ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 15968

back

Distances from reference structure (by RMSD)

23, 90, 3, 27, 6, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.045, 0.095, 0.145, 0.334 max_d=0.334 avg_d=0.095 std_dev=0.050
N3 A 0, 0.035, 0.098, 0.160, 0.390 max_d=0.390 avg_d=0.098 std_dev=0.062
N1 B 0, 0.032, 0.104, 0.175, 0.405 max_d=0.405 avg_d=0.104 std_dev=0.072
N1 A 0, 0.076, 0.160, 0.245, 0.356 max_d=0.356 avg_d=0.160 std_dev=0.085
C4 A 0, 0.027, 0.113, 0.198, 0.351 max_d=0.351 avg_d=0.113 std_dev=0.085
C4 B 0, 0.100, 0.205, 0.311, 0.572 max_d=0.572 avg_d=0.205 std_dev=0.105
C5 A 0, 0.078, 0.193, 0.308, 0.489 max_d=0.489 avg_d=0.193 std_dev=0.115
C1' B 0, 0.047, 0.169, 0.291, 0.606 max_d=0.606 avg_d=0.169 std_dev=0.122
N9 A 0, 0.066, 0.192, 0.318, 0.528 max_d=0.528 avg_d=0.192 std_dev=0.126
C6 A 0, 0.090, 0.218, 0.345, 0.513 max_d=0.513 avg_d=0.218 std_dev=0.127
C2 B 0, 0.029, 0.157, 0.284, 0.513 max_d=0.513 avg_d=0.157 std_dev=0.128
C5 B 0, 0.039, 0.177, 0.315, 0.590 max_d=0.590 avg_d=0.177 std_dev=0.138
C6 B 0, 0.018, 0.160, 0.302, 0.568 max_d=0.568 avg_d=0.160 std_dev=0.142
N3 B 0, 0.072, 0.215, 0.357, 0.579 max_d=0.579 avg_d=0.215 std_dev=0.142
C8 A 0, 0.116, 0.269, 0.423, 0.663 max_d=0.663 avg_d=0.269 std_dev=0.154
O4 B 0, 0.190, 0.347, 0.504, 1.023 max_d=1.023 avg_d=0.347 std_dev=0.157
N7 A 0, 0.123, 0.288, 0.452, 0.730 max_d=0.730 avg_d=0.288 std_dev=0.165
C1' A 0, 0.095, 0.264, 0.432, 0.682 max_d=0.682 avg_d=0.264 std_dev=0.168
N6 A 0, 0.134, 0.336, 0.538, 0.826 max_d=0.826 avg_d=0.336 std_dev=0.202
O2 B 0, 0.027, 0.250, 0.473, 0.830 max_d=0.830 avg_d=0.250 std_dev=0.223
O2' B 0, 0.269, 0.653, 1.037, 1.669 max_d=1.669 avg_d=0.653 std_dev=0.384
C2' B 0, 0.063, 0.483, 0.903, 1.536 max_d=1.536 avg_d=0.483 std_dev=0.420
O4' B 0, 0.037, 0.568, 1.099, 1.754 max_d=1.754 avg_d=0.568 std_dev=0.531
C2' A 0, -0.183, 0.609, 1.401, 2.231 max_d=2.231 avg_d=0.609 std_dev=0.792
O4' A 0, -0.124, 0.705, 1.534, 2.383 max_d=2.383 avg_d=0.705 std_dev=0.829
C4' A 0, -0.064, 0.836, 1.736, 2.656 max_d=2.656 avg_d=0.836 std_dev=0.900
O5' B 0, -0.016, 0.926, 1.868, 2.968 max_d=2.968 avg_d=0.926 std_dev=0.942
C4' B 0, -0.182, 0.779, 1.739, 2.836 max_d=2.836 avg_d=0.779 std_dev=0.960
C3' A 0, -0.197, 0.818, 1.833, 2.892 max_d=2.892 avg_d=0.818 std_dev=1.015
C3' B 0, -0.253, 0.776, 1.805, 2.871 max_d=2.871 avg_d=0.776 std_dev=1.029
C5' B 0, -0.053, 1.044, 2.140, 3.439 max_d=3.439 avg_d=1.044 std_dev=1.097
OP1 B 0, -0.008, 1.089, 2.186, 3.916 max_d=3.916 avg_d=1.089 std_dev=1.097
O3' A 0, -0.221, 1.032, 2.286, 3.720 max_d=3.720 avg_d=1.032 std_dev=1.254
P B 0, -0.198, 1.091, 2.380, 3.882 max_d=3.882 avg_d=1.091 std_dev=1.289
O2' A 0, -0.353, 1.021, 2.394, 3.801 max_d=3.801 avg_d=1.021 std_dev=1.373
O3' B 0, -0.498, 1.017, 2.531, 4.037 max_d=4.037 avg_d=1.017 std_dev=1.514
OP2 B 0, -0.421, 1.603, 3.628, 6.012 max_d=6.012 avg_d=1.603 std_dev=2.024
C5' A 0, -0.490, 1.539, 3.569, 5.578 max_d=5.578 avg_d=1.539 std_dev=2.029
O5' A 0, -0.619, 1.667, 3.954, 6.257 max_d=6.257 avg_d=1.667 std_dev=2.286
P A 0, -1.029, 2.387, 5.804, 9.206 max_d=9.206 avg_d=2.387 std_dev=3.416
OP2 A 0, -0.880, 2.745, 6.370, 9.965 max_d=9.965 avg_d=2.745 std_dev=3.625
OP1 A 0, -1.208, 2.596, 6.399, 10.290 max_d=10.290 avg_d=2.596 std_dev=3.804

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.30 0.00 0.19 0.14 0.20 0.20
C2 0.03 0.00 0.12 0.17 0.01 0.51 0.01 1.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.13 0.43 0.73 0.91 1.08 0.89
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.05 0.01 0.03 0.18 0.04 0.09 0.08 0.13 0.04 0.07 0.02 0.00 0.02 0.01 0.16 0.16 0.12 0.11
C3' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.10 0.00 0.28 0.01 0.21 0.50 0.07 0.20 0.31 0.49 0.23 0.01 0.01 0.02 0.34 0.25 0.31 0.29
C4 0.01 0.01 0.05 0.10 0.00 0.18 0.00 0.41 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.16 0.07 0.22 0.10 0.18 0.16 0.14
C4' 0.01 0.51 0.01 0.00 0.18 0.00 0.05 0.00 0.11 0.44 0.34 0.51 0.05 0.33 0.10 0.27 0.02 0.00 0.01 0.10 0.09 0.03
C5 0.01 0.01 0.03 0.28 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.27 0.10 0.09 0.40 0.50 0.56 0.52
C5' 0.06 1.05 0.18 0.01 0.41 0.00 0.11 0.00 0.33 0.66 0.76 0.99 0.16 0.50 0.09 0.08 0.19 0.01 0.01 0.12 0.21 0.01
C6 0.02 0.01 0.04 0.21 0.01 0.11 0.00 0.33 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.26 0.12 0.18 0.17 0.29 0.27 0.25
C8 0.01 0.01 0.09 0.50 0.00 0.44 0.00 0.66 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.32 0.11 0.25 1.14 1.22 1.43 1.32
N1 0.02 0.00 0.08 0.07 0.01 0.34 0.01 0.76 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.09 0.33 0.40 0.51 0.62 0.49
N3 0.03 0.00 0.13 0.20 0.00 0.51 0.00 0.99 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.17 0.43 0.67 0.81 0.92 0.78
N6 0.02 0.01 0.04 0.31 0.01 0.05 0.01 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.31 0.18 0.12 0.38 0.56 0.59 0.53
N7 0.01 0.01 0.07 0.49 0.01 0.33 0.00 0.50 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.36 0.17 0.14 1.02 1.20 1.42 1.26
N9 0.00 0.01 0.02 0.23 0.00 0.10 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.19 0.07 0.01 0.44 0.45 0.52 0.50
O2' 0.02 0.11 0.00 0.01 0.16 0.27 0.27 0.08 0.26 0.32 0.17 0.10 0.31 0.36 0.19 0.00 0.04 0.20 0.29 0.20 0.15 0.23
O3' 0.30 0.13 0.02 0.01 0.07 0.02 0.10 0.19 0.12 0.11 0.09 0.17 0.18 0.17 0.07 0.04 0.00 0.20 0.36 0.45 0.45 0.39
O4' 0.00 0.43 0.01 0.02 0.22 0.00 0.09 0.01 0.18 0.25 0.33 0.43 0.12 0.14 0.01 0.20 0.20 0.00 0.07 0.07 0.13 0.09
O5' 0.19 0.73 0.16 0.34 0.10 0.01 0.40 0.01 0.17 1.14 0.40 0.67 0.38 1.02 0.44 0.29 0.36 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.14 0.91 0.16 0.25 0.18 0.10 0.50 0.12 0.29 1.22 0.51 0.81 0.56 1.20 0.45 0.20 0.45 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.20 1.08 0.12 0.31 0.16 0.09 0.56 0.21 0.27 1.43 0.62 0.92 0.59 1.42 0.52 0.15 0.45 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.20 0.89 0.11 0.29 0.14 0.03 0.52 0.01 0.25 1.32 0.49 0.78 0.53 1.26 0.50 0.23 0.39 0.09 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.33 0.34 0.46 0.86 0.35 0.52 0.36 0.64 0.35 0.34 0.35 0.34 0.20 0.66 0.36 0.30 0.90 0.40 1.03 0.81
C2 0.15 0.13 0.16 0.61 0.12 0.34 0.16 0.45 0.17 0.15 0.13 0.14 0.28 0.49 0.12 0.17 0.70 0.40 0.70 0.60
C2' 0.29 0.29 0.33 0.74 0.28 0.47 0.28 0.57 0.29 0.29 0.29 0.30 0.23 0.54 0.27 0.28 0.79 0.44 0.87 0.69
C3' 0.34 0.38 0.30 0.35 0.31 0.22 0.26 0.30 0.27 0.33 0.38 0.43 0.74 0.22 0.30 0.30 0.48 0.50 0.63 0.43
C4 0.24 0.22 0.31 0.75 0.23 0.45 0.27 0.57 0.26 0.24 0.22 0.21 0.19 0.57 0.23 0.23 0.83 0.41 0.89 0.73
C4' 0.31 0.38 0.29 0.60 0.27 0.38 0.26 0.55 0.26 0.30 0.37 0.47 0.59 0.42 0.27 0.30 0.82 0.43 1.11 0.85
C5 0.24 0.20 0.30 0.75 0.23 0.46 0.28 0.59 0.28 0.24 0.20 0.19 0.20 0.56 0.21 0.25 0.84 0.42 0.89 0.74
C5' 0.56 0.73 0.47 0.47 0.48 0.39 0.34 0.55 0.37 0.54 0.72 0.92 0.98 0.38 0.46 0.46 0.82 0.49 1.20 0.94
C6 0.17 0.13 0.18 0.64 0.13 0.39 0.18 0.52 0.19 0.16 0.13 0.13 0.25 0.49 0.12 0.20 0.76 0.42 0.75 0.65
C8 0.38 0.36 0.50 0.89 0.40 0.57 0.42 0.69 0.41 0.38 0.36 0.34 0.22 0.66 0.40 0.36 0.94 0.43 1.07 0.84
N1 0.15 0.14 0.15 0.57 0.13 0.33 0.15 0.44 0.16 0.15 0.14 0.14 0.31 0.46 0.14 0.18 0.68 0.41 0.65 0.57
N3 0.18 0.17 0.23 0.69 0.17 0.38 0.20 0.50 0.20 0.18 0.17 0.17 0.22 0.54 0.17 0.19 0.76 0.40 0.81 0.68
N6 0.16 0.14 0.15 0.61 0.13 0.39 0.15 0.52 0.18 0.15 0.15 0.15 0.29 0.45 0.20 0.21 0.75 0.43 0.70 0.62
N7 0.34 0.30 0.44 0.84 0.35 0.55 0.40 0.67 0.38 0.34 0.30 0.27 0.20 0.62 0.36 0.34 0.92 0.43 1.02 0.81
N9 0.31 0.30 0.43 0.83 0.33 0.51 0.35 0.63 0.34 0.32 0.31 0.29 0.19 0.63 0.33 0.30 0.89 0.41 1.01 0.80
O2' 0.79 0.83 0.83 1.19 0.76 0.89 0.70 0.93 0.72 0.78 0.83 0.88 0.44 0.97 0.74 0.74 1.14 0.52 1.10 0.96
O3' 0.23 0.25 0.26 0.60 0.21 0.36 0.20 0.45 0.21 0.23 0.24 0.27 0.46 0.43 0.21 0.23 0.64 0.48 0.78 0.56
O4' 0.28 0.28 0.40 0.82 0.29 0.50 0.35 0.69 0.33 0.28 0.27 0.31 0.33 0.62 0.29 0.29 1.00 0.48 1.28 1.02
O5' 1.03 1.27 0.89 0.42 0.96 0.57 0.68 0.42 0.75 1.01 1.26 1.48 1.49 0.55 0.94 0.86 0.51 0.39 0.91 0.61
OP1 1.64 1.92 1.55 0.92 1.44 1.04 1.08 0.63 1.20 1.58 1.87 2.23 2.28 1.18 1.38 1.36 0.32 0.47 0.53 0.22
OP2 1.89 2.26 1.80 1.12 1.75 1.21 1.32 0.78 1.42 1.85 2.23 2.59 2.51 1.35 1.71 1.55 0.56 0.46 0.65 0.42
P 1.60 1.91 1.47 0.87 1.45 1.02 1.09 0.68 1.19 1.56 1.87 2.21 2.15 1.08 1.41 1.34 0.51 0.40 0.76 0.47

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.31 0.02 0.01 0.13 0.59 0.11 0.21
C2 0.01 0.00 0.13 0.22 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.26 0.19 0.01 0.06 0.19 0.64 0.30 0.16
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.07 0.01 0.05 0.18 0.07 0.03 0.12 0.18 0.00 0.03 0.09 0.02 0.40 0.64 0.20 0.38
C3' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.43 0.00 0.45 0.02 0.38 0.24 0.33 0.11 0.01 0.01 0.47 0.02 0.09 0.13 0.45 0.15
C4 0.01 0.01 0.07 0.43 0.00 0.18 0.00 0.24 0.01 0.01 0.00 0.01 0.31 0.18 0.00 0.03 0.41 0.64 0.48 0.31
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.18 0.00 0.22 0.01 0.20 0.10 0.11 0.04 0.28 0.02 0.19 0.00 0.01 0.20 0.15 0.04
C5 0.01 0.01 0.05 0.45 0.00 0.22 0.00 0.28 0.00 0.01 0.01 0.01 0.28 0.27 0.01 0.04 0.45 0.65 0.43 0.30
C5' 0.06 0.09 0.18 0.02 0.24 0.01 0.28 0.00 0.23 0.10 0.16 0.05 0.10 0.20 0.27 0.01 0.01 0.09 0.13 0.01
C6 0.01 0.01 0.07 0.38 0.01 0.20 0.00 0.23 0.00 0.00 0.01 0.01 0.23 0.18 0.01 0.06 0.34 0.67 0.29 0.21
N1 0.00 0.01 0.03 0.24 0.01 0.10 0.01 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.19 0.09 0.01 0.01 0.18 0.64 0.23 0.16
N3 0.01 0.00 0.12 0.33 0.00 0.11 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.31 0.09 0.01 0.05 0.30 0.64 0.41 0.23
O2 0.02 0.00 0.18 0.11 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.25 0.40 0.02 0.09 0.12 0.62 0.26 0.15
O2' 0.02 0.26 0.00 0.01 0.31 0.28 0.28 0.10 0.23 0.19 0.31 0.25 0.00 0.06 0.33 0.20 0.30 0.51 0.25 0.31
O3' 0.31 0.19 0.03 0.01 0.18 0.02 0.27 0.20 0.18 0.09 0.09 0.40 0.06 0.00 0.24 0.21 0.24 0.31 0.89 0.47
O4 0.02 0.01 0.09 0.47 0.00 0.19 0.01 0.27 0.01 0.01 0.01 0.02 0.33 0.24 0.00 0.04 0.46 0.61 0.56 0.37
O4' 0.01 0.06 0.02 0.02 0.03 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.05 0.09 0.20 0.21 0.04 0.00 0.06 0.50 0.12 0.20
O5' 0.13 0.19 0.40 0.09 0.41 0.01 0.45 0.01 0.34 0.18 0.30 0.12 0.30 0.24 0.46 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.59 0.64 0.64 0.13 0.64 0.20 0.65 0.09 0.67 0.64 0.64 0.62 0.51 0.31 0.61 0.50 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.11 0.30 0.20 0.45 0.48 0.15 0.43 0.13 0.29 0.23 0.41 0.26 0.25 0.89 0.56 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.21 0.16 0.38 0.15 0.31 0.04 0.30 0.01 0.21 0.16 0.23 0.15 0.31 0.47 0.37 0.20 0.00 0.00 0.01 0.00