ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 16399

back

Distances from reference structure (by RMSD)

14, 42, 30, 6, 2, 2, 3, 7, 7, 5, 8, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 196,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 B 0, 0.294, 0.962, 1.630, 1.994 max_d=1.994 avg_d=0.962 std_dev=0.668
N1 A 0, 0.372, 1.182, 1.992, 2.518 max_d=2.518 avg_d=1.182 std_dev=0.810
C6 A 0, 0.267, 1.179, 2.091, 2.656 max_d=2.656 avg_d=1.179 std_dev=0.912
C5 A 0, 0.286, 1.209, 2.131, 3.185 max_d=3.185 avg_d=1.209 std_dev=0.922
C6 B 0, 0.403, 1.337, 2.270, 4.305 max_d=4.305 avg_d=1.337 std_dev=0.934
C4 A 0, 0.408, 1.348, 2.287, 2.911 max_d=2.911 avg_d=1.348 std_dev=0.939
C2 A 0, 0.521, 1.582, 2.642, 3.583 max_d=3.583 avg_d=1.582 std_dev=1.060
N9 A 0, 0.569, 1.634, 2.698, 3.354 max_d=3.354 avg_d=1.634 std_dev=1.065
C1' B 0, 0.304, 1.453, 2.602, 3.080 max_d=3.080 avg_d=1.453 std_dev=1.149
C2 B 0, 0.490, 1.683, 2.875, 3.468 max_d=3.468 avg_d=1.683 std_dev=1.192
N3 A 0, 0.500, 1.695, 2.891, 3.486 max_d=3.486 avg_d=1.695 std_dev=1.195
C8 A 0, 0.366, 1.622, 2.878, 4.871 max_d=4.871 avg_d=1.622 std_dev=1.256
O5' B 0, 0.695, 2.005, 3.316, 4.422 max_d=4.422 avg_d=2.005 std_dev=1.311
O2 B 0, 0.607, 1.924, 3.241, 4.386 max_d=4.386 avg_d=1.924 std_dev=1.317
N7 A 0, 0.139, 1.512, 2.886, 5.363 max_d=5.363 avg_d=1.512 std_dev=1.374
O6 A 0, 0.124, 1.500, 2.877, 4.069 max_d=4.069 avg_d=1.500 std_dev=1.376
N2 A 0, 0.659, 2.138, 3.618, 5.248 max_d=5.248 avg_d=2.138 std_dev=1.480
C1' A 0, 0.611, 2.119, 3.627, 4.696 max_d=4.696 avg_d=2.119 std_dev=1.508
P B 0, 0.720, 2.238, 3.757, 6.248 max_d=6.248 avg_d=2.238 std_dev=1.519
O4' B 0, 0.215, 1.826, 3.437, 4.355 max_d=4.355 avg_d=1.826 std_dev=1.611
OP2 B 0, 0.501, 2.150, 3.800, 6.806 max_d=6.806 avg_d=2.150 std_dev=1.650
O4' A 0, 0.880, 2.643, 4.405, 5.450 max_d=5.450 avg_d=2.643 std_dev=1.762
C5 B 0, 0.596, 2.422, 4.248, 5.933 max_d=5.933 avg_d=2.422 std_dev=1.826
C5' B 0, 0.747, 2.743, 4.738, 5.802 max_d=5.802 avg_d=2.743 std_dev=1.996
N3 B 0, 0.684, 2.688, 4.693, 5.347 max_d=5.347 avg_d=2.688 std_dev=2.004
OP1 B 0, 1.123, 3.152, 5.181, 7.030 max_d=7.030 avg_d=3.152 std_dev=2.029
C2' B 0, 0.237, 2.301, 4.365, 5.244 max_d=5.244 avg_d=2.301 std_dev=2.064
C4' B 0, 0.412, 2.547, 4.683, 5.883 max_d=5.883 avg_d=2.547 std_dev=2.136
C3' B 0, 0.384, 2.558, 4.732, 6.035 max_d=6.035 avg_d=2.558 std_dev=2.174
O2' A 0, 0.915, 3.170, 5.424, 6.879 max_d=6.879 avg_d=3.170 std_dev=2.255
C2' A 0, 0.573, 2.862, 5.151, 6.562 max_d=6.562 avg_d=2.862 std_dev=2.289
C4 B 0, 0.649, 3.037, 5.425, 6.306 max_d=6.306 avg_d=3.037 std_dev=2.388
C4' A 0, 0.936, 3.377, 5.817, 7.211 max_d=7.211 avg_d=3.377 std_dev=2.441
O5' A 0, 1.363, 3.904, 6.445, 8.233 max_d=8.233 avg_d=3.904 std_dev=2.541
C5' A 0, 1.295, 3.842, 6.390, 7.659 max_d=7.659 avg_d=3.842 std_dev=2.547
C3' A 0, 0.740, 3.478, 6.216, 7.952 max_d=7.952 avg_d=3.478 std_dev=2.738
OP2 A 0, 1.135, 3.949, 6.764, 11.758 max_d=11.758 avg_d=3.949 std_dev=2.814
P A 0, 1.322, 4.186, 7.050, 10.754 max_d=10.754 avg_d=4.186 std_dev=2.864
O2' B 0, 0.413, 3.289, 6.164, 7.363 max_d=7.363 avg_d=3.289 std_dev=2.875
O3' B 0, 0.375, 3.633, 6.891, 8.790 max_d=8.790 avg_d=3.633 std_dev=3.258
OP1 A 0, 1.248, 4.624, 8.000, 12.728 max_d=12.728 avg_d=4.624 std_dev=3.376
O3' A 0, 0.818, 4.215, 7.611, 9.764 max_d=9.764 avg_d=4.215 std_dev=3.397
N4 B 0, 0.821, 4.253, 7.685, 8.872 max_d=8.872 avg_d=4.253 std_dev=3.432

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.09 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.37 0.01 0.39 0.03 0.58 0.37 0.33
C2 0.03 0.00 0.36 0.28 0.01 0.17 0.01 0.29 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.37 0.39 0.31 0.49 0.02 0.61 0.36 0.37
C2' 0.01 0.36 0.00 0.00 0.20 0.01 0.12 0.23 0.19 0.17 0.29 0.43 0.35 0.09 0.03 0.00 0.04 0.02 0.53 0.16 0.91 0.60 0.62
C3' 0.01 0.28 0.00 0.00 0.29 0.01 0.40 0.02 0.42 0.42 0.35 0.26 0.23 0.46 0.26 0.02 0.01 0.02 0.32 0.47 0.64 0.19 0.32
C4 0.02 0.01 0.20 0.29 0.00 0.09 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.27 0.20 0.17 0.59 0.02 0.70 0.52 0.52
C4' 0.01 0.17 0.01 0.01 0.09 0.00 0.14 0.01 0.13 0.25 0.13 0.23 0.16 0.23 0.10 0.33 0.03 0.01 0.02 0.16 0.28 0.33 0.12
C5 0.02 0.01 0.12 0.40 0.01 0.14 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.35 0.13 0.08 0.77 0.02 0.88 0.82 0.77
C5' 0.09 0.29 0.23 0.02 0.19 0.01 0.21 0.00 0.24 0.25 0.26 0.35 0.26 0.27 0.13 0.11 0.24 0.02 0.01 0.26 0.33 0.42 0.02
C6 0.02 0.01 0.19 0.42 0.01 0.13 0.01 0.24 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.36 0.16 0.15 0.76 0.01 0.87 0.81 0.76
C8 0.01 0.02 0.17 0.42 0.01 0.25 0.01 0.25 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.42 0.21 0.16 0.91 0.03 1.01 0.98 0.95
N1 0.03 0.01 0.29 0.35 0.01 0.13 0.01 0.26 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.35 0.25 0.24 0.62 0.02 0.72 0.57 0.55
N2 0.04 0.01 0.43 0.26 0.01 0.23 0.01 0.35 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.43 0.52 0.37 0.41 0.02 0.58 0.28 0.32
N3 0.03 0.01 0.35 0.23 0.00 0.16 0.01 0.26 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.33 0.42 0.30 0.44 0.02 0.59 0.31 0.32
N7 0.01 0.01 0.09 0.46 0.01 0.23 0.00 0.27 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.43 0.25 0.08 0.94 0.03 1.09 1.11 1.04
N9 0.01 0.02 0.03 0.26 0.01 0.10 0.01 0.13 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.23 0.11 0.02 0.63 0.03 0.73 0.58 0.57
O2' 0.02 0.37 0.00 0.02 0.27 0.33 0.35 0.11 0.36 0.42 0.35 0.43 0.33 0.43 0.23 0.00 0.07 0.23 0.34 0.40 0.85 0.67 0.53
O3' 0.37 0.39 0.04 0.01 0.20 0.03 0.13 0.24 0.16 0.21 0.25 0.52 0.42 0.25 0.11 0.07 0.00 0.27 0.29 0.21 0.55 0.26 0.28
O4' 0.01 0.31 0.02 0.02 0.17 0.01 0.08 0.02 0.15 0.16 0.24 0.37 0.30 0.08 0.02 0.23 0.27 0.00 0.31 0.11 0.37 0.38 0.22
O5' 0.39 0.49 0.53 0.32 0.59 0.02 0.77 0.01 0.76 0.91 0.62 0.41 0.44 0.94 0.63 0.34 0.29 0.31 0.00 0.84 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.16 0.47 0.02 0.16 0.02 0.26 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.40 0.21 0.11 0.84 0.00 1.00 0.99 0.90
OP1 0.58 0.61 0.91 0.64 0.70 0.28 0.88 0.33 0.87 1.01 0.72 0.58 0.59 1.09 0.73 0.85 0.55 0.37 0.02 1.00 0.00 0.02 0.01
OP2 0.37 0.36 0.60 0.19 0.52 0.33 0.82 0.42 0.81 0.98 0.57 0.28 0.31 1.11 0.58 0.67 0.26 0.38 0.02 0.99 0.02 0.00 0.01
P 0.33 0.37 0.62 0.32 0.52 0.12 0.77 0.02 0.76 0.95 0.55 0.32 0.32 1.04 0.57 0.53 0.28 0.22 0.01 0.90 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.94 3.40 1.87 1.24 4.35 1.21 3.55 1.15 2.68 2.65 4.21 5.21 3.30 1.96 1.14 1.43 0.61 1.12 1.08 0.27
C2 1.43 2.48 1.45 0.94 3.20 0.86 2.81 0.94 2.16 2.03 3.00 3.62 2.33 1.35 0.73 1.03 0.56 1.05 1.12 0.24
C2' 2.33 3.77 2.21 1.59 4.76 1.55 3.90 1.35 3.02 3.01 4.61 5.68 3.68 2.29 1.46 1.82 0.88 1.01 1.25 0.45
C3' 2.34 3.87 2.18 1.54 4.90 1.46 4.04 1.24 3.12 3.08 4.74 5.87 3.77 2.24 1.43 1.79 0.86 1.03 1.29 0.46
C4 1.65 2.84 1.65 1.07 3.64 1.10 3.08 1.11 2.32 2.25 3.47 4.27 2.74 1.79 1.03 1.21 0.54 1.13 1.08 0.24
C4' 2.05 3.67 1.94 1.27 4.69 1.16 3.79 1.06 2.86 2.84 4.56 5.65 3.58 2.02 1.21 1.45 0.58 1.16 1.12 0.29
C5 1.54 2.49 1.64 1.11 3.12 1.17 2.68 1.16 2.00 1.97 2.97 3.66 2.47 1.95 1.26 1.14 0.50 1.17 1.06 0.33
C5' 1.98 3.55 1.89 1.24 4.52 1.16 3.65 1.08 2.74 2.72 4.42 5.46 3.50 2.06 1.30 1.38 0.56 1.27 1.10 0.42
C6 1.30 2.00 1.50 1.04 2.52 1.08 2.24 1.11 1.67 1.61 2.36 2.94 2.00 1.81 1.20 0.97 0.48 1.17 1.05 0.38
C8 1.77 2.93 1.80 1.25 3.65 1.30 3.03 1.22 2.27 2.27 3.55 4.35 2.94 2.17 1.44 1.33 0.53 1.18 1.06 0.32
N1 1.18 1.97 1.29 0.79 2.56 0.85 2.31 0.98 1.75 1.62 2.37 2.92 1.88 1.38 0.73 0.86 0.45 1.11 1.10 0.23
N2 1.49 2.51 1.54 1.16 3.11 0.85 2.74 0.82 2.18 2.08 2.97 3.43 2.37 1.28 0.97 1.07 0.67 0.95 1.14 0.38
N3 1.66 2.90 1.64 1.08 3.74 1.00 3.19 1.02 2.43 2.33 3.54 4.33 2.75 1.58 0.88 1.20 0.59 1.07 1.10 0.26
N7 1.65 2.60 1.77 1.28 3.19 1.31 2.69 1.22 2.01 2.02 3.09 3.79 2.67 2.22 1.55 1.24 0.52 1.20 1.05 0.39
N9 1.80 3.10 1.77 1.17 3.95 1.21 3.27 1.16 2.45 2.42 3.80 4.69 3.02 1.96 1.18 1.33 0.56 1.15 1.07 0.26
O2' 2.44 3.85 2.31 1.68 4.76 1.69 3.85 1.49 3.02 3.07 4.68 5.66 3.80 2.39 1.49 1.99 1.01 1.10 1.23 0.65
O3' 2.39 4.02 2.18 1.48 5.10 1.36 4.20 1.16 3.26 3.20 4.94 6.10 3.90 2.18 1.32 1.80 0.84 1.03 1.30 0.50
O4' 1.90 3.44 1.83 1.17 4.40 1.12 3.54 1.10 2.66 2.64 4.29 5.29 3.36 1.94 1.14 1.34 0.57 1.26 1.04 0.40
O5' 2.33 3.63 2.30 1.76 4.42 1.75 3.58 1.59 2.78 2.86 4.38 5.28 3.66 2.60 1.90 1.86 1.02 1.39 1.06 0.68
O6 1.24 1.64 1.57 1.23 2.00 1.17 1.83 1.14 1.36 1.33 1.87 2.37 1.75 2.00 1.52 0.95 0.56 1.20 1.03 0.56
OP1 2.42 3.69 2.44 1.90 4.45 1.83 3.63 1.60 2.85 2.93 4.42 5.32 3.73 2.77 2.07 1.93 1.14 1.38 1.22 0.77
OP2 2.13 3.26 2.22 1.75 3.95 1.69 3.22 1.48 2.47 2.55 3.91 4.75 3.36 2.65 2.05 1.67 0.92 1.37 1.11 0.66
P 2.17 3.43 2.20 1.69 4.19 1.67 3.38 1.50 2.60 2.67 4.15 5.04 3.48 2.56 1.90 1.71 0.93 1.40 1.05 0.65

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.02 0.03 0.05 0.02 0.22 0.01 0.26 0.31 0.33 0.27
C2 0.03 0.00 0.12 0.20 0.01 0.12 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.23 0.17 0.11 0.43 0.45 0.49 0.44
C2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.06 0.02 0.08 0.13 0.11 0.03 0.11 0.07 0.21 0.00 0.03 0.01 0.29 0.48 0.60 0.41
C3' 0.01 0.20 0.01 0.00 0.28 0.01 0.30 0.03 0.28 0.17 0.24 0.30 0.24 0.03 0.01 0.02 0.20 0.43 0.31 0.23
C4 0.02 0.01 0.06 0.28 0.00 0.12 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.24 0.15 0.04 0.62 0.64 0.83 0.67
C4' 0.01 0.12 0.02 0.01 0.12 0.00 0.18 0.01 0.18 0.07 0.11 0.13 0.21 0.22 0.02 0.01 0.02 0.22 0.23 0.07
C5 0.02 0.01 0.08 0.30 0.01 0.18 0.00 0.28 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.24 0.20 0.08 0.71 0.72 0.95 0.78
C5' 0.05 0.19 0.13 0.03 0.20 0.01 0.28 0.00 0.27 0.11 0.19 0.22 0.32 0.11 0.16 0.02 0.01 0.27 0.30 0.02
C6 0.02 0.01 0.11 0.28 0.01 0.18 0.00 0.27 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.21 0.18 0.11 0.65 0.61 0.74 0.66
N1 0.01 0.01 0.03 0.17 0.01 0.07 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.14 0.09 0.02 0.44 0.42 0.46 0.42
N3 0.02 0.01 0.11 0.24 0.01 0.11 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.25 0.14 0.09 0.52 0.54 0.63 0.54
N4 0.03 0.02 0.07 0.30 0.01 0.13 0.02 0.22 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.26 0.18 0.05 0.66 0.72 0.95 0.74
O2 0.05 0.01 0.21 0.24 0.02 0.21 0.02 0.32 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.30 0.32 0.19 0.41 0.47 0.50 0.45
O2' 0.02 0.23 0.00 0.03 0.24 0.22 0.24 0.11 0.21 0.14 0.25 0.26 0.30 0.00 0.07 0.16 0.20 0.43 0.68 0.37
O3' 0.22 0.17 0.03 0.01 0.15 0.02 0.20 0.16 0.18 0.09 0.14 0.18 0.32 0.07 0.00 0.15 0.24 0.48 0.23 0.22
O4' 0.01 0.11 0.01 0.02 0.04 0.01 0.08 0.02 0.11 0.02 0.09 0.05 0.19 0.16 0.15 0.00 0.21 0.26 0.22 0.23
O5' 0.26 0.43 0.29 0.20 0.62 0.02 0.71 0.01 0.65 0.44 0.52 0.66 0.41 0.20 0.24 0.21 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.31 0.45 0.48 0.43 0.64 0.22 0.72 0.27 0.61 0.42 0.54 0.72 0.47 0.43 0.48 0.26 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.33 0.49 0.60 0.31 0.83 0.23 0.95 0.30 0.74 0.46 0.63 0.95 0.50 0.68 0.23 0.22 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.27 0.44 0.41 0.23 0.67 0.07 0.78 0.02 0.66 0.42 0.54 0.74 0.45 0.37 0.22 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00