ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 21496

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 6, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 15, 13, 6, 0, 1, 7, 0, 33,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.687, 1.070, 1.452, 1.774 max_d=1.774 avg_d=1.070 std_dev=0.382
N9 B 0, 0.700, 1.120, 1.541, 1.662 max_d=1.662 avg_d=1.120 std_dev=0.420
N3 B 0, 0.845, 1.280, 1.715, 2.338 max_d=2.338 avg_d=1.280 std_dev=0.435
C4 B 0, 0.524, 1.061, 1.599, 2.146 max_d=2.146 avg_d=1.061 std_dev=0.538
C1' B 0, 0.560, 1.117, 1.674, 2.093 max_d=2.093 avg_d=1.117 std_dev=0.557
C4 A 0, 0.581, 1.147, 1.714, 2.531 max_d=2.531 avg_d=1.147 std_dev=0.567
C2 B 0, 0.923, 1.540, 2.157, 3.271 max_d=3.271 avg_d=1.540 std_dev=0.617
C6 A 0, 1.264, 1.888, 2.512, 2.965 max_d=2.965 avg_d=1.888 std_dev=0.624
N9 A 0, 0.799, 1.494, 2.188, 3.228 max_d=3.228 avg_d=1.494 std_dev=0.695
C5 A 0, 1.216, 1.936, 2.655, 3.234 max_d=3.234 avg_d=1.936 std_dev=0.719
C3' B 0, 1.388, 2.215, 3.043, 3.513 max_d=3.513 avg_d=2.215 std_dev=0.827
C2 A 0, 0.797, 1.638, 2.479, 3.389 max_d=3.389 avg_d=1.638 std_dev=0.841
O4' A 0, 1.183, 2.031, 2.878, 4.087 max_d=4.087 avg_d=2.031 std_dev=0.847
N3 A 0, 0.674, 1.619, 2.564, 3.349 max_d=3.349 avg_d=1.619 std_dev=0.945
O6 A 0, 1.921, 2.922, 3.924, 4.413 max_d=4.413 avg_d=2.922 std_dev=1.001
C1' A 0, 0.529, 1.544, 2.559, 3.869 max_d=3.869 avg_d=1.544 std_dev=1.015
C2' B 0, 0.967, 1.995, 3.023, 3.554 max_d=3.554 avg_d=1.995 std_dev=1.028
N1 B 0, 0.916, 1.959, 3.002, 4.164 max_d=4.164 avg_d=1.959 std_dev=1.043
C8 A 0, 1.469, 2.608, 3.747, 4.478 max_d=4.478 avg_d=2.608 std_dev=1.139
O4' B 0, 0.448, 1.618, 2.787, 3.932 max_d=3.932 avg_d=1.618 std_dev=1.170
C4' B 0, 1.007, 2.218, 3.428, 4.696 max_d=4.696 avg_d=2.218 std_dev=1.210
N7 A 0, 1.879, 3.116, 4.352, 4.856 max_d=4.856 avg_d=3.116 std_dev=1.237
O2' B 0, 2.007, 3.345, 4.683, 4.950 max_d=4.950 avg_d=3.345 std_dev=1.338
N2 A 0, 1.498, 2.864, 4.230, 5.626 max_d=5.626 avg_d=2.864 std_dev=1.366
C8 B 0, 0.791, 2.182, 3.573, 4.107 max_d=4.107 avg_d=2.182 std_dev=1.391
C4' A 0, 1.041, 2.438, 3.836, 5.057 max_d=5.057 avg_d=2.438 std_dev=1.397
O5' B 0, 1.920, 3.336, 4.753, 6.173 max_d=6.173 avg_d=3.336 std_dev=1.416
C5' A 0, 1.755, 3.289, 4.824, 6.543 max_d=6.543 avg_d=3.289 std_dev=1.535
C5 B 0, 0.445, 1.987, 3.529, 4.155 max_d=4.155 avg_d=1.987 std_dev=1.542
C5' B 0, 1.491, 3.059, 4.626, 6.342 max_d=6.342 avg_d=3.059 std_dev=1.568
O3' B 0, 1.352, 2.966, 4.580, 5.566 max_d=5.566 avg_d=2.966 std_dev=1.614
C6 B 0, 0.834, 2.468, 4.102, 5.096 max_d=5.096 avg_d=2.468 std_dev=1.634
C2' A 0, 0.919, 2.582, 4.245, 6.213 max_d=6.213 avg_d=2.582 std_dev=1.663
OP2 B 0, 2.846, 4.570, 6.294, 7.700 max_d=7.700 avg_d=4.570 std_dev=1.724
P B 0, 2.012, 3.877, 5.742, 7.782 max_d=7.782 avg_d=3.877 std_dev=1.865
O2' A 0, 1.926, 3.792, 5.658, 7.871 max_d=7.871 avg_d=3.792 std_dev=1.866
C3' A 0, 0.838, 2.807, 4.776, 7.294 max_d=7.294 avg_d=2.807 std_dev=1.969
O5' A 0, 1.715, 3.737, 5.758, 8.064 max_d=8.064 avg_d=3.737 std_dev=2.022
N7 B 0, 0.591, 2.729, 4.866, 5.462 max_d=5.462 avg_d=2.729 std_dev=2.138
O3' A 0, 1.486, 3.657, 5.828, 8.588 max_d=8.588 avg_d=3.657 std_dev=2.171
OP1 B 0, 1.062, 3.462, 5.861, 8.740 max_d=8.740 avg_d=3.462 std_dev=2.400
N6 B 0, 1.192, 3.633, 6.074, 7.268 max_d=7.268 avg_d=3.633 std_dev=2.441
OP1 A 0, 2.352, 5.457, 8.562, 12.026 max_d=12.026 avg_d=5.457 std_dev=3.105
P A 0, 1.538, 4.696, 7.854, 10.880 max_d=10.880 avg_d=4.696 std_dev=3.158
OP2 A 0, 2.098, 5.637, 9.175, 12.266 max_d=12.266 avg_d=5.637 std_dev=3.539

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.08 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.13 0.03 0.03 0.07 0.09 0.07 0.03 0.01 0.03 0.32 0.01 0.26 0.04 0.61 0.62 0.40
C2 0.08 0.00 0.42 0.26 0.02 0.22 0.02 0.40 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.55 0.38 0.39 0.38 0.02 1.14 1.18 0.79
C2' 0.01 0.42 0.00 0.01 0.22 0.03 0.10 0.24 0.18 0.22 0.32 0.50 0.41 0.12 0.02 0.00 0.07 0.02 0.53 0.13 0.77 0.78 0.64
C3' 0.02 0.26 0.01 0.00 0.26 0.01 0.35 0.03 0.36 0.38 0.31 0.27 0.23 0.42 0.24 0.02 0.01 0.03 0.28 0.40 0.39 0.45 0.22
C4 0.03 0.02 0.22 0.26 0.00 0.10 0.01 0.28 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.28 0.24 0.20 0.33 0.02 1.07 0.97 0.67
C4' 0.01 0.22 0.03 0.01 0.10 0.00 0.10 0.01 0.11 0.23 0.16 0.29 0.21 0.19 0.08 0.34 0.05 0.01 0.02 0.12 0.34 0.41 0.19
C5 0.02 0.02 0.10 0.35 0.01 0.10 0.00 0.27 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.29 0.23 0.10 0.34 0.02 1.26 1.01 0.73
C5' 0.13 0.40 0.24 0.03 0.28 0.01 0.27 0.00 0.31 0.29 0.37 0.46 0.37 0.28 0.20 0.13 0.23 0.02 0.01 0.31 0.31 0.39 0.02
C6 0.03 0.02 0.18 0.36 0.02 0.11 0.01 0.31 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.31 0.26 0.17 0.36 0.01 1.36 1.13 0.81
C8 0.03 0.03 0.22 0.38 0.01 0.23 0.01 0.29 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.46 0.24 0.21 0.32 0.04 1.05 0.71 0.53
N1 0.07 0.01 0.32 0.31 0.03 0.16 0.02 0.37 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.42 0.30 0.30 0.37 0.02 1.28 1.19 0.82
N2 0.09 0.01 0.50 0.27 0.03 0.29 0.02 0.46 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.70 0.48 0.46 0.41 0.03 1.11 1.25 0.81
N3 0.07 0.01 0.41 0.23 0.01 0.21 0.01 0.37 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.54 0.39 0.38 0.37 0.02 1.02 1.08 0.71
N7 0.03 0.02 0.12 0.42 0.01 0.19 0.01 0.28 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.42 0.29 0.11 0.35 0.04 1.28 0.91 0.67
N9 0.01 0.04 0.02 0.24 0.01 0.08 0.01 0.20 0.02 0.01 0.04 0.04 0.03 0.02 0.00 0.20 0.16 0.02 0.28 0.03 0.90 0.75 0.52
O2' 0.03 0.55 0.00 0.02 0.28 0.34 0.29 0.13 0.31 0.46 0.42 0.70 0.54 0.42 0.20 0.00 0.09 0.22 0.43 0.33 0.68 0.83 0.56
O3' 0.32 0.38 0.07 0.01 0.24 0.05 0.23 0.23 0.26 0.24 0.30 0.48 0.39 0.29 0.16 0.09 0.00 0.25 0.36 0.30 0.66 0.39 0.32
O4' 0.01 0.39 0.02 0.03 0.20 0.01 0.10 0.02 0.17 0.21 0.30 0.46 0.38 0.11 0.02 0.22 0.25 0.00 0.14 0.13 0.34 0.62 0.32
O5' 0.26 0.38 0.53 0.28 0.33 0.02 0.34 0.01 0.36 0.32 0.37 0.41 0.37 0.35 0.28 0.43 0.36 0.14 0.00 0.38 0.02 0.02 0.01
O6 0.04 0.02 0.13 0.40 0.02 0.12 0.02 0.31 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.33 0.30 0.13 0.38 0.00 1.46 1.17 0.85
OP1 0.61 1.14 0.77 0.39 1.07 0.34 1.26 0.31 1.36 1.05 1.28 1.11 1.02 1.28 0.90 0.68 0.66 0.34 0.02 1.46 0.00 0.01 0.01
OP2 0.62 1.18 0.78 0.45 0.97 0.41 1.01 0.39 1.13 0.71 1.19 1.25 1.08 0.91 0.75 0.83 0.39 0.62 0.02 1.17 0.01 0.00 0.01
P 0.40 0.79 0.64 0.22 0.67 0.19 0.73 0.02 0.81 0.53 0.82 0.81 0.71 0.67 0.52 0.56 0.32 0.32 0.01 0.85 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.62 2.62 0.84 0.90 2.19 0.59 3.08 0.74 3.67 2.33 3.40 1.95 4.39 3.15 1.66 1.51 1.56 0.61 0.84 1.12 1.60 1.06
C2 0.98 2.26 0.63 0.69 2.12 0.50 2.63 0.89 2.84 2.22 2.64 1.93 3.10 2.69 1.78 1.18 1.52 1.14 0.94 1.28 1.64 1.20
C2' 0.97 3.06 1.17 1.13 2.52 0.63 3.38 0.65 4.05 2.51 3.84 2.34 4.79 3.37 1.93 1.67 1.77 0.68 0.88 1.18 1.44 1.02
C3' 0.92 3.14 1.12 1.04 2.55 0.63 3.45 0.65 4.19 2.52 3.98 2.37 5.01 3.43 1.92 1.67 1.68 0.60 1.01 1.17 1.64 1.18
C4 0.63 2.47 0.74 0.89 2.13 0.60 2.86 0.76 3.29 2.21 3.07 1.92 3.76 2.90 1.63 1.39 1.56 0.69 0.84 0.99 1.44 0.96
C4' 0.74 2.88 0.87 0.85 2.40 0.62 3.37 0.84 4.05 2.53 3.77 2.12 4.91 3.43 1.83 1.45 1.38 0.65 0.93 1.16 1.75 1.19
C5 0.53 2.46 0.72 0.97 2.02 0.78 2.67 0.91 3.09 2.02 2.95 1.92 3.47 2.67 1.49 1.34 1.55 0.59 1.03 0.96 1.42 1.04
C5' 0.89 3.01 1.02 0.97 2.53 0.73 3.50 0.94 4.21 2.65 3.92 2.24 5.09 3.56 1.95 1.47 1.30 0.73 0.94 1.09 1.71 1.14
C6 0.64 2.28 0.62 0.93 1.92 0.75 2.37 0.91 2.65 1.84 2.58 1.90 2.87 2.33 1.45 1.19 1.54 0.72 1.06 0.97 1.33 1.06
C8 0.45 2.63 0.83 1.02 2.06 0.89 2.88 0.97 3.47 2.12 3.32 1.93 4.08 2.91 1.47 1.48 1.53 0.50 1.09 1.02 1.58 1.10
N1 0.89 2.09 0.55 0.75 1.97 0.50 2.35 0.76 2.51 1.97 2.37 1.82 2.68 2.35 1.63 1.13 1.54 1.05 0.80 0.93 1.23 0.89
N2 1.22 2.31 0.66 0.59 2.16 0.71 2.54 1.25 2.69 2.27 2.56 2.06 2.88 2.62 1.88 1.04 1.42 1.43 1.34 1.78 2.16 1.72
N3 0.83 2.43 0.70 0.77 2.19 0.47 2.87 0.82 3.22 2.30 2.97 1.97 3.63 2.93 1.75 1.31 1.55 0.94 0.90 1.27 1.67 1.19
N7 0.45 2.61 0.79 1.05 1.99 0.99 2.70 1.11 3.24 1.99 3.16 1.96 3.72 2.71 1.40 1.40 1.50 0.55 1.26 1.14 1.67 1.27
N9 0.55 2.58 0.81 0.94 2.14 0.68 2.97 0.79 3.52 2.23 3.29 1.92 4.13 3.02 1.59 1.48 1.56 0.56 0.88 0.98 1.49 0.98
O2' 1.13 3.10 1.22 1.24 2.59 0.74 3.45 0.82 4.09 2.64 3.87 2.40 4.85 3.47 2.05 1.60 1.87 0.93 0.84 1.37 1.50 1.09
O3' 1.09 3.39 1.02 0.93 2.78 0.54 3.69 0.72 4.45 2.75 4.24 2.60 5.31 3.67 2.13 1.40 1.59 0.84 1.05 1.42 1.84 1.37
O4' 0.62 2.58 0.76 0.84 2.18 0.73 3.13 0.97 3.74 2.40 3.42 1.87 4.53 3.24 1.67 1.43 1.35 0.74 0.95 1.16 1.79 1.20
O5' 0.65 2.96 0.77 0.82 2.37 0.78 3.33 0.93 4.06 2.43 3.83 2.16 4.92 3.37 1.75 1.35 1.25 0.61 0.95 1.01 1.72 1.10
O6 0.65 2.30 0.61 0.99 1.78 0.98 2.05 1.22 2.34 1.55 2.43 1.98 2.48 1.96 1.26 1.07 1.46 0.71 1.47 1.32 1.67 1.49
OP1 1.27 3.43 0.95 0.97 2.78 1.24 3.64 1.33 4.39 2.69 4.24 2.67 5.22 3.59 2.15 1.15 1.28 1.37 1.20 1.28 2.08 1.41
OP2 1.09 3.01 0.94 0.86 2.38 1.30 3.23 1.46 3.92 2.41 3.77 2.26 4.71 3.25 1.83 1.44 1.18 1.28 1.54 1.35 2.52 1.75
P 0.72 2.92 0.62 0.67 2.30 0.97 3.21 1.10 3.94 2.32 3.75 2.14 4.78 3.23 1.68 1.23 1.10 0.90 1.07 1.04 1.98 1.26

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.06 0.03 0.02 0.05 0.06 0.03 0.02 0.01 0.02 0.32 0.01 0.47 0.56 0.72 0.50
C2 0.06 0.00 0.36 0.41 0.01 0.24 0.01 0.36 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.33 0.47 0.31 0.66 0.89 1.09 0.71
C2' 0.01 0.36 0.00 0.01 0.18 0.02 0.09 0.19 0.16 0.20 0.28 0.36 0.11 0.11 0.02 0.01 0.03 0.02 0.60 0.79 0.93 0.70
C3' 0.02 0.41 0.01 0.00 0.33 0.01 0.39 0.02 0.42 0.37 0.42 0.37 0.45 0.41 0.25 0.02 0.01 0.02 0.26 0.64 0.39 0.32
C4 0.03 0.01 0.18 0.33 0.00 0.13 0.01 0.23 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.25 0.25 0.16 0.61 0.82 1.06 0.67
C4' 0.01 0.24 0.02 0.01 0.13 0.00 0.16 0.01 0.16 0.29 0.20 0.23 0.19 0.26 0.12 0.30 0.03 0.01 0.02 0.36 0.24 0.08
C5 0.02 0.01 0.09 0.39 0.01 0.16 0.00 0.30 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.35 0.21 0.08 0.65 0.96 1.24 0.76
C5' 0.06 0.36 0.19 0.02 0.23 0.01 0.30 0.00 0.32 0.41 0.34 0.32 0.36 0.41 0.19 0.16 0.21 0.02 0.01 0.36 0.32 0.02
C6 0.03 0.01 0.16 0.42 0.01 0.16 0.01 0.32 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.34 0.28 0.15 0.67 1.02 1.28 0.78
C8 0.02 0.01 0.20 0.37 0.01 0.29 0.01 0.41 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.47 0.22 0.18 0.65 0.90 1.20 0.78
N1 0.05 0.00 0.28 0.42 0.02 0.20 0.01 0.34 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.32 0.38 0.25 0.68 0.98 1.21 0.76
N3 0.06 0.01 0.36 0.37 0.01 0.23 0.01 0.32 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.31 0.46 0.30 0.61 0.80 0.99 0.65
N6 0.03 0.01 0.11 0.45 0.02 0.19 0.02 0.36 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.04 0.03 0.40 0.29 0.11 0.70 1.11 1.38 0.84
N7 0.02 0.02 0.11 0.41 0.01 0.26 0.01 0.41 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.00 0.02 0.48 0.25 0.10 0.67 1.03 1.33 0.84
N9 0.01 0.02 0.02 0.25 0.01 0.12 0.01 0.19 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.25 0.12 0.02 0.57 0.74 0.99 0.64
O2' 0.02 0.33 0.01 0.02 0.25 0.30 0.35 0.16 0.34 0.47 0.32 0.31 0.40 0.48 0.25 0.00 0.13 0.23 0.39 0.75 0.76 0.55
O3' 0.32 0.47 0.03 0.01 0.25 0.03 0.21 0.21 0.28 0.22 0.38 0.46 0.29 0.25 0.12 0.13 0.00 0.22 0.57 0.82 0.45 0.60
O4' 0.01 0.31 0.02 0.02 0.16 0.01 0.08 0.02 0.15 0.18 0.25 0.30 0.11 0.10 0.02 0.23 0.22 0.00 0.39 0.49 0.47 0.36
O5' 0.47 0.66 0.60 0.26 0.61 0.02 0.65 0.01 0.67 0.65 0.68 0.61 0.70 0.67 0.57 0.39 0.57 0.39 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.56 0.89 0.79 0.64 0.82 0.36 0.96 0.36 1.02 0.90 0.98 0.80 1.11 1.03 0.74 0.75 0.82 0.49 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.72 1.09 0.93 0.39 1.06 0.24 1.24 0.32 1.28 1.20 1.21 0.99 1.38 1.33 0.99 0.76 0.45 0.47 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.50 0.71 0.70 0.32 0.67 0.08 0.76 0.02 0.78 0.78 0.76 0.65 0.84 0.84 0.64 0.55 0.60 0.36 0.01 0.01 0.01 0.00