ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 21081

back

Distances from reference structure (by RMSD)

4, 2, 12, 8, 46, 29, 31, 48, 22, 9, 1, 8, 20, 44, 10, 55, 25, 7, 47, 72,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.146, 0.299, 0.453, 0.798 max_d=0.798 avg_d=0.299 std_dev=0.154
N1 A 0, 0.315, 0.527, 0.739, 0.973 max_d=0.973 avg_d=0.527 std_dev=0.212
N9 B 0, 0.507, 0.848, 1.188, 1.725 max_d=1.725 avg_d=0.848 std_dev=0.340
N1 B 0, 0.656, 1.056, 1.456, 1.979 max_d=1.979 avg_d=1.056 std_dev=0.400
N3 B 0, 0.194, 0.624, 1.055, 1.672 max_d=1.672 avg_d=0.624 std_dev=0.430
C5 B 0, 0.460, 0.903, 1.346, 2.571 max_d=2.571 avg_d=0.903 std_dev=0.443
C2 B 0, 0.479, 0.941, 1.402, 2.136 max_d=2.136 avg_d=0.941 std_dev=0.462
C6 B 0, 0.627, 1.177, 1.726, 3.192 max_d=3.192 avg_d=1.177 std_dev=0.549
C1' B 0, 0.734, 1.290, 1.846, 2.159 max_d=2.159 avg_d=1.290 std_dev=0.556
C6 A 0, 0.514, 1.113, 1.712, 2.291 max_d=2.291 avg_d=1.113 std_dev=0.599
C8 B 0, 0.813, 1.439, 2.065, 2.907 max_d=2.907 avg_d=1.439 std_dev=0.626
C2 A 0, 0.488, 1.135, 1.782, 2.589 max_d=2.589 avg_d=1.135 std_dev=0.647
N7 B 0, 0.765, 1.541, 2.318, 4.006 max_d=4.006 avg_d=1.541 std_dev=0.777
C1' A 0, 0.763, 1.569, 2.374, 3.891 max_d=3.891 avg_d=1.569 std_dev=0.805
N2 B 0, 0.814, 1.646, 2.477, 3.810 max_d=3.810 avg_d=1.646 std_dev=0.831
C3' B 0, 1.241, 2.088, 2.935, 4.152 max_d=4.152 avg_d=2.088 std_dev=0.847
O4' B 0, 1.083, 1.933, 2.783, 3.745 max_d=3.745 avg_d=1.933 std_dev=0.850
C4' B 0, 1.559, 2.429, 3.300, 4.297 max_d=4.297 avg_d=2.429 std_dev=0.871
N3 A 0, 0.672, 1.548, 2.424, 4.003 max_d=4.003 avg_d=1.548 std_dev=0.876
C2' B 0, 1.077, 1.966, 2.854, 3.857 max_d=3.857 avg_d=1.966 std_dev=0.889
O6 B 0, 0.909, 1.813, 2.717, 5.002 max_d=5.002 avg_d=1.813 std_dev=0.904
C5 A 0, 0.598, 1.520, 2.442, 3.775 max_d=3.775 avg_d=1.520 std_dev=0.922
C4 A 0, 0.637, 1.563, 2.490, 4.389 max_d=4.389 avg_d=1.563 std_dev=0.927
O4' A 0, 0.977, 2.008, 3.040, 5.013 max_d=5.013 avg_d=2.008 std_dev=1.032
O3' B 0, 1.165, 2.226, 3.288, 5.950 max_d=5.950 avg_d=2.226 std_dev=1.061
O2 A 0, 0.878, 2.119, 3.360, 4.712 max_d=4.712 avg_d=2.119 std_dev=1.241
O2' B 0, 1.508, 2.850, 4.193, 4.938 max_d=4.938 avg_d=2.850 std_dev=1.343
C5' B 0, 2.278, 3.726, 5.175, 6.946 max_d=6.946 avg_d=3.726 std_dev=1.448
C2' A 0, 1.312, 2.768, 4.224, 5.797 max_d=5.797 avg_d=2.768 std_dev=1.456
N4 A 0, 1.073, 2.551, 4.030, 7.016 max_d=7.016 avg_d=2.551 std_dev=1.478
C4' A 0, 1.565, 3.264, 4.964, 7.086 max_d=7.086 avg_d=3.264 std_dev=1.699
O2' A 0, 1.989, 3.820, 5.651, 7.558 max_d=7.558 avg_d=3.820 std_dev=1.831
C3' A 0, 1.459, 3.380, 5.302, 7.162 max_d=7.162 avg_d=3.380 std_dev=1.921
O5' B 0, 2.147, 4.078, 6.009, 8.129 max_d=8.129 avg_d=4.078 std_dev=1.931
O5' A 0, 2.184, 4.191, 6.197, 7.840 max_d=7.840 avg_d=4.191 std_dev=2.006
C5' A 0, 2.137, 4.150, 6.163, 8.042 max_d=8.042 avg_d=4.150 std_dev=2.013
OP2 B 0, 2.025, 4.548, 7.070, 9.904 max_d=9.904 avg_d=4.548 std_dev=2.523
OP2 A 0, 3.016, 5.570, 8.124, 10.401 max_d=10.401 avg_d=5.570 std_dev=2.554
P A 0, 2.820, 5.378, 7.935, 10.356 max_d=10.356 avg_d=5.378 std_dev=2.558
P B 0, 1.888, 4.488, 7.089, 10.085 max_d=10.085 avg_d=4.488 std_dev=2.600
OP1 B 0, 2.310, 4.925, 7.541, 10.767 max_d=10.767 avg_d=4.925 std_dev=2.616
O3' A 0, 1.865, 4.588, 7.311, 9.902 max_d=9.902 avg_d=4.588 std_dev=2.723
OP1 A 0, 3.481, 6.559, 9.638, 12.668 max_d=12.668 avg_d=6.559 std_dev=3.078

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.08 0.02 0.01 0.03 0.03 0.06 0.02 0.24 0.01 0.21 0.42 0.43 0.25
C2 0.03 0.00 0.17 0.23 0.01 0.10 0.02 0.17 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.24 0.23 0.15 0.37 0.64 0.67 0.41
C2' 0.01 0.17 0.00 0.01 0.07 0.03 0.14 0.17 0.17 0.04 0.14 0.08 0.31 0.01 0.04 0.02 0.42 0.52 0.41 0.40
C3' 0.02 0.23 0.01 0.00 0.35 0.01 0.38 0.03 0.34 0.22 0.30 0.38 0.23 0.02 0.01 0.02 0.31 0.37 0.29 0.22
C4 0.02 0.01 0.07 0.35 0.00 0.15 0.01 0.31 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.30 0.26 0.04 0.56 0.90 0.99 0.67
C4' 0.02 0.10 0.03 0.01 0.15 0.00 0.25 0.01 0.26 0.09 0.10 0.17 0.23 0.26 0.04 0.01 0.02 0.18 0.32 0.08
C5 0.02 0.02 0.14 0.38 0.01 0.25 0.00 0.45 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.33 0.32 0.12 0.68 1.00 1.08 0.81
C5' 0.08 0.17 0.17 0.03 0.31 0.01 0.45 0.00 0.43 0.18 0.21 0.34 0.31 0.14 0.17 0.02 0.01 0.20 0.36 0.02
C6 0.02 0.01 0.17 0.34 0.01 0.26 0.00 0.43 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.30 0.26 0.17 0.62 0.86 0.88 0.69
N1 0.01 0.01 0.04 0.22 0.01 0.09 0.01 0.18 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.18 0.14 0.02 0.37 0.61 0.62 0.41
N3 0.03 0.01 0.14 0.30 0.01 0.10 0.01 0.21 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.27 0.22 0.12 0.45 0.76 0.83 0.52
N4 0.03 0.02 0.08 0.38 0.01 0.17 0.01 0.34 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.32 0.30 0.05 0.60 0.98 1.11 0.75
O2 0.06 0.01 0.31 0.23 0.02 0.23 0.02 0.31 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.33 0.38 0.27 0.41 0.63 0.64 0.44
O2' 0.02 0.24 0.01 0.02 0.30 0.26 0.33 0.14 0.30 0.18 0.27 0.32 0.33 0.00 0.08 0.19 0.31 0.42 0.42 0.34
O3' 0.24 0.23 0.04 0.01 0.26 0.04 0.32 0.17 0.26 0.14 0.22 0.30 0.38 0.08 0.00 0.17 0.32 0.57 0.37 0.33
O4' 0.01 0.15 0.02 0.02 0.04 0.01 0.12 0.02 0.17 0.02 0.12 0.05 0.27 0.19 0.17 0.00 0.16 0.30 0.45 0.24
O5' 0.21 0.37 0.42 0.31 0.56 0.02 0.68 0.01 0.62 0.37 0.45 0.60 0.41 0.31 0.32 0.16 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.42 0.64 0.52 0.37 0.90 0.18 1.00 0.20 0.86 0.61 0.76 0.98 0.63 0.42 0.57 0.30 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.43 0.67 0.41 0.29 0.99 0.32 1.08 0.36 0.88 0.62 0.83 1.11 0.64 0.42 0.37 0.45 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.25 0.41 0.40 0.22 0.67 0.08 0.81 0.02 0.69 0.41 0.52 0.75 0.44 0.34 0.33 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 1.40 0.86 1.26 1.56 0.67 2.13 0.72 2.61 0.88 1.32 0.90 1.25 0.85 1.21 1.08 1.34 1.52 2.13 2.70 1.33 3.26 2.66 3.09
C2 0.98 0.71 0.61 0.85 0.55 1.35 0.62 1.65 0.66 1.00 0.73 1.00 0.61 0.96 0.82 0.72 0.81 1.58 1.68 0.90 2.13 1.70 1.97
C2' 1.84 1.02 1.71 2.19 0.89 2.81 0.90 3.37 1.02 1.71 1.05 1.49 1.09 1.54 1.42 1.69 2.16 2.66 3.48 1.58 4.10 3.39 3.87
C3' 1.91 1.32 2.01 2.44 0.91 2.96 0.71 3.60 0.96 1.65 1.18 1.91 1.34 1.35 1.42 2.04 2.46 2.66 3.74 1.58 4.40 3.73 4.24
C4 0.58 0.46 1.00 0.97 0.38 0.67 0.45 0.82 0.33 0.74 0.40 0.71 0.35 0.70 0.57 1.20 1.15 0.73 0.89 0.42 1.15 1.13 1.05
C4' 1.73 1.11 1.91 2.23 0.74 2.66 0.61 3.24 0.89 1.45 1.00 1.69 1.11 1.20 1.24 2.04 2.31 2.40 3.32 1.50 3.98 3.31 3.82
C5 0.78 0.61 1.27 1.00 0.49 0.64 0.48 0.77 0.42 0.80 0.51 0.86 0.56 0.76 0.69 1.65 1.23 0.70 0.84 0.59 1.13 1.06 1.04
C5' 1.77 1.20 2.19 2.44 0.72 2.62 0.61 3.08 0.95 1.41 1.07 1.84 1.12 1.16 1.24 2.42 2.65 2.27 3.06 1.61 3.63 3.03 3.47
C6 0.97 0.69 1.31 1.16 0.55 1.17 0.56 1.45 0.61 0.98 0.65 0.99 0.62 0.88 0.83 1.60 1.28 1.22 1.50 0.90 1.85 1.50 1.75
N1 0.99 0.69 0.91 1.04 0.49 1.48 0.55 1.87 0.67 1.02 0.72 1.00 0.62 0.94 0.81 1.07 1.02 1.60 1.94 0.98 2.39 1.92 2.26
N3 0.76 0.60 0.77 0.87 0.50 0.97 0.60 1.15 0.59 0.87 0.59 0.84 0.50 0.85 0.70 0.87 0.97 1.16 1.16 0.75 1.52 1.27 1.37
N4 1.11 0.67 1.63 1.72 0.65 1.32 0.64 1.31 0.58 1.11 0.63 1.01 0.64 0.99 0.98 1.68 1.89 1.08 1.36 0.83 1.41 1.53 1.34
O2 1.44 0.95 0.97 1.24 0.81 1.82 0.82 2.07 0.86 1.32 0.94 1.33 0.87 1.24 1.17 1.04 1.18 2.03 2.06 1.20 2.56 2.05 2.36
O2' 2.07 1.11 1.86 2.42 1.14 3.14 1.33 3.73 1.45 2.02 1.30 1.54 1.16 1.95 1.65 1.85 2.39 2.93 3.82 2.03 4.59 3.83 4.30
O3' 2.14 1.42 2.26 2.84 0.99 3.44 0.73 4.21 0.98 1.77 1.24 2.08 1.47 1.44 1.55 2.25 2.89 2.98 4.38 1.65 5.27 4.46 5.09
O4' 1.40 0.88 1.51 1.71 0.64 2.12 0.63 2.61 0.81 1.27 0.84 1.33 0.88 1.11 1.05 1.68 1.76 2.04 2.69 1.30 3.24 2.65 3.12
O5' 2.01 1.40 2.53 2.69 1.00 2.67 0.71 2.94 0.89 1.54 1.15 2.04 1.35 1.16 1.48 2.82 2.92 2.31 2.85 1.42 3.21 2.70 3.07
OP1 2.27 1.63 2.98 3.07 1.21 2.82 0.95 2.87 1.09 1.67 1.34 2.35 1.59 1.38 1.65 3.40 3.48 2.35 2.61 1.62 2.96 2.47 2.73
OP2 1.86 1.61 2.60 2.57 1.03 2.19 1.13 2.09 1.52 1.45 1.66 2.23 1.32 1.41 1.33 3.20 3.12 1.76 1.76 2.05 1.95 1.61 1.74
P 2.05 1.45 2.74 2.82 1.00 2.56 0.81 2.59 1.05 1.50 1.27 2.13 1.33 1.23 1.46 3.20 3.28 2.13 2.32 1.59 2.57 2.11 2.40

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.09 0.03 0.02 0.05 0.07 0.05 0.02 0.01 0.02 0.26 0.01 0.27 0.03 0.56 0.36 0.28
C2 0.05 0.00 0.27 0.59 0.01 0.75 0.01 1.28 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.55 0.50 0.61 1.42 0.02 1.70 2.18 1.75
C2' 0.01 0.27 0.00 0.01 0.14 0.03 0.08 0.18 0.13 0.15 0.21 0.33 0.26 0.10 0.03 0.01 0.05 0.02 0.44 0.11 0.60 0.56 0.51
C3' 0.02 0.59 0.01 0.00 0.34 0.01 0.33 0.03 0.39 0.42 0.49 0.71 0.55 0.39 0.21 0.02 0.01 0.03 0.29 0.39 0.39 0.40 0.30
C4 0.03 0.01 0.14 0.34 0.00 0.34 0.01 0.53 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.32 0.25 0.31 0.53 0.02 0.84 0.83 0.58
C4' 0.01 0.75 0.03 0.01 0.34 0.00 0.17 0.01 0.30 0.42 0.56 0.95 0.72 0.30 0.09 0.29 0.04 0.01 0.03 0.23 0.19 0.33 0.10
C5 0.02 0.01 0.08 0.33 0.01 0.17 0.00 0.30 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.30 0.23 0.11 0.44 0.02 0.95 0.67 0.45
C5' 0.09 1.28 0.18 0.03 0.53 0.01 0.30 0.00 0.51 0.71 0.95 1.67 1.16 0.54 0.19 0.12 0.20 0.03 0.01 0.40 0.25 0.39 0.02
C6 0.03 0.01 0.13 0.39 0.01 0.30 0.01 0.51 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.37 0.29 0.23 0.52 0.01 0.98 0.95 0.60
C8 0.02 0.02 0.15 0.42 0.01 0.42 0.01 0.71 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.33 0.30 0.35 1.13 0.04 1.55 1.23 1.24
N1 0.05 0.01 0.21 0.49 0.01 0.56 0.01 0.95 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.47 0.40 0.45 1.00 0.02 1.33 1.68 1.25
N2 0.07 0.01 0.33 0.71 0.02 0.95 0.02 1.67 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.67 0.64 0.74 1.95 0.04 2.40 3.05 2.49
N3 0.05 0.01 0.26 0.55 0.01 0.72 0.01 1.16 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.51 0.47 0.62 1.27 0.02 1.43 1.78 1.48
N7 0.02 0.02 0.10 0.39 0.01 0.30 0.01 0.54 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.32 0.30 0.21 0.96 0.04 1.50 1.16 1.10
N9 0.01 0.02 0.03 0.21 0.01 0.09 0.01 0.19 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.18 0.14 0.02 0.43 0.03 0.82 0.46 0.42
O2' 0.02 0.55 0.01 0.02 0.32 0.29 0.30 0.12 0.37 0.33 0.47 0.67 0.51 0.32 0.18 0.00 0.07 0.19 0.30 0.36 0.46 0.57 0.40
O3' 0.26 0.50 0.05 0.01 0.25 0.04 0.23 0.20 0.29 0.30 0.40 0.64 0.47 0.30 0.14 0.07 0.00 0.17 0.33 0.30 0.60 0.45 0.38
O4' 0.01 0.61 0.02 0.03 0.31 0.01 0.11 0.03 0.23 0.35 0.45 0.74 0.62 0.21 0.02 0.19 0.17 0.00 0.20 0.16 0.42 0.34 0.21
O5' 0.27 1.42 0.44 0.29 0.53 0.03 0.44 0.01 0.52 1.13 1.00 1.95 1.27 0.96 0.43 0.30 0.33 0.20 0.00 0.49 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.11 0.39 0.02 0.23 0.02 0.40 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.03 0.36 0.30 0.16 0.49 0.00 1.04 0.89 0.54
OP1 0.56 1.70 0.60 0.39 0.84 0.19 0.95 0.25 0.98 1.55 1.33 2.40 1.43 1.50 0.82 0.46 0.60 0.42 0.02 1.04 0.00 0.02 0.01
OP2 0.36 2.18 0.56 0.40 0.83 0.33 0.67 0.39 0.95 1.23 1.68 3.05 1.78 1.16 0.46 0.57 0.45 0.34 0.02 0.89 0.02 0.00 0.01
P 0.28 1.75 0.51 0.30 0.58 0.10 0.45 0.02 0.60 1.24 1.25 2.49 1.48 1.10 0.42 0.40 0.38 0.21 0.01 0.54 0.01 0.01 0.00