ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 20149

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 3, 4, 2, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.016, 0.086, 0.155, 0.268 max_d=0.268 avg_d=0.086 std_dev=0.069
N1 A 0, 0.025, 0.121, 0.216, 0.374 max_d=0.374 avg_d=0.121 std_dev=0.096
C2 A 0, 0.057, 0.178, 0.299, 0.420 max_d=0.420 avg_d=0.178 std_dev=0.121
N9 B 0, 0.082, 0.212, 0.343, 0.426 max_d=0.426 avg_d=0.212 std_dev=0.130
C4 A 0, 0.060, 0.202, 0.343, 0.525 max_d=0.525 avg_d=0.202 std_dev=0.141
C5 B 0, 0.069, 0.215, 0.361, 0.502 max_d=0.502 avg_d=0.215 std_dev=0.146
C6 A 0, 0.045, 0.199, 0.353, 0.480 max_d=0.480 avg_d=0.199 std_dev=0.154
N3 A 0, 0.028, 0.192, 0.357, 0.574 max_d=0.574 avg_d=0.192 std_dev=0.164
C5 A 0, 0.070, 0.242, 0.413, 0.517 max_d=0.517 avg_d=0.242 std_dev=0.171
N3 B 0, 0.113, 0.290, 0.466, 0.550 max_d=0.550 avg_d=0.290 std_dev=0.177
C1' A 0, 0.033, 0.218, 0.402, 0.576 max_d=0.576 avg_d=0.218 std_dev=0.184
O4' A 0, 0.125, 0.321, 0.518, 0.694 max_d=0.694 avg_d=0.321 std_dev=0.197
C6 B 0, 0.074, 0.284, 0.495, 0.660 max_d=0.660 avg_d=0.284 std_dev=0.210
N4 A 0, 0.070, 0.281, 0.493, 0.773 max_d=0.773 avg_d=0.281 std_dev=0.211
O2 A 0, 0.084, 0.304, 0.525, 0.773 max_d=0.773 avg_d=0.304 std_dev=0.221
N1 B 0, 0.115, 0.339, 0.563, 0.775 max_d=0.775 avg_d=0.339 std_dev=0.224
C2 B 0, 0.152, 0.376, 0.600, 0.729 max_d=0.729 avg_d=0.376 std_dev=0.224
C1' B 0, 0.088, 0.334, 0.580, 0.885 max_d=0.885 avg_d=0.334 std_dev=0.246
C4' A 0, 0.187, 0.436, 0.685, 0.914 max_d=0.914 avg_d=0.436 std_dev=0.249
C2' A 0, 0.090, 0.350, 0.611, 0.890 max_d=0.890 avg_d=0.350 std_dev=0.261
C3' A 0, 0.184, 0.451, 0.718, 0.987 max_d=0.987 avg_d=0.451 std_dev=0.267
C8 B 0, 0.105, 0.373, 0.641, 0.974 max_d=0.974 avg_d=0.373 std_dev=0.268
N7 B 0, 0.108, 0.402, 0.696, 1.050 max_d=1.050 avg_d=0.402 std_dev=0.294
C5' A 0, 0.254, 0.569, 0.885, 0.938 max_d=0.938 avg_d=0.569 std_dev=0.316
O5' A 0, 0.141, 0.463, 0.784, 1.151 max_d=1.151 avg_d=0.463 std_dev=0.321
N6 B 0, 0.134, 0.465, 0.796, 0.975 max_d=0.975 avg_d=0.465 std_dev=0.331
O2' A 0, 0.133, 0.464, 0.796, 1.206 max_d=1.206 avg_d=0.464 std_dev=0.332
O3' A 0, 0.247, 0.596, 0.946, 1.350 max_d=1.350 avg_d=0.596 std_dev=0.349
P A 0, 0.115, 0.593, 1.070, 1.628 max_d=1.628 avg_d=0.593 std_dev=0.478
C2' B 0, 0.098, 0.646, 1.194, 1.875 max_d=1.875 avg_d=0.646 std_dev=0.548
OP2 A 0, 0.156, 0.745, 1.335, 2.030 max_d=2.030 avg_d=0.745 std_dev=0.589
O4' B 0, -0.006, 0.606, 1.219, 2.492 max_d=2.492 avg_d=0.606 std_dev=0.612
OP1 A 0, 0.205, 0.851, 1.498, 2.060 max_d=2.060 avg_d=0.851 std_dev=0.647
C4' B 0, 0.121, 0.822, 1.523, 2.422 max_d=2.422 avg_d=0.822 std_dev=0.701
C3' B 0, 0.156, 0.867, 1.577, 2.455 max_d=2.455 avg_d=0.867 std_dev=0.711
O2' B 0, 0.019, 0.876, 1.734, 3.162 max_d=3.162 avg_d=0.876 std_dev=0.857
O3' B 0, 0.162, 1.155, 2.149, 3.553 max_d=3.553 avg_d=1.155 std_dev=0.994
C5' B 0, -0.107, 1.282, 2.672, 5.194 max_d=5.194 avg_d=1.282 std_dev=1.390
O5' B 0, -0.304, 1.453, 3.211, 6.623 max_d=6.623 avg_d=1.453 std_dev=1.757
P B 0, -0.809, 1.739, 4.287, 9.763 max_d=9.763 avg_d=1.739 std_dev=2.548
OP1 B 0, -0.812, 1.974, 4.760, 10.634 max_d=10.634 avg_d=1.974 std_dev=2.786
OP2 B 0, -0.902, 1.969, 4.840, 10.941 max_d=10.941 avg_d=1.969 std_dev=2.871

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.07 0.20 0.14 0.06
C2 0.02 0.00 0.10 0.14 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.17 0.05 0.14 0.29 0.24 0.16
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.05 0.02 0.08 0.02 0.09 0.02 0.08 0.05 0.19 0.00 0.02 0.01 0.08 0.11 0.13 0.08
C3' 0.02 0.14 0.00 0.00 0.12 0.00 0.10 0.02 0.09 0.07 0.14 0.13 0.19 0.02 0.01 0.01 0.09 0.11 0.11 0.09
C4 0.02 0.01 0.05 0.12 0.00 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.14 0.03 0.18 0.39 0.34 0.23
C4' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.05 0.03 0.05 0.06 0.05 0.06 0.02 0.00 0.02 0.08 0.06 0.02
C5 0.02 0.01 0.08 0.10 0.01 0.06 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.12 0.05 0.18 0.40 0.35 0.24
C5' 0.02 0.07 0.02 0.02 0.11 0.01 0.12 0.00 0.11 0.07 0.09 0.12 0.06 0.06 0.02 0.02 0.01 0.08 0.11 0.01
C6 0.01 0.01 0.09 0.09 0.01 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.07 0.10 0.06 0.15 0.34 0.28 0.18
N1 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.08 0.02 0.12 0.28 0.22 0.13
N3 0.02 0.00 0.08 0.14 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.18 0.04 0.17 0.34 0.29 0.20
N4 0.02 0.01 0.05 0.13 0.00 0.06 0.01 0.12 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.16 0.03 0.19 0.42 0.37 0.26
O2 0.02 0.01 0.19 0.19 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.12 0.23 0.07 0.13 0.25 0.20 0.14
O2' 0.02 0.06 0.00 0.02 0.06 0.06 0.08 0.06 0.07 0.04 0.06 0.06 0.12 0.00 0.03 0.05 0.06 0.12 0.09 0.06
O3' 0.02 0.17 0.02 0.01 0.14 0.02 0.12 0.02 0.10 0.08 0.18 0.16 0.23 0.03 0.00 0.02 0.11 0.18 0.17 0.10
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.02 0.06 0.02 0.04 0.03 0.07 0.05 0.02 0.00 0.08 0.23 0.09 0.07
O5' 0.07 0.14 0.08 0.09 0.18 0.02 0.18 0.01 0.15 0.12 0.17 0.19 0.13 0.06 0.11 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.20 0.29 0.11 0.11 0.39 0.08 0.40 0.08 0.34 0.28 0.34 0.42 0.25 0.12 0.18 0.23 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.14 0.24 0.13 0.11 0.34 0.06 0.35 0.11 0.28 0.22 0.29 0.37 0.20 0.09 0.17 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.16 0.08 0.09 0.23 0.02 0.24 0.01 0.18 0.13 0.20 0.26 0.14 0.06 0.10 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.32 0.40 0.45 0.35 0.24 0.19 0.19 0.47 0.18 0.24 0.22 0.39 0.34 0.29 0.24 0.56 0.34 0.19 0.69 1.45 0.70 0.97
C2 0.28 0.32 0.49 0.45 0.18 0.35 0.08 0.66 0.11 0.08 0.13 0.34 0.31 0.14 0.16 0.60 0.50 0.24 0.87 1.62 0.82 1.19
C2' 0.42 0.46 0.54 0.41 0.32 0.21 0.24 0.42 0.22 0.29 0.28 0.47 0.35 0.31 0.32 0.65 0.38 0.24 0.67 1.39 0.69 0.95
C3' 0.43 0.45 0.45 0.32 0.35 0.22 0.33 0.37 0.30 0.41 0.31 0.45 0.41 0.43 0.37 0.54 0.22 0.34 0.59 1.23 0.68 0.79
C4 0.28 0.34 0.46 0.41 0.19 0.31 0.06 0.58 0.11 0.07 0.13 0.34 0.31 0.11 0.17 0.56 0.44 0.23 0.75 1.44 0.62 1.01
C4' 0.37 0.40 0.38 0.31 0.30 0.25 0.32 0.44 0.27 0.42 0.27 0.39 0.39 0.45 0.34 0.44 0.16 0.34 0.65 1.30 0.78 0.84
C5 0.32 0.43 0.43 0.34 0.26 0.18 0.18 0.39 0.17 0.20 0.25 0.41 0.36 0.23 0.24 0.51 0.30 0.20 0.56 1.25 0.51 0.77
C5' 0.41 0.34 0.34 0.36 0.33 0.42 0.39 0.59 0.30 0.53 0.24 0.34 0.42 0.56 0.41 0.33 0.20 0.48 0.75 1.29 0.96 0.87
C6 0.34 0.43 0.43 0.34 0.28 0.19 0.22 0.39 0.20 0.26 0.26 0.42 0.36 0.29 0.27 0.51 0.28 0.22 0.58 1.28 0.59 0.80
N1 0.30 0.38 0.44 0.36 0.22 0.21 0.16 0.49 0.16 0.19 0.20 0.38 0.34 0.24 0.21 0.55 0.36 0.18 0.70 1.44 0.65 0.97
N3 0.29 0.30 0.50 0.49 0.18 0.42 0.05 0.73 0.10 0.05 0.10 0.32 0.30 0.09 0.17 0.61 0.55 0.31 0.93 1.64 0.85 1.24
N4 0.29 0.31 0.49 0.46 0.19 0.38 0.07 0.65 0.12 0.09 0.10 0.33 0.30 0.09 0.19 0.58 0.50 0.31 0.82 1.44 0.65 1.04
O2 0.29 0.30 0.52 0.51 0.17 0.43 0.06 0.77 0.11 0.06 0.11 0.33 0.30 0.13 0.16 0.64 0.59 0.29 0.99 1.77 0.99 1.36
O2' 0.44 0.47 0.58 0.46 0.32 0.26 0.22 0.49 0.20 0.28 0.27 0.49 0.34 0.29 0.33 0.71 0.45 0.25 0.75 1.50 0.78 1.06
O3' 0.49 0.48 0.47 0.31 0.39 0.26 0.37 0.36 0.33 0.45 0.35 0.49 0.42 0.46 0.42 0.58 0.22 0.40 0.58 1.17 0.69 0.76
O4' 0.31 0.39 0.38 0.31 0.26 0.18 0.26 0.43 0.22 0.33 0.25 0.37 0.36 0.38 0.27 0.46 0.22 0.23 0.64 1.36 0.73 0.87
O5' 0.45 0.33 0.37 0.41 0.37 0.49 0.43 0.63 0.33 0.58 0.24 0.34 0.44 0.60 0.45 0.33 0.28 0.54 0.78 1.26 1.00 0.86
OP1 0.65 0.38 0.52 0.63 0.53 0.82 0.59 0.99 0.47 0.80 0.37 0.43 0.54 0.80 0.65 0.52 0.59 0.85 1.09 1.39 1.37 1.13
OP2 0.78 0.57 0.77 0.86 0.70 0.85 0.73 0.98 0.62 0.89 0.53 0.62 0.63 0.89 0.79 0.66 0.73 0.85 1.11 1.41 1.37 1.13
P 0.56 0.34 0.45 0.55 0.45 0.69 0.51 0.84 0.38 0.70 0.28 0.38 0.44 0.71 0.56 0.41 0.47 0.72 0.95 1.31 1.25 1.01

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.12 0.01 0.06 0.46 0.15 0.15
C2 0.03 0.00 0.19 0.36 0.01 0.38 0.01 0.67 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.22 0.28 0.29 0.87 1.31 0.69 1.01
C2' 0.00 0.19 0.00 0.01 0.12 0.02 0.10 0.02 0.13 0.08 0.17 0.18 0.12 0.08 0.05 0.00 0.05 0.02 0.10 0.63 0.21 0.26
C3' 0.02 0.36 0.01 0.00 0.20 0.00 0.23 0.02 0.24 0.34 0.29 0.34 0.26 0.33 0.17 0.03 0.01 0.01 0.11 0.61 0.29 0.29
C4 0.02 0.01 0.12 0.20 0.00 0.15 0.00 0.27 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.13 0.11 0.15 0.33 0.73 0.24 0.36
C4' 0.02 0.38 0.02 0.00 0.15 0.00 0.07 0.01 0.14 0.27 0.28 0.37 0.09 0.20 0.06 0.16 0.03 0.01 0.02 0.26 0.18 0.08
C5 0.01 0.01 0.10 0.23 0.00 0.07 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.14 0.17 0.08 0.23 0.67 0.54 0.32
C5' 0.02 0.67 0.02 0.02 0.27 0.01 0.16 0.00 0.28 0.42 0.52 0.61 0.21 0.32 0.09 0.13 0.07 0.01 0.01 0.05 0.20 0.01
C6 0.02 0.01 0.13 0.24 0.01 0.14 0.01 0.28 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.16 0.17 0.14 0.35 0.84 0.42 0.42
C8 0.01 0.01 0.08 0.34 0.00 0.27 0.00 0.42 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.18 0.31 0.16 0.62 0.73 1.02 0.76
N1 0.03 0.00 0.17 0.29 0.01 0.28 0.01 0.52 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.19 0.21 0.23 0.65 1.15 0.44 0.77
N3 0.03 0.00 0.18 0.34 0.00 0.37 0.00 0.61 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.21 0.27 0.28 0.79 1.11 0.59 0.85
N6 0.02 0.01 0.12 0.26 0.01 0.09 0.01 0.21 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.17 0.22 0.11 0.29 0.78 0.62 0.39
N7 0.01 0.01 0.08 0.33 0.00 0.20 0.00 0.32 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.17 0.31 0.08 0.52 0.70 1.05 0.68
N9 0.01 0.01 0.05 0.17 0.00 0.06 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.12 0.01 0.17 0.54 0.41 0.27
O2' 0.01 0.22 0.00 0.03 0.13 0.16 0.14 0.13 0.16 0.18 0.19 0.21 0.17 0.17 0.10 0.00 0.09 0.11 0.05 0.55 0.21 0.20
O3' 0.12 0.28 0.05 0.01 0.11 0.03 0.17 0.07 0.17 0.31 0.21 0.27 0.22 0.31 0.12 0.09 0.00 0.07 0.20 0.63 0.56 0.38
O4' 0.01 0.29 0.02 0.01 0.15 0.01 0.08 0.01 0.14 0.16 0.23 0.28 0.11 0.08 0.01 0.11 0.07 0.00 0.11 0.25 0.15 0.14
O5' 0.06 0.87 0.10 0.11 0.33 0.02 0.23 0.01 0.35 0.62 0.65 0.79 0.29 0.52 0.17 0.05 0.20 0.11 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.46 1.31 0.63 0.61 0.73 0.26 0.67 0.05 0.84 0.73 1.15 1.11 0.78 0.70 0.54 0.55 0.63 0.25 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.15 0.69 0.21 0.29 0.24 0.18 0.54 0.20 0.42 1.02 0.44 0.59 0.62 1.05 0.41 0.21 0.56 0.15 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.15 1.01 0.26 0.29 0.36 0.08 0.32 0.01 0.42 0.76 0.77 0.85 0.39 0.68 0.27 0.20 0.38 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00