ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 16517

back

Distances from reference structure (by RMSD)

52, 60, 36, 7, 29, 9, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.033, 0.080, 0.127, 0.216 max_d=0.216 avg_d=0.080 std_dev=0.047
N1 A 0, 0.037, 0.096, 0.156, 0.266 max_d=0.266 avg_d=0.096 std_dev=0.059
N9 B 0, 0.026, 0.116, 0.207, 0.360 max_d=0.360 avg_d=0.116 std_dev=0.091
C2 B 0, 0.077, 0.177, 0.276, 0.518 max_d=0.518 avg_d=0.177 std_dev=0.100
N3 A 0, 0.082, 0.188, 0.294, 0.647 max_d=0.647 avg_d=0.188 std_dev=0.106
C2 A 0, 0.085, 0.193, 0.302, 0.542 max_d=0.542 avg_d=0.193 std_dev=0.109
C5 B 0, 0.052, 0.166, 0.281, 0.445 max_d=0.445 avg_d=0.166 std_dev=0.115
N1 B 0, 0.074, 0.189, 0.304, 0.456 max_d=0.456 avg_d=0.189 std_dev=0.115
C8 B 0, 0.032, 0.156, 0.281, 0.683 max_d=0.683 avg_d=0.156 std_dev=0.124
N3 B 0, 0.062, 0.193, 0.324, 0.503 max_d=0.503 avg_d=0.193 std_dev=0.131
C6 A 0, 0.028, 0.179, 0.330, 0.570 max_d=0.570 avg_d=0.179 std_dev=0.151
C1' A 0, 0.078, 0.244, 0.411, 0.646 max_d=0.646 avg_d=0.244 std_dev=0.166
C6 B 0, 0.066, 0.243, 0.421, 0.613 max_d=0.613 avg_d=0.243 std_dev=0.177
N7 B 0, 0.067, 0.250, 0.433, 0.870 max_d=0.870 avg_d=0.250 std_dev=0.183
C1' B 0, -0.002, 0.228, 0.457, 0.742 max_d=0.742 avg_d=0.228 std_dev=0.230
C4 A 0, 0.028, 0.273, 0.519, 0.798 max_d=0.798 avg_d=0.273 std_dev=0.246
O4' A 0, 0.088, 0.353, 0.618, 1.532 max_d=1.532 avg_d=0.353 std_dev=0.265
O2 A 0, 0.109, 0.377, 0.646, 1.222 max_d=1.222 avg_d=0.377 std_dev=0.269
C5 A 0, -0.025, 0.274, 0.574, 1.023 max_d=1.023 avg_d=0.274 std_dev=0.300
N6 B 0, 0.104, 0.423, 0.742, 1.133 max_d=1.133 avg_d=0.423 std_dev=0.319
O4 A 0, 0.047, 0.428, 0.809, 1.299 max_d=1.299 avg_d=0.428 std_dev=0.381
C2' A 0, 0.049, 0.489, 0.929, 1.589 max_d=1.589 avg_d=0.489 std_dev=0.440
C4' A 0, 0.122, 0.592, 1.063, 1.913 max_d=1.913 avg_d=0.592 std_dev=0.471
C3' A 0, 0.077, 0.629, 1.182, 2.333 max_d=2.333 avg_d=0.629 std_dev=0.552
O2' B 0, 0.212, 0.841, 1.469, 3.320 max_d=3.320 avg_d=0.841 std_dev=0.629
O4' B 0, 0.014, 0.644, 1.274, 1.857 max_d=1.857 avg_d=0.644 std_dev=0.630
C2' B 0, 0.052, 0.686, 1.319, 1.978 max_d=1.978 avg_d=0.686 std_dev=0.634
C5' A 0, 0.106, 0.791, 1.475, 2.171 max_d=2.171 avg_d=0.791 std_dev=0.684
O5' A 0, 0.109, 0.857, 1.605, 4.128 max_d=4.128 avg_d=0.857 std_dev=0.748
O3' A 0, 0.047, 0.957, 1.867, 3.914 max_d=3.914 avg_d=0.957 std_dev=0.910
O2' A 0, 0.038, 0.953, 1.867, 2.858 max_d=2.858 avg_d=0.953 std_dev=0.914
P A 0, 0.112, 1.114, 2.116, 4.632 max_d=4.632 avg_d=1.114 std_dev=1.002
C4' B 0, -0.014, 1.003, 2.021, 2.982 max_d=2.982 avg_d=1.003 std_dev=1.017
C3' B 0, -0.045, 1.004, 2.054, 3.073 max_d=3.073 avg_d=1.004 std_dev=1.050
OP1 A 0, 0.121, 1.303, 2.486, 5.026 max_d=5.026 avg_d=1.303 std_dev=1.183
C5' B 0, 0.191, 1.408, 2.624, 3.644 max_d=3.644 avg_d=1.408 std_dev=1.216
O3' B 0, -0.181, 1.283, 2.747, 4.041 max_d=4.041 avg_d=1.283 std_dev=1.464
O5' B 0, 0.782, 2.534, 4.286, 5.138 max_d=5.138 avg_d=2.534 std_dev=1.752
OP2 A 0, 0.240, 2.166, 4.093, 7.218 max_d=7.218 avg_d=2.166 std_dev=1.927
OP2 B 0, 0.829, 3.018, 5.206, 6.423 max_d=6.423 avg_d=3.018 std_dev=2.188
P B 0, 0.904, 3.098, 5.291, 6.153 max_d=6.153 avg_d=3.098 std_dev=2.193
OP1 B 0, 1.040, 3.644, 6.249, 7.435 max_d=7.435 avg_d=3.644 std_dev=2.604

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.31 0.02 0.01 0.11 0.34 0.35 0.17
C2 0.02 0.00 0.17 0.24 0.01 0.07 0.02 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.16 0.02 0.07 0.28 0.45 0.75 0.40
C2' 0.00 0.17 0.00 0.01 0.06 0.02 0.08 0.15 0.12 0.03 0.14 0.27 0.00 0.03 0.07 0.02 0.33 0.41 0.56 0.42
C3' 0.01 0.24 0.01 0.00 0.40 0.01 0.42 0.03 0.35 0.24 0.33 0.17 0.03 0.01 0.43 0.03 0.11 0.15 0.47 0.16
C4 0.02 0.01 0.06 0.40 0.00 0.17 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.01 0.31 0.19 0.01 0.04 0.49 0.60 1.34 0.71
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.17 0.00 0.21 0.01 0.19 0.10 0.11 0.05 0.30 0.03 0.17 0.00 0.02 0.16 0.34 0.06
C5 0.02 0.02 0.08 0.42 0.01 0.21 0.00 0.28 0.01 0.02 0.01 0.02 0.32 0.26 0.01 0.07 0.52 0.59 1.37 0.74
C5' 0.05 0.11 0.15 0.03 0.24 0.01 0.28 0.00 0.23 0.12 0.17 0.07 0.15 0.21 0.25 0.02 0.01 0.19 0.29 0.02
C6 0.02 0.01 0.12 0.35 0.01 0.19 0.01 0.23 0.00 0.01 0.01 0.02 0.27 0.20 0.02 0.08 0.42 0.49 1.01 0.56
N1 0.01 0.01 0.03 0.24 0.01 0.10 0.02 0.12 0.01 0.00 0.01 0.02 0.20 0.10 0.02 0.02 0.27 0.42 0.67 0.36
N3 0.02 0.01 0.14 0.33 0.01 0.11 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.28 0.10 0.02 0.06 0.39 0.53 1.05 0.56
O2 0.04 0.01 0.27 0.17 0.01 0.05 0.02 0.07 0.02 0.02 0.01 0.00 0.21 0.33 0.02 0.11 0.20 0.40 0.56 0.30
O2' 0.02 0.22 0.00 0.03 0.31 0.30 0.32 0.15 0.27 0.20 0.28 0.21 0.00 0.06 0.33 0.20 0.22 0.29 0.64 0.36
O3' 0.31 0.16 0.03 0.01 0.19 0.03 0.26 0.21 0.20 0.10 0.10 0.33 0.06 0.00 0.23 0.21 0.27 0.40 0.47 0.20
O4 0.02 0.02 0.07 0.43 0.01 0.17 0.01 0.25 0.02 0.02 0.02 0.02 0.33 0.23 0.00 0.04 0.53 0.66 1.51 0.80
O4' 0.01 0.07 0.02 0.03 0.04 0.00 0.07 0.02 0.08 0.02 0.06 0.11 0.20 0.21 0.04 0.00 0.15 0.33 0.36 0.24
O5' 0.11 0.28 0.33 0.11 0.49 0.02 0.52 0.01 0.42 0.27 0.39 0.20 0.22 0.27 0.53 0.15 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.34 0.45 0.41 0.15 0.60 0.16 0.59 0.19 0.49 0.42 0.53 0.40 0.29 0.40 0.66 0.33 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.35 0.75 0.56 0.47 1.34 0.34 1.37 0.29 1.01 0.67 1.05 0.56 0.64 0.47 1.51 0.36 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.40 0.42 0.16 0.71 0.06 0.74 0.02 0.56 0.36 0.56 0.30 0.36 0.20 0.80 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.15 0.27 0.40 0.30 0.18 0.63 0.21 0.75 0.26 0.15 0.30 0.20 0.29 0.18 0.15 0.74 0.83 0.64 0.55 0.74 0.33 0.55
C2 0.14 0.23 0.41 0.22 0.16 0.53 0.17 0.62 0.21 0.13 0.24 0.18 0.22 0.15 0.13 0.67 0.71 0.59 0.48 0.59 0.33 0.47
C2' 0.20 0.52 0.42 0.23 0.36 0.54 0.44 0.66 0.55 0.30 0.60 0.38 0.60 0.39 0.27 0.74 0.67 0.64 0.52 0.66 0.38 0.54
C3' 0.40 0.43 0.28 0.58 0.39 0.81 0.40 0.89 0.42 0.37 0.45 0.40 0.44 0.38 0.38 0.53 1.13 0.81 0.70 0.91 0.45 0.70
C4 0.17 0.21 0.31 0.38 0.16 0.47 0.15 0.49 0.16 0.16 0.19 0.19 0.16 0.15 0.16 0.62 0.97 0.45 0.38 0.56 0.26 0.37
C4' 0.21 0.24 0.32 0.50 0.17 0.73 0.17 0.82 0.23 0.14 0.27 0.20 0.26 0.15 0.16 0.65 1.11 0.65 0.63 0.90 0.36 0.63
C5 0.18 0.20 0.31 0.48 0.15 0.54 0.14 0.57 0.15 0.16 0.18 0.19 0.15 0.15 0.16 0.69 1.10 0.47 0.51 0.74 0.38 0.52
C5' 0.30 0.24 0.35 0.67 0.20 0.81 0.18 0.89 0.21 0.20 0.25 0.23 0.23 0.17 0.23 0.67 1.29 0.67 0.78 1.10 0.54 0.80
C6 0.15 0.21 0.34 0.43 0.13 0.59 0.13 0.65 0.16 0.12 0.20 0.18 0.17 0.11 0.13 0.73 1.02 0.53 0.53 0.76 0.35 0.53
N1 0.13 0.23 0.38 0.31 0.15 0.58 0.16 0.68 0.20 0.11 0.24 0.18 0.22 0.13 0.12 0.72 0.86 0.59 0.49 0.67 0.29 0.49
N3 0.14 0.20 0.37 0.23 0.13 0.46 0.13 0.52 0.16 0.11 0.19 0.17 0.16 0.11 0.12 0.62 0.74 0.52 0.41 0.51 0.29 0.39
O2 0.19 0.28 0.47 0.20 0.21 0.52 0.24 0.65 0.28 0.20 0.30 0.22 0.30 0.22 0.19 0.65 0.56 0.62 0.56 0.65 0.47 0.57
O2' 0.35 0.40 0.92 0.43 0.30 0.31 0.37 0.44 0.48 0.30 0.52 0.29 0.57 0.34 0.29 1.21 0.25 0.42 0.46 0.51 0.54 0.49
O3' 0.15 0.23 0.47 0.30 0.14 0.50 0.20 0.55 0.29 0.13 0.31 0.14 0.35 0.18 0.11 0.68 0.84 0.48 0.34 0.55 0.19 0.31
O4 0.24 0.22 0.28 0.44 0.22 0.41 0.22 0.41 0.21 0.24 0.21 0.23 0.21 0.23 0.23 0.52 1.05 0.39 0.35 0.53 0.28 0.34
O4' 0.13 0.21 0.36 0.42 0.13 0.69 0.17 0.80 0.22 0.12 0.25 0.15 0.26 0.15 0.11 0.73 1.03 0.60 0.59 0.85 0.32 0.59
O5' 0.55 0.43 0.46 0.95 0.44 1.04 0.41 1.11 0.39 0.46 0.40 0.45 0.37 0.42 0.48 0.61 1.55 0.90 1.07 1.40 0.87 1.11
OP1 0.65 0.58 0.78 1.09 0.59 0.98 0.56 1.01 0.54 0.59 0.56 0.60 0.53 0.56 0.61 0.98 1.67 0.79 1.07 1.43 0.95 1.12
OP2 1.52 0.95 1.42 2.07 1.22 2.06 1.15 2.12 0.99 1.38 0.89 1.13 0.94 1.25 1.38 1.27 2.67 1.81 2.22 2.63 2.06 2.29
P 0.82 0.60 0.71 1.31 0.67 1.33 0.63 1.39 0.58 0.72 0.57 0.66 0.55 0.66 0.74 0.69 1.92 1.13 1.44 1.83 1.29 1.51

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.09 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.28 0.01 0.50 0.51 0.39 0.47
C2 0.04 0.00 0.36 0.25 0.01 0.22 0.01 0.34 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.27 0.18 0.38 0.76 0.82 0.86 0.83
C2' 0.01 0.36 0.00 0.01 0.19 0.02 0.09 0.22 0.17 0.21 0.28 0.36 0.12 0.12 0.02 0.00 0.03 0.01 0.53 0.57 0.60 0.55
C3' 0.01 0.25 0.01 0.00 0.26 0.01 0.34 0.02 0.35 0.32 0.31 0.20 0.39 0.37 0.23 0.02 0.01 0.02 0.15 0.36 0.15 0.17
C4 0.02 0.01 0.19 0.26 0.00 0.09 0.01 0.22 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.12 0.10 0.21 0.85 0.87 0.88 0.90
C4' 0.01 0.22 0.02 0.01 0.09 0.00 0.11 0.01 0.12 0.26 0.17 0.21 0.14 0.22 0.09 0.31 0.03 0.01 0.02 0.26 0.21 0.06
C5 0.02 0.01 0.09 0.34 0.01 0.11 0.00 0.26 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.25 0.12 0.11 1.07 1.15 1.21 1.20
C5' 0.09 0.34 0.22 0.02 0.22 0.01 0.26 0.00 0.30 0.34 0.32 0.31 0.33 0.34 0.17 0.12 0.22 0.02 0.01 0.39 0.36 0.02
C6 0.03 0.01 0.17 0.35 0.01 0.12 0.01 0.30 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.21 0.12 0.20 1.07 1.20 1.28 1.23
C8 0.02 0.02 0.21 0.32 0.01 0.26 0.01 0.34 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.47 0.18 0.21 1.14 1.15 1.13 1.21
N1 0.03 0.01 0.28 0.31 0.02 0.17 0.01 0.32 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.18 0.11 0.31 0.93 1.03 1.10 1.05
N3 0.03 0.01 0.36 0.20 0.01 0.21 0.01 0.31 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.28 0.22 0.37 0.67 0.70 0.71 0.71
N6 0.03 0.01 0.12 0.39 0.02 0.14 0.01 0.33 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.29 0.19 0.15 1.19 1.39 1.49 1.42
N7 0.01 0.01 0.12 0.37 0.01 0.22 0.00 0.34 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.45 0.22 0.11 1.23 1.33 1.39 1.39
N9 0.00 0.02 0.02 0.23 0.01 0.09 0.01 0.17 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.20 0.08 0.02 0.84 0.83 0.77 0.85
O2' 0.02 0.27 0.00 0.02 0.12 0.31 0.25 0.12 0.21 0.47 0.18 0.28 0.29 0.45 0.20 0.00 0.06 0.22 0.44 0.49 0.73 0.52
O3' 0.28 0.18 0.03 0.01 0.10 0.03 0.12 0.22 0.12 0.18 0.11 0.22 0.19 0.22 0.08 0.06 0.00 0.22 0.30 0.51 0.24 0.32
O4' 0.01 0.38 0.01 0.02 0.21 0.01 0.11 0.02 0.20 0.21 0.31 0.37 0.15 0.11 0.02 0.22 0.22 0.00 0.36 0.44 0.23 0.33
O5' 0.50 0.76 0.53 0.15 0.85 0.02 1.07 0.01 1.07 1.14 0.93 0.67 1.19 1.23 0.84 0.44 0.30 0.36 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.51 0.82 0.57 0.36 0.87 0.26 1.15 0.39 1.20 1.15 1.03 0.70 1.39 1.33 0.83 0.49 0.51 0.44 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.39 0.86 0.60 0.15 0.88 0.21 1.21 0.36 1.28 1.13 1.10 0.71 1.49 1.39 0.77 0.73 0.24 0.23 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.47 0.83 0.55 0.17 0.90 0.06 1.20 0.02 1.23 1.21 1.05 0.71 1.42 1.39 0.85 0.52 0.32 0.33 0.01 0.01 0.01 0.00