ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 16397

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 28, 58, 40, 49, 19, 19, 13, 20, 4, 63, 29, 10, 4, 15, 10, 29, 12, 10, 65,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.169, 0.767, 1.365, 2.782 max_d=2.782 avg_d=0.767 std_dev=0.598
C1' B 0, 0.062, 0.703, 1.345, 3.472 max_d=3.472 avg_d=0.703 std_dev=0.642
N9 B 0, 0.110, 0.784, 1.459, 2.662 max_d=2.662 avg_d=0.784 std_dev=0.675
O4' B 0, 0.189, 0.868, 1.548, 3.621 max_d=3.621 avg_d=0.868 std_dev=0.680
C6 A 0, 0.227, 0.940, 1.653, 3.435 max_d=3.435 avg_d=0.940 std_dev=0.713
N3 B 0, 0.163, 0.892, 1.621, 3.012 max_d=3.012 avg_d=0.892 std_dev=0.729
C5 A 0, 0.276, 1.021, 1.766, 3.615 max_d=3.615 avg_d=1.021 std_dev=0.745
C4 B 0, 0.024, 0.770, 1.515, 3.159 max_d=3.159 avg_d=0.770 std_dev=0.745
C2 A 0, 0.241, 1.033, 1.825, 3.615 max_d=3.615 avg_d=1.033 std_dev=0.792
C4 A 0, -0.020, 0.839, 1.698, 3.510 max_d=3.510 avg_d=0.839 std_dev=0.859
N3 A 0, 0.176, 1.100, 2.024, 4.238 max_d=4.238 avg_d=1.100 std_dev=0.924
C2' B 0, 0.088, 1.024, 1.960, 5.002 max_d=5.002 avg_d=1.024 std_dev=0.936
C4' B 0, 0.206, 1.142, 2.079, 4.539 max_d=4.539 avg_d=1.142 std_dev=0.937
O5' B 0, 0.106, 1.096, 2.087, 4.900 max_d=4.900 avg_d=1.096 std_dev=0.991
C2 B 0, 0.039, 1.135, 2.230, 3.968 max_d=3.968 avg_d=1.135 std_dev=1.095
C5' B 0, 0.125, 1.226, 2.328, 4.987 max_d=4.987 avg_d=1.226 std_dev=1.102
C3' B 0, 0.223, 1.335, 2.448, 5.654 max_d=5.654 avg_d=1.335 std_dev=1.113
O6 A 0, 0.222, 1.338, 2.454, 5.419 max_d=5.419 avg_d=1.338 std_dev=1.116
C8 B 0, 0.173, 1.293, 2.412, 5.361 max_d=5.361 avg_d=1.293 std_dev=1.119
N9 A 0, 0.039, 1.167, 2.296, 4.344 max_d=4.344 avg_d=1.167 std_dev=1.128
N7 A 0, 0.388, 1.535, 2.682, 5.757 max_d=5.757 avg_d=1.535 std_dev=1.147
C5 B 0, 0.082, 1.231, 2.380, 4.878 max_d=4.878 avg_d=1.231 std_dev=1.149
C8 A 0, 0.400, 1.558, 2.717, 4.909 max_d=4.909 avg_d=1.558 std_dev=1.159
N2 A 0, 0.298, 1.529, 2.760, 5.310 max_d=5.310 avg_d=1.529 std_dev=1.231
P B 0, -0.042, 1.296, 2.635, 6.091 max_d=6.091 avg_d=1.296 std_dev=1.339
O2' B 0, -0.252, 1.120, 2.492, 6.836 max_d=6.836 avg_d=1.120 std_dev=1.372
N7 B 0, 0.190, 1.574, 2.957, 5.909 max_d=5.909 avg_d=1.574 std_dev=1.384
OP2 B 0, 0.143, 1.541, 2.938, 6.979 max_d=6.979 avg_d=1.541 std_dev=1.398
N1 B 0, -0.155, 1.273, 2.700, 5.499 max_d=5.499 avg_d=1.273 std_dev=1.428
C6 B 0, -0.016, 1.433, 2.883, 6.126 max_d=6.126 avg_d=1.433 std_dev=1.449
C1' A 0, -0.086, 1.449, 2.985, 6.417 max_d=6.417 avg_d=1.449 std_dev=1.535
O3' B 0, 0.171, 1.833, 3.495, 8.176 max_d=8.176 avg_d=1.833 std_dev=1.662
OP1 B 0, 0.033, 1.709, 3.385, 7.867 max_d=7.867 avg_d=1.709 std_dev=1.676
O4' A 0, -0.064, 1.629, 3.321, 6.351 max_d=6.351 avg_d=1.629 std_dev=1.692
N6 B 0, 0.042, 1.946, 3.849, 8.000 max_d=8.000 avg_d=1.946 std_dev=1.904
C2' A 0, 0.151, 2.072, 3.993, 8.990 max_d=8.990 avg_d=2.072 std_dev=1.921
O5' A 0, 0.502, 2.451, 4.400, 8.624 max_d=8.624 avg_d=2.451 std_dev=1.949
C4' A 0, -0.064, 2.010, 4.084, 8.681 max_d=8.681 avg_d=2.010 std_dev=2.074
C5' A 0, 0.243, 2.365, 4.487, 8.971 max_d=8.971 avg_d=2.365 std_dev=2.122
C3' A 0, 0.104, 2.261, 4.418, 9.738 max_d=9.738 avg_d=2.261 std_dev=2.157
O2' A 0, 0.336, 2.599, 4.861, 11.000 max_d=11.000 avg_d=2.599 std_dev=2.263
P A 0, 0.758, 3.079, 5.400, 9.486 max_d=9.486 avg_d=3.079 std_dev=2.321
OP2 A 0, 0.814, 3.295, 5.775, 9.577 max_d=9.577 avg_d=3.295 std_dev=2.481
O3' A 0, 0.278, 2.912, 5.545, 12.455 max_d=12.455 avg_d=2.912 std_dev=2.634
OP1 A 0, 0.793, 3.531, 6.270, 11.573 max_d=11.573 avg_d=3.531 std_dev=2.739

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.17 0.01 0.17 0.03 0.19 0.25 0.16
C2 0.04 0.00 0.21 0.18 0.01 0.12 0.01 0.23 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.21 0.24 0.15 0.27 0.02 0.36 0.43 0.31
C2' 0.01 0.21 0.00 0.00 0.11 0.02 0.08 0.12 0.11 0.11 0.17 0.24 0.20 0.08 0.03 0.00 0.03 0.01 0.24 0.10 0.29 0.33 0.25
C3' 0.02 0.18 0.00 0.00 0.16 0.01 0.22 0.02 0.23 0.24 0.21 0.20 0.16 0.26 0.15 0.02 0.01 0.02 0.16 0.26 0.24 0.19 0.13
C4 0.02 0.01 0.11 0.16 0.00 0.06 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.14 0.08 0.27 0.02 0.24 0.44 0.28
C4' 0.01 0.12 0.02 0.01 0.06 0.00 0.08 0.01 0.08 0.16 0.09 0.17 0.12 0.14 0.06 0.18 0.03 0.00 0.02 0.09 0.19 0.14 0.10
C5 0.01 0.01 0.08 0.22 0.00 0.08 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.18 0.15 0.04 0.36 0.01 0.30 0.61 0.40
C5' 0.05 0.23 0.12 0.02 0.13 0.01 0.14 0.00 0.15 0.20 0.19 0.29 0.21 0.20 0.09 0.08 0.13 0.02 0.01 0.17 0.12 0.13 0.02
C6 0.02 0.01 0.11 0.23 0.01 0.08 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.19 0.18 0.07 0.36 0.01 0.33 0.64 0.41
C8 0.01 0.01 0.11 0.24 0.01 0.16 0.01 0.20 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.22 0.18 0.10 0.44 0.02 0.34 0.61 0.45
N1 0.03 0.01 0.17 0.21 0.01 0.09 0.01 0.19 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.19 0.20 0.12 0.31 0.01 0.33 0.54 0.34
N2 0.05 0.01 0.24 0.20 0.01 0.17 0.01 0.29 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.25 0.31 0.19 0.29 0.02 0.46 0.42 0.35
N3 0.04 0.01 0.20 0.16 0.00 0.12 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.19 0.24 0.15 0.24 0.02 0.32 0.37 0.27
N7 0.01 0.01 0.08 0.26 0.01 0.14 0.00 0.20 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.23 0.20 0.06 0.46 0.02 0.40 0.73 0.51
N9 0.01 0.02 0.03 0.15 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.12 0.08 0.02 0.28 0.02 0.20 0.41 0.27
O2' 0.02 0.21 0.00 0.02 0.14 0.18 0.18 0.08 0.19 0.22 0.19 0.25 0.19 0.23 0.12 0.00 0.08 0.13 0.18 0.21 0.29 0.37 0.22
O3' 0.17 0.24 0.03 0.01 0.14 0.03 0.15 0.13 0.18 0.18 0.20 0.31 0.24 0.20 0.08 0.08 0.00 0.12 0.22 0.21 0.38 0.31 0.25
O4' 0.01 0.15 0.01 0.02 0.08 0.00 0.04 0.02 0.07 0.10 0.12 0.19 0.15 0.06 0.02 0.13 0.12 0.00 0.14 0.06 0.20 0.24 0.18
O5' 0.17 0.27 0.24 0.16 0.27 0.02 0.36 0.01 0.36 0.44 0.31 0.29 0.24 0.46 0.28 0.18 0.22 0.14 0.00 0.41 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.10 0.26 0.02 0.09 0.01 0.17 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.21 0.21 0.06 0.41 0.00 0.39 0.74 0.48
OP1 0.19 0.36 0.29 0.24 0.24 0.19 0.30 0.12 0.33 0.34 0.33 0.46 0.32 0.40 0.20 0.29 0.38 0.20 0.02 0.39 0.00 0.02 0.01
OP2 0.25 0.43 0.33 0.19 0.44 0.14 0.61 0.13 0.64 0.61 0.54 0.42 0.37 0.73 0.41 0.37 0.31 0.24 0.02 0.74 0.02 0.00 0.01
P 0.16 0.31 0.25 0.13 0.28 0.10 0.40 0.02 0.41 0.45 0.34 0.35 0.27 0.51 0.27 0.22 0.25 0.18 0.01 0.48 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.43 2.96 1.17 0.96 2.41 0.84 2.82 0.70 3.34 2.02 3.36 2.50 3.77 2.61 1.90 1.19 0.98 1.22 0.52 0.71 0.47 0.22
C2 1.08 2.02 0.91 0.80 1.77 0.67 2.06 0.64 2.28 1.64 2.23 1.77 2.49 2.03 1.46 0.87 0.84 0.98 0.47 0.66 0.52 0.22
C2' 1.60 3.14 1.37 1.21 2.56 1.03 2.98 0.86 3.53 2.14 3.55 2.67 3.99 2.73 2.05 1.35 1.20 1.37 0.71 0.74 0.53 0.40
C3' 1.59 3.17 1.33 1.15 2.56 1.01 2.98 0.85 3.55 2.14 3.58 2.67 4.04 2.73 2.04 1.32 1.14 1.37 0.69 0.77 0.53 0.40
C4 1.25 2.44 1.02 0.82 2.08 0.73 2.45 0.63 2.80 1.87 2.75 2.09 3.12 2.38 1.69 1.02 0.84 1.08 0.47 0.72 0.48 0.19
C4' 1.50 3.15 1.21 0.98 2.51 0.89 2.93 0.75 3.52 2.08 3.58 2.63 4.02 2.68 1.97 1.26 1.01 1.29 0.56 0.74 0.44 0.25
C5 1.17 2.21 0.97 0.71 1.91 0.66 2.26 0.57 2.55 1.79 2.49 1.91 2.86 2.24 1.58 0.99 0.74 1.00 0.44 0.75 0.49 0.21
C5' 1.50 3.09 1.20 0.95 2.47 0.91 2.90 0.77 3.47 2.07 3.52 2.58 3.97 2.66 1.95 1.27 0.99 1.28 0.59 0.78 0.45 0.30
C6 1.03 1.87 0.89 0.62 1.63 0.59 1.94 0.52 2.14 1.62 2.08 1.62 2.38 1.98 1.39 0.90 0.67 0.89 0.41 0.74 0.51 0.24
C8 1.32 2.61 1.07 0.79 2.19 0.73 2.59 0.61 3.00 1.95 2.97 2.22 3.40 2.48 1.77 1.12 0.82 1.11 0.46 0.76 0.47 0.20
N1 0.97 1.76 0.83 0.64 1.55 0.57 1.83 0.54 2.00 1.53 1.94 1.54 2.19 1.87 1.32 0.80 0.70 0.87 0.41 0.69 0.53 0.19
N2 1.00 1.85 0.90 0.88 1.63 0.70 1.88 0.71 2.08 1.48 2.03 1.64 2.25 1.84 1.34 0.84 0.95 0.98 0.52 0.62 0.52 0.30
N3 1.23 2.39 1.02 0.88 2.05 0.75 2.40 0.68 2.72 1.81 2.67 2.07 2.99 2.30 1.66 1.00 0.91 1.09 0.50 0.68 0.49 0.22
N7 1.23 2.35 1.02 0.72 2.00 0.68 2.38 0.57 2.71 1.85 2.66 2.01 3.07 2.33 1.65 1.07 0.75 1.03 0.44 0.77 0.48 0.23
N9 1.35 2.70 1.09 0.86 2.25 0.77 2.65 0.65 3.09 1.96 3.06 2.29 3.48 2.52 1.81 1.11 0.88 1.15 0.49 0.73 0.47 0.19
O2' 1.65 3.33 1.47 1.30 2.66 1.07 3.06 0.91 3.67 2.13 3.74 2.81 4.15 2.73 2.09 1.47 1.29 1.40 0.72 0.72 0.49 0.43
O3' 1.70 3.37 1.43 1.23 2.69 1.11 3.09 0.94 3.71 2.20 3.79 2.84 4.21 2.79 2.14 1.45 1.22 1.48 0.73 0.76 0.50 0.42
O4' 1.45 3.03 1.15 0.88 2.44 0.82 2.87 0.70 3.43 2.04 3.46 2.54 3.90 2.64 1.92 1.23 0.92 1.23 0.49 0.74 0.46 0.20
O5' 1.49 2.98 1.22 0.96 2.43 0.89 2.86 0.73 3.39 2.10 3.40 2.50 3.87 2.68 1.95 1.27 0.96 1.27 0.64 0.77 0.62 0.39
O6 0.96 1.68 0.90 0.58 1.47 0.56 1.74 0.50 1.91 1.50 1.86 1.46 2.13 1.81 1.27 0.92 0.64 0.81 0.42 0.76 0.52 0.33
OP1 1.51 2.99 1.25 1.02 2.42 0.98 2.84 0.84 3.39 2.09 3.42 2.50 3.88 2.65 1.95 1.33 1.05 1.30 0.73 0.86 0.59 0.47
OP2 1.49 2.81 1.27 0.99 2.34 0.92 2.76 0.78 3.22 2.11 3.20 2.38 3.68 2.64 1.93 1.31 0.99 1.26 0.77 0.85 0.83 0.61
P 1.47 2.90 1.22 0.94 2.37 0.89 2.80 0.74 3.32 2.08 3.32 2.44 3.81 2.64 1.92 1.30 0.96 1.23 0.66 0.80 0.65 0.44

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.09 0.02 0.02 0.04 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.31 0.01 0.29 0.50 0.55 0.37
C2 0.04 0.00 0.40 0.35 0.01 0.29 0.01 0.45 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.36 0.33 0.38 0.62 0.86 1.03 0.79
C2' 0.01 0.40 0.00 0.01 0.21 0.02 0.12 0.20 0.20 0.21 0.32 0.40 0.16 0.12 0.04 0.00 0.03 0.02 0.39 0.60 0.53 0.45
C3' 0.02 0.35 0.01 0.00 0.29 0.01 0.35 0.03 0.39 0.31 0.38 0.31 0.41 0.36 0.22 0.02 0.01 0.03 0.23 0.41 0.28 0.22
C4 0.02 0.01 0.21 0.29 0.00 0.13 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.19 0.19 0.20 0.51 0.72 0.87 0.61
C4' 0.01 0.29 0.02 0.01 0.13 0.00 0.12 0.01 0.14 0.27 0.21 0.28 0.14 0.23 0.10 0.31 0.03 0.00 0.02 0.28 0.30 0.10
C5 0.02 0.01 0.12 0.35 0.01 0.12 0.00 0.27 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.27 0.18 0.10 0.61 0.83 1.01 0.71
C5' 0.09 0.45 0.20 0.03 0.24 0.01 0.27 0.00 0.30 0.42 0.38 0.41 0.32 0.39 0.19 0.13 0.21 0.02 0.01 0.33 0.32 0.02
C6 0.02 0.01 0.20 0.39 0.01 0.14 0.01 0.30 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.25 0.23 0.18 0.62 0.88 1.09 0.76
C8 0.02 0.02 0.21 0.31 0.01 0.27 0.01 0.42 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.45 0.17 0.21 0.70 0.88 0.94 0.74
N1 0.04 0.00 0.32 0.38 0.01 0.21 0.01 0.38 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.28 0.28 0.30 0.62 0.88 1.09 0.79
N3 0.04 0.01 0.40 0.31 0.00 0.28 0.01 0.41 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.36 0.33 0.38 0.55 0.77 0.91 0.69
N6 0.03 0.01 0.16 0.41 0.02 0.14 0.02 0.32 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.30 0.26 0.13 0.68 0.95 1.19 0.83
N7 0.01 0.01 0.12 0.36 0.01 0.23 0.00 0.39 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.43 0.21 0.12 0.73 0.95 1.09 0.81
N9 0.01 0.02 0.04 0.22 0.01 0.10 0.01 0.19 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.21 0.13 0.02 0.47 0.66 0.75 0.53
O2' 0.02 0.36 0.00 0.02 0.19 0.31 0.27 0.13 0.25 0.45 0.28 0.36 0.30 0.43 0.21 0.00 0.06 0.21 0.28 0.53 0.47 0.33
O3' 0.31 0.33 0.03 0.01 0.19 0.03 0.18 0.21 0.23 0.17 0.28 0.33 0.26 0.21 0.13 0.06 0.00 0.22 0.36 0.76 0.47 0.46
O4' 0.01 0.38 0.02 0.03 0.20 0.00 0.10 0.02 0.18 0.21 0.30 0.38 0.13 0.12 0.02 0.21 0.22 0.00 0.25 0.43 0.54 0.34
O5' 0.29 0.62 0.39 0.23 0.51 0.02 0.61 0.01 0.62 0.70 0.62 0.55 0.68 0.73 0.47 0.28 0.36 0.25 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.50 0.86 0.60 0.41 0.72 0.28 0.83 0.33 0.88 0.88 0.88 0.77 0.95 0.95 0.66 0.53 0.76 0.43 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.55 1.03 0.53 0.28 0.87 0.30 1.01 0.32 1.09 0.94 1.09 0.91 1.19 1.09 0.75 0.47 0.47 0.54 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.37 0.79 0.45 0.22 0.61 0.10 0.71 0.02 0.76 0.74 0.79 0.69 0.83 0.81 0.53 0.33 0.46 0.34 0.01 0.01 0.01 0.00