ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 16206

back

Distances from reference structure (by RMSD)

18, 130, 124, 107, 68, 35, 11, 3, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.045, 0.123, 0.200, 0.713 max_d=0.713 avg_d=0.123 std_dev=0.077
C4 B 0, 0.052, 0.132, 0.211, 0.683 max_d=0.683 avg_d=0.132 std_dev=0.079
N3 B 0, 0.070, 0.161, 0.252, 0.484 max_d=0.484 avg_d=0.161 std_dev=0.091
N1 B 0, 0.043, 0.167, 0.290, 1.101 max_d=1.101 avg_d=0.167 std_dev=0.123
C2 B 0, 0.073, 0.200, 0.327, 0.946 max_d=0.946 avg_d=0.200 std_dev=0.127
C6 B 0, 0.070, 0.197, 0.325, 0.815 max_d=0.815 avg_d=0.197 std_dev=0.128
C5 B 0, 0.068, 0.206, 0.343, 0.689 max_d=0.689 avg_d=0.206 std_dev=0.137
N9 B 0, 0.069, 0.237, 0.405, 1.679 max_d=1.679 avg_d=0.237 std_dev=0.168
O6 B 0, 0.104, 0.307, 0.510, 1.262 max_d=1.262 avg_d=0.307 std_dev=0.203
C1' B 0, 0.053, 0.272, 0.490, 2.180 max_d=2.180 avg_d=0.272 std_dev=0.219
N9 A 0, 0.117, 0.356, 0.595, 2.628 max_d=2.628 avg_d=0.356 std_dev=0.239
C6 A 0, 0.081, 0.325, 0.570, 1.377 max_d=1.377 avg_d=0.325 std_dev=0.245
N2 B 0, 0.111, 0.356, 0.601, 1.741 max_d=1.741 avg_d=0.356 std_dev=0.245
N3 A 0, 0.161, 0.412, 0.664, 1.318 max_d=1.318 avg_d=0.412 std_dev=0.252
N1 A 0, 0.114, 0.369, 0.624, 3.003 max_d=3.003 avg_d=0.369 std_dev=0.255
N7 B 0, 0.093, 0.356, 0.620, 1.594 max_d=1.594 avg_d=0.356 std_dev=0.263
C8 B 0, 0.093, 0.360, 0.626, 2.148 max_d=2.148 avg_d=0.360 std_dev=0.266
C5 A 0, 0.134, 0.402, 0.670, 1.297 max_d=1.297 avg_d=0.402 std_dev=0.268
C1' A 0, 0.017, 0.291, 0.564, 3.517 max_d=3.517 avg_d=0.291 std_dev=0.274
C2 A 0, 0.214, 0.549, 0.883, 2.826 max_d=2.826 avg_d=0.549 std_dev=0.335
O4' B 0, 0.122, 0.489, 0.855, 4.066 max_d=4.066 avg_d=0.489 std_dev=0.367
C2' B 0, -0.061, 0.338, 0.738, 4.551 max_d=4.551 avg_d=0.338 std_dev=0.400
C2' A 0, 0.110, 0.511, 0.912, 3.681 max_d=3.681 avg_d=0.511 std_dev=0.401
O4' A 0, 0.119, 0.541, 0.963, 4.725 max_d=4.725 avg_d=0.541 std_dev=0.422
N6 A 0, 0.154, 0.591, 1.027, 2.232 max_d=2.232 avg_d=0.591 std_dev=0.436
C3' B 0, 0.060, 0.543, 1.027, 5.992 max_d=5.992 avg_d=0.543 std_dev=0.484
C8 A 0, 0.292, 0.782, 1.271, 3.689 max_d=3.689 avg_d=0.782 std_dev=0.489
C4' B 0, 0.074, 0.570, 1.067, 5.910 max_d=5.910 avg_d=0.570 std_dev=0.497
O2' B 0, -0.110, 0.400, 0.910, 4.805 max_d=4.805 avg_d=0.400 std_dev=0.510
O2' A 0, 0.104, 0.617, 1.131, 3.851 max_d=3.851 avg_d=0.617 std_dev=0.513
N7 A 0, 0.300, 0.829, 1.358, 2.601 max_d=2.601 avg_d=0.829 std_dev=0.529
C4' A 0, 0.142, 0.686, 1.230, 5.520 max_d=5.520 avg_d=0.686 std_dev=0.544
O3' B 0, 0.169, 0.724, 1.278, 6.401 max_d=6.401 avg_d=0.724 std_dev=0.555
C3' A 0, 0.193, 0.801, 1.409, 4.927 max_d=4.927 avg_d=0.801 std_dev=0.608
C5' B 0, 0.166, 0.878, 1.590, 8.285 max_d=8.285 avg_d=0.878 std_dev=0.712
C5' A 0, 0.266, 1.045, 1.824, 6.501 max_d=6.501 avg_d=1.045 std_dev=0.779
O5' A 0, 0.373, 1.267, 2.161, 6.736 max_d=6.736 avg_d=1.267 std_dev=0.894
O5' B 0, 0.217, 1.112, 2.006, 8.292 max_d=8.292 avg_d=1.112 std_dev=0.895
O3' A 0, 0.183, 1.147, 2.112, 5.805 max_d=5.805 avg_d=1.147 std_dev=0.965
P B 0, 0.190, 1.449, 2.708, 10.128 max_d=10.128 avg_d=1.449 std_dev=1.259
P A 0, 0.439, 1.818, 3.196, 9.620 max_d=9.620 avg_d=1.818 std_dev=1.378
OP2 B 0, 0.160, 1.547, 2.934, 9.826 max_d=9.826 avg_d=1.547 std_dev=1.387
OP1 B 0, 0.213, 1.748, 3.283, 11.495 max_d=11.495 avg_d=1.748 std_dev=1.535
OP2 A 0, 0.441, 2.052, 3.663, 10.892 max_d=10.892 avg_d=2.052 std_dev=1.611
OP1 A 0, 0.469, 2.171, 3.874, 9.950 max_d=9.950 avg_d=2.171 std_dev=1.703

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.07 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.21 0.01 0.24 0.33 0.35 0.26
C2 0.03 0.00 0.29 0.28 0.01 0.14 0.01 0.27 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.29 0.43 0.20 0.42 0.62 0.69 0.52
C2' 0.00 0.29 0.00 0.01 0.16 0.02 0.09 0.14 0.15 0.14 0.23 0.29 0.12 0.09 0.03 0.01 0.04 0.02 0.38 0.49 0.51 0.41
C3' 0.02 0.28 0.01 0.00 0.21 0.01 0.25 0.02 0.27 0.30 0.28 0.26 0.29 0.30 0.17 0.02 0.01 0.02 0.26 0.38 0.32 0.22
C4 0.02 0.01 0.16 0.21 0.00 0.08 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.19 0.24 0.11 0.42 0.57 0.69 0.51
C4' 0.01 0.14 0.02 0.01 0.08 0.00 0.11 0.01 0.11 0.19 0.12 0.13 0.13 0.17 0.08 0.21 0.03 0.01 0.02 0.21 0.23 0.08
C5 0.01 0.01 0.09 0.25 0.01 0.11 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.22 0.19 0.06 0.53 0.74 0.95 0.69
C5' 0.07 0.27 0.14 0.02 0.20 0.01 0.25 0.00 0.26 0.29 0.26 0.24 0.29 0.30 0.17 0.08 0.16 0.02 0.01 0.29 0.31 0.02
C6 0.02 0.01 0.15 0.27 0.01 0.11 0.01 0.26 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.24 0.26 0.10 0.53 0.78 0.99 0.71
C8 0.01 0.01 0.14 0.30 0.01 0.19 0.01 0.29 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.24 0.22 0.12 0.60 0.72 0.93 0.72
N1 0.03 0.00 0.23 0.28 0.01 0.12 0.01 0.26 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.27 0.36 0.16 0.47 0.71 0.85 0.62
N3 0.03 0.01 0.29 0.26 0.01 0.13 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.27 0.41 0.20 0.37 0.54 0.58 0.45
N6 0.02 0.01 0.12 0.29 0.01 0.13 0.01 0.29 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.26 0.26 0.08 0.59 0.90 1.15 0.82
N7 0.01 0.01 0.09 0.30 0.01 0.17 0.00 0.30 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.25 0.22 0.07 0.64 0.85 1.12 0.83
N9 0.01 0.01 0.03 0.17 0.01 0.08 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.14 0.11 0.01 0.41 0.50 0.62 0.48
O2' 0.02 0.29 0.01 0.02 0.19 0.21 0.22 0.08 0.24 0.24 0.27 0.27 0.26 0.25 0.14 0.00 0.07 0.15 0.25 0.43 0.50 0.33
O3' 0.21 0.43 0.04 0.01 0.24 0.03 0.19 0.16 0.26 0.22 0.36 0.41 0.26 0.22 0.11 0.07 0.00 0.15 0.27 0.49 0.35 0.27
O4' 0.01 0.20 0.02 0.02 0.11 0.01 0.06 0.02 0.10 0.12 0.16 0.20 0.08 0.07 0.01 0.15 0.15 0.00 0.17 0.28 0.26 0.23
O5' 0.24 0.42 0.38 0.26 0.42 0.02 0.53 0.01 0.53 0.60 0.47 0.37 0.59 0.64 0.41 0.25 0.27 0.17 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.33 0.62 0.49 0.38 0.57 0.21 0.74 0.29 0.78 0.72 0.71 0.54 0.90 0.85 0.50 0.43 0.49 0.28 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.35 0.69 0.51 0.32 0.69 0.23 0.95 0.31 0.99 0.93 0.85 0.58 1.15 1.12 0.62 0.50 0.35 0.26 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.26 0.52 0.41 0.22 0.51 0.08 0.69 0.02 0.71 0.72 0.62 0.45 0.82 0.83 0.48 0.33 0.27 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.34 0.29 0.33 0.40 0.32 0.41 0.33 0.49 0.33 0.34 0.31 0.28 0.29 0.34 0.33 0.28 0.49 0.47 0.53 0.34 0.74 0.59 0.62
C2 0.29 0.19 0.44 0.34 0.24 0.22 0.22 0.21 0.20 0.26 0.18 0.18 0.23 0.24 0.27 0.50 0.33 0.23 0.27 0.19 0.40 0.39 0.32
C2' 0.41 0.44 0.44 0.53 0.44 0.48 0.48 0.57 0.51 0.46 0.49 0.42 0.42 0.49 0.44 0.35 0.58 0.49 0.66 0.53 0.91 0.72 0.76
C3' 0.42 0.43 0.45 0.55 0.44 0.52 0.49 0.63 0.53 0.47 0.51 0.41 0.40 0.50 0.44 0.38 0.63 0.53 0.71 0.58 0.96 0.77 0.82
C4 0.25 0.18 0.35 0.34 0.21 0.24 0.20 0.28 0.19 0.23 0.18 0.18 0.19 0.21 0.23 0.39 0.43 0.30 0.32 0.20 0.54 0.46 0.46
C4' 0.42 0.32 0.38 0.48 0.37 0.54 0.39 0.65 0.40 0.42 0.37 0.31 0.32 0.42 0.40 0.32 0.55 0.57 0.69 0.43 0.88 0.73 0.77
C5 0.34 0.22 0.44 0.43 0.28 0.31 0.28 0.33 0.25 0.32 0.23 0.20 0.24 0.30 0.31 0.50 0.56 0.37 0.38 0.26 0.58 0.57 0.56
C5' 0.51 0.37 0.46 0.56 0.43 0.63 0.44 0.75 0.44 0.50 0.42 0.35 0.38 0.48 0.47 0.44 0.64 0.67 0.76 0.48 0.95 0.82 0.86
C6 0.42 0.25 0.54 0.48 0.34 0.36 0.33 0.36 0.30 0.39 0.27 0.22 0.29 0.37 0.39 0.62 0.56 0.41 0.41 0.30 0.56 0.60 0.57
C8 0.37 0.24 0.41 0.49 0.30 0.42 0.30 0.48 0.29 0.36 0.26 0.23 0.26 0.34 0.34 0.41 0.65 0.48 0.50 0.30 0.75 0.66 0.68
N1 0.42 0.26 0.54 0.43 0.34 0.33 0.32 0.31 0.29 0.38 0.26 0.22 0.31 0.35 0.38 0.63 0.42 0.36 0.35 0.28 0.45 0.50 0.45
N3 0.21 0.14 0.34 0.29 0.17 0.18 0.16 0.20 0.15 0.18 0.14 0.15 0.16 0.16 0.18 0.38 0.32 0.21 0.29 0.15 0.46 0.38 0.35
N6 0.52 0.30 0.64 0.61 0.42 0.50 0.42 0.50 0.38 0.51 0.32 0.24 0.35 0.47 0.48 0.73 0.72 0.54 0.59 0.38 0.71 0.77 0.74
N7 0.39 0.24 0.46 0.51 0.31 0.40 0.32 0.44 0.30 0.38 0.26 0.22 0.26 0.36 0.36 0.49 0.69 0.47 0.49 0.31 0.72 0.68 0.69
N9 0.31 0.22 0.34 0.40 0.26 0.35 0.26 0.41 0.25 0.29 0.24 0.22 0.24 0.28 0.29 0.34 0.51 0.41 0.44 0.26 0.66 0.55 0.57
O2' 0.47 0.53 0.49 0.58 0.53 0.54 0.58 0.64 0.61 0.56 0.59 0.49 0.50 0.59 0.52 0.39 0.61 0.54 0.77 0.64 1.00 0.76 0.82
O3' 0.60 0.70 0.56 0.65 0.69 0.64 0.77 0.76 0.83 0.72 0.80 0.67 0.64 0.78 0.66 0.47 0.68 0.68 0.89 0.89 1.14 0.92 0.99
O4' 0.45 0.33 0.38 0.47 0.39 0.55 0.40 0.63 0.38 0.44 0.36 0.31 0.35 0.43 0.43 0.36 0.54 0.60 0.64 0.40 0.80 0.68 0.71
O5' 0.58 0.44 0.58 0.67 0.49 0.69 0.50 0.78 0.50 0.55 0.48 0.42 0.45 0.53 0.54 0.58 0.77 0.71 0.80 0.53 1.01 0.88 0.93
OP1 0.78 0.62 0.85 0.98 0.69 0.94 0.73 1.03 0.75 0.77 0.70 0.58 0.63 0.77 0.74 0.86 1.12 0.89 1.06 0.81 1.30 1.19 1.20
OP2 0.85 0.59 0.86 0.94 0.69 0.97 0.69 1.04 0.68 0.78 0.64 0.55 0.63 0.74 0.77 0.95 1.07 0.98 1.04 0.71 1.24 1.16 1.20
P 0.69 0.48 0.70 0.78 0.56 0.81 0.58 0.89 0.57 0.65 0.54 0.45 0.51 0.62 0.63 0.74 0.91 0.82 0.89 0.61 1.12 1.02 1.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.04 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.21 0.02 0.26 0.29 0.21
C2 0.04 0.00 0.17 0.21 0.01 0.10 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.14 0.23 0.09 0.45 0.02 0.66 0.48 0.42
C2' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.09 0.02 0.06 0.04 0.09 0.10 0.13 0.21 0.17 0.08 0.03 0.00 0.02 0.01 0.27 0.08 0.33 0.25 0.22
C3' 0.01 0.21 0.00 0.00 0.14 0.01 0.15 0.03 0.17 0.15 0.19 0.24 0.19 0.15 0.09 0.02 0.01 0.02 0.33 0.18 0.41 0.24 0.26
C4 0.02 0.01 0.09 0.14 0.00 0.07 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.08 0.13 0.05 0.46 0.02 0.59 0.48 0.40
C4' 0.01 0.10 0.02 0.01 0.07 0.00 0.09 0.01 0.10 0.11 0.10 0.11 0.09 0.11 0.06 0.10 0.03 0.01 0.02 0.11 0.19 0.30 0.11
C5 0.02 0.01 0.06 0.15 0.01 0.09 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.11 0.14 0.03 0.56 0.01 0.74 0.64 0.52
C5' 0.04 0.17 0.04 0.03 0.15 0.01 0.20 0.00 0.21 0.20 0.20 0.18 0.15 0.22 0.12 0.07 0.07 0.02 0.01 0.24 0.29 0.38 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.17 0.01 0.10 0.01 0.21 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.12 0.18 0.04 0.58 0.01 0.83 0.69 0.56
C8 0.01 0.01 0.10 0.15 0.01 0.11 0.01 0.20 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.15 0.15 0.07 0.55 0.02 0.60 0.59 0.47
N1 0.04 0.01 0.13 0.19 0.01 0.10 0.01 0.20 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.12 0.21 0.07 0.53 0.02 0.78 0.60 0.50
N2 0.05 0.01 0.21 0.24 0.02 0.11 0.02 0.18 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.19 0.28 0.11 0.42 0.03 0.64 0.44 0.39
N3 0.04 0.01 0.17 0.19 0.01 0.09 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.20 0.09 0.40 0.02 0.55 0.41 0.35
N7 0.01 0.01 0.08 0.15 0.01 0.11 0.00 0.22 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.15 0.16 0.05 0.61 0.03 0.76 0.73 0.57
N9 0.01 0.02 0.03 0.09 0.01 0.06 0.01 0.12 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.07 0.07 0.01 0.41 0.02 0.47 0.42 0.34
O2' 0.02 0.14 0.00 0.02 0.08 0.10 0.11 0.07 0.12 0.15 0.12 0.19 0.14 0.15 0.07 0.00 0.06 0.07 0.10 0.14 0.27 0.31 0.20
O3' 0.07 0.23 0.02 0.01 0.13 0.03 0.14 0.07 0.18 0.15 0.21 0.28 0.20 0.16 0.07 0.06 0.00 0.04 0.27 0.20 0.50 0.38 0.30
O4' 0.01 0.09 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.02 0.04 0.07 0.07 0.11 0.09 0.05 0.01 0.07 0.04 0.00 0.14 0.04 0.22 0.37 0.25
O5' 0.21 0.45 0.27 0.33 0.46 0.02 0.56 0.01 0.58 0.55 0.53 0.42 0.40 0.61 0.41 0.10 0.27 0.14 0.00 0.63 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.08 0.18 0.02 0.11 0.01 0.24 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.14 0.20 0.04 0.63 0.00 0.92 0.79 0.63
OP1 0.26 0.66 0.33 0.41 0.59 0.19 0.74 0.29 0.83 0.60 0.78 0.64 0.55 0.76 0.47 0.27 0.50 0.22 0.02 0.92 0.00 0.02 0.01
OP2 0.29 0.48 0.25 0.24 0.48 0.30 0.64 0.38 0.69 0.59 0.60 0.44 0.41 0.73 0.42 0.31 0.38 0.37 0.02 0.79 0.02 0.00 0.01
P 0.21 0.42 0.22 0.26 0.40 0.11 0.52 0.02 0.56 0.47 0.50 0.39 0.35 0.57 0.34 0.20 0.30 0.25 0.01 0.63 0.01 0.01 0.00