ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 21495

back

Distances from reference structure (by RMSD)

37, 18, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 25, 53, 1, 10, 0, 5, 2, 62,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 B 0, 0.109, 0.564, 1.019, 1.677 max_d=1.677 avg_d=0.564 std_dev=0.455
C1' B 0, 0.187, 0.777, 1.367, 2.479 max_d=2.479 avg_d=0.777 std_dev=0.590
C6 A 0, 0.169, 0.896, 1.623, 3.407 max_d=3.407 avg_d=0.896 std_dev=0.727
O4' A 0, 0.463, 1.241, 2.018, 3.208 max_d=3.208 avg_d=1.241 std_dev=0.777
N1 A 0, 0.051, 0.851, 1.651, 2.365 max_d=2.365 avg_d=0.851 std_dev=0.800
C4 A 0, 0.018, 0.854, 1.691, 2.507 max_d=2.507 avg_d=0.854 std_dev=0.837
C5 A 0, 0.256, 1.112, 1.968, 3.195 max_d=3.195 avg_d=1.112 std_dev=0.856
C2' B 0, 0.062, 0.931, 1.800, 2.408 max_d=2.408 avg_d=0.931 std_dev=0.869
C3' B 0, 0.188, 1.061, 1.935, 3.985 max_d=3.985 avg_d=1.061 std_dev=0.874
O6 A 0, 0.230, 1.201, 2.172, 5.089 max_d=5.089 avg_d=1.201 std_dev=0.971
C6 B 0, 0.681, 1.677, 2.673, 2.688 max_d=2.688 avg_d=1.677 std_dev=0.996
N3 A 0, 0.069, 1.085, 2.101, 3.465 max_d=3.465 avg_d=1.085 std_dev=1.016
N9 A 0, 0.160, 1.213, 2.265, 3.042 max_d=3.042 avg_d=1.213 std_dev=1.052
C2 B 0, 0.724, 1.791, 2.858, 3.224 max_d=3.224 avg_d=1.791 std_dev=1.067
O4' B 0, 0.324, 1.399, 2.473, 4.054 max_d=4.054 avg_d=1.399 std_dev=1.075
C2 A 0, 0.135, 1.222, 2.309, 3.283 max_d=3.283 avg_d=1.222 std_dev=1.087
C4' A 0, 0.275, 1.423, 2.570, 3.487 max_d=3.487 avg_d=1.423 std_dev=1.147
C4' B 0, 0.261, 1.491, 2.721, 5.632 max_d=5.632 avg_d=1.491 std_dev=1.230
C1' A 0, 0.019, 1.264, 2.509, 3.314 max_d=3.314 avg_d=1.264 std_dev=1.245
C3' A 0, 0.805, 2.067, 3.329, 4.605 max_d=4.605 avg_d=2.067 std_dev=1.262
O2' B 0, 0.008, 1.333, 2.658, 4.040 max_d=4.040 avg_d=1.333 std_dev=1.325
N7 A 0, 0.427, 1.793, 3.159, 5.011 max_d=5.011 avg_d=1.793 std_dev=1.366
C8 A 0, 0.414, 1.795, 3.177, 4.160 max_d=4.160 avg_d=1.795 std_dev=1.382
O3' A 0, 0.945, 2.422, 3.899, 6.253 max_d=6.253 avg_d=2.422 std_dev=1.477
N3 B 0, 0.589, 2.124, 3.660, 5.370 max_d=5.370 avg_d=2.124 std_dev=1.536
O3' B 0, 0.139, 1.688, 3.237, 4.653 max_d=4.653 avg_d=1.688 std_dev=1.549
C5 B 0, 0.850, 2.442, 4.034, 4.503 max_d=4.503 avg_d=2.442 std_dev=1.592
C5' A 0, 0.831, 2.441, 4.051, 5.365 max_d=5.365 avg_d=2.441 std_dev=1.610
N2 A 0, 0.312, 1.955, 3.598, 5.092 max_d=5.092 avg_d=1.955 std_dev=1.643
O5' A 0, 1.103, 2.755, 4.407, 6.091 max_d=6.091 avg_d=2.755 std_dev=1.652
C2' A 0, 0.687, 2.359, 4.031, 4.696 max_d=4.696 avg_d=2.359 std_dev=1.672
C5' B 0, 0.261, 2.004, 3.746, 7.658 max_d=7.658 avg_d=2.004 std_dev=1.742
O5' B 0, 0.419, 2.196, 3.973, 7.515 max_d=7.515 avg_d=2.196 std_dev=1.777
O2 B 0, 1.137, 2.925, 4.712, 4.665 max_d=4.665 avg_d=2.925 std_dev=1.787
C4 B 0, -0.176, 1.874, 3.924, 5.639 max_d=5.639 avg_d=1.874 std_dev=2.050
P A 0, 1.524, 4.017, 6.511, 8.003 max_d=8.003 avg_d=4.017 std_dev=2.494
O2' A 0, 0.818, 3.377, 5.937, 7.062 max_d=7.062 avg_d=3.377 std_dev=2.559
OP2 A 0, 1.565, 4.310, 7.055, 8.532 max_d=8.532 avg_d=4.310 std_dev=2.745
N4 B 0, -0.223, 2.658, 5.540, 7.988 max_d=7.988 avg_d=2.658 std_dev=2.881
P B 0, 0.224, 3.136, 6.047, 10.244 max_d=10.244 avg_d=3.136 std_dev=2.912
OP1 A 0, 1.824, 4.818, 7.813, 10.088 max_d=10.088 avg_d=4.818 std_dev=2.995
OP1 B 0, 0.500, 3.554, 6.609, 11.814 max_d=11.814 avg_d=3.554 std_dev=3.054
OP2 B 0, 0.164, 3.509, 6.853, 10.784 max_d=10.784 avg_d=3.509 std_dev=3.345

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.11 0.02 0.02 0.04 0.06 0.05 0.01 0.00 0.02 0.31 0.01 0.31 0.02 0.27 0.50 0.33
C2 0.05 0.00 0.40 0.85 0.01 0.81 0.01 1.30 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.39 0.62 0.61 1.76 0.02 1.97 2.32 2.04
C2' 0.00 0.40 0.00 0.00 0.22 0.02 0.13 0.24 0.21 0.17 0.33 0.46 0.38 0.09 0.03 0.00 0.02 0.01 0.56 0.19 0.52 0.74 0.58
C3' 0.01 0.85 0.00 0.00 0.49 0.01 0.44 0.03 0.57 0.43 0.74 0.99 0.78 0.41 0.24 0.02 0.01 0.04 0.26 0.56 0.24 0.19 0.19
C4 0.02 0.01 0.22 0.49 0.00 0.35 0.00 0.48 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.22 0.25 0.30 0.69 0.02 0.69 0.82 0.74
C4' 0.01 0.81 0.02 0.01 0.35 0.00 0.16 0.01 0.31 0.45 0.59 1.03 0.78 0.31 0.08 0.34 0.03 0.01 0.03 0.23 0.11 0.32 0.10
C5 0.01 0.01 0.13 0.44 0.00 0.16 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.27 0.22 0.11 0.43 0.01 0.46 0.61 0.49
C5' 0.11 1.30 0.24 0.03 0.48 0.01 0.18 0.00 0.42 0.76 0.94 1.75 1.19 0.56 0.16 0.12 0.22 0.02 0.01 0.28 0.17 0.31 0.02
C6 0.02 0.01 0.21 0.57 0.01 0.31 0.01 0.42 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.27 0.36 0.23 0.67 0.01 0.71 0.88 0.75
C8 0.02 0.01 0.17 0.43 0.01 0.45 0.01 0.76 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.40 0.30 0.34 1.08 0.02 1.19 1.45 1.24
N1 0.04 0.01 0.33 0.74 0.01 0.59 0.01 0.94 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.30 0.52 0.44 1.30 0.01 1.47 1.75 1.52
N2 0.06 0.01 0.46 0.99 0.01 1.03 0.01 1.75 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.53 0.78 0.74 2.35 0.02 2.80 3.30 2.84
N3 0.05 0.01 0.38 0.78 0.00 0.78 0.01 1.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.38 0.53 0.62 1.56 0.02 1.63 1.86 1.71
N7 0.01 0.01 0.09 0.41 0.01 0.31 0.00 0.56 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.40 0.26 0.20 0.84 0.02 1.02 1.27 1.04
N9 0.00 0.02 0.03 0.24 0.01 0.08 0.01 0.16 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.20 0.07 0.02 0.40 0.02 0.41 0.60 0.46
O2' 0.02 0.39 0.00 0.02 0.22 0.34 0.27 0.12 0.27 0.40 0.30 0.53 0.38 0.40 0.20 0.00 0.05 0.21 0.41 0.30 0.37 0.74 0.44
O3' 0.31 0.62 0.02 0.01 0.25 0.03 0.22 0.22 0.36 0.30 0.52 0.78 0.53 0.26 0.07 0.05 0.00 0.22 0.29 0.38 0.47 0.36 0.32
O4' 0.01 0.61 0.01 0.04 0.30 0.01 0.11 0.02 0.23 0.34 0.44 0.74 0.62 0.20 0.02 0.21 0.22 0.00 0.12 0.15 0.15 0.34 0.15
O5' 0.31 1.76 0.56 0.26 0.69 0.03 0.43 0.01 0.67 1.08 1.30 2.35 1.56 0.84 0.40 0.41 0.29 0.12 0.00 0.53 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.19 0.56 0.02 0.23 0.01 0.28 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.30 0.38 0.15 0.53 0.00 0.57 0.72 0.59
OP1 0.27 1.97 0.52 0.24 0.69 0.11 0.46 0.17 0.71 1.19 1.47 2.80 1.63 1.02 0.41 0.37 0.47 0.15 0.02 0.57 0.00 0.01 0.01
OP2 0.50 2.32 0.74 0.19 0.82 0.32 0.61 0.31 0.88 1.45 1.75 3.30 1.86 1.27 0.60 0.74 0.36 0.34 0.02 0.72 0.01 0.00 0.01
P 0.33 2.04 0.58 0.19 0.74 0.10 0.49 0.02 0.75 1.24 1.52 2.84 1.71 1.04 0.46 0.44 0.32 0.15 0.01 0.59 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.80 2.28 0.59 0.33 3.73 0.48 3.27 0.66 2.37 1.84 3.25 4.56 1.75 0.51 0.54 0.55 0.93 1.14 2.30 1.37
C2 0.62 1.69 0.54 0.38 2.56 0.46 2.34 0.57 1.79 1.41 2.27 2.89 1.30 0.54 0.48 0.47 0.68 1.03 1.66 0.99
C2' 1.05 2.51 0.82 0.62 3.95 0.70 3.42 0.84 2.51 2.02 3.52 4.84 2.02 0.74 0.79 0.80 0.95 1.15 2.32 1.39
C3' 0.97 1.99 0.79 0.82 3.52 1.09 3.10 1.16 2.20 1.65 2.96 4.47 1.49 0.91 1.02 1.01 0.84 1.18 2.11 1.27
C4 0.69 2.07 0.57 0.29 3.29 0.48 2.92 0.61 2.16 1.68 2.90 3.84 1.57 0.54 0.53 0.46 0.85 1.10 2.13 1.26
C4' 0.65 1.73 0.48 0.55 3.24 0.85 2.87 0.85 1.98 1.39 2.68 4.15 1.25 0.72 0.82 0.72 0.73 1.06 2.07 1.19
C5 0.64 1.98 0.57 0.26 3.09 0.54 2.83 0.64 2.12 1.61 2.73 3.56 1.58 0.58 0.67 0.43 0.89 1.16 2.26 1.35
C5' 0.83 1.41 0.72 0.81 2.85 1.05 2.58 0.91 1.75 1.18 2.25 3.72 1.11 1.06 1.09 0.92 0.80 1.10 2.04 1.20
C6 0.55 1.71 0.58 0.25 2.51 0.57 2.36 0.63 1.85 1.41 2.27 2.81 1.41 0.61 0.61 0.42 0.83 1.15 2.08 1.25
C8 0.71 2.19 0.57 0.27 3.57 0.54 3.22 0.66 2.34 1.76 3.10 4.31 1.75 0.56 0.78 0.47 0.99 1.22 2.52 1.50
N1 0.54 1.55 0.56 0.29 2.25 0.48 2.07 0.55 1.63 1.32 2.03 2.49 1.16 0.59 0.42 0.43 0.66 1.04 1.71 1.02
N2 0.60 1.39 0.51 0.50 2.16 0.48 2.11 0.60 1.63 1.19 1.83 2.45 1.25 0.54 0.67 0.51 0.65 1.04 1.42 0.90
N3 0.69 1.95 0.55 0.37 3.05 0.46 2.72 0.61 2.03 1.59 2.70 3.55 1.49 0.52 0.47 0.49 0.78 1.06 1.88 1.12
N7 0.65 2.06 0.57 0.29 3.29 0.59 3.05 0.69 2.25 1.65 2.87 3.89 1.73 0.59 0.86 0.44 1.00 1.26 2.53 1.52
N9 0.74 2.20 0.57 0.28 3.58 0.49 3.17 0.64 2.31 1.78 3.13 4.31 1.69 0.54 0.60 0.49 0.92 1.15 2.32 1.38
O2' 1.29 2.94 1.06 0.71 4.38 0.49 3.78 0.78 2.84 2.37 3.98 5.30 2.48 0.81 0.67 0.90 1.34 1.37 2.64 1.73
O3' 0.92 2.12 0.71 0.64 3.68 0.93 3.24 1.10 2.30 1.73 3.12 4.68 1.62 0.73 0.75 0.93 0.86 1.15 2.11 1.29
O4' 0.49 1.74 0.32 0.40 3.22 0.70 2.85 0.68 1.97 1.38 2.68 4.06 1.23 0.59 0.75 0.53 0.76 1.03 2.09 1.19
O5' 1.05 1.10 1.05 1.12 2.43 1.30 2.27 1.03 1.52 0.98 1.82 3.27 1.06 1.46 1.42 1.12 0.93 1.12 1.97 1.20
O6 0.46 1.49 0.60 0.32 2.10 0.70 2.07 0.73 1.68 1.19 1.92 2.33 1.45 0.66 0.79 0.46 0.91 1.26 2.20 1.37
OP1 1.49 1.31 1.43 1.44 2.11 1.53 2.04 1.14 1.48 1.21 1.64 2.85 1.64 1.78 1.69 1.45 1.09 1.23 1.93 1.27
OP2 1.80 1.61 1.78 1.72 2.00 1.71 2.00 1.23 1.57 1.46 1.71 2.60 2.08 2.18 1.97 1.68 1.29 1.33 2.03 1.38
P 1.43 1.25 1.43 1.44 2.07 1.50 2.01 1.09 1.42 1.13 1.60 2.81 1.59 1.83 1.72 1.40 1.09 1.19 1.95 1.25

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.13 0.02 0.01 0.03 0.03 0.06 0.03 0.35 0.01 0.30 0.26 0.41 0.14
C2 0.03 0.00 0.25 0.25 0.01 0.20 0.01 0.38 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.26 0.20 0.21 0.84 0.63 0.77 0.78
C2' 0.01 0.25 0.00 0.01 0.05 0.02 0.18 0.25 0.25 0.03 0.20 0.07 0.44 0.00 0.04 0.03 0.40 0.74 0.87 0.59
C3' 0.02 0.25 0.01 0.00 0.39 0.01 0.50 0.02 0.48 0.24 0.30 0.42 0.37 0.03 0.01 0.02 0.10 0.50 0.50 0.32
C4 0.03 0.01 0.05 0.39 0.00 0.20 0.01 0.38 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.44 0.14 0.07 0.71 0.57 0.61 0.57
C4' 0.01 0.20 0.02 0.01 0.20 0.00 0.41 0.01 0.43 0.11 0.12 0.22 0.48 0.32 0.02 0.01 0.02 0.16 0.40 0.09
C5 0.02 0.01 0.18 0.50 0.01 0.41 0.00 0.77 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.44 0.21 0.22 1.03 1.13 1.31 1.10
C5' 0.13 0.38 0.25 0.02 0.38 0.01 0.77 0.00 0.79 0.24 0.27 0.42 0.89 0.13 0.24 0.03 0.01 0.30 0.43 0.02
C6 0.02 0.01 0.25 0.48 0.01 0.43 0.00 0.79 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.36 0.15 0.26 1.00 1.04 1.22 1.03
N1 0.01 0.01 0.03 0.24 0.02 0.11 0.01 0.24 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.23 0.13 0.03 0.48 0.26 0.35 0.24
N3 0.03 0.01 0.20 0.30 0.01 0.12 0.01 0.27 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.36 0.12 0.13 0.77 0.52 0.64 0.68
N4 0.03 0.02 0.07 0.42 0.01 0.22 0.01 0.42 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.50 0.19 0.08 0.76 0.68 0.73 0.67
O2 0.06 0.01 0.44 0.37 0.02 0.48 0.02 0.89 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.25 0.37 0.40 1.44 1.39 1.67 1.58
O2' 0.03 0.26 0.00 0.03 0.44 0.32 0.44 0.13 0.36 0.23 0.36 0.50 0.25 0.00 0.06 0.23 0.28 0.82 0.95 0.57
O3' 0.35 0.20 0.04 0.01 0.14 0.02 0.21 0.24 0.15 0.13 0.12 0.19 0.37 0.06 0.00 0.24 0.23 0.51 0.46 0.33
O4' 0.01 0.21 0.03 0.02 0.07 0.01 0.22 0.03 0.26 0.03 0.13 0.08 0.40 0.23 0.24 0.00 0.34 0.20 0.23 0.23
O5' 0.30 0.84 0.40 0.10 0.71 0.02 1.03 0.01 1.00 0.48 0.77 0.76 1.44 0.28 0.23 0.34 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.26 0.63 0.74 0.50 0.57 0.16 1.13 0.30 1.04 0.26 0.52 0.68 1.39 0.82 0.51 0.20 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.41 0.77 0.87 0.50 0.61 0.40 1.31 0.43 1.22 0.35 0.64 0.73 1.67 0.95 0.46 0.23 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.78 0.59 0.32 0.57 0.09 1.10 0.02 1.03 0.24 0.68 0.67 1.58 0.57 0.33 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00