ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 18956

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 B 0, 0.024, 0.052, 0.080, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.052 std_dev=0.028
C6 B 0, 0.017, 0.045, 0.073, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.045 std_dev=0.028
C5 B 0, 0.016, 0.047, 0.078, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.047 std_dev=0.031
N1 A 0, 0.021, 0.061, 0.101, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.061 std_dev=0.040
C4 B 0, 0.011, 0.054, 0.098, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.054 std_dev=0.043
C2 B 0, 0.038, 0.084, 0.130, 0.151 max_d=0.151 avg_d=0.084 std_dev=0.046
C2 A 0, 0.041, 0.092, 0.143, 0.172 max_d=0.172 avg_d=0.092 std_dev=0.051
N3 A 0, 0.026, 0.077, 0.128, 0.169 max_d=0.169 avg_d=0.077 std_dev=0.051
C6 A 0, 0.054, 0.106, 0.158, 0.163 max_d=0.163 avg_d=0.106 std_dev=0.052
O6 B 0, 0.027, 0.080, 0.133, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.080 std_dev=0.053
C1' A 0, 0.061, 0.117, 0.173, 0.165 max_d=0.165 avg_d=0.117 std_dev=0.056
N3 B 0, 0.030, 0.087, 0.144, 0.166 max_d=0.166 avg_d=0.087 std_dev=0.057
N7 B 0, 0.025, 0.086, 0.146, 0.172 max_d=0.172 avg_d=0.086 std_dev=0.061
C3' A 0, 0.058, 0.122, 0.186, 0.180 max_d=0.180 avg_d=0.122 std_dev=0.064
N9 B 0, 0.008, 0.073, 0.138, 0.176 max_d=0.176 avg_d=0.073 std_dev=0.065
C2' A 0, 0.050, 0.116, 0.183, 0.198 max_d=0.198 avg_d=0.116 std_dev=0.066
C8 B 0, 0.014, 0.083, 0.153, 0.173 max_d=0.173 avg_d=0.083 std_dev=0.069
N2 B 0, 0.060, 0.135, 0.209, 0.247 max_d=0.247 avg_d=0.135 std_dev=0.074
C4' A 0, 0.079, 0.155, 0.231, 0.243 max_d=0.243 avg_d=0.155 std_dev=0.076
O3' B 0, 0.046, 0.123, 0.201, 0.249 max_d=0.249 avg_d=0.123 std_dev=0.078
C3' B 0, 0.034, 0.113, 0.193, 0.247 max_d=0.247 avg_d=0.113 std_dev=0.079
C4 A 0, 0.065, 0.145, 0.225, 0.247 max_d=0.247 avg_d=0.145 std_dev=0.080
C2' B 0, 0.023, 0.104, 0.184, 0.235 max_d=0.235 avg_d=0.104 std_dev=0.081
O2' B 0, 0.042, 0.127, 0.212, 0.228 max_d=0.228 avg_d=0.127 std_dev=0.085
C1' B 0, 0.019, 0.105, 0.191, 0.225 max_d=0.225 avg_d=0.105 std_dev=0.086
O5' A 0, 0.100, 0.186, 0.273, 0.272 max_d=0.272 avg_d=0.186 std_dev=0.086
C5 A 0, 0.080, 0.168, 0.255, 0.260 max_d=0.260 avg_d=0.168 std_dev=0.087
P A 0, 0.100, 0.189, 0.277, 0.280 max_d=0.280 avg_d=0.189 std_dev=0.089
O2' A 0, 0.079, 0.170, 0.262, 0.305 max_d=0.305 avg_d=0.170 std_dev=0.092
O4' A 0, 0.074, 0.166, 0.258, 0.261 max_d=0.261 avg_d=0.166 std_dev=0.092
O5' B 0, 0.036, 0.129, 0.223, 0.257 max_d=0.257 avg_d=0.129 std_dev=0.093
C5' A 0, 0.089, 0.185, 0.282, 0.292 max_d=0.292 avg_d=0.185 std_dev=0.096
O3' A 0, 0.079, 0.176, 0.272, 0.278 max_d=0.278 avg_d=0.176 std_dev=0.096
C4' B 0, 0.041, 0.140, 0.238, 0.278 max_d=0.278 avg_d=0.140 std_dev=0.098
O4' B 0, 0.027, 0.132, 0.237, 0.287 max_d=0.287 avg_d=0.132 std_dev=0.105
C5' B 0, 0.046, 0.155, 0.263, 0.299 max_d=0.299 avg_d=0.155 std_dev=0.108
OP1 A 0, 0.085, 0.199, 0.312, 0.377 max_d=0.377 avg_d=0.199 std_dev=0.113
OP2 A 0, 0.088, 0.205, 0.322, 0.385 max_d=0.385 avg_d=0.205 std_dev=0.117
OP1 B 0, 0.037, 0.155, 0.272, 0.302 max_d=0.302 avg_d=0.155 std_dev=0.118
O2 A 0, 0.068, 0.188, 0.309, 0.388 max_d=0.388 avg_d=0.188 std_dev=0.121
P B 0, 0.035, 0.157, 0.279, 0.325 max_d=0.325 avg_d=0.157 std_dev=0.122
OP2 B 0, 0.039, 0.161, 0.283, 0.348 max_d=0.348 avg_d=0.161 std_dev=0.122
N4 A 0, 0.086, 0.224, 0.362, 0.401 max_d=0.401 avg_d=0.224 std_dev=0.138

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.08 0.03 0.04
C2 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.09 0.14 0.09 0.10
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.05 0.04
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.06 0.03 0.04 0.06 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.06 0.04
C4 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.07 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.02 0.17 0.23 0.19 0.20
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.07 0.00 0.07 0.00 0.06 0.04 0.06 0.08 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.07 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.02 0.18 0.24 0.20 0.22
C5' 0.03 0.08 0.02 0.01 0.13 0.00 0.13 0.00 0.11 0.08 0.11 0.15 0.06 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.02 0.15 0.19 0.15 0.17
N1 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.09 0.13 0.09 0.10
N3 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.03 0.13 0.18 0.14 0.15
N4 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.08 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.03 0.19 0.27 0.23 0.24
O2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.05 0.12 0.05 0.07
O2' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.04 0.03 0.03 0.05 0.02
O3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.02 0.06 0.01 0.06 0.03 0.04 0.06 0.02 0.02 0.00 0.03 0.04 0.03 0.08 0.05
O4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.04 0.03 0.00 0.01 0.07 0.02 0.03
O5' 0.03 0.09 0.03 0.04 0.17 0.01 0.18 0.00 0.15 0.09 0.13 0.19 0.05 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.08 0.14 0.05 0.04 0.23 0.04 0.24 0.04 0.19 0.13 0.18 0.27 0.12 0.03 0.03 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.09 0.05 0.06 0.19 0.01 0.20 0.01 0.15 0.09 0.14 0.23 0.05 0.05 0.08 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.10 0.04 0.04 0.20 0.01 0.22 0.01 0.17 0.10 0.15 0.24 0.07 0.02 0.05 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.16 0.09 0.15 0.15 0.12 0.17 0.10 0.16 0.08 0.12 0.07 0.09 0.12 0.10 0.14 0.17 0.14 0.17 0.15 0.07 0.13 0.12 0.14
C2 0.17 0.08 0.15 0.15 0.12 0.18 0.10 0.18 0.08 0.13 0.07 0.06 0.11 0.11 0.14 0.16 0.13 0.18 0.16 0.07 0.15 0.14 0.16
C2' 0.14 0.11 0.13 0.11 0.11 0.14 0.09 0.13 0.08 0.10 0.09 0.12 0.13 0.09 0.12 0.15 0.10 0.15 0.11 0.08 0.09 0.09 0.11
C3' 0.12 0.10 0.10 0.09 0.10 0.11 0.08 0.10 0.07 0.08 0.08 0.12 0.12 0.07 0.10 0.12 0.07 0.12 0.09 0.06 0.05 0.06 0.08
C4 0.14 0.07 0.14 0.14 0.11 0.14 0.10 0.14 0.07 0.12 0.06 0.03 0.10 0.11 0.13 0.14 0.14 0.15 0.13 0.06 0.13 0.13 0.14
C4' 0.14 0.10 0.13 0.12 0.11 0.14 0.09 0.13 0.08 0.11 0.08 0.10 0.12 0.09 0.12 0.15 0.11 0.14 0.12 0.07 0.10 0.10 0.12
C5 0.13 0.10 0.14 0.14 0.11 0.14 0.09 0.14 0.07 0.11 0.07 0.12 0.12 0.09 0.12 0.14 0.15 0.14 0.13 0.06 0.13 0.12 0.13
C5' 0.13 0.10 0.12 0.10 0.11 0.11 0.10 0.11 0.09 0.11 0.09 0.09 0.12 0.09 0.12 0.12 0.09 0.12 0.11 0.08 0.09 0.10 0.11
C6 0.14 0.10 0.13 0.13 0.11 0.14 0.09 0.13 0.08 0.11 0.08 0.11 0.13 0.09 0.13 0.14 0.12 0.14 0.13 0.06 0.11 0.11 0.12
N1 0.16 0.09 0.14 0.13 0.12 0.16 0.09 0.15 0.07 0.12 0.07 0.07 0.12 0.10 0.13 0.16 0.12 0.17 0.14 0.06 0.12 0.12 0.14
N3 0.16 0.07 0.14 0.13 0.12 0.16 0.11 0.16 0.08 0.14 0.07 0.06 0.11 0.12 0.14 0.13 0.12 0.17 0.15 0.07 0.14 0.14 0.15
N4 0.16 0.06 0.19 0.19 0.12 0.16 0.11 0.16 0.08 0.14 0.07 0.04 0.11 0.12 0.14 0.19 0.20 0.15 0.16 0.08 0.16 0.15 0.15
O2 0.19 0.08 0.17 0.18 0.12 0.22 0.11 0.22 0.08 0.15 0.08 0.09 0.11 0.12 0.16 0.19 0.18 0.21 0.19 0.08 0.19 0.17 0.20
O2' 0.15 0.11 0.13 0.12 0.11 0.14 0.09 0.14 0.09 0.10 0.10 0.12 0.13 0.09 0.12 0.16 0.11 0.15 0.12 0.09 0.09 0.09 0.11
O3' 0.11 0.11 0.09 0.07 0.10 0.09 0.07 0.08 0.07 0.07 0.09 0.13 0.12 0.06 0.10 0.11 0.06 0.11 0.07 0.06 0.04 0.05 0.06
O4' 0.19 0.11 0.18 0.18 0.14 0.20 0.12 0.19 0.10 0.15 0.09 0.09 0.14 0.13 0.16 0.20 0.17 0.20 0.18 0.08 0.16 0.16 0.18
O5' 0.09 0.08 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.06 0.08 0.09 0.06 0.09 0.09 0.05 0.08 0.07 0.05 0.05 0.06 0.07
OP1 0.10 0.07 0.09 0.07 0.08 0.08 0.07 0.07 0.06 0.08 0.06 0.07 0.09 0.07 0.09 0.10 0.06 0.09 0.08 0.06 0.05 0.06 0.07
OP2 0.05 0.03 0.05 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.02 0.04 0.04 0.04 0.04 0.06 0.04 0.04 0.05 0.03 0.06 0.05 0.05
P 0.06 0.04 0.06 0.04 0.05 0.05 0.04 0.04 0.03 0.05 0.03 0.04 0.06 0.04 0.06 0.07 0.03 0.06 0.06 0.03 0.04 0.04 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01
C2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00
C5 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02
C5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02
C8 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02
N1 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02
N2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02
N3 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02
N7 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.06 0.04 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02
O3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.04 0.02 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01
O5' 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.04 0.03
OP1 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.04 0.03 0.03 0.04 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00