ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 16400

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 3, 11, 5, 6, 46, 26, 12, 113,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N9 B 0, 0.922, 1.273, 1.625, 3.264 max_d=3.264 avg_d=1.273 std_dev=0.351
C4 B 0, 0.679, 1.056, 1.433, 2.344 max_d=2.344 avg_d=1.056 std_dev=0.377
O4' B 0, 1.006, 1.418, 1.829, 4.290 max_d=4.290 avg_d=1.418 std_dev=0.411
N1 A 0, 0.993, 1.419, 1.844, 4.095 max_d=4.095 avg_d=1.419 std_dev=0.426
C4 A 0, 0.829, 1.257, 1.685, 3.050 max_d=3.050 avg_d=1.257 std_dev=0.428
C1' B 0, 0.806, 1.256, 1.707, 3.347 max_d=3.347 avg_d=1.256 std_dev=0.450
N3 A 0, 1.231, 1.693, 2.155, 3.267 max_d=3.267 avg_d=1.693 std_dev=0.462
C5 B 0, 1.243, 1.759, 2.274, 4.065 max_d=4.065 avg_d=1.759 std_dev=0.515
C2 A 0, 1.070, 1.609, 2.148, 2.754 max_d=2.754 avg_d=1.609 std_dev=0.539
N9 A 0, 1.169, 1.728, 2.286, 4.542 max_d=4.542 avg_d=1.728 std_dev=0.558
C8 A 0, 1.523, 2.226, 2.928, 6.147 max_d=6.147 avg_d=2.226 std_dev=0.703
C6 B 0, 1.357, 2.086, 2.814, 4.121 max_d=4.121 avg_d=2.086 std_dev=0.729
C5 A 0, 0.760, 1.503, 2.246, 4.146 max_d=4.146 avg_d=1.503 std_dev=0.743
N7 B 0, 1.910, 2.736, 3.562, 6.245 max_d=6.245 avg_d=2.736 std_dev=0.826
C2' B 0, 1.213, 2.046, 2.878, 4.128 max_d=4.128 avg_d=2.046 std_dev=0.832
N1 B 0, 1.402, 2.327, 3.252, 4.630 max_d=4.630 avg_d=2.327 std_dev=0.925
O5' B 0, 1.138, 2.074, 3.009, 5.242 max_d=5.242 avg_d=2.074 std_dev=0.936
N3 B 0, 0.693, 1.651, 2.610, 3.757 max_d=3.757 avg_d=1.651 std_dev=0.958
C1' A 0, 1.422, 2.382, 3.342, 5.386 max_d=5.386 avg_d=2.382 std_dev=0.960
C8 B 0, 1.434, 2.414, 3.394, 5.679 max_d=5.679 avg_d=2.414 std_dev=0.980
N7 A 0, 1.338, 2.341, 3.343, 6.282 max_d=6.282 avg_d=2.341 std_dev=1.002
C4' B 0, 1.009, 2.034, 3.059, 5.456 max_d=5.456 avg_d=2.034 std_dev=1.025
N2 A 0, 1.358, 2.419, 3.479, 4.683 max_d=4.683 avg_d=2.419 std_dev=1.060
P B 0, 1.451, 2.547, 3.643, 7.868 max_d=7.868 avg_d=2.547 std_dev=1.096
C6 A 0, 0.369, 1.474, 2.579, 5.480 max_d=5.480 avg_d=1.474 std_dev=1.105
O6 B 0, 1.522, 2.686, 3.850, 6.398 max_d=6.398 avg_d=2.686 std_dev=1.164
OP2 B 0, 1.727, 2.909, 4.091, 7.179 max_d=7.179 avg_d=2.909 std_dev=1.182
O4' A 0, 1.565, 2.750, 3.935, 7.718 max_d=7.718 avg_d=2.750 std_dev=1.185
C5' B 0, 1.082, 2.280, 3.479, 5.325 max_d=5.325 avg_d=2.280 std_dev=1.199
C2 B 0, 0.896, 2.277, 3.657, 5.331 max_d=5.331 avg_d=2.277 std_dev=1.381
C2' A 0, 1.812, 3.212, 4.612, 6.829 max_d=6.829 avg_d=3.212 std_dev=1.400
C3' B 0, 0.881, 2.289, 3.697, 5.599 max_d=5.599 avg_d=2.289 std_dev=1.408
OP1 B 0, 1.728, 3.224, 4.721, 9.863 max_d=9.863 avg_d=3.224 std_dev=1.497
C4' A 0, 2.013, 3.529, 5.045, 8.091 max_d=8.091 avg_d=3.529 std_dev=1.516
C3' A 0, 2.086, 3.653, 5.220, 7.576 max_d=7.576 avg_d=3.653 std_dev=1.567
C5' A 0, 2.114, 3.710, 5.306, 9.531 max_d=9.531 avg_d=3.710 std_dev=1.596
O2' B 0, 0.798, 2.437, 4.075, 6.569 max_d=6.569 avg_d=2.437 std_dev=1.638
O6 A 0, 0.468, 2.183, 3.898, 7.733 max_d=7.733 avg_d=2.183 std_dev=1.715
O5' A 0, 1.920, 3.881, 5.842, 8.776 max_d=8.776 avg_d=3.881 std_dev=1.961
O2' A 0, 1.594, 3.603, 5.612, 9.087 max_d=9.087 avg_d=3.603 std_dev=2.009
OP2 A 0, 2.473, 4.508, 6.543, 12.697 max_d=12.697 avg_d=4.508 std_dev=2.035
O3' B 0, 0.866, 2.908, 4.949, 8.212 max_d=8.212 avg_d=2.908 std_dev=2.042
P A 0, 2.389, 4.513, 6.637, 10.747 max_d=10.747 avg_d=4.513 std_dev=2.124
O3' A 0, 2.427, 4.641, 6.855, 10.249 max_d=10.249 avg_d=4.641 std_dev=2.214
N2 B 0, 0.951, 3.278, 5.606, 7.878 max_d=7.878 avg_d=3.278 std_dev=2.328
OP1 A 0, 2.635, 5.316, 7.996, 12.384 max_d=12.384 avg_d=5.316 std_dev=2.680

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.15 0.03 0.02 0.04 0.06 0.05 0.02 0.01 0.02 0.35 0.01 0.18 0.03 0.29 0.62 0.27
C2 0.05 0.00 0.30 0.31 0.01 0.20 0.01 0.44 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.60 0.34 0.18 0.46 0.02 0.72 1.03 0.64
C2' 0.01 0.30 0.00 0.00 0.15 0.02 0.07 0.28 0.12 0.16 0.22 0.37 0.30 0.11 0.02 0.01 0.03 0.02 0.36 0.09 0.41 0.64 0.39
C3' 0.02 0.31 0.00 0.00 0.25 0.01 0.35 0.02 0.35 0.43 0.31 0.38 0.29 0.45 0.24 0.02 0.01 0.02 0.41 0.40 0.43 0.21 0.33
C4 0.02 0.01 0.15 0.25 0.00 0.09 0.01 0.30 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.37 0.16 0.09 0.29 0.02 0.52 0.86 0.45
C4' 0.01 0.20 0.02 0.01 0.09 0.00 0.10 0.01 0.11 0.19 0.15 0.26 0.19 0.17 0.07 0.34 0.03 0.01 0.02 0.12 0.16 0.34 0.06
C5 0.02 0.01 0.07 0.35 0.01 0.10 0.00 0.29 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.35 0.15 0.05 0.32 0.02 0.59 0.89 0.49
C5' 0.15 0.44 0.28 0.02 0.30 0.01 0.29 0.00 0.32 0.30 0.39 0.52 0.40 0.30 0.22 0.09 0.25 0.02 0.01 0.32 0.17 0.38 0.02
C6 0.03 0.01 0.12 0.35 0.01 0.11 0.01 0.32 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.42 0.17 0.08 0.34 0.01 0.65 0.94 0.54
C8 0.02 0.02 0.16 0.43 0.01 0.19 0.01 0.30 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.26 0.24 0.12 0.45 0.03 0.57 0.82 0.52
N1 0.04 0.01 0.22 0.31 0.01 0.15 0.01 0.39 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.52 0.22 0.14 0.40 0.02 0.71 1.01 0.60
N2 0.06 0.01 0.37 0.38 0.02 0.26 0.02 0.52 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.70 0.48 0.22 0.56 0.03 0.84 1.13 0.75
N3 0.05 0.01 0.30 0.29 0.01 0.19 0.01 0.40 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.57 0.37 0.18 0.41 0.02 0.62 0.95 0.56
N7 0.02 0.01 0.11 0.45 0.01 0.17 0.00 0.30 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.30 0.27 0.08 0.43 0.03 0.64 0.88 0.56
N9 0.01 0.02 0.02 0.24 0.01 0.07 0.01 0.22 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.19 0.11 0.02 0.25 0.03 0.42 0.75 0.37
O2' 0.02 0.60 0.01 0.02 0.37 0.34 0.35 0.09 0.42 0.26 0.52 0.70 0.57 0.30 0.19 0.00 0.06 0.23 0.37 0.41 0.41 0.63 0.33
O3' 0.35 0.34 0.03 0.01 0.16 0.03 0.15 0.25 0.17 0.24 0.22 0.48 0.37 0.27 0.11 0.06 0.00 0.31 0.48 0.23 0.81 0.41 0.55
O4' 0.01 0.18 0.02 0.02 0.09 0.01 0.05 0.02 0.08 0.12 0.14 0.22 0.18 0.08 0.02 0.23 0.31 0.00 0.13 0.07 0.22 0.53 0.23
O5' 0.18 0.46 0.36 0.41 0.29 0.02 0.32 0.01 0.34 0.45 0.40 0.56 0.41 0.43 0.25 0.37 0.48 0.13 0.00 0.37 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.09 0.40 0.02 0.12 0.02 0.32 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.41 0.23 0.07 0.37 0.00 0.69 0.94 0.56
OP1 0.29 0.72 0.41 0.43 0.52 0.16 0.59 0.17 0.65 0.57 0.71 0.84 0.62 0.64 0.42 0.41 0.81 0.22 0.02 0.69 0.00 0.01 0.01
OP2 0.62 1.03 0.64 0.21 0.86 0.34 0.89 0.38 0.94 0.82 1.01 1.13 0.95 0.88 0.75 0.63 0.41 0.53 0.02 0.94 0.01 0.00 0.01
P 0.27 0.64 0.39 0.33 0.45 0.06 0.49 0.02 0.54 0.52 0.60 0.75 0.56 0.56 0.37 0.33 0.55 0.23 0.01 0.56 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 1.55 3.93 1.60 1.01 2.89 0.82 3.28 0.81 3.97 2.25 4.20 4.39 3.26 2.95 2.15 1.85 1.27 1.08 0.55 4.38 1.01 1.08 0.30
C2 1.26 3.25 1.44 0.92 2.22 0.65 2.31 0.64 2.69 1.77 3.09 3.86 2.79 2.16 1.65 1.58 1.13 0.88 0.54 2.75 0.98 1.04 0.26
C2' 1.86 4.42 1.79 1.10 3.33 0.79 3.75 0.67 4.52 2.57 4.76 4.85 3.69 3.33 2.52 2.02 1.25 1.28 0.65 4.96 1.08 1.03 0.36
C3' 1.85 4.50 1.68 0.97 3.36 0.78 3.81 0.67 4.62 2.62 4.87 4.96 3.72 3.39 2.54 1.85 1.11 1.34 0.71 5.10 0.96 1.21 0.50
C4 1.20 3.41 1.33 0.86 2.34 0.77 2.63 0.84 3.15 1.93 3.46 4.02 2.80 2.47 1.71 1.52 1.15 0.87 0.48 3.41 1.04 1.08 0.25
C4' 1.68 4.27 1.62 0.99 3.13 0.84 3.56 0.81 4.37 2.41 4.63 4.74 3.50 3.16 2.33 1.84 1.18 1.20 0.59 4.85 1.02 1.11 0.35
C5 0.95 3.05 1.12 0.88 1.91 0.94 2.18 1.03 2.68 1.72 3.04 3.78 2.43 2.16 1.36 1.30 1.21 0.81 0.46 2.93 1.06 1.08 0.26
C5' 1.50 4.02 1.48 1.03 2.85 1.00 3.27 1.06 4.07 2.21 4.36 4.55 3.24 2.90 2.09 1.72 1.34 1.14 0.62 4.55 1.28 0.94 0.46
C6 0.78 2.72 0.97 0.84 1.53 0.96 1.70 1.08 2.12 1.52 2.57 3.54 2.15 1.79 1.06 1.11 1.17 0.77 0.46 2.28 1.07 1.06 0.25
C8 1.14 3.37 1.28 0.99 2.27 1.00 2.65 1.06 3.27 1.93 3.54 4.00 2.69 2.51 1.64 1.50 1.32 0.92 0.49 3.64 1.05 1.09 0.28
N1 0.80 2.83 1.01 0.68 1.66 0.66 1.73 0.80 2.11 1.45 2.59 3.60 2.33 1.73 1.13 1.12 1.00 0.62 0.39 2.17 1.07 1.06 0.20
N2 1.61 3.30 1.83 1.28 2.43 0.86 2.37 0.64 2.65 1.83 3.06 3.77 2.99 2.13 1.89 1.96 1.36 1.17 0.74 2.59 0.85 0.96 0.36
N3 1.44 3.54 1.57 0.99 2.56 0.73 2.77 0.69 3.24 2.03 3.55 4.08 3.01 2.56 1.92 1.76 1.20 1.01 0.56 3.41 0.99 1.05 0.28
N7 1.02 3.06 1.19 1.05 1.93 1.11 2.27 1.16 2.82 1.79 3.14 3.77 2.40 2.25 1.40 1.40 1.39 0.93 0.51 3.14 1.05 1.08 0.29
N9 1.30 3.59 1.39 0.92 2.53 0.84 2.89 0.89 3.51 2.05 3.77 4.15 2.93 2.68 1.85 1.61 1.22 0.94 0.49 3.86 1.04 1.09 0.27
O2' 1.88 4.35 1.87 1.30 3.31 0.98 3.72 0.90 4.52 2.49 4.73 4.70 3.63 3.23 2.50 2.18 1.65 1.29 0.67 4.99 1.36 0.83 0.48
O3' 1.87 4.58 1.58 0.94 3.44 0.88 3.93 0.76 4.81 2.67 5.04 4.99 3.76 3.47 2.59 1.75 1.32 1.42 0.64 5.35 0.95 1.18 0.43
O4' 1.54 3.93 1.56 1.03 2.87 0.94 3.27 0.93 4.00 2.24 4.23 4.39 3.23 2.94 2.13 1.81 1.27 1.14 0.59 4.44 1.01 1.14 0.37
O5' 1.50 3.97 1.45 1.06 2.82 1.03 3.26 1.06 4.03 2.30 4.31 4.53 3.19 2.98 2.10 1.60 1.29 1.18 0.73 4.51 1.08 1.22 0.58
O6 0.87 2.39 1.01 1.08 1.19 1.25 1.35 1.30 1.72 1.50 2.19 3.27 1.84 1.61 0.93 1.14 1.38 1.01 0.61 1.88 1.02 1.00 0.34
OP1 1.55 3.85 1.53 1.40 2.68 1.43 3.09 1.49 3.88 2.20 4.20 4.44 3.06 2.79 2.01 1.72 1.73 1.39 1.03 4.37 1.54 1.12 0.92
OP2 1.34 3.22 1.36 1.50 2.09 1.63 2.49 1.73 3.16 2.00 3.47 3.88 2.46 2.42 1.62 1.60 1.98 1.42 1.14 3.60 1.75 1.04 1.09
P 1.35 3.58 1.37 1.28 2.43 1.35 2.85 1.42 3.60 2.07 3.90 4.19 2.81 2.64 1.80 1.58 1.66 1.25 0.86 4.07 1.42 1.00 0.74

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.08 0.03 0.02 0.04 0.06 0.04 0.02 0.01 0.02 0.33 0.01 0.23 0.03 0.34 0.37 0.24
C2 0.05 0.00 0.43 0.37 0.01 0.51 0.01 1.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.38 0.28 0.48 1.36 0.02 1.68 2.16 1.79
C2' 0.01 0.43 0.00 0.01 0.21 0.02 0.10 0.21 0.19 0.23 0.33 0.52 0.42 0.13 0.03 0.01 0.04 0.02 0.48 0.15 0.52 0.63 0.51
C3' 0.02 0.37 0.01 0.00 0.23 0.01 0.34 0.03 0.32 0.53 0.30 0.50 0.35 0.52 0.26 0.03 0.01 0.03 0.26 0.38 0.26 0.30 0.20
C4 0.02 0.01 0.21 0.23 0.00 0.19 0.01 0.40 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.27 0.16 0.25 0.54 0.01 0.70 0.89 0.69
C4' 0.01 0.51 0.02 0.01 0.19 0.00 0.09 0.01 0.13 0.44 0.34 0.69 0.50 0.35 0.11 0.33 0.03 0.01 0.02 0.11 0.18 0.24 0.11
C5 0.02 0.01 0.10 0.34 0.01 0.09 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.35 0.17 0.11 0.37 0.02 0.67 0.68 0.48
C5' 0.08 1.02 0.21 0.03 0.40 0.01 0.18 0.00 0.32 0.68 0.72 1.36 0.95 0.54 0.14 0.13 0.22 0.02 0.01 0.23 0.26 0.24 0.02
C6 0.03 0.01 0.19 0.32 0.01 0.13 0.01 0.32 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.37 0.21 0.20 0.46 0.01 0.76 0.91 0.65
C8 0.02 0.02 0.23 0.53 0.01 0.44 0.01 0.68 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.41 0.19 0.28 1.04 0.03 1.25 1.20 1.13
N1 0.04 0.01 0.33 0.30 0.02 0.34 0.01 0.72 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.36 0.22 0.36 0.94 0.02 1.25 1.62 1.29
N2 0.06 0.01 0.52 0.50 0.02 0.69 0.02 1.36 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.46 0.36 0.58 1.84 0.03 2.36 2.98 2.46
N3 0.04 0.01 0.42 0.35 0.01 0.50 0.01 0.95 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.34 0.29 0.48 1.27 0.02 1.44 1.83 1.56
N7 0.02 0.01 0.13 0.52 0.01 0.35 0.00 0.54 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.43 0.24 0.16 0.89 0.03 1.20 1.17 1.03
N9 0.01 0.02 0.03 0.26 0.01 0.11 0.01 0.14 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.23 0.12 0.02 0.34 0.02 0.54 0.48 0.37
O2' 0.02 0.38 0.01 0.03 0.27 0.33 0.35 0.13 0.37 0.41 0.36 0.46 0.34 0.43 0.23 0.00 0.07 0.23 0.38 0.41 0.46 0.68 0.43
O3' 0.33 0.28 0.04 0.01 0.16 0.03 0.17 0.22 0.21 0.19 0.22 0.36 0.29 0.24 0.12 0.07 0.00 0.23 0.34 0.25 0.56 0.48 0.38
O4' 0.01 0.48 0.02 0.03 0.25 0.01 0.11 0.02 0.20 0.28 0.36 0.58 0.48 0.16 0.02 0.23 0.23 0.00 0.18 0.14 0.22 0.34 0.17
O5' 0.23 1.36 0.48 0.26 0.54 0.02 0.37 0.01 0.46 1.04 0.94 1.84 1.27 0.89 0.34 0.38 0.34 0.18 0.00 0.40 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.15 0.38 0.01 0.11 0.02 0.23 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.41 0.25 0.14 0.40 0.00 0.76 0.83 0.57
OP1 0.34 1.68 0.52 0.26 0.70 0.18 0.67 0.26 0.76 1.25 1.25 2.36 1.44 1.20 0.54 0.46 0.56 0.22 0.02 0.76 0.00 0.01 0.01
OP2 0.37 2.16 0.63 0.30 0.89 0.24 0.68 0.24 0.91 1.20 1.62 2.98 1.83 1.17 0.48 0.68 0.48 0.34 0.02 0.83 0.01 0.00 0.01
P 0.24 1.79 0.51 0.20 0.69 0.11 0.48 0.02 0.65 1.13 1.29 2.46 1.56 1.03 0.37 0.43 0.38 0.17 0.01 0.57 0.01 0.01 0.00