ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 18015

back

Distances from reference structure (by RMSD)

10, 122, 122, 73, 47, 40, 35, 17, 3, 4, 3, 0, 0, 0, 0, 2, 1, 6, 0, 15,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.070, 0.176, 0.282, 0.513 max_d=0.513 avg_d=0.176 std_dev=0.106
N1 A 0, 0.008, 0.210, 0.411, 1.076 max_d=1.076 avg_d=0.210 std_dev=0.202
C5 B 0, 0.070, 0.275, 0.480, 1.156 max_d=1.156 avg_d=0.275 std_dev=0.205
N3 B 0, 0.031, 0.296, 0.560, 1.694 max_d=1.694 avg_d=0.296 std_dev=0.264
N9 B 0, 0.014, 0.304, 0.594, 2.155 max_d=2.155 avg_d=0.304 std_dev=0.290
C6 B 0, 0.079, 0.382, 0.685, 2.177 max_d=2.177 avg_d=0.382 std_dev=0.303
C2 B 0, 0.022, 0.431, 0.839, 3.132 max_d=3.132 avg_d=0.431 std_dev=0.408
N7 B 0, 0.039, 0.454, 0.870, 2.734 max_d=2.734 avg_d=0.454 std_dev=0.416
N1 B 0, 0.041, 0.459, 0.877, 3.366 max_d=3.366 avg_d=0.459 std_dev=0.418
C6 A 0, -0.050, 0.368, 0.787, 2.314 max_d=2.314 avg_d=0.368 std_dev=0.419
C2 A 0, -0.035, 0.392, 0.820, 2.487 max_d=2.487 avg_d=0.392 std_dev=0.427
C1' B 0, -0.009, 0.421, 0.851, 3.053 max_d=3.053 avg_d=0.421 std_dev=0.430
N6 B 0, 0.100, 0.548, 0.997, 2.980 max_d=2.980 avg_d=0.548 std_dev=0.449
C8 B 0, 0.006, 0.465, 0.924, 3.378 max_d=3.378 avg_d=0.465 std_dev=0.459
C2' B 0, 0.068, 0.543, 1.018, 2.834 max_d=2.834 avg_d=0.543 std_dev=0.475
N3 A 0, -0.045, 0.514, 1.073, 3.259 max_d=3.259 avg_d=0.514 std_dev=0.559
C4 A 0, -0.051, 0.526, 1.103, 3.281 max_d=3.281 avg_d=0.526 std_dev=0.577
C1' A 0, -0.153, 0.432, 1.017, 3.366 max_d=3.366 avg_d=0.432 std_dev=0.585
C5 A 0, -0.073, 0.513, 1.099, 3.256 max_d=3.256 avg_d=0.513 std_dev=0.586
O4' B 0, -0.080, 0.534, 1.148, 3.978 max_d=3.978 avg_d=0.534 std_dev=0.614
C3' B 0, 0.048, 0.704, 1.361, 4.962 max_d=4.962 avg_d=0.704 std_dev=0.657
O4' A 0, -0.090, 0.570, 1.230, 3.699 max_d=3.699 avg_d=0.570 std_dev=0.660
C4' B 0, -0.125, 0.660, 1.446, 5.043 max_d=5.043 avg_d=0.660 std_dev=0.785
O2 A 0, -0.159, 0.663, 1.485, 4.758 max_d=4.758 avg_d=0.663 std_dev=0.822
O2' B 0, -0.033, 0.796, 1.624, 4.790 max_d=4.790 avg_d=0.796 std_dev=0.829
O3' B 0, 0.121, 1.032, 1.944, 6.874 max_d=6.874 avg_d=1.032 std_dev=0.912
N4 A 0, -0.145, 0.801, 1.747, 5.454 max_d=5.454 avg_d=0.801 std_dev=0.946
C2' A 0, -0.481, 0.593, 1.668, 6.074 max_d=6.074 avg_d=0.593 std_dev=1.074
C5' B 0, -0.314, 0.769, 1.853, 7.707 max_d=7.707 avg_d=0.769 std_dev=1.084
O5' B 0, -0.358, 0.753, 1.864, 9.195 max_d=9.195 avg_d=0.753 std_dev=1.111
C4' A 0, -0.390, 0.763, 1.916, 6.526 max_d=6.526 avg_d=0.763 std_dev=1.153
C3' A 0, -0.638, 0.692, 2.021, 7.510 max_d=7.510 avg_d=0.692 std_dev=1.330
O2' A 0, -0.518, 0.899, 2.316, 8.040 max_d=8.040 avg_d=0.899 std_dev=1.417
C5' A 0, -0.400, 1.018, 2.437, 8.014 max_d=8.014 avg_d=1.018 std_dev=1.419
P B 0, -0.595, 0.854, 2.304, 11.742 max_d=11.742 avg_d=0.854 std_dev=1.449
OP1 B 0, -0.560, 0.909, 2.378, 12.568 max_d=12.568 avg_d=0.909 std_dev=1.469
O5' A 0, -0.352, 1.127, 2.606, 8.188 max_d=8.188 avg_d=1.127 std_dev=1.479
OP1 A 0, 1.004, 2.613, 4.222, 10.139 max_d=10.139 avg_d=2.613 std_dev=1.609
P A 0, -0.311, 1.478, 3.266, 9.581 max_d=9.581 avg_d=1.478 std_dev=1.789
O3' A 0, -0.916, 0.899, 2.713, 10.153 max_d=10.153 avg_d=0.899 std_dev=1.815
OP2 B 0, -0.702, 1.114, 2.929, 12.166 max_d=12.166 avg_d=1.114 std_dev=1.815
OP2 A 0, 0.814, 2.688, 4.562, 10.945 max_d=10.945 avg_d=2.688 std_dev=1.874

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.09 0.01 0.17 0.54 0.27 0.22
C2 0.02 0.00 0.12 0.15 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.15 0.06 0.35 0.81 0.57 0.43
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.06 0.01 0.09 0.06 0.10 0.03 0.10 0.07 0.20 0.00 0.03 0.01 0.24 0.35 0.25 0.23
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.16 0.00 0.17 0.03 0.17 0.10 0.16 0.17 0.20 0.02 0.01 0.02 0.28 0.34 0.19 0.23
C4 0.02 0.01 0.06 0.16 0.00 0.08 0.00 0.17 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.12 0.16 0.03 0.49 1.02 0.92 0.61
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.08 0.00 0.12 0.01 0.12 0.05 0.07 0.09 0.11 0.10 0.02 0.00 0.02 0.18 0.28 0.07
C5 0.02 0.01 0.09 0.17 0.00 0.12 0.00 0.22 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.18 0.06 0.53 1.03 0.96 0.65
C5' 0.04 0.12 0.06 0.03 0.17 0.01 0.22 0.00 0.20 0.10 0.14 0.19 0.16 0.06 0.07 0.02 0.01 0.23 0.39 0.02
C6 0.01 0.01 0.10 0.17 0.01 0.12 0.00 0.20 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.16 0.07 0.47 0.90 0.72 0.54
N1 0.01 0.01 0.03 0.10 0.01 0.05 0.01 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.08 0.02 0.33 0.76 0.50 0.39
N3 0.02 0.00 0.10 0.16 0.00 0.07 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.16 0.05 0.42 0.93 0.75 0.53
N4 0.02 0.01 0.07 0.17 0.00 0.09 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.13 0.18 0.04 0.52 1.08 1.05 0.67
O2 0.04 0.01 0.20 0.20 0.01 0.11 0.01 0.16 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.17 0.23 0.11 0.31 0.75 0.48 0.39
O2' 0.02 0.10 0.00 0.02 0.12 0.10 0.13 0.06 0.12 0.07 0.11 0.13 0.17 0.00 0.06 0.07 0.12 0.26 0.29 0.15
O3' 0.09 0.15 0.03 0.01 0.16 0.02 0.18 0.07 0.16 0.08 0.16 0.18 0.23 0.06 0.00 0.06 0.26 0.51 0.33 0.26
O4' 0.01 0.06 0.01 0.02 0.03 0.00 0.06 0.02 0.07 0.02 0.05 0.04 0.11 0.07 0.06 0.00 0.12 0.52 0.29 0.21
O5' 0.17 0.35 0.24 0.28 0.49 0.02 0.53 0.01 0.47 0.33 0.42 0.52 0.31 0.12 0.26 0.12 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.54 0.81 0.35 0.34 1.02 0.18 1.03 0.23 0.90 0.76 0.93 1.08 0.75 0.26 0.51 0.52 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.27 0.57 0.25 0.19 0.92 0.28 0.96 0.39 0.72 0.50 0.75 1.05 0.48 0.29 0.33 0.29 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.22 0.43 0.23 0.23 0.61 0.07 0.65 0.02 0.54 0.39 0.53 0.67 0.39 0.15 0.26 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.65 0.69 0.62 0.76 0.33 0.87 0.37 1.00 0.57 0.66 0.75 0.48 0.68 0.53 0.50 0.67 0.76 0.81 0.96 0.78 1.10 1.00
C2 0.59 0.57 0.50 0.55 0.32 0.64 0.34 0.64 0.53 0.50 0.63 0.43 0.64 0.42 0.44 0.60 0.56 0.66 0.57 0.53 0.68 0.51
C2' 0.88 0.74 0.89 1.09 0.42 1.20 0.43 1.37 0.60 0.85 0.80 0.52 0.74 0.64 0.68 0.91 1.10 1.09 1.34 1.08 1.31 1.33
C3' 0.89 0.69 0.96 1.17 0.46 1.22 0.49 1.43 0.53 1.01 0.71 0.52 0.67 0.82 0.76 0.94 1.18 1.07 1.51 1.34 1.67 1.64
C4 0.57 0.58 0.56 0.57 0.42 0.63 0.27 0.63 0.36 0.44 0.53 0.56 0.44 0.37 0.47 0.61 0.58 0.65 0.61 0.85 0.80 0.63
C4' 0.75 0.70 0.81 0.99 0.41 1.05 0.48 1.25 0.56 0.88 0.72 0.52 0.70 0.76 0.64 0.82 1.01 0.91 1.29 1.23 1.58 1.47
C5 0.57 0.72 0.57 0.60 0.49 0.70 0.38 0.74 0.49 0.48 0.65 0.66 0.54 0.43 0.48 0.60 0.60 0.70 0.71 0.92 1.01 0.78
C5' 0.74 0.74 0.83 0.98 0.52 0.98 0.63 1.16 0.67 0.96 0.76 0.59 0.83 0.92 0.69 0.85 1.00 0.84 1.23 1.27 1.71 1.47
C6 0.47 0.72 0.46 0.52 0.39 0.62 0.37 0.69 0.52 0.52 0.69 0.59 0.58 0.48 0.39 0.48 0.51 0.60 0.70 0.76 1.06 0.79
N1 0.51 0.64 0.45 0.54 0.29 0.64 0.32 0.72 0.52 0.54 0.68 0.46 0.60 0.43 0.39 0.50 0.53 0.63 0.69 0.60 0.92 0.72
N3 0.56 0.52 0.51 0.50 0.33 0.55 0.31 0.53 0.45 0.44 0.55 0.45 0.57 0.40 0.42 0.59 0.53 0.59 0.47 0.64 0.62 0.43
N4 0.76 0.69 0.81 0.81 0.55 0.84 0.38 0.84 0.39 0.60 0.59 0.69 0.51 0.50 0.64 0.84 0.84 0.84 0.83 1.07 0.89 0.81
O2 0.81 0.64 0.72 0.76 0.47 0.86 0.47 0.85 0.63 0.62 0.72 0.54 0.79 0.52 0.60 0.85 0.80 0.87 0.71 0.59 0.66 0.60
O2' 0.99 0.83 1.03 1.25 0.50 1.40 0.51 1.59 0.73 0.84 0.93 0.61 0.91 0.65 0.73 1.09 1.30 1.23 1.45 1.25 1.32 1.43
O3' 1.03 0.67 1.17 1.45 0.47 1.49 0.48 1.79 0.50 1.09 0.69 0.50 0.67 0.86 0.84 1.15 1.50 1.24 1.86 1.83 1.94 2.08
O4' 0.59 0.70 0.60 0.74 0.35 0.82 0.41 0.97 0.56 0.69 0.73 0.51 0.67 0.60 0.49 0.64 0.74 0.73 0.97 0.88 1.25 1.10
O5' 0.87 0.90 0.97 1.05 0.76 1.03 0.85 1.14 0.85 1.09 0.88 0.81 0.97 1.10 0.86 0.99 1.06 0.93 1.23 1.20 1.79 1.43
OP1 0.99 1.23 1.12 1.18 0.96 1.19 0.98 1.29 1.12 0.98 1.23 1.12 1.25 1.04 0.91 1.17 1.24 1.05 1.30 1.52 1.87 1.52
OP2 0.90 1.12 1.02 0.99 1.00 0.92 1.20 1.01 1.29 1.24 1.23 0.99 1.52 1.39 0.99 1.12 1.02 0.84 1.09 1.19 1.75 1.30
P 0.85 1.00 0.98 1.01 0.83 1.00 0.95 1.09 1.02 1.06 1.02 0.89 1.19 1.14 0.85 1.03 1.05 0.89 1.14 1.22 1.76 1.35

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.06 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.19 0.01 0.17 0.25 0.31 0.18
C2 0.04 0.00 0.27 0.26 0.01 0.23 0.01 0.36 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.27 0.32 0.27 0.38 0.74 0.57 0.49
C2' 0.00 0.27 0.00 0.01 0.15 0.02 0.09 0.13 0.14 0.14 0.22 0.27 0.11 0.09 0.03 0.00 0.03 0.02 0.32 0.38 0.42 0.33
C3' 0.02 0.26 0.01 0.00 0.22 0.00 0.27 0.02 0.28 0.30 0.27 0.24 0.31 0.32 0.18 0.02 0.01 0.02 0.20 0.26 0.22 0.16
C4 0.02 0.01 0.15 0.22 0.00 0.10 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.17 0.18 0.14 0.27 0.46 0.44 0.29
C4' 0.02 0.23 0.02 0.00 0.10 0.00 0.10 0.01 0.11 0.24 0.17 0.23 0.12 0.20 0.08 0.21 0.03 0.01 0.02 0.13 0.25 0.07
C5 0.01 0.01 0.09 0.27 0.00 0.10 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.23 0.20 0.06 0.38 0.46 0.61 0.39
C5' 0.06 0.36 0.13 0.02 0.16 0.01 0.18 0.00 0.19 0.38 0.27 0.34 0.22 0.34 0.14 0.10 0.14 0.02 0.01 0.16 0.27 0.02
C6 0.02 0.01 0.14 0.28 0.01 0.11 0.01 0.19 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.24 0.24 0.12 0.36 0.55 0.60 0.40
C8 0.01 0.01 0.14 0.30 0.01 0.24 0.01 0.38 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.30 0.23 0.15 0.56 0.45 0.76 0.57
N1 0.03 0.00 0.22 0.27 0.01 0.17 0.01 0.27 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.25 0.28 0.21 0.34 0.67 0.55 0.43
N3 0.04 0.00 0.27 0.24 0.00 0.23 0.01 0.34 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.26 0.30 0.27 0.34 0.66 0.51 0.44
N6 0.02 0.01 0.11 0.31 0.01 0.12 0.01 0.22 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.28 0.27 0.09 0.42 0.57 0.73 0.48
N7 0.01 0.01 0.09 0.32 0.01 0.20 0.00 0.34 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.31 0.25 0.09 0.56 0.51 0.85 0.60
N9 0.01 0.01 0.03 0.18 0.00 0.08 0.01 0.14 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.15 0.10 0.02 0.29 0.31 0.43 0.28
O2' 0.02 0.27 0.00 0.02 0.17 0.21 0.23 0.10 0.24 0.30 0.25 0.26 0.28 0.31 0.15 0.00 0.07 0.15 0.22 0.30 0.47 0.28
O3' 0.19 0.32 0.03 0.01 0.18 0.03 0.20 0.14 0.24 0.23 0.28 0.30 0.27 0.25 0.10 0.07 0.00 0.13 0.25 0.43 0.34 0.27
O4' 0.01 0.27 0.02 0.02 0.14 0.01 0.06 0.02 0.12 0.15 0.21 0.27 0.09 0.09 0.02 0.15 0.13 0.00 0.11 0.26 0.32 0.19
O5' 0.17 0.38 0.32 0.20 0.27 0.02 0.38 0.01 0.36 0.56 0.34 0.34 0.42 0.56 0.29 0.22 0.25 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.25 0.74 0.38 0.26 0.46 0.13 0.46 0.16 0.55 0.45 0.67 0.66 0.57 0.51 0.31 0.30 0.43 0.26 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.31 0.57 0.42 0.22 0.44 0.25 0.61 0.27 0.60 0.76 0.55 0.51 0.73 0.85 0.43 0.47 0.34 0.32 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.18 0.49 0.33 0.16 0.29 0.07 0.39 0.02 0.40 0.57 0.43 0.44 0.48 0.60 0.28 0.28 0.27 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00