ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 17119

back

Distances from reference structure (by RMSD)

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 B max_d=1.501 avg_d=0.712 std_dev=0.515
N3 A max_d=1.569 avg_d=0.869 std_dev=0.559
C1' B max_d=2.752 avg_d=0.884 std_dev=0.605
C6 B max_d=3.010 avg_d=0.973 std_dev=0.614
C4 A max_d=1.906 avg_d=0.812 std_dev=0.646
N9 A max_d=2.556 avg_d=1.004 std_dev=0.673
C2 A max_d=1.934 avg_d=1.019 std_dev=0.675
N2 A max_d=2.495 avg_d=1.240 std_dev=0.810
C8 A max_d=2.844 avg_d=1.298 std_dev=0.823
C5 A max_d=3.282 avg_d=1.331 std_dev=0.888
O4' B max_d=4.615 avg_d=1.253 std_dev=0.895
C5 B max_d=4.851 avg_d=1.305 std_dev=0.922
N1 A max_d=3.284 avg_d=1.506 std_dev=0.923
C1' A max_d=4.109 avg_d=1.382 std_dev=1.034
N7 A max_d=4.077 avg_d=1.586 std_dev=1.071
C4 B max_d=4.321 avg_d=1.608 std_dev=1.122
C2 B max_d=3.315 avg_d=1.551 std_dev=1.145
O4' A max_d=4.777 avg_d=1.807 std_dev=1.232
C6 A max_d=4.830 avg_d=1.692 std_dev=1.241
N3 B max_d=3.990 avg_d=1.914 std_dev=1.361
C2' B max_d=5.282 avg_d=1.579 std_dev=1.392
C4' B max_d=7.095 avg_d=2.049 std_dev=1.507
C2' A max_d=5.944 avg_d=1.866 std_dev=1.509
N4 B max_d=6.011 avg_d=2.192 std_dev=1.517
O2' B max_d=5.787 avg_d=2.144 std_dev=1.566
O2 B max_d=4.760 avg_d=2.281 std_dev=1.609
C4' A max_d=6.660 avg_d=2.274 std_dev=1.657
C3' B max_d=7.302 avg_d=2.295 std_dev=1.670
C3' A max_d=6.942 avg_d=2.373 std_dev=1.740
O5' A max_d=6.441 avg_d=3.028 std_dev=1.746
C5' A max_d=6.511 avg_d=2.805 std_dev=1.754
O6 A max_d=7.271 avg_d=2.232 std_dev=1.864
O5' B max_d=7.607 avg_d=2.941 std_dev=1.934
C5' B max_d=8.782 avg_d=2.852 std_dev=1.992
O2' A max_d=7.949 avg_d=2.305 std_dev=2.187
P A max_d=8.132 avg_d=3.925 std_dev=2.295
O3' B max_d=9.772 avg_d=3.197 std_dev=2.324
O3' A max_d=9.594 avg_d=3.023 std_dev=2.426
OP2 A max_d=9.247 avg_d=4.299 std_dev=2.454
OP2 B max_d=9.829 avg_d=4.052 std_dev=2.488
P B max_d=9.242 avg_d=3.881 std_dev=2.570
OP1 A max_d=9.905 avg_d=4.576 std_dev=2.739
OP1 B max_d=11.492 avg_d=4.953 std_dev=3.414

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.08 0.02 0.01 0.04 0.06 0.04 0.01 0.01 0.03 0.33 0.01 0.20 0.03 0.43 0.37 0.27
C2 0.05 0.00 0.44 0.34 0.01 0.24 0.01 0.42 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.37 0.36 0.34 0.56 0.02 0.84 0.90 0.76
C2' 0.01 0.44 0.00 0.01 0.22 0.02 0.11 0.20 0.20 0.22 0.34 0.53 0.43 0.12 0.03 0.01 0.04 0.03 0.55 0.15 0.82 0.74 0.65
C3' 0.03 0.34 0.01 0.00 0.29 0.01 0.36 0.02 0.39 0.37 0.37 0.37 0.30 0.40 0.24 0.02 0.02 0.03 0.33 0.42 0.66 0.36 0.37
C4 0.02 0.01 0.22 0.29 0.00 0.10 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.22 0.21 0.18 0.35 0.01 0.49 0.67 0.48
C4' 0.02 0.24 0.02 0.01 0.10 0.00 0.13 0.01 0.13 0.28 0.17 0.33 0.23 0.25 0.11 0.31 0.04 0.01 0.02 0.15 0.33 0.26 0.14
C5 0.02 0.01 0.11 0.36 0.00 0.13 0.00 0.24 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.29 0.17 0.09 0.42 0.02 0.50 0.82 0.54
C5' 0.08 0.42 0.20 0.02 0.21 0.01 0.24 0.00 0.26 0.40 0.33 0.54 0.38 0.38 0.16 0.12 0.22 0.02 0.01 0.29 0.21 0.30 0.02
C6 0.02 0.01 0.20 0.39 0.01 0.13 0.01 0.26 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.29 0.22 0.15 0.44 0.01 0.60 0.91 0.62
C8 0.01 0.01 0.22 0.37 0.01 0.28 0.01 0.40 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.46 0.19 0.19 0.59 0.03 0.57 0.84 0.62
N1 0.04 0.01 0.34 0.37 0.01 0.17 0.01 0.33 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.30 0.28 0.26 0.49 0.01 0.75 0.92 0.70
N2 0.06 0.01 0.53 0.37 0.02 0.33 0.01 0.54 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.50 0.46 0.40 0.69 0.03 1.06 1.04 0.93
N3 0.04 0.01 0.43 0.30 0.00 0.23 0.01 0.38 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.36 0.37 0.33 0.51 0.02 0.73 0.76 0.65
N7 0.01 0.01 0.12 0.40 0.01 0.25 0.00 0.38 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.44 0.22 0.11 0.58 0.03 0.61 0.97 0.68
N9 0.01 0.02 0.03 0.24 0.01 0.11 0.01 0.16 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.22 0.14 0.02 0.31 0.02 0.38 0.55 0.37
O2' 0.03 0.37 0.01 0.02 0.22 0.31 0.29 0.12 0.29 0.46 0.30 0.50 0.36 0.44 0.22 0.00 0.08 0.21 0.37 0.33 0.76 0.80 0.56
O3' 0.33 0.36 0.04 0.02 0.21 0.04 0.17 0.22 0.22 0.19 0.28 0.46 0.37 0.22 0.14 0.08 0.00 0.22 0.32 0.24 0.62 0.37 0.31
O4' 0.01 0.34 0.03 0.03 0.18 0.01 0.09 0.02 0.15 0.19 0.26 0.40 0.33 0.11 0.02 0.21 0.22 0.00 0.17 0.12 0.39 0.37 0.31
O5' 0.20 0.56 0.55 0.33 0.35 0.02 0.42 0.01 0.44 0.59 0.49 0.69 0.51 0.58 0.31 0.37 0.32 0.17 0.00 0.47 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.15 0.42 0.01 0.15 0.02 0.29 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.33 0.24 0.12 0.47 0.00 0.64 1.00 0.66
OP1 0.43 0.84 0.82 0.66 0.49 0.33 0.50 0.21 0.60 0.57 0.75 1.06 0.73 0.61 0.38 0.76 0.62 0.39 0.02 0.64 0.00 0.02 0.01
OP2 0.37 0.90 0.74 0.36 0.67 0.26 0.82 0.30 0.91 0.84 0.92 1.04 0.76 0.97 0.55 0.80 0.37 0.37 0.02 1.00 0.02 0.00 0.01
P 0.27 0.76 0.65 0.37 0.48 0.14 0.54 0.02 0.62 0.62 0.70 0.93 0.65 0.68 0.37 0.56 0.31 0.31 0.01 0.66 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.17 2.35 0.64 0.35 2.62 0.75 2.09 1.07 1.64 1.70 2.77 3.00 2.55 0.52 0.89 0.97 1.05 1.65 1.37 1.28
C2 1.19 2.17 0.60 0.41 2.17 0.66 1.78 0.92 1.49 1.63 2.37 2.31 2.41 0.71 1.14 0.99 0.83 1.36 1.18 1.03
C2' 1.28 2.37 0.82 0.61 2.69 0.78 2.22 0.99 1.78 1.79 2.79 3.06 2.52 0.71 0.96 1.08 1.07 1.46 1.43 1.27
C3' 1.23 2.40 0.76 0.55 2.76 0.76 2.25 1.06 1.77 1.78 2.86 3.18 2.56 0.66 0.98 1.02 1.15 1.71 1.51 1.40
C4 1.17 2.33 0.56 0.44 2.56 0.72 2.08 0.97 1.66 1.71 2.71 2.86 2.51 0.51 1.10 0.99 0.97 1.46 1.36 1.17
C4' 1.24 2.48 0.77 0.48 2.80 0.75 2.23 1.11 1.74 1.80 2.95 3.24 2.68 0.66 0.95 0.97 1.16 1.89 1.52 1.45
C5 1.17 2.40 0.54 0.60 2.76 0.74 2.28 0.95 1.81 1.78 2.86 3.10 2.51 0.53 1.29 1.02 1.04 1.45 1.56 1.26
C5' 1.37 2.61 0.92 0.65 2.98 0.83 2.41 1.13 1.91 1.94 3.10 3.44 2.77 0.80 1.04 1.11 1.26 1.95 1.69 1.55
C6 1.18 2.43 0.57 0.71 2.79 0.74 2.33 0.94 1.87 1.83 2.88 3.08 2.51 0.64 1.45 1.04 1.06 1.41 1.66 1.30
C8 1.15 2.40 0.54 0.52 2.82 0.76 2.30 1.00 1.79 1.76 2.90 3.25 2.51 0.44 1.15 1.01 1.08 1.55 1.57 1.31
N1 1.19 2.32 0.59 0.62 2.46 0.69 2.06 0.89 1.71 1.75 2.61 2.63 2.48 0.71 1.39 1.03 0.92 1.31 1.42 1.13
N2 1.20 1.95 0.72 0.35 1.79 0.62 1.45 0.95 1.27 1.48 2.02 1.86 2.25 0.94 1.04 0.98 0.78 1.41 1.02 0.99
N3 1.18 2.23 0.61 0.35 2.31 0.69 1.86 0.99 1.52 1.64 2.50 2.52 2.48 0.61 1.01 0.97 0.91 1.48 1.21 1.11
N7 1.16 2.42 0.54 0.63 2.90 0.77 2.39 0.99 1.87 1.80 2.96 3.33 2.50 0.49 1.29 1.03 1.12 1.54 1.69 1.36
N9 1.16 2.36 0.57 0.41 2.66 0.74 2.15 1.01 1.69 1.72 2.79 3.03 2.53 0.46 1.03 0.98 1.02 1.54 1.41 1.24
O2' 1.05 2.06 0.71 0.73 2.43 0.95 2.00 1.22 1.56 1.52 2.49 2.81 2.17 0.66 1.10 0.99 1.17 1.60 1.45 1.38
O3' 1.00 2.08 0.63 0.79 2.46 1.08 1.97 1.48 1.51 1.48 2.55 2.90 2.23 0.59 1.27 1.00 1.41 2.15 1.63 1.72
O4' 1.25 2.46 0.77 0.52 2.74 0.85 2.17 1.19 1.70 1.78 2.91 3.15 2.68 0.67 0.99 1.02 1.18 1.91 1.49 1.45
O5' 1.39 2.60 0.97 0.79 3.01 0.88 2.47 1.10 1.97 1.96 3.10 3.47 2.73 0.85 1.17 1.15 1.29 1.85 1.81 1.56
O6 1.18 2.49 0.64 0.87 3.03 0.80 2.56 0.99 2.03 1.89 3.05 3.41 2.49 0.73 1.60 1.07 1.21 1.53 1.94 1.50
OP1 1.53 2.62 1.33 1.30 3.04 1.26 2.52 1.45 2.05 2.03 3.12 3.52 2.73 1.26 1.63 1.33 1.59 2.22 2.10 1.88
OP2 1.62 2.75 1.27 1.18 3.30 1.19 2.82 1.34 2.30 2.20 3.30 3.79 2.78 1.13 1.45 1.46 1.64 2.06 2.25 1.90
P 1.53 2.71 1.22 1.09 3.17 1.08 2.64 1.25 2.13 2.10 3.23 3.65 2.80 1.10 1.39 1.30 1.48 2.02 2.05 1.75

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.08 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02 0.24 0.01 0.26 0.38 0.40 0.28
C2 0.03 0.00 0.15 0.26 0.01 0.10 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.27 0.25 0.06 0.34 0.43 0.53 0.35
C2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.07 0.03 0.10 0.17 0.13 0.03 0.13 0.08 0.27 0.00 0.08 0.02 0.45 0.48 0.65 0.51
C3' 0.02 0.26 0.01 0.00 0.39 0.01 0.41 0.03 0.37 0.24 0.33 0.43 0.23 0.02 0.02 0.03 0.25 0.35 0.44 0.25
C4 0.02 0.01 0.07 0.39 0.00 0.17 0.01 0.29 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.33 0.35 0.04 0.45 0.59 0.77 0.51
C4' 0.01 0.10 0.03 0.01 0.17 0.00 0.20 0.01 0.19 0.11 0.13 0.18 0.09 0.31 0.07 0.01 0.02 0.29 0.34 0.12
C5 0.02 0.01 0.10 0.41 0.01 0.20 0.00 0.32 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.30 0.39 0.07 0.48 0.62 0.80 0.53
C5' 0.08 0.18 0.17 0.03 0.29 0.01 0.32 0.00 0.28 0.17 0.23 0.32 0.13 0.16 0.20 0.02 0.01 0.24 0.31 0.02
C6 0.02 0.01 0.13 0.37 0.01 0.19 0.00 0.28 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.25 0.32 0.08 0.43 0.51 0.63 0.43
N1 0.01 0.01 0.03 0.24 0.01 0.11 0.01 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.19 0.19 0.02 0.34 0.42 0.49 0.34
N3 0.03 0.01 0.13 0.33 0.01 0.13 0.01 0.23 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.32 0.29 0.05 0.39 0.50 0.66 0.43
N4 0.02 0.02 0.08 0.43 0.01 0.18 0.01 0.32 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.35 0.40 0.05 0.48 0.65 0.87 0.57
O2 0.05 0.01 0.27 0.23 0.02 0.09 0.02 0.13 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.31 0.35 0.10 0.29 0.40 0.47 0.31
O2' 0.02 0.27 0.00 0.02 0.33 0.31 0.30 0.16 0.25 0.19 0.32 0.35 0.31 0.00 0.11 0.22 0.27 0.35 0.69 0.40
O3' 0.24 0.25 0.08 0.02 0.35 0.07 0.39 0.20 0.32 0.19 0.29 0.40 0.35 0.11 0.00 0.17 0.32 0.57 0.58 0.38
O4' 0.01 0.06 0.02 0.03 0.04 0.01 0.07 0.02 0.08 0.02 0.05 0.05 0.10 0.22 0.17 0.00 0.18 0.36 0.37 0.24
O5' 0.26 0.34 0.45 0.25 0.45 0.02 0.48 0.01 0.43 0.34 0.39 0.48 0.29 0.27 0.32 0.18 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.38 0.43 0.48 0.35 0.59 0.29 0.62 0.24 0.51 0.42 0.50 0.65 0.40 0.35 0.57 0.36 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.40 0.53 0.65 0.44 0.77 0.34 0.80 0.31 0.63 0.49 0.66 0.87 0.47 0.69 0.58 0.37 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.28 0.35 0.51 0.25 0.51 0.12 0.53 0.02 0.43 0.34 0.43 0.57 0.31 0.40 0.38 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00