ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 2012

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 2, 4, 6, 28, 24, 52, 84, 11, 27, 17, 4, 7, 1, 7, 0, 17, 207,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C1' B 0, 0.203, 1.073, 1.942, 3.389 max_d=3.389 avg_d=1.073 std_dev=0.870
N3 B 0, 0.809, 1.706, 2.603, 4.186 max_d=4.186 avg_d=1.706 std_dev=0.897
C4 B 0, 0.316, 1.269, 2.222, 3.598 max_d=3.598 avg_d=1.269 std_dev=0.953
N9 B 0, 0.287, 1.241, 2.195, 3.077 max_d=3.077 avg_d=1.241 std_dev=0.954
O4' B 0, 0.210, 1.192, 2.174, 4.718 max_d=4.718 avg_d=1.192 std_dev=0.982
C5 A 0, 0.247, 1.239, 2.232, 3.585 max_d=3.585 avg_d=1.239 std_dev=0.992
N3 A 0, 0.819, 1.855, 2.892, 4.215 max_d=4.215 avg_d=1.855 std_dev=1.037
C2 B 0, 1.129, 2.171, 3.213, 4.923 max_d=4.923 avg_d=2.171 std_dev=1.042
C6 A 0, 0.116, 1.201, 2.286, 3.812 max_d=3.812 avg_d=1.201 std_dev=1.085
N1 A 0, 0.394, 1.484, 2.573, 4.089 max_d=4.089 avg_d=1.484 std_dev=1.089
C4 A 0, 0.426, 1.545, 2.665, 4.329 max_d=4.329 avg_d=1.545 std_dev=1.119
C2 A 0, 0.589, 1.755, 2.921, 4.591 max_d=4.591 avg_d=1.755 std_dev=1.166
C4' B 0, 0.129, 1.351, 2.573, 5.119 max_d=5.119 avg_d=1.351 std_dev=1.222
N1 B 0, 0.874, 2.196, 3.518, 5.347 max_d=5.347 avg_d=2.196 std_dev=1.322
C2' B 0, 0.240, 1.596, 2.951, 4.812 max_d=4.812 avg_d=1.596 std_dev=1.356
C5 B 0, 0.570, 1.946, 3.322, 4.374 max_d=4.374 avg_d=1.946 std_dev=1.376
C3' B 0, 0.159, 1.616, 3.073, 5.626 max_d=5.626 avg_d=1.616 std_dev=1.457
C8 B 0, 0.697, 2.186, 3.675, 5.001 max_d=5.001 avg_d=2.186 std_dev=1.489
C6 B 0, 0.705, 2.240, 3.776, 5.268 max_d=5.268 avg_d=2.240 std_dev=1.535
C5' B 0, 0.077, 1.614, 3.150, 7.210 max_d=7.210 avg_d=1.614 std_dev=1.537
O2 A 0, 0.762, 2.321, 3.881, 6.076 max_d=6.076 avg_d=2.321 std_dev=1.560
O5' B 0, 0.359, 1.948, 3.538, 7.496 max_d=7.496 avg_d=1.948 std_dev=1.590
O4 A 0, 0.223, 1.928, 3.633, 6.634 max_d=6.634 avg_d=1.928 std_dev=1.705
C1' A 0, 0.301, 2.022, 3.744, 5.425 max_d=5.425 avg_d=2.022 std_dev=1.722
C2' A 0, 0.271, 2.011, 3.751, 6.200 max_d=6.200 avg_d=2.011 std_dev=1.740
N7 B 0, 0.816, 2.614, 4.412, 5.425 max_d=5.425 avg_d=2.614 std_dev=1.798
O2' B 0, 0.197, 2.111, 4.025, 6.103 max_d=6.103 avg_d=2.111 std_dev=1.914
N6 B 0, 0.945, 2.996, 5.048, 6.525 max_d=6.525 avg_d=2.996 std_dev=2.051
O3' B 0, 0.161, 2.217, 4.273, 6.899 max_d=6.899 avg_d=2.217 std_dev=2.056
OP2 B 0, 1.052, 3.245, 5.439, 10.708 max_d=10.708 avg_d=3.245 std_dev=2.193
P B 0, 0.036, 2.318, 4.600, 10.262 max_d=10.262 avg_d=2.318 std_dev=2.282
O2' A 0, 0.449, 2.753, 5.058, 7.788 max_d=7.788 avg_d=2.753 std_dev=2.305
O4' A 0, 0.016, 2.343, 4.669, 7.227 max_d=7.227 avg_d=2.343 std_dev=2.327
C3' A 0, -0.125, 2.220, 4.565, 8.138 max_d=8.138 avg_d=2.220 std_dev=2.345
OP1 B 0, 1.100, 3.487, 5.875, 11.340 max_d=11.340 avg_d=3.487 std_dev=2.388
O3' A 0, -0.077, 2.725, 5.526, 10.407 max_d=10.407 avg_d=2.725 std_dev=2.801
C4' A 0, -0.307, 2.535, 5.377, 8.290 max_d=8.290 avg_d=2.535 std_dev=2.842
O5' A 0, -0.371, 2.783, 5.937, 9.434 max_d=9.434 avg_d=2.783 std_dev=3.154
C5' A 0, -0.341, 2.906, 6.154, 9.968 max_d=9.968 avg_d=2.906 std_dev=3.247
P A 0, -0.581, 3.313, 7.206, 11.865 max_d=11.865 avg_d=3.313 std_dev=3.893
OP2 A 0, -0.488, 3.540, 7.567, 12.962 max_d=12.962 avg_d=3.540 std_dev=4.028
OP1 A 0, -0.518, 3.649, 7.815, 13.638 max_d=13.638 avg_d=3.649 std_dev=4.166

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.09 0.02 0.01 0.03 0.06 0.02 0.33 0.03 0.01 0.27 0.48 0.53 0.33
C2 0.03 0.00 0.18 0.29 0.02 0.14 0.02 0.24 0.01 0.01 0.01 0.01 0.26 0.24 0.02 0.15 0.48 0.78 0.85 0.57
C2' 0.01 0.18 0.00 0.01 0.07 0.02 0.13 0.22 0.16 0.03 0.14 0.31 0.01 0.04 0.08 0.02 0.56 0.70 0.66 0.60
C3' 0.02 0.29 0.01 0.00 0.41 0.01 0.41 0.03 0.35 0.25 0.36 0.27 0.02 0.01 0.44 0.03 0.31 0.41 0.30 0.25
C4 0.03 0.02 0.07 0.41 0.00 0.18 0.01 0.31 0.01 0.02 0.01 0.02 0.37 0.25 0.01 0.04 0.72 1.12 1.38 0.93
C4' 0.02 0.14 0.02 0.01 0.18 0.00 0.26 0.01 0.25 0.10 0.14 0.25 0.31 0.03 0.19 0.01 0.02 0.25 0.36 0.09
C5 0.02 0.02 0.13 0.41 0.01 0.26 0.00 0.41 0.01 0.01 0.01 0.02 0.40 0.27 0.01 0.13 0.85 1.23 1.49 1.07
C5' 0.09 0.24 0.22 0.03 0.31 0.01 0.41 0.00 0.38 0.17 0.26 0.41 0.12 0.22 0.34 0.02 0.01 0.33 0.40 0.02
C6 0.02 0.01 0.16 0.35 0.01 0.25 0.01 0.38 0.00 0.01 0.02 0.02 0.35 0.20 0.02 0.17 0.77 1.04 1.21 0.91
N1 0.01 0.01 0.03 0.25 0.02 0.10 0.01 0.17 0.01 0.00 0.01 0.02 0.21 0.15 0.02 0.02 0.47 0.72 0.83 0.56
N3 0.03 0.01 0.14 0.36 0.01 0.14 0.01 0.26 0.02 0.01 0.00 0.02 0.32 0.22 0.02 0.10 0.59 0.94 1.11 0.73
O2 0.06 0.01 0.31 0.27 0.02 0.25 0.02 0.41 0.02 0.02 0.02 0.00 0.32 0.39 0.03 0.27 0.54 0.83 0.77 0.62
O2' 0.02 0.26 0.01 0.02 0.37 0.31 0.40 0.12 0.35 0.21 0.32 0.32 0.00 0.08 0.40 0.22 0.43 0.62 0.68 0.51
O3' 0.33 0.24 0.04 0.01 0.25 0.03 0.27 0.22 0.20 0.15 0.22 0.39 0.08 0.00 0.29 0.23 0.31 0.58 0.40 0.33
O4 0.03 0.02 0.08 0.44 0.01 0.19 0.01 0.34 0.02 0.02 0.02 0.03 0.40 0.29 0.00 0.05 0.77 1.22 1.53 1.02
O4' 0.01 0.15 0.02 0.03 0.04 0.01 0.13 0.02 0.17 0.02 0.10 0.27 0.22 0.23 0.05 0.00 0.14 0.33 0.54 0.25
O5' 0.27 0.48 0.56 0.31 0.72 0.02 0.85 0.01 0.77 0.47 0.59 0.54 0.43 0.31 0.77 0.14 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.48 0.78 0.70 0.41 1.12 0.25 1.23 0.33 1.04 0.72 0.94 0.83 0.62 0.58 1.22 0.33 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.53 0.85 0.66 0.30 1.38 0.36 1.49 0.40 1.21 0.83 1.11 0.77 0.68 0.40 1.53 0.54 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.33 0.57 0.60 0.25 0.93 0.09 1.07 0.02 0.91 0.56 0.73 0.62 0.51 0.33 1.02 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 2.12 3.95 2.56 2.13 3.03 1.29 2.99 0.70 3.45 2.07 3.90 3.53 3.40 2.44 2.37 2.74 2.34 1.38 0.76 0.87 0.94 0.40
C2 1.67 3.84 1.86 1.46 2.93 0.89 3.25 0.68 3.87 2.18 4.13 3.23 4.04 2.77 2.21 1.94 1.54 1.13 0.64 0.97 1.10 0.41
C2' 1.95 3.63 2.36 2.08 2.67 1.34 2.62 0.81 3.11 1.74 3.58 3.22 3.11 2.10 2.06 2.64 2.47 1.34 0.72 1.00 0.98 0.46
C3' 2.21 3.48 2.74 2.49 2.68 1.65 2.54 0.98 2.89 1.85 3.31 3.22 2.86 2.10 2.20 3.03 2.95 1.58 0.93 0.75 0.98 0.50
C4 1.25 2.92 1.32 1.02 2.32 0.84 2.77 0.87 3.18 2.03 3.21 2.43 3.43 2.60 1.80 1.36 1.02 1.03 0.65 0.97 1.18 0.41
C4' 2.55 3.57 3.20 2.86 2.87 1.97 2.61 1.23 2.88 2.01 3.31 3.42 2.76 2.16 2.46 3.54 3.28 1.86 1.14 0.82 0.86 0.59
C5 1.32 2.74 1.56 1.32 2.21 0.79 2.45 0.63 2.73 1.87 2.85 2.38 2.81 2.27 1.76 1.61 1.34 0.91 0.64 0.89 1.08 0.33
C5' 2.75 3.17 3.44 3.27 2.67 2.41 2.30 1.68 2.44 1.92 2.82 3.19 2.30 1.92 2.44 3.84 3.82 2.17 1.47 1.01 0.90 0.86
C6 1.68 3.13 2.06 1.79 2.52 1.04 2.59 0.62 2.90 1.90 3.14 2.81 2.89 2.24 2.02 2.14 1.88 1.10 0.71 0.85 0.98 0.34
N1 1.83 3.68 2.17 1.80 2.87 1.05 2.99 0.62 3.45 2.07 3.76 3.23 3.46 2.51 2.22 2.27 1.92 1.19 0.69 0.90 1.01 0.38
N3 1.44 3.45 1.50 1.15 2.68 0.86 3.15 0.84 3.74 2.16 3.84 2.86 4.03 2.81 2.03 1.55 1.17 1.10 0.64 0.99 1.17 0.43
O2 1.76 4.17 1.93 1.49 3.09 0.91 3.42 0.70 4.17 2.24 4.52 3.46 4.39 2.87 2.30 2.03 1.58 1.18 0.64 0.99 1.11 0.44
O2' 1.93 3.86 2.29 1.95 2.76 1.27 2.71 0.87 3.27 1.75 3.81 3.37 3.28 2.13 2.09 2.60 2.37 1.31 0.76 1.18 1.08 0.67
O3' 2.20 3.49 2.76 2.51 2.66 1.65 2.50 0.99 2.88 1.81 3.32 3.22 2.85 2.06 2.18 3.11 3.02 1.56 0.94 0.72 1.03 0.52
O4 1.22 2.62 1.15 0.91 2.10 1.10 2.60 1.17 3.00 2.01 2.95 2.14 3.36 2.58 1.67 1.21 0.89 1.23 0.74 1.01 1.22 0.49
O4' 2.51 3.83 3.09 2.64 3.09 1.73 2.88 1.03 3.19 2.17 3.62 3.62 3.06 2.38 2.58 3.32 2.85 1.74 1.03 0.84 0.86 0.54
O5' 2.78 2.88 3.47 3.53 2.53 2.69 2.14 2.08 2.19 1.94 2.53 2.96 2.03 1.83 2.41 3.75 4.07 2.32 1.90 1.47 1.12 1.32
OP1 2.71 2.10 3.34 3.62 1.99 3.02 1.48 2.59 1.35 1.68 1.63 2.36 1.17 1.36 2.12 3.75 4.37 2.49 2.35 2.17 1.78 1.94
OP2 2.91 2.53 3.46 3.87 2.41 3.27 2.06 2.94 1.97 2.20 2.18 2.70 1.83 1.98 2.50 3.64 4.40 2.74 2.71 2.41 2.04 2.31
P 2.94 2.47 3.59 3.89 2.33 3.18 1.85 2.66 1.76 1.95 2.05 2.69 1.57 1.67 2.41 3.88 4.59 2.67 2.37 1.98 1.55 1.84

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.02 0.30 0.01 0.23 0.48 0.45 0.26
C2 0.05 0.00 0.43 0.58 0.01 0.39 0.01 0.61 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.34 0.47 0.35 0.85 1.16 1.11 0.99
C2' 0.01 0.43 0.00 0.01 0.22 0.02 0.11 0.18 0.20 0.21 0.33 0.43 0.15 0.12 0.03 0.01 0.03 0.02 0.47 0.76 0.65 0.51
C3' 0.01 0.58 0.01 0.00 0.37 0.01 0.38 0.03 0.44 0.37 0.52 0.55 0.45 0.39 0.23 0.02 0.01 0.02 0.34 0.67 0.45 0.36
C4 0.02 0.01 0.22 0.37 0.00 0.18 0.00 0.26 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.23 0.20 0.18 0.51 0.88 0.76 0.55
C4' 0.01 0.39 0.02 0.01 0.18 0.00 0.14 0.01 0.18 0.30 0.30 0.38 0.17 0.24 0.10 0.30 0.03 0.01 0.02 0.37 0.26 0.08
C5 0.02 0.01 0.11 0.38 0.00 0.14 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.29 0.15 0.09 0.57 1.10 0.99 0.68
C5' 0.07 0.61 0.18 0.03 0.26 0.01 0.22 0.00 0.29 0.47 0.48 0.56 0.28 0.40 0.15 0.12 0.21 0.02 0.01 0.39 0.41 0.02
C6 0.03 0.01 0.20 0.44 0.01 0.18 0.01 0.29 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.30 0.22 0.17 0.63 1.19 1.03 0.76
C8 0.02 0.02 0.21 0.37 0.01 0.30 0.01 0.47 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.37 0.28 0.20 0.80 1.18 1.20 0.93
N1 0.04 0.01 0.33 0.52 0.02 0.30 0.01 0.48 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.31 0.35 0.28 0.75 1.20 1.07 0.90
N3 0.05 0.01 0.43 0.55 0.01 0.38 0.01 0.56 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.32 0.45 0.34 0.76 0.99 0.94 0.83
N6 0.03 0.02 0.15 0.45 0.02 0.17 0.02 0.28 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.33 0.23 0.12 0.66 1.33 1.19 0.85
N7 0.02 0.02 0.12 0.39 0.01 0.24 0.01 0.40 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.38 0.26 0.11 0.77 1.32 1.31 0.96
N9 0.01 0.02 0.03 0.23 0.01 0.10 0.01 0.15 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.21 0.12 0.02 0.43 0.76 0.71 0.47
O2' 0.02 0.34 0.01 0.02 0.23 0.30 0.29 0.12 0.30 0.37 0.31 0.32 0.33 0.38 0.21 0.00 0.06 0.21 0.35 0.74 0.64 0.46
O3' 0.30 0.47 0.03 0.01 0.20 0.03 0.15 0.21 0.22 0.28 0.35 0.45 0.23 0.26 0.12 0.06 0.00 0.21 0.33 0.73 0.63 0.42
O4' 0.01 0.35 0.02 0.02 0.18 0.01 0.09 0.02 0.17 0.20 0.28 0.34 0.12 0.11 0.02 0.21 0.21 0.00 0.16 0.36 0.38 0.23
O5' 0.23 0.85 0.47 0.34 0.51 0.02 0.57 0.01 0.63 0.80 0.75 0.76 0.66 0.77 0.43 0.35 0.33 0.16 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.48 1.16 0.76 0.67 0.88 0.37 1.10 0.39 1.19 1.18 1.20 0.99 1.33 1.32 0.76 0.74 0.73 0.36 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.45 1.11 0.65 0.45 0.76 0.26 0.99 0.41 1.03 1.20 1.07 0.94 1.19 1.31 0.71 0.64 0.63 0.38 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.26 0.99 0.51 0.36 0.55 0.08 0.68 0.02 0.76 0.93 0.90 0.83 0.85 0.96 0.47 0.46 0.42 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00