.505, 6.479 max_d=6.479 avg_d=2.305 std_dev=1.199
C2' B 0, 1.021, 2.358, 3.695, 5.750 max_d=5.750 avg_d=2.358 std_dev=1.337
N7 B 0, 1.116, 2.473, 3.831, 5.519 max_d=5.519 avg_d=2.473 std_dev=1.357
C8 B 0, 1.115, 2.487, 3.860, 5.046 max_d=5.046 avg_d=2.487 std_dev=1.373
N6 B 0, 0.903, 2.327, 3.751, 7.136 max_d=7.136 avg_d=2.327 std_dev=1.424
O2' B 0, 1.377, 2.968, 4.559, 6.365 max_d=6.365 avg_d=2.968 std_dev=1.591
O4' B 0, 1.033, 2.660, 4.288, 6.629 max_d=6.629 avg_d=2.660 std_dev=1.627
C5' A 0, 1.192, 2.930, 4.668, 6.921 max_d=6.921 avg_d=2.930 std_dev=1.738
C3' B 0, 1.265, 3.051, 4.836, 8.017 max_d=8.017 avg_d=3.051 std_dev=1.785
C4' B 0, 1.269, 3.234, 5.199, 8.504 max_d=8.504 avg_d=3.234 std_dev=1.965
O5' A 0, 0.999, 3.034, 5.070, 7.722 max_d=7.722 avg_d=3.034 std_dev=2.036
O3' B 0, 1.486, 3.751, 6.015, 10.071 max_d=10.071 avg_d=3.751 std_dev=2.264
C5' B 0, 1.433, 3.939, 6.446, 10.764 max_d=10.764 avg_d=3.939 std_dev=2.507
O5' B 0, 1.240, 3.799, 6.358, 11.185 max_d=11.185 avg_d=3.799 std_dev=2.559
OP1 A 0, 2.252, 5.009, 7.766, 11.251 max_d=11.251 avg_d=5.009 std_dev=2.757
P A 0, 1.073, 3.908, 6.744, 10.639 max_d=10.639 avg_d=3.908 std_dev=2.835
P B 0, 1.669, 4.831, 7.994, 13.763 max_d=13.763 avg_d=4.831 std_dev=3.163
OP2 B 0, 1.866, 5.031, 8.195, 14.509 max_d=14.509 avg_d=5.031 std_dev=3.164
OP2 A 0, 1.633, 4.983, 8.333, 12.559 max_d=12.559 avg_d=4.983 std_dev=3.350
OP1 B 0, 1.998, 5.549, 9.099, 15.358 max_d=15.358 avg_d=5.549 std_dev=3.551

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.09 0.02 0.02 0.04 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.29 0.01 0.28 0.02 0.45 0.44 0.30
C2 0.04 0.00 0.31 0.46 0.01 0.45 0.01 0.83 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.21 0.44 0.32 0.90 0.02 1.32 1.00 1.08
C2' 0.01 0.31 0.00 0.01 0.16 0.02 0.11 0.20 0.16 0.15 0.24 0.37 0.30 0.11 0.04 0.01 0.03 0.02 0.48 0.14 0.55 0.51 0.50
C3' 0.02 0.46 0.01 0.00 0.28 0.01 0.34 0.03 0.36 0.44 0.40 0.58 0.44 0.44 0.23 0.02 0.01 0.02 0.34 0.39 0.45 0.26 0.29
C4 0.02 0.01 0.16 0.28 0.00 0.19 0.00 0.36 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.19 0.19 0.17 0.50 0.01 0.88 0.73 0.56
C4' 0.01 0.45 0.02 0.01 0.19 0.00 0.12 0.01 0.17 0.33 0.32 0.58 0.43 0.26 0.09 0.28 0.03 0.01 0.02 0.15 0.22 0.26 0.05
C5 0.01 0.01 0.11 0.34 0.00 0.12 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.27 0.19 0.08 0.58 0.01 0.99 1.06 0.65
C5' 0.09 0.83 0.20 0.03 0.36 0.01 0.21 0.00 0.34 0.48 0.62 1.08 0.76 0.38 0.13 0.10 0.20 0.02 0.01 0.28 0.31 0.40 0.02
C6 0.02 0.01 0.16 0.36 0.01 0.17 0.01 0.34 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.28 0.24 0.14 0.60 0.01 1.10 1.06 0.71
C8 0.02 0.02 0.15 0.44 0.01 0.33 0.01 0.48 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.29 0.30 0.19 0.92 0.02 1.06 1.39 0.98
N1 0.04 0.01 0.24 0.40 0.01 0.32 0.01 0.62 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.23 0.32 0.25 0.73 0.01 1.23 0.97 0.89
N2 0.05 0.01 0.37 0.58 0.02 0.58 0.01 1.08 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.24 0.59 0.39 1.18 0.02 1.62 1.33 1.45
N3 0.04 0.01 0.30 0.44 0.00 0.43 0.01 0.76 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.18 0.42 0.32 0.80 0.01 1.13 0.83 0.92
N7 0.01 0.01 0.11 0.44 0.01 0.26 0.00 0.38 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.32 0.31 0.10 0.87 0.02 1.16 1.50 0.97
N9 0.01 0.02 0.04 0.23 0.01 0.09 0.01 0.13 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.18 0.13 0.01 0.48 0.02 0.71 0.78 0.49
O2' 0.02 0.21 0.01 0.02 0.19 0.28 0.27 0.10 0.28 0.29 0.23 0.24 0.18 0.32 0.18 0.00 0.06 0.20 0.29 0.32 0.36 0.47 0.36
O3' 0.29 0.44 0.03 0.01 0.19 0.03 0.19 0.20 0.24 0.30 0.32 0.59 0.42 0.31 0.13 0.06 0.00 0.21 0.31 0.27 0.62 0.34 0.32
O4' 0.01 0.32 0.02 0.02 0.17 0.01 0.08 0.02 0.14 0.19 0.25 0.39 0.32 0.10 0.01 0.20 0.21 0.00 0.23 0.11 0.36 0.42 0.26
O5' 0.28 0.90 0.48 0.34 0.50 0.02 0.58 0.01 0.60 0.92 0.73 1.18 0.80 0.87 0.48 0.29 0.31 0.23 0.00 0.64 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.14 0.39 0.01 0.15 0.01 0.28 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.32 0.27 0.11 0.64 0.00 1.17 1.25 0.76
OP1 0.45 1.32 0.55 0.45 0.88 0.22 0.99 0.31 1.10 1.06 1.23 1.62 1.13 1.16 0.71 0.36 0.62 0.36 0.02 1.17 0.00 0.01 0.01
OP2 0.44 1.00 0.51 0.26 0.73 0.26 1.06 0.40 1.06 1.39 0.97 1.33 0.83 1.50 0.78 0.47 0.34 0.42 0.02 1.25 0.01 0.00 0.01
P 0.30 1.08 0.50 0.29 0.56 0.05 0.65 0.02 0.71 0.98 0.89 1.45 0.92 0.97 0.49 0.36 0.32 0.26 0.01 0.76 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.09 1.55 1.09 1.32 1.17 1.64 1.39 2.06 1.49 1.55 1.55 1.32 1.66 1.64 1.16 1.62 1.63 1.50 1.98 2.59 2.33 2.35
C2 0.70 1.67 0.44 0.42 1.37 0.95 1.70 1.23 1.88 1.47 1.84 1.39 2.03 1.73 1.13 1.20 0.83 1.23 1.36 1.47 1.82 1.57
C2' 1.08 1.57 1.23 1.48 1.08 1.79 1.23 2.33 1.36 1.42 1.52 1.32 1.49 1.44 1.07 1.76 1.76 1.54 2.21 2.93 2.51 2.63
C3' 1.22 1.81 1.28 1.58 1.36 1.90 1.58 2.53 1.72 1.75 1.83 1.52 1.89 1.82 1.34 1.65 1.78 1.67 2.51 3.29 2.97 3.01
C4 0.89 1.52 0.70 0.82 1.31 1.27 1.70 1.57 1.85 1.65 1.74 1.24 2.09 1.89 1.20 1.33 1.10 1.37 1.58 1.86 1.96 1.82
C4' 1.20 1.86 1.28 1.60 1.38 1.84 1.62 2.41 1.77 1.78 1.88 1.55 1.98 1.89 1.34 1.65 1.90 1.58 2.42 3.27 2.99 2.96
C5 0.84 1.74 0.62 0.70 1.46 1.13 1.95 1.42 2.20 1.73 2.07 1.37 2.53 2.10 1.26 1.26 1.02 1.28 1.48 1.74 1.95 1.73
C5' 1.57 2.07 1.68 1.99 1.76 2.10 2.07 2.62 2.19 2.23 2.18 1.79 2.46 2.38 1.76 1.90 2.26 1.86 2.71 3.52 3.37 3.23
C6 0.74 1.98 0.48 0.49 1.58 0.95 2.09 1.23 2.43 1.70 2.34 1.54 2.78 2.14 1.26 1.16 0.89 1.17 1.35 1.55 1.94 1.60
C8 0.98 1.64 0.88 1.04 1.35 1.39 1.79 1.74 1.99 1.76 1.90 1.31 2.32 2.03 1.26 1.45 1.37 1.38 1.72 2.20 2.14 2.04
N1 0.69 2.01 0.44 0.41 1.57 0.88 1.99 1.16 2.30 1.58 2.27 1.61 2.54 1.98 1.21 1.15 0.86 1.13 1.32 1.48 1.92 1.57
N2 0.62 1.76 0.49 0.41 1.35 0.81 1.55 1.12 1.74 1.31 1.81 1.51 1.82 1.51 1.04 1.24 0.93 1.13 1.32 1.40 1.79 1.53
N3 0.83 1.37 0.61 0.69 1.21 1.22 1.51 1.50 1.60 1.49 1.52 1.15 1.76 1.66 1.12 1.29 0.95 1.39 1.53 1.70 1.85 1.73
N7 0.90 1.74 0.73 0.85 1.45 1.23 1.96 1.54 2.22 1.79 2.09 1.35 2.60 2.16 1.28 1.34 1.18 1.31 1.57 1.93 2.04 1.84
N9 1.00 1.53 0.90 1.08 1.26 1.45 1.62 1.80 1.75 1.67 1.69 1.26 1.99 1.86 1.21 1.47 1.38 1.43 1.77 2.22 2.13 2.07
O2' 1.13 1.73 1.37 1.65 1.11 1.88 1.13 2.46 1.32 1.27 1.61 1.48 1.36 1.24 1.04 1.88 1.98 1.54 2.32 3.18 2.60 2.78
O3' 1.32 2.01 1.34 1.69 1.45 2.07 1.59 2.79 1.78 1.73 1.99 1.69 1.90 1.76 1.39 1.61 1.83 1.80 2.73 3.65 3.22 3.34
O4' 1.14 1.76 1.13 1.41 1.34 1.68 1.60 2.15 1.73 1.74 1.79 1.49 1.95 1.88 1.29 1.58 1.76 1.50 2.12 2.83 2.60 2.56
O5' 1.84 2.21 1.91 2.23 2.09 2.25 2.47 2.71 2.57 2.61 2.43 1.96 2.89 2.81 2.11 1.96 2.42 2.09 2.87 3.52 3.48 3.29
O6 0.73 2.17 0.47 0.45 1.67 0.90 2.23 1.17 2.65 1.73 2.58 1.67 3.09 2.24 1.29 1.12 0.89 1.11 1.32 1.54 1.99 1.59
OP1 2.12 2.42 2.16 2.61 2.31 2.64 2.71 3.12 2.84 2.85 2.69 2.16 3.21 3.05 2.35 2.16 2.88 2.42 3.27 4.02 3.87 3.70
OP2 2.25 2.72 2.25 2.62 2.73 2.51 3.26 2.95 3.40 3.30 3.12 2.44 3.85 3.63 2.71 2.06 2.65 2.40 3.29 3.83 4.02 3.67
P 2.16 2.47 2.23 2.63 2.44 2.58 2.88 3.01 2.99 3.01 2.78 2.22 3.37 3.25 2.48 2.15 2.85 2.40 3.22 3.82 3.82 3.59

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.30 0.01 0.26 0.33 0.37 0.27
C2 0.03 0.00 0.38 0.35 0.01 0.44 0.01 0.82 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.34 0.30 0.42 0.83 1.23 1.35 1.07
C2' 0.00 0.38 0.00 0.00 0.20 0.02 0.10 0.21 0.18 0.20 0.29 0.37 0.13 0.12 0.03 0.00 0.03 0.02 0.40 0.57 0.64 0.53
C3' 0.01 0.35 0.00 0.00 0.26 0.01 0.33 0.03 0.34 0.41 0.34 0.33 0.38 0.42 0.23 0.02 0.01 0.02 0.24 0.44 0.40 0.28
C4 0.02 0.01 0.20 0.26 0.00 0.18 0.00 0.37 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.18 0.15 0.22 0.47 0.62 0.84 0.55
C4' 0.01 0.44 0.02 0.01 0.18 0.00 0.11 0.01 0.17 0.34 0.32 0.43 0.14 0.26 0.09 0.29 0.03 0.01 0.02 0.23 0.24 0.09
C5 0.01 0.01 0.10 0.33 0.00 0.11 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.26 0.15 0.10 0.54 0.63 1.03 0.63
C5' 0.08 0.82 0.21 0.03 0.37 0.01 0.23 0.00 0.37 0.45 0.64 0.76 0.30 0.36 0.13 0.10 0.21 0.02 0.01 0.19 0.28 0.02
C6 0.02 0.01 0.18 0.34 0.01 0.17 0.01 0.37 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.24 0.17 0.19 0.57 0.78 1.19 0.73
C8 0.01 0.01 0.20 0.41 0.01 0.34 0.01 0.45 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.45 0.21 0.23 0.83 0.77 1.07 0.89
N1 0.03 0.00 0.29 0.34 0.01 0.32 0.01 0.64 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.26 0.22 0.33 0.70 1.06 1.32 0.94
N3 0.03 0.00 0.37 0.33 0.00 0.43 0.01 0.76 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.34 0.31 0.42 0.74 1.04 1.10 0.90
N6 0.02 0.01 0.13 0.38 0.02 0.14 0.02 0.30 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.30 0.22 0.13 0.61 0.79 1.32 0.79
N7 0.01 0.01 0.12 0.42 0.01 0.26 0.00 0.36 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.42 0.23 0.13 0.79 0.80 1.24 0.90
N9 0.00 0.02 0.03 0.23 0.01 0.09 0.01 0.13 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.20 0.11 0.01 0.43 0.42 0.64 0.44
O2' 0.02 0.34 0.00 0.02 0.18 0.29 0.26 0.10 0.24 0.45 0.26 0.34 0.30 0.42 0.20 0.00 0.06 0.21 0.35 0.54 0.73 0.53
O3' 0.30 0.30 0.03 0.01 0.15 0.03 0.15 0.21 0.17 0.21 0.22 0.31 0.22 0.23 0.11 0.06 0.00 0.21 0.30 0.62 0.39 0.32
O4' 0.01 0.42 0.02 0.02 0.22 0.01 0.10 0.02 0.19 0.23 0.33 0.42 0.13 0.13 0.01 0.21 0.21 0.00 0.17 0.22 0.29 0.19
O5' 0.26 0.83 0.40 0.24 0.47 0.02 0.54 0.01 0.57 0.83 0.70 0.74 0.61 0.79 0.43 0.35 0.30 0.17 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.33 1.23 0.57 0.44 0.62 0.23 0.63 0.19 0.78 0.77 1.06 1.04 0.79 0.80 0.42 0.54 0.62 0.22 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.37 1.35 0.64 0.40 0.84 0.24 1.03 0.28 1.19 1.07 1.32 1.10 1.32 1.24 0.64 0.73 0.39 0.29 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.27 1.07 0.53 0.28 0.55 0.09 0.63 0.02 0.73 0.89 0.94 0.90 0.79 0.90 0.44 0.53 0.32 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00