ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 17325

back

Distances from reference structure (by RMSD)

7, 107, 110, 100, 56, 26, 17, 10, 18, 10, 6, 3, 4, 0, 1, 1, 2, 0, 1, 20,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.084, 0.235, 0.385, 0.744 max_d=0.744 avg_d=0.235 std_dev=0.151
C4 A 0, 0.071, 0.223, 0.376, 0.811 max_d=0.811 avg_d=0.223 std_dev=0.152
C5 A 0, 0.052, 0.333, 0.615, 1.621 max_d=1.621 avg_d=0.333 std_dev=0.282
C5 B 0, 0.099, 0.383, 0.667, 1.755 max_d=1.755 avg_d=0.383 std_dev=0.284
N3 A 0, 0.046, 0.365, 0.685, 1.904 max_d=1.904 avg_d=0.365 std_dev=0.319
N3 B 0, -0.006, 0.345, 0.696, 1.936 max_d=1.936 avg_d=0.345 std_dev=0.351
N9 B 0, -0.008, 0.374, 0.756, 2.298 max_d=2.298 avg_d=0.374 std_dev=0.382
N9 A 0, -0.037, 0.362, 0.761, 2.034 max_d=2.034 avg_d=0.362 std_dev=0.399
C6 A 0, 0.029, 0.452, 0.874, 2.524 max_d=2.524 avg_d=0.452 std_dev=0.422
C6 B 0, 0.061, 0.486, 0.911, 2.558 max_d=2.558 avg_d=0.486 std_dev=0.425
C2 A 0, -0.006, 0.490, 0.986, 2.855 max_d=2.855 avg_d=0.490 std_dev=0.496
N1 B 0, -0.014, 0.500, 1.014, 2.910 max_d=2.910 avg_d=0.500 std_dev=0.514
C2 B 0, -0.045, 0.473, 0.991, 2.911 max_d=2.911 avg_d=0.473 std_dev=0.518
N1 A 0, -0.019, 0.517, 1.053, 3.318 max_d=3.318 avg_d=0.517 std_dev=0.536
N7 A 0, -0.028, 0.522, 1.072, 3.370 max_d=3.370 avg_d=0.522 std_dev=0.550
N7 B 0, 0.014, 0.584, 1.154, 3.491 max_d=3.491 avg_d=0.584 std_dev=0.570
C1' B 0, -0.104, 0.476, 1.057, 3.408 max_d=3.408 avg_d=0.476 std_dev=0.581
C1' A 0, -0.061, 0.525, 1.111, 3.134 max_d=3.134 avg_d=0.525 std_dev=0.586
C8 B 0, -0.028, 0.568, 1.165, 3.617 max_d=3.617 avg_d=0.568 std_dev=0.597
C8 A 0, -0.091, 0.513, 1.117, 3.460 max_d=3.460 avg_d=0.513 std_dev=0.604
N6 A 0, 0.004, 0.656, 1.307, 3.828 max_d=3.828 avg_d=0.656 std_dev=0.651
O6 B 0, 0.032, 0.687, 1.341, 3.994 max_d=3.994 avg_d=0.687 std_dev=0.654
C2' A 0, -0.021, 0.653, 1.328, 4.663 max_d=4.663 avg_d=0.653 std_dev=0.675
C2' B 0, -0.259, 0.516, 1.291, 4.925 max_d=4.925 avg_d=0.516 std_dev=0.775
O4' B 0, -0.143, 0.657, 1.456, 6.008 max_d=6.008 avg_d=0.657 std_dev=0.800
N2 B 0, -0.129, 0.720, 1.570, 4.861 max_d=4.861 avg_d=0.720 std_dev=0.850
O4' A 0, -0.241, 0.644, 1.529, 5.540 max_d=5.540 avg_d=0.644 std_dev=0.885
C3' A 0, -0.146, 0.769, 1.684, 7.125 max_d=7.125 avg_d=0.769 std_dev=0.915
O2' A 0, -0.015, 0.945, 1.906, 5.548 max_d=5.548 avg_d=0.945 std_dev=0.961
O2' B 0, -0.272, 0.741, 1.754, 5.826 max_d=5.826 avg_d=0.741 std_dev=1.013
C3' B 0, -0.375, 0.647, 1.668, 7.437 max_d=7.437 avg_d=0.647 std_dev=1.021
C4' A 0, -0.280, 0.752, 1.783, 7.485 max_d=7.485 avg_d=0.752 std_dev=1.031
C4' B 0, -0.290, 0.750, 1.790, 7.865 max_d=7.865 avg_d=0.750 std_dev=1.040
O3' A 0, -0.076, 1.041, 2.158, 8.688 max_d=8.688 avg_d=1.041 std_dev=1.117
C5' B 0, -0.241, 1.053, 2.346, 10.448 max_d=10.448 avg_d=1.053 std_dev=1.294
O3' B 0, -0.532, 0.773, 2.078, 8.623 max_d=8.623 avg_d=0.773 std_dev=1.305
O5' B 0, -0.163, 1.201, 2.565, 11.761 max_d=11.761 avg_d=1.201 std_dev=1.364
C5' A 0, -0.452, 0.919, 2.291, 9.780 max_d=9.780 avg_d=0.919 std_dev=1.371
O5' A 0, -0.509, 0.897, 2.303, 9.942 max_d=9.942 avg_d=0.897 std_dev=1.406
P B 0, -0.077, 1.591, 3.258, 14.456 max_d=14.456 avg_d=1.591 std_dev=1.668
OP2 B 0, 0.039, 1.846, 3.653, 15.123 max_d=15.123 avg_d=1.846 std_dev=1.807
P A 0, -0.823, 0.989, 2.802, 12.502 max_d=12.502 avg_d=0.989 std_dev=1.812
OP2 A 0, -0.735, 1.146, 3.027, 11.625 max_d=11.625 avg_d=1.146 std_dev=1.881
OP1 B 0, -0.062, 1.887, 3.835, 16.368 max_d=16.368 avg_d=1.887 std_dev=1.949
OP1 A 0, -0.908, 1.165, 3.237, 14.631 max_d=14.631 avg_d=1.165 std_dev=2.072

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.07 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.18 0.01 0.16 0.23 0.32 0.18
C2 0.04 0.00 0.26 0.30 0.01 0.23 0.01 0.42 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.24 0.32 0.21 0.50 0.70 0.69 0.61
C2' 0.01 0.26 0.00 0.01 0.14 0.02 0.08 0.14 0.13 0.13 0.20 0.26 0.10 0.09 0.03 0.01 0.02 0.01 0.28 0.38 0.40 0.31
C3' 0.02 0.30 0.01 0.00 0.20 0.01 0.23 0.03 0.25 0.27 0.27 0.28 0.26 0.27 0.15 0.02 0.01 0.02 0.24 0.34 0.21 0.21
C4 0.02 0.01 0.14 0.20 0.00 0.11 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.15 0.11 0.32 0.42 0.48 0.34
C4' 0.01 0.23 0.02 0.01 0.11 0.00 0.09 0.01 0.11 0.19 0.18 0.23 0.11 0.16 0.06 0.19 0.03 0.01 0.02 0.16 0.21 0.06
C5 0.01 0.01 0.08 0.23 0.00 0.09 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.19 0.14 0.06 0.37 0.45 0.59 0.39
C5' 0.07 0.42 0.14 0.03 0.20 0.01 0.17 0.00 0.23 0.28 0.34 0.39 0.22 0.25 0.11 0.08 0.13 0.02 0.01 0.16 0.26 0.02
C6 0.02 0.01 0.13 0.25 0.01 0.11 0.01 0.23 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.20 0.19 0.10 0.39 0.52 0.63 0.44
C8 0.02 0.02 0.13 0.27 0.01 0.19 0.01 0.28 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.24 0.20 0.13 0.52 0.47 0.69 0.50
N1 0.03 0.00 0.20 0.27 0.01 0.18 0.01 0.34 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.21 0.26 0.16 0.45 0.63 0.66 0.53
N3 0.04 0.00 0.26 0.28 0.01 0.23 0.01 0.39 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.22 0.30 0.21 0.45 0.61 0.59 0.52
N6 0.02 0.01 0.10 0.26 0.01 0.11 0.01 0.22 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.22 0.21 0.07 0.43 0.55 0.71 0.48
N7 0.01 0.01 0.09 0.27 0.01 0.16 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.24 0.20 0.07 0.51 0.52 0.76 0.53
N9 0.01 0.02 0.03 0.15 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.12 0.08 0.02 0.28 0.30 0.44 0.27
O2' 0.02 0.24 0.01 0.02 0.14 0.19 0.19 0.08 0.20 0.24 0.21 0.22 0.22 0.24 0.12 0.00 0.06 0.14 0.21 0.35 0.43 0.27
O3' 0.18 0.32 0.02 0.01 0.15 0.03 0.14 0.13 0.19 0.20 0.26 0.30 0.21 0.20 0.08 0.06 0.00 0.13 0.26 0.48 0.29 0.29
O4' 0.01 0.21 0.01 0.02 0.11 0.01 0.06 0.02 0.10 0.13 0.16 0.21 0.07 0.07 0.02 0.14 0.13 0.00 0.12 0.19 0.31 0.18
O5' 0.16 0.50 0.28 0.24 0.32 0.02 0.37 0.01 0.39 0.52 0.45 0.45 0.43 0.51 0.28 0.21 0.26 0.12 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.23 0.70 0.38 0.34 0.42 0.16 0.45 0.16 0.52 0.47 0.63 0.61 0.55 0.52 0.30 0.35 0.48 0.19 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.32 0.69 0.40 0.21 0.48 0.21 0.59 0.26 0.63 0.69 0.66 0.59 0.71 0.76 0.44 0.43 0.29 0.31 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.18 0.61 0.31 0.21 0.34 0.06 0.39 0.02 0.44 0.50 0.53 0.52 0.48 0.53 0.27 0.27 0.29 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.53 0.87 0.68 0.65 0.58 0.54 0.66 0.55 0.76 0.67 0.83 1.06 0.75 0.76 0.52 0.79 0.74 0.50 0.71 0.87 1.00 0.85 0.84
C2 0.91 0.52 0.82 0.76 0.67 0.89 0.67 1.00 0.58 0.91 0.47 0.71 0.62 0.86 0.84 1.01 0.72 0.95 1.12 0.75 1.43 1.29 1.26
C2' 0.44 0.80 0.57 0.59 0.51 0.52 0.67 0.61 0.80 0.72 0.82 1.01 0.62 0.82 0.48 0.68 0.70 0.48 0.77 0.95 1.08 0.95 0.93
C3' 0.58 0.80 0.82 0.87 0.56 0.75 0.63 0.76 0.75 0.65 0.78 0.99 0.71 0.73 0.52 0.91 1.07 0.61 0.83 0.89 1.05 0.96 0.92
C4 0.47 0.46 0.46 0.43 0.31 0.45 0.47 0.57 0.54 0.60 0.50 0.68 0.35 0.65 0.44 0.64 0.43 0.49 0.75 0.69 1.06 0.95 0.89
C4' 0.79 0.88 1.07 1.05 0.66 0.90 0.62 0.81 0.69 0.63 0.77 1.08 0.86 0.68 0.63 1.22 1.27 0.76 0.80 0.80 0.99 0.84 0.85
C5 0.49 0.47 0.51 0.51 0.30 0.51 0.32 0.61 0.39 0.49 0.44 0.64 0.41 0.50 0.41 0.69 0.53 0.49 0.78 0.55 1.04 1.00 0.89
C5' 1.00 0.87 1.31 1.35 0.74 1.20 0.62 1.06 0.66 0.66 0.72 1.03 0.93 0.65 0.77 1.48 1.65 1.01 0.93 0.75 0.97 0.84 0.85
C6 0.71 0.54 0.67 0.63 0.52 0.70 0.42 0.82 0.31 0.65 0.41 0.69 0.58 0.59 0.63 0.86 0.60 0.72 0.95 0.46 1.25 1.20 1.08
C8 0.57 0.75 0.73 0.83 0.57 0.68 0.59 0.66 0.68 0.52 0.73 0.83 0.69 0.59 0.51 0.77 0.91 0.56 0.77 0.76 0.85 0.86 0.75
N1 0.89 0.62 0.81 0.74 0.69 0.88 0.62 1.00 0.48 0.85 0.47 0.76 0.71 0.78 0.82 1.00 0.71 0.93 1.10 0.61 1.42 1.32 1.25
N3 0.71 0.45 0.66 0.60 0.50 0.70 0.61 0.83 0.62 0.84 0.53 0.69 0.42 0.82 0.68 0.83 0.56 0.76 0.97 0.79 1.29 1.14 1.12
N6 0.80 0.69 0.82 0.79 0.61 0.83 0.48 0.95 0.44 0.70 0.60 0.82 0.70 0.61 0.70 0.98 0.78 0.80 1.07 0.52 1.36 1.35 1.20
N7 0.53 0.64 0.64 0.75 0.45 0.65 0.46 0.70 0.59 0.46 0.65 0.73 0.57 0.49 0.44 0.74 0.81 0.54 0.84 0.67 0.96 1.01 0.87
N9 0.42 0.69 0.55 0.56 0.44 0.45 0.55 0.48 0.66 0.54 0.69 0.85 0.57 0.64 0.40 0.66 0.64 0.40 0.65 0.77 0.91 0.81 0.75
O2' 0.52 0.89 0.61 0.60 0.60 0.57 0.78 0.70 0.90 0.86 0.93 1.14 0.70 0.95 0.59 0.72 0.64 0.56 0.89 1.07 1.25 1.11 1.10
O3' 0.56 0.77 0.79 0.88 0.50 0.78 0.60 0.84 0.72 0.64 0.76 0.99 0.66 0.72 0.48 0.90 1.10 0.63 0.90 0.89 1.17 1.04 1.03
O4' 0.80 0.93 1.03 0.97 0.72 0.82 0.66 0.71 0.71 0.66 0.80 1.10 0.92 0.71 0.67 1.16 1.10 0.73 0.74 0.79 0.93 0.79 0.79
O5' 1.05 0.83 1.36 1.49 0.77 1.30 0.65 1.18 0.66 0.71 0.71 0.94 0.91 0.66 0.83 1.43 1.78 1.07 1.06 0.74 0.97 0.93 0.91
OP1 1.15 0.73 1.41 1.68 0.72 1.60 0.59 1.54 0.62 0.73 0.63 0.83 0.83 0.62 0.85 1.53 2.13 1.29 1.31 0.76 1.28 1.13 1.16
OP2 1.24 0.86 1.46 1.78 0.94 1.64 0.85 1.65 0.78 1.02 0.77 0.88 0.97 0.91 1.07 1.43 2.01 1.37 1.56 0.82 1.43 1.47 1.41
P 1.23 0.75 1.50 1.79 0.81 1.64 0.64 1.56 0.59 0.83 0.61 0.82 0.89 0.68 0.96 1.54 2.16 1.34 1.37 0.66 1.22 1.16 1.17

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.02 0.03 0.06 0.04 0.02 0.01 0.02 0.14 0.01 0.20 0.02 0.35 0.36 0.23
C2 0.04 0.00 0.27 0.27 0.01 0.13 0.01 0.25 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.25 0.31 0.17 0.38 0.02 0.68 0.57 0.44
C2' 0.00 0.27 0.00 0.01 0.15 0.02 0.09 0.10 0.14 0.13 0.22 0.33 0.26 0.08 0.03 0.00 0.02 0.02 0.28 0.12 0.44 0.33 0.31
C3' 0.02 0.27 0.01 0.00 0.18 0.01 0.20 0.03 0.23 0.20 0.25 0.30 0.24 0.21 0.13 0.02 0.01 0.02 0.25 0.24 0.35 0.26 0.22
C4 0.02 0.01 0.15 0.18 0.00 0.07 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.13 0.17 0.09 0.38 0.01 0.63 0.55 0.41
C4' 0.01 0.13 0.02 0.01 0.07 0.00 0.09 0.01 0.09 0.14 0.10 0.17 0.12 0.13 0.06 0.16 0.03 0.01 0.02 0.11 0.18 0.29 0.07
C5 0.02 0.01 0.09 0.20 0.00 0.09 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.15 0.17 0.05 0.47 0.02 0.76 0.70 0.51
C5' 0.06 0.25 0.10 0.03 0.17 0.01 0.20 0.00 0.22 0.22 0.23 0.29 0.22 0.24 0.13 0.08 0.11 0.02 0.01 0.24 0.25 0.33 0.02
C6 0.02 0.01 0.14 0.23 0.01 0.09 0.01 0.22 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.17 0.22 0.08 0.48 0.01 0.82 0.74 0.54
C8 0.02 0.02 0.13 0.20 0.01 0.14 0.01 0.22 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.20 0.17 0.10 0.51 0.03 0.69 0.68 0.51
N1 0.03 0.01 0.22 0.25 0.01 0.10 0.01 0.23 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.21 0.27 0.13 0.43 0.01 0.77 0.66 0.50
N2 0.06 0.01 0.33 0.30 0.02 0.17 0.02 0.29 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.32 0.38 0.20 0.38 0.02 0.68 0.57 0.46
N3 0.04 0.01 0.26 0.24 0.01 0.12 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.23 0.27 0.16 0.34 0.02 0.60 0.50 0.39
N7 0.02 0.01 0.08 0.21 0.01 0.13 0.00 0.24 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.20 0.18 0.06 0.54 0.03 0.81 0.80 0.59
N9 0.01 0.02 0.03 0.13 0.01 0.06 0.01 0.13 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.10 0.08 0.02 0.36 0.02 0.54 0.50 0.36
O2' 0.02 0.25 0.00 0.02 0.13 0.16 0.15 0.08 0.17 0.20 0.21 0.32 0.23 0.20 0.10 0.00 0.06 0.11 0.17 0.18 0.39 0.34 0.25
O3' 0.14 0.31 0.02 0.01 0.17 0.03 0.17 0.11 0.22 0.17 0.27 0.38 0.27 0.18 0.08 0.06 0.00 0.10 0.26 0.23 0.46 0.38 0.27
O4' 0.01 0.17 0.02 0.02 0.09 0.01 0.05 0.02 0.08 0.10 0.13 0.20 0.16 0.06 0.02 0.11 0.10 0.00 0.14 0.08 0.24 0.38 0.21
O5' 0.20 0.38 0.28 0.25 0.38 0.02 0.47 0.01 0.48 0.51 0.43 0.38 0.34 0.54 0.36 0.17 0.26 0.14 0.00 0.52 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.12 0.24 0.01 0.11 0.02 0.24 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.18 0.23 0.08 0.52 0.00 0.89 0.84 0.60
OP1 0.35 0.68 0.44 0.35 0.63 0.18 0.76 0.25 0.82 0.69 0.77 0.68 0.60 0.81 0.54 0.39 0.46 0.24 0.02 0.89 0.00 0.02 0.01
OP2 0.36 0.57 0.33 0.26 0.55 0.29 0.70 0.33 0.74 0.68 0.66 0.57 0.50 0.80 0.50 0.34 0.38 0.38 0.02 0.84 0.02 0.00 0.01
P 0.23 0.44 0.31 0.22 0.41 0.07 0.51 0.02 0.54 0.51 0.50 0.46 0.39 0.59 0.36 0.25 0.27 0.21 0.01 0.60 0.01 0.01 0.00