ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 15957

back

Distances from reference structure (by RMSD)

48, 229, 113, 29, 20, 16, 44, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N7 A 0, 0.753, 2.470, 4.188, 4.222 max_d=4.222 avg_d=2.470 std_dev=1.717
N7 B 0, 0.762, 2.497, 4.233, 4.256 max_d=4.256 avg_d=2.497 std_dev=1.736
N6 B 0, 1.004, 3.002, 5.000, 4.949 max_d=4.949 avg_d=3.002 std_dev=1.998
N6 A 0, 1.001, 3.056, 5.111, 5.111 max_d=5.111 avg_d=3.056 std_dev=2.055
C5 B 0, 0.827, 3.154, 5.481, 5.249 max_d=5.249 avg_d=3.154 std_dev=2.327
C5 A 0, 0.827, 3.164, 5.502, 5.268 max_d=5.268 avg_d=3.164 std_dev=2.338
C6 B 0, 0.967, 3.447, 5.926, 5.677 max_d=5.677 avg_d=3.447 std_dev=2.480
C6 A 0, 0.964, 3.484, 6.005, 5.806 max_d=5.806 avg_d=3.484 std_dev=2.521
C8 A 0, 1.043, 3.974, 6.904, 6.736 max_d=6.736 avg_d=3.974 std_dev=2.931
C8 B 0, 1.067, 4.019, 6.971, 6.758 max_d=6.758 avg_d=4.019 std_dev=2.952
C4 A 0, 1.052, 4.716, 8.380, 7.912 max_d=7.912 avg_d=4.716 std_dev=3.664
C4 B 0, 1.049, 4.713, 8.377, 7.921 max_d=7.921 avg_d=4.713 std_dev=3.664
N1 B 0, 1.285, 5.076, 8.866, 8.338 max_d=8.338 avg_d=5.076 std_dev=3.791
N1 A 0, 1.297, 5.119, 8.942, 8.493 max_d=8.493 avg_d=5.119 std_dev=3.823
N9 A 0, 1.231, 5.119, 9.008, 8.537 max_d=8.537 avg_d=5.119 std_dev=3.888
N9 B 0, 1.250, 5.150, 9.050, 8.626 max_d=8.626 avg_d=5.150 std_dev=3.900
C2 B 0, 1.409, 6.038, 10.668, 9.911 max_d=9.911 avg_d=6.038 std_dev=4.630
C2 A 0, 1.423, 6.072, 10.720, 10.047 max_d=10.047 avg_d=6.072 std_dev=4.649
OP2 A 0, 3.288, 7.967, 12.645, 13.797 max_d=13.797 avg_d=7.967 std_dev=4.678
N3 B 0, 1.362, 6.061, 10.760, 10.046 max_d=10.046 avg_d=6.061 std_dev=4.699
N3 A 0, 1.377, 6.078, 10.780, 10.080 max_d=10.080 avg_d=6.078 std_dev=4.701
OP1 B 0, 3.864, 8.595, 13.325, 14.911 max_d=14.911 avg_d=8.595 std_dev=4.731
P B 0, 3.648, 8.694, 13.739, 14.632 max_d=14.632 avg_d=8.694 std_dev=5.046
P A 0, 3.117, 8.229, 13.340, 14.125 max_d=14.125 avg_d=8.229 std_dev=5.111
C1' A 0, 1.728, 6.907, 12.087, 11.377 max_d=11.377 avg_d=6.907 std_dev=5.179
C1' B 0, 1.759, 6.957, 12.155, 11.497 max_d=11.497 avg_d=6.957 std_dev=5.198
O5' B 0, 3.494, 8.721, 13.949, 14.698 max_d=14.698 avg_d=8.721 std_dev=5.227
OP2 B 0, 4.188, 9.430, 14.672, 15.845 max_d=15.845 avg_d=9.430 std_dev=5.242
O4' B 0, 2.287, 7.552, 12.817, 12.231 max_d=12.231 avg_d=7.552 std_dev=5.265
O4' A 0, 2.007, 7.338, 12.670, 12.124 max_d=12.124 avg_d=7.338 std_dev=5.332
O5' A 0, 2.691, 8.042, 13.393, 14.396 max_d=14.396 avg_d=8.042 std_dev=5.351
OP1 A 0, 3.572, 9.221, 14.870, 16.838 max_d=16.838 avg_d=9.221 std_dev=5.649
C2' B 0, 2.158, 8.023, 13.889, 13.012 max_d=13.012 avg_d=8.023 std_dev=5.866
C2' A 0, 2.207, 8.074, 13.940, 13.164 max_d=13.164 avg_d=8.074 std_dev=5.866
C5' B 0, 3.379, 9.601, 15.824, 15.654 max_d=15.654 avg_d=9.601 std_dev=6.223
O2' B 0, 2.910, 9.143, 15.375, 14.589 max_d=14.589 avg_d=9.143 std_dev=6.232
C4' B 0, 2.918, 9.160, 15.401, 14.795 max_d=14.795 avg_d=9.160 std_dev=6.242
C3' A 0, 2.561, 8.848, 15.135, 14.437 max_d=14.437 avg_d=8.848 std_dev=6.287
C5' A 0, 2.763, 9.073, 15.383, 15.103 max_d=15.103 avg_d=9.073 std_dev=6.310
C4' A 0, 2.384, 8.752, 15.119, 14.338 max_d=14.338 avg_d=8.752 std_dev=6.368
C3' B 0, 2.787, 9.246, 15.705, 15.525 max_d=15.525 avg_d=9.246 std_dev=6.459
O2' A 0, 2.871, 9.455, 16.039, 15.399 max_d=15.399 avg_d=9.455 std_dev=6.584
O3' A 0, 3.220, 10.300, 17.380, 16.799 max_d=16.799 avg_d=10.300 std_dev=7.080
O3' B 0, 3.394, 10.524, 17.653, 16.992 max_d=16.992 avg_d=10.524 std_dev=7.130

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.08 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.03 0.38 0.01 0.22 0.78 0.29 0.25
C2 0.04 0.00 0.33 0.30 0.01 0.28 0.01 0.50 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.47 0.45 0.29 0.45 1.00 0.96 0.59
C2' 0.01 0.33 0.00 0.00 0.17 0.02 0.10 0.23 0.16 0.16 0.26 0.32 0.12 0.10 0.03 0.00 0.04 0.02 0.52 0.91 0.59 0.61
C3' 0.02 0.30 0.00 0.00 0.27 0.01 0.37 0.03 0.37 0.44 0.33 0.27 0.43 0.46 0.26 0.02 0.01 0.02 0.27 0.58 0.35 0.30
C4 0.02 0.01 0.17 0.27 0.00 0.13 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.34 0.25 0.15 0.29 0.98 0.67 0.32
C4' 0.01 0.28 0.02 0.01 0.13 0.00 0.15 0.01 0.16 0.29 0.21 0.27 0.17 0.26 0.11 0.33 0.04 0.01 0.02 0.30 0.23 0.08
C5 0.01 0.01 0.10 0.37 0.00 0.15 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.39 0.16 0.07 0.42 1.15 0.90 0.46
C5' 0.08 0.50 0.23 0.03 0.22 0.01 0.20 0.00 0.25 0.40 0.39 0.47 0.26 0.36 0.12 0.11 0.24 0.02 0.01 0.23 0.40 0.02
C6 0.02 0.01 0.16 0.37 0.01 0.16 0.01 0.25 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.44 0.20 0.13 0.42 1.12 0.99 0.47
C8 0.02 0.02 0.16 0.44 0.01 0.29 0.01 0.40 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.37 0.23 0.18 0.65 1.33 0.92 0.70
N1 0.03 0.00 0.26 0.33 0.01 0.21 0.01 0.39 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.46 0.32 0.23 0.41 1.04 0.98 0.51
N3 0.04 0.01 0.32 0.27 0.01 0.27 0.01 0.47 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.43 0.47 0.29 0.40 0.93 0.80 0.50
N6 0.02 0.01 0.12 0.43 0.01 0.17 0.02 0.26 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.46 0.21 0.09 0.50 1.22 1.15 0.57
N7 0.01 0.01 0.10 0.46 0.01 0.26 0.00 0.36 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.41 0.24 0.11 0.64 1.38 1.12 0.72
N9 0.01 0.02 0.03 0.26 0.01 0.11 0.01 0.12 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.23 0.16 0.02 0.32 0.99 0.53 0.33
O2' 0.03 0.47 0.00 0.02 0.34 0.33 0.39 0.11 0.44 0.37 0.46 0.43 0.46 0.41 0.23 0.00 0.07 0.24 0.45 0.85 0.69 0.56
O3' 0.38 0.45 0.04 0.01 0.25 0.04 0.16 0.24 0.20 0.23 0.32 0.47 0.21 0.24 0.16 0.07 0.00 0.26 0.33 0.62 0.42 0.36
O4' 0.01 0.29 0.02 0.02 0.15 0.01 0.07 0.02 0.13 0.18 0.23 0.29 0.09 0.11 0.02 0.24 0.26 0.00 0.09 0.62 0.24 0.19
O5' 0.22 0.45 0.52 0.27 0.29 0.02 0.42 0.01 0.42 0.65 0.41 0.40 0.50 0.64 0.32 0.45 0.33 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.78 1.00 0.91 0.58 0.98 0.30 1.15 0.23 1.12 1.33 1.04 0.93 1.22 1.38 0.99 0.85 0.62 0.62 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.29 0.96 0.59 0.35 0.67 0.23 0.90 0.40 0.99 0.92 0.98 0.80 1.15 1.12 0.53 0.69 0.42 0.24 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.25 0.59 0.61 0.30 0.32 0.08 0.46 0.02 0.47 0.70 0.51 0.50 0.57 0.72 0.33 0.56 0.36 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.22 0.24 0.22 0.56 0.19 0.35 0.18 0.53 0.21 0.22 0.25 0.21 0.22 0.19 0.20 0.50 0.40 0.28 0.87 1.57 1.85 1.12
C2 0.27 0.16 0.33 0.81 0.17 0.69 0.16 1.03 0.16 0.25 0.16 0.16 0.19 0.20 0.23 0.45 0.72 0.46 1.44 2.19 2.43 1.90
C2' 0.26 0.34 0.27 0.61 0.26 0.36 0.25 0.50 0.30 0.25 0.36 0.30 0.31 0.23 0.25 0.56 0.52 0.31 0.85 1.53 1.87 1.09
C3' 0.66 0.80 0.68 0.56 0.70 0.57 0.69 0.59 0.75 0.61 0.80 0.75 0.76 0.62 0.66 1.05 0.60 0.66 0.71 1.51 1.57 0.89
C4 0.21 0.16 0.24 0.66 0.15 0.46 0.15 0.69 0.16 0.22 0.17 0.15 0.19 0.18 0.19 0.46 0.52 0.30 1.09 1.82 2.06 1.42
C4' 0.42 0.60 0.40 0.45 0.47 0.39 0.45 0.47 0.53 0.37 0.61 0.53 0.54 0.37 0.41 0.76 0.39 0.46 0.65 1.41 1.59 0.82
C5 0.21 0.15 0.24 0.65 0.16 0.45 0.15 0.67 0.15 0.21 0.16 0.15 0.18 0.19 0.19 0.46 0.51 0.29 1.07 1.81 2.00 1.37
C5' 0.59 0.87 0.55 0.50 0.68 0.52 0.64 0.56 0.76 0.50 0.88 0.78 0.77 0.51 0.59 0.91 0.52 0.62 0.61 1.36 1.47 0.70
C6 0.25 0.16 0.31 0.76 0.18 0.60 0.16 0.89 0.16 0.24 0.16 0.17 0.19 0.20 0.22 0.45 0.64 0.39 1.31 2.05 2.26 1.69
C8 0.22 0.22 0.21 0.51 0.20 0.30 0.19 0.44 0.20 0.22 0.23 0.21 0.21 0.21 0.21 0.52 0.34 0.27 0.76 1.49 1.68 0.95
N1 0.28 0.17 0.36 0.84 0.19 0.73 0.17 1.09 0.17 0.26 0.17 0.18 0.19 0.21 0.24 0.46 0.75 0.49 1.50 2.25 2.50 1.97
N3 0.23 0.15 0.28 0.74 0.15 0.57 0.15 0.86 0.15 0.23 0.17 0.15 0.19 0.19 0.20 0.45 0.62 0.37 1.26 2.00 2.25 1.66
N6 0.27 0.19 0.33 0.79 0.21 0.64 0.19 0.93 0.19 0.26 0.19 0.20 0.21 0.21 0.24 0.46 0.67 0.43 1.36 2.09 2.23 1.71
N7 0.21 0.18 0.21 0.55 0.18 0.32 0.17 0.46 0.17 0.22 0.18 0.18 0.19 0.20 0.20 0.50 0.37 0.25 0.82 1.57 1.70 1.03
N9 0.21 0.20 0.21 0.58 0.17 0.36 0.17 0.53 0.18 0.21 0.21 0.18 0.20 0.19 0.19 0.49 0.41 0.27 0.90 1.62 1.86 1.16
O2' 0.48 0.52 0.56 1.01 0.47 0.69 0.46 0.86 0.49 0.49 0.53 0.49 0.50 0.47 0.47 0.57 0.92 0.50 1.25 1.65 2.34 1.49
O3' 0.50 0.75 0.56 0.53 0.58 0.47 0.55 0.56 0.66 0.43 0.77 0.67 0.68 0.44 0.49 0.96 0.54 0.51 0.79 1.41 1.82 1.01
O4' 0.30 0.42 0.25 0.51 0.31 0.37 0.28 0.50 0.35 0.25 0.43 0.37 0.36 0.24 0.28 0.54 0.33 0.37 0.76 1.47 1.70 0.97
O5' 0.91 1.14 0.86 0.74 0.99 0.83 0.96 0.83 1.06 0.81 1.16 1.07 1.07 0.82 0.90 1.22 0.81 0.93 0.79 1.50 1.42 0.83
OP1 1.66 1.90 1.59 1.61 1.74 1.61 1.71 1.60 1.81 1.57 1.91 1.83 1.80 1.59 1.66 1.67 1.50 1.66 1.63 1.58 2.22 1.59
OP2 1.78 2.11 1.73 1.50 1.89 1.65 1.84 1.62 2.00 1.62 2.15 2.01 1.97 1.63 1.77 2.12 1.69 1.77 1.47 2.17 1.43 1.45
P 1.19 1.54 1.11 0.96 1.30 1.08 1.25 1.06 1.40 1.03 1.56 1.44 1.37 1.04 1.18 1.45 1.05 1.20 0.95 1.53 1.41 0.92

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.36 0.01 0.23 0.80 0.24 0.31
C2 0.03 0.00 0.27 0.29 0.01 0.35 0.01 0.70 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.33 0.37 0.26 0.82 1.22 1.38 0.98
C2' 0.01 0.27 0.00 0.01 0.14 0.02 0.08 0.22 0.13 0.14 0.21 0.27 0.10 0.08 0.03 0.00 0.03 0.02 0.50 0.81 0.46 0.56
C3' 0.01 0.29 0.01 0.00 0.27 0.01 0.38 0.02 0.37 0.46 0.32 0.26 0.43 0.49 0.27 0.02 0.01 0.02 0.22 0.42 0.31 0.23
C4 0.02 0.01 0.14 0.27 0.00 0.16 0.00 0.31 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.30 0.20 0.14 0.42 1.03 0.80 0.44
C4' 0.01 0.35 0.02 0.01 0.16 0.00 0.14 0.01 0.17 0.31 0.26 0.33 0.17 0.26 0.11 0.34 0.03 0.01 0.02 0.26 0.25 0.07
C5 0.01 0.01 0.08 0.38 0.00 0.14 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.38 0.13 0.07 0.47 1.16 0.98 0.47
C5' 0.08 0.70 0.22 0.02 0.31 0.01 0.22 0.00 0.34 0.42 0.55 0.65 0.30 0.35 0.11 0.12 0.25 0.02 0.01 0.26 0.41 0.02
C6 0.02 0.01 0.13 0.37 0.01 0.17 0.01 0.34 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.40 0.15 0.13 0.50 1.13 1.13 0.51
C8 0.02 0.02 0.14 0.46 0.01 0.31 0.01 0.42 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.33 0.20 0.15 0.76 1.41 1.02 0.85
N1 0.03 0.00 0.21 0.32 0.01 0.26 0.01 0.55 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.37 0.24 0.21 0.66 1.15 1.28 0.75
N3 0.03 0.01 0.27 0.26 0.00 0.33 0.01 0.65 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.28 0.41 0.26 0.76 1.13 1.16 0.86
N6 0.02 0.01 0.10 0.43 0.01 0.17 0.02 0.30 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.44 0.19 0.10 0.54 1.19 1.26 0.55
N7 0.01 0.01 0.08 0.49 0.01 0.26 0.01 0.35 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.39 0.24 0.08 0.72 1.43 1.21 0.82
N9 0.01 0.01 0.03 0.27 0.00 0.11 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.24 0.11 0.02 0.36 1.04 0.55 0.40
O2' 0.02 0.33 0.00 0.02 0.30 0.34 0.38 0.12 0.40 0.33 0.37 0.28 0.44 0.39 0.24 0.00 0.06 0.24 0.41 0.72 0.51 0.50
O3' 0.36 0.37 0.03 0.01 0.20 0.03 0.13 0.25 0.15 0.20 0.24 0.41 0.19 0.24 0.11 0.06 0.00 0.25 0.31 0.67 0.43 0.40
O4' 0.01 0.26 0.02 0.02 0.14 0.01 0.07 0.02 0.13 0.15 0.21 0.26 0.10 0.08 0.02 0.24 0.25 0.00 0.14 0.67 0.19 0.24
O5' 0.23 0.82 0.50 0.22 0.42 0.02 0.47 0.01 0.50 0.76 0.66 0.76 0.54 0.72 0.36 0.41 0.31 0.14 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.80 1.22 0.81 0.42 1.03 0.26 1.16 0.26 1.13 1.41 1.15 1.13 1.19 1.43 1.04 0.72 0.67 0.67 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.24 1.38 0.46 0.31 0.80 0.25 0.98 0.41 1.13 1.02 1.28 1.16 1.26 1.21 0.55 0.51 0.43 0.19 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.31 0.98 0.56 0.23 0.44 0.07 0.47 0.02 0.51 0.85 0.75 0.86 0.55 0.82 0.40 0.50 0.40 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00