ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 18961

back

Distances from reference structure (by RMSD)

28, 26, 25, 138, 61, 11, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 B 0, 0.055, 0.137, 0.218, 0.393 max_d=0.393 avg_d=0.137 std_dev=0.081
N1 A 0, 0.072, 0.158, 0.245, 0.434 max_d=0.434 avg_d=0.158 std_dev=0.086
C2 B 0, 0.116, 0.215, 0.313, 0.794 max_d=0.794 avg_d=0.215 std_dev=0.098
C6 B 0, 0.102, 0.214, 0.327, 0.826 max_d=0.826 avg_d=0.214 std_dev=0.113
C1' B 0, 0.193, 0.326, 0.458, 0.570 max_d=0.570 avg_d=0.326 std_dev=0.132
C5 B 0, 0.128, 0.279, 0.429, 1.210 max_d=1.210 avg_d=0.279 std_dev=0.150
C5 A 0, 0.251, 0.404, 0.557, 0.786 max_d=0.786 avg_d=0.404 std_dev=0.153
C2 A 0, 0.176, 0.332, 0.488, 0.721 max_d=0.721 avg_d=0.332 std_dev=0.156
C6 A 0, 0.218, 0.375, 0.531, 0.714 max_d=0.714 avg_d=0.375 std_dev=0.157
N3 B 0, 0.134, 0.294, 0.454, 0.746 max_d=0.746 avg_d=0.294 std_dev=0.160
C4 B 0, 0.164, 0.325, 0.485, 0.882 max_d=0.882 avg_d=0.325 std_dev=0.160
O2 B 0, 0.170, 0.343, 0.516, 1.455 max_d=1.455 avg_d=0.343 std_dev=0.173
C4 A 0, 0.140, 0.330, 0.521, 0.841 max_d=0.841 avg_d=0.330 std_dev=0.191
C1' A 0, 0.145, 0.338, 0.531, 0.816 max_d=0.816 avg_d=0.338 std_dev=0.193
N3 A 0, 0.231, 0.432, 0.632, 0.831 max_d=0.831 avg_d=0.432 std_dev=0.200
O4' B 0, 0.202, 0.420, 0.639, 1.715 max_d=1.715 avg_d=0.420 std_dev=0.218
C2' B 0, 0.250, 0.482, 0.714, 1.721 max_d=1.721 avg_d=0.482 std_dev=0.232
O4 B 0, 0.228, 0.476, 0.725, 1.299 max_d=1.299 avg_d=0.476 std_dev=0.249
C3' B 0, 0.263, 0.533, 0.802, 1.664 max_d=1.664 avg_d=0.533 std_dev=0.270
O2 A 0, 0.310, 0.600, 0.889, 1.359 max_d=1.359 avg_d=0.600 std_dev=0.290
C4' B 0, 0.248, 0.550, 0.853, 1.910 max_d=1.910 avg_d=0.550 std_dev=0.302
N4 A 0, 0.206, 0.523, 0.840, 1.377 max_d=1.377 avg_d=0.523 std_dev=0.317
O5' B 0, 0.255, 0.600, 0.945, 3.737 max_d=3.737 avg_d=0.600 std_dev=0.345
O4' A 0, 0.211, 0.584, 0.958, 1.401 max_d=1.401 avg_d=0.584 std_dev=0.374
O2' B 0, 0.291, 0.666, 1.042, 3.377 max_d=3.377 avg_d=0.666 std_dev=0.375
O3' B 0, 0.387, 0.769, 1.150, 1.595 max_d=1.595 avg_d=0.769 std_dev=0.381
C2' A 0, 0.169, 0.558, 0.947, 1.854 max_d=1.854 avg_d=0.558 std_dev=0.389
C5' B 0, 0.227, 0.641, 1.054, 3.375 max_d=3.375 avg_d=0.641 std_dev=0.413
P B 0, 0.326, 0.810, 1.294, 5.237 max_d=5.237 avg_d=0.810 std_dev=0.484
O2' A 0, 0.188, 0.686, 1.184, 2.962 max_d=2.962 avg_d=0.686 std_dev=0.498
OP2 B 0, 0.352, 0.861, 1.371, 6.231 max_d=6.231 avg_d=0.861 std_dev=0.509
C3' A 0, 0.275, 0.826, 1.377, 2.111 max_d=2.111 avg_d=0.826 std_dev=0.551
C4' A 0, 0.280, 0.855, 1.429, 2.106 max_d=2.106 avg_d=0.855 std_dev=0.575
OP1 B 0, 0.248, 0.900, 1.551, 7.703 max_d=7.703 avg_d=0.900 std_dev=0.651
O3' A 0, 0.416, 1.145, 1.873, 2.874 max_d=2.874 avg_d=1.145 std_dev=0.728
C5' A 0, 0.359, 1.162, 1.965, 2.860 max_d=2.860 avg_d=1.162 std_dev=0.803
O5' A 0, 0.294, 1.137, 1.980, 2.940 max_d=2.940 avg_d=1.137 std_dev=0.843
OP2 A 0, 0.394, 1.491, 2.589, 4.350 max_d=4.350 avg_d=1.491 std_dev=1.097
P A 0, 0.313, 1.468, 2.624, 3.939 max_d=3.939 avg_d=1.468 std_dev=1.155
OP1 A 0, 0.451, 1.918, 3.385, 5.038 max_d=5.038 avg_d=1.918 std_dev=1.467

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.10 0.10 0.16 0.10
C2 0.02 0.00 0.09 0.09 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.10 0.10 0.03 0.19 0.20 0.29 0.21
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.01 0.09 0.02 0.10 0.02 0.08 0.06 0.17 0.00 0.02 0.01 0.09 0.11 0.10 0.09
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.11 0.00 0.16 0.02 0.17 0.06 0.09 0.13 0.14 0.02 0.01 0.01 0.09 0.13 0.07 0.08
C4 0.01 0.01 0.05 0.11 0.00 0.06 0.00 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.13 0.02 0.28 0.34 0.43 0.33
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.09 0.04 0.04 0.07 0.05 0.06 0.02 0.00 0.01 0.09 0.07 0.02
C5 0.01 0.01 0.09 0.16 0.00 0.09 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.19 0.03 0.31 0.36 0.45 0.35
C5' 0.02 0.06 0.02 0.02 0.12 0.01 0.15 0.00 0.13 0.07 0.08 0.13 0.04 0.05 0.04 0.01 0.01 0.12 0.10 0.01
C6 0.01 0.01 0.10 0.17 0.01 0.09 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.18 0.04 0.27 0.28 0.35 0.28
N1 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.19 0.19 0.26 0.20
N3 0.01 0.00 0.08 0.09 0.00 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.10 0.03 0.23 0.28 0.37 0.27
N4 0.01 0.01 0.06 0.13 0.00 0.07 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.15 0.02 0.30 0.39 0.48 0.37
O2 0.03 0.00 0.17 0.14 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.18 0.19 0.05 0.14 0.16 0.24 0.16
O2' 0.01 0.10 0.00 0.02 0.07 0.06 0.08 0.05 0.08 0.04 0.10 0.08 0.18 0.00 0.04 0.05 0.05 0.08 0.09 0.05
O3' 0.04 0.10 0.02 0.01 0.13 0.02 0.19 0.04 0.18 0.06 0.10 0.15 0.19 0.04 0.00 0.02 0.09 0.15 0.14 0.10
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.05 0.05 0.02 0.00 0.09 0.10 0.15 0.09
O5' 0.10 0.19 0.09 0.09 0.28 0.01 0.31 0.01 0.27 0.19 0.23 0.30 0.14 0.05 0.09 0.09 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.10 0.20 0.11 0.13 0.34 0.09 0.36 0.12 0.28 0.19 0.28 0.39 0.16 0.08 0.15 0.10 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.16 0.29 0.10 0.07 0.43 0.07 0.45 0.10 0.35 0.26 0.37 0.48 0.24 0.09 0.14 0.15 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.21 0.09 0.08 0.33 0.02 0.35 0.01 0.28 0.20 0.27 0.37 0.16 0.05 0.10 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.29 0.33 0.38 0.39 0.47 0.36 0.39 0.36 0.31 0.29 0.45 0.31 0.48 0.47 0.57 0.31 0.31 0.41 0.29 0.31
C2 0.28 0.17 0.40 0.43 0.22 0.41 0.18 0.42 0.19 0.18 0.23 0.17 0.50 0.53 0.28 0.35 0.36 0.46 0.31 0.36
C2' 0.20 0.35 0.31 0.32 0.54 0.28 0.42 0.29 0.29 0.25 0.51 0.31 0.42 0.42 0.66 0.24 0.27 0.38 0.29 0.29
C3' 0.23 0.47 0.31 0.28 0.70 0.21 0.58 0.23 0.44 0.37 0.65 0.40 0.38 0.34 0.84 0.23 0.27 0.35 0.38 0.32
C4 0.26 0.15 0.32 0.32 0.17 0.33 0.16 0.34 0.18 0.18 0.17 0.15 0.38 0.36 0.20 0.32 0.30 0.38 0.27 0.30
C4' 0.35 0.51 0.45 0.44 0.73 0.35 0.64 0.36 0.52 0.45 0.67 0.43 0.49 0.51 0.86 0.33 0.38 0.45 0.46 0.41
C5 0.33 0.33 0.36 0.35 0.38 0.36 0.35 0.36 0.33 0.32 0.37 0.31 0.40 0.37 0.41 0.35 0.32 0.39 0.30 0.32
C5' 0.48 0.63 0.59 0.60 0.89 0.48 0.82 0.50 0.70 0.60 0.80 0.52 0.58 0.66 1.02 0.46 0.55 0.62 0.66 0.59
C6 0.33 0.38 0.39 0.38 0.48 0.37 0.43 0.36 0.38 0.35 0.46 0.34 0.44 0.42 0.54 0.35 0.33 0.41 0.33 0.34
N1 0.28 0.29 0.36 0.36 0.39 0.36 0.32 0.35 0.27 0.26 0.38 0.27 0.45 0.43 0.46 0.32 0.30 0.40 0.27 0.30
N3 0.30 0.13 0.44 0.46 0.15 0.42 0.17 0.43 0.21 0.20 0.15 0.13 0.51 0.55 0.18 0.36 0.39 0.47 0.36 0.39
N4 0.27 0.16 0.36 0.33 0.18 0.32 0.20 0.34 0.22 0.21 0.17 0.14 0.36 0.36 0.18 0.34 0.32 0.38 0.32 0.32
O2 0.31 0.14 0.48 0.53 0.19 0.48 0.16 0.50 0.20 0.19 0.20 0.15 0.58 0.67 0.26 0.39 0.44 0.54 0.39 0.43
O2' 0.24 0.34 0.35 0.39 0.53 0.38 0.41 0.39 0.30 0.26 0.50 0.30 0.47 0.51 0.66 0.31 0.35 0.50 0.35 0.38
O3' 0.21 0.49 0.27 0.25 0.77 0.20 0.63 0.24 0.46 0.38 0.71 0.41 0.36 0.32 0.94 0.24 0.29 0.38 0.41 0.35
O4' 0.38 0.43 0.48 0.48 0.59 0.43 0.52 0.42 0.45 0.40 0.55 0.38 0.55 0.57 0.69 0.38 0.38 0.47 0.39 0.38
O5' 0.62 0.74 0.70 0.70 0.96 0.61 0.91 0.64 0.81 0.72 0.88 0.64 0.67 0.73 1.07 0.61 0.69 0.74 0.79 0.73
OP1 0.88 1.01 0.92 0.98 1.36 0.91 1.33 0.99 1.18 1.03 1.20 0.82 0.81 1.00 1.50 0.91 1.09 1.16 1.26 1.17
OP2 0.90 1.02 0.97 1.01 1.28 0.92 1.24 0.97 1.14 1.03 1.17 0.86 0.87 1.01 1.35 0.90 1.04 1.08 1.15 1.08
P 0.81 0.91 0.91 0.94 1.18 0.83 1.15 0.87 1.04 0.92 1.06 0.75 0.83 0.98 1.28 0.80 0.95 1.00 1.07 0.99

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.00 0.08 0.09 0.13 0.10
C2 0.01 0.00 0.07 0.08 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.08 0.01 0.04 0.14 0.19 0.26 0.19
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.06 0.01 0.07 0.03 0.07 0.03 0.06 0.11 0.00 0.02 0.07 0.01 0.08 0.10 0.11 0.09
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.12 0.00 0.12 0.02 0.11 0.07 0.10 0.09 0.02 0.01 0.13 0.01 0.05 0.11 0.09 0.06
C4 0.01 0.01 0.06 0.12 0.00 0.07 0.00 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.14 0.00 0.03 0.21 0.29 0.39 0.30
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.08 0.03 0.04 0.04 0.06 0.02 0.07 0.00 0.01 0.07 0.04 0.02
C5 0.01 0.01 0.07 0.12 0.00 0.08 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.15 0.01 0.04 0.22 0.29 0.38 0.30
C5' 0.03 0.07 0.03 0.02 0.13 0.01 0.15 0.00 0.13 0.07 0.10 0.06 0.05 0.04 0.15 0.01 0.01 0.06 0.05 0.01
C6 0.01 0.01 0.07 0.11 0.01 0.08 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.12 0.01 0.05 0.19 0.22 0.28 0.23
N1 0.00 0.01 0.03 0.07 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.01 0.13 0.16 0.22 0.17
N3 0.01 0.00 0.06 0.10 0.00 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.11 0.01 0.03 0.18 0.24 0.33 0.25
O2 0.02 0.01 0.11 0.09 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.11 0.01 0.06 0.12 0.16 0.23 0.17
O2' 0.02 0.06 0.00 0.02 0.07 0.06 0.09 0.05 0.09 0.03 0.06 0.11 0.00 0.05 0.08 0.05 0.06 0.10 0.09 0.07
O3' 0.04 0.08 0.02 0.01 0.14 0.02 0.15 0.04 0.12 0.06 0.11 0.11 0.05 0.00 0.17 0.03 0.09 0.20 0.16 0.13
O4 0.02 0.01 0.07 0.13 0.00 0.07 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.17 0.00 0.04 0.23 0.33 0.43 0.33
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.03 0.06 0.05 0.03 0.04 0.00 0.06 0.08 0.11 0.08
O5' 0.08 0.14 0.08 0.05 0.21 0.01 0.22 0.01 0.19 0.13 0.18 0.12 0.06 0.09 0.23 0.06 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.09 0.19 0.10 0.11 0.29 0.07 0.29 0.06 0.22 0.16 0.24 0.16 0.10 0.20 0.33 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.26 0.11 0.09 0.39 0.04 0.38 0.05 0.28 0.22 0.33 0.23 0.09 0.16 0.43 0.11 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.19 0.09 0.06 0.30 0.02 0.30 0.01 0.23 0.17 0.25 0.17 0.07 0.13 0.33 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00