ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 18312

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 15, 1, 8, 16, 27, 41, 48, 9, 30, 26, 34, 15, 10, 9, 29, 36, 49, 28, 68,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.296, 0.494, 0.692, 1.072 max_d=1.072 avg_d=0.494 std_dev=0.198
C4 A 0, 0.240, 0.458, 0.676, 1.242 max_d=1.242 avg_d=0.458 std_dev=0.218
N3 B 0, 0.411, 0.807, 1.204, 1.680 max_d=1.680 avg_d=0.807 std_dev=0.397
N3 A 0, 0.428, 0.837, 1.246, 1.760 max_d=1.760 avg_d=0.837 std_dev=0.409
C5 B 0, 0.461, 0.999, 1.538, 2.369 max_d=2.369 avg_d=0.999 std_dev=0.538
C5 A 0, 0.411, 0.974, 1.537, 2.452 max_d=2.452 avg_d=0.974 std_dev=0.563
N9 B 0, 0.582, 1.163, 1.743, 2.756 max_d=2.756 avg_d=1.163 std_dev=0.580
C2 B 0, 0.591, 1.192, 1.793, 2.981 max_d=2.981 avg_d=1.192 std_dev=0.601
N9 A 0, 0.551, 1.168, 1.786, 2.711 max_d=2.711 avg_d=1.168 std_dev=0.617
N1 B 0, 0.674, 1.304, 1.934, 3.827 max_d=3.827 avg_d=1.304 std_dev=0.630
C2 A 0, 0.563, 1.218, 1.874, 3.082 max_d=3.082 avg_d=1.218 std_dev=0.655
C6 B 0, 0.586, 1.289, 1.993, 3.751 max_d=3.751 avg_d=1.289 std_dev=0.703
C6 A 0, 0.563, 1.290, 2.018, 3.458 max_d=3.458 avg_d=1.290 std_dev=0.728
N1 A 0, 0.622, 1.374, 2.125, 3.706 max_d=3.706 avg_d=1.374 std_dev=0.752
C1' B 0, 0.748, 1.626, 2.504, 4.455 max_d=4.455 avg_d=1.626 std_dev=0.878
C8 B 0, 0.844, 1.768, 2.693, 4.048 max_d=4.048 avg_d=1.768 std_dev=0.924
C1' A 0, 0.759, 1.697, 2.635, 4.154 max_d=4.154 avg_d=1.697 std_dev=0.938
N7 B 0, 0.801, 1.754, 2.708, 3.967 max_d=3.967 avg_d=1.754 std_dev=0.954
C8 A 0, 0.719, 1.731, 2.743, 4.313 max_d=4.313 avg_d=1.731 std_dev=1.012
N7 A 0, 0.674, 1.711, 2.748, 4.331 max_d=4.331 avg_d=1.711 std_dev=1.037
N2 B 0, 0.937, 2.017, 3.096, 4.917 max_d=4.917 avg_d=2.017 std_dev=1.079
C2' B 0, 0.654, 1.741, 2.829, 4.711 max_d=4.711 avg_d=1.741 std_dev=1.088
O6 B 0, 0.849, 1.962, 3.074, 5.663 max_d=5.663 avg_d=1.962 std_dev=1.112
N6 A 0, 0.832, 2.032, 3.232, 5.424 max_d=5.424 avg_d=2.032 std_dev=1.200
C2' A 0, 0.786, 2.092, 3.397, 5.569 max_d=5.569 avg_d=2.092 std_dev=1.306
O2' B 0, 0.819, 2.159, 3.500, 6.101 max_d=6.101 avg_d=2.159 std_dev=1.341
O4' B 0, 1.102, 2.491, 3.880, 6.490 max_d=6.490 avg_d=2.491 std_dev=1.389
O2' A 0, 0.864, 2.360, 3.856, 6.110 max_d=6.110 avg_d=2.360 std_dev=1.496
C3' B 0, 0.887, 2.383, 3.879, 6.733 max_d=6.733 avg_d=2.383 std_dev=1.496
O4' A 0, 1.183, 2.846, 4.508, 6.099 max_d=6.099 avg_d=2.846 std_dev=1.662
O3' B 0, 1.009, 2.735, 4.461, 7.896 max_d=7.896 avg_d=2.735 std_dev=1.726
C3' A 0, 1.369, 3.135, 4.901, 8.038 max_d=8.038 avg_d=3.135 std_dev=1.766
C4' B 0, 1.142, 2.914, 4.686, 8.283 max_d=8.283 avg_d=2.914 std_dev=1.772
O3' A 0, 1.561, 3.424, 5.288, 9.251 max_d=9.251 avg_d=3.424 std_dev=1.863
C4' A 0, 1.498, 3.597, 5.696, 8.431 max_d=8.431 avg_d=3.597 std_dev=2.099
C5' B 0, 1.521, 3.959, 6.398, 10.534 max_d=10.534 avg_d=3.959 std_dev=2.439
O5' B 0, 1.648, 4.101, 6.554, 10.456 max_d=10.456 avg_d=4.101 std_dev=2.453
C5' A 0, 1.808, 4.622, 7.436, 10.058 max_d=10.058 avg_d=4.622 std_dev=2.814
O5' A 0, 1.610, 4.606, 7.602, 10.993 max_d=10.993 avg_d=4.606 std_dev=2.996
P B 0, 2.198, 5.322, 8.446, 12.952 max_d=12.952 avg_d=5.322 std_dev=3.124
OP1 B 0, 2.804, 6.125, 9.446, 14.813 max_d=14.813 avg_d=6.125 std_dev=3.321
OP2 B 0, 2.122, 5.482, 8.841, 13.016 max_d=13.016 avg_d=5.482 std_dev=3.359
OP1 A 0, 2.292, 5.984, 9.675, 13.934 max_d=13.934 avg_d=5.984 std_dev=3.691
P A 0, 1.966, 5.781, 9.597, 13.015 max_d=13.015 avg_d=5.781 std_dev=3.815
OP2 A 0, 3.003, 7.026, 11.049, 13.373 max_d=13.373 avg_d=7.026 std_dev=4.023

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.09 0.02 0.02 0.04 0.05 0.02 0.02 0.01 0.02 0.35 0.01 0.38 0.63 0.52 0.39
C2 0.04 0.00 0.40 0.56 0.01 0.66 0.01 1.21 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.52 0.44 0.51 1.05 1.39 1.65 1.35
C2' 0.01 0.40 0.00 0.01 0.20 0.02 0.10 0.23 0.18 0.21 0.31 0.40 0.13 0.13 0.03 0.01 0.04 0.02 0.55 0.79 0.69 0.59
C3' 0.02 0.56 0.01 0.00 0.34 0.01 0.37 0.02 0.41 0.46 0.48 0.52 0.43 0.45 0.25 0.02 0.01 0.02 0.35 0.58 0.48 0.35
C4 0.02 0.01 0.20 0.34 0.00 0.30 0.01 0.53 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.34 0.23 0.27 0.50 0.85 0.89 0.60
C4' 0.01 0.66 0.02 0.01 0.30 0.00 0.18 0.01 0.29 0.41 0.51 0.64 0.23 0.30 0.11 0.32 0.04 0.01 0.02 0.34 0.33 0.11
C5 0.02 0.01 0.10 0.37 0.01 0.18 0.00 0.32 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.38 0.19 0.12 0.62 1.08 1.07 0.74
C5' 0.09 1.21 0.23 0.02 0.53 0.01 0.32 0.00 0.54 0.64 0.94 1.11 0.43 0.49 0.17 0.11 0.23 0.02 0.01 0.40 0.40 0.02
C6 0.02 0.01 0.18 0.41 0.01 0.29 0.01 0.54 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.43 0.24 0.23 0.60 1.07 1.17 0.77
C8 0.02 0.02 0.21 0.46 0.01 0.41 0.01 0.64 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.38 0.28 0.28 1.19 1.58 1.48 1.33
N1 0.04 0.01 0.31 0.48 0.01 0.51 0.01 0.94 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.48 0.34 0.40 0.81 1.20 1.43 1.08
N3 0.05 0.01 0.40 0.52 0.01 0.64 0.01 1.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.48 0.43 0.52 0.93 1.18 1.38 1.14
N6 0.02 0.01 0.13 0.43 0.01 0.23 0.01 0.43 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.45 0.26 0.16 0.67 1.21 1.29 0.86
N7 0.02 0.02 0.13 0.45 0.01 0.30 0.00 0.49 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.41 0.27 0.16 1.07 1.58 1.52 1.27
N9 0.01 0.02 0.03 0.25 0.01 0.11 0.01 0.17 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.23 0.16 0.02 0.58 0.91 0.80 0.62
O2' 0.02 0.52 0.01 0.02 0.34 0.32 0.38 0.11 0.43 0.38 0.48 0.48 0.45 0.41 0.23 0.00 0.08 0.23 0.45 0.76 0.72 0.54
O3' 0.35 0.44 0.04 0.01 0.23 0.04 0.19 0.23 0.24 0.28 0.34 0.43 0.26 0.27 0.16 0.08 0.00 0.25 0.40 0.72 0.64 0.46
O4' 0.01 0.51 0.02 0.02 0.27 0.01 0.12 0.02 0.23 0.28 0.40 0.52 0.16 0.16 0.02 0.23 0.25 0.00 0.29 0.53 0.47 0.33
O5' 0.38 1.05 0.55 0.35 0.50 0.02 0.62 0.01 0.60 1.19 0.81 0.93 0.67 1.07 0.58 0.45 0.40 0.29 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.63 1.39 0.79 0.58 0.85 0.34 1.08 0.40 1.07 1.58 1.20 1.18 1.21 1.58 0.91 0.76 0.72 0.53 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.52 1.65 0.69 0.48 0.89 0.33 1.07 0.40 1.17 1.48 1.43 1.38 1.29 1.52 0.80 0.72 0.64 0.47 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.39 1.35 0.59 0.35 0.60 0.11 0.74 0.02 0.77 1.33 1.08 1.14 0.86 1.27 0.62 0.54 0.46 0.33 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 1.62 1.20 1.38 1.68 0.97 2.15 1.14 2.40 1.12 1.80 1.16 1.79 1.01 1.68 1.41 1.44 1.68 2.16 2.38 1.43 2.85 2.51 2.58
C2 1.16 0.78 1.09 1.13 0.73 1.40 0.56 1.48 0.56 0.93 0.66 0.99 0.86 0.80 0.94 1.24 1.28 1.45 1.36 0.81 1.76 1.66 1.49
C2' 1.48 1.06 1.28 1.69 0.79 2.17 1.10 2.53 1.12 1.78 1.07 1.68 0.81 1.72 1.27 1.35 1.75 2.09 2.58 1.51 3.04 2.83 2.83
C3' 1.87 1.00 1.70 2.18 0.99 2.69 1.21 3.06 1.07 2.09 0.96 1.67 0.89 1.93 1.59 1.77 2.31 2.53 3.06 1.47 3.52 3.36 3.36
C4 0.99 0.81 0.83 0.97 0.51 1.29 0.63 1.43 0.70 1.08 0.82 1.17 0.60 0.99 0.83 0.93 1.06 1.36 1.41 0.90 1.84 1.58 1.52
C4' 2.27 1.22 2.09 2.50 1.28 3.02 1.32 3.30 1.09 2.28 1.06 1.88 1.23 2.02 1.90 2.23 2.64 2.89 3.21 1.43 3.67 3.37 3.44
C5 1.15 0.64 1.13 1.19 0.64 1.33 0.62 1.42 0.61 1.11 0.70 0.91 0.58 0.93 0.98 1.24 1.28 1.37 1.42 0.80 1.71 1.51 1.43
C5' 2.49 1.28 2.39 2.76 1.38 3.27 1.35 3.51 1.09 2.32 1.08 1.92 1.36 2.02 2.02 2.63 2.99 3.10 3.37 1.43 3.80 3.50 3.56
C6 1.11 0.57 1.21 1.23 0.71 1.26 0.63 1.36 0.57 0.99 0.56 0.76 0.67 0.84 0.96 1.35 1.36 1.25 1.38 0.78 1.62 1.59 1.40
C8 1.79 0.95 1.66 1.80 1.03 2.10 1.01 2.22 0.90 1.71 0.97 1.38 0.93 1.46 1.51 1.75 1.80 2.12 2.17 1.15 2.43 2.08 2.17
N1 1.13 0.63 1.19 1.22 0.77 1.34 0.66 1.48 0.53 1.01 0.52 0.79 0.76 0.87 0.99 1.32 1.35 1.35 1.47 0.72 1.77 1.78 1.57
N3 1.01 0.94 0.85 0.95 0.57 1.30 0.57 1.40 0.71 0.92 0.84 1.25 0.85 0.88 0.77 1.03 1.12 1.37 1.29 0.97 1.80 1.59 1.47
N6 1.46 0.83 1.66 1.66 0.98 1.59 0.89 1.65 0.84 1.26 0.74 1.06 0.99 1.11 1.25 1.86 1.83 1.51 1.68 1.13 1.79 1.84 1.66
N7 1.68 0.85 1.65 1.70 0.96 1.88 0.88 1.92 0.79 1.50 0.87 1.17 0.90 1.25 1.40 1.78 1.75 1.89 1.86 1.03 2.05 1.77 1.81
N9 1.42 0.99 1.22 1.42 0.82 1.79 0.94 1.97 0.92 1.53 0.99 1.47 0.80 1.39 1.23 1.27 1.42 1.84 1.95 1.16 2.34 2.01 2.06
O2' 1.41 1.27 1.28 1.71 0.91 2.16 1.27 2.62 1.37 1.82 1.31 1.86 0.99 1.85 1.26 1.34 1.75 2.02 2.75 1.80 3.36 3.15 3.12
O3' 2.10 1.00 1.97 2.56 1.25 3.06 1.49 3.56 1.26 2.41 0.98 1.60 1.02 2.25 1.86 1.95 2.68 2.81 3.59 1.65 4.14 4.01 4.00
O4' 2.22 1.36 2.00 2.27 1.38 2.74 1.38 2.92 1.18 2.19 1.20 1.96 1.37 1.95 1.91 2.10 2.33 2.71 2.83 1.44 3.24 2.87 2.97
O5' 2.54 1.42 2.46 2.75 1.47 3.20 1.35 3.37 1.13 2.24 1.21 2.00 1.50 1.93 2.04 2.76 3.01 3.02 3.17 1.39 3.58 3.27 3.33
OP1 3.18 1.68 3.20 3.49 2.02 3.88 1.77 4.00 1.36 2.72 1.36 2.09 2.00 2.32 2.61 3.51 3.78 3.60 3.77 1.45 4.16 3.77 3.89
OP2 2.58 1.73 2.75 2.95 1.52 3.27 1.37 3.41 1.42 2.05 1.63 2.29 1.71 1.78 1.98 3.23 3.30 2.95 3.16 1.74 3.60 3.31 3.33
P 2.70 1.47 2.73 2.98 1.54 3.38 1.37 3.52 1.16 2.26 1.27 2.03 1.60 1.93 2.12 3.12 3.30 3.13 3.28 1.44 3.69 3.37 3.43

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.08 0.03 0.02 0.04 0.06 0.05 0.02 0.01 0.02 0.27 0.01 0.24 0.03 0.56 0.43 0.31
C2 0.05 0.00 0.40 0.52 0.01 0.47 0.01 0.84 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.33 0.48 0.41 1.13 0.02 1.46 1.66 1.38
C2' 0.01 0.40 0.00 0.01 0.21 0.02 0.11 0.17 0.19 0.19 0.31 0.48 0.39 0.11 0.04 0.01 0.04 0.02 0.42 0.15 0.64 0.55 0.46
C3' 0.02 0.52 0.01 0.00 0.32 0.01 0.34 0.03 0.39 0.40 0.45 0.63 0.49 0.40 0.22 0.02 0.01 0.03 0.30 0.40 0.47 0.33 0.28
C4 0.03 0.01 0.21 0.32 0.00 0.20 0.01 0.37 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.18 0.25 0.21 0.60 0.01 0.91 0.90 0.69
C4' 0.02 0.47 0.02 0.01 0.20 0.00 0.13 0.01 0.18 0.36 0.33 0.61 0.45 0.29 0.10 0.27 0.04 0.01 0.02 0.16 0.27 0.30 0.10
C5 0.02 0.01 0.11 0.34 0.01 0.13 0.00 0.28 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.26 0.24 0.09 0.60 0.01 1.02 0.97 0.70
C5' 0.08 0.84 0.17 0.03 0.37 0.01 0.28 0.00 0.38 0.57 0.63 1.10 0.77 0.48 0.19 0.12 0.19 0.02 0.01 0.35 0.30 0.38 0.02
C6 0.03 0.01 0.19 0.39 0.01 0.18 0.01 0.38 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.26 0.30 0.17 0.69 0.01 1.11 1.15 0.84
C8 0.02 0.01 0.19 0.40 0.01 0.36 0.01 0.57 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.39 0.27 0.24 0.86 0.02 1.23 1.10 0.96
N1 0.04 0.01 0.31 0.45 0.01 0.33 0.01 0.63 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.26 0.40 0.31 0.92 0.01 1.30 1.45 1.14
N2 0.06 0.01 0.48 0.63 0.02 0.61 0.02 1.10 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.44 0.62 0.50 1.44 0.02 1.88 2.14 1.81
N3 0.05 0.01 0.39 0.49 0.01 0.45 0.01 0.77 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.31 0.44 0.41 1.03 0.01 1.25 1.38 1.18
N7 0.02 0.01 0.11 0.40 0.01 0.29 0.00 0.48 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.38 0.28 0.13 0.82 0.02 1.27 1.19 0.96
N9 0.01 0.02 0.04 0.22 0.01 0.10 0.01 0.19 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.19 0.15 0.02 0.44 0.02 0.79 0.64 0.49
O2' 0.02 0.33 0.01 0.02 0.18 0.27 0.26 0.12 0.26 0.39 0.26 0.44 0.31 0.38 0.19 0.00 0.07 0.19 0.28 0.30 0.55 0.53 0.36
O3' 0.27 0.48 0.04 0.01 0.25 0.04 0.24 0.19 0.30 0.27 0.40 0.62 0.44 0.28 0.15 0.07 0.00 0.18 0.30 0.32 0.61 0.41 0.32
O4' 0.01 0.41 0.02 0.03 0.21 0.01 0.09 0.02 0.17 0.24 0.31 0.50 0.41 0.13 0.02 0.19 0.18 0.00 0.20 0.12 0.49 0.45 0.30
O5' 0.24 1.13 0.42 0.30 0.60 0.02 0.60 0.01 0.69 0.86 0.92 1.44 1.03 0.82 0.44 0.28 0.30 0.20 0.00 0.70 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.15 0.40 0.01 0.16 0.01 0.35 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.30 0.32 0.12 0.70 0.00 1.17 1.20 0.86
OP1 0.56 1.46 0.64 0.47 0.91 0.27 1.02 0.30 1.11 1.23 1.30 1.88 1.25 1.27 0.79 0.55 0.61 0.49 0.02 1.17 0.00 0.01 0.01
OP2 0.43 1.66 0.55 0.33 0.90 0.30 0.97 0.38 1.15 1.10 1.45 2.14 1.38 1.19 0.64 0.53 0.41 0.45 0.02 1.20 0.01 0.00 0.01
P 0.31 1.38 0.46 0.28 0.69 0.10 0.70 0.02 0.84 0.96 1.14 1.81 1.18 0.96 0.49 0.36 0.32 0.30 0.01 0.86 0.01 0.01 0.00