ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 16538

back

Distances from reference structure (by RMSD)

41, 13, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 27, 16, 15, 9, 1, 2, 14, 176,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.539, 1.168, 1.797, 2.313 max_d=2.313 avg_d=1.168 std_dev=0.629
C2 A 0, 0.615, 1.275, 1.935, 2.484 max_d=2.484 avg_d=1.275 std_dev=0.660
N1 B 0, 0.267, 0.955, 1.643, 2.589 max_d=2.589 avg_d=0.955 std_dev=0.688
N3 A 0, 0.631, 1.346, 2.061, 2.818 max_d=2.818 avg_d=1.346 std_dev=0.715
C6 B 0, 0.540, 1.269, 1.999, 3.398 max_d=3.398 avg_d=1.269 std_dev=0.729
C4 A 0, 0.287, 1.142, 1.997, 3.057 max_d=3.057 avg_d=1.142 std_dev=0.855
C1' B 0, 0.703, 1.628, 2.552, 3.151 max_d=3.151 avg_d=1.628 std_dev=0.925
C6 A 0, 0.460, 1.476, 2.492, 3.743 max_d=3.743 avg_d=1.476 std_dev=1.016
N2 A 0, 0.843, 1.920, 2.998, 3.789 max_d=3.789 avg_d=1.920 std_dev=1.077
C5 A 0, 0.301, 1.415, 2.530, 4.183 max_d=4.183 avg_d=1.415 std_dev=1.114
O5' B 0, 0.968, 2.098, 3.228, 4.279 max_d=4.279 avg_d=2.098 std_dev=1.130
N9 A 0, 0.436, 1.568, 2.700, 4.205 max_d=4.205 avg_d=1.568 std_dev=1.132
C5 B 0, 1.039, 2.184, 3.328, 4.291 max_d=4.291 avg_d=2.184 std_dev=1.145
C1' A 0, 0.883, 2.048, 3.213, 4.183 max_d=4.183 avg_d=2.048 std_dev=1.165
C2 B 0, 0.242, 1.472, 2.702, 4.441 max_d=4.441 avg_d=1.472 std_dev=1.230
O4' B 0, 0.479, 1.725, 2.971, 3.981 max_d=3.981 avg_d=1.725 std_dev=1.246
C4 B 0, 1.112, 2.450, 3.788, 4.073 max_d=4.073 avg_d=2.450 std_dev=1.338
N3 B 0, 0.736, 2.088, 3.440, 4.774 max_d=4.774 avg_d=2.088 std_dev=1.352
C2' B 0, 1.097, 2.477, 3.857, 4.564 max_d=4.564 avg_d=2.477 std_dev=1.380
C3' B 0, 0.895, 2.326, 3.758, 4.842 max_d=4.842 avg_d=2.326 std_dev=1.431
O6 A 0, 0.662, 2.111, 3.560, 6.065 max_d=6.065 avg_d=2.111 std_dev=1.449
C5' B 0, 0.986, 2.451, 3.917, 4.809 max_d=4.809 avg_d=2.451 std_dev=1.465
P B 0, 1.002, 2.508, 4.013, 5.829 max_d=5.829 avg_d=2.508 std_dev=1.506
C8 A 0, 0.380, 1.975, 3.570, 5.972 max_d=5.972 avg_d=1.975 std_dev=1.595
N7 A 0, 0.467, 2.090, 3.713, 6.302 max_d=6.302 avg_d=2.090 std_dev=1.623
C4' B 0, 0.494, 2.128, 3.762, 5.034 max_d=5.034 avg_d=2.128 std_dev=1.634
C2' A 0, 1.181, 2.834, 4.487, 6.106 max_d=6.106 avg_d=2.834 std_dev=1.653
O4' A 0, 0.584, 2.295, 4.006, 6.616 max_d=6.616 avg_d=2.295 std_dev=1.711
OP2 B 0, 1.211, 2.967, 4.722, 6.325 max_d=6.325 avg_d=2.967 std_dev=1.756
O2 B 0, 0.324, 2.094, 3.864, 6.291 max_d=6.291 avg_d=2.094 std_dev=1.770
OP1 B 0, 0.610, 2.436, 4.261, 6.524 max_d=6.524 avg_d=2.436 std_dev=1.826
C3' A 0, 1.222, 3.099, 4.975, 6.745 max_d=6.745 avg_d=3.099 std_dev=1.877
C4' A 0, 1.021, 2.910, 4.800, 7.170 max_d=7.170 avg_d=2.910 std_dev=1.890
N4 B 0, 1.537, 3.466, 5.395, 6.164 max_d=6.164 avg_d=3.466 std_dev=1.929
O2' B 0, 1.589, 3.585, 5.582, 6.423 max_d=6.423 avg_d=3.585 std_dev=1.997
O3' B 0, 1.142, 3.281, 5.420, 7.034 max_d=7.034 avg_d=3.281 std_dev=2.139
O3' A 0, 1.375, 3.527, 5.679, 8.994 max_d=8.994 avg_d=3.527 std_dev=2.152
O2' A 0, 0.930, 3.230, 5.529, 8.112 max_d=8.112 avg_d=3.230 std_dev=2.299
C5' A 0, 0.827, 3.338, 5.849, 9.547 max_d=9.547 avg_d=3.338 std_dev=2.511
O5' A 0, 0.798, 3.544, 6.290, 10.294 max_d=10.294 avg_d=3.544 std_dev=2.746
P A 0, 1.020, 4.172, 7.323, 13.211 max_d=13.211 avg_d=4.172 std_dev=3.151
OP1 A 0, 1.374, 4.576, 7.778, 14.917 max_d=14.917 avg_d=4.576 std_dev=3.202
OP2 A 0, 1.272, 4.668, 8.065, 13.997 max_d=13.997 avg_d=4.668 std_dev=3.396

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.09 0.02 0.02 0.04 0.06 0.05 0.01 0.01 0.02 0.34 0.01 0.34 0.03 0.59 0.40 0.35
C2 0.05 0.00 0.34 0.27 0.01 0.16 0.01 0.28 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.33 0.32 0.26 0.35 0.02 0.63 0.53 0.40
C2' 0.00 0.34 0.00 0.01 0.17 0.02 0.09 0.21 0.16 0.19 0.27 0.42 0.34 0.12 0.03 0.00 0.04 0.02 0.51 0.13 0.93 0.72 0.65
C3' 0.02 0.27 0.01 0.00 0.27 0.01 0.36 0.02 0.37 0.36 0.33 0.26 0.23 0.40 0.24 0.02 0.01 0.02 0.21 0.41 0.61 0.37 0.31
C4 0.02 0.01 0.17 0.27 0.00 0.09 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.25 0.18 0.14 0.44 0.02 0.65 0.58 0.48
C4' 0.01 0.16 0.02 0.01 0.09 0.00 0.13 0.01 0.14 0.21 0.14 0.20 0.14 0.20 0.09 0.33 0.03 0.01 0.02 0.16 0.31 0.27 0.11
C5 0.01 0.01 0.09 0.36 0.01 0.13 0.00 0.24 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.35 0.14 0.08 0.58 0.02 0.77 0.79 0.66
C5' 0.09 0.28 0.21 0.02 0.20 0.01 0.24 0.00 0.27 0.27 0.28 0.32 0.25 0.29 0.16 0.13 0.24 0.03 0.01 0.30 0.28 0.33 0.02
C6 0.02 0.01 0.16 0.37 0.01 0.14 0.01 0.27 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.36 0.16 0.13 0.55 0.01 0.77 0.82 0.65
C8 0.02 0.01 0.19 0.36 0.01 0.21 0.01 0.27 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.40 0.21 0.14 0.73 0.03 0.83 0.84 0.77
N1 0.04 0.01 0.27 0.33 0.01 0.14 0.01 0.28 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.33 0.21 0.21 0.44 0.01 0.69 0.67 0.52
N2 0.06 0.01 0.42 0.26 0.02 0.20 0.02 0.32 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.40 0.43 0.31 0.32 0.03 0.63 0.48 0.37
N3 0.05 0.01 0.34 0.23 0.01 0.14 0.01 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.29 0.35 0.25 0.33 0.02 0.61 0.46 0.36
N7 0.01 0.01 0.12 0.40 0.01 0.20 0.00 0.29 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.43 0.24 0.07 0.74 0.03 0.90 0.97 0.84
N9 0.01 0.02 0.03 0.24 0.01 0.09 0.01 0.16 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.23 0.12 0.02 0.50 0.02 0.66 0.56 0.50
O2' 0.02 0.33 0.00 0.02 0.25 0.33 0.35 0.13 0.36 0.40 0.33 0.40 0.29 0.43 0.23 0.00 0.07 0.23 0.41 0.41 0.94 0.81 0.61
O3' 0.34 0.32 0.04 0.01 0.18 0.03 0.14 0.24 0.16 0.21 0.21 0.43 0.35 0.24 0.12 0.07 0.00 0.24 0.33 0.21 0.64 0.48 0.39
O4' 0.01 0.26 0.02 0.02 0.14 0.01 0.08 0.03 0.13 0.14 0.21 0.31 0.25 0.07 0.02 0.23 0.24 0.00 0.24 0.11 0.35 0.23 0.21
O5' 0.34 0.35 0.51 0.21 0.44 0.02 0.58 0.01 0.55 0.73 0.44 0.32 0.33 0.74 0.50 0.41 0.33 0.24 0.00 0.62 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.13 0.41 0.02 0.16 0.02 0.30 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.41 0.21 0.11 0.62 0.00 0.86 0.95 0.76
OP1 0.59 0.63 0.93 0.61 0.65 0.31 0.77 0.28 0.77 0.83 0.69 0.63 0.61 0.90 0.66 0.94 0.64 0.35 0.02 0.86 0.00 0.01 0.01
OP2 0.40 0.53 0.72 0.37 0.58 0.27 0.79 0.33 0.82 0.84 0.67 0.48 0.46 0.97 0.56 0.81 0.48 0.23 0.02 0.95 0.01 0.00 0.01
P 0.35 0.40 0.65 0.31 0.48 0.11 0.66 0.02 0.65 0.77 0.52 0.37 0.36 0.84 0.50 0.61 0.39 0.21 0.01 0.76 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 2.00 3.37 1.93 1.25 4.17 1.15 3.45 1.02 2.71 2.67 4.10 4.87 3.32 2.12 1.40 1.48 0.65 1.10 1.05 0.22
C2 1.41 2.29 1.51 0.92 2.77 0.82 2.48 0.85 1.99 1.89 2.67 3.08 2.25 1.56 0.98 1.01 0.55 1.12 1.05 0.19
C2' 2.17 3.54 1.97 1.26 4.37 1.25 3.65 1.04 2.89 2.84 4.28 5.13 3.49 2.15 1.32 1.70 0.68 1.17 1.10 0.40
C3' 2.13 3.55 1.93 1.22 4.47 1.18 3.74 0.97 2.93 2.84 4.34 5.30 3.48 2.09 1.34 1.63 0.64 1.10 1.14 0.35
C4 1.89 3.03 1.92 1.21 3.52 1.09 2.98 0.96 2.41 2.43 3.52 3.95 3.04 2.12 1.28 1.37 0.64 1.08 1.03 0.21
C4' 2.12 3.59 2.00 1.32 4.47 1.18 3.69 1.00 2.89 2.84 4.40 5.30 3.55 2.19 1.50 1.55 0.69 1.09 1.10 0.31
C5 2.01 3.01 2.13 1.42 3.21 1.23 2.72 1.00 2.26 2.41 3.34 3.55 3.15 2.44 1.47 1.47 0.69 1.03 1.01 0.28
C5' 2.24 3.71 2.14 1.46 4.46 1.29 3.66 1.07 2.90 2.91 4.47 5.25 3.73 2.39 1.65 1.64 0.77 1.14 1.11 0.45
C6 1.82 2.55 2.07 1.40 2.61 1.18 2.26 0.96 1.92 2.08 2.73 2.85 2.74 2.36 1.42 1.35 0.68 0.99 0.99 0.32
C8 2.22 3.47 2.25 1.51 3.83 1.33 3.16 1.05 2.58 2.73 3.98 4.33 3.61 2.60 1.63 1.63 0.72 1.03 1.02 0.27
N1 1.46 2.15 1.68 1.03 2.37 0.88 2.12 0.82 1.75 1.77 2.37 2.60 2.23 1.81 1.00 1.04 0.58 1.06 1.02 0.22
N2 1.17 1.96 1.28 0.93 2.48 0.83 2.28 0.92 1.81 1.63 2.33 2.75 1.91 1.27 1.12 0.87 0.55 1.14 1.04 0.28
N3 1.64 2.72 1.67 1.04 3.36 0.95 2.92 0.93 2.31 2.22 3.24 3.79 2.65 1.75 1.15 1.19 0.60 1.12 1.05 0.20
N7 2.23 3.32 2.34 1.61 3.46 1.39 2.87 1.06 2.40 2.62 3.67 3.85 3.55 2.74 1.73 1.64 0.74 1.00 1.00 0.32
N9 2.05 3.33 2.03 1.31 3.90 1.19 3.24 1.01 2.60 2.64 3.93 4.46 3.35 2.27 1.41 1.50 0.67 1.08 1.03 0.22
O2' 2.13 3.40 1.98 1.39 4.20 1.41 3.51 1.29 2.77 2.73 4.11 4.95 3.35 2.16 1.57 1.74 0.83 1.24 1.09 0.57
O3' 2.05 3.43 1.91 1.33 4.42 1.25 3.72 1.12 2.90 2.76 4.24 5.29 3.32 2.06 1.60 1.59 0.78 1.03 1.15 0.41
O4' 2.13 3.55 2.08 1.43 4.33 1.28 3.55 1.12 2.80 2.80 4.30 5.07 3.53 2.30 1.62 1.56 0.80 1.12 1.09 0.41
O5' 2.44 3.82 2.36 1.65 4.40 1.50 3.59 1.20 2.90 3.01 4.49 5.11 3.92 2.69 1.80 1.86 0.88 1.14 0.99 0.44
O6 1.89 2.42 2.22 1.64 2.29 1.35 1.99 1.03 1.73 1.98 2.48 2.47 2.73 2.61 1.73 1.42 0.74 0.91 0.94 0.43
OP1 2.78 4.12 2.74 2.02 4.66 1.80 3.85 1.39 3.19 3.33 4.77 5.36 4.24 3.06 2.13 2.16 1.23 1.04 1.28 0.73
OP2 2.41 3.64 2.45 1.76 4.01 1.57 3.23 1.25 2.65 2.85 4.20 4.63 3.88 2.90 1.95 1.82 0.93 1.25 1.05 0.71
P 2.46 3.78 2.45 1.74 4.29 1.57 3.48 1.25 2.84 2.98 4.42 4.97 3.94 2.82 1.91 1.87 0.93 1.16 0.99 0.54

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.25 0.01 0.23 0.41 0.50 0.28
C2 0.03 0.00 0.12 0.23 0.01 0.18 0.01 0.28 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.29 0.21 0.14 0.37 0.60 0.77 0.45
C2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.06 0.02 0.10 0.14 0.13 0.03 0.10 0.06 0.22 0.00 0.03 0.02 0.36 0.61 0.81 0.54
C3' 0.01 0.23 0.01 0.00 0.31 0.01 0.38 0.03 0.36 0.19 0.26 0.33 0.36 0.02 0.01 0.03 0.27 0.54 0.41 0.31
C4 0.02 0.01 0.06 0.31 0.00 0.12 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.27 0.16 0.04 0.56 0.82 1.15 0.69
C4' 0.01 0.18 0.02 0.01 0.12 0.00 0.22 0.01 0.24 0.07 0.15 0.13 0.34 0.25 0.02 0.01 0.02 0.25 0.27 0.08
C5 0.02 0.01 0.10 0.38 0.01 0.22 0.00 0.33 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.23 0.27 0.11 0.72 0.96 1.33 0.90
C5' 0.05 0.28 0.14 0.03 0.19 0.01 0.33 0.00 0.34 0.10 0.25 0.21 0.51 0.12 0.19 0.02 0.01 0.28 0.34 0.02
C6 0.02 0.01 0.13 0.36 0.01 0.24 0.01 0.34 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.20 0.25 0.16 0.68 0.84 1.08 0.78
N1 0.01 0.01 0.03 0.19 0.01 0.07 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.16 0.10 0.02 0.39 0.56 0.71 0.43
N3 0.02 0.01 0.10 0.26 0.01 0.15 0.01 0.25 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.30 0.15 0.11 0.44 0.69 0.92 0.53
N4 0.02 0.02 0.06 0.33 0.01 0.13 0.01 0.21 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.29 0.20 0.05 0.59 0.90 1.29 0.77
O2 0.05 0.01 0.22 0.36 0.02 0.34 0.02 0.51 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.39 0.42 0.25 0.46 0.66 0.82 0.57
O2' 0.02 0.29 0.00 0.02 0.27 0.25 0.23 0.12 0.20 0.16 0.30 0.29 0.39 0.00 0.07 0.17 0.25 0.56 0.87 0.49
O3' 0.25 0.21 0.03 0.01 0.16 0.02 0.27 0.19 0.25 0.10 0.15 0.20 0.42 0.07 0.00 0.17 0.33 0.58 0.35 0.26
O4' 0.01 0.14 0.02 0.03 0.04 0.01 0.11 0.02 0.16 0.02 0.11 0.05 0.25 0.17 0.17 0.00 0.18 0.38 0.27 0.21
O5' 0.23 0.37 0.36 0.27 0.56 0.02 0.72 0.01 0.68 0.39 0.44 0.59 0.46 0.25 0.33 0.18 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.41 0.60 0.61 0.54 0.82 0.25 0.96 0.28 0.84 0.56 0.69 0.90 0.66 0.56 0.58 0.38 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.50 0.77 0.81 0.41 1.15 0.27 1.33 0.34 1.08 0.71 0.92 1.29 0.82 0.87 0.35 0.27 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.28 0.45 0.54 0.31 0.69 0.08 0.90 0.02 0.78 0.43 0.53 0.77 0.57 0.49 0.26 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00