ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 18314

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 6, 6, 38, 2, 5, 9, 27, 110, 61, 44, 12, 31, 10, 1, 1, 0, 22, 40, 73,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.193, 0.374, 0.554, 0.906 max_d=0.906 avg_d=0.374 std_dev=0.180
N3 A 0, 0.346, 0.577, 0.808, 1.478 max_d=1.478 avg_d=0.577 std_dev=0.231
N1 B 0, 0.237, 0.534, 0.831, 1.196 max_d=1.196 avg_d=0.534 std_dev=0.297
C2 A 0, 0.490, 0.864, 1.238, 2.142 max_d=2.142 avg_d=0.864 std_dev=0.374
C5 A 0, 0.290, 0.675, 1.060, 1.887 max_d=1.887 avg_d=0.675 std_dev=0.385
C2 B 0, 0.486, 0.910, 1.335, 2.366 max_d=2.366 avg_d=0.910 std_dev=0.424
N9 A 0, 0.471, 0.914, 1.356, 2.060 max_d=2.060 avg_d=0.914 std_dev=0.442
N1 A 0, 0.558, 1.039, 1.521, 2.298 max_d=2.298 avg_d=1.039 std_dev=0.482
C6 A 0, 0.448, 0.948, 1.447, 2.377 max_d=2.377 avg_d=0.948 std_dev=0.500
C6 B 0, 0.532, 1.050, 1.567, 2.791 max_d=2.791 avg_d=1.050 std_dev=0.518
C1' A 0, 0.725, 1.373, 2.021, 2.736 max_d=2.736 avg_d=1.373 std_dev=0.648
C8 A 0, 0.617, 1.265, 1.913, 3.554 max_d=3.554 avg_d=1.265 std_dev=0.648
N7 A 0, 0.538, 1.189, 1.840, 3.645 max_d=3.645 avg_d=1.189 std_dev=0.651
N3 B 0, 0.662, 1.364, 2.065, 3.722 max_d=3.722 avg_d=1.364 std_dev=0.701
C5 B 0, 0.765, 1.481, 2.198, 3.831 max_d=3.831 avg_d=1.481 std_dev=0.717
C3' A 0, 1.794, 2.548, 3.303, 4.663 max_d=4.663 avg_d=2.548 std_dev=0.754
N6 A 0, 0.687, 1.491, 2.296, 3.444 max_d=3.444 avg_d=1.491 std_dev=0.804
C4 B 0, 0.725, 1.533, 2.341, 4.052 max_d=4.052 avg_d=1.533 std_dev=0.808
O2 B 0, 0.804, 1.724, 2.645, 4.438 max_d=4.438 avg_d=1.724 std_dev=0.921
C1' B 0, 0.527, 1.476, 2.424, 3.887 max_d=3.887 avg_d=1.476 std_dev=0.948
C2' B 0, 1.004, 1.966, 2.928, 4.637 max_d=4.637 avg_d=1.966 std_dev=0.962
C2' A 0, 0.706, 1.674, 2.641, 3.500 max_d=3.500 avg_d=1.674 std_dev=0.968
O3' A 0, 1.940, 2.957, 3.974, 6.014 max_d=6.014 avg_d=2.957 std_dev=1.017
O4' A 0, 1.283, 2.331, 3.379, 4.308 max_d=4.308 avg_d=2.331 std_dev=1.048
O2' A 0, 1.115, 2.255, 3.394, 4.936 max_d=4.936 avg_d=2.255 std_dev=1.139
C4' A 0, 1.689, 2.902, 4.115, 5.081 max_d=5.081 avg_d=2.902 std_dev=1.213
N4 B 0, 1.092, 2.458, 3.825, 6.568 max_d=6.568 avg_d=2.458 std_dev=1.366
O4' B 0, 0.841, 2.288, 3.735, 5.789 max_d=5.789 avg_d=2.288 std_dev=1.447
O2' B 0, 1.245, 2.694, 4.144, 7.075 max_d=7.075 avg_d=2.694 std_dev=1.449
C3' B 0, 1.307, 2.900, 4.492, 6.621 max_d=6.621 avg_d=2.900 std_dev=1.592
C5' A 0, 2.000, 3.824, 5.647, 7.191 max_d=7.191 avg_d=3.824 std_dev=1.824
O5' A 0, 1.891, 3.795, 5.700, 7.672 max_d=7.672 avg_d=3.795 std_dev=1.904
C4' B 0, 1.238, 3.194, 5.150, 7.419 max_d=7.419 avg_d=3.194 std_dev=1.956
O3' B 0, 1.964, 3.931, 5.897, 8.730 max_d=8.730 avg_d=3.931 std_dev=1.967
C5' B 0, 1.447, 3.928, 6.408, 9.090 max_d=9.090 avg_d=3.928 std_dev=2.481
O5' B 0, 1.288, 3.811, 6.333, 9.074 max_d=9.074 avg_d=3.811 std_dev=2.523
P A 0, 2.232, 4.841, 7.451, 10.702 max_d=10.702 avg_d=4.841 std_dev=2.609
OP1 A 0, 2.381, 5.141, 7.900, 12.008 max_d=12.008 avg_d=5.141 std_dev=2.759
OP2 A 0, 2.955, 5.716, 8.477, 11.875 max_d=11.875 avg_d=5.716 std_dev=2.761
P B 0, 1.662, 4.782, 7.902, 11.341 max_d=11.341 avg_d=4.782 std_dev=3.120
OP2 B 0, 2.392, 5.523, 8.654, 11.944 max_d=11.944 avg_d=5.523 std_dev=3.131
OP1 B 0, 2.155, 5.406, 8.656, 12.199 max_d=12.199 avg_d=5.406 std_dev=3.251

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.08 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.03 0.32 0.01 0.29 0.64 0.40 0.33
C2 0.04 0.00 0.45 0.73 0.02 0.63 0.01 1.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.53 0.68 0.50 1.04 1.24 1.15 1.09
C2' 0.01 0.45 0.00 0.01 0.23 0.02 0.12 0.21 0.20 0.26 0.35 0.45 0.16 0.16 0.05 0.01 0.05 0.02 0.52 0.68 0.55 0.61
C3' 0.02 0.73 0.01 0.00 0.41 0.01 0.36 0.03 0.46 0.42 0.62 0.70 0.43 0.38 0.22 0.03 0.01 0.02 0.31 0.42 0.33 0.28
C4 0.02 0.02 0.23 0.41 0.00 0.29 0.01 0.42 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.31 0.31 0.26 0.54 0.91 0.69 0.57
C4' 0.01 0.63 0.02 0.01 0.29 0.00 0.16 0.01 0.28 0.37 0.48 0.61 0.21 0.27 0.09 0.29 0.04 0.01 0.02 0.49 0.32 0.18
C5 0.02 0.01 0.12 0.36 0.01 0.16 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.33 0.21 0.11 0.57 1.03 0.94 0.64
C5' 0.08 1.00 0.21 0.03 0.42 0.01 0.25 0.00 0.44 0.58 0.78 0.92 0.34 0.44 0.14 0.10 0.24 0.02 0.01 0.36 0.39 0.02
C6 0.02 0.01 0.20 0.46 0.01 0.28 0.01 0.44 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.37 0.33 0.22 0.63 1.12 0.97 0.72
C8 0.02 0.02 0.26 0.42 0.01 0.37 0.01 0.58 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.44 0.35 0.28 0.96 1.09 1.28 0.97
N1 0.03 0.01 0.35 0.62 0.01 0.48 0.01 0.78 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.46 0.54 0.39 0.86 1.19 1.04 0.92
N3 0.04 0.00 0.45 0.70 0.01 0.61 0.01 0.92 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.51 0.63 0.51 0.93 1.12 0.97 0.95
N6 0.02 0.02 0.16 0.43 0.01 0.21 0.02 0.34 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.39 0.30 0.15 0.64 1.22 1.14 0.78
N7 0.01 0.02 0.16 0.38 0.01 0.27 0.00 0.44 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.42 0.29 0.16 0.87 1.22 1.37 0.97
N9 0.01 0.02 0.05 0.22 0.01 0.09 0.01 0.14 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.21 0.16 0.02 0.48 0.76 0.66 0.46
O2' 0.03 0.53 0.01 0.03 0.31 0.29 0.33 0.10 0.37 0.44 0.46 0.51 0.39 0.42 0.21 0.00 0.10 0.21 0.33 0.79 0.50 0.55
O3' 0.32 0.68 0.05 0.01 0.31 0.04 0.21 0.24 0.33 0.35 0.54 0.63 0.30 0.29 0.16 0.10 0.00 0.22 0.33 0.69 0.43 0.32
O4' 0.01 0.50 0.02 0.02 0.26 0.01 0.11 0.02 0.22 0.28 0.39 0.51 0.15 0.16 0.02 0.21 0.22 0.00 0.19 0.68 0.41 0.34
O5' 0.29 1.04 0.52 0.31 0.54 0.02 0.57 0.01 0.63 0.96 0.86 0.93 0.64 0.87 0.48 0.33 0.33 0.19 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.64 1.24 0.68 0.42 0.91 0.49 1.03 0.36 1.12 1.09 1.19 1.12 1.22 1.22 0.76 0.79 0.69 0.68 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.40 1.15 0.55 0.33 0.69 0.32 0.94 0.39 0.97 1.28 1.04 0.97 1.14 1.37 0.66 0.50 0.43 0.41 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.33 1.09 0.61 0.28 0.57 0.18 0.64 0.02 0.72 0.97 0.92 0.95 0.78 0.97 0.46 0.55 0.32 0.34 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.50 0.83 1.47 1.88 1.25 2.21 0.99 2.43 0.91 0.96 1.08 1.87 0.97 1.53 1.94 1.98 2.18 2.53 1.95 2.13
C2 0.82 0.89 0.74 0.81 0.55 1.12 0.63 1.45 0.70 0.68 0.89 0.67 1.18 0.87 0.87 1.10 1.53 1.72 1.92 1.64
C2' 1.67 0.82 1.69 2.16 1.00 2.45 0.94 2.72 1.11 1.12 0.86 1.57 0.99 1.70 2.21 2.17 2.54 3.01 2.38 2.62
C3' 1.73 0.87 1.75 2.26 1.17 2.54 1.17 2.80 1.20 1.16 0.90 1.79 1.09 1.82 2.41 2.22 2.67 3.18 2.59 2.81
C4 0.77 0.59 0.69 0.94 0.78 1.17 0.58 1.41 0.50 0.50 0.78 1.09 0.74 0.72 0.94 1.07 1.33 1.50 1.41 1.26
C4' 1.71 1.00 1.71 2.20 1.58 2.53 1.39 2.75 1.17 1.13 1.27 2.33 1.17 1.87 2.41 2.18 2.55 3.14 2.41 2.66
C5 0.68 0.60 0.61 0.68 0.61 0.87 0.65 1.05 0.48 0.47 0.59 0.82 0.85 0.72 0.76 0.81 0.98 1.03 1.36 0.94
C5' 1.78 1.19 1.82 2.27 1.79 2.50 1.63 2.63 1.31 1.25 1.43 2.54 1.41 2.07 2.58 2.15 2.41 2.99 2.43 2.56
C6 0.78 0.61 0.80 0.74 0.47 1.01 0.70 1.26 0.69 0.59 0.49 0.67 0.93 0.92 0.82 0.99 1.31 1.27 1.79 1.37
C8 1.34 0.96 1.21 1.45 1.00 1.63 0.93 1.63 0.77 0.95 0.86 1.41 1.26 1.34 1.59 1.50 1.27 1.41 1.24 1.11
N1 0.99 0.83 0.95 0.93 0.46 1.23 0.74 1.46 0.79 0.79 0.65 0.60 1.14 1.08 1.03 1.24 1.49 1.46 1.90 1.54
N3 0.72 0.74 0.65 0.93 0.78 1.23 0.53 1.61 0.59 0.51 0.98 1.07 0.93 0.69 0.91 1.13 1.65 1.95 1.85 1.73
N6 1.11 0.71 1.17 1.15 0.71 1.45 0.86 1.72 0.91 0.78 0.65 1.06 1.12 1.32 1.22 1.38 1.85 1.81 2.37 1.99
N7 1.05 0.88 0.92 1.04 0.83 1.19 0.86 1.19 0.65 0.75 0.79 1.11 1.22 1.08 1.20 1.12 0.96 1.09 1.34 0.95
N9 1.22 0.76 1.13 1.44 1.03 1.67 0.83 1.82 0.71 0.81 0.89 1.50 0.92 1.18 1.49 1.54 1.58 1.77 1.42 1.44
O2' 1.75 0.85 1.86 2.39 1.06 2.73 0.87 3.10 1.09 1.11 1.01 1.66 1.03 1.90 2.45 2.32 2.86 3.50 2.81 3.05
O3' 1.86 1.00 1.93 2.54 1.40 2.82 1.43 3.21 1.45 1.33 1.11 1.99 1.12 1.96 2.70 2.39 3.14 3.83 3.10 3.43
O4' 1.67 1.07 1.66 2.06 1.67 2.39 1.42 2.53 1.17 1.15 1.39 2.39 1.19 1.81 2.20 2.11 2.29 2.71 2.01 2.25
O5' 1.80 1.26 1.83 2.20 1.72 2.35 1.67 2.35 1.34 1.31 1.35 2.37 1.55 2.08 2.53 2.06 2.05 2.44 2.06 2.10
OP1 2.03 1.53 2.05 2.44 1.85 2.55 1.97 2.57 1.69 1.60 1.51 2.34 1.84 2.33 2.80 2.27 2.21 2.49 2.44 2.37
OP2 1.85 1.77 2.02 2.26 2.28 2.15 2.19 2.04 1.69 1.60 1.96 2.89 2.08 2.33 2.73 1.85 1.83 2.09 2.29 2.00
P 1.79 1.35 1.90 2.27 1.82 2.31 1.83 2.26 1.41 1.34 1.44 2.45 1.69 2.20 2.72 1.98 1.92 2.22 2.14 2.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.08 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.29 0.01 0.23 0.38 0.48 0.24
C2 0.03 0.00 0.24 0.32 0.01 0.12 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.24 0.18 0.18 0.42 0.72 0.74 0.44
C2' 0.01 0.24 0.00 0.01 0.08 0.03 0.16 0.19 0.21 0.04 0.19 0.09 0.41 0.01 0.04 0.03 0.49 0.70 0.63 0.55
C3' 0.02 0.32 0.01 0.00 0.43 0.01 0.43 0.03 0.37 0.26 0.39 0.47 0.31 0.02 0.01 0.03 0.36 0.59 0.46 0.37
C4 0.02 0.01 0.08 0.43 0.00 0.18 0.01 0.30 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.37 0.27 0.04 0.58 1.11 1.03 0.71
C4' 0.02 0.12 0.03 0.01 0.18 0.00 0.28 0.01 0.28 0.11 0.12 0.20 0.25 0.31 0.03 0.01 0.02 0.33 0.31 0.10
C5 0.02 0.01 0.16 0.43 0.01 0.28 0.00 0.44 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.46 0.34 0.16 0.69 1.21 1.10 0.83
C5' 0.08 0.20 0.19 0.03 0.30 0.01 0.44 0.00 0.41 0.17 0.23 0.34 0.36 0.15 0.21 0.02 0.01 0.39 0.40 0.02
C6 0.02 0.01 0.21 0.37 0.01 0.28 0.01 0.41 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.43 0.27 0.21 0.62 0.96 0.91 0.69
N1 0.01 0.01 0.04 0.26 0.01 0.11 0.01 0.17 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.22 0.12 0.02 0.38 0.64 0.67 0.39
N3 0.02 0.01 0.19 0.39 0.01 0.12 0.01 0.23 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.29 0.20 0.13 0.49 0.92 0.89 0.57
N4 0.02 0.02 0.09 0.47 0.01 0.20 0.01 0.34 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.41 0.33 0.05 0.63 1.26 1.15 0.81
O2 0.04 0.01 0.41 0.31 0.02 0.25 0.02 0.36 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.39 0.33 0.32 0.50 0.72 0.73 0.52
O2' 0.02 0.24 0.01 0.02 0.37 0.31 0.46 0.15 0.43 0.22 0.29 0.41 0.39 0.00 0.09 0.21 0.37 0.65 0.63 0.50
O3' 0.29 0.18 0.04 0.01 0.27 0.03 0.34 0.21 0.27 0.12 0.20 0.33 0.33 0.09 0.00 0.19 0.39 0.68 0.57 0.40
O4' 0.01 0.18 0.03 0.03 0.04 0.01 0.16 0.02 0.21 0.02 0.13 0.05 0.32 0.21 0.19 0.00 0.17 0.32 0.48 0.28
O5' 0.23 0.42 0.49 0.36 0.58 0.02 0.69 0.01 0.62 0.38 0.49 0.63 0.50 0.37 0.39 0.17 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.38 0.72 0.70 0.59 1.11 0.33 1.21 0.39 0.96 0.64 0.92 1.26 0.72 0.65 0.68 0.32 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.48 0.74 0.63 0.46 1.03 0.31 1.10 0.40 0.91 0.67 0.89 1.15 0.73 0.63 0.57 0.48 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.24 0.44 0.55 0.37 0.71 0.10 0.83 0.02 0.69 0.39 0.57 0.81 0.52 0.50 0.40 0.28 0.01 0.01 0.01 0.00