ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 17117

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 10, 16, 1, 1, 0, 0, 0, 3, 0, 11, 1, 0, 5, 1, 3, 1, 0, 0, 102,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N9 B 0, 0.381, 0.902, 1.422, 2.346 max_d=2.346 avg_d=0.902 std_dev=0.521
C4 B 0, 0.182, 1.103, 2.024, 3.207 max_d=3.207 avg_d=1.103 std_dev=0.921
C1' B 0, 0.517, 1.448, 2.378, 4.559 max_d=4.559 avg_d=1.448 std_dev=0.930
C2 A 0, 0.435, 1.401, 2.368, 3.515 max_d=3.515 avg_d=1.401 std_dev=0.966
N1 A 0, 0.678, 1.668, 2.658, 3.798 max_d=3.798 avg_d=1.668 std_dev=0.990
N3 A 0, 0.548, 1.582, 2.615, 3.539 max_d=3.539 avg_d=1.582 std_dev=1.034
C5 A 0, 0.904, 1.975, 3.046, 4.037 max_d=4.037 avg_d=1.975 std_dev=1.071
C8 B 0, 0.790, 1.870, 2.951, 4.623 max_d=4.623 avg_d=1.870 std_dev=1.080
N2 A 0, 0.696, 1.798, 2.899, 4.191 max_d=4.191 avg_d=1.798 std_dev=1.101
C4 A 0, 0.193, 1.325, 2.458, 3.883 max_d=3.883 avg_d=1.325 std_dev=1.132
N3 B 0, 0.526, 1.688, 2.850, 4.266 max_d=4.266 avg_d=1.688 std_dev=1.162
C6 A 0, 1.054, 2.268, 3.481, 4.334 max_d=4.334 avg_d=2.268 std_dev=1.214
N9 A 0, 0.286, 1.519, 2.753, 4.374 max_d=4.374 avg_d=1.519 std_dev=1.234
C8 A 0, 0.752, 1.988, 3.225, 4.749 max_d=4.749 avg_d=1.988 std_dev=1.236
C1' A 0, 1.009, 2.246, 3.483, 4.688 max_d=4.688 avg_d=2.246 std_dev=1.237
O4' A 0, 1.229, 2.535, 3.842, 5.095 max_d=5.095 avg_d=2.535 std_dev=1.306
N7 A 0, 1.163, 2.487, 3.811, 5.194 max_d=5.194 avg_d=2.487 std_dev=1.324
C5 B 0, 0.762, 2.157, 3.553, 4.580 max_d=4.580 avg_d=2.157 std_dev=1.396
C2' B 0, 0.723, 2.200, 3.676, 6.808 max_d=6.808 avg_d=2.200 std_dev=1.476
N7 B 0, 1.118, 2.597, 4.076, 5.111 max_d=5.111 avg_d=2.597 std_dev=1.479
O4' B 0, 0.754, 2.268, 3.782, 5.936 max_d=5.936 avg_d=2.268 std_dev=1.514
O5' A 0, 1.473, 2.988, 4.502, 7.101 max_d=7.101 avg_d=2.988 std_dev=1.515
C2' A 0, 1.532, 3.115, 4.697, 6.195 max_d=6.195 avg_d=3.115 std_dev=1.583
C5' A 0, 1.545, 3.163, 4.782, 7.385 max_d=7.385 avg_d=3.163 std_dev=1.618
C4' A 0, 1.473, 3.163, 4.854, 6.648 max_d=6.648 avg_d=3.163 std_dev=1.690
O6 A 0, 1.317, 3.088, 4.859, 6.742 max_d=6.742 avg_d=3.088 std_dev=1.771
C2 B 0, 0.731, 2.503, 4.276, 6.175 max_d=6.175 avg_d=2.503 std_dev=1.772
O2' B 0, 0.777, 2.559, 4.342, 7.781 max_d=7.781 avg_d=2.559 std_dev=1.783
C3' A 0, 1.639, 3.517, 5.395, 7.169 max_d=7.169 avg_d=3.517 std_dev=1.878
P A 0, 1.670, 3.584, 5.497, 9.138 max_d=9.138 avg_d=3.584 std_dev=1.913
C3' B 0, 1.050, 2.991, 4.931, 8.624 max_d=8.624 avg_d=2.991 std_dev=1.940
O2' A 0, 1.694, 3.639, 5.584, 7.331 max_d=7.331 avg_d=3.639 std_dev=1.945
OP1 A 0, 1.578, 3.609, 5.640, 10.358 max_d=10.358 avg_d=3.609 std_dev=2.031
C4' B 0, 1.130, 3.199, 5.267, 8.339 max_d=8.339 avg_d=3.199 std_dev=2.068
O5' B 0, 1.773, 3.854, 5.936, 9.765 max_d=9.765 avg_d=3.854 std_dev=2.082
C6 B 0, 0.901, 2.995, 5.088, 6.785 max_d=6.785 avg_d=2.995 std_dev=2.093
N1 B 0, 0.777, 3.014, 5.251, 7.406 max_d=7.406 avg_d=3.014 std_dev=2.237
O3' A 0, 2.327, 4.700, 7.074, 8.887 max_d=8.887 avg_d=4.700 std_dev=2.373
OP2 A 0, 2.118, 4.542, 6.966, 9.903 max_d=9.903 avg_d=4.542 std_dev=2.424
O3' B 0, 1.248, 3.767, 6.287, 10.852 max_d=10.852 avg_d=3.767 std_dev=2.520
C5' B 0, 1.359, 3.893, 6.426, 9.333 max_d=9.333 avg_d=3.893 std_dev=2.533
P B 0, 2.005, 4.554, 7.104, 12.483 max_d=12.483 avg_d=4.554 std_dev=2.550
OP2 B 0, 1.806, 4.379, 6.952, 12.949 max_d=12.949 avg_d=4.379 std_dev=2.573
N6 B 0, 1.468, 4.160, 6.853, 8.585 max_d=8.585 avg_d=4.160 std_dev=2.692
OP1 B 0, 2.353, 5.368, 8.383, 14.053 max_d=14.053 avg_d=5.368 std_dev=3.015

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.09 0.03 0.02 0.05 0.07 0.05 0.02 0.01 0.02 0.34 0.01 0.25 0.04 0.63 0.35 0.29
C2 0.05 0.00 0.37 0.31 0.02 0.15 0.02 0.25 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.37 0.41 0.28 0.32 0.02 0.93 0.75 0.43
C2' 0.01 0.37 0.00 0.01 0.20 0.02 0.11 0.21 0.18 0.18 0.30 0.45 0.36 0.10 0.03 0.01 0.04 0.02 0.48 0.15 0.71 0.50 0.53
C3' 0.02 0.31 0.01 0.00 0.28 0.01 0.36 0.03 0.38 0.35 0.35 0.31 0.26 0.40 0.23 0.02 0.01 0.02 0.31 0.42 0.42 0.33 0.30
C4 0.03 0.02 0.20 0.28 0.00 0.09 0.01 0.19 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.25 0.24 0.15 0.34 0.02 0.94 0.69 0.43
C4' 0.01 0.15 0.02 0.01 0.09 0.00 0.14 0.01 0.14 0.22 0.14 0.20 0.14 0.21 0.10 0.31 0.04 0.01 0.02 0.16 0.31 0.26 0.10
C5 0.02 0.02 0.11 0.36 0.01 0.14 0.00 0.24 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.31 0.18 0.08 0.44 0.02 1.13 0.87 0.56
C5' 0.09 0.25 0.21 0.03 0.19 0.01 0.24 0.00 0.26 0.26 0.26 0.29 0.23 0.28 0.14 0.12 0.23 0.02 0.01 0.29 0.31 0.39 0.02
C6 0.03 0.01 0.18 0.38 0.01 0.14 0.01 0.26 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.32 0.23 0.14 0.43 0.01 1.18 0.95 0.58
C8 0.02 0.02 0.18 0.35 0.01 0.22 0.01 0.26 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.39 0.19 0.16 0.54 0.04 1.09 0.76 0.60
N1 0.05 0.01 0.30 0.35 0.02 0.14 0.02 0.26 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.33 0.31 0.22 0.36 0.02 1.07 0.87 0.51
N2 0.07 0.01 0.45 0.31 0.02 0.20 0.02 0.29 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.47 0.52 0.33 0.32 0.03 0.88 0.72 0.42
N3 0.05 0.01 0.36 0.26 0.01 0.14 0.01 0.23 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.35 0.42 0.27 0.29 0.02 0.84 0.64 0.38
N7 0.02 0.02 0.10 0.40 0.01 0.21 0.01 0.28 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.39 0.22 0.09 0.56 0.03 1.24 0.96 0.67
N9 0.01 0.03 0.03 0.23 0.01 0.10 0.02 0.14 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.00 0.21 0.15 0.02 0.35 0.03 0.87 0.56 0.41
O2' 0.02 0.37 0.01 0.02 0.25 0.31 0.31 0.12 0.32 0.39 0.33 0.47 0.35 0.39 0.21 0.00 0.06 0.21 0.35 0.35 0.67 0.42 0.44
O3' 0.34 0.41 0.04 0.01 0.24 0.04 0.18 0.23 0.23 0.19 0.31 0.52 0.42 0.22 0.15 0.06 0.00 0.24 0.37 0.24 0.61 0.43 0.40
O4' 0.01 0.28 0.02 0.02 0.15 0.01 0.08 0.02 0.14 0.16 0.22 0.33 0.27 0.09 0.02 0.21 0.24 0.00 0.15 0.11 0.52 0.32 0.20
O5' 0.25 0.32 0.48 0.31 0.34 0.02 0.44 0.01 0.43 0.54 0.36 0.32 0.29 0.56 0.35 0.35 0.37 0.15 0.00 0.48 0.02 0.02 0.01
O6 0.04 0.02 0.15 0.42 0.02 0.16 0.02 0.29 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.35 0.24 0.11 0.48 0.00 1.29 1.07 0.66
OP1 0.63 0.93 0.71 0.42 0.94 0.31 1.13 0.31 1.18 1.09 1.07 0.88 0.84 1.24 0.87 0.67 0.61 0.52 0.02 1.29 0.00 0.02 0.01
OP2 0.35 0.75 0.50 0.33 0.69 0.26 0.87 0.39 0.95 0.76 0.87 0.72 0.64 0.96 0.56 0.42 0.43 0.32 0.02 1.07 0.02 0.00 0.01
P 0.29 0.43 0.53 0.30 0.43 0.10 0.56 0.02 0.58 0.60 0.51 0.42 0.38 0.67 0.41 0.44 0.40 0.20 0.01 0.66 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.03 3.69 0.64 0.72 2.63 0.97 3.26 1.26 4.09 2.12 4.31 2.81 4.60 2.91 1.85 0.77 1.21 0.92 1.26 1.86 1.97 1.65
C2 0.99 2.84 0.57 0.68 2.17 0.97 2.49 1.20 2.95 1.68 3.10 2.34 3.10 2.19 1.57 0.83 1.20 0.94 1.07 1.49 1.68 1.35
C2' 1.06 3.78 0.68 0.86 2.66 0.98 3.29 1.10 4.17 2.08 4.42 2.86 4.70 2.90 1.84 0.90 1.45 0.91 1.06 1.61 1.78 1.42
C3' 1.02 3.81 0.66 0.83 2.69 1.00 3.39 1.22 4.31 2.17 4.51 2.86 4.96 3.04 1.87 0.85 1.39 0.88 1.23 1.87 1.99 1.65
C4 1.03 3.34 0.62 0.74 2.45 0.99 2.97 1.21 3.66 1.96 3.84 2.61 4.02 2.64 1.74 0.79 1.23 0.95 1.13 1.61 1.86 1.47
C4' 1.16 3.88 0.78 0.80 2.83 1.05 3.55 1.41 4.46 2.38 4.61 2.95 5.15 3.25 2.04 0.81 1.23 1.04 1.50 2.15 2.23 1.94
C5 1.09 3.20 0.70 0.84 2.39 1.07 2.92 1.28 3.58 2.01 3.70 2.52 3.98 2.66 1.74 0.84 1.28 1.05 1.20 1.62 2.01 1.55
C5' 1.22 3.88 0.83 0.86 2.86 1.10 3.62 1.44 4.54 2.46 4.65 2.95 5.29 3.33 2.09 0.85 1.26 1.11 1.52 2.14 2.25 1.94
C6 1.13 2.92 0.77 0.92 2.24 1.14 2.70 1.36 3.22 1.96 3.28 2.37 3.55 2.52 1.70 0.88 1.33 1.15 1.30 1.66 2.12 1.64
C8 1.07 3.48 0.68 0.80 2.53 1.02 3.16 1.23 3.96 2.11 4.12 2.66 4.51 2.87 1.81 0.82 1.26 0.99 1.18 1.67 2.00 1.55
N1 1.06 2.68 0.67 0.83 2.10 1.09 2.45 1.31 2.86 1.77 2.94 2.23 3.06 2.24 1.58 0.86 1.29 1.08 1.21 1.54 1.92 1.51
N2 0.94 2.50 0.59 0.60 1.96 0.93 2.14 1.20 2.47 1.44 2.62 2.16 2.53 1.83 1.43 0.94 1.12 0.90 1.03 1.46 1.48 1.27
N3 1.00 3.25 0.59 0.67 2.39 0.95 2.82 1.20 3.43 1.85 3.63 2.59 3.66 2.47 1.69 0.79 1.19 0.90 1.10 1.60 1.74 1.42
N7 1.11 3.32 0.75 0.87 2.45 1.08 3.06 1.29 3.79 2.10 3.90 2.58 4.31 2.81 1.79 0.86 1.29 1.07 1.23 1.67 2.09 1.60
N9 1.03 3.54 0.63 0.74 2.55 0.98 3.15 1.21 3.94 2.06 4.13 2.71 4.42 2.82 1.80 0.79 1.23 0.93 1.16 1.69 1.91 1.53
O2' 0.97 3.56 0.69 1.03 2.42 1.22 3.02 1.35 3.88 1.86 4.16 2.64 4.38 2.63 1.63 0.96 1.59 1.02 1.21 1.79 1.74 1.52
O3' 0.96 3.63 0.78 1.09 2.51 1.32 3.22 1.62 4.14 2.06 4.33 2.68 4.81 2.91 1.72 0.97 1.61 1.01 1.59 2.36 2.20 2.01
O4' 1.24 3.84 0.88 0.86 2.83 1.12 3.52 1.48 4.37 2.39 4.53 2.95 4.99 3.21 2.07 0.87 1.20 1.14 1.55 2.17 2.25 1.96
O5' 1.20 3.76 0.81 0.88 2.80 1.10 3.58 1.39 4.48 2.44 4.55 2.85 5.26 3.32 2.05 0.84 1.33 1.11 1.46 1.99 2.24 1.86
O6 1.21 2.85 0.89 1.04 2.20 1.25 2.67 1.49 3.14 2.06 3.16 2.34 3.51 2.60 1.73 0.95 1.38 1.27 1.48 1.85 2.36 1.86
OP1 1.27 3.53 1.11 1.40 2.57 1.53 3.29 1.74 4.19 2.21 4.28 2.67 4.98 3.04 1.88 1.22 1.91 1.33 1.63 2.23 2.14 1.94
OP2 1.70 4.16 1.21 1.06 3.27 1.26 4.05 1.51 4.93 2.95 4.97 3.28 5.72 3.82 2.55 1.06 1.27 1.55 1.70 2.00 2.65 2.09
P 1.33 3.77 0.93 1.02 2.86 1.24 3.63 1.51 4.52 2.53 4.57 2.89 5.32 3.40 2.14 0.89 1.42 1.29 1.55 2.03 2.33 1.94

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.08 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.02 0.33 0.01 0.21 0.46 0.44 0.30
C2 0.05 0.00 0.31 0.25 0.01 0.10 0.02 0.13 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.35 0.41 0.17 0.28 0.66 0.64 0.39
C2' 0.01 0.31 0.00 0.01 0.16 0.03 0.09 0.22 0.14 0.18 0.24 0.31 0.11 0.12 0.03 0.01 0.04 0.03 0.49 0.59 0.75 0.60
C3' 0.02 0.25 0.01 0.00 0.25 0.01 0.34 0.03 0.34 0.36 0.30 0.22 0.39 0.39 0.23 0.02 0.01 0.02 0.25 0.32 0.50 0.27
C4 0.02 0.01 0.16 0.25 0.00 0.07 0.01 0.15 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.27 0.24 0.09 0.30 0.67 0.60 0.39
C4' 0.01 0.10 0.03 0.01 0.07 0.00 0.14 0.01 0.13 0.23 0.09 0.10 0.17 0.23 0.10 0.31 0.03 0.01 0.03 0.22 0.35 0.09
C5 0.02 0.02 0.09 0.34 0.01 0.14 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.37 0.20 0.04 0.40 0.81 0.76 0.51
C5' 0.08 0.13 0.22 0.03 0.15 0.01 0.25 0.00 0.24 0.31 0.17 0.11 0.31 0.34 0.16 0.13 0.26 0.02 0.01 0.24 0.33 0.02
C6 0.03 0.01 0.14 0.34 0.01 0.13 0.01 0.24 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.38 0.23 0.07 0.40 0.83 0.82 0.53
C8 0.02 0.02 0.18 0.36 0.01 0.23 0.01 0.31 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.40 0.27 0.14 0.43 0.80 0.67 0.51
N1 0.04 0.01 0.24 0.30 0.02 0.09 0.01 0.17 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.35 0.30 0.13 0.34 0.76 0.75 0.47
N3 0.05 0.01 0.31 0.22 0.01 0.10 0.01 0.11 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.34 0.43 0.18 0.25 0.60 0.56 0.35
N6 0.03 0.02 0.11 0.39 0.02 0.17 0.02 0.31 0.01 0.04 0.02 0.02 0.00 0.04 0.03 0.43 0.26 0.06 0.47 0.92 0.95 0.62
N7 0.02 0.02 0.12 0.39 0.01 0.23 0.01 0.34 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.00 0.01 0.45 0.29 0.09 0.48 0.89 0.84 0.58
N9 0.01 0.02 0.03 0.23 0.01 0.10 0.01 0.16 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.23 0.16 0.02 0.29 0.63 0.53 0.37
O2' 0.02 0.35 0.01 0.02 0.27 0.31 0.37 0.13 0.38 0.40 0.35 0.34 0.43 0.45 0.23 0.00 0.13 0.21 0.37 0.52 0.82 0.54
O3' 0.33 0.41 0.04 0.01 0.24 0.03 0.20 0.26 0.23 0.27 0.30 0.43 0.26 0.29 0.16 0.13 0.00 0.22 0.37 0.60 0.58 0.42
O4' 0.01 0.17 0.03 0.02 0.09 0.01 0.04 0.02 0.07 0.14 0.13 0.18 0.06 0.09 0.02 0.21 0.22 0.00 0.18 0.41 0.39 0.25
O5' 0.21 0.28 0.49 0.25 0.30 0.03 0.40 0.01 0.40 0.43 0.34 0.25 0.47 0.48 0.29 0.37 0.37 0.18 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.46 0.66 0.59 0.32 0.67 0.22 0.81 0.24 0.83 0.80 0.76 0.60 0.92 0.89 0.63 0.52 0.60 0.41 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.44 0.64 0.75 0.50 0.60 0.35 0.76 0.33 0.82 0.67 0.75 0.56 0.95 0.84 0.53 0.82 0.58 0.39 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.30 0.39 0.60 0.27 0.39 0.09 0.51 0.02 0.53 0.51 0.47 0.35 0.62 0.58 0.37 0.54 0.42 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00