ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 17123

back

Distances from reference structure (by RMSD)

44, 15, 4, 7, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 1, 5, 13, 67, 2, 4, 83,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.316, 0.890, 1.463, 2.196 max_d=2.196 avg_d=0.890 std_dev=0.573
C6 B 0, 0.128, 0.718, 1.307, 2.619 max_d=2.619 avg_d=0.718 std_dev=0.589
N1 B 0, 0.017, 0.627, 1.236, 1.711 max_d=1.711 avg_d=0.627 std_dev=0.609
C4 A 0, -0.024, 0.633, 1.290, 1.860 max_d=1.860 avg_d=0.633 std_dev=0.657
N3 A 0, 0.436, 1.139, 1.842, 2.411 max_d=2.411 avg_d=1.139 std_dev=0.703
N9 A 0, 0.075, 0.855, 1.635, 2.581 max_d=2.581 avg_d=0.855 std_dev=0.780
C2' B 0, 0.395, 1.203, 2.010, 3.705 max_d=3.705 avg_d=1.203 std_dev=0.808
N1 A 0, 0.364, 1.178, 1.993, 2.858 max_d=2.858 avg_d=1.178 std_dev=0.815
C5 B 0, 0.076, 0.896, 1.716, 4.152 max_d=4.152 avg_d=0.896 std_dev=0.820
C8 A 0, 0.607, 1.475, 2.343, 3.303 max_d=3.303 avg_d=1.475 std_dev=0.868
N2 A 0, 0.605, 1.521, 2.437, 3.096 max_d=3.096 avg_d=1.521 std_dev=0.916
C1' B 0, 0.268, 1.231, 2.193, 3.112 max_d=3.112 avg_d=1.231 std_dev=0.962
C5 A 0, 0.404, 1.434, 2.464, 3.410 max_d=3.410 avg_d=1.434 std_dev=1.030
C1' A 0, 0.584, 1.724, 2.865, 3.611 max_d=3.611 avg_d=1.724 std_dev=1.140
C4 B 0, 0.385, 1.575, 2.766, 3.802 max_d=3.802 avg_d=1.575 std_dev=1.190
C2 B 0, 0.066, 1.387, 2.708, 3.684 max_d=3.684 avg_d=1.387 std_dev=1.321
O2' B 0, 0.344, 1.668, 2.992, 4.633 max_d=4.633 avg_d=1.668 std_dev=1.324
C3' B 0, 0.500, 1.850, 3.201, 5.281 max_d=5.281 avg_d=1.850 std_dev=1.350
C2' A 0, 0.545, 1.897, 3.250, 5.033 max_d=5.033 avg_d=1.897 std_dev=1.353
O3' B 0, 0.636, 2.024, 3.413, 7.256 max_d=7.256 avg_d=2.024 std_dev=1.388
N7 A 0, 0.519, 1.981, 3.443, 4.769 max_d=4.769 avg_d=1.981 std_dev=1.462
C6 A 0, 0.296, 1.766, 3.235, 4.541 max_d=4.541 avg_d=1.766 std_dev=1.469
N3 B 0, 0.327, 1.847, 3.366, 4.315 max_d=4.315 avg_d=1.847 std_dev=1.519
O4' B 0, 0.286, 1.931, 3.577, 4.584 max_d=4.584 avg_d=1.931 std_dev=1.646
O2' A 0, 0.359, 2.021, 3.684, 6.160 max_d=6.160 avg_d=2.021 std_dev=1.663
O4 B 0, 0.624, 2.326, 4.027, 5.609 max_d=5.609 avg_d=2.326 std_dev=1.701
C4' B 0, 0.431, 2.389, 4.348, 5.431 max_d=5.431 avg_d=2.389 std_dev=1.958
O2 B 0, 0.069, 2.039, 4.010, 5.436 max_d=5.436 avg_d=2.039 std_dev=1.971
O4' A 0, 1.002, 3.025, 5.048, 5.340 max_d=5.340 avg_d=3.025 std_dev=2.023
C3' A 0, 1.082, 3.266, 5.449, 6.992 max_d=6.992 avg_d=3.266 std_dev=2.183
O6 A 0, 0.300, 2.657, 5.013, 6.987 max_d=6.987 avg_d=2.657 std_dev=2.357
O5' B 0, 0.584, 3.036, 5.487, 6.943 max_d=6.943 avg_d=3.036 std_dev=2.451
C4' A 0, 1.385, 3.897, 6.409, 6.601 max_d=6.601 avg_d=3.897 std_dev=2.512
O3' A 0, 1.512, 4.154, 6.795, 8.221 max_d=8.221 avg_d=4.154 std_dev=2.642
C5' B 0, 0.541, 3.186, 5.830, 7.415 max_d=7.415 avg_d=3.186 std_dev=2.644
O5' A 0, 1.514, 4.255, 6.997, 7.840 max_d=7.840 avg_d=4.255 std_dev=2.741
C5' A 0, 1.748, 4.784, 7.819, 8.405 max_d=8.405 avg_d=4.784 std_dev=3.036
OP1 A 0, 1.788, 4.950, 8.111, 10.665 max_d=10.665 avg_d=4.950 std_dev=3.162
P A 0, 1.670, 4.952, 8.235, 8.579 max_d=8.579 avg_d=4.952 std_dev=3.283
OP2 B 0, 0.782, 4.083, 7.384, 9.828 max_d=9.828 avg_d=4.083 std_dev=3.301
OP2 A 0, 1.809, 5.112, 8.414, 10.032 max_d=10.032 avg_d=5.112 std_dev=3.302
P B 0, 0.828, 4.204, 7.581, 9.675 max_d=9.675 avg_d=4.204 std_dev=3.377
OP1 B 0, 1.188, 5.157, 9.127, 11.583 max_d=11.583 avg_d=5.157 std_dev=3.970

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.09 0.02 0.01 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.38 0.01 0.30 0.02 0.55 0.44 0.20
C2 0.04 0.00 0.53 0.38 0.01 0.37 0.01 0.69 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.45 0.31 0.51 0.55 0.01 0.91 1.01 0.70
C2' 0.00 0.53 0.00 0.01 0.28 0.02 0.13 0.24 0.23 0.27 0.41 0.64 0.52 0.15 0.03 0.00 0.04 0.02 0.52 0.18 0.79 0.90 0.63
C3' 0.02 0.38 0.01 0.00 0.33 0.01 0.40 0.02 0.43 0.36 0.42 0.39 0.33 0.42 0.26 0.02 0.01 0.02 0.15 0.47 0.62 0.48 0.32
C4 0.02 0.01 0.28 0.33 0.00 0.15 0.00 0.34 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.19 0.19 0.26 0.34 0.01 0.77 0.58 0.32
C4' 0.01 0.37 0.02 0.01 0.15 0.00 0.15 0.01 0.17 0.34 0.27 0.49 0.35 0.29 0.11 0.33 0.02 0.01 0.02 0.18 0.30 0.34 0.12
C5 0.01 0.01 0.13 0.40 0.00 0.15 0.00 0.29 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.30 0.15 0.12 0.46 0.01 0.99 0.61 0.48
C5' 0.09 0.69 0.24 0.02 0.34 0.01 0.29 0.00 0.38 0.43 0.55 0.88 0.64 0.39 0.16 0.10 0.25 0.02 0.01 0.37 0.25 0.40 0.02
C6 0.02 0.01 0.23 0.43 0.01 0.17 0.01 0.38 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.28 0.19 0.22 0.43 0.00 1.01 0.70 0.51
C8 0.01 0.01 0.27 0.36 0.01 0.34 0.01 0.43 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.59 0.12 0.28 0.74 0.02 1.15 0.71 0.74
N1 0.03 0.00 0.41 0.42 0.01 0.27 0.01 0.55 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.31 0.24 0.39 0.45 0.01 0.94 0.87 0.57
N2 0.05 0.01 0.64 0.39 0.01 0.49 0.01 0.88 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.65 0.39 0.61 0.75 0.02 1.09 1.33 0.99
N3 0.04 0.01 0.52 0.33 0.00 0.35 0.01 0.64 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.44 0.32 0.50 0.49 0.01 0.78 0.87 0.58
N7 0.01 0.01 0.15 0.42 0.01 0.29 0.00 0.39 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.55 0.17 0.15 0.72 0.02 1.25 0.75 0.78
N9 0.01 0.02 0.03 0.26 0.01 0.11 0.01 0.16 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.24 0.14 0.02 0.40 0.02 0.76 0.47 0.31
O2' 0.02 0.45 0.00 0.02 0.19 0.33 0.30 0.10 0.28 0.59 0.31 0.65 0.44 0.55 0.24 0.00 0.06 0.24 0.39 0.35 0.80 0.92 0.58
O3' 0.38 0.31 0.04 0.01 0.19 0.02 0.15 0.25 0.19 0.12 0.24 0.39 0.32 0.17 0.14 0.06 0.00 0.26 0.27 0.21 0.63 0.54 0.35
O4' 0.01 0.51 0.02 0.02 0.26 0.01 0.12 0.02 0.22 0.28 0.39 0.61 0.50 0.15 0.02 0.24 0.26 0.00 0.24 0.16 0.62 0.24 0.26
O5' 0.30 0.55 0.52 0.15 0.34 0.02 0.46 0.01 0.43 0.74 0.45 0.75 0.49 0.72 0.40 0.39 0.27 0.24 0.00 0.50 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.18 0.47 0.01 0.18 0.01 0.37 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.35 0.21 0.16 0.50 0.00 1.15 0.74 0.62
OP1 0.55 0.91 0.79 0.62 0.77 0.30 0.99 0.25 1.01 1.15 0.94 1.09 0.78 1.25 0.76 0.80 0.63 0.62 0.02 1.15 0.00 0.01 0.01
OP2 0.44 1.01 0.90 0.48 0.58 0.34 0.61 0.40 0.70 0.71 0.87 1.33 0.87 0.75 0.47 0.92 0.54 0.24 0.02 0.74 0.01 0.00 0.01
P 0.20 0.70 0.63 0.32 0.32 0.12 0.48 0.02 0.51 0.74 0.57 0.99 0.58 0.78 0.31 0.58 0.35 0.26 0.01 0.62 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.12 2.38 0.74 0.59 2.37 0.83 1.68 1.52 1.26 1.54 2.69 2.87 0.99 1.14 2.72 0.64 1.38 2.74 1.72 1.96
C2 1.01 1.95 0.66 0.49 1.69 0.67 1.19 1.25 0.94 1.28 2.04 2.42 0.95 1.18 1.83 0.50 1.07 2.05 1.20 1.42
C2' 0.74 1.91 0.69 0.96 2.07 1.27 1.53 1.99 1.14 1.18 2.27 2.33 0.80 1.36 2.44 0.72 1.81 3.12 2.09 2.37
C3' 0.91 2.24 0.60 0.76 2.41 1.01 1.74 1.65 1.27 1.42 2.64 2.64 0.74 1.24 2.82 0.65 1.47 2.77 1.80 2.01
C4 1.09 2.23 0.71 0.50 2.08 0.68 1.45 1.29 1.11 1.45 2.44 2.72 0.95 1.19 2.32 0.55 1.11 2.30 1.32 1.57
C4' 1.54 2.86 1.03 0.81 2.92 0.96 2.19 1.39 1.75 2.02 3.22 3.31 1.16 1.25 3.32 1.14 1.31 2.53 1.67 1.80
C5 1.17 2.34 0.77 0.46 2.22 0.57 1.59 1.10 1.25 1.56 2.57 2.81 0.92 1.22 2.48 0.61 0.92 2.00 1.12 1.32
C5' 1.88 3.08 1.35 1.16 3.10 1.29 2.39 1.50 2.00 2.29 3.41 3.51 1.41 1.53 3.47 1.56 1.42 2.44 1.68 1.78
C6 1.23 2.38 0.82 0.45 2.27 0.50 1.70 0.94 1.36 1.64 2.60 2.82 0.89 1.23 2.49 0.69 0.79 1.67 0.98 1.10
C8 1.17 2.40 0.76 0.49 2.34 0.64 1.63 1.24 1.25 1.57 2.69 2.88 0.94 1.20 2.66 0.60 1.06 2.33 1.31 1.55
N1 1.13 2.12 0.76 0.44 1.88 0.52 1.39 1.00 1.13 1.44 2.22 2.58 0.92 1.23 2.03 0.61 0.82 1.67 0.96 1.11
N2 0.93 1.75 0.63 0.54 1.48 0.76 1.08 1.35 0.88 1.17 1.78 2.17 0.98 1.12 1.57 0.48 1.17 2.01 1.27 1.48
N3 1.04 2.12 0.67 0.54 1.96 0.75 1.38 1.40 1.07 1.38 2.29 2.61 0.96 1.15 2.16 0.54 1.23 2.37 1.43 1.68
N7 1.21 2.45 0.79 0.46 2.41 0.56 1.73 1.10 1.34 1.64 2.75 2.91 0.91 1.22 2.72 0.64 0.92 2.06 1.15 1.34
N9 1.11 2.32 0.73 0.53 2.23 0.72 1.55 1.37 1.18 1.50 2.58 2.82 0.96 1.18 2.53 0.58 1.20 2.48 1.46 1.71
O2' 0.87 1.83 0.88 1.06 2.01 1.48 1.54 2.23 1.20 1.17 2.17 2.24 0.97 1.31 2.38 1.01 2.03 3.36 2.31 2.62
O3' 1.08 2.40 0.71 0.64 2.60 0.98 1.88 1.51 1.38 1.57 2.83 2.78 0.87 1.06 3.04 0.81 1.27 2.51 1.59 1.78
O4' 1.70 2.96 1.19 0.87 2.89 0.97 2.15 1.33 1.75 2.11 3.24 3.45 1.38 1.31 3.24 1.23 1.25 2.48 1.59 1.73
O5' 1.56 2.72 1.10 1.00 2.73 1.14 2.03 1.44 1.65 1.94 3.03 3.15 1.23 1.47 3.09 1.25 1.31 2.42 1.54 1.70
O6 1.34 2.63 0.91 0.49 2.67 0.49 2.08 0.81 1.68 1.87 2.94 3.00 0.86 1.23 2.94 0.85 0.73 1.40 1.02 0.96
OP1 1.52 2.45 1.26 1.48 2.45 1.62 1.84 2.02 1.55 1.76 2.75 2.87 1.41 1.94 2.81 1.44 1.87 3.06 2.11 2.30
OP2 2.17 3.24 1.85 1.49 3.20 1.48 2.50 1.50 2.17 2.50 3.53 3.67 1.98 1.72 3.54 1.75 1.40 2.22 1.56 1.63
P 1.70 2.75 1.35 1.26 2.74 1.38 2.07 1.63 1.73 2.01 3.05 3.17 1.48 1.64 3.10 1.45 1.48 2.53 1.66 1.83

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.08 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.34 0.02 0.01 0.25 0.47 0.30 0.23
C2 0.03 0.00 0.16 0.26 0.01 0.07 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.27 0.20 0.02 0.08 0.35 0.64 0.35 0.35
C2' 0.00 0.16 0.00 0.01 0.06 0.02 0.12 0.21 0.15 0.03 0.12 0.27 0.00 0.03 0.07 0.02 0.47 0.75 0.66 0.58
C3' 0.02 0.26 0.01 0.00 0.43 0.01 0.45 0.02 0.39 0.26 0.36 0.19 0.03 0.01 0.47 0.03 0.12 0.37 0.26 0.17
C4 0.02 0.01 0.06 0.43 0.00 0.16 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.02 0.42 0.24 0.00 0.03 0.55 0.83 0.74 0.63
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.16 0.00 0.21 0.01 0.19 0.10 0.11 0.08 0.35 0.03 0.18 0.00 0.02 0.19 0.36 0.12
C5 0.02 0.01 0.12 0.45 0.01 0.21 0.00 0.22 0.00 0.01 0.01 0.02 0.41 0.32 0.01 0.07 0.60 0.83 0.79 0.68
C5' 0.08 0.09 0.21 0.02 0.19 0.01 0.22 0.00 0.19 0.09 0.13 0.10 0.14 0.23 0.21 0.02 0.01 0.23 0.26 0.02
C6 0.02 0.01 0.15 0.39 0.01 0.19 0.00 0.19 0.00 0.01 0.01 0.02 0.34 0.23 0.01 0.09 0.52 0.70 0.57 0.53
N1 0.01 0.01 0.03 0.26 0.01 0.10 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.24 0.11 0.02 0.02 0.36 0.60 0.34 0.34
N3 0.02 0.01 0.12 0.36 0.01 0.11 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.36 0.15 0.01 0.06 0.45 0.74 0.53 0.48
O2 0.04 0.01 0.27 0.19 0.02 0.08 0.02 0.10 0.02 0.02 0.01 0.00 0.23 0.40 0.02 0.14 0.27 0.59 0.29 0.27
O2' 0.02 0.27 0.00 0.03 0.42 0.35 0.41 0.14 0.34 0.24 0.36 0.23 0.00 0.06 0.46 0.24 0.34 0.69 0.72 0.50
O3' 0.34 0.20 0.03 0.01 0.24 0.03 0.32 0.23 0.23 0.11 0.15 0.40 0.06 0.00 0.29 0.23 0.28 0.43 0.48 0.33
O4 0.02 0.02 0.07 0.47 0.00 0.18 0.01 0.21 0.01 0.02 0.01 0.02 0.46 0.29 0.00 0.03 0.59 0.89 0.86 0.71
O4' 0.01 0.08 0.02 0.03 0.03 0.00 0.07 0.02 0.09 0.02 0.06 0.14 0.24 0.23 0.03 0.00 0.18 0.29 0.28 0.16
O5' 0.25 0.35 0.47 0.12 0.55 0.02 0.60 0.01 0.52 0.36 0.45 0.27 0.34 0.28 0.59 0.18 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.47 0.64 0.75 0.37 0.83 0.19 0.83 0.23 0.70 0.60 0.74 0.59 0.69 0.43 0.89 0.29 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.30 0.35 0.66 0.26 0.74 0.36 0.79 0.26 0.57 0.34 0.53 0.29 0.72 0.48 0.86 0.28 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.23 0.35 0.58 0.17 0.63 0.12 0.68 0.02 0.53 0.34 0.48 0.27 0.50 0.33 0.71 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00