ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 2080

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 2, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.020, 0.083, 0.147, 0.171 max_d=0.171 avg_d=0.083 std_dev=0.063
C4 B 0, 0.027, 0.094, 0.162, 0.199 max_d=0.199 avg_d=0.094 std_dev=0.068
O2 A 0, 0.018, 0.101, 0.184, 0.251 max_d=0.251 avg_d=0.101 std_dev=0.083
N3 B 0, 0.014, 0.119, 0.224, 0.309 max_d=0.309 avg_d=0.119 std_dev=0.105
N9 B 0, 0.038, 0.152, 0.265, 0.310 max_d=0.310 avg_d=0.152 std_dev=0.113
C1' B 0, 0.036, 0.160, 0.283, 0.335 max_d=0.335 avg_d=0.160 std_dev=0.123
N3 A 0, 0.008, 0.136, 0.264, 0.366 max_d=0.366 avg_d=0.136 std_dev=0.128
N1 A 0, -0.030, 0.102, 0.235, 0.391 max_d=0.391 avg_d=0.102 std_dev=0.133
C1' A 0, 0.003, 0.158, 0.313, 0.466 max_d=0.466 avg_d=0.158 std_dev=0.155
C4 A 0, 0.008, 0.174, 0.339, 0.425 max_d=0.425 avg_d=0.174 std_dev=0.166
O2' A 0, 0.069, 0.240, 0.410, 0.461 max_d=0.461 avg_d=0.240 std_dev=0.170
C6 A 0, -0.036, 0.138, 0.311, 0.511 max_d=0.511 avg_d=0.138 std_dev=0.173
C5 A 0, -0.013, 0.165, 0.343, 0.531 max_d=0.531 avg_d=0.165 std_dev=0.178
C2' A 0, 0.022, 0.202, 0.382, 0.547 max_d=0.547 avg_d=0.202 std_dev=0.180
C5 B 0, -0.006, 0.189, 0.385, 0.578 max_d=0.578 avg_d=0.189 std_dev=0.196
O4' A 0, 0.020, 0.217, 0.415, 0.606 max_d=0.606 avg_d=0.217 std_dev=0.198
C8 B 0, 0.031, 0.245, 0.459, 0.570 max_d=0.570 avg_d=0.245 std_dev=0.214
C2 B 0, -0.049, 0.178, 0.405, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.178 std_dev=0.227
O4 A 0, -0.003, 0.245, 0.493, 0.598 max_d=0.598 avg_d=0.245 std_dev=0.248
N7 B 0, 0.016, 0.273, 0.531, 0.730 max_d=0.730 avg_d=0.273 std_dev=0.257
C6 B 0, -0.062, 0.234, 0.531, 0.862 max_d=0.862 avg_d=0.234 std_dev=0.296
N1 B 0, -0.099, 0.208, 0.515, 0.857 max_d=0.857 avg_d=0.208 std_dev=0.307
C3' A 0, -0.032, 0.296, 0.625, 0.966 max_d=0.966 avg_d=0.296 std_dev=0.329
C4' A 0, -0.084, 0.266, 0.616, 1.035 max_d=1.035 avg_d=0.266 std_dev=0.350
O3' A 0, 0.007, 0.422, 0.836, 1.162 max_d=1.162 avg_d=0.422 std_dev=0.414
N6 B 0, -0.072, 0.371, 0.814, 1.280 max_d=1.280 avg_d=0.371 std_dev=0.443
O5' A 0, 0.193, 0.647, 1.102, 1.134 max_d=1.134 avg_d=0.647 std_dev=0.454
C5' A 0, -0.129, 0.383, 0.895, 1.506 max_d=1.506 avg_d=0.383 std_dev=0.512
P A 0, -0.020, 0.626, 1.271, 1.764 max_d=1.764 avg_d=0.626 std_dev=0.645
OP2 A 0, -0.126, 0.663, 1.451, 2.050 max_d=2.050 avg_d=0.663 std_dev=0.788
OP1 A 0, -0.098, 0.699, 1.497, 1.942 max_d=1.942 avg_d=0.699 std_dev=0.798
C2' B 0, -0.244, 0.930, 2.104, 2.695 max_d=2.695 avg_d=0.930 std_dev=1.174
O4' B 0, -0.277, 0.955, 2.188, 2.708 max_d=2.708 avg_d=0.955 std_dev=1.232
C4' B 0, -0.361, 1.197, 2.754, 3.410 max_d=3.410 avg_d=1.197 std_dev=1.557
C3' B 0, -0.358, 1.249, 2.857, 3.598 max_d=3.598 avg_d=1.249 std_dev=1.607
O3' B 0, -0.361, 1.382, 3.125, 3.980 max_d=3.980 avg_d=1.382 std_dev=1.743
O2' B 0, -0.380, 1.394, 3.169, 4.030 max_d=4.030 avg_d=1.394 std_dev=1.775
C5' B 0, -0.712, 2.228, 5.168, 6.386 max_d=6.386 avg_d=2.228 std_dev=2.940
O5' B 0, -0.879, 2.703, 6.286, 7.794 max_d=7.794 avg_d=2.703 std_dev=3.582
P B 0, -1.177, 3.452, 8.080, 10.088 max_d=10.088 avg_d=3.452 std_dev=4.629
OP2 B 0, -1.212, 3.562, 8.336, 10.542 max_d=10.542 avg_d=3.562 std_dev=4.774
OP1 B 0, -1.269, 3.657, 8.582, 10.822 max_d=10.822 avg_d=3.657 std_dev=4.925

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.00 0.02 0.09 0.01 0.01 0.02 0.01 0.27 0.23 0.25 0.21
C2 0.04 0.00 0.02 0.07 0.02 0.09 0.02 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.04 0.02 0.10 0.56 0.56 0.52 0.53
C2' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.01 0.05 0.03 0.05 0.01 0.04 0.05 0.00 0.02 0.05 0.01 0.19 0.19 0.16 0.12
C3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.07 0.00 0.07 0.01 0.08 0.07 0.06 0.09 0.01 0.01 0.06 0.01 0.21 0.26 0.14 0.14
C4 0.02 0.02 0.05 0.07 0.00 0.08 0.01 0.22 0.02 0.01 0.00 0.02 0.10 0.06 0.00 0.04 0.63 0.60 0.57 0.58
C4' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.08 0.00 0.08 0.01 0.07 0.06 0.08 0.13 0.07 0.01 0.09 0.00 0.03 0.16 0.18 0.04
C5 0.01 0.02 0.05 0.07 0.01 0.08 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.03 0.09 0.08 0.01 0.05 0.57 0.46 0.49 0.47
C5' 0.05 0.19 0.03 0.01 0.22 0.01 0.22 0.00 0.20 0.15 0.20 0.21 0.06 0.03 0.23 0.02 0.00 0.30 0.23 0.01
C6 0.02 0.01 0.05 0.08 0.02 0.07 0.01 0.20 0.00 0.00 0.02 0.03 0.07 0.09 0.02 0.07 0.50 0.36 0.41 0.38
N1 0.00 0.01 0.01 0.07 0.01 0.06 0.01 0.15 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.06 0.02 0.02 0.47 0.38 0.41 0.39
N3 0.02 0.01 0.04 0.06 0.00 0.08 0.01 0.20 0.02 0.01 0.00 0.01 0.10 0.04 0.02 0.07 0.62 0.64 0.58 0.60
O2 0.09 0.01 0.05 0.09 0.02 0.13 0.03 0.21 0.03 0.03 0.01 0.00 0.07 0.05 0.02 0.18 0.56 0.60 0.54 0.55
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.10 0.07 0.09 0.06 0.07 0.04 0.10 0.07 0.00 0.01 0.11 0.08 0.09 0.15 0.15 0.09
O3' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.06 0.01 0.08 0.03 0.09 0.06 0.04 0.05 0.01 0.00 0.05 0.01 0.23 0.31 0.14 0.19
O4 0.02 0.02 0.05 0.06 0.00 0.09 0.01 0.23 0.02 0.02 0.02 0.02 0.11 0.05 0.00 0.05 0.66 0.67 0.62 0.64
O4' 0.01 0.10 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.02 0.07 0.02 0.07 0.18 0.08 0.01 0.05 0.00 0.28 0.22 0.26 0.20
O5' 0.27 0.56 0.19 0.21 0.63 0.03 0.57 0.00 0.50 0.47 0.62 0.56 0.09 0.23 0.66 0.28 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.23 0.56 0.19 0.26 0.60 0.16 0.46 0.30 0.36 0.38 0.64 0.60 0.15 0.31 0.67 0.22 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.25 0.52 0.16 0.14 0.57 0.18 0.49 0.23 0.41 0.41 0.58 0.54 0.15 0.14 0.62 0.26 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.21 0.53 0.12 0.14 0.58 0.04 0.47 0.01 0.38 0.39 0.60 0.55 0.09 0.19 0.64 0.20 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.34 0.14 0.16 0.20 0.80 0.27 1.69 0.41 0.15 0.43 0.23 0.55 0.20 0.15 0.19 0.19 0.70 2.30 3.10 3.69 3.26
C2 0.20 0.27 0.11 0.13 0.15 0.63 0.17 1.30 0.29 0.23 0.35 0.18 0.40 0.17 0.19 0.15 0.20 0.65 1.85 2.48 3.15 2.68
C2' 0.14 0.34 0.18 0.18 0.22 0.91 0.30 1.91 0.43 0.16 0.43 0.24 0.57 0.24 0.15 0.37 0.22 0.79 2.52 3.34 3.81 3.48
C3' 0.20 0.46 0.20 0.29 0.34 0.90 0.44 1.98 0.57 0.26 0.56 0.35 0.71 0.40 0.24 0.40 0.20 0.66 2.62 3.55 4.05 3.66
C4 0.31 0.25 0.23 0.12 0.20 0.51 0.20 0.97 0.26 0.37 0.33 0.18 0.40 0.30 0.29 0.46 0.13 0.55 1.49 1.96 2.72 2.20
C4' 0.22 0.46 0.25 0.36 0.34 0.88 0.42 1.90 0.55 0.26 0.55 0.36 0.68 0.37 0.26 0.30 0.25 0.63 2.56 3.52 4.08 3.62
C5 0.22 0.33 0.24 0.15 0.18 0.58 0.22 1.16 0.41 0.24 0.44 0.21 0.60 0.17 0.20 0.39 0.15 0.53 1.72 2.21 3.03 2.48
C5' 0.36 0.63 0.40 0.52 0.50 0.86 0.59 1.86 0.71 0.41 0.72 0.53 0.85 0.53 0.41 0.40 0.40 0.53 2.53 3.54 4.16 3.62
C6 0.14 0.36 0.16 0.16 0.20 0.67 0.28 1.42 0.45 0.14 0.46 0.24 0.62 0.19 0.14 0.19 0.12 0.57 2.01 2.61 3.40 2.86
N1 0.14 0.33 0.11 0.12 0.18 0.68 0.24 1.46 0.40 0.15 0.42 0.22 0.54 0.16 0.14 0.12 0.17 0.62 2.04 2.72 3.41 2.92
N3 0.29 0.23 0.15 0.13 0.19 0.56 0.18 1.08 0.23 0.34 0.30 0.17 0.32 0.27 0.28 0.31 0.16 0.62 1.60 2.15 2.85 2.36
O2 0.20 0.25 0.13 0.16 0.15 0.64 0.16 1.33 0.25 0.22 0.31 0.17 0.34 0.17 0.19 0.12 0.27 0.68 1.87 2.56 3.15 2.73
O2' 0.17 0.26 0.22 0.18 0.17 0.99 0.22 2.02 0.33 0.16 0.34 0.18 0.46 0.18 0.16 0.47 0.27 0.92 2.60 3.45 3.76 3.55
O3' 0.23 0.47 0.25 0.27 0.37 0.93 0.46 2.10 0.58 0.31 0.56 0.37 0.71 0.44 0.28 0.61 0.21 0.66 2.74 3.75 4.06 3.80
O4 0.40 0.21 0.31 0.13 0.30 0.43 0.31 0.73 0.21 0.48 0.26 0.22 0.26 0.46 0.40 0.65 0.16 0.51 1.21 1.60 2.36 1.84
O4' 0.22 0.38 0.26 0.33 0.26 0.87 0.32 1.78 0.45 0.22 0.47 0.29 0.58 0.26 0.22 0.24 0.22 0.68 2.42 3.29 3.94 3.43
O5' 0.32 0.55 0.46 0.61 0.39 0.95 0.48 1.90 0.66 0.31 0.67 0.42 0.84 0.41 0.32 0.40 0.45 0.64 2.66 3.69 4.34 3.75
OP1 0.16 0.56 0.42 0.54 0.33 0.78 0.46 1.69 0.68 0.21 0.71 0.38 0.87 0.37 0.20 0.45 0.42 0.42 2.45 3.55 4.23 3.57
OP2 0.24 0.53 0.55 0.78 0.37 0.93 0.50 1.91 0.69 0.29 0.68 0.38 0.89 0.45 0.27 0.49 0.64 0.49 2.69 3.80 4.40 3.79
P 0.19 0.54 0.46 0.61 0.34 0.83 0.47 1.76 0.67 0.23 0.68 0.37 0.87 0.39 0.22 0.46 0.48 0.45 2.53 3.59 4.28 3.63

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.14 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.02 0.01 0.02 0.36 0.01 0.30 0.05 0.22 0.25
C2 0.05 0.00 0.07 0.65 0.02 0.71 0.01 1.10 0.02 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.65 0.14 0.55 0.87 0.78 0.28 0.62
C2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.05 0.01 0.08 0.26 0.09 0.08 0.08 0.06 0.13 0.08 0.03 0.01 0.03 0.02 0.69 0.42 0.29 0.50
C3' 0.01 0.65 0.01 0.00 0.44 0.01 0.41 0.01 0.52 0.09 0.62 0.59 0.51 0.20 0.20 0.02 0.01 0.03 0.45 0.29 0.36 0.16
C4 0.03 0.02 0.05 0.44 0.00 0.34 0.01 0.37 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.41 0.05 0.26 0.15 0.09 0.43 0.19
C4' 0.01 0.71 0.01 0.01 0.34 0.00 0.15 0.01 0.30 0.33 0.54 0.69 0.23 0.21 0.03 0.33 0.02 0.01 0.01 0.21 0.52 0.18
C5 0.01 0.01 0.08 0.41 0.01 0.15 0.00 0.15 0.02 0.04 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.33 0.09 0.06 0.34 0.40 1.02 0.68
C5' 0.14 1.10 0.26 0.01 0.37 0.01 0.15 0.00 0.34 0.80 0.79 1.02 0.21 0.62 0.21 0.10 0.26 0.03 0.01 0.18 0.29 0.03
C6 0.03 0.02 0.09 0.52 0.01 0.30 0.02 0.34 0.00 0.05 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.44 0.16 0.18 0.14 0.19 0.84 0.43
C8 0.02 0.04 0.08 0.09 0.02 0.33 0.04 0.80 0.05 0.00 0.05 0.02 0.09 0.00 0.01 0.04 0.08 0.36 1.12 1.06 1.65 1.41
N1 0.04 0.01 0.08 0.62 0.02 0.54 0.02 0.79 0.01 0.05 0.00 0.02 0.03 0.03 0.03 0.59 0.17 0.39 0.52 0.38 0.26 0.21
N3 0.05 0.00 0.06 0.59 0.00 0.69 0.02 1.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.60 0.10 0.58 0.79 0.75 0.31 0.59
N6 0.04 0.03 0.13 0.51 0.03 0.23 0.04 0.21 0.01 0.09 0.03 0.03 0.00 0.10 0.05 0.36 0.22 0.11 0.28 0.47 1.18 0.72
N7 0.02 0.01 0.08 0.20 0.02 0.21 0.01 0.62 0.04 0.00 0.03 0.02 0.10 0.00 0.03 0.12 0.06 0.26 0.98 1.05 1.73 1.38
N9 0.01 0.03 0.03 0.20 0.01 0.03 0.01 0.21 0.03 0.01 0.03 0.02 0.05 0.03 0.00 0.18 0.12 0.03 0.46 0.33 0.77 0.61
O2' 0.02 0.65 0.01 0.02 0.41 0.33 0.33 0.10 0.44 0.04 0.59 0.60 0.36 0.12 0.18 0.00 0.04 0.19 0.27 0.20 0.30 0.08
O3' 0.36 0.14 0.03 0.01 0.05 0.02 0.09 0.26 0.16 0.08 0.17 0.10 0.22 0.06 0.12 0.04 0.00 0.26 0.08 0.28 1.19 0.50
O4' 0.01 0.55 0.02 0.03 0.26 0.01 0.06 0.03 0.18 0.36 0.39 0.58 0.11 0.26 0.03 0.19 0.26 0.00 0.14 0.29 0.05 0.14
O5' 0.30 0.87 0.69 0.45 0.15 0.01 0.34 0.01 0.14 1.12 0.52 0.79 0.28 0.98 0.46 0.27 0.08 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01
OP1 0.05 0.78 0.42 0.29 0.09 0.21 0.40 0.18 0.19 1.06 0.38 0.75 0.47 1.05 0.33 0.20 0.28 0.29 0.00 0.00 0.02 0.01
OP2 0.22 0.28 0.29 0.36 0.43 0.52 1.02 0.29 0.84 1.65 0.26 0.31 1.18 1.73 0.77 0.30 1.19 0.05 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.25 0.62 0.50 0.16 0.19 0.18 0.68 0.03 0.43 1.41 0.21 0.59 0.72 1.38 0.61 0.08 0.50 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00