ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 18953

back

Distances from reference structure (by RMSD)

43, 22, 12, 21, 43, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.016, 0.088, 0.160, 0.327 max_d=0.327 avg_d=0.088 std_dev=0.072
N1 B 0, 0.039, 0.112, 0.185, 0.302 max_d=0.302 avg_d=0.112 std_dev=0.073
C6 A 0, 0.058, 0.170, 0.281, 0.525 max_d=0.525 avg_d=0.170 std_dev=0.111
C5 A 0, 0.071, 0.203, 0.335, 0.608 max_d=0.608 avg_d=0.203 std_dev=0.132
C4 B 0, 0.047, 0.194, 0.340, 0.602 max_d=0.602 avg_d=0.194 std_dev=0.146
N3 B 0, 0.081, 0.231, 0.380, 0.662 max_d=0.662 avg_d=0.231 std_dev=0.150
C2 A 0, 0.039, 0.192, 0.345, 0.520 max_d=0.520 avg_d=0.192 std_dev=0.153
C4 A 0, 0.109, 0.266, 0.423, 0.536 max_d=0.536 avg_d=0.266 std_dev=0.157
C1' A 0, 0.086, 0.251, 0.417, 0.594 max_d=0.594 avg_d=0.251 std_dev=0.166
C6 B 0, 0.065, 0.249, 0.433, 0.570 max_d=0.570 avg_d=0.249 std_dev=0.184
N3 A 0, 0.087, 0.292, 0.497, 0.709 max_d=0.709 avg_d=0.292 std_dev=0.205
C2 B 0, 0.062, 0.270, 0.478, 0.599 max_d=0.599 avg_d=0.270 std_dev=0.208
N4 B 0, 0.098, 0.309, 0.520, 0.830 max_d=0.830 avg_d=0.309 std_dev=0.211
C1' B 0, 0.054, 0.266, 0.478, 0.615 max_d=0.615 avg_d=0.266 std_dev=0.212
N4 A 0, 0.175, 0.394, 0.613, 0.790 max_d=0.790 avg_d=0.394 std_dev=0.219
O2 A 0, 0.080, 0.317, 0.553, 0.844 max_d=0.844 avg_d=0.317 std_dev=0.237
O4' B 0, 0.102, 0.369, 0.635, 1.000 max_d=1.000 avg_d=0.369 std_dev=0.266
C5 B 0, 0.052, 0.334, 0.616, 0.805 max_d=0.805 avg_d=0.334 std_dev=0.282
P A 0, 0.101, 0.452, 0.804, 1.606 max_d=1.606 avg_d=0.452 std_dev=0.352
C2' B 0, 0.039, 0.393, 0.748, 1.027 max_d=1.027 avg_d=0.393 std_dev=0.355
O2' A 0, 0.144, 0.502, 0.859, 1.190 max_d=1.190 avg_d=0.502 std_dev=0.357
C4' B 0, 0.107, 0.478, 0.850, 1.233 max_d=1.233 avg_d=0.478 std_dev=0.371
O5' A 0, 0.169, 0.557, 0.946, 1.657 max_d=1.657 avg_d=0.557 std_dev=0.389
O5' B 0, 0.039, 0.439, 0.838, 2.069 max_d=2.069 avg_d=0.439 std_dev=0.399
C3' B 0, 0.095, 0.495, 0.895, 1.119 max_d=1.119 avg_d=0.495 std_dev=0.400
OP1 B 0, 0.138, 0.540, 0.943, 2.294 max_d=2.294 avg_d=0.540 std_dev=0.403
O2 B 0, 0.090, 0.499, 0.908, 1.171 max_d=1.171 avg_d=0.499 std_dev=0.409
P B 0, 0.126, 0.542, 0.957, 2.301 max_d=2.301 avg_d=0.542 std_dev=0.415
C5' B 0, 0.110, 0.530, 0.950, 1.868 max_d=1.868 avg_d=0.530 std_dev=0.420
O4' A 0, 0.081, 0.553, 1.025, 1.372 max_d=1.372 avg_d=0.553 std_dev=0.472
C2' A 0, 0.033, 0.528, 1.022, 1.520 max_d=1.520 avg_d=0.528 std_dev=0.495
O2' B 0, 0.047, 0.570, 1.093, 1.544 max_d=1.544 avg_d=0.570 std_dev=0.523
OP2 B 0, 0.178, 0.733, 1.287, 2.196 max_d=2.196 avg_d=0.733 std_dev=0.554
O3' B 0, 0.105, 0.742, 1.380, 1.745 max_d=1.745 avg_d=0.742 std_dev=0.637
C5' A 0, 0.113, 0.904, 1.695, 2.445 max_d=2.445 avg_d=0.904 std_dev=0.791
C4' A 0, 0.038, 0.857, 1.677, 2.319 max_d=2.319 avg_d=0.857 std_dev=0.820
OP2 A 0, 0.136, 1.049, 1.961, 2.533 max_d=2.533 avg_d=1.049 std_dev=0.912
C3' A 0, -0.048, 0.934, 1.915, 2.596 max_d=2.596 avg_d=0.934 std_dev=0.982
OP1 A 0, 0.064, 1.295, 2.526, 3.339 max_d=3.339 avg_d=1.295 std_dev=1.231
O3' A 0, -0.159, 1.444, 3.046, 4.080 max_d=4.080 avg_d=1.444 std_dev=1.602

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.10 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.32 0.01 0.20 0.67 0.12 0.25
C2 0.02 0.00 0.13 0.24 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.26 0.16 0.05 0.15 0.96 0.43 0.25
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.08 0.02 0.04 0.23 0.05 0.04 0.13 0.10 0.17 0.00 0.03 0.01 0.53 0.72 0.40 0.59
C3' 0.01 0.24 0.00 0.00 0.43 0.01 0.45 0.02 0.39 0.25 0.34 0.47 0.12 0.02 0.01 0.03 0.10 0.13 0.15 0.10
C4 0.02 0.01 0.08 0.43 0.00 0.13 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.29 0.19 0.04 0.20 1.12 0.80 0.20
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.13 0.00 0.16 0.01 0.15 0.08 0.09 0.14 0.05 0.31 0.02 0.01 0.02 0.09 0.20 0.02
C5 0.02 0.01 0.04 0.45 0.01 0.16 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.26 0.28 0.04 0.24 1.13 0.82 0.19
C5' 0.10 0.08 0.23 0.02 0.11 0.01 0.13 0.00 0.11 0.08 0.09 0.13 0.10 0.10 0.23 0.02 0.01 0.17 0.39 0.01
C6 0.02 0.01 0.05 0.39 0.01 0.15 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.21 0.20 0.05 0.18 1.02 0.56 0.19
N1 0.01 0.01 0.04 0.25 0.01 0.08 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.19 0.07 0.02 0.13 0.90 0.36 0.23
N3 0.02 0.00 0.13 0.34 0.00 0.09 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.29 0.08 0.05 0.15 1.06 0.63 0.23
N4 0.02 0.01 0.10 0.47 0.01 0.14 0.01 0.13 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.30 0.26 0.05 0.24 1.15 0.95 0.21
O2 0.04 0.01 0.17 0.12 0.01 0.05 0.01 0.10 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.25 0.37 0.07 0.19 0.88 0.31 0.28
O2' 0.02 0.26 0.00 0.02 0.29 0.31 0.26 0.10 0.21 0.19 0.29 0.30 0.25 0.00 0.06 0.21 0.39 0.54 0.35 0.48
O3' 0.32 0.16 0.03 0.01 0.19 0.02 0.28 0.23 0.20 0.07 0.08 0.26 0.37 0.06 0.00 0.23 0.20 0.50 0.20 0.27
O4' 0.01 0.05 0.01 0.03 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.02 0.05 0.05 0.07 0.21 0.23 0.00 0.11 0.41 0.15 0.11
O5' 0.20 0.15 0.53 0.10 0.20 0.02 0.24 0.01 0.18 0.13 0.15 0.24 0.19 0.39 0.20 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.67 0.96 0.72 0.13 1.12 0.09 1.13 0.17 1.02 0.90 1.06 1.15 0.88 0.54 0.50 0.41 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 0.43 0.40 0.15 0.80 0.20 0.82 0.39 0.56 0.36 0.63 0.95 0.31 0.35 0.20 0.15 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.25 0.25 0.59 0.10 0.20 0.02 0.19 0.01 0.19 0.23 0.23 0.21 0.28 0.48 0.27 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 0.24 0.17 0.18 0.33 0.18 0.26 0.17 0.20 0.19 0.32 0.41 0.25 0.25 0.31 0.24 0.22 0.24 0.16 0.21
C2 0.20 0.13 0.31 0.34 0.16 0.25 0.13 0.24 0.14 0.14 0.17 0.21 0.16 0.37 0.48 0.25 0.23 0.25 0.20 0.20
C2' 0.26 0.25 0.29 0.30 0.38 0.32 0.31 0.31 0.23 0.21 0.35 0.49 0.25 0.44 0.45 0.33 0.27 0.30 0.18 0.24
C3' 0.62 0.48 0.60 0.61 0.40 0.70 0.40 0.70 0.45 0.51 0.42 0.41 0.55 0.70 0.67 0.71 0.63 0.65 0.50 0.59
C4 0.18 0.13 0.26 0.25 0.14 0.17 0.13 0.17 0.15 0.15 0.14 0.16 0.15 0.29 0.36 0.22 0.22 0.24 0.18 0.19
C4' 0.24 0.29 0.14 0.14 0.42 0.24 0.35 0.26 0.27 0.25 0.39 0.52 0.28 0.23 0.21 0.32 0.32 0.34 0.25 0.31
C5 0.21 0.22 0.15 0.14 0.24 0.18 0.23 0.18 0.21 0.21 0.24 0.26 0.24 0.20 0.21 0.25 0.29 0.31 0.19 0.27
C5' 0.24 0.35 0.14 0.14 0.54 0.20 0.49 0.24 0.38 0.31 0.48 0.65 0.29 0.15 0.17 0.30 0.39 0.39 0.36 0.39
C6 0.21 0.26 0.14 0.13 0.32 0.17 0.28 0.18 0.25 0.23 0.31 0.36 0.26 0.19 0.21 0.25 0.29 0.30 0.21 0.28
N1 0.18 0.21 0.19 0.20 0.26 0.17 0.21 0.17 0.17 0.17 0.26 0.32 0.22 0.26 0.32 0.23 0.22 0.24 0.15 0.20
N3 0.22 0.13 0.37 0.38 0.14 0.26 0.15 0.25 0.17 0.17 0.14 0.16 0.14 0.41 0.52 0.25 0.25 0.27 0.25 0.22
N4 0.20 0.19 0.33 0.30 0.20 0.17 0.20 0.17 0.20 0.19 0.20 0.21 0.18 0.31 0.38 0.22 0.23 0.25 0.23 0.20
O2 0.24 0.12 0.38 0.42 0.15 0.32 0.13 0.31 0.16 0.15 0.16 0.20 0.15 0.45 0.60 0.28 0.28 0.30 0.26 0.24
O2' 0.32 0.39 0.18 0.19 0.52 0.28 0.49 0.31 0.43 0.37 0.48 0.60 0.35 0.24 0.29 0.39 0.35 0.40 0.41 0.42
O3' 0.58 0.46 0.46 0.49 0.43 0.65 0.44 0.69 0.47 0.50 0.43 0.45 0.49 0.52 0.50 0.71 0.63 0.67 0.53 0.62
O4' 0.22 0.33 0.13 0.14 0.42 0.16 0.36 0.16 0.29 0.27 0.41 0.50 0.32 0.16 0.21 0.25 0.29 0.29 0.23 0.28
O5' 0.34 0.38 0.28 0.27 0.48 0.34 0.45 0.37 0.39 0.36 0.45 0.56 0.38 0.32 0.30 0.40 0.45 0.45 0.39 0.44
OP1 1.29 1.37 1.31 1.34 1.50 1.27 1.52 1.27 1.47 1.39 1.43 1.50 1.25 1.20 1.32 1.26 1.42 1.41 1.42 1.41
OP2 1.05 1.04 1.00 0.99 0.94 1.07 0.93 1.09 0.97 1.02 1.00 0.89 1.09 1.03 0.98 1.09 1.06 1.06 0.98 1.04
P 0.32 0.40 0.26 0.27 0.60 0.31 0.59 0.35 0.50 0.41 0.51 0.69 0.30 0.22 0.26 0.37 0.53 0.53 0.52 0.54

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.03 0.01 0.13 0.14 0.16 0.09
C2 0.02 0.00 0.12 0.11 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.14 0.07 0.29 0.25 0.20 0.24
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.06 0.02 0.05 0.02 0.08 0.03 0.11 0.07 0.19 0.00 0.03 0.01 0.17 0.21 0.14 0.14
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.11 0.01 0.12 0.02 0.13 0.06 0.12 0.12 0.15 0.02 0.01 0.02 0.23 0.28 0.14 0.20
C4 0.02 0.01 0.06 0.11 0.00 0.06 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.14 0.04 0.44 0.38 0.35 0.40
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.06 0.00 0.08 0.01 0.07 0.04 0.05 0.07 0.05 0.06 0.02 0.00 0.02 0.12 0.20 0.03
C5 0.01 0.01 0.05 0.12 0.01 0.08 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.15 0.04 0.47 0.40 0.35 0.43
C5' 0.03 0.09 0.02 0.02 0.13 0.01 0.14 0.00 0.11 0.08 0.11 0.14 0.09 0.06 0.04 0.02 0.01 0.14 0.23 0.02
C6 0.01 0.01 0.08 0.13 0.01 0.07 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.15 0.06 0.41 0.33 0.23 0.33
N1 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.06 0.02 0.29 0.24 0.16 0.22
N3 0.02 0.01 0.11 0.12 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.16 0.06 0.37 0.32 0.27 0.32
N4 0.02 0.01 0.07 0.12 0.00 0.07 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.08 0.16 0.04 0.48 0.43 0.42 0.46
O2 0.04 0.01 0.19 0.15 0.01 0.05 0.02 0.09 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.20 0.21 0.10 0.22 0.20 0.18 0.18
O2' 0.02 0.12 0.00 0.02 0.06 0.06 0.04 0.06 0.06 0.03 0.12 0.08 0.20 0.00 0.08 0.06 0.07 0.16 0.16 0.07
O3' 0.03 0.14 0.03 0.01 0.14 0.02 0.15 0.04 0.15 0.06 0.16 0.16 0.21 0.08 0.00 0.02 0.19 0.32 0.21 0.22
O4' 0.01 0.07 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.02 0.06 0.02 0.06 0.04 0.10 0.06 0.02 0.00 0.09 0.10 0.26 0.11
O5' 0.13 0.29 0.17 0.23 0.44 0.02 0.47 0.01 0.41 0.29 0.37 0.48 0.22 0.07 0.19 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.14 0.25 0.21 0.28 0.38 0.12 0.40 0.14 0.33 0.24 0.32 0.43 0.20 0.16 0.32 0.10 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.16 0.20 0.14 0.14 0.35 0.20 0.35 0.23 0.23 0.16 0.27 0.42 0.18 0.16 0.21 0.26 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.24 0.14 0.20 0.40 0.03 0.43 0.02 0.33 0.22 0.32 0.46 0.18 0.07 0.22 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00