ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 20820

back

Distances from reference structure (by RMSD)

91, 205, 73, 63, 10, 25, 1, 2, 2, 1, 5, 22, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 B 0, 0.038, 0.148, 0.259, 0.874 max_d=0.874 avg_d=0.148 std_dev=0.111
N3 A 0, 0.044, 0.173, 0.302, 1.271 max_d=1.271 avg_d=0.173 std_dev=0.129
C2 B 0, 0.056, 0.200, 0.345, 0.651 max_d=0.651 avg_d=0.200 std_dev=0.145
C2 A 0, 0.012, 0.177, 0.341, 1.399 max_d=1.399 avg_d=0.177 std_dev=0.165
C4 A 0, 0.046, 0.240, 0.434, 1.014 max_d=1.014 avg_d=0.240 std_dev=0.194
N3 B 0, 0.020, 0.231, 0.443, 1.007 max_d=1.007 avg_d=0.231 std_dev=0.212
C6 B 0, 0.050, 0.263, 0.475, 1.134 max_d=1.134 avg_d=0.263 std_dev=0.212
C4 B 0, -0.060, 0.153, 0.367, 1.084 max_d=1.084 avg_d=0.153 std_dev=0.213
N1 A 0, -0.052, 0.162, 0.375, 1.057 max_d=1.057 avg_d=0.162 std_dev=0.214
C5 B 0, 0.026, 0.253, 0.480, 0.965 max_d=0.965 avg_d=0.253 std_dev=0.227
C6 A 0, -0.021, 0.222, 0.465, 1.182 max_d=1.182 avg_d=0.222 std_dev=0.243
C5 A 0, 0.019, 0.271, 0.524, 1.590 max_d=1.590 avg_d=0.271 std_dev=0.253
O2 A 0, 0.043, 0.302, 0.561, 2.524 max_d=2.524 avg_d=0.302 std_dev=0.259
O4 A 0, 0.092, 0.372, 0.651, 1.490 max_d=1.490 avg_d=0.372 std_dev=0.279
N2 B 0, 0.090, 0.370, 0.649, 1.209 max_d=1.209 avg_d=0.370 std_dev=0.280
C1' A 0, -0.038, 0.275, 0.587, 1.410 max_d=1.410 avg_d=0.275 std_dev=0.313
N9 B 0, -0.112, 0.240, 0.591, 1.707 max_d=1.707 avg_d=0.240 std_dev=0.351
O6 B 0, 0.074, 0.430, 0.786, 1.692 max_d=1.692 avg_d=0.430 std_dev=0.356
N7 B 0, 0.039, 0.419, 0.799, 1.583 max_d=1.583 avg_d=0.419 std_dev=0.380
C8 B 0, -0.026, 0.377, 0.780, 1.899 max_d=1.899 avg_d=0.377 std_dev=0.403
C2' A 0, -0.013, 0.393, 0.799, 2.055 max_d=2.055 avg_d=0.393 std_dev=0.406
C1' B 0, -0.126, 0.354, 0.835, 2.288 max_d=2.288 avg_d=0.354 std_dev=0.481
O4' A 0, -0.078, 0.416, 0.910, 1.890 max_d=1.890 avg_d=0.416 std_dev=0.494
C3' A 0, -0.023, 0.487, 0.997, 2.811 max_d=2.811 avg_d=0.487 std_dev=0.510
C4' A 0, -0.061, 0.509, 1.079, 2.637 max_d=2.637 avg_d=0.509 std_dev=0.570
O2' A 0, -0.040, 0.564, 1.168, 3.575 max_d=3.575 avg_d=0.564 std_dev=0.604
C2' B 0, -0.080, 0.592, 1.265, 2.903 max_d=2.903 avg_d=0.592 std_dev=0.672
O3' A 0, -0.058, 0.655, 1.368, 4.699 max_d=4.699 avg_d=0.655 std_dev=0.713
O4' B 0, -0.090, 0.696, 1.481, 2.875 max_d=2.875 avg_d=0.696 std_dev=0.786
C5' A 0, -0.098, 0.743, 1.585, 3.713 max_d=3.713 avg_d=0.743 std_dev=0.842
C3' B 0, -0.154, 0.744, 1.643, 3.905 max_d=3.905 avg_d=0.744 std_dev=0.899
O2' B 0, -0.097, 0.904, 1.905, 3.823 max_d=3.823 avg_d=0.904 std_dev=1.001
O3' B 0, -0.139, 0.865, 1.870, 4.393 max_d=4.393 avg_d=0.865 std_dev=1.004
C4' B 0, -0.171, 0.869, 1.909, 3.861 max_d=3.861 avg_d=0.869 std_dev=1.040
O5' A 0, -0.169, 0.892, 1.953, 4.933 max_d=4.933 avg_d=0.892 std_dev=1.061
P A 0, -0.313, 1.023, 2.359, 6.308 max_d=6.308 avg_d=1.023 std_dev=1.336
C5' B 0, -0.105, 1.281, 2.667, 4.494 max_d=4.494 avg_d=1.281 std_dev=1.386
OP1 A 0, -0.322, 1.318, 2.957, 7.758 max_d=7.758 avg_d=1.318 std_dev=1.640
OP2 A 0, -0.440, 1.379, 3.199, 8.442 max_d=8.442 avg_d=1.379 std_dev=1.820
O5' B 0, 0.004, 2.053, 4.103, 6.761 max_d=6.761 avg_d=2.053 std_dev=2.050
P B 0, -0.267, 2.837, 5.941, 9.476 max_d=9.476 avg_d=2.837 std_dev=3.104
OP1 B 0, -0.191, 3.149, 6.488, 10.208 max_d=10.208 avg_d=3.149 std_dev=3.340
OP2 B 0, 0.103, 3.748, 7.392, 11.420 max_d=11.420 avg_d=3.748 std_dev=3.645

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.14 0.02 0.01 0.23 0.24 0.39 0.28
C2 0.02 0.00 0.14 0.19 0.01 0.06 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.17 0.02 0.07 0.38 0.28 0.74 0.46
C2' 0.00 0.14 0.00 0.01 0.06 0.02 0.10 0.11 0.12 0.03 0.11 0.24 0.00 0.04 0.08 0.01 0.27 0.37 0.41 0.31
C3' 0.01 0.19 0.01 0.00 0.22 0.01 0.21 0.03 0.19 0.13 0.22 0.22 0.02 0.01 0.24 0.02 0.22 0.37 0.24 0.18
C4 0.02 0.01 0.06 0.22 0.00 0.12 0.01 0.27 0.01 0.01 0.01 0.02 0.20 0.18 0.01 0.04 0.48 0.39 1.03 0.61
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.12 0.00 0.15 0.01 0.13 0.07 0.09 0.07 0.17 0.03 0.13 0.00 0.02 0.18 0.21 0.07
C5 0.02 0.01 0.10 0.21 0.01 0.15 0.00 0.29 0.00 0.01 0.01 0.02 0.19 0.18 0.01 0.07 0.48 0.41 0.97 0.61
C5' 0.07 0.17 0.11 0.03 0.27 0.01 0.29 0.00 0.25 0.17 0.22 0.14 0.08 0.12 0.29 0.02 0.01 0.22 0.27 0.02
C6 0.02 0.01 0.12 0.19 0.01 0.13 0.00 0.25 0.00 0.01 0.01 0.02 0.16 0.15 0.02 0.09 0.43 0.34 0.77 0.51
N1 0.01 0.01 0.03 0.13 0.01 0.07 0.01 0.17 0.01 0.00 0.01 0.02 0.11 0.09 0.02 0.02 0.35 0.27 0.64 0.42
N3 0.02 0.01 0.11 0.22 0.01 0.09 0.01 0.22 0.01 0.01 0.00 0.01 0.19 0.18 0.01 0.06 0.44 0.33 0.92 0.55
O2 0.04 0.01 0.24 0.22 0.02 0.07 0.02 0.14 0.02 0.02 0.01 0.00 0.20 0.25 0.02 0.12 0.35 0.28 0.66 0.41
O2' 0.02 0.16 0.00 0.02 0.20 0.17 0.19 0.08 0.16 0.11 0.19 0.20 0.00 0.07 0.22 0.12 0.18 0.33 0.40 0.25
O3' 0.14 0.17 0.04 0.01 0.18 0.03 0.18 0.12 0.15 0.09 0.18 0.25 0.07 0.00 0.22 0.10 0.27 0.46 0.37 0.24
O4 0.02 0.02 0.08 0.24 0.01 0.13 0.01 0.29 0.02 0.02 0.01 0.02 0.22 0.22 0.00 0.04 0.50 0.42 1.12 0.65
O4' 0.01 0.07 0.01 0.02 0.04 0.00 0.07 0.02 0.09 0.02 0.06 0.12 0.12 0.10 0.04 0.00 0.21 0.26 0.31 0.28
O5' 0.23 0.38 0.27 0.22 0.48 0.02 0.48 0.01 0.43 0.35 0.44 0.35 0.18 0.27 0.50 0.21 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.24 0.28 0.37 0.37 0.39 0.18 0.41 0.22 0.34 0.27 0.33 0.28 0.33 0.46 0.42 0.26 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.39 0.74 0.41 0.24 1.03 0.21 0.97 0.27 0.77 0.64 0.92 0.66 0.40 0.37 1.12 0.31 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.28 0.46 0.31 0.18 0.61 0.07 0.61 0.02 0.51 0.42 0.55 0.41 0.25 0.24 0.65 0.28 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.86 0.28 1.05 1.20 0.54 1.30 0.51 1.41 0.37 0.74 0.27 0.21 0.42 0.63 0.72 1.25 1.29 1.10 1.62 0.35 2.56 2.08 2.25
C2 0.71 0.23 0.89 0.95 0.43 1.11 0.37 1.18 0.27 0.56 0.22 0.21 0.36 0.46 0.57 1.09 1.13 1.00 1.29 0.25 2.14 1.73 1.90
C2' 0.84 0.31 1.08 1.14 0.55 1.18 0.52 1.26 0.40 0.73 0.32 0.25 0.44 0.63 0.71 1.26 1.20 1.00 1.43 0.39 2.32 1.79 1.97
C3' 0.79 0.31 1.03 1.13 0.52 1.10 0.52 1.18 0.41 0.73 0.32 0.27 0.41 0.64 0.68 1.14 1.18 0.92 1.35 0.41 2.11 1.61 1.77
C4 0.57 0.22 0.72 0.69 0.37 0.86 0.32 0.90 0.24 0.44 0.20 0.19 0.33 0.37 0.47 0.89 0.92 0.85 0.88 0.22 1.52 1.22 1.37
C4' 0.91 0.34 1.11 1.32 0.61 1.30 0.61 1.42 0.48 0.86 0.36 0.26 0.46 0.76 0.80 1.19 1.37 1.06 1.66 0.48 2.46 1.99 2.12
C5 0.68 0.27 0.81 0.80 0.47 0.94 0.43 0.97 0.33 0.57 0.27 0.22 0.39 0.50 0.58 0.97 1.00 0.92 0.97 0.32 1.56 1.25 1.41
C5' 0.94 0.47 1.16 1.39 0.70 1.27 0.72 1.39 0.61 0.95 0.50 0.41 0.55 0.87 0.86 1.16 1.42 1.05 1.59 0.62 2.21 1.84 1.90
C6 0.79 0.29 0.95 1.01 0.53 1.13 0.49 1.17 0.38 0.68 0.29 0.22 0.42 0.59 0.67 1.14 1.17 1.03 1.25 0.36 1.93 1.55 1.73
N1 0.79 0.26 0.97 1.05 0.50 1.18 0.46 1.26 0.33 0.66 0.25 0.21 0.40 0.55 0.65 1.17 1.21 1.04 1.39 0.31 2.21 1.79 1.97
N3 0.61 0.22 0.78 0.79 0.38 0.97 0.32 1.03 0.24 0.46 0.22 0.21 0.34 0.38 0.49 0.97 1.01 0.91 1.06 0.23 1.82 1.47 1.63
O2 0.72 0.24 0.91 0.99 0.42 1.14 0.36 1.24 0.27 0.55 0.24 0.23 0.36 0.45 0.56 1.12 1.15 1.01 1.38 0.26 2.30 1.88 2.04
O2' 0.87 0.40 1.10 1.20 0.59 1.25 0.56 1.38 0.46 0.77 0.40 0.36 0.50 0.67 0.74 1.29 1.23 1.04 1.61 0.45 2.64 2.10 2.25
O3' 0.78 0.32 1.02 1.12 0.53 1.08 0.53 1.17 0.43 0.74 0.34 0.28 0.41 0.66 0.68 1.09 1.14 0.89 1.35 0.44 2.10 1.62 1.74
O4 0.45 0.22 0.60 0.52 0.32 0.71 0.27 0.75 0.22 0.35 0.20 0.19 0.31 0.30 0.37 0.75 0.79 0.74 0.68 0.21 1.25 1.02 1.13
O4' 0.97 0.34 1.14 1.38 0.64 1.43 0.63 1.57 0.48 0.89 0.35 0.23 0.48 0.78 0.84 1.27 1.46 1.19 1.81 0.47 2.70 2.23 2.38
O5' 0.94 0.62 1.13 1.33 0.79 1.15 0.82 1.21 0.75 0.98 0.66 0.55 0.66 0.93 0.90 1.06 1.41 0.98 1.42 0.77 1.76 1.58 1.57
OP1 1.18 0.68 1.48 1.70 0.98 1.38 1.07 1.53 0.96 1.32 0.78 0.52 0.76 1.26 1.17 1.37 1.58 1.15 1.73 1.00 1.97 1.96 1.83
OP2 1.19 1.33 1.29 1.28 1.35 0.91 1.41 0.91 1.44 1.36 1.40 1.28 1.29 1.42 1.31 1.29 1.27 0.93 1.12 1.48 1.22 1.35 1.14
P 1.12 0.84 1.33 1.51 1.02 1.17 1.08 1.21 1.02 1.21 0.91 0.74 0.88 1.19 1.12 1.20 1.56 1.02 1.39 1.05 1.59 1.56 1.47

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.07 0.03 0.02 0.04 0.06 0.04 0.01 0.01 0.02 0.29 0.01 0.37 0.03 0.36 0.63 0.32
C2 0.05 0.00 0.33 0.22 0.01 0.21 0.01 0.27 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.32 0.35 0.32 0.39 0.02 0.44 0.76 0.45
C2' 0.01 0.33 0.00 0.01 0.18 0.02 0.10 0.18 0.16 0.17 0.26 0.40 0.33 0.10 0.03 0.01 0.04 0.03 0.47 0.13 0.44 0.85 0.44
C3' 0.02 0.22 0.01 0.00 0.21 0.01 0.26 0.03 0.28 0.24 0.26 0.21 0.19 0.28 0.17 0.02 0.01 0.02 0.40 0.31 0.42 0.59 0.25
C4 0.02 0.01 0.18 0.21 0.00 0.08 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.16 0.23 0.16 0.54 0.02 0.51 0.94 0.58
C4' 0.01 0.21 0.02 0.01 0.08 0.00 0.10 0.01 0.10 0.23 0.14 0.29 0.20 0.20 0.08 0.24 0.03 0.01 0.02 0.12 0.44 0.31 0.26
C5 0.02 0.01 0.10 0.26 0.01 0.10 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.23 0.16 0.08 0.74 0.01 0.80 1.31 0.89
C5' 0.07 0.27 0.18 0.03 0.18 0.01 0.23 0.00 0.24 0.34 0.24 0.34 0.25 0.34 0.16 0.09 0.16 0.02 0.01 0.28 0.33 0.36 0.02
C6 0.03 0.01 0.16 0.28 0.01 0.10 0.01 0.24 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.22 0.20 0.14 0.71 0.01 0.79 1.29 0.86
C8 0.02 0.02 0.17 0.24 0.01 0.23 0.01 0.34 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.40 0.09 0.18 0.95 0.02 1.01 1.55 1.15
N1 0.04 0.01 0.26 0.26 0.01 0.14 0.01 0.24 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.23 0.28 0.24 0.54 0.01 0.55 0.99 0.61
N2 0.06 0.01 0.40 0.21 0.02 0.29 0.02 0.34 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.43 0.42 0.39 0.32 0.02 0.52 0.68 0.48
N3 0.04 0.01 0.33 0.19 0.01 0.20 0.01 0.25 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.31 0.35 0.31 0.35 0.02 0.41 0.68 0.40
N7 0.01 0.01 0.10 0.28 0.01 0.20 0.00 0.34 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.38 0.12 0.10 0.96 0.02 1.13 1.69 1.24
N9 0.01 0.02 0.03 0.17 0.01 0.08 0.01 0.16 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.17 0.16 0.02 0.62 0.02 0.57 1.00 0.65
O2' 0.02 0.32 0.01 0.02 0.16 0.24 0.23 0.09 0.22 0.40 0.23 0.43 0.31 0.38 0.17 0.00 0.06 0.17 0.50 0.26 0.44 0.98 0.47
O3' 0.29 0.35 0.04 0.01 0.23 0.03 0.16 0.16 0.20 0.09 0.28 0.42 0.35 0.12 0.16 0.06 0.00 0.20 0.34 0.19 0.58 0.45 0.29
O4' 0.01 0.32 0.03 0.02 0.16 0.01 0.08 0.02 0.14 0.18 0.24 0.39 0.31 0.10 0.02 0.17 0.20 0.00 0.34 0.11 0.42 0.46 0.35
O5' 0.37 0.39 0.47 0.40 0.54 0.02 0.74 0.01 0.71 0.95 0.54 0.32 0.35 0.96 0.62 0.50 0.34 0.34 0.00 0.81 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.13 0.31 0.02 0.12 0.01 0.28 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.26 0.19 0.11 0.81 0.00 0.97 1.49 1.04
OP1 0.36 0.44 0.44 0.42 0.51 0.44 0.80 0.33 0.79 1.01 0.55 0.52 0.41 1.13 0.57 0.44 0.58 0.42 0.02 0.97 0.00 0.01 0.01
OP2 0.63 0.76 0.85 0.59 0.94 0.31 1.31 0.36 1.29 1.55 0.99 0.68 0.68 1.69 1.00 0.98 0.45 0.46 0.02 1.49 0.01 0.00 0.01
P 0.32 0.45 0.44 0.25 0.58 0.26 0.89 0.02 0.86 1.15 0.61 0.48 0.40 1.24 0.65 0.47 0.29 0.35 0.01 1.04 0.01 0.01 0.00