ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 2011

back

Distances from reference structure (by RMSD)

31, 22, 3, 0, 0, 2, 5, 2, 2, 1, 0, 0, 0, 4, 7, 18, 12, 0, 2, 119,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N9 B 0, 0.542, 1.315, 2.088, 2.455 max_d=2.455 avg_d=1.315 std_dev=0.773
C6 A 0, 0.417, 1.277, 2.138, 2.495 max_d=2.495 avg_d=1.277 std_dev=0.860
C5 A 0, 0.419, 1.324, 2.229, 2.813 max_d=2.813 avg_d=1.324 std_dev=0.905
C1' B 0, 0.428, 1.352, 2.276, 3.186 max_d=3.186 avg_d=1.352 std_dev=0.924
C4 B 0, 0.264, 1.353, 2.442, 3.005 max_d=3.005 avg_d=1.353 std_dev=1.089
C8 B 0, 0.617, 1.714, 2.812, 4.825 max_d=4.825 avg_d=1.714 std_dev=1.098
O4' B 0, 0.289, 1.388, 2.487, 4.085 max_d=4.085 avg_d=1.388 std_dev=1.099
N3 B 0, 0.416, 1.595, 2.775, 3.838 max_d=3.838 avg_d=1.595 std_dev=1.179
C4 A 0, 0.434, 1.614, 2.793, 4.284 max_d=4.284 avg_d=1.614 std_dev=1.180
N1 A 0, 0.311, 1.531, 2.751, 3.288 max_d=3.288 avg_d=1.531 std_dev=1.220
C2' A 0, 0.411, 1.719, 3.026, 6.389 max_d=6.389 avg_d=1.719 std_dev=1.307
O4 A 0, 0.617, 1.948, 3.278, 6.155 max_d=6.155 avg_d=1.948 std_dev=1.330
C1' A 0, 0.501, 1.888, 3.275, 4.909 max_d=4.909 avg_d=1.888 std_dev=1.387
N7 B 0, 0.563, 1.954, 3.344, 5.636 max_d=5.636 avg_d=1.954 std_dev=1.391
C2' B 0, 0.693, 2.170, 3.647, 4.408 max_d=4.408 avg_d=2.170 std_dev=1.477
O5' B 0, 0.666, 2.161, 3.657, 4.874 max_d=4.874 avg_d=2.161 std_dev=1.496
C5 B 0, 0.169, 1.695, 3.221, 4.288 max_d=4.288 avg_d=1.695 std_dev=1.526
C4' B 0, 0.327, 1.862, 3.398, 5.032 max_d=5.032 avg_d=1.862 std_dev=1.536
C2 A 0, 0.392, 1.931, 3.471, 4.560 max_d=4.560 avg_d=1.931 std_dev=1.539
O4' A 0, 0.638, 2.190, 3.743, 6.544 max_d=6.544 avg_d=2.190 std_dev=1.553
N3 A 0, 0.244, 1.818, 3.393, 4.692 max_d=4.692 avg_d=1.818 std_dev=1.574
C3' B 0, 0.422, 2.004, 3.586, 5.028 max_d=5.028 avg_d=2.004 std_dev=1.582
C2 B 0, 0.581, 2.196, 3.811, 5.601 max_d=5.601 avg_d=2.196 std_dev=1.615
O3' B 0, 0.690, 2.339, 3.987, 5.294 max_d=5.294 avg_d=2.339 std_dev=1.648
OP2 B 0, 0.607, 2.290, 3.973, 6.668 max_d=6.668 avg_d=2.290 std_dev=1.683
C3' A 0, 0.034, 1.725, 3.415, 8.819 max_d=8.819 avg_d=1.725 std_dev=1.690
C4' A 0, 0.357, 2.107, 3.857, 8.630 max_d=8.630 avg_d=2.107 std_dev=1.750
P B 0, 0.711, 2.479, 4.246, 5.852 max_d=5.852 avg_d=2.479 std_dev=1.767
C5' B 0, 0.450, 2.225, 4.000, 5.843 max_d=5.843 avg_d=2.225 std_dev=1.775
C5' A 0, 0.610, 2.406, 4.202, 8.865 max_d=8.865 avg_d=2.406 std_dev=1.796
O2 A 0, 0.734, 2.576, 4.418, 5.740 max_d=5.740 avg_d=2.576 std_dev=1.842
O2' A 0, 0.884, 2.732, 4.579, 6.949 max_d=6.949 avg_d=2.732 std_dev=1.848
O2' B 0, 1.110, 2.994, 4.877, 6.700 max_d=6.700 avg_d=2.994 std_dev=1.883
O5' A 0, 0.258, 2.156, 4.053, 8.751 max_d=8.751 avg_d=2.156 std_dev=1.897
N2 B 0, 0.856, 2.755, 4.654, 7.876 max_d=7.876 avg_d=2.755 std_dev=1.899
N1 B 0, 0.492, 2.464, 4.436, 5.741 max_d=5.741 avg_d=2.464 std_dev=1.972
C6 B 0, 0.201, 2.220, 4.239, 5.289 max_d=5.289 avg_d=2.220 std_dev=2.019
O3' A 0, 0.108, 2.238, 4.367, 9.880 max_d=9.880 avg_d=2.238 std_dev=2.130
P A 0, 0.383, 2.586, 4.790, 11.677 max_d=11.677 avg_d=2.586 std_dev=2.204
O6 B 0, 0.412, 2.792, 5.171, 6.691 max_d=6.691 avg_d=2.792 std_dev=2.380
OP2 A 0, 0.242, 2.703, 5.163, 12.505 max_d=12.505 avg_d=2.703 std_dev=2.460
OP1 B 0, 0.792, 3.321, 5.850, 8.262 max_d=8.262 avg_d=3.321 std_dev=2.529
OP1 A 0, 0.717, 3.247, 5.777, 12.953 max_d=12.953 avg_d=3.247 std_dev=2.530

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.10 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.36 0.02 0.01 0.33 0.29 0.54 0.29
C2 0.02 0.00 0.17 0.26 0.02 0.09 0.02 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.23 0.21 0.02 0.12 0.54 0.41 0.97 0.52
C2' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.05 0.01 0.12 0.25 0.16 0.03 0.13 0.30 0.00 0.03 0.06 0.02 0.46 0.64 0.69 0.55
C3' 0.02 0.26 0.00 0.00 0.42 0.01 0.42 0.02 0.35 0.25 0.35 0.21 0.02 0.01 0.45 0.02 0.16 0.46 0.27 0.21
C4 0.02 0.02 0.05 0.42 0.00 0.15 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.02 0.39 0.18 0.01 0.04 0.74 0.56 1.40 0.75
C4' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.15 0.00 0.20 0.01 0.20 0.09 0.10 0.16 0.33 0.03 0.15 0.01 0.02 0.22 0.21 0.08
C5 0.02 0.02 0.12 0.42 0.01 0.20 0.00 0.24 0.01 0.02 0.01 0.02 0.41 0.25 0.01 0.09 0.79 0.59 1.40 0.79
C5' 0.10 0.17 0.25 0.02 0.18 0.01 0.24 0.00 0.23 0.11 0.16 0.28 0.10 0.25 0.19 0.02 0.01 0.14 0.24 0.02
C6 0.02 0.01 0.16 0.35 0.01 0.20 0.01 0.23 0.00 0.01 0.02 0.02 0.36 0.17 0.02 0.12 0.70 0.44 1.13 0.64
N1 0.01 0.01 0.03 0.25 0.01 0.09 0.02 0.11 0.01 0.00 0.01 0.02 0.23 0.12 0.02 0.02 0.52 0.30 0.87 0.45
N3 0.02 0.01 0.13 0.35 0.01 0.10 0.01 0.16 0.02 0.01 0.00 0.01 0.31 0.13 0.02 0.09 0.64 0.49 1.20 0.64
O2 0.04 0.01 0.30 0.21 0.02 0.16 0.02 0.28 0.02 0.02 0.01 0.00 0.20 0.40 0.03 0.20 0.53 0.53 0.89 0.56
O2' 0.02 0.23 0.00 0.02 0.39 0.33 0.41 0.10 0.36 0.23 0.31 0.20 0.00 0.06 0.41 0.23 0.35 0.66 0.78 0.52
O3' 0.36 0.21 0.03 0.01 0.18 0.03 0.25 0.25 0.17 0.12 0.13 0.40 0.06 0.00 0.22 0.26 0.29 0.58 0.51 0.37
O4 0.02 0.02 0.06 0.45 0.01 0.15 0.01 0.19 0.02 0.02 0.02 0.03 0.41 0.22 0.00 0.04 0.78 0.66 1.54 0.83
O4' 0.01 0.12 0.02 0.02 0.04 0.01 0.09 0.02 0.12 0.02 0.09 0.20 0.23 0.26 0.04 0.00 0.30 0.18 0.44 0.26
O5' 0.33 0.54 0.46 0.16 0.74 0.02 0.79 0.01 0.70 0.52 0.64 0.53 0.35 0.29 0.78 0.30 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.29 0.41 0.64 0.46 0.56 0.22 0.59 0.14 0.44 0.30 0.49 0.53 0.66 0.58 0.66 0.18 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.54 0.97 0.69 0.27 1.40 0.21 1.40 0.24 1.13 0.87 1.20 0.89 0.78 0.51 1.54 0.44 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.29 0.52 0.55 0.21 0.75 0.08 0.79 0.02 0.64 0.45 0.64 0.56 0.52 0.37 0.83 0.26 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 2.24 4.30 2.58 1.99 3.36 1.28 3.46 0.62 4.00 2.36 4.39 4.58 3.79 2.86 2.62 2.71 1.97 1.48 0.60 4.03 1.27 0.71 0.47
C2 2.01 4.16 2.16 1.64 3.34 1.16 3.73 0.66 4.39 2.56 4.54 4.30 3.57 3.24 2.58 2.25 1.55 1.41 0.68 4.65 1.13 0.80 0.43
C2' 1.69 3.68 2.16 1.73 2.71 0.97 2.85 0.50 3.43 1.82 3.80 4.03 3.14 2.33 2.01 2.33 1.89 0.96 0.42 3.56 1.54 0.89 0.83
C3' 2.04 3.60 2.53 2.13 2.78 1.32 2.76 0.63 3.21 1.88 3.58 3.95 3.22 2.24 2.20 2.71 2.35 1.33 0.70 3.23 1.33 0.59 0.55
C4 1.57 3.13 1.57 1.21 2.67 1.02 3.15 0.71 3.57 2.36 3.48 3.19 2.71 3.00 2.14 1.63 1.10 1.24 0.74 3.86 0.97 0.84 0.39
C4' 2.41 3.85 2.87 2.33 3.06 1.53 2.92 0.77 3.29 2.10 3.72 4.20 3.55 2.37 2.52 3.10 2.44 1.65 0.76 3.20 1.23 0.58 0.43
C5 1.58 2.88 1.67 1.33 2.51 1.03 2.83 0.66 3.11 2.17 3.09 2.95 2.58 2.66 2.05 1.69 1.21 1.20 0.70 3.25 1.03 0.77 0.35
C5' 2.35 3.31 2.82 2.36 2.71 1.57 2.49 0.84 2.73 1.88 3.12 3.61 3.15 2.01 2.32 3.07 2.55 1.65 0.80 2.61 1.28 0.63 0.54
C6 1.86 3.32 2.08 1.66 2.83 1.14 3.02 0.63 3.34 2.21 3.46 3.42 3.00 2.66 2.28 2.11 1.56 1.30 0.65 3.39 1.18 0.73 0.40
N1 2.05 3.98 2.29 1.77 3.24 1.20 3.46 0.63 3.97 2.41 4.19 4.12 3.50 2.96 2.53 2.37 1.69 1.40 0.64 4.06 1.20 0.75 0.43
N3 1.80 3.73 1.84 1.40 3.08 1.08 3.58 0.70 4.19 2.53 4.17 3.83 3.20 3.26 2.40 1.92 1.29 1.34 0.73 4.54 1.04 0.84 0.41
O2 2.11 4.52 2.28 1.71 3.51 1.19 3.91 0.66 4.71 2.63 4.95 4.75 3.82 3.35 2.68 2.40 1.64 1.46 0.68 5.03 1.16 0.82 0.45
O2' 1.60 3.91 2.07 1.59 2.77 0.80 2.93 0.49 3.60 1.81 4.04 4.38 3.27 2.38 1.99 2.25 1.78 0.82 0.40 3.76 1.67 1.14 1.06
O3' 2.12 3.65 2.62 2.21 2.77 1.42 2.69 0.70 3.14 1.82 3.58 4.07 3.27 2.15 2.20 2.87 2.49 1.41 0.73 3.15 1.31 0.59 0.53
O4 1.38 2.80 1.28 0.98 2.40 0.96 2.93 0.76 3.33 2.27 3.17 2.87 2.40 2.91 1.94 1.36 0.90 1.19 0.78 3.71 0.89 0.88 0.43
O4' 2.63 4.31 3.00 2.34 3.50 1.62 3.39 0.88 3.77 2.47 4.20 4.58 3.97 2.79 2.87 3.15 2.28 1.85 0.84 3.67 1.14 0.64 0.37
O5' 2.50 3.26 2.94 2.70 2.82 1.89 2.67 1.18 2.87 2.15 3.15 3.46 3.13 2.29 2.49 3.00 2.87 1.89 1.24 2.79 0.90 0.90 0.60
OP1 2.27 2.68 2.52 2.37 2.32 1.78 2.12 1.19 2.23 1.80 2.50 2.90 2.62 1.82 2.13 2.65 2.68 1.82 1.19 2.13 1.23 0.87 0.87
OP2 2.40 2.84 2.66 2.71 2.59 2.12 2.55 1.71 2.68 2.24 2.81 2.95 2.76 2.35 2.40 2.58 2.87 2.02 1.86 2.67 1.47 1.78 1.47
P 2.43 2.83 2.75 2.68 2.53 1.99 2.37 1.35 2.49 2.03 2.71 2.99 2.78 2.08 2.33 2.77 3.00 1.96 1.37 2.40 1.03 1.03 0.83

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.10 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.02 0.01 0.02 0.33 0.01 0.36 0.02 0.41 0.48 0.33
C2 0.04 0.00 0.43 0.45 0.01 0.33 0.01 0.65 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.30 0.30 0.30 0.66 0.02 0.87 1.05 0.79
C2' 0.01 0.43 0.00 0.01 0.22 0.02 0.11 0.24 0.19 0.22 0.33 0.52 0.43 0.12 0.03 0.00 0.02 0.02 0.52 0.15 0.51 0.68 0.56
C3' 0.01 0.45 0.01 0.00 0.36 0.01 0.43 0.02 0.47 0.38 0.47 0.48 0.39 0.44 0.26 0.03 0.01 0.03 0.17 0.51 0.34 0.36 0.19
C4 0.02 0.01 0.22 0.36 0.00 0.17 0.01 0.31 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.24 0.16 0.15 0.54 0.01 0.63 0.92 0.58
C4' 0.01 0.33 0.02 0.01 0.17 0.00 0.16 0.01 0.19 0.26 0.26 0.42 0.32 0.23 0.10 0.35 0.03 0.01 0.02 0.20 0.21 0.23 0.07
C5 0.01 0.01 0.11 0.43 0.01 0.16 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.35 0.19 0.07 0.71 0.01 0.78 1.27 0.80
C5' 0.10 0.65 0.24 0.02 0.31 0.01 0.22 0.00 0.33 0.33 0.51 0.82 0.59 0.28 0.11 0.12 0.23 0.02 0.01 0.30 0.23 0.31 0.02
C6 0.02 0.01 0.19 0.47 0.01 0.19 0.01 0.33 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.35 0.25 0.12 0.71 0.01 0.82 1.34 0.83
C8 0.02 0.01 0.22 0.38 0.01 0.26 0.01 0.33 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.42 0.19 0.18 0.94 0.03 0.93 1.35 0.99
N1 0.03 0.01 0.33 0.47 0.01 0.26 0.01 0.51 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.30 0.26 0.22 0.65 0.02 0.83 1.18 0.78
N2 0.05 0.01 0.52 0.48 0.01 0.42 0.01 0.82 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.38 0.39 0.36 0.82 0.03 1.09 1.20 1.00
N3 0.04 0.01 0.43 0.39 0.01 0.32 0.01 0.59 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.27 0.30 0.30 0.58 0.02 0.75 0.87 0.66
N7 0.02 0.01 0.12 0.44 0.01 0.23 0.01 0.28 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.45 0.25 0.10 0.95 0.03 0.99 1.56 1.06
N9 0.01 0.01 0.03 0.26 0.01 0.10 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.24 0.09 0.02 0.58 0.02 0.60 0.86 0.58
O2' 0.02 0.30 0.00 0.03 0.24 0.35 0.35 0.12 0.35 0.42 0.30 0.38 0.27 0.45 0.24 0.00 0.05 0.24 0.42 0.40 0.40 0.72 0.50
O3' 0.33 0.30 0.02 0.01 0.16 0.03 0.19 0.23 0.25 0.19 0.26 0.39 0.30 0.25 0.09 0.05 0.00 0.23 0.26 0.30 0.59 0.34 0.31
O4' 0.01 0.30 0.02 0.03 0.15 0.01 0.07 0.02 0.12 0.18 0.22 0.36 0.30 0.10 0.02 0.24 0.23 0.00 0.28 0.09 0.37 0.40 0.28
O5' 0.36 0.66 0.52 0.17 0.54 0.02 0.71 0.01 0.71 0.94 0.65 0.82 0.58 0.95 0.58 0.42 0.26 0.28 0.00 0.80 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.15 0.51 0.01 0.20 0.01 0.30 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.40 0.30 0.09 0.80 0.00 0.91 1.55 0.95
OP1 0.41 0.87 0.51 0.34 0.63 0.21 0.78 0.23 0.82 0.93 0.83 1.09 0.75 0.99 0.60 0.40 0.59 0.37 0.02 0.91 0.00 0.02 0.01
OP2 0.48 1.05 0.68 0.36 0.92 0.23 1.27 0.31 1.34 1.35 1.18 1.20 0.87 1.56 0.86 0.72 0.34 0.40 0.02 1.55 0.02 0.00 0.01
P 0.33 0.79 0.56 0.19 0.58 0.07 0.80 0.02 0.83 0.99 0.78 1.00 0.66 1.06 0.58 0.50 0.31 0.28 0.01 0.95 0.01 0.01 0.00