ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 2081

back

Distances from reference structure (by RMSD)

37, 13, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.011, 0.046, 0.081, 0.178 max_d=0.178 avg_d=0.046 std_dev=0.035
N1 B 0, 0.007, 0.047, 0.087, 0.231 max_d=0.231 avg_d=0.047 std_dev=0.040
C1' A 0, 0.029, 0.070, 0.111, 0.208 max_d=0.208 avg_d=0.070 std_dev=0.041
C6 A 0, 0.024, 0.073, 0.122, 0.228 max_d=0.228 avg_d=0.073 std_dev=0.049
C4 A 0, 0.037, 0.087, 0.137, 0.217 max_d=0.217 avg_d=0.087 std_dev=0.050
N3 B 0, 0.044, 0.095, 0.146, 0.283 max_d=0.283 avg_d=0.095 std_dev=0.051
C2 B 0, 0.027, 0.081, 0.136, 0.312 max_d=0.312 avg_d=0.081 std_dev=0.054
C5 A 0, 0.035, 0.090, 0.145, 0.298 max_d=0.298 avg_d=0.090 std_dev=0.055
C4 B 0, 0.030, 0.086, 0.142, 0.384 max_d=0.384 avg_d=0.086 std_dev=0.056
C2 A 0, 0.026, 0.084, 0.141, 0.360 max_d=0.360 avg_d=0.084 std_dev=0.057
N3 A 0, 0.034, 0.095, 0.157, 0.371 max_d=0.371 avg_d=0.095 std_dev=0.061
C1' B 0, 0.011, 0.075, 0.138, 0.438 max_d=0.438 avg_d=0.075 std_dev=0.063
O4 A 0, 0.044, 0.111, 0.179, 0.273 max_d=0.273 avg_d=0.111 std_dev=0.067
C6 B 0, 0.025, 0.095, 0.165, 0.414 max_d=0.414 avg_d=0.095 std_dev=0.070
O4' A 0, 0.021, 0.101, 0.181, 0.469 max_d=0.469 avg_d=0.101 std_dev=0.080
C2' B 0, 0.034, 0.115, 0.195, 0.538 max_d=0.538 avg_d=0.115 std_dev=0.081
C5 B 0, 0.029, 0.110, 0.191, 0.522 max_d=0.522 avg_d=0.110 std_dev=0.081
N4 B 0, 0.039, 0.123, 0.207, 0.593 max_d=0.593 avg_d=0.123 std_dev=0.084
O2 A 0, 0.038, 0.131, 0.223, 0.524 max_d=0.524 avg_d=0.131 std_dev=0.092
C2' A 0, 0.019, 0.112, 0.206, 0.644 max_d=0.644 avg_d=0.112 std_dev=0.093
O4' B 0, 0.007, 0.101, 0.196, 0.623 max_d=0.623 avg_d=0.101 std_dev=0.094
O5' A 0, 0.092, 0.189, 0.286, 0.599 max_d=0.599 avg_d=0.189 std_dev=0.097
C4' A 0, 0.051, 0.150, 0.248, 0.590 max_d=0.590 avg_d=0.150 std_dev=0.099
C3' B 0, 0.034, 0.134, 0.234, 0.643 max_d=0.643 avg_d=0.134 std_dev=0.100
C4' B 0, 0.031, 0.133, 0.234, 0.683 max_d=0.683 avg_d=0.133 std_dev=0.102
C3' A 0, 0.052, 0.160, 0.268, 0.726 max_d=0.726 avg_d=0.160 std_dev=0.108
O2' B 0, 0.043, 0.151, 0.259, 0.701 max_d=0.701 avg_d=0.151 std_dev=0.108
O2 B 0, 0.029, 0.138, 0.246, 0.576 max_d=0.576 avg_d=0.138 std_dev=0.109
C5' A 0, 0.076, 0.186, 0.296, 0.586 max_d=0.586 avg_d=0.186 std_dev=0.110
O5' B 0, 0.042, 0.167, 0.292, 0.634 max_d=0.634 avg_d=0.167 std_dev=0.125
P A 0, 0.090, 0.219, 0.348, 0.818 max_d=0.818 avg_d=0.219 std_dev=0.129
C5' B 0, 0.043, 0.178, 0.313, 0.707 max_d=0.707 avg_d=0.178 std_dev=0.135
O3' B 0, 0.035, 0.178, 0.320, 0.870 max_d=0.870 avg_d=0.178 std_dev=0.143
P B 0, 0.043, 0.202, 0.362, 0.868 max_d=0.868 avg_d=0.202 std_dev=0.160
OP2 A 0, 0.082, 0.249, 0.417, 0.994 max_d=0.994 avg_d=0.249 std_dev=0.168
OP2 B 0, 0.062, 0.232, 0.401, 0.853 max_d=0.853 avg_d=0.232 std_dev=0.170
OP1 A 0, 0.071, 0.260, 0.448, 1.171 max_d=1.171 avg_d=0.260 std_dev=0.188
OP1 B 0, 0.031, 0.245, 0.458, 1.086 max_d=1.086 avg_d=0.245 std_dev=0.214
O2' A 0, -0.029, 0.187, 0.404, 1.579 max_d=1.579 avg_d=0.187 std_dev=0.216
O3' A 0, 0.000, 0.240, 0.479, 1.790 max_d=1.790 avg_d=0.240 std_dev=0.240

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.01 0.00 0.05 0.18 0.07 0.10
C2 0.01 0.00 0.06 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.09 0.00 0.02 0.07 0.21 0.10 0.11
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.07 0.05 0.01 0.04 0.10 0.00 0.02 0.03 0.01 0.14 0.24 0.12 0.17
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.03 0.03 0.05 0.05 0.01 0.01 0.05 0.00 0.03 0.11 0.03 0.04
C4 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.07 0.00 0.01 0.10 0.21 0.14 0.12
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.02 0.00 0.01 0.09 0.03 0.03
C5 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.06 0.00 0.02 0.10 0.21 0.15 0.12
C5' 0.02 0.03 0.07 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.05 0.03 0.04 0.03 0.02 0.04 0.06 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00
C6 0.00 0.00 0.05 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.06 0.00 0.03 0.09 0.21 0.13 0.12
N1 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.08 0.00 0.00 0.07 0.20 0.10 0.11
N3 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.08 0.00 0.01 0.09 0.21 0.12 0.11
O2 0.01 0.00 0.10 0.05 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.11 0.01 0.03 0.07 0.20 0.08 0.10
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.09 0.05 0.09 0.02 0.08 0.05 0.07 0.10 0.00 0.03 0.09 0.03 0.13 0.24 0.10 0.18
O3' 0.11 0.09 0.02 0.01 0.07 0.02 0.06 0.04 0.06 0.08 0.08 0.11 0.03 0.00 0.07 0.08 0.04 0.11 0.11 0.05
O4 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.07 0.00 0.01 0.10 0.21 0.15 0.13
O4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.03 0.08 0.01 0.00 0.03 0.15 0.06 0.07
O5' 0.05 0.07 0.14 0.03 0.10 0.01 0.10 0.00 0.09 0.07 0.09 0.07 0.13 0.04 0.10 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.18 0.21 0.24 0.11 0.21 0.09 0.21 0.04 0.21 0.20 0.21 0.20 0.24 0.11 0.21 0.15 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.07 0.10 0.12 0.03 0.14 0.03 0.15 0.04 0.13 0.10 0.12 0.08 0.10 0.11 0.15 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.10 0.11 0.17 0.04 0.12 0.03 0.12 0.00 0.12 0.11 0.11 0.10 0.18 0.05 0.13 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.10 0.09 0.08 0.10 0.10 0.11 0.10 0.11 0.10 0.10 0.11 0.10 0.10 0.08 0.12 0.08 0.10 0.11 0.09
C2 0.12 0.11 0.10 0.09 0.11 0.11 0.12 0.10 0.13 0.12 0.11 0.13 0.11 0.11 0.09 0.14 0.09 0.10 0.10 0.09
C2' 0.12 0.11 0.09 0.08 0.11 0.10 0.12 0.09 0.12 0.11 0.11 0.12 0.11 0.10 0.08 0.12 0.08 0.11 0.11 0.09
C3' 0.10 0.09 0.08 0.07 0.09 0.09 0.10 0.08 0.10 0.09 0.10 0.11 0.10 0.09 0.07 0.11 0.08 0.10 0.11 0.08
C4 0.11 0.11 0.09 0.08 0.11 0.10 0.12 0.09 0.12 0.11 0.11 0.13 0.11 0.10 0.08 0.12 0.08 0.10 0.12 0.09
C4' 0.11 0.10 0.09 0.09 0.09 0.11 0.10 0.11 0.11 0.10 0.10 0.09 0.12 0.10 0.09 0.13 0.09 0.10 0.11 0.09
C5 0.11 0.10 0.09 0.08 0.10 0.10 0.11 0.09 0.12 0.10 0.10 0.11 0.10 0.10 0.08 0.12 0.09 0.11 0.12 0.10
C5' 0.12 0.11 0.10 0.10 0.09 0.12 0.11 0.12 0.12 0.11 0.10 0.09 0.12 0.11 0.10 0.14 0.10 0.11 0.12 0.10
C6 0.11 0.10 0.09 0.08 0.10 0.10 0.11 0.09 0.11 0.10 0.10 0.11 0.10 0.10 0.08 0.12 0.09 0.10 0.11 0.09
N1 0.11 0.10 0.09 0.08 0.10 0.10 0.11 0.09 0.12 0.10 0.10 0.11 0.10 0.10 0.08 0.12 0.08 0.10 0.10 0.08
N3 0.13 0.12 0.10 0.09 0.12 0.11 0.13 0.10 0.13 0.12 0.12 0.14 0.11 0.11 0.09 0.14 0.09 0.10 0.10 0.08
O2 0.14 0.12 0.11 0.11 0.12 0.13 0.13 0.12 0.14 0.13 0.12 0.13 0.12 0.12 0.11 0.16 0.11 0.11 0.12 0.10
O2' 0.16 0.15 0.15 0.14 0.15 0.14 0.16 0.12 0.16 0.15 0.15 0.16 0.14 0.15 0.14 0.16 0.12 0.13 0.13 0.12
O3' 0.18 0.14 0.14 0.15 0.13 0.19 0.17 0.18 0.18 0.16 0.13 0.13 0.14 0.16 0.14 0.22 0.16 0.16 0.15 0.16
O4 0.11 0.11 0.09 0.08 0.12 0.09 0.12 0.09 0.12 0.11 0.12 0.15 0.11 0.10 0.08 0.12 0.09 0.12 0.13 0.10
O4' 0.12 0.11 0.10 0.10 0.09 0.12 0.11 0.12 0.12 0.10 0.11 0.10 0.12 0.11 0.10 0.14 0.10 0.10 0.11 0.09
O5' 0.11 0.10 0.11 0.11 0.10 0.11 0.12 0.12 0.12 0.11 0.10 0.10 0.12 0.11 0.11 0.12 0.11 0.12 0.13 0.11
OP1 0.17 0.15 0.15 0.15 0.17 0.17 0.21 0.16 0.20 0.17 0.14 0.17 0.14 0.16 0.14 0.20 0.15 0.15 0.14 0.15
OP2 0.18 0.17 0.15 0.14 0.17 0.16 0.19 0.14 0.19 0.18 0.16 0.17 0.17 0.17 0.13 0.19 0.12 0.10 0.10 0.11
P 0.13 0.11 0.11 0.10 0.12 0.12 0.15 0.11 0.15 0.13 0.11 0.12 0.11 0.12 0.09 0.15 0.09 0.09 0.09 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.05 0.06 0.05
C2 0.01 0.00 0.06 0.06 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.07 0.02 0.08 0.09 0.12 0.09
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.04 0.03 0.10 0.00 0.01 0.00 0.03 0.07 0.06 0.04
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.07 0.02 0.06 0.05 0.10 0.01 0.00 0.01 0.03 0.08 0.05 0.04
C4 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.10 0.12 0.15 0.12
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.03 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02
C5 0.00 0.00 0.04 0.07 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.08 0.02 0.10 0.11 0.13 0.12
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.07 0.00 0.08 0.00 0.07 0.04 0.06 0.08 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.05 0.07 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.08 0.02 0.09 0.08 0.09 0.09
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.07 0.09 0.08
N3 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.01 0.09 0.11 0.14 0.11
N4 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.11 0.14 0.17 0.14
O2 0.01 0.00 0.10 0.10 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.12 0.03 0.08 0.08 0.11 0.09
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.04 0.02 0.09 0.00 0.02 0.02 0.02 0.06 0.04 0.02
O3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.05 0.01 0.08 0.02 0.08 0.02 0.07 0.06 0.12 0.02 0.00 0.01 0.05 0.13 0.08 0.07
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.04 0.07 0.06 0.07
O5' 0.04 0.08 0.03 0.03 0.10 0.01 0.10 0.00 0.09 0.07 0.09 0.11 0.08 0.02 0.05 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.05 0.09 0.07 0.08 0.12 0.04 0.11 0.04 0.08 0.07 0.11 0.14 0.08 0.06 0.13 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.06 0.12 0.06 0.05 0.15 0.01 0.13 0.01 0.09 0.09 0.14 0.17 0.11 0.04 0.08 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.09 0.04 0.04 0.12 0.02 0.12 0.01 0.09 0.08 0.11 0.14 0.09 0.02 0.07 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00