ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 17116

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 4, 9, 12, 44, 13, 32, 25, 3, 1, 2, 1, 10, 31, 56, 65, 61,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N9 B 0, 0.340, 0.820, 1.300, 3.165 max_d=3.165 avg_d=0.820 std_dev=0.480
C2 A 0, 0.622, 1.102, 1.582, 2.941 max_d=2.941 avg_d=1.102 std_dev=0.480
C4 B 0, 0.242, 0.803, 1.364, 2.861 max_d=2.861 avg_d=0.803 std_dev=0.561
N3 A 0, 0.543, 1.117, 1.690, 2.852 max_d=2.852 avg_d=1.117 std_dev=0.573
C1' A 0, 1.190, 1.797, 2.403, 3.504 max_d=3.504 avg_d=1.797 std_dev=0.606
O4' A 0, 1.522, 2.162, 2.802, 4.745 max_d=4.745 avg_d=2.162 std_dev=0.640
N1 A 0, 0.983, 1.635, 2.286, 3.686 max_d=3.686 avg_d=1.635 std_dev=0.651
C4 A 0, 0.203, 0.889, 1.576, 3.339 max_d=3.339 avg_d=0.889 std_dev=0.687
N2 A 0, 0.828, 1.542, 2.256, 3.577 max_d=3.577 avg_d=1.542 std_dev=0.714
C1' B 0, 0.088, 0.806, 1.525, 3.965 max_d=3.965 avg_d=0.806 std_dev=0.718
C5 B 0, 0.680, 1.440, 2.200, 3.567 max_d=3.567 avg_d=1.440 std_dev=0.760
C2' B 0, 0.865, 1.652, 2.440, 4.268 max_d=4.268 avg_d=1.652 std_dev=0.787
N9 A 0, 0.207, 1.003, 1.799, 3.637 max_d=3.637 avg_d=1.003 std_dev=0.796
N3 B 0, 0.507, 1.359, 2.211, 4.107 max_d=4.107 avg_d=1.359 std_dev=0.852
C8 B 0, 0.755, 1.684, 2.613, 4.633 max_d=4.633 avg_d=1.684 std_dev=0.929
C4' A 0, 1.876, 2.865, 3.853, 6.181 max_d=6.181 avg_d=2.865 std_dev=0.988
N7 B 0, 1.058, 2.079, 3.099, 4.983 max_d=4.983 avg_d=2.079 std_dev=1.021
O4' B 0, 0.871, 1.894, 2.916, 6.416 max_d=6.416 avg_d=1.894 std_dev=1.023
C3' B 0, 1.102, 2.139, 3.176, 5.767 max_d=5.767 avg_d=2.139 std_dev=1.037
C5 A 0, 0.618, 1.683, 2.748, 4.409 max_d=4.409 avg_d=1.683 std_dev=1.065
C8 A 0, 0.489, 1.572, 2.656, 5.123 max_d=5.123 avg_d=1.572 std_dev=1.084
O3' B 0, 1.753, 2.843, 3.934, 7.620 max_d=7.620 avg_d=2.843 std_dev=1.091
C6 B 0, 0.663, 1.761, 2.859, 5.173 max_d=5.173 avg_d=1.761 std_dev=1.098
C6 A 0, 1.053, 2.215, 3.377, 4.424 max_d=4.424 avg_d=2.215 std_dev=1.162
O2' B 0, 1.180, 2.356, 3.533, 5.027 max_d=5.027 avg_d=2.356 std_dev=1.177
C2 B 0, 0.427, 1.708, 2.989, 6.054 max_d=6.054 avg_d=1.708 std_dev=1.281
N1 B 0, 0.347, 1.664, 2.981, 6.443 max_d=6.443 avg_d=1.664 std_dev=1.317
O6 B 0, 1.165, 2.492, 3.818, 6.597 max_d=6.597 avg_d=2.492 std_dev=1.327
C4' B 0, 0.890, 2.217, 3.545, 7.504 max_d=7.504 avg_d=2.217 std_dev=1.327
C2' A 0, 1.461, 2.793, 4.124, 5.110 max_d=5.110 avg_d=2.793 std_dev=1.332
N7 A 0, 0.700, 2.156, 3.612, 5.994 max_d=5.994 avg_d=2.156 std_dev=1.456
C3' A 0, 1.755, 3.231, 4.707, 6.114 max_d=6.114 avg_d=3.231 std_dev=1.476
C5' B 0, 1.942, 3.584, 5.225, 9.582 max_d=9.582 avg_d=3.584 std_dev=1.642
O6 A 0, 1.501, 3.214, 4.926, 6.393 max_d=6.393 avg_d=3.214 std_dev=1.712
O2' A 0, 2.036, 3.821, 5.606, 6.664 max_d=6.664 avg_d=3.821 std_dev=1.785
N2 B 0, 0.712, 2.543, 4.373, 8.230 max_d=8.230 avg_d=2.543 std_dev=1.830
O3' A 0, 2.556, 4.431, 6.306, 8.430 max_d=8.430 avg_d=4.431 std_dev=1.875
C5' A 0, 1.207, 3.152, 5.097, 7.311 max_d=7.311 avg_d=3.152 std_dev=1.945
O5' A 0, 0.951, 3.183, 5.416, 7.931 max_d=7.931 avg_d=3.183 std_dev=2.233
O5' B 0, 0.845, 3.124, 5.403, 10.257 max_d=10.257 avg_d=3.124 std_dev=2.279
OP1 B 0, 0.837, 3.673, 6.508, 13.901 max_d=13.901 avg_d=3.673 std_dev=2.835
P B 0, 0.432, 3.308, 6.184, 12.215 max_d=12.215 avg_d=3.308 std_dev=2.876
OP2 A 0, 1.499, 4.382, 7.266, 10.407 max_d=10.407 avg_d=4.382 std_dev=2.883
P A 0, 1.054, 3.953, 6.852, 10.064 max_d=10.064 avg_d=3.953 std_dev=2.899
OP2 B 0, 0.578, 3.913, 7.248, 13.909 max_d=13.909 avg_d=3.913 std_dev=3.335
OP1 A 0, 1.631, 5.061, 8.490, 12.211 max_d=12.211 avg_d=5.061 std_dev=3.430

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.09 0.03 0.02 0.04 0.06 0.05 0.02 0.01 0.03 0.27 0.01 0.24 0.03 0.49 0.43 0.29
C2 0.05 0.00 0.37 0.58 0.01 0.45 0.01 0.69 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.40 0.46 0.39 1.02 0.02 1.33 0.99 1.15
C2' 0.01 0.37 0.00 0.01 0.19 0.02 0.10 0.21 0.16 0.23 0.28 0.46 0.38 0.17 0.06 0.00 0.04 0.02 0.45 0.13 0.67 0.55 0.49
C3' 0.02 0.58 0.01 0.00 0.32 0.01 0.35 0.02 0.39 0.50 0.47 0.73 0.55 0.48 0.25 0.02 0.01 0.03 0.24 0.41 0.37 0.34 0.19
C4 0.02 0.01 0.19 0.32 0.00 0.18 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.24 0.18 0.20 0.43 0.02 0.75 0.61 0.43
C4' 0.02 0.45 0.02 0.01 0.18 0.00 0.12 0.01 0.16 0.38 0.32 0.60 0.43 0.30 0.11 0.29 0.03 0.01 0.02 0.15 0.25 0.29 0.10
C5 0.02 0.01 0.10 0.35 0.01 0.12 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.30 0.23 0.09 0.43 0.02 0.78 0.99 0.51
C5' 0.09 0.69 0.21 0.02 0.22 0.01 0.17 0.00 0.21 0.62 0.48 0.96 0.63 0.51 0.18 0.11 0.21 0.02 0.01 0.20 0.20 0.36 0.02
C6 0.03 0.01 0.16 0.39 0.01 0.16 0.01 0.21 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.33 0.23 0.17 0.48 0.01 0.87 0.90 0.52
C8 0.02 0.02 0.23 0.50 0.01 0.38 0.01 0.62 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.37 0.43 0.23 0.93 0.03 1.08 1.53 1.11
N1 0.04 0.01 0.28 0.47 0.01 0.32 0.01 0.48 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.34 0.31 0.30 0.77 0.01 1.14 0.79 0.84
N2 0.06 0.01 0.46 0.73 0.02 0.60 0.02 0.96 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.50 0.65 0.47 1.38 0.02 1.74 1.49 1.64
N3 0.05 0.01 0.38 0.55 0.01 0.43 0.01 0.63 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.37 0.44 0.38 0.91 0.02 1.13 0.85 0.96
N7 0.02 0.01 0.17 0.48 0.01 0.30 0.00 0.51 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.38 0.43 0.13 0.81 0.03 1.05 1.61 1.04
N9 0.01 0.02 0.06 0.25 0.01 0.11 0.01 0.18 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.19 0.17 0.02 0.38 0.02 0.65 0.77 0.46
O2' 0.03 0.40 0.00 0.02 0.24 0.29 0.30 0.11 0.33 0.37 0.34 0.50 0.37 0.38 0.19 0.00 0.07 0.20 0.33 0.36 0.61 0.57 0.40
O3' 0.27 0.46 0.04 0.01 0.18 0.03 0.23 0.21 0.23 0.43 0.31 0.65 0.44 0.43 0.17 0.07 0.00 0.19 0.30 0.29 0.53 0.66 0.36
O4' 0.01 0.39 0.02 0.03 0.20 0.01 0.09 0.02 0.17 0.23 0.30 0.47 0.38 0.13 0.02 0.20 0.19 0.00 0.16 0.13 0.38 0.35 0.22
O5' 0.24 1.02 0.45 0.24 0.43 0.02 0.43 0.01 0.48 0.93 0.77 1.38 0.91 0.81 0.38 0.33 0.30 0.16 0.00 0.49 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.13 0.41 0.02 0.15 0.02 0.20 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.36 0.29 0.13 0.49 0.00 0.89 1.13 0.57
OP1 0.49 1.33 0.67 0.37 0.75 0.25 0.78 0.20 0.87 1.08 1.14 1.74 1.13 1.05 0.65 0.61 0.53 0.38 0.02 0.89 0.00 0.02 0.01
OP2 0.43 0.99 0.55 0.34 0.61 0.29 0.99 0.36 0.90 1.53 0.79 1.49 0.85 1.61 0.77 0.57 0.66 0.35 0.02 1.13 0.02 0.00 0.01
P 0.29 1.15 0.49 0.19 0.43 0.10 0.51 0.02 0.52 1.11 0.84 1.64 0.96 1.04 0.46 0.40 0.36 0.22 0.01 0.57 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 1.01 2.64 0.73 0.60 2.02 0.87 2.49 1.25 3.04 1.80 3.08 2.83 2.06 2.31 1.55 1.09 0.93 1.09 1.54 3.40 1.87 2.18 1.90
C2 0.79 1.72 0.61 0.48 1.56 0.82 1.93 1.17 2.14 1.56 2.01 1.68 1.44 1.91 1.28 1.08 0.89 1.00 1.46 2.30 1.60 2.04 1.73
C2' 1.03 2.84 0.88 0.76 2.09 0.93 2.57 1.29 3.19 1.81 3.32 3.07 2.16 2.34 1.57 1.27 1.11 1.07 1.55 3.56 1.92 2.17 1.93
C3' 0.86 2.79 0.99 0.83 1.99 0.78 2.53 1.09 3.23 1.69 3.33 3.05 2.07 2.29 1.43 1.44 1.25 0.77 1.34 3.68 1.76 2.04 1.75
C4 0.88 2.15 0.67 0.54 1.78 0.83 2.28 1.18 2.70 1.73 2.59 2.18 1.70 2.22 1.40 1.06 0.91 1.01 1.49 3.02 1.73 2.20 1.84
C4' 0.77 2.66 0.84 0.67 1.90 0.70 2.43 1.04 3.10 1.62 3.17 2.91 1.99 2.22 1.35 1.28 1.08 0.71 1.30 3.57 1.73 1.99 1.69
C5 0.86 1.97 0.69 0.57 1.70 0.83 2.28 1.16 2.66 1.81 2.45 2.01 1.57 2.33 1.38 1.05 0.92 1.01 1.50 3.06 1.78 2.35 1.89
C5' 0.77 2.48 1.08 0.96 1.74 0.92 2.30 1.10 3.00 1.48 3.03 2.73 1.82 2.11 1.20 1.54 1.35 0.69 1.22 3.54 1.64 1.88 1.57
C6 0.85 1.79 0.70 0.58 1.61 0.84 2.17 1.15 2.44 1.84 2.18 1.88 1.48 2.31 1.36 1.03 0.93 1.02 1.51 2.79 1.80 2.42 1.92
C8 0.90 2.24 0.72 0.59 1.82 0.83 2.40 1.18 2.92 1.82 2.77 2.33 1.74 2.37 1.43 1.07 0.93 1.01 1.51 3.40 1.81 2.33 1.90
N1 0.78 1.55 0.65 0.53 1.46 0.83 1.94 1.15 2.12 1.69 1.88 1.55 1.29 2.07 1.27 1.07 0.92 1.02 1.50 2.35 1.70 2.26 1.84
N2 0.77 1.54 0.61 0.45 1.42 0.81 1.64 1.18 1.76 1.35 1.70 1.50 1.36 1.59 1.18 1.12 0.86 0.99 1.41 1.85 1.48 1.79 1.60
N3 0.89 2.15 0.64 0.52 1.78 0.83 2.17 1.20 2.51 1.64 2.47 2.18 1.75 2.06 1.39 1.06 0.89 1.02 1.48 2.71 1.68 2.06 1.77
N7 0.89 2.09 0.72 0.60 1.75 0.83 2.36 1.16 2.82 1.86 2.60 2.18 1.65 2.41 1.41 1.05 0.94 1.01 1.51 3.32 1.83 2.41 1.93
N9 0.93 2.36 0.70 0.57 1.87 0.84 2.40 1.20 2.91 1.77 2.84 2.46 1.83 2.30 1.46 1.08 0.92 1.03 1.51 3.30 1.79 2.22 1.87
O2' 1.38 3.20 1.01 0.90 2.39 1.16 2.80 1.52 3.40 2.06 3.60 3.49 2.52 2.54 1.88 1.33 1.15 1.43 1.78 3.70 2.16 2.30 2.14
O3' 1.10 3.13 1.08 0.87 2.25 0.77 2.74 1.05 3.45 1.87 3.63 3.45 2.39 2.46 1.65 1.51 1.32 0.95 1.35 3.89 1.81 2.04 1.77
O4' 0.84 2.55 0.77 0.60 1.88 0.74 2.37 1.08 2.97 1.62 3.01 2.77 1.95 2.19 1.37 1.16 0.97 0.85 1.35 3.40 1.71 2.01 1.70
O5' 1.03 2.29 1.43 1.37 1.63 1.33 2.20 1.36 2.88 1.47 2.86 2.51 1.68 2.06 1.20 1.91 1.73 1.01 1.34 3.47 1.66 1.91 1.61
O6 0.91 1.98 0.75 0.65 1.68 0.86 2.23 1.16 2.51 1.95 2.26 2.23 1.66 2.44 1.43 1.00 0.95 1.06 1.54 2.90 1.92 2.56 2.01
OP1 1.50 2.10 1.96 1.92 1.54 1.90 2.01 1.84 2.65 1.47 2.62 2.35 1.62 1.93 1.31 2.43 2.23 1.51 1.60 3.28 1.95 1.84 1.76
OP2 1.24 2.23 1.66 1.71 1.63 1.71 2.25 1.70 2.95 1.59 2.86 2.43 1.63 2.19 1.28 2.15 2.11 1.30 1.51 3.63 1.82 2.03 1.73
P 1.33 2.13 1.78 1.78 1.52 1.78 2.05 1.74 2.72 1.44 2.68 2.37 1.59 1.96 1.23 2.27 2.13 1.37 1.51 3.35 1.82 1.88 1.69

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.11 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.02 0.01 0.03 0.33 0.01 0.31 0.03 0.54 0.47 0.32
C2 0.04 0.00 0.46 0.37 0.01 0.21 0.01 0.43 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.44 0.42 0.37 0.73 0.02 0.93 1.11 0.83
C2' 0.01 0.46 0.00 0.01 0.24 0.02 0.12 0.24 0.21 0.25 0.36 0.56 0.45 0.15 0.04 0.01 0.04 0.02 0.59 0.16 0.84 0.80 0.68
C3' 0.02 0.37 0.01 0.00 0.33 0.01 0.40 0.03 0.43 0.37 0.41 0.38 0.32 0.42 0.26 0.02 0.01 0.02 0.29 0.47 0.61 0.32 0.30
C4 0.02 0.01 0.24 0.33 0.00 0.13 0.00 0.27 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.27 0.23 0.19 0.59 0.02 0.83 0.89 0.65
C4' 0.01 0.21 0.02 0.01 0.13 0.00 0.15 0.01 0.16 0.24 0.18 0.27 0.20 0.23 0.11 0.34 0.03 0.01 0.02 0.18 0.32 0.27 0.14
C5 0.02 0.01 0.12 0.40 0.00 0.15 0.00 0.28 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.35 0.20 0.08 0.64 0.02 0.95 1.05 0.75
C5' 0.11 0.43 0.24 0.03 0.27 0.01 0.28 0.00 0.33 0.31 0.39 0.51 0.39 0.31 0.17 0.12 0.23 0.02 0.01 0.33 0.25 0.33 0.02
C6 0.02 0.01 0.21 0.43 0.01 0.16 0.01 0.33 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.36 0.27 0.15 0.70 0.01 1.02 1.20 0.85
C8 0.02 0.01 0.25 0.37 0.01 0.24 0.01 0.31 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.46 0.24 0.22 0.62 0.03 0.84 0.90 0.65
N1 0.03 0.01 0.36 0.41 0.01 0.18 0.01 0.39 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.38 0.34 0.28 0.74 0.01 1.00 1.20 0.87
N2 0.05 0.01 0.56 0.38 0.01 0.27 0.02 0.51 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.56 0.54 0.45 0.78 0.02 0.96 1.17 0.90
N3 0.04 0.01 0.45 0.32 0.01 0.20 0.01 0.39 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.42 0.41 0.37 0.65 0.02 0.83 0.93 0.71
N7 0.02 0.01 0.15 0.42 0.01 0.23 0.00 0.31 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.47 0.26 0.13 0.66 0.03 0.97 1.07 0.76
N9 0.01 0.02 0.04 0.26 0.01 0.11 0.01 0.17 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.23 0.12 0.02 0.47 0.03 0.71 0.69 0.49
O2' 0.03 0.44 0.01 0.02 0.27 0.34 0.35 0.12 0.36 0.46 0.38 0.56 0.42 0.47 0.23 0.00 0.06 0.25 0.44 0.41 0.76 0.89 0.60
O3' 0.33 0.42 0.04 0.01 0.23 0.03 0.20 0.23 0.27 0.24 0.34 0.54 0.41 0.26 0.12 0.06 0.00 0.23 0.29 0.29 0.61 0.32 0.30
O4' 0.01 0.37 0.02 0.02 0.19 0.01 0.08 0.02 0.15 0.22 0.28 0.45 0.37 0.13 0.02 0.25 0.23 0.00 0.19 0.10 0.35 0.37 0.23
O5' 0.31 0.73 0.59 0.29 0.59 0.02 0.64 0.01 0.70 0.62 0.74 0.78 0.65 0.66 0.47 0.44 0.29 0.19 0.00 0.72 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.16 0.47 0.02 0.18 0.02 0.33 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.41 0.29 0.10 0.72 0.00 1.09 1.29 0.90
OP1 0.54 0.93 0.84 0.61 0.83 0.32 0.95 0.25 1.02 0.84 1.00 0.96 0.83 0.97 0.71 0.76 0.61 0.35 0.02 1.09 0.00 0.02 0.01
OP2 0.47 1.11 0.80 0.32 0.89 0.27 1.05 0.33 1.20 0.90 1.20 1.17 0.93 1.07 0.69 0.89 0.32 0.37 0.02 1.29 0.02 0.00 0.01
P 0.32 0.83 0.68 0.30 0.65 0.14 0.75 0.02 0.85 0.65 0.87 0.90 0.71 0.76 0.49 0.60 0.30 0.23 0.01 0.90 0.01 0.01 0.00