ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 20544

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 15, 79, 134, 104, 68, 32, 11, 18, 8, 5, 2, 7, 4, 2, 2, 0, 0, 0, 8,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.100, 0.202, 0.304, 0.752 max_d=0.752 avg_d=0.202 std_dev=0.102
C4 A 0, 0.084, 0.203, 0.322, 0.850 max_d=0.850 avg_d=0.203 std_dev=0.119
N3 B 0, 0.149, 0.362, 0.574, 1.587 max_d=1.587 avg_d=0.362 std_dev=0.213
C5 B 0, 0.145, 0.389, 0.634, 1.842 max_d=1.842 avg_d=0.389 std_dev=0.245
N9 B 0, 0.046, 0.313, 0.580, 2.077 max_d=2.077 avg_d=0.313 std_dev=0.267
N3 A 0, 0.107, 0.399, 0.692, 2.169 max_d=2.169 avg_d=0.399 std_dev=0.292
C5 A 0, 0.157, 0.467, 0.776, 2.628 max_d=2.628 avg_d=0.467 std_dev=0.310
N9 A 0, 0.073, 0.394, 0.715, 2.111 max_d=2.111 avg_d=0.394 std_dev=0.321
C6 B 0, 0.221, 0.564, 0.907, 2.369 max_d=2.369 avg_d=0.564 std_dev=0.343
C2 B 0, 0.108, 0.460, 0.811, 2.718 max_d=2.718 avg_d=0.460 std_dev=0.352
C1' B 0, 0.164, 0.544, 0.923, 2.701 max_d=2.701 avg_d=0.544 std_dev=0.380
N1 B 0, 0.143, 0.524, 0.905, 2.701 max_d=2.701 avg_d=0.524 std_dev=0.381
C6 A 0, 0.183, 0.583, 0.982, 3.921 max_d=3.921 avg_d=0.583 std_dev=0.399
C2 A 0, 0.162, 0.579, 0.995, 3.012 max_d=3.012 avg_d=0.579 std_dev=0.417
N7 B 0, 0.146, 0.570, 0.994, 3.564 max_d=3.564 avg_d=0.570 std_dev=0.424
N1 A 0, 0.183, 0.610, 1.037, 3.699 max_d=3.699 avg_d=0.610 std_dev=0.427
C8 B 0, 0.029, 0.469, 0.909, 3.648 max_d=3.648 avg_d=0.469 std_dev=0.440
C2' B 0, 0.296, 0.753, 1.211, 3.039 max_d=3.039 avg_d=0.753 std_dev=0.458
C1' A 0, 0.046, 0.518, 0.990, 4.036 max_d=4.036 avg_d=0.518 std_dev=0.472
O6 B 0, 0.327, 0.835, 1.343, 3.610 max_d=3.610 avg_d=0.835 std_dev=0.508
C3' B 0, 0.424, 0.964, 1.504, 3.744 max_d=3.744 avg_d=0.964 std_dev=0.540
C8 A 0, 0.155, 0.709, 1.262, 3.601 max_d=3.601 avg_d=0.709 std_dev=0.554
N2 B 0, 0.130, 0.702, 1.274, 4.617 max_d=4.617 avg_d=0.702 std_dev=0.572
N7 A 0, 0.183, 0.764, 1.346, 4.269 max_d=4.269 avg_d=0.764 std_dev=0.582
O4' B 0, 0.065, 0.661, 1.256, 4.536 max_d=4.536 avg_d=0.661 std_dev=0.595
C4' B 0, 0.226, 0.855, 1.485, 4.953 max_d=4.953 avg_d=0.855 std_dev=0.629
N6 A 0, 0.231, 0.880, 1.528, 6.307 max_d=6.307 avg_d=0.880 std_dev=0.648
O4' A 0, 0.162, 0.860, 1.558, 5.720 max_d=5.720 avg_d=0.860 std_dev=0.698
O2' B 0, 0.330, 1.107, 1.884, 5.386 max_d=5.386 avg_d=1.107 std_dev=0.777
C2' A 0, -0.200, 0.577, 1.354, 6.045 max_d=6.045 avg_d=0.577 std_dev=0.777
O3' B 0, 0.570, 1.376, 2.182, 4.490 max_d=4.490 avg_d=1.376 std_dev=0.806
C5' B 0, 0.283, 1.123, 1.963, 6.847 max_d=6.847 avg_d=1.123 std_dev=0.840
C3' A 0, -0.134, 0.820, 1.774, 8.548 max_d=8.548 avg_d=0.820 std_dev=0.954
C4' A 0, 0.029, 0.990, 1.951, 7.999 max_d=7.999 avg_d=0.990 std_dev=0.961
O2' A 0, 0.119, 1.091, 2.064, 6.826 max_d=6.826 avg_d=1.091 std_dev=0.973
O5' B 0, 0.074, 1.047, 2.020, 7.560 max_d=7.560 avg_d=1.047 std_dev=0.973
O3' A 0, -0.064, 1.103, 2.270, 10.549 max_d=10.549 avg_d=1.103 std_dev=1.167
C5' A 0, 0.233, 1.523, 2.813, 10.374 max_d=10.374 avg_d=1.523 std_dev=1.290
P B 0, 0.056, 1.383, 2.710, 10.157 max_d=10.157 avg_d=1.383 std_dev=1.327
OP2 B 0, 0.224, 1.698, 3.172, 10.757 max_d=10.757 avg_d=1.698 std_dev=1.474
OP1 B 0, 0.228, 1.703, 3.178, 11.266 max_d=11.266 avg_d=1.703 std_dev=1.475
O5' A 0, 1.157, 2.632, 4.106, 10.962 max_d=10.962 avg_d=2.632 std_dev=1.475
P A 0, 1.014, 2.977, 4.941, 13.422 max_d=13.422 avg_d=2.977 std_dev=1.964
OP2 A 0, 0.993, 3.022, 5.050, 14.254 max_d=14.254 avg_d=3.022 std_dev=2.029
OP1 A 0, 1.214, 3.452, 5.691, 14.428 max_d=14.428 avg_d=3.452 std_dev=2.239

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.18 0.01 0.23 0.35 0.30 0.21
C2 0.03 0.00 0.25 0.29 0.01 0.23 0.01 0.41 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.25 0.31 0.23 0.47 0.76 0.69 0.56
C2' 0.01 0.25 0.00 0.01 0.13 0.02 0.08 0.13 0.12 0.13 0.20 0.25 0.10 0.08 0.03 0.00 0.03 0.01 0.29 0.37 0.40 0.30
C3' 0.01 0.29 0.01 0.00 0.20 0.01 0.23 0.03 0.25 0.27 0.27 0.27 0.27 0.27 0.15 0.02 0.01 0.02 0.28 0.38 0.32 0.24
C4 0.02 0.01 0.13 0.20 0.00 0.11 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.16 0.12 0.41 0.59 0.61 0.43
C4' 0.01 0.23 0.02 0.01 0.11 0.00 0.10 0.01 0.12 0.20 0.17 0.22 0.12 0.17 0.07 0.19 0.03 0.01 0.02 0.21 0.27 0.09
C5 0.01 0.01 0.08 0.23 0.00 0.10 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.18 0.15 0.06 0.52 0.72 0.85 0.58
C5' 0.07 0.41 0.13 0.03 0.22 0.01 0.21 0.00 0.25 0.31 0.34 0.38 0.26 0.30 0.14 0.09 0.14 0.02 0.01 0.27 0.33 0.02
C6 0.02 0.01 0.12 0.25 0.01 0.12 0.01 0.25 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.19 0.19 0.10 0.51 0.77 0.89 0.60
C8 0.02 0.02 0.13 0.27 0.01 0.20 0.01 0.31 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.24 0.20 0.14 0.66 0.75 0.90 0.69
N1 0.03 0.01 0.20 0.27 0.01 0.17 0.01 0.34 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.22 0.25 0.18 0.48 0.77 0.78 0.57
N3 0.03 0.01 0.25 0.27 0.01 0.22 0.01 0.38 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.25 0.30 0.23 0.42 0.65 0.59 0.49
N6 0.02 0.02 0.10 0.27 0.01 0.12 0.01 0.26 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.21 0.21 0.07 0.58 0.85 1.05 0.69
N7 0.01 0.01 0.08 0.27 0.01 0.17 0.00 0.30 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.24 0.20 0.08 0.67 0.84 1.06 0.76
N9 0.01 0.02 0.03 0.15 0.01 0.07 0.01 0.14 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.12 0.08 0.02 0.41 0.52 0.56 0.41
O2' 0.02 0.25 0.00 0.02 0.15 0.19 0.18 0.09 0.19 0.24 0.22 0.25 0.21 0.24 0.12 0.00 0.06 0.14 0.18 0.31 0.44 0.24
O3' 0.18 0.31 0.03 0.01 0.16 0.03 0.15 0.14 0.19 0.20 0.25 0.30 0.21 0.20 0.08 0.06 0.00 0.13 0.28 0.52 0.42 0.29
O4' 0.01 0.23 0.01 0.02 0.12 0.01 0.06 0.02 0.10 0.14 0.18 0.23 0.07 0.08 0.02 0.14 0.13 0.00 0.20 0.34 0.28 0.21
O5' 0.23 0.47 0.29 0.28 0.41 0.02 0.52 0.01 0.51 0.66 0.48 0.42 0.58 0.67 0.41 0.18 0.28 0.20 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.35 0.76 0.37 0.38 0.59 0.21 0.72 0.27 0.77 0.75 0.77 0.65 0.85 0.84 0.52 0.31 0.52 0.34 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.30 0.69 0.40 0.32 0.61 0.27 0.85 0.33 0.89 0.90 0.78 0.59 1.05 1.06 0.56 0.44 0.42 0.28 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.21 0.56 0.30 0.24 0.43 0.09 0.58 0.02 0.60 0.69 0.57 0.49 0.69 0.76 0.41 0.24 0.29 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.43 0.65 0.42 0.50 0.40 0.62 0.52 0.77 0.65 0.52 0.68 0.80 0.50 0.60 0.36 0.50 0.51 0.61 0.77 0.76 0.89 0.94 0.95
C2 0.56 0.65 0.52 0.50 0.55 0.62 0.78 0.66 0.92 0.67 0.84 0.65 0.48 0.81 0.52 0.68 0.56 0.63 0.62 1.04 0.72 0.74 0.66
C2' 0.64 0.56 0.58 0.80 0.37 0.98 0.53 1.16 0.64 0.69 0.63 0.74 0.41 0.70 0.50 0.61 0.80 0.93 1.14 0.81 1.22 1.16 1.28
C3' 0.69 0.56 0.66 0.90 0.43 1.05 0.53 1.27 0.57 0.80 0.57 0.75 0.45 0.74 0.60 0.66 0.93 0.96 1.34 0.71 1.54 1.50 1.63
C4 0.46 0.53 0.43 0.41 0.28 0.50 0.38 0.54 0.50 0.45 0.53 0.66 0.43 0.51 0.31 0.55 0.42 0.53 0.54 0.61 0.60 0.74 0.65
C4' 0.57 0.72 0.58 0.73 0.48 0.84 0.57 1.05 0.69 0.65 0.74 0.91 0.59 0.68 0.50 0.64 0.79 0.77 1.09 0.83 1.40 1.35 1.43
C5 0.64 0.65 0.62 0.53 0.45 0.56 0.31 0.51 0.40 0.44 0.52 0.79 0.65 0.44 0.48 0.75 0.54 0.61 0.49 0.52 0.56 0.75 0.60
C5' 0.66 0.93 0.73 0.83 0.67 0.87 0.74 1.05 0.89 0.72 0.95 1.11 0.80 0.80 0.61 0.80 0.94 0.78 1.11 1.04 1.50 1.54 1.51
C6 0.70 0.53 0.69 0.58 0.43 0.62 0.41 0.55 0.50 0.51 0.41 0.70 0.61 0.60 0.51 0.86 0.62 0.66 0.49 0.77 0.58 0.70 0.55
C8 0.65 0.88 0.66 0.61 0.65 0.61 0.61 0.63 0.75 0.54 0.86 1.00 0.80 0.54 0.58 0.74 0.62 0.66 0.66 0.78 0.75 0.98 0.85
N1 0.64 0.48 0.63 0.56 0.44 0.64 0.70 0.61 0.87 0.61 0.71 0.52 0.41 0.78 0.49 0.81 0.62 0.66 0.55 1.08 0.66 0.70 0.58
N3 0.46 0.59 0.41 0.43 0.43 0.56 0.62 0.64 0.72 0.62 0.70 0.66 0.42 0.70 0.43 0.54 0.45 0.57 0.62 0.82 0.70 0.75 0.69
N6 0.84 0.80 0.86 0.72 0.62 0.74 0.48 0.63 0.51 0.58 0.53 1.00 0.87 0.64 0.65 1.04 0.77 0.76 0.56 0.81 0.66 0.76 0.60
N7 0.76 0.95 0.76 0.65 0.73 0.63 0.58 0.58 0.67 0.55 0.86 1.08 0.91 0.49 0.67 0.86 0.66 0.69 0.59 0.64 0.66 0.90 0.73
N9 0.47 0.66 0.46 0.47 0.40 0.53 0.45 0.62 0.59 0.44 0.66 0.80 0.55 0.49 0.36 0.55 0.47 0.56 0.64 0.67 0.72 0.86 0.80
O2' 0.67 0.79 0.66 0.82 0.59 1.02 0.78 1.21 0.91 0.80 0.90 0.94 0.61 0.91 0.61 0.70 0.82 0.94 1.09 1.06 1.26 1.10 1.22
O3' 0.73 0.50 0.76 1.06 0.43 1.20 0.54 1.49 0.57 0.84 0.55 0.70 0.39 0.78 0.63 0.74 1.11 1.02 1.56 0.71 1.94 1.67 1.94
O4' 0.52 0.80 0.57 0.58 0.55 0.63 0.59 0.78 0.72 0.53 0.80 0.97 0.68 0.60 0.47 0.66 0.64 0.61 0.80 0.80 1.00 1.05 1.06
O5' 0.82 1.07 0.88 0.99 0.84 0.97 0.90 1.09 1.03 0.86 1.08 1.23 0.97 0.96 0.78 0.95 1.09 0.89 1.15 1.16 1.44 1.61 1.49
OP1 1.03 1.40 1.15 1.23 1.13 1.16 1.21 1.24 1.41 1.02 1.46 1.54 1.27 1.19 1.00 1.27 1.42 1.02 1.28 1.58 1.69 1.82 1.64
OP2 1.03 1.42 1.10 1.17 1.18 1.13 1.29 1.19 1.47 1.11 1.49 1.56 1.29 1.31 1.04 1.19 1.29 1.03 1.23 1.65 1.51 1.74 1.51
P 0.95 1.27 1.05 1.12 1.01 1.07 1.08 1.13 1.25 0.94 1.30 1.43 1.16 1.09 0.90 1.16 1.29 0.96 1.16 1.41 1.47 1.65 1.47

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02 0.03 0.04 0.04 0.01 0.01 0.02 0.17 0.01 0.18 0.02 0.24 0.25 0.17
C2 0.04 0.00 0.23 0.26 0.01 0.19 0.01 0.32 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.24 0.28 0.19 0.39 0.02 0.46 0.47 0.38
C2' 0.00 0.23 0.00 0.00 0.13 0.02 0.08 0.11 0.12 0.11 0.19 0.28 0.23 0.08 0.03 0.01 0.03 0.01 0.27 0.11 0.39 0.36 0.29
C3' 0.01 0.26 0.00 0.00 0.20 0.01 0.23 0.02 0.25 0.23 0.26 0.30 0.24 0.25 0.15 0.02 0.01 0.02 0.22 0.27 0.31 0.22 0.19
C4 0.02 0.01 0.13 0.20 0.00 0.09 0.00 0.16 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.15 0.10 0.33 0.01 0.37 0.44 0.33
C4' 0.01 0.19 0.02 0.01 0.09 0.00 0.09 0.01 0.10 0.17 0.15 0.25 0.18 0.15 0.06 0.18 0.03 0.00 0.02 0.11 0.20 0.19 0.09
C5 0.01 0.01 0.08 0.23 0.00 0.09 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.18 0.17 0.05 0.42 0.02 0.46 0.61 0.45
C5' 0.05 0.32 0.11 0.02 0.16 0.01 0.17 0.00 0.20 0.25 0.26 0.40 0.29 0.24 0.11 0.09 0.12 0.02 0.01 0.21 0.17 0.23 0.02
C6 0.02 0.01 0.12 0.25 0.01 0.10 0.01 0.20 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.20 0.21 0.09 0.43 0.01 0.50 0.64 0.47
C8 0.02 0.02 0.11 0.23 0.01 0.17 0.01 0.25 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.22 0.18 0.11 0.49 0.02 0.45 0.62 0.49
N1 0.03 0.01 0.19 0.26 0.02 0.15 0.01 0.26 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.21 0.24 0.15 0.40 0.01 0.47 0.56 0.42
N2 0.04 0.01 0.28 0.30 0.01 0.25 0.01 0.40 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.30 0.35 0.23 0.43 0.02 0.51 0.49 0.42
N3 0.04 0.01 0.23 0.24 0.01 0.18 0.01 0.29 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.22 0.26 0.19 0.34 0.02 0.41 0.40 0.33
N7 0.01 0.01 0.08 0.25 0.01 0.15 0.00 0.24 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.23 0.20 0.07 0.51 0.03 0.54 0.73 0.56
N9 0.01 0.02 0.03 0.15 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.12 0.09 0.02 0.31 0.02 0.31 0.40 0.29
O2' 0.02 0.24 0.01 0.02 0.15 0.18 0.18 0.09 0.20 0.22 0.21 0.30 0.22 0.23 0.12 0.00 0.06 0.13 0.18 0.21 0.37 0.37 0.27
O3' 0.17 0.28 0.03 0.01 0.15 0.03 0.17 0.12 0.21 0.18 0.24 0.35 0.26 0.20 0.09 0.06 0.00 0.12 0.24 0.23 0.38 0.29 0.25
O4' 0.01 0.19 0.01 0.02 0.10 0.00 0.05 0.02 0.09 0.11 0.15 0.23 0.19 0.07 0.02 0.13 0.12 0.00 0.14 0.07 0.20 0.26 0.17
O5' 0.18 0.39 0.27 0.22 0.33 0.02 0.42 0.01 0.43 0.49 0.40 0.43 0.34 0.51 0.31 0.18 0.24 0.14 0.00 0.47 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.11 0.27 0.01 0.11 0.02 0.21 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.21 0.23 0.07 0.47 0.00 0.57 0.75 0.55
OP1 0.24 0.46 0.39 0.31 0.37 0.20 0.46 0.17 0.50 0.45 0.47 0.51 0.41 0.54 0.31 0.37 0.38 0.20 0.02 0.57 0.00 0.01 0.01
OP2 0.25 0.47 0.36 0.22 0.44 0.19 0.61 0.23 0.64 0.62 0.56 0.49 0.40 0.73 0.40 0.37 0.29 0.26 0.02 0.75 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.38 0.29 0.19 0.33 0.09 0.45 0.02 0.47 0.49 0.42 0.42 0.33 0.56 0.29 0.27 0.25 0.17 0.01 0.55 0.01 0.01 0.00