ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 17077

back

Distances from reference structure (by RMSD)

6, 41, 5, 0, 0, 1, 40, 1, 0, 7, 2, 4, 2, 21, 51, 30, 55, 48, 12, 174,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N9 B 0, 0.534, 1.021, 1.508, 3.353 max_d=3.353 avg_d=1.021 std_dev=0.487
C4 B 0, 0.227, 0.876, 1.524, 3.425 max_d=3.425 avg_d=0.876 std_dev=0.649
N1 A 0, 0.466, 1.190, 1.913, 3.406 max_d=3.406 avg_d=1.190 std_dev=0.724
C2 A 0, 0.552, 1.319, 2.086, 2.874 max_d=2.874 avg_d=1.319 std_dev=0.767
C1' B 0, 0.460, 1.252, 2.045, 3.116 max_d=3.116 avg_d=1.252 std_dev=0.792
N3 A 0, 0.566, 1.371, 2.175, 3.187 max_d=3.187 avg_d=1.371 std_dev=0.805
C5 B 0, 0.687, 1.504, 2.320, 3.718 max_d=3.718 avg_d=1.504 std_dev=0.817
O4' B 0, 0.750, 1.597, 2.444, 3.513 max_d=3.513 avg_d=1.597 std_dev=0.847
C4 A 0, 0.116, 1.020, 1.924, 3.905 max_d=3.905 avg_d=1.020 std_dev=0.904
C5' B 0, 1.080, 2.024, 2.967, 4.686 max_d=4.686 avg_d=2.024 std_dev=0.943
O5' B 0, 0.763, 1.768, 2.773, 4.440 max_d=4.440 avg_d=1.768 std_dev=1.005
C8 B 0, 0.915, 1.931, 2.948, 4.661 max_d=4.661 avg_d=1.931 std_dev=1.016
C6 B 0, 0.871, 1.900, 2.930, 4.818 max_d=4.818 avg_d=1.900 std_dev=1.029
C1' A 0, 0.764, 1.796, 2.829, 5.489 max_d=5.489 avg_d=1.796 std_dev=1.033
C4' B 0, 0.876, 1.945, 3.014, 4.394 max_d=4.394 avg_d=1.945 std_dev=1.069
N3 B 0, 0.517, 1.608, 2.699, 4.587 max_d=4.587 avg_d=1.608 std_dev=1.091
N9 A 0, 0.333, 1.439, 2.544, 4.995 max_d=4.995 avg_d=1.439 std_dev=1.105
C2' B 0, 0.649, 1.788, 2.927, 4.000 max_d=4.000 avg_d=1.788 std_dev=1.139
C2' A 0, 1.141, 2.323, 3.505, 6.807 max_d=6.807 avg_d=2.323 std_dev=1.182
N7 B 0, 1.087, 2.288, 3.489, 5.411 max_d=5.411 avg_d=2.288 std_dev=1.201
O4' A 0, 1.303, 2.578, 3.854, 6.088 max_d=6.088 avg_d=2.578 std_dev=1.276
C5 A 0, 0.506, 1.825, 3.144, 5.134 max_d=5.134 avg_d=1.825 std_dev=1.319
C6 A 0, 0.588, 1.914, 3.240, 5.064 max_d=5.064 avg_d=1.914 std_dev=1.326
N2 A 0, 0.945, 2.284, 3.623, 4.655 max_d=4.655 avg_d=2.284 std_dev=1.339
C3' B 0, 0.797, 2.136, 3.475, 5.137 max_d=5.137 avg_d=2.136 std_dev=1.339
P B 0, 1.220, 2.617, 4.015, 4.850 max_d=4.850 avg_d=2.617 std_dev=1.398
N1 B 0, 0.359, 1.784, 3.209, 5.520 max_d=5.520 avg_d=1.784 std_dev=1.425
O6 B 0, 1.167, 2.624, 4.081, 6.094 max_d=6.094 avg_d=2.624 std_dev=1.457
C2 B 0, 0.516, 1.981, 3.446, 5.863 max_d=5.863 avg_d=1.981 std_dev=1.465
OP1 B 0, 1.401, 2.925, 4.449, 5.939 max_d=5.939 avg_d=2.925 std_dev=1.524
C4' A 0, 1.302, 2.826, 4.351, 7.749 max_d=7.749 avg_d=2.826 std_dev=1.525
O2' B 0, 0.970, 2.501, 4.032, 5.866 max_d=5.866 avg_d=2.501 std_dev=1.531
O2' A 0, 1.557, 3.178, 4.799, 7.610 max_d=7.610 avg_d=3.178 std_dev=1.621
C8 A 0, 0.669, 2.373, 4.077, 6.896 max_d=6.896 avg_d=2.373 std_dev=1.704
OP2 B 0, 1.385, 3.096, 4.806, 6.931 max_d=6.931 avg_d=3.096 std_dev=1.710
C5' A 0, 1.874, 3.612, 5.350, 8.605 max_d=8.605 avg_d=3.612 std_dev=1.738
C3' A 0, 0.954, 2.729, 4.505, 8.036 max_d=8.036 avg_d=2.729 std_dev=1.776
O6 A 0, 0.998, 2.901, 4.804, 6.839 max_d=6.839 avg_d=2.901 std_dev=1.903
N7 A 0, 0.869, 2.805, 4.741, 7.207 max_d=7.207 avg_d=2.805 std_dev=1.936
O3' B 0, 1.027, 3.041, 5.054, 7.297 max_d=7.297 avg_d=3.041 std_dev=2.014
N2 B 0, 0.940, 3.028, 5.115, 7.899 max_d=7.899 avg_d=3.028 std_dev=2.087
O5' A 0, 1.713, 3.916, 6.119, 9.227 max_d=9.227 avg_d=3.916 std_dev=2.203
O3' A 0, 1.606, 3.875, 6.144, 9.663 max_d=9.663 avg_d=3.875 std_dev=2.269
OP1 A 0, 2.484, 5.494, 8.504, 13.800 max_d=13.800 avg_d=5.494 std_dev=3.010
P A 0, 1.826, 4.939, 8.051, 11.319 max_d=11.319 avg_d=4.939 std_dev=3.112
OP2 A 0, 2.039, 5.650, 9.260, 12.046 max_d=12.046 avg_d=5.650 std_dev=3.610

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.09 0.02 0.02 0.04 0.06 0.04 0.01 0.01 0.02 0.35 0.01 0.30 0.03 0.51 0.46 0.34
C2 0.04 0.00 0.45 0.61 0.01 0.41 0.01 0.63 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.34 0.47 0.33 0.55 0.02 0.91 0.84 0.58
C2' 0.01 0.45 0.00 0.01 0.23 0.02 0.13 0.23 0.21 0.23 0.35 0.54 0.44 0.14 0.04 0.01 0.04 0.03 0.62 0.17 0.73 0.79 0.69
C3' 0.02 0.61 0.01 0.00 0.38 0.01 0.41 0.02 0.47 0.45 0.54 0.73 0.57 0.47 0.26 0.02 0.01 0.03 0.33 0.49 0.40 0.38 0.29
C4 0.02 0.01 0.23 0.38 0.00 0.18 0.01 0.25 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.25 0.20 0.17 0.38 0.02 0.60 0.76 0.40
C4' 0.01 0.41 0.02 0.01 0.18 0.00 0.15 0.01 0.19 0.32 0.30 0.53 0.39 0.27 0.10 0.33 0.04 0.01 0.02 0.18 0.26 0.27 0.13
C5 0.02 0.01 0.13 0.41 0.01 0.15 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.34 0.19 0.08 0.54 0.01 0.71 1.07 0.63
C5' 0.09 0.63 0.23 0.02 0.25 0.01 0.20 0.00 0.27 0.50 0.47 0.84 0.57 0.42 0.15 0.13 0.24 0.02 0.01 0.26 0.21 0.26 0.02
C6 0.02 0.01 0.21 0.47 0.01 0.19 0.01 0.27 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.35 0.23 0.15 0.50 0.01 0.72 1.10 0.58
C8 0.02 0.01 0.23 0.45 0.01 0.32 0.01 0.50 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.42 0.35 0.19 0.89 0.03 1.02 1.27 1.03
N1 0.04 0.01 0.35 0.54 0.01 0.30 0.01 0.47 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.33 0.33 0.25 0.48 0.02 0.80 0.94 0.51
N2 0.06 0.01 0.54 0.73 0.02 0.53 0.02 0.84 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.42 0.65 0.39 0.73 0.03 1.18 0.93 0.82
N3 0.04 0.01 0.44 0.57 0.01 0.39 0.01 0.57 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.32 0.46 0.32 0.49 0.02 0.79 0.70 0.49
N7 0.01 0.01 0.14 0.47 0.01 0.27 0.01 0.42 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.44 0.35 0.11 0.85 0.03 1.00 1.40 1.03
N9 0.01 0.02 0.04 0.26 0.01 0.10 0.01 0.15 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.23 0.16 0.02 0.47 0.02 0.63 0.76 0.53
O2' 0.02 0.34 0.01 0.02 0.25 0.33 0.34 0.13 0.35 0.42 0.33 0.42 0.32 0.44 0.23 0.00 0.07 0.22 0.44 0.40 0.58 0.77 0.54
O3' 0.35 0.47 0.04 0.01 0.20 0.04 0.19 0.24 0.23 0.35 0.33 0.65 0.46 0.35 0.16 0.07 0.00 0.24 0.29 0.28 0.50 0.40 0.32
O4' 0.01 0.33 0.03 0.03 0.17 0.01 0.08 0.02 0.15 0.19 0.25 0.39 0.32 0.11 0.02 0.22 0.24 0.00 0.13 0.11 0.49 0.33 0.23
O5' 0.30 0.55 0.62 0.33 0.38 0.02 0.54 0.01 0.50 0.89 0.48 0.73 0.49 0.85 0.47 0.44 0.29 0.13 0.00 0.59 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.17 0.49 0.02 0.18 0.01 0.26 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.40 0.28 0.11 0.59 0.00 0.78 1.28 0.72
OP1 0.51 0.91 0.73 0.40 0.60 0.26 0.71 0.21 0.72 1.02 0.80 1.18 0.79 1.00 0.63 0.58 0.50 0.49 0.02 0.78 0.00 0.02 0.01
OP2 0.46 0.84 0.79 0.38 0.76 0.27 1.07 0.26 1.10 1.27 0.94 0.93 0.70 1.40 0.76 0.77 0.40 0.33 0.02 1.28 0.02 0.00 0.01
P 0.34 0.58 0.69 0.29 0.40 0.13 0.63 0.02 0.58 1.03 0.51 0.82 0.49 1.03 0.53 0.54 0.32 0.23 0.01 0.72 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 1.36 3.04 1.18 1.12 2.22 1.08 2.58 0.92 3.08 2.04 3.21 3.50 2.53 2.56 1.73 1.47 1.62 1.36 0.56 3.46 1.09 0.92 0.28
C2 1.09 2.54 0.94 0.91 1.82 0.87 2.03 0.78 2.31 1.74 2.49 2.95 2.18 2.10 1.42 1.12 1.30 1.12 0.55 2.47 1.08 0.93 0.26
C2' 1.40 3.03 1.33 1.18 2.28 1.00 2.68 0.82 3.17 2.17 3.25 3.44 2.53 2.69 1.82 1.61 1.60 1.28 0.72 3.59 1.26 1.10 0.63
C3' 1.31 2.96 1.31 1.24 2.14 1.05 2.56 0.90 3.10 2.01 3.21 3.41 2.42 2.54 1.67 1.64 1.72 1.21 0.76 3.55 1.45 1.13 0.80
C4 1.21 2.81 1.00 0.92 2.03 0.95 2.36 0.86 2.77 1.98 2.92 3.26 2.32 2.41 1.60 1.19 1.33 1.25 0.51 3.05 1.08 0.93 0.26
C4' 1.38 3.04 1.27 1.27 2.17 1.20 2.53 1.02 3.10 1.95 3.25 3.52 2.49 2.48 1.68 1.65 1.82 1.38 0.60 3.54 1.29 0.89 0.50
C5 1.34 2.82 1.14 0.99 2.09 1.05 2.46 0.98 2.85 2.17 2.99 3.23 2.31 2.55 1.74 1.27 1.27 1.36 0.54 3.14 1.07 0.95 0.29
C5' 1.48 3.05 1.36 1.36 2.20 1.33 2.59 1.17 3.15 2.06 3.30 3.53 2.49 2.56 1.76 1.71 1.87 1.48 0.79 3.61 1.45 0.99 0.75
C6 1.31 2.62 1.17 1.01 1.95 1.09 2.27 1.03 2.62 2.09 2.76 3.02 2.15 2.38 1.66 1.25 1.20 1.34 0.58 2.84 1.06 0.97 0.33
C8 1.47 3.07 1.24 1.07 2.32 1.11 2.75 1.00 3.22 2.34 3.32 3.48 2.52 2.81 1.92 1.42 1.42 1.46 0.54 3.60 1.07 0.94 0.29
N1 0.99 2.40 0.83 0.72 1.70 0.79 1.94 0.78 2.23 1.75 2.41 2.82 2.00 2.04 1.34 0.92 0.99 1.03 0.48 2.38 1.09 0.96 0.27
N2 1.33 2.52 1.27 1.25 1.93 1.13 2.05 0.95 2.25 1.79 2.41 2.89 2.28 2.12 1.57 1.45 1.62 1.30 0.72 2.35 1.03 0.92 0.32
N3 1.21 2.75 1.06 1.04 1.99 0.99 2.25 0.85 2.61 1.84 2.77 3.19 2.34 2.28 1.54 1.30 1.49 1.23 0.57 2.85 1.08 0.92 0.26
N7 1.59 3.05 1.38 1.18 2.37 1.21 2.79 1.09 3.22 2.46 3.31 3.43 2.52 2.88 2.02 1.52 1.44 1.56 0.59 3.57 1.05 0.95 0.32
N9 1.31 2.96 1.09 1.00 2.16 1.02 2.54 0.91 3.00 2.10 3.14 3.41 2.44 2.58 1.72 1.31 1.43 1.33 0.52 3.36 1.08 0.93 0.26
O2' 1.47 3.11 1.38 1.25 2.34 1.07 2.71 0.87 3.20 2.16 3.30 3.52 2.63 2.69 1.87 1.66 1.75 1.35 0.63 3.61 1.10 1.08 0.49
O3' 1.24 2.91 1.24 1.24 2.06 1.08 2.45 0.90 3.03 1.85 3.16 3.36 2.37 2.40 1.56 1.61 1.87 1.18 0.48 3.49 1.37 1.00 0.61
O4' 1.46 3.09 1.25 1.25 2.23 1.28 2.58 1.10 3.11 2.02 3.28 3.58 2.56 2.52 1.76 1.58 1.78 1.51 0.62 3.51 1.20 0.84 0.38
O5' 1.66 3.22 1.44 1.41 2.42 1.40 2.85 1.20 3.40 2.32 3.51 3.67 2.65 2.83 1.99 1.77 1.89 1.63 0.87 3.86 1.35 1.06 0.72
O6 1.67 2.68 1.59 1.41 2.13 1.45 2.45 1.32 2.78 2.36 2.87 3.05 2.25 2.58 1.94 1.66 1.51 1.65 0.75 3.02 1.00 0.98 0.42
OP1 1.79 3.08 1.83 1.92 2.23 1.82 2.54 1.64 3.11 2.04 3.30 3.58 2.55 2.47 1.85 2.26 2.46 1.74 1.26 3.56 1.64 1.41 1.16
OP2 2.01 3.62 1.65 1.54 2.88 1.61 3.37 1.43 3.94 2.81 4.01 3.99 3.02 3.35 2.44 1.89 1.92 1.96 1.27 4.45 1.47 1.53 1.17
P 1.79 3.33 1.59 1.58 2.50 1.56 2.90 1.33 3.48 2.35 3.62 3.79 2.76 2.85 2.07 1.94 2.08 1.74 0.98 3.94 1.29 1.23 0.81

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.10 0.03 0.02 0.04 0.06 0.05 0.02 0.01 0.03 0.34 0.01 0.38 0.03 0.57 0.71 0.46
C2 0.05 0.00 0.46 0.58 0.01 0.50 0.02 0.84 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.57 0.47 0.46 1.30 0.02 1.49 1.85 1.53
C2' 0.01 0.46 0.00 0.01 0.22 0.02 0.10 0.24 0.18 0.28 0.34 0.56 0.45 0.18 0.04 0.01 0.04 0.02 0.54 0.14 0.74 0.72 0.60
C3' 0.02 0.58 0.01 0.00 0.34 0.01 0.36 0.03 0.41 0.44 0.49 0.70 0.54 0.43 0.24 0.03 0.01 0.03 0.21 0.42 0.42 0.34 0.22
C4 0.02 0.01 0.22 0.34 0.00 0.22 0.01 0.35 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.36 0.22 0.23 0.75 0.02 0.94 1.31 0.87
C4' 0.02 0.50 0.02 0.01 0.22 0.00 0.16 0.01 0.22 0.34 0.37 0.64 0.47 0.27 0.10 0.33 0.03 0.01 0.02 0.19 0.23 0.29 0.07
C5 0.02 0.02 0.10 0.36 0.01 0.16 0.00 0.27 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.39 0.18 0.10 0.74 0.02 1.07 1.58 0.95
C5' 0.10 0.84 0.24 0.03 0.35 0.01 0.27 0.00 0.37 0.60 0.63 1.11 0.76 0.50 0.20 0.12 0.24 0.03 0.01 0.33 0.27 0.35 0.02
C6 0.03 0.01 0.18 0.41 0.01 0.22 0.01 0.37 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.45 0.23 0.19 0.84 0.01 1.14 1.69 1.05
C8 0.02 0.01 0.28 0.44 0.01 0.34 0.01 0.60 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.40 0.34 0.26 0.99 0.03 1.33 1.73 1.24
N1 0.04 0.01 0.34 0.49 0.01 0.37 0.01 0.63 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.52 0.34 0.35 1.10 0.02 1.33 1.77 1.31
N2 0.06 0.01 0.56 0.70 0.02 0.64 0.02 1.11 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.67 0.63 0.55 1.64 0.03 1.92 2.29 1.99
N3 0.05 0.01 0.45 0.54 0.01 0.47 0.01 0.76 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.52 0.46 0.45 1.16 0.02 1.26 1.56 1.30
N7 0.02 0.02 0.18 0.43 0.01 0.27 0.01 0.50 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.42 0.32 0.15 0.92 0.03 1.36 1.88 1.23
N9 0.01 0.02 0.04 0.24 0.01 0.10 0.01 0.20 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.23 0.16 0.02 0.58 0.03 0.85 1.15 0.73
O2' 0.03 0.57 0.01 0.03 0.36 0.33 0.39 0.12 0.45 0.40 0.52 0.67 0.52 0.42 0.23 0.00 0.06 0.23 0.43 0.48 0.68 0.73 0.51
O3' 0.34 0.47 0.04 0.01 0.22 0.03 0.18 0.24 0.23 0.34 0.34 0.63 0.46 0.32 0.16 0.06 0.00 0.23 0.29 0.25 0.61 0.57 0.38
O4' 0.01 0.46 0.02 0.03 0.23 0.01 0.10 0.03 0.19 0.26 0.35 0.55 0.45 0.15 0.02 0.23 0.23 0.00 0.28 0.14 0.34 0.58 0.31
O5' 0.38 1.30 0.54 0.21 0.75 0.02 0.74 0.01 0.84 0.99 1.10 1.64 1.16 0.92 0.58 0.43 0.29 0.28 0.00 0.83 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.14 0.42 0.02 0.19 0.02 0.33 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.48 0.25 0.14 0.83 0.00 1.19 1.82 1.08
OP1 0.57 1.49 0.74 0.42 0.94 0.23 1.07 0.27 1.14 1.33 1.33 1.92 1.26 1.36 0.85 0.68 0.61 0.34 0.02 1.19 0.00 0.02 0.01
OP2 0.71 1.85 0.72 0.34 1.31 0.29 1.58 0.35 1.69 1.73 1.77 2.29 1.56 1.88 1.15 0.73 0.57 0.58 0.02 1.82 0.02 0.00 0.01
P 0.46 1.53 0.60 0.22 0.87 0.07 0.95 0.02 1.05 1.24 1.31 1.99 1.30 1.23 0.73 0.51 0.38 0.31 0.01 1.08 0.01 0.01 0.00