ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 18307

back

Distances from reference structure (by RMSD)

19, 108, 98, 31, 13, 14, 4, 9, 7, 8, 8, 31, 14, 25, 15, 4, 6, 21, 10, 55,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.062, 0.304, 0.545, 1.028 max_d=1.028 avg_d=0.304 std_dev=0.242
N1 B 0, 0.074, 0.442, 0.811, 1.393 max_d=1.393 avg_d=0.442 std_dev=0.368
C5 A 0, 0.126, 0.527, 0.929, 1.899 max_d=1.899 avg_d=0.527 std_dev=0.402
N3 A 0, 0.075, 0.495, 0.916, 1.631 max_d=1.631 avg_d=0.495 std_dev=0.420
C2 B 0, 0.084, 0.550, 1.016, 2.119 max_d=2.119 avg_d=0.550 std_dev=0.466
N9 A 0, 0.018, 0.620, 1.221, 2.463 max_d=2.463 avg_d=0.620 std_dev=0.601
C2 A 0, 0.060, 0.734, 1.408, 2.741 max_d=2.741 avg_d=0.734 std_dev=0.674
N7 A 0, 0.114, 0.792, 1.471, 3.121 max_d=3.121 avg_d=0.792 std_dev=0.678
C6 A 0, 0.116, 0.824, 1.532, 2.753 max_d=2.753 avg_d=0.824 std_dev=0.708
N3 B 0, 0.085, 0.795, 1.505, 3.106 max_d=3.106 avg_d=0.795 std_dev=0.710
C6 B 0, -0.044, 0.680, 1.404, 2.639 max_d=2.639 avg_d=0.680 std_dev=0.724
C8 A 0, 0.007, 0.799, 1.591, 3.368 max_d=3.368 avg_d=0.799 std_dev=0.792
N1 A 0, 0.088, 0.915, 1.742, 3.061 max_d=3.061 avg_d=0.915 std_dev=0.827
C4 B 0, -0.017, 0.957, 1.931, 3.994 max_d=3.994 avg_d=0.957 std_dev=0.974
C5 B 0, -0.085, 0.896, 1.877, 3.804 max_d=3.804 avg_d=0.896 std_dev=0.981
C1' B 0, -0.041, 0.956, 1.953, 4.154 max_d=4.154 avg_d=0.956 std_dev=0.997
C1' A 0, -0.031, 0.972, 1.975, 3.851 max_d=3.851 avg_d=0.972 std_dev=1.003
O2 B 0, -0.028, 0.990, 2.009, 4.387 max_d=4.387 avg_d=0.990 std_dev=1.018
N6 A 0, 0.127, 1.217, 2.307, 4.379 max_d=4.379 avg_d=1.217 std_dev=1.090
C2' A 0, 0.024, 1.177, 2.331, 4.318 max_d=4.318 avg_d=1.177 std_dev=1.154
C2' B 0, 0.003, 1.220, 2.437, 4.648 max_d=4.648 avg_d=1.220 std_dev=1.217
O2' A 0, 0.189, 1.450, 2.712, 4.831 max_d=4.831 avg_d=1.450 std_dev=1.262
O4' B 0, -0.047, 1.439, 2.926, 5.905 max_d=5.905 avg_d=1.439 std_dev=1.487
O4' A 0, -0.026, 1.488, 3.002, 5.868 max_d=5.868 avg_d=1.488 std_dev=1.514
O4 B 0, -0.088, 1.444, 2.975, 6.307 max_d=6.307 avg_d=1.444 std_dev=1.531
C3' B 0, 0.087, 1.668, 3.249, 5.995 max_d=5.995 avg_d=1.668 std_dev=1.581
O2' B 0, -0.045, 1.622, 3.290, 7.257 max_d=7.257 avg_d=1.622 std_dev=1.668
C3' A 0, 0.012, 1.714, 3.415, 5.997 max_d=5.997 avg_d=1.714 std_dev=1.701
C4' B 0, 0.005, 1.871, 3.736, 7.483 max_d=7.483 avg_d=1.871 std_dev=1.865
C4' A 0, -0.019, 1.879, 3.776, 7.392 max_d=7.392 avg_d=1.879 std_dev=1.898
O3' B 0, 0.165, 2.277, 4.389, 7.730 max_d=7.730 avg_d=2.277 std_dev=2.112
O5' B 0, 0.072, 2.212, 4.351, 9.655 max_d=9.655 avg_d=2.212 std_dev=2.139
O3' A 0, 0.000, 2.177, 4.354, 7.713 max_d=7.713 avg_d=2.177 std_dev=2.177
C5' B 0, 0.061, 2.257, 4.453, 9.095 max_d=9.095 avg_d=2.257 std_dev=2.196
O5' A 0, -0.078, 2.196, 4.470, 8.135 max_d=8.135 avg_d=2.196 std_dev=2.274
C5' A 0, -0.045, 2.298, 4.642, 9.016 max_d=9.016 avg_d=2.298 std_dev=2.344
P B 0, -0.163, 2.502, 5.167, 11.742 max_d=11.742 avg_d=2.502 std_dev=2.665
P A 0, -0.196, 2.723, 5.642, 10.763 max_d=10.763 avg_d=2.723 std_dev=2.919
OP2 B 0, -0.005, 2.917, 5.839, 12.345 max_d=12.345 avg_d=2.917 std_dev=2.922
OP1 B 0, -0.037, 3.054, 6.145, 13.653 max_d=13.653 avg_d=3.054 std_dev=3.091
OP1 A 0, 0.223, 3.507, 6.790, 11.906 max_d=11.906 avg_d=3.507 std_dev=3.284
OP2 A 0, 0.065, 3.573, 7.081, 12.488 max_d=12.488 avg_d=3.573 std_dev=3.508

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.07 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.34 0.01 0.32 0.81 0.38 0.36
C2 0.04 0.00 0.31 0.54 0.01 0.51 0.01 0.85 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.52 0.46 0.37 0.76 1.09 1.20 0.85
C2' 0.01 0.31 0.00 0.01 0.16 0.02 0.08 0.21 0.14 0.17 0.24 0.31 0.11 0.11 0.03 0.00 0.04 0.03 0.56 0.82 0.67 0.60
C3' 0.02 0.54 0.01 0.00 0.35 0.01 0.36 0.03 0.42 0.35 0.49 0.50 0.43 0.37 0.22 0.02 0.01 0.02 0.28 0.60 0.43 0.31
C4 0.02 0.01 0.16 0.35 0.00 0.26 0.01 0.40 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.36 0.24 0.19 0.34 1.00 0.67 0.38
C4' 0.01 0.51 0.02 0.01 0.26 0.00 0.19 0.01 0.28 0.27 0.41 0.49 0.24 0.22 0.10 0.30 0.03 0.01 0.02 0.33 0.29 0.10
C5 0.02 0.01 0.08 0.36 0.01 0.19 0.00 0.30 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.39 0.17 0.09 0.43 1.26 0.78 0.52
C5' 0.07 0.85 0.21 0.03 0.40 0.01 0.30 0.00 0.46 0.42 0.70 0.77 0.40 0.34 0.14 0.11 0.22 0.02 0.01 0.28 0.41 0.02
C6 0.03 0.01 0.14 0.42 0.01 0.28 0.01 0.46 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.45 0.23 0.17 0.44 1.21 0.90 0.51
C8 0.02 0.02 0.17 0.35 0.01 0.27 0.01 0.42 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.33 0.23 0.20 0.82 1.63 0.97 0.97
N1 0.04 0.01 0.24 0.49 0.02 0.41 0.01 0.70 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.50 0.35 0.29 0.60 1.11 1.10 0.68
N3 0.04 0.01 0.31 0.50 0.01 0.49 0.01 0.77 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.47 0.45 0.37 0.65 0.95 0.99 0.70
N6 0.03 0.02 0.11 0.43 0.01 0.24 0.02 0.40 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.46 0.22 0.12 0.47 1.34 0.98 0.59
N7 0.02 0.02 0.11 0.37 0.01 0.22 0.01 0.34 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.37 0.22 0.11 0.73 1.64 1.01 0.91
N9 0.01 0.02 0.03 0.22 0.01 0.10 0.01 0.14 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.22 0.16 0.02 0.41 1.11 0.55 0.48
O2' 0.02 0.52 0.00 0.02 0.36 0.30 0.39 0.11 0.45 0.33 0.50 0.47 0.46 0.37 0.22 0.00 0.07 0.21 0.45 0.73 0.76 0.52
O3' 0.34 0.46 0.04 0.01 0.24 0.03 0.17 0.22 0.23 0.23 0.35 0.45 0.22 0.22 0.16 0.07 0.00 0.23 0.37 0.74 0.57 0.46
O4' 0.01 0.37 0.03 0.02 0.19 0.01 0.09 0.02 0.17 0.20 0.29 0.37 0.12 0.11 0.02 0.21 0.23 0.00 0.19 0.74 0.32 0.30
O5' 0.32 0.76 0.56 0.28 0.34 0.02 0.43 0.01 0.44 0.82 0.60 0.65 0.47 0.73 0.41 0.45 0.37 0.19 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.81 1.09 0.82 0.60 1.00 0.33 1.26 0.28 1.21 1.63 1.11 0.95 1.34 1.64 1.11 0.73 0.74 0.74 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.38 1.20 0.67 0.43 0.67 0.29 0.78 0.41 0.90 0.97 1.10 0.99 0.98 1.01 0.55 0.76 0.57 0.32 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.36 0.85 0.60 0.31 0.38 0.10 0.52 0.02 0.51 0.97 0.68 0.70 0.59 0.91 0.48 0.52 0.46 0.30 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.07 0.88 0.98 1.24 1.15 1.50 1.21 1.58 1.16 0.97 1.03 0.91 1.03 1.51 1.31 1.37 1.35 1.57 1.25 1.41
C2 1.25 0.87 1.24 1.32 0.69 1.69 0.56 1.85 0.81 0.94 0.76 1.05 1.34 1.58 1.09 1.59 1.51 1.60 1.46 1.31
C2' 1.18 0.86 1.12 1.39 0.96 1.62 1.08 1.72 1.12 0.98 0.88 0.97 1.19 1.70 1.12 1.49 1.55 1.78 1.46 1.61
C3' 1.43 0.95 1.31 1.60 1.13 1.86 1.36 2.01 1.45 1.22 0.97 0.98 1.42 1.85 1.26 1.78 1.86 2.19 1.84 2.05
C4 0.73 0.39 0.74 0.95 0.72 1.30 0.45 1.39 0.38 0.38 0.65 0.52 0.78 1.31 1.02 1.20 1.06 1.15 0.96 0.85
C4' 1.84 1.25 1.67 1.88 1.31 2.16 1.52 2.24 1.71 1.56 1.21 1.26 1.83 2.06 1.42 2.15 2.04 2.35 1.87 2.18
C5 0.90 0.32 0.82 1.02 0.53 1.36 0.53 1.47 0.64 0.58 0.42 0.47 0.88 1.40 0.82 1.32 1.23 1.39 1.14 1.03
C5' 2.13 1.39 2.03 2.17 1.25 2.43 1.39 2.42 1.64 1.67 1.23 1.49 2.34 2.39 1.40 2.39 2.15 2.39 1.91 2.17
C6 1.23 0.67 1.11 1.27 0.50 1.65 0.87 1.84 1.09 1.00 0.42 0.75 1.17 1.57 0.64 1.63 1.66 1.90 1.60 1.54
C8 1.01 0.81 0.98 1.17 0.90 1.37 0.69 1.33 0.64 0.75 0.90 0.93 1.11 1.55 1.13 1.26 1.06 1.13 0.87 0.85
N1 1.44 0.93 1.35 1.46 0.56 1.85 0.81 2.04 1.15 1.18 0.68 1.03 1.42 1.71 0.78 1.81 1.80 1.99 1.71 1.65
N3 0.86 0.62 0.91 1.05 0.84 1.41 0.58 1.54 0.46 0.53 0.76 0.83 0.99 1.35 1.21 1.26 1.17 1.24 1.16 1.00
N6 1.40 0.86 1.26 1.46 0.81 1.84 1.28 2.08 1.41 1.20 0.61 0.95 1.34 1.74 0.78 1.81 2.00 2.35 2.00 1.98
N7 0.92 0.57 0.87 1.07 0.79 1.31 0.69 1.33 0.60 0.60 0.69 0.74 1.01 1.50 1.05 1.24 1.12 1.28 1.05 0.94
N9 0.84 0.67 0.82 1.06 0.93 1.32 0.77 1.35 0.68 0.63 0.86 0.72 0.87 1.40 1.14 1.20 1.05 1.15 0.90 0.92
O2' 1.08 0.86 1.09 1.42 1.05 1.63 1.13 1.80 1.08 0.90 0.93 1.04 1.14 1.76 1.24 1.41 1.64 2.00 1.57 1.74
O3' 1.56 1.19 1.45 1.74 1.51 1.98 1.80 2.21 1.81 1.46 1.26 1.16 1.50 1.91 1.60 1.91 2.16 2.65 2.28 2.54
O4' 1.66 1.28 1.50 1.69 1.36 1.90 1.49 1.94 1.63 1.52 1.28 1.25 1.60 1.86 1.47 1.86 1.73 1.92 1.54 1.79
O5' 1.99 1.40 1.95 2.03 1.17 2.20 1.21 2.13 1.41 1.55 1.22 1.60 2.31 2.31 1.36 2.11 1.87 2.02 1.71 1.84
OP1 2.76 2.39 2.82 2.63 1.90 2.65 1.85 2.47 2.05 2.37 2.11 2.69 3.28 2.88 1.94 2.59 2.21 2.27 2.06 2.12
OP2 2.13 1.53 2.32 2.33 1.23 2.39 1.19 2.24 1.32 1.57 1.30 1.88 2.88 2.67 1.50 2.15 1.97 2.04 1.94 1.89
P 2.18 1.61 2.25 2.23 1.24 2.32 1.22 2.17 1.42 1.68 1.35 1.92 2.74 2.57 1.44 2.18 1.90 2.00 1.79 1.82

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.10 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.29 0.03 0.01 0.25 0.34 0.39 0.24
C2 0.02 0.00 0.18 0.29 0.01 0.12 0.02 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.24 0.20 0.02 0.11 0.44 0.53 0.77 0.49
C2' 0.01 0.18 0.00 0.01 0.06 0.02 0.15 0.22 0.19 0.03 0.13 0.33 0.01 0.04 0.07 0.02 0.41 0.56 0.53 0.46
C3' 0.02 0.29 0.01 0.00 0.34 0.01 0.32 0.03 0.27 0.21 0.33 0.33 0.02 0.01 0.36 0.02 0.24 0.29 0.32 0.24
C4 0.02 0.01 0.06 0.34 0.00 0.13 0.01 0.21 0.01 0.02 0.01 0.02 0.35 0.20 0.01 0.04 0.56 0.73 1.17 0.72
C4' 0.01 0.12 0.02 0.01 0.13 0.00 0.17 0.01 0.17 0.08 0.12 0.21 0.29 0.03 0.14 0.01 0.02 0.22 0.26 0.07
C5 0.02 0.02 0.15 0.32 0.01 0.17 0.00 0.28 0.01 0.01 0.01 0.02 0.36 0.22 0.01 0.10 0.59 0.78 1.18 0.78
C5' 0.10 0.19 0.22 0.03 0.21 0.01 0.28 0.00 0.27 0.14 0.20 0.30 0.11 0.22 0.23 0.02 0.01 0.31 0.35 0.02
C6 0.02 0.01 0.19 0.27 0.01 0.17 0.01 0.27 0.00 0.01 0.01 0.02 0.30 0.18 0.02 0.13 0.53 0.66 0.93 0.65
N1 0.01 0.01 0.03 0.21 0.02 0.08 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.02 0.20 0.13 0.02 0.02 0.39 0.48 0.67 0.43
N3 0.02 0.01 0.13 0.33 0.01 0.12 0.01 0.20 0.01 0.01 0.00 0.01 0.30 0.19 0.02 0.08 0.51 0.63 0.99 0.61
O2 0.04 0.01 0.33 0.33 0.02 0.21 0.02 0.30 0.02 0.02 0.01 0.00 0.28 0.33 0.02 0.20 0.48 0.54 0.72 0.52
O2' 0.02 0.24 0.01 0.02 0.35 0.29 0.36 0.11 0.30 0.20 0.30 0.28 0.00 0.07 0.38 0.20 0.31 0.49 0.56 0.42
O3' 0.29 0.20 0.04 0.01 0.20 0.03 0.22 0.22 0.18 0.13 0.19 0.33 0.07 0.00 0.24 0.22 0.34 0.42 0.46 0.33
O4 0.03 0.02 0.07 0.36 0.01 0.14 0.01 0.23 0.02 0.02 0.02 0.02 0.38 0.24 0.00 0.04 0.60 0.79 1.29 0.78
O4' 0.01 0.11 0.02 0.02 0.04 0.01 0.10 0.02 0.13 0.02 0.08 0.20 0.20 0.22 0.04 0.00 0.21 0.31 0.33 0.26
O5' 0.25 0.44 0.41 0.24 0.56 0.02 0.59 0.01 0.53 0.39 0.51 0.48 0.31 0.34 0.60 0.21 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.34 0.53 0.56 0.29 0.73 0.22 0.78 0.31 0.66 0.48 0.63 0.54 0.49 0.42 0.79 0.31 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.39 0.77 0.53 0.32 1.17 0.26 1.18 0.35 0.93 0.67 0.99 0.72 0.56 0.46 1.29 0.33 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.24 0.49 0.46 0.24 0.72 0.07 0.78 0.02 0.65 0.43 0.61 0.52 0.42 0.33 0.78 0.26 0.01 0.01 0.01 0.00