ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 19059

back

Distances from reference structure (by RMSD)

40, 57, 22, 32, 15, 8, 9, 2, 5, 1, 0, 0, 2, 4, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, -0.004, 0.143, 0.291, 0.899 max_d=0.899 avg_d=0.143 std_dev=0.148
N1 A 0, -0.014, 0.169, 0.352, 1.020 max_d=1.020 avg_d=0.169 std_dev=0.183
C2 B 0, 0.071, 0.273, 0.475, 1.159 max_d=1.159 avg_d=0.273 std_dev=0.202
N1 B 0, -0.023, 0.185, 0.394, 1.868 max_d=1.868 avg_d=0.185 std_dev=0.209
N3 B 0, 0.029, 0.251, 0.473, 1.341 max_d=1.341 avg_d=0.251 std_dev=0.222
N9 B 0, 0.006, 0.239, 0.472, 1.340 max_d=1.340 avg_d=0.239 std_dev=0.233
C6 A 0, 0.026, 0.274, 0.522, 1.072 max_d=1.072 avg_d=0.274 std_dev=0.248
C2 A 0, 0.020, 0.273, 0.526, 0.997 max_d=0.997 avg_d=0.273 std_dev=0.253
C5 B 0, -0.019, 0.288, 0.595, 2.293 max_d=2.293 avg_d=0.288 std_dev=0.307
N3 A 0, -0.005, 0.312, 0.630, 1.623 max_d=1.623 avg_d=0.312 std_dev=0.317
C5 A 0, 0.027, 0.347, 0.667, 1.449 max_d=1.449 avg_d=0.347 std_dev=0.320
C4 A 0, -0.035, 0.296, 0.627, 2.035 max_d=2.035 avg_d=0.296 std_dev=0.331
C6 B 0, -0.071, 0.286, 0.644, 3.084 max_d=3.084 avg_d=0.286 std_dev=0.358
C8 B 0, 0.055, 0.439, 0.822, 2.026 max_d=2.026 avg_d=0.439 std_dev=0.383
C1' B 0, -0.083, 0.301, 0.685, 2.080 max_d=2.080 avg_d=0.301 std_dev=0.384
N2 B 0, 0.101, 0.496, 0.892, 2.280 max_d=2.280 avg_d=0.496 std_dev=0.396
C1' A 0, -0.036, 0.367, 0.771, 2.124 max_d=2.124 avg_d=0.367 std_dev=0.403
O2 A 0, -0.005, 0.470, 0.945, 1.957 max_d=1.957 avg_d=0.470 std_dev=0.475
N7 B 0, 0.000, 0.491, 0.981, 3.314 max_d=3.314 avg_d=0.491 std_dev=0.490
N4 A 0, -0.069, 0.456, 0.982, 3.089 max_d=3.089 avg_d=0.456 std_dev=0.526
C2' A 0, -0.063, 0.464, 0.991, 2.614 max_d=2.614 avg_d=0.464 std_dev=0.527
O6 B 0, -0.099, 0.463, 1.024, 4.769 max_d=4.769 avg_d=0.463 std_dev=0.562
C2' B 0, -0.044, 0.540, 1.124, 3.287 max_d=3.287 avg_d=0.540 std_dev=0.584
O4' A 0, 0.014, 0.600, 1.187, 2.785 max_d=2.785 avg_d=0.600 std_dev=0.587
O4' B 0, -0.047, 0.548, 1.142, 2.959 max_d=2.959 avg_d=0.548 std_dev=0.594
C3' A 0, -0.026, 0.618, 1.262, 2.936 max_d=2.936 avg_d=0.618 std_dev=0.644
O2' A 0, -0.081, 0.608, 1.297, 3.857 max_d=3.857 avg_d=0.608 std_dev=0.689
C4' A 0, -0.020, 0.702, 1.424, 3.338 max_d=3.338 avg_d=0.702 std_dev=0.722
O5' A 0, 0.056, 0.838, 1.620, 3.379 max_d=3.379 avg_d=0.838 std_dev=0.782
C3' B 0, -0.046, 0.754, 1.555, 3.977 max_d=3.977 avg_d=0.754 std_dev=0.800
O2' B 0, -0.093, 0.717, 1.528, 4.824 max_d=4.824 avg_d=0.717 std_dev=0.811
C4' B 0, -0.073, 0.764, 1.601, 4.368 max_d=4.368 avg_d=0.764 std_dev=0.837
O3' A 0, -0.018, 0.850, 1.718, 3.968 max_d=3.968 avg_d=0.850 std_dev=0.868
C5' A 0, 0.073, 0.968, 1.862, 3.762 max_d=3.762 avg_d=0.968 std_dev=0.895
OP2 A 0, 0.120, 1.046, 1.972, 5.375 max_d=5.375 avg_d=1.046 std_dev=0.926
O5' B 0, -0.029, 0.941, 1.911, 5.257 max_d=5.257 avg_d=0.941 std_dev=0.970
P A 0, 0.097, 1.104, 2.110, 4.803 max_d=4.803 avg_d=1.104 std_dev=1.007
C5' B 0, -0.028, 1.008, 2.043, 5.432 max_d=5.432 avg_d=1.008 std_dev=1.035
O3' B 0, -0.046, 1.098, 2.242, 5.636 max_d=5.636 avg_d=1.098 std_dev=1.144
P B 0, 0.060, 1.220, 2.381, 6.372 max_d=6.372 avg_d=1.220 std_dev=1.161
OP2 B 0, 0.063, 1.322, 2.582, 6.993 max_d=6.993 avg_d=1.322 std_dev=1.259
OP1 A 0, 0.207, 1.536, 2.865, 6.425 max_d=6.425 avg_d=1.536 std_dev=1.329
OP1 B 0, 0.005, 1.415, 2.824, 8.172 max_d=8.172 avg_d=1.415 std_dev=1.410

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.08 0.01 0.08 0.16 0.13 0.11
C2 0.02 0.00 0.10 0.14 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.15 0.04 0.16 0.28 0.28 0.18
C2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.06 0.02 0.08 0.06 0.09 0.03 0.08 0.07 0.16 0.00 0.02 0.01 0.12 0.18 0.14 0.14
C3' 0.02 0.14 0.01 0.00 0.16 0.01 0.17 0.02 0.16 0.10 0.15 0.17 0.17 0.02 0.01 0.02 0.12 0.20 0.15 0.12
C4 0.02 0.01 0.06 0.16 0.00 0.08 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.11 0.16 0.03 0.22 0.38 0.42 0.26
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.08 0.00 0.09 0.01 0.09 0.05 0.07 0.09 0.06 0.10 0.03 0.01 0.02 0.11 0.11 0.05
C5 0.02 0.01 0.08 0.17 0.01 0.09 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.10 0.17 0.05 0.23 0.38 0.42 0.27
C5' 0.03 0.09 0.06 0.02 0.14 0.01 0.16 0.00 0.14 0.08 0.11 0.15 0.08 0.07 0.07 0.02 0.01 0.15 0.14 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.16 0.01 0.09 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.15 0.06 0.20 0.31 0.30 0.21
N1 0.01 0.01 0.03 0.10 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.06 0.08 0.02 0.14 0.25 0.23 0.16
N3 0.02 0.00 0.08 0.15 0.00 0.07 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.16 0.04 0.19 0.33 0.37 0.22
N4 0.02 0.01 0.07 0.17 0.01 0.09 0.01 0.15 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.12 0.18 0.04 0.24 0.42 0.49 0.29
O2 0.04 0.01 0.16 0.17 0.02 0.06 0.02 0.08 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.16 0.22 0.07 0.15 0.25 0.25 0.16
O2' 0.02 0.11 0.00 0.02 0.11 0.10 0.10 0.07 0.08 0.06 0.12 0.12 0.16 0.00 0.06 0.08 0.09 0.18 0.14 0.13
O3' 0.08 0.15 0.02 0.01 0.16 0.03 0.17 0.07 0.15 0.08 0.16 0.18 0.22 0.06 0.00 0.06 0.16 0.34 0.24 0.19
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.01 0.05 0.02 0.06 0.02 0.04 0.04 0.07 0.08 0.06 0.00 0.09 0.15 0.15 0.13
O5' 0.08 0.16 0.12 0.12 0.22 0.02 0.23 0.01 0.20 0.14 0.19 0.24 0.15 0.09 0.16 0.09 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.16 0.28 0.18 0.20 0.38 0.11 0.38 0.15 0.31 0.25 0.33 0.42 0.25 0.18 0.34 0.15 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.13 0.28 0.14 0.15 0.42 0.11 0.42 0.14 0.30 0.23 0.37 0.49 0.25 0.14 0.24 0.15 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.11 0.18 0.14 0.12 0.26 0.05 0.27 0.02 0.21 0.16 0.22 0.29 0.16 0.13 0.19 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.45 0.28 0.51 0.54 0.35 0.56 0.44 0.55 0.48 0.44 0.37 0.29 0.32 0.49 0.39 0.64 0.70 0.54 0.51 0.59 0.56 0.63 0.55
C2 0.42 0.24 0.58 0.60 0.31 0.52 0.34 0.51 0.39 0.36 0.30 0.28 0.32 0.38 0.35 0.66 0.78 0.46 0.45 0.50 0.55 0.64 0.51
C2' 0.38 0.35 0.49 0.43 0.36 0.43 0.41 0.42 0.45 0.37 0.40 0.36 0.37 0.42 0.35 0.64 0.55 0.42 0.39 0.51 0.43 0.47 0.41
C3' 0.41 0.35 0.49 0.46 0.38 0.50 0.44 0.52 0.47 0.42 0.40 0.34 0.36 0.48 0.38 0.69 0.61 0.49 0.46 0.54 0.52 0.54 0.49
C4 0.52 0.34 0.68 0.74 0.39 0.66 0.41 0.65 0.44 0.44 0.38 0.38 0.39 0.45 0.44 0.77 0.96 0.57 0.57 0.55 0.66 0.73 0.61
C4' 0.50 0.30 0.56 0.62 0.40 0.68 0.50 0.69 0.51 0.52 0.39 0.28 0.33 0.57 0.45 0.72 0.79 0.65 0.64 0.61 0.68 0.72 0.68
C5 0.56 0.30 0.68 0.77 0.38 0.73 0.42 0.72 0.44 0.47 0.35 0.33 0.37 0.48 0.45 0.79 0.99 0.64 0.64 0.56 0.71 0.75 0.66
C5' 0.55 0.27 0.60 0.74 0.40 0.80 0.50 0.83 0.50 0.56 0.37 0.25 0.31 0.60 0.48 0.74 0.95 0.74 0.77 0.61 0.83 0.84 0.81
C6 0.54 0.26 0.64 0.71 0.37 0.71 0.41 0.69 0.44 0.46 0.33 0.29 0.34 0.48 0.44 0.76 0.92 0.64 0.63 0.56 0.69 0.72 0.65
N1 0.47 0.23 0.57 0.61 0.32 0.59 0.38 0.57 0.42 0.41 0.31 0.27 0.30 0.43 0.38 0.68 0.79 0.54 0.52 0.54 0.59 0.66 0.56
N3 0.47 0.33 0.64 0.68 0.37 0.58 0.39 0.57 0.42 0.41 0.36 0.36 0.38 0.42 0.40 0.71 0.87 0.50 0.49 0.52 0.60 0.69 0.55
N4 0.55 0.40 0.72 0.79 0.43 0.69 0.45 0.69 0.49 0.48 0.43 0.43 0.43 0.49 0.47 0.80 1.02 0.59 0.60 0.59 0.70 0.76 0.64
O2 0.37 0.22 0.55 0.55 0.29 0.44 0.32 0.44 0.36 0.33 0.29 0.26 0.29 0.35 0.32 0.61 0.71 0.39 0.38 0.46 0.50 0.62 0.46
O2' 0.48 0.42 0.67 0.58 0.44 0.49 0.45 0.47 0.48 0.42 0.45 0.41 0.46 0.44 0.44 0.79 0.66 0.44 0.44 0.50 0.46 0.46 0.42
O3' 0.62 0.46 0.72 0.68 0.53 0.70 0.56 0.71 0.55 0.59 0.49 0.43 0.49 0.60 0.57 0.95 0.80 0.66 0.63 0.59 0.70 0.67 0.65
O4' 0.63 0.33 0.65 0.72 0.47 0.79 0.56 0.78 0.57 0.61 0.43 0.31 0.39 0.65 0.55 0.77 0.88 0.76 0.74 0.69 0.77 0.82 0.77
O5' 0.55 0.25 0.59 0.74 0.37 0.79 0.46 0.82 0.47 0.52 0.34 0.25 0.30 0.55 0.46 0.71 0.96 0.71 0.76 0.58 0.81 0.81 0.79
OP1 0.63 0.29 0.72 0.92 0.43 0.96 0.50 1.02 0.49 0.61 0.38 0.30 0.34 0.62 0.54 0.82 1.16 0.83 0.95 0.60 1.04 0.96 0.98
OP2 0.63 0.33 0.69 0.88 0.45 0.88 0.52 0.91 0.52 0.60 0.40 0.31 0.39 0.62 0.54 0.80 1.11 0.77 0.86 0.63 0.93 0.94 0.89
P 0.65 0.29 0.70 0.90 0.44 0.93 0.52 0.97 0.51 0.62 0.37 0.27 0.35 0.63 0.55 0.79 1.12 0.82 0.91 0.62 0.97 0.95 0.93

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.03 0.05 0.04 0.02 0.01 0.02 0.10 0.01 0.14 0.03 0.16 0.36 0.17
C2 0.04 0.00 0.26 0.26 0.01 0.14 0.01 0.23 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.24 0.35 0.17 0.31 0.02 0.37 0.49 0.31
C2' 0.00 0.26 0.00 0.01 0.15 0.02 0.11 0.06 0.16 0.10 0.22 0.31 0.25 0.07 0.04 0.01 0.02 0.01 0.21 0.14 0.25 0.35 0.20
C3' 0.01 0.26 0.01 0.00 0.17 0.01 0.17 0.02 0.21 0.15 0.25 0.30 0.23 0.16 0.10 0.02 0.01 0.01 0.23 0.21 0.28 0.28 0.18
C4 0.02 0.01 0.15 0.17 0.00 0.08 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.13 0.20 0.09 0.25 0.02 0.25 0.42 0.23
C4' 0.01 0.14 0.02 0.01 0.08 0.00 0.08 0.01 0.09 0.13 0.12 0.18 0.13 0.12 0.05 0.11 0.03 0.01 0.02 0.10 0.12 0.27 0.08
C5 0.02 0.01 0.11 0.17 0.01 0.08 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.14 0.19 0.06 0.33 0.02 0.31 0.52 0.32
C5' 0.04 0.23 0.06 0.02 0.15 0.01 0.17 0.00 0.19 0.22 0.21 0.27 0.20 0.22 0.11 0.07 0.08 0.02 0.01 0.21 0.17 0.22 0.02
C6 0.03 0.01 0.16 0.21 0.01 0.09 0.01 0.19 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.17 0.26 0.09 0.33 0.01 0.35 0.54 0.33
C8 0.01 0.02 0.10 0.15 0.01 0.13 0.01 0.22 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.16 0.13 0.10 0.43 0.03 0.35 0.58 0.41
N1 0.03 0.01 0.22 0.25 0.01 0.12 0.01 0.21 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.21 0.33 0.14 0.31 0.01 0.36 0.50 0.31
N2 0.05 0.01 0.31 0.30 0.02 0.18 0.02 0.27 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.29 0.42 0.20 0.35 0.02 0.44 0.57 0.39
N3 0.04 0.01 0.25 0.23 0.01 0.13 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.21 0.30 0.17 0.27 0.02 0.31 0.45 0.27
N7 0.02 0.02 0.07 0.16 0.01 0.12 0.00 0.22 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.16 0.15 0.07 0.44 0.03 0.39 0.65 0.45
N9 0.01 0.02 0.04 0.10 0.01 0.05 0.01 0.11 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.08 0.08 0.02 0.25 0.03 0.21 0.41 0.23
O2' 0.02 0.24 0.01 0.02 0.13 0.11 0.14 0.07 0.17 0.16 0.21 0.29 0.21 0.16 0.08 0.00 0.05 0.09 0.13 0.18 0.21 0.39 0.18
O3' 0.10 0.35 0.02 0.01 0.20 0.03 0.19 0.08 0.26 0.13 0.33 0.42 0.30 0.15 0.08 0.05 0.00 0.07 0.24 0.26 0.38 0.34 0.25
O4' 0.01 0.17 0.01 0.01 0.09 0.01 0.06 0.02 0.09 0.10 0.14 0.20 0.17 0.07 0.02 0.09 0.07 0.00 0.14 0.09 0.18 0.39 0.22
O5' 0.14 0.31 0.21 0.23 0.25 0.02 0.33 0.01 0.33 0.43 0.31 0.35 0.27 0.44 0.25 0.13 0.24 0.14 0.00 0.37 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.14 0.21 0.02 0.10 0.02 0.21 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.18 0.26 0.09 0.37 0.00 0.40 0.61 0.39
OP1 0.16 0.37 0.25 0.28 0.25 0.12 0.31 0.17 0.35 0.35 0.36 0.44 0.31 0.39 0.21 0.21 0.38 0.18 0.02 0.40 0.00 0.02 0.01
OP2 0.36 0.49 0.35 0.28 0.42 0.27 0.52 0.22 0.54 0.58 0.50 0.57 0.45 0.65 0.41 0.39 0.34 0.39 0.02 0.61 0.02 0.00 0.01
P 0.17 0.31 0.20 0.18 0.23 0.08 0.32 0.02 0.33 0.41 0.31 0.39 0.27 0.45 0.23 0.18 0.25 0.22 0.01 0.39 0.01 0.01 0.00