ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 20541

back

Distances from reference structure (by RMSD)

10, 112, 110, 105, 57, 32, 19, 22, 9, 7, 4, 1, 4, 1, 1, 0, 0, 3, 0, 2,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.080, 0.173, 0.265, 0.621 max_d=0.621 avg_d=0.173 std_dev=0.093
N1 B 0, 0.074, 0.215, 0.355, 1.256 max_d=1.256 avg_d=0.215 std_dev=0.140
N9 A 0, 0.061, 0.270, 0.479, 1.413 max_d=1.413 avg_d=0.270 std_dev=0.209
C6 B 0, 0.028, 0.251, 0.474, 2.501 max_d=2.501 avg_d=0.251 std_dev=0.223
N3 A 0, 0.070, 0.303, 0.536, 1.702 max_d=1.702 avg_d=0.303 std_dev=0.233
C5 A 0, 0.105, 0.345, 0.585, 1.089 max_d=1.089 avg_d=0.345 std_dev=0.240
C2 B 0, 0.088, 0.347, 0.605, 2.421 max_d=2.421 avg_d=0.347 std_dev=0.258
C1' A 0, 0.039, 0.319, 0.598, 2.215 max_d=2.215 avg_d=0.319 std_dev=0.279
C6 A 0, 0.117, 0.410, 0.703, 1.492 max_d=1.492 avg_d=0.410 std_dev=0.293
N1 A 0, 0.101, 0.422, 0.743, 1.872 max_d=1.872 avg_d=0.422 std_dev=0.321
C2 A 0, 0.084, 0.417, 0.749, 1.926 max_d=1.926 avg_d=0.417 std_dev=0.332
C5 B 0, 0.047, 0.402, 0.758, 3.188 max_d=3.188 avg_d=0.402 std_dev=0.356
N3 B 0, 0.073, 0.437, 0.801, 3.473 max_d=3.473 avg_d=0.437 std_dev=0.364
C1' B 0, 0.063, 0.444, 0.824, 3.299 max_d=3.299 avg_d=0.444 std_dev=0.380
C4 B 0, 0.047, 0.456, 0.864, 3.389 max_d=3.389 avg_d=0.456 std_dev=0.408
C8 A 0, 0.090, 0.500, 0.910, 2.370 max_d=2.370 avg_d=0.500 std_dev=0.410
O4' A 0, 0.072, 0.506, 0.940, 3.070 max_d=3.070 avg_d=0.506 std_dev=0.434
N7 A 0, 0.116, 0.555, 0.993, 2.257 max_d=2.257 avg_d=0.555 std_dev=0.439
C2' B 0, 0.143, 0.586, 1.029, 2.705 max_d=2.705 avg_d=0.586 std_dev=0.443
C2' A 0, -0.088, 0.358, 0.803, 3.688 max_d=3.688 avg_d=0.358 std_dev=0.445
N6 A 0, 0.161, 0.613, 1.065, 2.495 max_d=2.495 avg_d=0.613 std_dev=0.452
O2 B 0, 0.105, 0.562, 1.019, 4.417 max_d=4.417 avg_d=0.562 std_dev=0.457
O4' B 0, -0.003, 0.530, 1.064, 5.407 max_d=5.407 avg_d=0.530 std_dev=0.533
C4' A 0, -0.013, 0.544, 1.100, 4.062 max_d=4.062 avg_d=0.544 std_dev=0.557
O2' A 0, -0.042, 0.539, 1.121, 4.769 max_d=4.769 avg_d=0.539 std_dev=0.581
C3' A 0, -0.114, 0.479, 1.073, 4.837 max_d=4.837 avg_d=0.479 std_dev=0.593
C3' B 0, 0.117, 0.733, 1.348, 4.799 max_d=4.799 avg_d=0.733 std_dev=0.615
N4 B 0, 0.058, 0.706, 1.354, 5.511 max_d=5.511 avg_d=0.706 std_dev=0.648
O2' B 0, 0.160, 0.841, 1.521, 3.938 max_d=3.938 avg_d=0.841 std_dev=0.680
C4' B 0, -0.001, 0.707, 1.415, 6.505 max_d=6.505 avg_d=0.707 std_dev=0.708
C5' A 0, 0.064, 0.842, 1.620, 5.298 max_d=5.298 avg_d=0.842 std_dev=0.778
O3' A 0, -0.177, 0.609, 1.396, 6.411 max_d=6.411 avg_d=0.609 std_dev=0.786
C5' B 0, -0.020, 0.819, 1.658, 8.623 max_d=8.623 avg_d=0.819 std_dev=0.839
O3' B 0, 0.211, 1.078, 1.945, 6.271 max_d=6.271 avg_d=1.078 std_dev=0.867
O5' B 0, -0.036, 0.852, 1.740, 8.591 max_d=8.591 avg_d=0.852 std_dev=0.888
O5' A 0, 0.194, 1.104, 2.014, 6.037 max_d=6.037 avg_d=1.104 std_dev=0.910
P B 0, -0.287, 0.864, 2.014, 11.233 max_d=11.233 avg_d=0.864 std_dev=1.151
P A 0, 0.296, 1.553, 2.811, 8.964 max_d=8.964 avg_d=1.553 std_dev=1.257
OP1 B 0, -0.245, 1.099, 2.442, 13.485 max_d=13.485 avg_d=1.099 std_dev=1.343
OP1 A 0, 0.425, 1.817, 3.209, 9.898 max_d=9.898 avg_d=1.817 std_dev=1.392
OP2 B 0, -0.373, 1.019, 2.411, 11.694 max_d=11.694 avg_d=1.019 std_dev=1.392
OP2 A 0, 0.359, 1.894, 3.429, 10.751 max_d=10.751 avg_d=1.894 std_dev=1.535

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.10 0.01 0.19 0.28 0.35 0.19
C2 0.04 0.00 0.19 0.23 0.01 0.12 0.01 0.21 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.17 0.27 0.10 0.41 0.56 0.72 0.46
C2' 0.00 0.19 0.00 0.00 0.10 0.01 0.06 0.06 0.10 0.10 0.15 0.19 0.08 0.07 0.03 0.00 0.02 0.01 0.22 0.35 0.30 0.20
C3' 0.01 0.23 0.00 0.00 0.15 0.00 0.16 0.03 0.18 0.17 0.21 0.21 0.19 0.17 0.10 0.02 0.01 0.02 0.25 0.35 0.28 0.20
C4 0.02 0.01 0.10 0.15 0.00 0.07 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.14 0.05 0.39 0.49 0.68 0.43
C4' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.07 0.00 0.09 0.01 0.10 0.12 0.11 0.11 0.11 0.12 0.06 0.11 0.02 0.00 0.02 0.27 0.24 0.11
C5 0.01 0.01 0.06 0.16 0.01 0.09 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.14 0.03 0.48 0.62 0.87 0.57
C5' 0.04 0.21 0.06 0.03 0.15 0.01 0.19 0.00 0.21 0.19 0.21 0.19 0.23 0.21 0.11 0.07 0.08 0.02 0.01 0.23 0.28 0.02
C6 0.02 0.01 0.10 0.18 0.01 0.10 0.01 0.21 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.18 0.05 0.50 0.68 0.93 0.61
C8 0.02 0.02 0.10 0.17 0.01 0.12 0.01 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.13 0.16 0.07 0.48 0.54 0.77 0.53
N1 0.03 0.00 0.15 0.21 0.01 0.11 0.01 0.21 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.15 0.23 0.08 0.47 0.64 0.85 0.55
N3 0.04 0.01 0.19 0.21 0.01 0.11 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.16 0.24 0.10 0.36 0.48 0.61 0.39
N6 0.02 0.01 0.08 0.19 0.01 0.11 0.01 0.23 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.13 0.19 0.05 0.54 0.77 1.06 0.70
N7 0.01 0.02 0.07 0.17 0.01 0.12 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.13 0.16 0.05 0.53 0.67 0.95 0.64
N9 0.01 0.02 0.03 0.10 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.07 0.07 0.02 0.36 0.40 0.58 0.37
O2' 0.02 0.17 0.00 0.02 0.10 0.11 0.11 0.07 0.12 0.13 0.15 0.16 0.13 0.13 0.07 0.00 0.05 0.08 0.12 0.40 0.26 0.19
O3' 0.10 0.27 0.02 0.01 0.14 0.02 0.14 0.08 0.18 0.16 0.23 0.24 0.19 0.16 0.07 0.05 0.00 0.07 0.25 0.49 0.36 0.27
O4' 0.01 0.10 0.01 0.02 0.05 0.00 0.03 0.02 0.05 0.07 0.08 0.10 0.05 0.05 0.02 0.08 0.07 0.00 0.15 0.26 0.34 0.20
O5' 0.19 0.41 0.22 0.25 0.39 0.02 0.48 0.01 0.50 0.48 0.47 0.36 0.54 0.53 0.36 0.12 0.25 0.15 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.28 0.56 0.35 0.35 0.49 0.27 0.62 0.23 0.68 0.54 0.64 0.48 0.77 0.67 0.40 0.40 0.49 0.26 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.35 0.72 0.30 0.28 0.68 0.24 0.87 0.28 0.93 0.77 0.85 0.61 1.06 0.95 0.58 0.26 0.36 0.34 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.19 0.46 0.20 0.20 0.43 0.11 0.57 0.02 0.61 0.53 0.55 0.39 0.70 0.64 0.37 0.19 0.27 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.43 0.39 0.39 0.43 0.42 0.52 0.39 0.61 0.33 0.34 0.42 0.53 0.48 0.48 0.42 0.50 0.65 0.56 0.79 0.70
C2 0.52 0.52 0.51 0.51 0.77 0.60 0.69 0.57 0.52 0.43 0.69 0.91 0.55 0.67 0.59 0.57 0.48 0.47 0.52 0.39
C2' 0.53 0.41 0.51 0.60 0.43 0.72 0.44 0.84 0.44 0.41 0.42 0.55 0.49 0.58 0.61 0.67 0.86 0.74 0.93 0.89
C3' 0.58 0.44 0.58 0.72 0.49 0.80 0.56 0.97 0.58 0.50 0.45 0.57 0.49 0.61 0.73 0.73 1.06 1.04 1.28 1.22
C4 0.47 0.36 0.43 0.39 0.39 0.48 0.37 0.45 0.26 0.31 0.37 0.54 0.48 0.56 0.42 0.50 0.45 0.30 0.58 0.40
C4' 0.47 0.45 0.47 0.58 0.57 0.64 0.59 0.81 0.52 0.43 0.51 0.69 0.49 0.52 0.59 0.57 0.89 0.96 1.19 1.10
C5 0.64 0.55 0.60 0.49 0.34 0.54 0.31 0.45 0.33 0.49 0.44 0.49 0.70 0.72 0.53 0.60 0.44 0.32 0.60 0.38
C5' 0.55 0.62 0.56 0.63 0.79 0.63 0.78 0.77 0.66 0.57 0.72 0.92 0.65 0.61 0.64 0.57 0.90 1.03 1.35 1.16
C6 0.69 0.52 0.66 0.56 0.46 0.62 0.46 0.51 0.38 0.48 0.41 0.70 0.73 0.83 0.64 0.65 0.45 0.42 0.53 0.35
C8 0.65 0.68 0.60 0.51 0.55 0.54 0.45 0.49 0.47 0.60 0.66 0.58 0.76 0.67 0.51 0.60 0.58 0.46 0.85 0.63
N1 0.61 0.44 0.60 0.55 0.71 0.63 0.64 0.55 0.45 0.41 0.58 0.94 0.57 0.79 0.66 0.62 0.47 0.48 0.50 0.37
N3 0.44 0.44 0.43 0.43 0.61 0.53 0.58 0.54 0.45 0.36 0.55 0.73 0.48 0.55 0.48 0.50 0.48 0.40 0.53 0.40
N6 0.81 0.70 0.80 0.68 0.48 0.71 0.48 0.59 0.46 0.62 0.53 0.72 0.96 0.98 0.77 0.74 0.52 0.55 0.58 0.45
N7 0.74 0.78 0.69 0.57 0.53 0.59 0.41 0.49 0.49 0.68 0.71 0.53 0.89 0.78 0.59 0.67 0.53 0.41 0.77 0.53
N9 0.48 0.44 0.44 0.40 0.39 0.47 0.33 0.48 0.30 0.38 0.44 0.49 0.54 0.53 0.40 0.50 0.54 0.40 0.73 0.57
O2' 0.60 0.53 0.58 0.65 0.55 0.78 0.50 0.90 0.46 0.48 0.56 0.68 0.62 0.66 0.67 0.73 0.81 0.74 0.76 0.79
O3' 0.63 0.42 0.67 0.88 0.46 0.97 0.55 1.18 0.60 0.51 0.41 0.55 0.46 0.67 0.93 0.82 1.25 1.34 1.42 1.47
O4' 0.42 0.44 0.39 0.42 0.52 0.48 0.49 0.61 0.40 0.38 0.50 0.63 0.51 0.47 0.42 0.46 0.68 0.68 0.93 0.82
O5' 0.75 0.90 0.76 0.75 1.06 0.69 1.02 0.75 0.86 0.81 1.00 1.17 0.92 0.79 0.75 0.68 0.92 0.95 1.38 1.12
OP1 0.94 1.13 1.00 1.00 1.33 0.92 1.22 0.94 1.03 1.00 1.27 1.53 1.13 1.04 1.04 0.86 1.05 1.19 1.57 1.25
OP2 1.04 1.36 1.07 0.99 1.60 0.85 1.44 0.81 1.20 1.18 1.54 1.80 1.37 1.08 0.98 0.87 0.97 1.02 1.49 1.14
P 0.86 1.09 0.90 0.86 1.30 0.76 1.19 0.77 0.99 0.95 1.23 1.47 1.09 0.94 0.87 0.75 0.93 1.00 1.45 1.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.09 0.01 0.16 0.18 0.27 0.14
C2 0.02 0.00 0.09 0.12 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.12 0.13 0.04 0.32 0.30 0.43 0.29
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.06 0.02 0.08 0.06 0.09 0.03 0.08 0.07 0.16 0.00 0.02 0.01 0.23 0.26 0.28 0.21
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.15 0.01 0.18 0.03 0.17 0.09 0.14 0.17 0.16 0.02 0.01 0.02 0.27 0.31 0.23 0.21
C4 0.02 0.01 0.06 0.15 0.00 0.09 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.11 0.15 0.04 0.46 0.46 0.65 0.46
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.09 0.00 0.11 0.01 0.10 0.05 0.07 0.10 0.07 0.10 0.03 0.00 0.02 0.16 0.25 0.06
C5 0.02 0.01 0.08 0.18 0.01 0.11 0.00 0.20 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.10 0.18 0.05 0.48 0.47 0.67 0.48
C5' 0.04 0.11 0.06 0.03 0.18 0.01 0.20 0.00 0.17 0.11 0.15 0.20 0.09 0.07 0.07 0.02 0.01 0.17 0.29 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.17 0.01 0.10 0.00 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.16 0.05 0.42 0.37 0.51 0.38
N1 0.01 0.01 0.03 0.09 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.07 0.07 0.02 0.31 0.28 0.39 0.26
N3 0.02 0.01 0.08 0.14 0.01 0.07 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.13 0.03 0.39 0.38 0.55 0.38
N4 0.03 0.02 0.07 0.17 0.01 0.10 0.01 0.20 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.13 0.17 0.04 0.49 0.52 0.74 0.52
O2 0.04 0.01 0.16 0.16 0.02 0.07 0.02 0.09 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.16 0.21 0.06 0.26 0.25 0.37 0.23
O2' 0.02 0.12 0.00 0.02 0.11 0.10 0.10 0.07 0.09 0.07 0.13 0.13 0.16 0.00 0.05 0.08 0.12 0.22 0.31 0.16
O3' 0.09 0.13 0.02 0.01 0.15 0.03 0.18 0.07 0.16 0.07 0.13 0.17 0.21 0.05 0.00 0.07 0.24 0.39 0.27 0.24
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.04 0.00 0.05 0.02 0.05 0.02 0.03 0.04 0.06 0.08 0.07 0.00 0.12 0.18 0.31 0.16
O5' 0.16 0.32 0.23 0.27 0.46 0.02 0.48 0.01 0.42 0.31 0.39 0.49 0.26 0.12 0.24 0.12 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.18 0.30 0.26 0.31 0.46 0.16 0.47 0.17 0.37 0.28 0.38 0.52 0.25 0.22 0.39 0.18 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.27 0.43 0.28 0.23 0.65 0.25 0.67 0.29 0.51 0.39 0.55 0.74 0.37 0.31 0.27 0.31 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.29 0.21 0.21 0.46 0.06 0.48 0.02 0.38 0.26 0.38 0.52 0.23 0.16 0.24 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00