ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 18349

back

Distances from reference structure (by RMSD)

5, 11, 7, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 20,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N9 B 0, 0.110, 0.919, 1.728, 2.544 max_d=2.544 avg_d=0.919 std_dev=0.809
C4 B 0, -0.034, 0.887, 1.809, 3.120 max_d=3.120 avg_d=0.887 std_dev=0.922
N1 A 0, -0.037, 0.931, 1.899, 3.562 max_d=3.562 avg_d=0.931 std_dev=0.968
C5 B 0, -0.186, 0.903, 1.992, 4.220 max_d=4.220 avg_d=0.903 std_dev=1.089
C1' B 0, 0.090, 1.214, 2.337, 3.476 max_d=3.476 avg_d=1.214 std_dev=1.124
O4' B 0, 0.079, 1.220, 2.361, 4.241 max_d=4.241 avg_d=1.220 std_dev=1.141
C6 A 0, 0.085, 1.252, 2.420, 3.059 max_d=3.059 avg_d=1.252 std_dev=1.167
C4' B 0, -0.027, 1.178, 2.382, 4.549 max_d=4.549 avg_d=1.178 std_dev=1.204
C1' A 0, 0.008, 1.240, 2.473, 4.265 max_d=4.265 avg_d=1.240 std_dev=1.232
C3' B 0, 0.132, 1.415, 2.699, 4.526 max_d=4.526 avg_d=1.415 std_dev=1.283
C8 B 0, 0.209, 1.506, 2.802, 3.585 max_d=3.585 avg_d=1.506 std_dev=1.297
C2 A 0, -0.007, 1.372, 2.751, 4.862 max_d=4.862 avg_d=1.372 std_dev=1.379
C5' B 0, 0.142, 1.529, 2.916, 6.305 max_d=6.305 avg_d=1.529 std_dev=1.387
N7 B 0, 0.190, 1.582, 2.974, 4.392 max_d=4.392 avg_d=1.582 std_dev=1.392
C2' B 0, 0.169, 1.590, 3.011, 4.315 max_d=4.315 avg_d=1.590 std_dev=1.421
C6 B 0, -0.133, 1.307, 2.746, 5.305 max_d=5.305 avg_d=1.307 std_dev=1.440
O5' B 0, 0.191, 1.724, 3.256, 6.909 max_d=6.909 avg_d=1.724 std_dev=1.533
C5 A 0, 0.036, 1.686, 3.336, 4.277 max_d=4.277 avg_d=1.686 std_dev=1.650
N3 B 0, -0.056, 1.602, 3.260, 4.035 max_d=4.035 avg_d=1.602 std_dev=1.658
O3' B 0, -0.019, 1.700, 3.419, 5.869 max_d=5.869 avg_d=1.700 std_dev=1.719
C2' A 0, 0.002, 1.752, 3.501, 4.354 max_d=4.354 avg_d=1.752 std_dev=1.749
N3 A 0, -0.046, 1.747, 3.540, 4.382 max_d=4.382 avg_d=1.747 std_dev=1.793
O2 A 0, 0.038, 1.853, 3.668, 6.869 max_d=6.869 avg_d=1.853 std_dev=1.815
O6 B 0, -0.267, 1.594, 3.454, 6.344 max_d=6.344 avg_d=1.594 std_dev=1.861
O4' A 0, 0.025, 1.896, 3.768, 4.796 max_d=4.796 avg_d=1.896 std_dev=1.871
N1 B 0, -0.090, 1.797, 3.684, 5.335 max_d=5.335 avg_d=1.797 std_dev=1.887
C4 A 0, -0.106, 1.862, 3.829, 4.912 max_d=4.912 avg_d=1.862 std_dev=1.968
O2' A 0, 0.181, 2.239, 4.298, 5.550 max_d=5.550 avg_d=2.239 std_dev=2.058
C2 B 0, -0.123, 2.009, 4.142, 5.183 max_d=5.183 avg_d=2.009 std_dev=2.132
P B 0, 0.147, 2.407, 4.666, 7.022 max_d=7.022 avg_d=2.407 std_dev=2.259
O2' B 0, 0.076, 2.380, 4.685, 6.297 max_d=6.297 avg_d=2.380 std_dev=2.304
C3' A 0, -0.212, 2.305, 4.822, 6.252 max_d=6.252 avg_d=2.305 std_dev=2.517
C4' A 0, -0.055, 2.500, 5.055, 6.327 max_d=6.327 avg_d=2.500 std_dev=2.555
OP2 B 0, 0.268, 2.848, 5.427, 8.817 max_d=8.817 avg_d=2.848 std_dev=2.580
O4 A 0, -0.152, 2.486, 5.123, 6.473 max_d=6.473 avg_d=2.486 std_dev=2.637
OP1 B 0, 0.152, 2.832, 5.511, 8.821 max_d=8.821 avg_d=2.832 std_dev=2.679
N2 B 0, -0.140, 2.914, 5.969, 7.594 max_d=7.594 avg_d=2.914 std_dev=3.054
O3' A 0, -0.095, 2.986, 6.066, 8.082 max_d=8.082 avg_d=2.986 std_dev=3.081
C5' A 0, -0.039, 3.241, 6.520, 8.174 max_d=8.174 avg_d=3.241 std_dev=3.279
O5' A 0, 0.110, 3.892, 7.674, 9.451 max_d=9.451 avg_d=3.892 std_dev=3.782
P A 0, 0.064, 5.066, 10.068, 12.541 max_d=12.541 avg_d=5.066 std_dev=5.002
OP2 A 0, 0.384, 5.449, 10.514, 13.295 max_d=13.295 avg_d=5.449 std_dev=5.065
OP1 A 0, 0.270, 5.862, 11.454, 14.185 max_d=14.185 avg_d=5.862 std_dev=5.592

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.03 0.04 0.01 0.02 0.09 0.02 0.02 0.04 0.07 0.03 0.33 0.05 0.01 0.25 0.36 0.46 0.24
C2 0.04 0.00 0.21 0.27 0.02 0.18 0.02 0.35 0.01 0.01 0.01 0.01 0.28 0.26 0.03 0.18 0.75 0.94 1.14 0.92
C2' 0.01 0.21 0.00 0.01 0.07 0.02 0.21 0.21 0.26 0.04 0.15 0.40 0.01 0.03 0.08 0.02 0.33 0.43 0.53 0.30
C3' 0.03 0.27 0.01 0.00 0.37 0.01 0.43 0.02 0.40 0.23 0.32 0.34 0.03 0.01 0.39 0.04 0.31 0.67 0.54 0.41
C4 0.04 0.02 0.07 0.37 0.00 0.16 0.01 0.31 0.01 0.03 0.01 0.03 0.39 0.19 0.01 0.05 0.79 1.11 1.38 1.11
C4' 0.01 0.18 0.02 0.01 0.16 0.00 0.21 0.01 0.22 0.09 0.17 0.30 0.35 0.03 0.17 0.01 0.02 0.36 0.30 0.18
C5 0.02 0.02 0.21 0.43 0.01 0.21 0.00 0.33 0.01 0.02 0.01 0.03 0.46 0.34 0.01 0.14 0.69 0.91 1.22 0.95
C5' 0.09 0.35 0.21 0.02 0.31 0.01 0.33 0.00 0.32 0.18 0.36 0.52 0.15 0.25 0.34 0.02 0.01 0.36 0.35 0.02
C6 0.02 0.01 0.26 0.40 0.01 0.22 0.01 0.32 0.00 0.01 0.01 0.02 0.42 0.31 0.02 0.19 0.58 0.68 0.94 0.71
N1 0.02 0.01 0.04 0.23 0.03 0.09 0.02 0.18 0.01 0.00 0.02 0.02 0.22 0.14 0.03 0.02 0.52 0.62 0.83 0.62
N3 0.04 0.01 0.15 0.32 0.01 0.17 0.01 0.36 0.01 0.02 0.00 0.02 0.32 0.17 0.03 0.13 0.84 1.13 1.37 1.11
O2 0.07 0.01 0.40 0.34 0.03 0.30 0.03 0.52 0.02 0.02 0.02 0.00 0.44 0.50 0.04 0.31 0.88 1.06 1.22 1.01
O2' 0.03 0.28 0.01 0.03 0.39 0.35 0.46 0.15 0.42 0.22 0.32 0.44 0.00 0.06 0.42 0.23 0.40 0.67 0.64 0.56
O3' 0.33 0.26 0.03 0.01 0.19 0.03 0.34 0.25 0.31 0.14 0.17 0.50 0.06 0.00 0.21 0.23 0.33 1.04 0.61 0.70
O4 0.05 0.03 0.08 0.39 0.01 0.17 0.01 0.34 0.02 0.03 0.03 0.04 0.42 0.21 0.00 0.05 0.86 1.26 1.53 1.25
O4' 0.01 0.18 0.02 0.04 0.05 0.01 0.14 0.02 0.19 0.02 0.13 0.31 0.23 0.23 0.05 0.00 0.25 0.36 0.39 0.25
O5' 0.25 0.75 0.33 0.31 0.79 0.02 0.69 0.01 0.58 0.52 0.84 0.88 0.40 0.33 0.86 0.25 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.36 0.94 0.43 0.67 1.11 0.36 0.91 0.36 0.68 0.62 1.13 1.06 0.67 1.04 1.26 0.36 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.46 1.14 0.53 0.54 1.38 0.30 1.22 0.35 0.94 0.83 1.37 1.22 0.64 0.61 1.53 0.39 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.24 0.92 0.30 0.41 1.11 0.18 0.95 0.02 0.71 0.62 1.11 1.01 0.56 0.70 1.25 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.93 2.56 1.05 0.70 1.67 0.56 1.89 0.69 2.18 1.77 2.44 3.22 2.12 2.03 1.32 0.97 0.71 0.82 0.43 2.33 0.76 0.89 0.41
C2 1.41 3.30 2.08 1.67 2.24 0.83 2.23 0.57 2.69 1.48 3.12 3.93 2.89 1.91 1.59 2.21 1.60 0.82 0.74 2.79 0.78 0.92 0.37
C2' 1.39 1.97 0.92 1.01 1.45 1.57 1.83 1.73 1.91 2.29 1.97 2.62 1.53 2.33 1.60 0.90 1.29 1.71 1.23 2.13 1.23 0.77 1.11
C3' 1.30 1.89 0.96 1.19 1.17 1.66 1.52 1.73 1.66 2.05 1.85 2.65 1.37 2.03 1.37 1.10 1.66 1.60 1.17 1.88 1.01 1.04 1.01
C4 2.30 3.85 3.12 2.58 2.81 1.72 2.48 1.20 2.86 1.57 3.47 4.44 3.59 1.84 2.20 3.42 2.53 1.62 1.33 2.71 0.85 1.04 0.67
C4' 1.03 2.12 0.94 0.95 1.29 1.07 1.53 1.03 1.72 1.83 1.98 2.86 1.67 1.90 1.23 0.97 1.41 1.07 0.66 1.89 0.73 1.02 0.56
C5 2.01 3.62 2.70 2.17 2.53 1.51 2.17 1.10 2.50 1.38 3.16 4.28 3.38 1.62 1.92 2.84 2.01 1.47 1.28 2.31 0.86 1.07 0.70
C5' 1.07 1.99 1.13 1.29 1.09 1.21 1.20 1.08 1.35 1.65 1.74 2.79 1.59 1.62 1.11 1.23 1.84 1.06 0.68 1.45 0.97 0.87 0.52
C6 1.35 3.11 1.91 1.45 2.00 0.88 1.83 0.64 2.16 1.34 2.73 3.84 2.78 1.61 1.43 1.94 1.27 0.91 0.83 2.08 0.84 0.97 0.47
N1 1.14 2.98 1.66 1.25 1.93 0.59 1.96 0.47 2.33 1.48 2.75 3.67 2.59 1.83 1.37 1.68 1.12 0.69 0.59 2.38 0.79 0.91 0.34
N3 1.92 3.64 2.72 2.26 2.58 1.34 2.41 0.89 2.86 1.49 3.39 4.25 3.30 1.88 1.93 3.00 2.24 1.22 1.06 2.86 0.81 0.97 0.51
O2 1.30 3.27 1.90 1.51 2.23 0.68 2.33 0.53 2.84 1.56 3.21 3.88 2.81 2.03 1.58 2.01 1.47 0.75 0.64 3.02 0.76 0.90 0.35
O2' 2.03 2.00 1.39 1.41 1.95 2.06 2.38 2.12 2.36 2.89 2.17 2.40 1.71 2.93 2.22 1.40 1.54 2.36 1.64 2.61 1.30 0.97 1.44
O3' 1.72 1.90 1.36 1.58 1.43 2.07 1.83 2.07 1.94 2.40 1.99 2.58 1.40 2.36 1.74 1.52 2.01 2.02 1.67 2.22 1.44 1.59 1.66
O4 2.82 4.15 3.69 3.06 3.22 2.15 2.81 1.49 3.14 1.90 3.76 4.66 3.96 2.07 2.65 4.17 3.12 2.05 1.54 2.93 0.86 1.07 0.78
O4' 0.98 2.61 1.19 0.90 1.67 0.55 1.76 0.48 2.04 1.62 2.41 3.32 2.22 1.85 1.28 1.07 0.92 0.72 0.52 2.13 0.83 1.11 0.44
O5' 1.40 2.19 1.53 1.52 1.49 1.22 1.55 0.93 1.65 1.86 1.95 2.87 1.89 1.86 1.46 1.56 1.93 1.22 0.83 1.72 0.92 0.97 0.63
OP1 1.93 2.54 2.09 1.96 1.89 1.62 1.80 1.25 1.87 2.08 2.26 3.21 2.28 1.99 1.87 2.25 2.37 1.70 1.14 1.82 1.00 1.12 0.95
OP2 1.73 1.82 1.87 1.90 1.60 1.55 1.79 1.20 1.73 2.25 1.71 2.31 1.66 2.24 1.78 2.08 2.53 1.52 1.04 1.89 0.78 1.04 0.76
P 1.76 2.00 1.88 1.91 1.59 1.56 1.68 1.16 1.63 2.16 1.79 2.62 1.80 2.10 1.75 2.05 2.48 1.56 0.94 1.71 0.77 0.78 0.55

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.10 0.03 0.02 0.04 0.06 0.05 0.02 0.01 0.02 0.32 0.01 0.16 0.03 0.30 0.31 0.19
C2 0.05 0.00 0.37 0.37 0.01 0.50 0.02 0.98 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.33 0.33 0.45 1.37 0.02 1.63 2.08 1.75
C2' 0.01 0.37 0.00 0.01 0.19 0.02 0.10 0.20 0.17 0.18 0.29 0.44 0.36 0.11 0.03 0.01 0.04 0.02 0.47 0.14 0.47 0.56 0.47
C3' 0.02 0.37 0.01 0.00 0.22 0.01 0.33 0.02 0.31 0.53 0.29 0.50 0.36 0.52 0.26 0.02 0.01 0.03 0.28 0.37 0.33 0.29 0.23
C4 0.03 0.01 0.19 0.22 0.00 0.16 0.01 0.37 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.28 0.17 0.23 0.52 0.02 0.61 0.77 0.60
C4' 0.01 0.50 0.02 0.01 0.16 0.00 0.11 0.01 0.10 0.46 0.31 0.68 0.49 0.38 0.12 0.32 0.03 0.01 0.02 0.11 0.18 0.29 0.13
C5 0.02 0.02 0.10 0.33 0.01 0.11 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.38 0.18 0.08 0.34 0.02 0.56 0.55 0.30
C5' 0.10 0.98 0.20 0.02 0.37 0.01 0.25 0.00 0.30 0.76 0.66 1.33 0.92 0.65 0.22 0.13 0.22 0.02 0.01 0.27 0.24 0.28 0.02
C6 0.03 0.01 0.17 0.31 0.01 0.10 0.01 0.30 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.40 0.24 0.17 0.43 0.01 0.62 0.76 0.50
C8 0.02 0.02 0.18 0.53 0.01 0.46 0.01 0.76 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.38 0.19 0.29 1.01 0.03 1.22 1.20 1.08
N1 0.04 0.01 0.29 0.29 0.02 0.31 0.01 0.66 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.36 0.28 0.33 0.93 0.02 1.16 1.51 1.22
N2 0.06 0.01 0.44 0.50 0.02 0.68 0.02 1.33 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.37 0.41 0.55 1.87 0.03 2.35 2.92 2.44
N3 0.05 0.01 0.36 0.36 0.01 0.49 0.01 0.92 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.29 0.31 0.45 1.29 0.02 1.40 1.74 1.53
N7 0.02 0.02 0.11 0.52 0.01 0.38 0.00 0.65 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.43 0.22 0.18 0.88 0.03 1.17 1.15 0.97
N9 0.01 0.02 0.03 0.26 0.01 0.12 0.01 0.22 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.23 0.09 0.02 0.28 0.03 0.47 0.42 0.26
O2' 0.02 0.33 0.01 0.02 0.28 0.32 0.38 0.13 0.40 0.38 0.36 0.37 0.29 0.43 0.23 0.00 0.08 0.22 0.31 0.45 0.35 0.57 0.36
O3' 0.32 0.33 0.04 0.01 0.17 0.03 0.18 0.22 0.24 0.19 0.28 0.41 0.31 0.22 0.09 0.08 0.00 0.22 0.31 0.27 0.53 0.45 0.35
O4' 0.01 0.45 0.02 0.03 0.23 0.01 0.08 0.02 0.17 0.29 0.33 0.55 0.45 0.18 0.02 0.22 0.22 0.00 0.19 0.11 0.26 0.30 0.17
O5' 0.16 1.37 0.47 0.28 0.52 0.02 0.34 0.01 0.43 1.01 0.93 1.87 1.29 0.88 0.28 0.31 0.31 0.19 0.00 0.38 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.14 0.37 0.02 0.11 0.02 0.27 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.45 0.27 0.11 0.38 0.00 0.63 0.66 0.36
OP1 0.30 1.63 0.47 0.33 0.61 0.18 0.56 0.24 0.62 1.22 1.16 2.35 1.40 1.17 0.47 0.35 0.53 0.26 0.02 0.63 0.00 0.01 0.01
OP2 0.31 2.08 0.56 0.29 0.77 0.29 0.55 0.28 0.76 1.20 1.51 2.92 1.74 1.15 0.42 0.57 0.45 0.30 0.02 0.66 0.01 0.00 0.01
P 0.19 1.75 0.47 0.23 0.60 0.13 0.30 0.02 0.50 1.08 1.22 2.44 1.53 0.97 0.26 0.36 0.35 0.17 0.01 0.36 0.01 0.01 0.00