ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 16515

back

Distances from reference structure (by RMSD)

37, 15, 0, 0, 2, 44, 8, 1, 4, 1, 1, 0, 5, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, -0.011, 0.139, 0.290, 0.880 max_d=0.880 avg_d=0.139 std_dev=0.151
C4 B 0, -0.046, 0.116, 0.278, 0.886 max_d=0.886 avg_d=0.116 std_dev=0.162
N1 B 0, 0.049, 0.242, 0.436, 1.092 max_d=1.092 avg_d=0.242 std_dev=0.193
N9 B 0, -0.051, 0.202, 0.455, 1.354 max_d=1.354 avg_d=0.202 std_dev=0.253
C2 B 0, -0.007, 0.263, 0.533, 1.590 max_d=1.590 avg_d=0.263 std_dev=0.270
N3 B 0, 0.058, 0.332, 0.606, 1.257 max_d=1.257 avg_d=0.332 std_dev=0.274
C6 A 0, 0.060, 0.352, 0.645, 1.192 max_d=1.192 avg_d=0.352 std_dev=0.293
C5 B 0, 0.082, 0.376, 0.671, 1.022 max_d=1.022 avg_d=0.376 std_dev=0.294
C2 A 0, 0.022, 0.322, 0.623, 1.635 max_d=1.635 avg_d=0.322 std_dev=0.300
C6 B 0, 0.110, 0.464, 0.818, 1.195 max_d=1.195 avg_d=0.464 std_dev=0.354
N3 A 0, -0.088, 0.285, 0.658, 1.918 max_d=1.918 avg_d=0.285 std_dev=0.373
C1' B 0, 0.076, 0.459, 0.842, 1.970 max_d=1.970 avg_d=0.459 std_dev=0.383
C1' A 0, 0.070, 0.460, 0.850, 1.986 max_d=1.986 avg_d=0.460 std_dev=0.390
C8 B 0, 0.037, 0.435, 0.833, 1.928 max_d=1.928 avg_d=0.435 std_dev=0.398
O4' A 0, -0.057, 0.383, 0.824, 2.388 max_d=2.388 avg_d=0.383 std_dev=0.441
C4 A 0, 0.067, 0.521, 0.975, 1.890 max_d=1.890 avg_d=0.521 std_dev=0.454
C5 A 0, 0.140, 0.616, 1.092, 1.851 max_d=1.851 avg_d=0.616 std_dev=0.476
N7 B 0, 0.111, 0.608, 1.106, 1.910 max_d=1.910 avg_d=0.608 std_dev=0.497
N2 B 0, 0.034, 0.534, 1.033, 2.690 max_d=2.690 avg_d=0.534 std_dev=0.499
O2 A 0, 0.113, 0.648, 1.182, 2.519 max_d=2.519 avg_d=0.648 std_dev=0.534
C4' A 0, 0.033, 0.584, 1.134, 3.109 max_d=3.109 avg_d=0.584 std_dev=0.550
O4' B 0, -0.084, 0.475, 1.033, 3.120 max_d=3.120 avg_d=0.475 std_dev=0.558
C2' B 0, 0.132, 0.694, 1.255, 2.484 max_d=2.484 avg_d=0.694 std_dev=0.561
O6 B 0, 0.166, 0.760, 1.354, 1.955 max_d=1.955 avg_d=0.760 std_dev=0.594
O4 A 0, 0.065, 0.743, 1.420, 2.878 max_d=2.878 avg_d=0.743 std_dev=0.678
C4' B 0, -0.232, 0.476, 1.184, 4.124 max_d=4.124 avg_d=0.476 std_dev=0.708
C2' A 0, 0.124, 0.874, 1.623, 3.652 max_d=3.652 avg_d=0.874 std_dev=0.749
C3' B 0, -0.023, 0.728, 1.480, 4.021 max_d=4.021 avg_d=0.728 std_dev=0.752
O2' B 0, 0.236, 1.055, 1.875, 2.484 max_d=2.484 avg_d=1.055 std_dev=0.819
C3' A 0, 0.143, 0.989, 1.834, 3.632 max_d=3.632 avg_d=0.989 std_dev=0.846
O5' B 0, -0.213, 0.644, 1.501, 4.865 max_d=4.865 avg_d=0.644 std_dev=0.857
C5' B 0, -0.390, 0.499, 1.388, 5.176 max_d=5.176 avg_d=0.499 std_dev=0.889
C5' A 0, -0.190, 0.706, 1.602, 6.058 max_d=6.058 avg_d=0.706 std_dev=0.896
P B 0, -0.134, 0.935, 2.005, 5.744 max_d=5.744 avg_d=0.935 std_dev=1.070
O2' A 0, 0.292, 1.401, 2.510, 5.442 max_d=5.442 avg_d=1.401 std_dev=1.109
O5' A 0, -0.002, 1.126, 2.253, 7.235 max_d=7.235 avg_d=1.126 std_dev=1.127
O3' B 0, 0.057, 1.188, 2.319, 5.635 max_d=5.635 avg_d=1.188 std_dev=1.131
OP1 B 0, -0.027, 1.108, 2.242, 6.665 max_d=6.665 avg_d=1.108 std_dev=1.135
OP2 B 0, -0.215, 1.071, 2.357, 6.923 max_d=6.923 avg_d=1.071 std_dev=1.286
O3' A 0, 0.199, 1.600, 3.001, 5.395 max_d=5.395 avg_d=1.600 std_dev=1.401
P A 0, -0.062, 1.673, 3.408, 9.997 max_d=9.997 avg_d=1.673 std_dev=1.735
OP1 A 0, -0.290, 1.737, 3.764, 11.194 max_d=11.194 avg_d=1.737 std_dev=2.027
OP2 A 0, 0.124, 2.194, 4.264, 11.838 max_d=11.838 avg_d=2.194 std_dev=2.070

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.20 0.02 0.00 0.14 0.30 0.24 0.15
C2 0.01 0.00 0.08 0.13 0.01 0.12 0.01 0.23 0.01 0.01 0.00 0.00 0.19 0.19 0.02 0.11 0.24 0.50 0.29 0.24
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.06 0.02 0.09 0.16 0.10 0.02 0.06 0.15 0.00 0.03 0.07 0.01 0.27 0.47 0.36 0.33
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.25 0.00 0.31 0.02 0.29 0.14 0.18 0.18 0.02 0.01 0.27 0.02 0.15 0.21 0.18 0.14
C4 0.01 0.01 0.06 0.25 0.00 0.09 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.02 0.20 0.20 0.00 0.04 0.25 0.58 0.47 0.28
C4' 0.01 0.12 0.02 0.00 0.09 0.00 0.15 0.01 0.16 0.05 0.10 0.23 0.20 0.03 0.09 0.01 0.02 0.14 0.19 0.05
C5 0.02 0.01 0.09 0.31 0.01 0.15 0.00 0.22 0.00 0.01 0.01 0.01 0.20 0.27 0.01 0.09 0.39 0.65 0.65 0.46
C5' 0.08 0.23 0.16 0.02 0.16 0.01 0.22 0.00 0.23 0.11 0.21 0.39 0.10 0.14 0.17 0.02 0.01 0.23 0.26 0.02
C6 0.02 0.01 0.10 0.29 0.01 0.16 0.00 0.23 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.23 0.01 0.11 0.39 0.58 0.56 0.43
N1 0.00 0.01 0.02 0.14 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.11 0.01 0.01 0.19 0.41 0.31 0.19
N3 0.01 0.00 0.06 0.18 0.01 0.10 0.01 0.21 0.01 0.01 0.00 0.01 0.20 0.15 0.01 0.07 0.22 0.55 0.33 0.22
O2 0.03 0.00 0.15 0.18 0.02 0.23 0.01 0.39 0.01 0.01 0.01 0.00 0.25 0.33 0.02 0.19 0.43 0.64 0.44 0.45
O2' 0.02 0.19 0.00 0.02 0.20 0.20 0.20 0.10 0.17 0.12 0.20 0.25 0.00 0.05 0.20 0.13 0.20 0.43 0.38 0.30
O3' 0.20 0.19 0.03 0.01 0.20 0.03 0.27 0.14 0.23 0.11 0.15 0.33 0.05 0.00 0.23 0.15 0.20 0.30 0.20 0.20
O4 0.02 0.02 0.07 0.27 0.00 0.09 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.02 0.20 0.23 0.00 0.04 0.26 0.61 0.50 0.29
O4' 0.00 0.11 0.01 0.02 0.04 0.01 0.09 0.02 0.11 0.01 0.07 0.19 0.13 0.15 0.04 0.00 0.09 0.15 0.21 0.10
O5' 0.14 0.24 0.27 0.15 0.25 0.02 0.39 0.01 0.39 0.19 0.22 0.43 0.20 0.20 0.26 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.30 0.50 0.47 0.21 0.58 0.14 0.65 0.23 0.58 0.41 0.55 0.64 0.43 0.30 0.61 0.15 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.24 0.29 0.36 0.18 0.47 0.19 0.65 0.26 0.56 0.31 0.33 0.44 0.38 0.20 0.50 0.21 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.24 0.33 0.14 0.28 0.05 0.46 0.02 0.43 0.19 0.22 0.45 0.30 0.20 0.29 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.53 0.41 0.54 0.60 0.42 0.62 0.36 0.62 0.34 0.42 0.36 0.45 0.44 0.36 0.45 0.58 0.83 0.64 0.52 0.32 0.52 0.54 0.54
C2 0.54 0.26 0.57 0.61 0.36 0.61 0.28 0.59 0.21 0.39 0.20 0.23 0.37 0.31 0.43 0.66 0.82 0.64 0.49 0.20 0.50 0.49 0.50
C2' 0.49 0.65 0.53 0.60 0.53 0.56 0.58 0.56 0.68 0.49 0.72 0.72 0.55 0.54 0.49 0.48 0.80 0.57 0.52 0.74 0.52 0.61 0.53
C3' 0.51 0.57 0.48 0.58 0.46 0.59 0.49 0.59 0.59 0.43 0.63 0.64 0.49 0.45 0.45 0.47 0.81 0.62 0.51 0.65 0.51 0.57 0.53
C4 0.60 0.51 0.46 0.64 0.55 0.62 0.56 0.62 0.56 0.60 0.55 0.51 0.51 0.58 0.59 0.49 1.00 0.75 0.58 0.57 0.56 0.66 0.63
C4' 0.53 0.42 0.53 0.65 0.41 0.68 0.37 0.69 0.37 0.42 0.41 0.48 0.42 0.37 0.45 0.55 0.92 0.68 0.59 0.38 0.61 0.62 0.62
C5 0.60 0.40 0.49 0.71 0.49 0.67 0.49 0.69 0.46 0.58 0.43 0.39 0.44 0.54 0.56 0.49 1.09 0.77 0.64 0.46 0.63 0.73 0.70
C5' 0.58 0.43 0.58 0.77 0.45 0.78 0.45 0.82 0.45 0.52 0.46 0.47 0.43 0.48 0.51 0.58 1.09 0.76 0.72 0.47 0.77 0.79 0.78
C6 0.51 0.23 0.45 0.65 0.35 0.63 0.32 0.64 0.26 0.43 0.24 0.22 0.30 0.37 0.44 0.49 1.01 0.69 0.57 0.26 0.57 0.64 0.61
N1 0.49 0.24 0.49 0.59 0.33 0.60 0.26 0.59 0.20 0.37 0.19 0.24 0.33 0.30 0.40 0.55 0.88 0.63 0.50 0.19 0.50 0.53 0.52
N3 0.52 0.35 0.50 0.58 0.40 0.58 0.38 0.56 0.38 0.43 0.38 0.34 0.38 0.40 0.45 0.61 0.87 0.65 0.47 0.41 0.48 0.51 0.50
O2 0.67 0.44 0.73 0.69 0.51 0.70 0.41 0.67 0.31 0.51 0.31 0.44 0.56 0.42 0.57 0.79 0.79 0.70 0.58 0.25 0.58 0.55 0.57
O2' 0.63 0.93 0.70 0.76 0.79 0.67 0.89 0.69 1.01 0.75 1.04 0.98 0.78 0.85 0.71 0.60 0.89 0.64 0.70 1.09 0.71 0.86 0.73
O3' 0.49 0.74 0.49 0.59 0.58 0.57 0.68 0.57 0.84 0.52 0.87 0.80 0.59 0.62 0.50 0.43 0.79 0.58 0.52 0.95 0.52 0.67 0.56
O4 0.74 0.74 0.52 0.69 0.75 0.67 0.77 0.68 0.78 0.78 0.77 0.76 0.71 0.78 0.76 0.49 1.04 0.86 0.67 0.79 0.63 0.77 0.73
O4' 0.55 0.31 0.54 0.64 0.38 0.69 0.33 0.71 0.26 0.43 0.26 0.33 0.38 0.36 0.46 0.62 0.92 0.70 0.59 0.24 0.61 0.60 0.62
O5' 0.68 0.51 0.59 0.81 0.55 0.84 0.56 0.89 0.56 0.64 0.56 0.53 0.50 0.60 0.62 0.59 1.14 0.87 0.81 0.59 0.85 0.87 0.87
OP1 1.03 0.95 1.07 1.29 0.98 1.24 1.05 1.32 1.08 1.09 1.05 0.92 0.91 1.09 1.03 1.03 1.60 1.18 1.30 1.13 1.39 1.41 1.38
OP2 0.98 0.70 0.75 1.00 0.83 1.10 0.88 1.18 0.87 1.00 0.82 0.65 0.71 0.96 0.93 0.74 1.32 1.21 1.12 0.93 1.18 1.20 1.22
P 0.81 0.65 0.72 0.97 0.71 0.99 0.76 1.06 0.78 0.84 0.75 0.63 0.62 0.82 0.78 0.71 1.32 1.02 1.01 0.84 1.07 1.10 1.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.12 0.00 0.07 0.02 0.07 0.21 0.09
C2 0.03 0.00 0.21 0.21 0.01 0.07 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.18 0.10 0.14 0.01 0.11 0.25 0.12
C2' 0.00 0.21 0.00 0.00 0.11 0.01 0.07 0.07 0.11 0.09 0.17 0.26 0.20 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.17 0.10 0.21 0.29 0.24
C3' 0.01 0.21 0.00 0.00 0.16 0.00 0.19 0.02 0.22 0.15 0.22 0.22 0.17 0.19 0.12 0.02 0.01 0.01 0.13 0.23 0.15 0.21 0.15
C4 0.01 0.01 0.11 0.16 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.09 0.05 0.15 0.01 0.09 0.27 0.12
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.10 0.06 0.08 0.06 0.09 0.04 0.14 0.02 0.00 0.01 0.08 0.12 0.16 0.04
C5 0.01 0.01 0.07 0.19 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.11 0.13 0.03 0.20 0.01 0.12 0.35 0.18
C5' 0.03 0.07 0.07 0.02 0.05 0.01 0.07 0.00 0.07 0.10 0.06 0.08 0.06 0.11 0.05 0.07 0.08 0.01 0.01 0.09 0.15 0.17 0.02
C6 0.02 0.01 0.11 0.22 0.01 0.06 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.16 0.05 0.21 0.01 0.13 0.38 0.19
C8 0.01 0.01 0.09 0.15 0.00 0.10 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.17 0.12 0.06 0.20 0.02 0.10 0.34 0.16
N1 0.02 0.00 0.17 0.22 0.01 0.06 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.17 0.08 0.18 0.01 0.12 0.32 0.16
N2 0.04 0.01 0.26 0.22 0.01 0.08 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.19 0.22 0.11 0.13 0.02 0.11 0.23 0.11
N3 0.03 0.00 0.20 0.17 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.16 0.10 0.12 0.01 0.09 0.23 0.10
N7 0.01 0.01 0.05 0.19 0.00 0.09 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.17 0.15 0.03 0.23 0.02 0.12 0.41 0.21
N9 0.00 0.01 0.02 0.12 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.08 0.05 0.01 0.13 0.01 0.08 0.25 0.10
O2' 0.02 0.13 0.00 0.02 0.07 0.14 0.11 0.07 0.10 0.17 0.10 0.19 0.13 0.17 0.08 0.00 0.04 0.10 0.11 0.12 0.18 0.31 0.21
O3' 0.12 0.18 0.02 0.01 0.09 0.02 0.13 0.08 0.16 0.12 0.17 0.22 0.16 0.15 0.05 0.04 0.00 0.08 0.17 0.19 0.28 0.32 0.21
O4' 0.00 0.10 0.01 0.01 0.05 0.00 0.03 0.01 0.05 0.06 0.08 0.11 0.10 0.03 0.01 0.10 0.08 0.00 0.09 0.04 0.09 0.22 0.11
O5' 0.07 0.14 0.17 0.13 0.15 0.01 0.20 0.01 0.21 0.20 0.18 0.13 0.12 0.23 0.13 0.11 0.17 0.09 0.00 0.25 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.10 0.23 0.01 0.08 0.01 0.09 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.12 0.19 0.04 0.25 0.00 0.16 0.44 0.24
OP1 0.07 0.11 0.21 0.15 0.09 0.12 0.12 0.15 0.13 0.10 0.12 0.11 0.09 0.12 0.08 0.18 0.28 0.09 0.02 0.16 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.25 0.29 0.21 0.27 0.16 0.35 0.17 0.38 0.34 0.32 0.23 0.23 0.41 0.25 0.31 0.32 0.22 0.02 0.44 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.12 0.24 0.15 0.12 0.04 0.18 0.02 0.19 0.16 0.16 0.11 0.10 0.21 0.10 0.21 0.21 0.11 0.01 0.24 0.01 0.01 0.00