ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 20464

back

Distances from reference structure (by RMSD)

50, 7, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.066, 0.128, 0.474 max_d=0.474 avg_d=0.066 std_dev=0.062
C5 B 0, -0.043, 0.081, 0.205, 0.978 max_d=0.978 avg_d=0.081 std_dev=0.124
C6 B 0, -0.054, 0.071, 0.195, 0.977 max_d=0.977 avg_d=0.071 std_dev=0.125
C4 B 0, -0.053, 0.087, 0.227, 1.096 max_d=1.096 avg_d=0.087 std_dev=0.140
C5 A 0, -0.063, 0.088, 0.240, 1.190 max_d=1.190 avg_d=0.088 std_dev=0.152
N1 B 0, -0.104, 0.051, 0.205, 1.217 max_d=1.217 avg_d=0.051 std_dev=0.154
O4' B 0, -0.005, 0.156, 0.317, 1.247 max_d=1.247 avg_d=0.156 std_dev=0.161
N4 B 0, -0.031, 0.131, 0.294, 1.183 max_d=1.183 avg_d=0.131 std_dev=0.162
N1 A 0, -0.115, 0.054, 0.222, 1.328 max_d=1.328 avg_d=0.054 std_dev=0.169
N3 B 0, -0.067, 0.110, 0.286, 1.361 max_d=1.361 avg_d=0.110 std_dev=0.176
C1' B 0, -0.105, 0.078, 0.260, 1.438 max_d=1.438 avg_d=0.078 std_dev=0.183
C2 B 0, -0.088, 0.100, 0.288, 1.468 max_d=1.468 avg_d=0.100 std_dev=0.188
C4' B 0, 0.020, 0.215, 0.410, 1.436 max_d=1.436 avg_d=0.215 std_dev=0.195
C5' B 0, 0.083, 0.302, 0.522, 1.520 max_d=1.520 avg_d=0.302 std_dev=0.219
O5' B 0, 0.030, 0.255, 0.480, 1.754 max_d=1.754 avg_d=0.255 std_dev=0.225
C2' B 0, -0.094, 0.135, 0.363, 1.761 max_d=1.761 avg_d=0.135 std_dev=0.228
C3' B 0, -0.020, 0.212, 0.443, 1.765 max_d=1.765 avg_d=0.212 std_dev=0.232
O2 B 0, -0.082, 0.163, 0.407, 1.884 max_d=1.884 avg_d=0.163 std_dev=0.244
C4 A 0, -0.146, 0.105, 0.355, 1.965 max_d=1.965 avg_d=0.105 std_dev=0.251
O2' B 0, -0.110, 0.150, 0.409, 2.012 max_d=2.012 avg_d=0.150 std_dev=0.259
P B 0, -0.018, 0.249, 0.515, 1.997 max_d=1.997 avg_d=0.249 std_dev=0.266
C2 A 0, -0.170, 0.103, 0.375, 2.141 max_d=2.141 avg_d=0.103 std_dev=0.272
N3 A 0, -0.168, 0.116, 0.400, 2.236 max_d=2.236 avg_d=0.116 std_dev=0.284
C1' A 0, -0.182, 0.104, 0.390, 2.250 max_d=2.250 avg_d=0.104 std_dev=0.286
O3' B 0, -0.010, 0.278, 0.565, 2.070 max_d=2.070 avg_d=0.278 std_dev=0.287
OP1 B 0, -0.008, 0.292, 0.591, 2.096 max_d=2.096 avg_d=0.292 std_dev=0.300
OP2 B 0, -0.036, 0.269, 0.574, 2.293 max_d=2.293 avg_d=0.269 std_dev=0.305
O4 A 0, -0.175, 0.186, 0.547, 2.841 max_d=2.841 avg_d=0.186 std_dev=0.361
O2 A 0, -0.239, 0.159, 0.558, 3.125 max_d=3.125 avg_d=0.159 std_dev=0.399
O4' A 0, -0.230, 0.207, 0.645, 2.145 max_d=2.145 avg_d=0.207 std_dev=0.437
C4' A 0, -0.246, 0.244, 0.734, 2.688 max_d=2.688 avg_d=0.244 std_dev=0.490
C2' A 0, -0.336, 0.219, 0.774, 3.247 max_d=3.247 avg_d=0.219 std_dev=0.555
C3' A 0, -0.409, 0.283, 0.976, 3.457 max_d=3.457 avg_d=0.283 std_dev=0.692
O2' A 0, -0.489, 0.316, 1.120, 4.284 max_d=4.284 avg_d=0.316 std_dev=0.804
O3' A 0, -0.576, 0.359, 1.294, 5.136 max_d=5.136 avg_d=0.359 std_dev=0.935
C5' A 0, -0.527, 0.439, 1.406, 5.453 max_d=5.453 avg_d=0.439 std_dev=0.967
O5' A 0, -0.569, 0.526, 1.621, 5.630 max_d=5.630 avg_d=0.526 std_dev=1.095
P A 0, -0.740, 0.680, 2.099, 7.337 max_d=7.337 avg_d=0.680 std_dev=1.420
OP1 A 0, -0.837, 0.707, 2.251, 8.580 max_d=8.580 avg_d=0.707 std_dev=1.544
OP2 A 0, -0.843, 0.728, 2.299, 7.595 max_d=7.595 avg_d=0.728 std_dev=1.571

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.16 0.01 0.00 0.13 0.06 0.18 0.12
C2 0.02 0.00 0.05 0.07 0.01 0.10 0.01 0.21 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.07 0.01 0.13 0.19 0.15 0.31 0.17
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.09 0.03 0.02 0.04 0.08 0.00 0.03 0.03 0.01 0.07 0.07 0.15 0.07
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.19 0.00 0.25 0.02 0.23 0.11 0.12 0.12 0.02 0.01 0.21 0.01 0.15 0.14 0.21 0.11
C4 0.01 0.01 0.03 0.19 0.00 0.10 0.00 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.19 0.07 0.00 0.02 0.45 0.34 0.76 0.51
C4' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.10 0.00 0.22 0.00 0.23 0.06 0.05 0.24 0.14 0.02 0.10 0.00 0.01 0.09 0.05 0.08
C5 0.02 0.01 0.03 0.25 0.00 0.22 0.00 0.38 0.00 0.01 0.01 0.01 0.22 0.08 0.01 0.11 0.67 0.57 0.96 0.75
C5' 0.03 0.21 0.09 0.02 0.16 0.00 0.38 0.00 0.39 0.08 0.12 0.47 0.05 0.09 0.17 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01
C6 0.02 0.01 0.03 0.23 0.01 0.23 0.00 0.39 0.00 0.00 0.01 0.01 0.19 0.07 0.01 0.14 0.64 0.49 0.79 0.64
N1 0.00 0.01 0.02 0.11 0.01 0.06 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.02 0.11 0.06 0.01 0.01 0.29 0.13 0.41 0.27
N3 0.01 0.00 0.04 0.12 0.00 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.14 0.06 0.01 0.09 0.24 0.10 0.47 0.25
O2 0.04 0.01 0.08 0.12 0.01 0.24 0.01 0.47 0.01 0.02 0.01 0.00 0.07 0.12 0.02 0.22 0.37 0.42 0.31 0.36
O2' 0.01 0.09 0.00 0.02 0.19 0.14 0.22 0.05 0.19 0.11 0.14 0.07 0.00 0.05 0.20 0.11 0.10 0.12 0.14 0.08
O3' 0.16 0.07 0.03 0.01 0.07 0.02 0.08 0.09 0.07 0.06 0.06 0.12 0.05 0.00 0.09 0.10 0.18 0.24 0.24 0.15
O4 0.01 0.01 0.03 0.21 0.00 0.10 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.02 0.20 0.09 0.00 0.02 0.46 0.38 0.83 0.56
O4' 0.00 0.13 0.01 0.01 0.02 0.00 0.11 0.01 0.14 0.01 0.09 0.22 0.11 0.10 0.02 0.00 0.12 0.13 0.17 0.15
O5' 0.13 0.19 0.07 0.15 0.45 0.01 0.67 0.01 0.64 0.29 0.24 0.37 0.10 0.18 0.46 0.12 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.06 0.15 0.07 0.14 0.34 0.09 0.57 0.04 0.49 0.13 0.10 0.42 0.12 0.24 0.38 0.13 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.18 0.31 0.15 0.21 0.76 0.05 0.96 0.02 0.79 0.41 0.47 0.31 0.14 0.24 0.83 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.17 0.07 0.11 0.51 0.08 0.75 0.01 0.64 0.27 0.25 0.36 0.08 0.15 0.56 0.15 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.38 0.39 0.38 0.40 0.35 0.39 0.34 0.40 0.35 0.38 0.37 0.32 0.40 0.36 0.41 0.38 0.42 0.46 0.52 0.47
C2 0.45 0.46 0.45 0.45 0.34 0.44 0.32 0.43 0.37 0.43 0.42 0.27 0.50 0.44 0.46 0.43 0.42 0.44 0.47 0.44
C2' 0.46 0.47 0.47 0.50 0.44 0.48 0.43 0.50 0.44 0.46 0.46 0.43 0.48 0.44 0.51 0.46 0.52 0.57 0.63 0.57
C3' 0.50 0.50 0.52 0.55 0.47 0.52 0.46 0.54 0.48 0.49 0.49 0.44 0.51 0.50 0.57 0.49 0.56 0.60 0.64 0.59
C4 0.25 0.22 0.30 0.29 0.12 0.24 0.11 0.21 0.12 0.19 0.14 0.22 0.32 0.32 0.32 0.21 0.19 0.19 0.22 0.19
C4' 0.39 0.39 0.39 0.42 0.39 0.41 0.39 0.43 0.39 0.39 0.39 0.39 0.40 0.35 0.43 0.39 0.44 0.47 0.49 0.46
C5 0.16 0.14 0.22 0.23 0.11 0.17 0.10 0.16 0.09 0.12 0.09 0.18 0.21 0.23 0.27 0.14 0.14 0.15 0.21 0.16
C5' 0.47 0.47 0.44 0.51 0.57 0.51 0.60 0.56 0.55 0.50 0.50 0.63 0.44 0.39 0.50 0.50 0.59 0.63 0.64 0.61
C6 0.22 0.21 0.26 0.27 0.12 0.23 0.12 0.22 0.15 0.19 0.17 0.11 0.26 0.25 0.30 0.20 0.22 0.24 0.30 0.25
N1 0.35 0.35 0.36 0.38 0.26 0.35 0.25 0.35 0.29 0.33 0.32 0.22 0.39 0.35 0.39 0.33 0.35 0.38 0.42 0.38
N3 0.40 0.40 0.43 0.41 0.22 0.39 0.20 0.36 0.27 0.36 0.34 0.15 0.48 0.44 0.43 0.37 0.34 0.34 0.35 0.34
O2 0.56 0.57 0.54 0.55 0.50 0.55 0.47 0.55 0.51 0.55 0.56 0.44 0.59 0.53 0.54 0.55 0.55 0.57 0.59 0.58
O2' 0.41 0.41 0.42 0.45 0.42 0.43 0.42 0.45 0.41 0.41 0.41 0.45 0.44 0.39 0.46 0.40 0.49 0.58 0.66 0.57
O3' 0.45 0.45 0.49 0.54 0.47 0.50 0.48 0.55 0.48 0.46 0.45 0.47 0.44 0.44 0.56 0.46 0.59 0.67 0.74 0.66
O4 0.20 0.16 0.27 0.25 0.25 0.20 0.22 0.16 0.14 0.14 0.15 0.39 0.28 0.31 0.29 0.16 0.13 0.13 0.16 0.14
O4' 0.33 0.34 0.34 0.38 0.32 0.36 0.32 0.37 0.33 0.33 0.33 0.30 0.35 0.30 0.40 0.33 0.38 0.40 0.41 0.38
O5' 0.68 0.67 0.68 0.73 0.71 0.72 0.73 0.75 0.71 0.68 0.67 0.75 0.68 0.65 0.73 0.69 0.77 0.81 0.81 0.78
OP1 0.45 0.43 0.42 0.50 0.61 0.52 0.67 0.61 0.59 0.48 0.47 0.70 0.40 0.37 0.50 0.50 0.66 0.76 0.78 0.72
OP2 0.92 0.88 0.94 0.98 0.85 0.96 0.89 0.99 0.89 0.89 0.84 0.86 0.93 0.95 1.00 0.92 0.99 1.05 1.02 1.00
P 0.66 0.64 0.66 0.70 0.69 0.70 0.73 0.74 0.69 0.65 0.63 0.74 0.67 0.65 0.71 0.67 0.76 0.83 0.82 0.78

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.10 0.07
C2 0.01 0.00 0.04 0.05 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.02 0.06 0.08 0.16 0.11
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.06 0.00 0.02 0.00 0.03 0.04 0.08 0.04
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.05 0.03 0.05 0.06 0.06 0.02 0.01 0.01 0.04 0.06 0.07 0.04
C4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.06 0.02 0.09 0.14 0.22 0.16
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.03 0.04 0.03 0.05 0.02 0.00 0.01 0.04 0.03 0.03
C5 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.03 0.10 0.15 0.21 0.16
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.06 0.03 0.05 0.07 0.03 0.05 0.03 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.03 0.08 0.11 0.17 0.13
N1 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.06 0.07 0.14 0.10
N3 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.02 0.08 0.11 0.19 0.14
N4 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.08 0.02 0.10 0.16 0.23 0.17
O2 0.03 0.01 0.06 0.06 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.08 0.03 0.05 0.06 0.14 0.10
O2' 0.01 0.05 0.00 0.02 0.04 0.05 0.03 0.05 0.02 0.02 0.05 0.04 0.08 0.00 0.03 0.04 0.04 0.07 0.06 0.04
O3' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.06 0.02 0.06 0.03 0.06 0.03 0.06 0.08 0.08 0.03 0.00 0.02 0.05 0.09 0.08 0.05
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.00 0.04 0.06 0.08 0.07
O5' 0.03 0.06 0.03 0.04 0.09 0.01 0.10 0.01 0.08 0.06 0.08 0.10 0.05 0.04 0.05 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.04 0.08 0.04 0.06 0.14 0.04 0.15 0.05 0.11 0.07 0.11 0.16 0.06 0.07 0.09 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.10 0.16 0.08 0.07 0.22 0.03 0.21 0.02 0.17 0.14 0.19 0.23 0.14 0.06 0.08 0.08 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.11 0.04 0.04 0.16 0.03 0.16 0.01 0.13 0.10 0.14 0.17 0.10 0.04 0.05 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00