ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 15891

back

Distances from reference structure (by RMSD)

23, 45, 43, 10, 1, 2, 7, 3, 2, 7, 18, 36, 14, 4, 18, 41, 32, 19, 61, 114,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.215, 0.681, 1.148, 2.111 max_d=2.111 avg_d=0.681 std_dev=0.467
N3 A 0, 0.158, 0.661, 1.163, 1.991 max_d=1.991 avg_d=0.661 std_dev=0.503
C4 A 0, 0.057, 0.644, 1.232, 2.391 max_d=2.391 avg_d=0.644 std_dev=0.588
C2 A 0, 0.083, 0.795, 1.507, 2.782 max_d=2.782 avg_d=0.795 std_dev=0.712
N9 A 0, 0.219, 0.946, 1.673, 2.903 max_d=2.903 avg_d=0.946 std_dev=0.727
C2' A 0, 0.273, 1.044, 1.814, 4.955 max_d=4.955 avg_d=1.044 std_dev=0.771
N3 B 0, 0.385, 1.160, 1.934, 2.664 max_d=2.664 avg_d=1.160 std_dev=0.774
C1' A 0, 0.323, 1.101, 1.878, 3.905 max_d=3.905 avg_d=1.101 std_dev=0.777
N1 A 0, 0.179, 0.965, 1.751, 3.216 max_d=3.216 avg_d=0.965 std_dev=0.786
C5 A 0, 0.231, 1.030, 1.829, 3.699 max_d=3.699 avg_d=1.030 std_dev=0.799
C5 B 0, 0.346, 1.184, 2.021, 3.005 max_d=3.005 avg_d=1.184 std_dev=0.838
C6 A 0, 0.226, 1.127, 2.028, 4.066 max_d=4.066 avg_d=1.127 std_dev=0.901
C3' A 0, 0.517, 1.446, 2.376, 4.953 max_d=4.953 avg_d=1.446 std_dev=0.929
O2' A 0, 0.491, 1.429, 2.368, 5.960 max_d=5.960 avg_d=1.429 std_dev=0.938
N9 B 0, 0.486, 1.450, 2.413, 2.976 max_d=2.976 avg_d=1.450 std_dev=0.964
N2 A 0, 0.228, 1.233, 2.239, 4.380 max_d=4.380 avg_d=1.233 std_dev=1.005
C8 A 0, 0.387, 1.415, 2.442, 3.924 max_d=3.924 avg_d=1.415 std_dev=1.027
N7 A 0, 0.443, 1.514, 2.584, 4.888 max_d=4.888 avg_d=1.514 std_dev=1.071
O6 A 0, 0.427, 1.586, 2.745, 5.533 max_d=5.533 avg_d=1.586 std_dev=1.159
C4' A 0, 0.460, 1.640, 2.819, 5.081 max_d=5.081 avg_d=1.640 std_dev=1.179
O3' A 0, 0.597, 1.777, 2.957, 5.868 max_d=5.868 avg_d=1.777 std_dev=1.180
O4' A 0, 0.298, 1.486, 2.675, 4.355 max_d=4.355 avg_d=1.486 std_dev=1.189
C1' B 0, 0.729, 1.967, 3.204, 4.054 max_d=4.054 avg_d=1.967 std_dev=1.237
C6 B 0, 0.249, 1.495, 2.741, 4.828 max_d=4.828 avg_d=1.495 std_dev=1.246
C2 B 0, 0.616, 1.869, 3.121, 4.291 max_d=4.291 avg_d=1.869 std_dev=1.253
N1 B 0, 0.485, 1.881, 3.277, 5.288 max_d=5.288 avg_d=1.881 std_dev=1.396
N7 B 0, 0.646, 2.095, 3.544, 4.984 max_d=4.984 avg_d=2.095 std_dev=1.449
C5' A 0, 0.454, 2.079, 3.703, 6.655 max_d=6.655 avg_d=2.079 std_dev=1.625
C2' B 0, 0.969, 2.625, 4.281, 5.798 max_d=5.798 avg_d=2.625 std_dev=1.656
O6 B 0, 0.543, 2.201, 3.858, 6.363 max_d=6.363 avg_d=2.201 std_dev=1.658
C8 B 0, 0.483, 2.146, 3.810, 5.073 max_d=5.073 avg_d=2.146 std_dev=1.664
O5' A 0, 0.740, 2.518, 4.296, 7.561 max_d=7.561 avg_d=2.518 std_dev=1.778
N2 B 0, 1.005, 2.967, 4.928, 6.318 max_d=6.318 avg_d=2.967 std_dev=1.962
O4' B 0, 0.919, 2.886, 4.854, 6.357 max_d=6.357 avg_d=2.886 std_dev=1.967
O2' B 0, 1.021, 3.047, 5.073, 6.635 max_d=6.635 avg_d=3.047 std_dev=2.026
OP2 A 0, 1.409, 3.603, 5.796, 12.104 max_d=12.104 avg_d=3.603 std_dev=2.194
P A 0, 1.009, 3.250, 5.491, 10.489 max_d=10.489 avg_d=3.250 std_dev=2.241
C3' B 0, 1.112, 3.423, 5.735, 8.316 max_d=8.316 avg_d=3.423 std_dev=2.312
C4' B 0, 1.044, 3.548, 6.052, 8.679 max_d=8.679 avg_d=3.548 std_dev=2.504
OP1 A 0, 1.087, 3.616, 6.144, 11.495 max_d=11.495 avg_d=3.616 std_dev=2.529
O3' B 0, 1.308, 4.170, 7.033, 9.380 max_d=9.380 avg_d=4.170 std_dev=2.863
C5' B 0, 0.987, 4.387, 7.786, 10.595 max_d=10.595 avg_d=4.387 std_dev=3.400
O5' B 0, 1.014, 4.443, 7.871, 11.234 max_d=11.234 avg_d=4.443 std_dev=3.428
OP2 B 0, 1.055, 5.363, 9.672, 15.005 max_d=15.005 avg_d=5.363 std_dev=4.309
P B 0, 1.057, 5.409, 9.760, 13.971 max_d=13.971 avg_d=5.409 std_dev=4.352
OP1 B 0, 1.365, 6.257, 11.149, 14.410 max_d=14.410 avg_d=6.257 std_dev=4.892

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.04 0.06 0.04 0.01 0.01 0.02 0.08 0.01 0.16 0.02 0.30 0.30 0.19
C2 0.04 0.00 0.20 0.22 0.01 0.11 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.19 0.26 0.11 0.38 0.02 0.52 0.51 0.42
C2' 0.01 0.20 0.00 0.01 0.10 0.02 0.07 0.06 0.10 0.10 0.15 0.24 0.19 0.07 0.03 0.01 0.02 0.01 0.24 0.09 0.33 0.27 0.22
C3' 0.02 0.22 0.01 0.00 0.14 0.01 0.15 0.02 0.18 0.18 0.20 0.25 0.20 0.17 0.10 0.02 0.01 0.02 0.31 0.18 0.34 0.25 0.24
C4 0.02 0.01 0.10 0.14 0.00 0.07 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.14 0.06 0.38 0.01 0.48 0.48 0.39
C4' 0.01 0.11 0.02 0.01 0.07 0.00 0.08 0.01 0.09 0.12 0.10 0.14 0.10 0.12 0.05 0.10 0.02 0.01 0.02 0.10 0.17 0.27 0.08
C5 0.02 0.01 0.07 0.15 0.01 0.08 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.15 0.04 0.48 0.01 0.59 0.62 0.50
C5' 0.04 0.21 0.06 0.02 0.16 0.01 0.20 0.00 0.22 0.22 0.21 0.24 0.19 0.24 0.13 0.08 0.06 0.02 0.01 0.24 0.18 0.30 0.02
C6 0.02 0.01 0.10 0.18 0.01 0.09 0.01 0.22 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.12 0.19 0.06 0.50 0.01 0.63 0.67 0.54
C8 0.02 0.01 0.10 0.18 0.01 0.12 0.01 0.22 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.10 0.18 0.07 0.49 0.03 0.56 0.55 0.48
N1 0.04 0.01 0.15 0.20 0.01 0.10 0.01 0.21 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.16 0.23 0.09 0.44 0.02 0.59 0.60 0.49
N2 0.06 0.01 0.24 0.25 0.01 0.14 0.01 0.24 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.24 0.32 0.13 0.37 0.03 0.53 0.51 0.43
N3 0.04 0.01 0.19 0.20 0.01 0.10 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.18 0.23 0.10 0.33 0.02 0.46 0.44 0.36
N7 0.01 0.01 0.07 0.17 0.01 0.12 0.00 0.24 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.10 0.18 0.04 0.54 0.03 0.65 0.69 0.57
N9 0.01 0.02 0.03 0.10 0.01 0.05 0.01 0.13 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.06 0.08 0.01 0.35 0.02 0.43 0.41 0.33
O2' 0.02 0.19 0.01 0.02 0.10 0.10 0.10 0.08 0.12 0.10 0.16 0.24 0.18 0.10 0.06 0.00 0.05 0.08 0.10 0.12 0.28 0.27 0.16
O3' 0.08 0.26 0.02 0.01 0.14 0.02 0.15 0.06 0.19 0.18 0.23 0.32 0.23 0.18 0.08 0.05 0.00 0.06 0.28 0.20 0.43 0.29 0.27
O4' 0.01 0.11 0.01 0.02 0.06 0.01 0.04 0.02 0.06 0.07 0.09 0.13 0.10 0.04 0.01 0.08 0.06 0.00 0.12 0.05 0.27 0.36 0.20
O5' 0.16 0.38 0.24 0.31 0.38 0.02 0.48 0.01 0.50 0.49 0.44 0.37 0.33 0.54 0.35 0.10 0.28 0.12 0.00 0.54 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.09 0.18 0.01 0.10 0.01 0.24 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.12 0.20 0.05 0.54 0.00 0.70 0.76 0.61
OP1 0.30 0.52 0.33 0.34 0.48 0.17 0.59 0.18 0.63 0.56 0.59 0.53 0.46 0.65 0.43 0.28 0.43 0.27 0.02 0.70 0.00 0.01 0.01
OP2 0.30 0.51 0.27 0.25 0.48 0.27 0.62 0.30 0.67 0.55 0.60 0.51 0.44 0.69 0.41 0.27 0.29 0.36 0.02 0.76 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.42 0.22 0.24 0.39 0.08 0.50 0.02 0.54 0.48 0.49 0.43 0.36 0.57 0.33 0.16 0.27 0.20 0.01 0.61 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 1.03 2.32 1.23 1.24 1.52 1.41 1.60 1.69 2.00 1.11 2.33 2.70 1.88 1.31 1.12 1.67 1.47 1.23 1.51 2.06 2.07 1.55 1.73
C2 0.68 1.69 0.42 0.52 1.36 1.08 1.72 1.44 1.97 1.42 1.92 1.79 1.35 1.70 1.09 1.09 0.89 1.30 1.36 2.12 1.56 1.56 1.57
C2' 0.94 2.10 1.33 1.45 1.30 1.60 1.37 1.93 1.75 1.00 2.10 2.54 1.66 1.13 0.96 1.79 1.79 1.26 1.71 1.81 2.30 1.71 1.95
C3' 0.93 2.17 1.36 1.51 1.32 1.62 1.44 1.99 1.87 1.05 2.22 2.64 1.67 1.21 0.96 1.83 1.90 1.25 1.80 1.98 2.48 1.86 2.10
C4 0.84 2.04 0.76 0.84 1.41 1.25 1.69 1.53 2.09 1.24 2.24 2.26 1.58 1.52 1.05 1.25 1.02 1.29 1.36 2.25 1.71 1.47 1.56
C4' 1.00 2.43 1.40 1.45 1.55 1.49 1.68 1.86 2.14 1.15 2.49 2.90 1.92 1.38 1.12 1.85 1.82 1.16 1.71 2.25 2.47 1.85 2.05
C5 0.79 2.12 0.64 0.73 1.50 1.18 1.89 1.49 2.38 1.38 2.45 2.32 1.60 1.76 1.11 1.15 0.95 1.26 1.36 2.65 1.71 1.56 1.60
C5' 1.00 2.48 1.40 1.46 1.57 1.48 1.73 1.86 2.24 1.17 2.60 2.97 1.93 1.44 1.13 1.84 1.83 1.16 1.73 2.40 2.52 1.91 2.09
C6 0.72 2.05 0.45 0.55 1.54 1.08 2.05 1.45 2.51 1.56 2.45 2.21 1.55 2.00 1.17 1.03 0.88 1.24 1.38 2.85 1.69 1.69 1.66
C8 0.93 2.34 0.96 1.00 1.54 1.30 1.81 1.58 2.32 1.24 2.57 2.69 1.80 1.57 1.11 1.41 1.21 1.24 1.41 2.54 1.90 1.53 1.64
N1 0.68 1.90 0.38 0.48 1.51 1.03 2.00 1.44 2.34 1.60 2.24 2.01 1.47 2.00 1.18 1.03 0.90 1.25 1.39 2.62 1.66 1.72 1.68
N2 0.64 1.48 0.44 0.46 1.29 0.97 1.61 1.42 1.73 1.49 1.65 1.57 1.24 1.69 1.11 1.16 1.01 1.29 1.39 1.86 1.52 1.62 1.62
N3 0.79 1.77 0.65 0.75 1.29 1.23 1.52 1.50 1.81 1.20 1.91 1.93 1.42 1.41 1.00 1.20 0.95 1.33 1.34 1.91 1.60 1.42 1.51
N7 0.85 2.27 0.78 0.85 1.54 1.22 1.91 1.52 2.45 1.34 2.60 2.55 1.71 1.73 1.12 1.25 1.05 1.24 1.37 2.75 1.80 1.56 1.62
N9 0.94 2.24 1.00 1.04 1.48 1.33 1.67 1.60 2.11 1.16 2.37 2.56 1.75 1.42 1.08 1.45 1.23 1.26 1.42 2.24 1.88 1.49 1.62
O2' 1.00 2.20 1.47 1.59 1.42 1.63 1.46 1.98 1.81 1.09 2.16 2.63 1.79 1.21 1.06 1.88 2.01 1.22 1.78 1.84 2.42 1.77 2.04
O3' 0.97 2.14 1.45 1.67 1.28 1.76 1.43 2.17 1.86 1.11 2.21 2.65 1.62 1.24 0.98 1.89 2.16 1.34 1.97 1.99 2.72 2.05 2.31
O4' 1.08 2.54 1.31 1.29 1.67 1.38 1.77 1.70 2.23 1.19 2.59 2.99 2.05 1.44 1.22 1.74 1.56 1.19 1.55 2.32 2.23 1.66 1.83
O5' 1.00 2.56 1.29 1.38 1.61 1.50 1.82 1.86 2.38 1.22 2.72 3.05 1.95 1.52 1.15 1.72 1.71 1.23 1.70 2.57 2.43 1.87 2.03
O6 0.71 2.13 0.41 0.51 1.61 1.04 2.17 1.45 2.68 1.66 2.59 2.30 1.60 2.16 1.22 0.98 0.88 1.21 1.40 3.12 1.75 1.79 1.74
OP1 0.96 2.53 1.34 1.47 1.57 1.51 1.81 1.91 2.40 1.22 2.74 3.03 1.90 1.53 1.11 1.78 1.85 1.17 1.77 2.65 2.58 1.99 2.15
OP2 1.08 2.58 1.25 1.34 1.68 1.50 1.93 1.85 2.50 1.35 2.81 3.05 1.97 1.67 1.24 1.63 1.59 1.32 1.72 2.77 2.37 1.93 2.04
P 1.03 2.60 1.30 1.38 1.66 1.47 1.89 1.83 2.47 1.28 2.81 3.09 1.98 1.60 1.19 1.70 1.69 1.23 1.70 2.71 2.43 1.91 2.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.09 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.25 0.01 0.23 0.03 0.39 0.42 0.24
C2 0.04 0.00 0.41 0.38 0.01 0.21 0.01 0.39 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.28 0.33 0.32 0.59 0.02 0.75 0.96 0.67
C2' 0.01 0.41 0.00 0.01 0.21 0.02 0.12 0.19 0.19 0.20 0.32 0.49 0.40 0.12 0.04 0.01 0.05 0.02 0.35 0.16 0.49 0.66 0.49
C3' 0.02 0.38 0.01 0.00 0.31 0.01 0.35 0.02 0.39 0.30 0.40 0.41 0.34 0.35 0.22 0.03 0.01 0.02 0.19 0.41 0.30 0.48 0.25
C4 0.02 0.01 0.21 0.31 0.00 0.10 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.13 0.20 0.17 0.47 0.02 0.58 0.73 0.45
C4' 0.01 0.21 0.02 0.01 0.10 0.00 0.11 0.01 0.12 0.23 0.16 0.28 0.20 0.20 0.08 0.27 0.03 0.01 0.02 0.13 0.27 0.32 0.12
C5 0.02 0.01 0.12 0.35 0.01 0.11 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.22 0.23 0.09 0.55 0.02 0.67 0.94 0.55
C5' 0.09 0.39 0.19 0.02 0.22 0.01 0.22 0.00 0.25 0.31 0.32 0.49 0.36 0.29 0.15 0.11 0.19 0.02 0.01 0.26 0.28 0.29 0.02
C6 0.02 0.01 0.19 0.39 0.01 0.12 0.01 0.25 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.19 0.28 0.15 0.58 0.01 0.71 1.06 0.61
C8 0.02 0.01 0.20 0.30 0.01 0.23 0.01 0.31 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.38 0.20 0.18 0.61 0.03 0.71 0.84 0.58
N1 0.03 0.01 0.32 0.40 0.01 0.16 0.01 0.32 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.19 0.31 0.25 0.58 0.01 0.73 1.02 0.64
N2 0.05 0.01 0.49 0.41 0.02 0.28 0.02 0.49 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.40 0.40 0.39 0.68 0.03 0.89 1.10 0.83
N3 0.04 0.01 0.40 0.34 0.01 0.20 0.01 0.36 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.27 0.30 0.31 0.54 0.02 0.67 0.81 0.58
N7 0.01 0.02 0.12 0.35 0.01 0.20 0.00 0.29 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.36 0.25 0.10 0.65 0.03 0.78 1.06 0.67
N9 0.01 0.02 0.04 0.22 0.01 0.08 0.01 0.15 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.17 0.12 0.02 0.40 0.02 0.51 0.58 0.35
O2' 0.02 0.28 0.01 0.03 0.13 0.27 0.22 0.11 0.19 0.38 0.19 0.40 0.27 0.36 0.17 0.00 0.08 0.19 0.25 0.24 0.42 0.75 0.45
O3' 0.25 0.33 0.05 0.01 0.20 0.03 0.23 0.19 0.28 0.20 0.31 0.40 0.30 0.25 0.12 0.08 0.00 0.19 0.25 0.31 0.55 0.53 0.33
O4' 0.01 0.32 0.02 0.02 0.17 0.01 0.09 0.02 0.15 0.18 0.25 0.39 0.31 0.10 0.02 0.19 0.19 0.00 0.21 0.12 0.35 0.35 0.19
O5' 0.23 0.59 0.35 0.19 0.47 0.02 0.55 0.01 0.58 0.61 0.58 0.68 0.54 0.65 0.40 0.25 0.25 0.21 0.00 0.63 0.03 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.16 0.41 0.02 0.13 0.02 0.26 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.24 0.31 0.12 0.63 0.00 0.77 1.20 0.69
OP1 0.39 0.75 0.49 0.30 0.58 0.27 0.67 0.28 0.71 0.71 0.73 0.89 0.67 0.78 0.51 0.42 0.55 0.35 0.03 0.77 0.00 0.02 0.01
OP2 0.42 0.96 0.66 0.48 0.73 0.32 0.94 0.29 1.06 0.84 1.02 1.10 0.81 1.06 0.58 0.75 0.53 0.35 0.02 1.20 0.02 0.00 0.01
P 0.24 0.67 0.49 0.25 0.45 0.12 0.55 0.02 0.61 0.58 0.64 0.83 0.58 0.67 0.35 0.45 0.33 0.19 0.01 0.69 0.01 0.01 0.00