ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 17081

back

Distances from reference structure (by RMSD)

35, 106, 26, 28, 13, 4, 1, 3, 3, 1, 0, 0, 2, 18, 11, 24, 29, 15, 8, 173,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 B 0, 0.096, 0.750, 1.405, 2.154 max_d=2.154 avg_d=0.750 std_dev=0.655
N1 A 0, 0.100, 0.958, 1.817, 2.810 max_d=2.810 avg_d=0.958 std_dev=0.858
C1' B 0, 0.090, 0.985, 1.879, 3.711 max_d=3.711 avg_d=0.985 std_dev=0.895
C5 A 0, 0.201, 1.140, 2.078, 2.922 max_d=2.922 avg_d=1.140 std_dev=0.939
C6 A 0, 0.146, 1.098, 2.049, 3.376 max_d=3.376 avg_d=1.098 std_dev=0.952
C4 A 0, 0.069, 1.023, 1.976, 2.974 max_d=2.974 avg_d=1.023 std_dev=0.954
C6 B 0, 0.174, 1.195, 2.216, 4.007 max_d=4.007 avg_d=1.195 std_dev=1.021
C2 A 0, 0.149, 1.277, 2.405, 3.224 max_d=3.224 avg_d=1.277 std_dev=1.128
N9 A 0, 0.151, 1.305, 2.458, 3.446 max_d=3.446 avg_d=1.305 std_dev=1.153
N3 A 0, 0.098, 1.317, 2.537, 3.614 max_d=3.614 avg_d=1.317 std_dev=1.220
C2 B 0, 0.180, 1.419, 2.658, 3.739 max_d=3.739 avg_d=1.419 std_dev=1.239
O4' B 0, 0.072, 1.357, 2.642, 4.520 max_d=4.520 avg_d=1.357 std_dev=1.285
C8 A 0, 0.331, 1.639, 2.948, 4.356 max_d=4.356 avg_d=1.639 std_dev=1.309
O6 A 0, 0.100, 1.531, 2.962, 5.634 max_d=5.634 avg_d=1.531 std_dev=1.431
N7 A 0, 0.190, 1.628, 3.065, 4.696 max_d=4.696 avg_d=1.628 std_dev=1.437
C2' B 0, 0.012, 1.478, 2.944, 5.282 max_d=5.282 avg_d=1.478 std_dev=1.466
C1' A 0, 0.014, 1.603, 3.193, 4.879 max_d=4.879 avg_d=1.603 std_dev=1.589
N2 A 0, 0.340, 1.930, 3.521, 5.154 max_d=5.154 avg_d=1.930 std_dev=1.591
O5' B 0, 0.170, 1.779, 3.388, 5.768 max_d=5.768 avg_d=1.779 std_dev=1.609
O2 B 0, 0.339, 1.951, 3.563, 4.694 max_d=4.694 avg_d=1.951 std_dev=1.612
C5 B 0, 0.277, 1.944, 3.611, 5.711 max_d=5.711 avg_d=1.944 std_dev=1.667
O4' A 0, 0.226, 1.924, 3.623, 5.298 max_d=5.298 avg_d=1.924 std_dev=1.699
OP2 B 0, 0.294, 2.083, 3.871, 6.287 max_d=6.287 avg_d=2.083 std_dev=1.788
C3' B 0, 0.068, 1.869, 3.671, 6.647 max_d=6.647 avg_d=1.869 std_dev=1.801
P B 0, 0.148, 2.000, 3.852, 6.164 max_d=6.164 avg_d=2.000 std_dev=1.852
C4' B 0, 0.012, 1.879, 3.747, 6.487 max_d=6.487 avg_d=1.879 std_dev=1.867
N3 B 0, -0.022, 1.887, 3.796, 5.614 max_d=5.614 avg_d=1.887 std_dev=1.909
O2' B 0, -0.039, 1.993, 4.024, 7.371 max_d=7.371 avg_d=1.993 std_dev=2.032
C5' B 0, 0.148, 2.193, 4.238, 7.102 max_d=7.102 avg_d=2.193 std_dev=2.045
C4 B 0, 0.017, 2.162, 4.307, 6.526 max_d=6.526 avg_d=2.162 std_dev=2.145
C2' A 0, -0.037, 2.111, 4.259, 6.741 max_d=6.741 avg_d=2.111 std_dev=2.148
C4' A 0, 0.066, 2.293, 4.520, 7.135 max_d=7.135 avg_d=2.293 std_dev=2.227
OP1 B 0, 0.401, 2.714, 5.028, 8.338 max_d=8.338 avg_d=2.714 std_dev=2.314
O5' A 0, 0.278, 2.618, 4.957, 8.133 max_d=8.133 avg_d=2.618 std_dev=2.339
C5' A 0, 0.294, 2.639, 4.985, 7.285 max_d=7.285 avg_d=2.639 std_dev=2.345
C3' A 0, 0.057, 2.432, 4.807, 7.736 max_d=7.736 avg_d=2.432 std_dev=2.375
O2' A 0, 0.061, 2.500, 4.940, 8.609 max_d=8.609 avg_d=2.500 std_dev=2.439
O3' B 0, 0.159, 2.764, 5.369, 9.317 max_d=9.317 avg_d=2.764 std_dev=2.605
P A 0, 0.254, 3.066, 5.878, 10.044 max_d=10.044 avg_d=3.066 std_dev=2.812
O4 B 0, 0.028, 2.927, 5.827, 8.728 max_d=8.728 avg_d=2.927 std_dev=2.899
O3' A 0, 0.206, 3.186, 6.166, 9.527 max_d=9.527 avg_d=3.186 std_dev=2.980
OP2 A 0, 0.213, 3.265, 6.316, 10.962 max_d=10.962 avg_d=3.265 std_dev=3.051
OP1 A 0, 0.241, 3.515, 6.789, 12.065 max_d=12.065 avg_d=3.515 std_dev=3.274

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.27 0.01 0.20 0.02 0.40 0.32 0.18
C2 0.04 0.00 0.30 0.33 0.01 0.25 0.01 0.38 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.23 0.40 0.25 0.52 0.02 0.87 0.83 0.64
C2' 0.01 0.30 0.00 0.01 0.16 0.02 0.10 0.15 0.16 0.14 0.24 0.36 0.29 0.09 0.04 0.00 0.03 0.02 0.35 0.13 0.51 0.44 0.38
C3' 0.02 0.33 0.01 0.00 0.24 0.01 0.31 0.02 0.33 0.36 0.32 0.39 0.30 0.37 0.20 0.02 0.01 0.02 0.24 0.36 0.40 0.19 0.21
C4 0.02 0.01 0.16 0.24 0.00 0.11 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.20 0.13 0.40 0.01 0.62 0.66 0.41
C4' 0.01 0.25 0.02 0.01 0.11 0.00 0.11 0.01 0.12 0.25 0.18 0.34 0.24 0.22 0.09 0.24 0.03 0.00 0.02 0.13 0.22 0.22 0.12
C5 0.01 0.01 0.10 0.31 0.01 0.11 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.22 0.17 0.06 0.51 0.01 0.72 0.88 0.55
C5' 0.06 0.38 0.15 0.02 0.18 0.01 0.19 0.00 0.21 0.33 0.29 0.50 0.35 0.31 0.12 0.10 0.17 0.02 0.01 0.23 0.19 0.30 0.02
C6 0.02 0.01 0.16 0.33 0.01 0.12 0.01 0.21 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.22 0.20 0.11 0.53 0.01 0.78 0.96 0.60
C8 0.01 0.02 0.14 0.36 0.01 0.25 0.01 0.33 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.30 0.26 0.14 0.64 0.03 0.75 0.87 0.65
N1 0.03 0.01 0.24 0.32 0.01 0.18 0.01 0.29 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.21 0.29 0.20 0.51 0.01 0.82 0.91 0.61
N2 0.05 0.01 0.36 0.39 0.01 0.34 0.01 0.50 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.30 0.54 0.30 0.61 0.02 1.05 0.94 0.80
N3 0.04 0.01 0.29 0.30 0.01 0.24 0.01 0.35 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.22 0.40 0.24 0.46 0.01 0.77 0.68 0.54
N7 0.01 0.01 0.09 0.37 0.01 0.22 0.00 0.31 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.30 0.27 0.08 0.66 0.03 0.84 1.05 0.73
N9 0.01 0.02 0.04 0.20 0.01 0.09 0.01 0.12 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.16 0.12 0.02 0.37 0.02 0.52 0.55 0.34
O2' 0.02 0.23 0.00 0.02 0.16 0.24 0.22 0.10 0.22 0.30 0.21 0.30 0.22 0.30 0.16 0.00 0.07 0.17 0.25 0.25 0.45 0.48 0.33
O3' 0.27 0.40 0.03 0.01 0.20 0.03 0.17 0.17 0.20 0.26 0.29 0.54 0.40 0.27 0.12 0.07 0.00 0.18 0.27 0.23 0.50 0.31 0.28
O4' 0.01 0.25 0.02 0.02 0.13 0.00 0.06 0.02 0.11 0.14 0.20 0.30 0.24 0.08 0.02 0.17 0.18 0.00 0.16 0.09 0.36 0.31 0.19
O5' 0.20 0.52 0.35 0.24 0.40 0.02 0.51 0.01 0.53 0.64 0.51 0.61 0.46 0.66 0.37 0.25 0.27 0.16 0.00 0.59 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.13 0.36 0.01 0.13 0.01 0.23 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.25 0.23 0.09 0.59 0.00 0.85 1.10 0.69
OP1 0.40 0.87 0.51 0.40 0.62 0.22 0.72 0.19 0.78 0.75 0.82 1.05 0.77 0.84 0.52 0.45 0.50 0.36 0.02 0.85 0.00 0.01 0.01
OP2 0.32 0.83 0.44 0.19 0.66 0.22 0.88 0.30 0.96 0.87 0.91 0.94 0.68 1.05 0.55 0.48 0.31 0.31 0.02 1.10 0.01 0.00 0.01
P 0.18 0.64 0.38 0.21 0.41 0.12 0.55 0.02 0.60 0.65 0.61 0.80 0.54 0.73 0.34 0.33 0.28 0.19 0.01 0.69 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.72 3.08 1.51 0.97 3.99 0.88 3.24 0.89 2.48 2.42 3.80 3.03 1.47 0.99 4.69 1.27 0.46 1.13 0.92 0.24
C2 1.29 2.28 1.16 0.80 2.96 0.65 2.60 0.76 2.03 1.88 2.76 2.19 1.01 0.82 3.29 0.97 0.40 1.12 0.96 0.22
C2' 1.83 3.34 1.62 1.06 4.32 0.82 3.48 0.82 2.66 2.61 4.13 3.29 1.54 1.04 5.11 1.26 0.53 1.13 0.99 0.38
C3' 1.83 3.33 1.60 1.04 4.32 0.83 3.48 0.83 2.66 2.61 4.13 3.29 1.55 1.03 5.13 1.27 0.55 1.08 1.05 0.39
C4 1.52 2.63 1.28 0.80 3.47 0.85 2.94 0.89 2.26 2.13 3.23 2.54 1.26 0.86 3.99 1.21 0.44 1.12 0.93 0.24
C4' 1.78 3.21 1.55 1.00 4.13 0.91 3.32 0.91 2.54 2.50 3.97 3.19 1.54 1.05 4.91 1.30 0.50 1.12 1.00 0.32
C5 1.58 2.48 1.33 0.90 3.16 1.06 2.72 1.00 2.14 2.06 2.97 2.42 1.40 1.05 3.59 1.36 0.50 1.09 0.93 0.26
C5' 1.78 3.15 1.54 1.03 4.05 1.02 3.27 1.01 2.50 2.46 3.89 3.13 1.59 1.14 4.82 1.36 0.59 1.12 1.08 0.42
C6 1.50 2.14 1.27 0.92 2.63 1.09 2.36 1.02 1.91 1.84 2.47 2.10 1.35 1.09 2.93 1.36 0.53 1.07 0.94 0.28
C8 1.74 2.84 1.47 0.98 3.63 1.11 3.01 1.03 2.34 2.29 3.45 2.81 1.58 1.13 4.23 1.44 0.52 1.10 0.91 0.27
N1 1.18 1.89 0.97 0.61 2.48 0.74 2.27 0.83 1.79 1.62 2.27 1.82 0.93 0.70 2.76 1.02 0.40 1.12 0.97 0.23
N2 1.41 2.36 1.41 1.17 2.83 0.78 2.48 0.75 2.01 1.95 2.74 2.32 1.22 1.21 3.04 1.02 0.52 1.08 0.95 0.27
N3 1.49 2.65 1.33 0.90 3.45 0.75 2.92 0.81 2.25 2.14 3.23 2.57 1.21 0.91 3.92 1.10 0.43 1.13 0.94 0.23
N7 1.78 2.71 1.53 1.10 3.33 1.24 2.80 1.10 2.22 2.22 3.20 2.71 1.68 1.31 3.81 1.54 0.57 1.07 0.91 0.29
N9 1.64 2.86 1.39 0.87 3.74 0.92 3.10 0.93 2.37 2.28 3.52 2.78 1.40 0.94 4.37 1.29 0.46 1.12 0.92 0.24
O2' 1.93 3.47 1.77 1.21 4.35 0.96 3.46 0.92 2.66 2.69 4.25 3.48 1.71 1.21 5.13 1.35 0.55 1.20 0.91 0.38
O3' 1.96 3.49 1.73 1.14 4.44 0.93 3.57 0.88 2.76 2.73 4.29 3.47 1.69 1.11 5.27 1.38 0.63 1.13 1.05 0.43
O4' 1.75 3.06 1.52 0.99 3.93 1.00 3.18 0.99 2.45 2.40 3.77 3.03 1.54 1.05 4.64 1.36 0.53 1.15 0.96 0.34
O5' 1.78 3.07 1.51 1.05 3.96 1.07 3.24 1.03 2.48 2.42 3.79 3.05 1.59 1.22 4.70 1.40 0.72 1.11 1.14 0.59
O6 1.75 2.13 1.57 1.30 2.29 1.42 2.08 1.19 1.81 1.89 2.26 2.20 1.71 1.53 2.49 1.65 0.67 0.99 0.92 0.35
OP1 1.83 2.96 1.64 1.34 3.77 1.40 3.07 1.40 2.38 2.34 3.63 2.99 1.81 1.61 4.49 1.54 1.06 1.47 1.32 0.96
OP2 2.01 3.15 1.74 1.34 3.93 1.35 3.30 1.22 2.61 2.55 3.77 3.18 1.83 1.52 4.59 1.67 1.10 1.24 1.54 1.05
P 1.80 2.99 1.56 1.15 3.82 1.22 3.14 1.16 2.43 2.37 3.66 3.00 1.69 1.39 4.53 1.48 0.84 1.18 1.25 0.73

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.08 0.02 0.01 0.03 0.05 0.02 0.25 0.03 0.01 0.28 0.58 0.44 0.37
C2 0.03 0.00 0.24 0.31 0.01 0.13 0.01 0.23 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.24 0.02 0.19 0.46 0.72 0.83 0.55
C2' 0.01 0.24 0.00 0.01 0.07 0.02 0.18 0.17 0.23 0.04 0.18 0.43 0.00 0.03 0.08 0.02 0.40 0.53 0.40 0.40
C3' 0.02 0.31 0.01 0.00 0.33 0.01 0.34 0.02 0.31 0.20 0.33 0.40 0.02 0.01 0.35 0.02 0.21 0.31 0.28 0.17
C4 0.02 0.01 0.07 0.33 0.00 0.14 0.01 0.25 0.01 0.02 0.01 0.02 0.29 0.22 0.01 0.04 0.55 0.79 1.18 0.71
C4' 0.01 0.13 0.02 0.01 0.14 0.00 0.24 0.01 0.25 0.08 0.11 0.27 0.25 0.03 0.15 0.01 0.02 0.27 0.21 0.11
C5 0.02 0.01 0.18 0.34 0.01 0.24 0.00 0.38 0.01 0.01 0.01 0.02 0.40 0.28 0.02 0.15 0.65 0.86 1.23 0.83
C5' 0.08 0.23 0.17 0.02 0.25 0.01 0.38 0.00 0.37 0.14 0.22 0.40 0.11 0.19 0.27 0.02 0.01 0.23 0.29 0.02
C6 0.02 0.01 0.23 0.31 0.01 0.25 0.01 0.37 0.00 0.01 0.01 0.02 0.38 0.25 0.02 0.20 0.60 0.81 0.99 0.74
N1 0.01 0.01 0.04 0.20 0.02 0.08 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.02 0.17 0.12 0.02 0.02 0.40 0.67 0.71 0.50
N3 0.03 0.01 0.18 0.33 0.01 0.11 0.01 0.22 0.01 0.01 0.00 0.02 0.18 0.23 0.02 0.13 0.50 0.76 1.02 0.62
O2 0.05 0.01 0.43 0.40 0.02 0.27 0.02 0.40 0.02 0.02 0.02 0.00 0.33 0.40 0.03 0.32 0.57 0.80 0.86 0.66
O2' 0.02 0.16 0.00 0.02 0.29 0.25 0.40 0.11 0.38 0.17 0.18 0.33 0.00 0.07 0.31 0.18 0.29 0.46 0.36 0.34
O3' 0.25 0.24 0.03 0.01 0.22 0.03 0.28 0.19 0.25 0.12 0.23 0.40 0.07 0.00 0.26 0.18 0.34 0.52 0.51 0.37
O4 0.03 0.02 0.08 0.35 0.01 0.15 0.02 0.27 0.02 0.02 0.02 0.03 0.31 0.26 0.00 0.05 0.58 0.82 1.30 0.76
O4' 0.01 0.19 0.02 0.02 0.04 0.01 0.15 0.02 0.20 0.02 0.13 0.32 0.18 0.18 0.05 0.00 0.25 0.58 0.45 0.39
O5' 0.28 0.46 0.40 0.21 0.55 0.02 0.65 0.01 0.60 0.40 0.50 0.57 0.29 0.34 0.58 0.25 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.58 0.72 0.53 0.31 0.79 0.27 0.86 0.23 0.81 0.67 0.76 0.80 0.46 0.52 0.82 0.58 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.44 0.83 0.40 0.28 1.18 0.21 1.23 0.29 0.99 0.71 1.02 0.86 0.36 0.51 1.30 0.45 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.37 0.55 0.40 0.17 0.71 0.11 0.83 0.02 0.74 0.50 0.62 0.66 0.34 0.37 0.76 0.39 0.01 0.01 0.01 0.00