ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 21497

back

Distances from reference structure (by RMSD)

39, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 21, 9, 6, 2, 1, 0, 0, 37,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N9 B 0, 0.046, 0.333, 0.620, 1.260 max_d=1.260 avg_d=0.333 std_dev=0.287
C4 B 0, -0.102, 0.582, 1.266, 2.107 max_d=2.107 avg_d=0.582 std_dev=0.684
N1 A 0, 0.114, 0.811, 1.507, 2.288 max_d=2.288 avg_d=0.811 std_dev=0.697
C4 A 0, -0.092, 0.796, 1.684, 2.678 max_d=2.678 avg_d=0.796 std_dev=0.888
C8 B 0, -0.022, 0.961, 1.944, 3.743 max_d=3.743 avg_d=0.961 std_dev=0.983
C6 A 0, 0.372, 1.417, 2.462, 2.943 max_d=2.943 avg_d=1.417 std_dev=1.045
N9 A 0, 0.217, 1.267, 2.318, 3.524 max_d=3.524 avg_d=1.267 std_dev=1.050
C1' B 0, -0.089, 1.000, 2.089, 3.202 max_d=3.202 avg_d=1.000 std_dev=1.089
N3 B 0, -0.090, 1.018, 2.126, 3.217 max_d=3.217 avg_d=1.018 std_dev=1.108
C5 A 0, 0.425, 1.586, 2.747, 2.995 max_d=2.995 avg_d=1.586 std_dev=1.161
N3 A 0, 0.409, 1.684, 2.960, 3.432 max_d=3.432 avg_d=1.684 std_dev=1.275
C2 A 0, 0.482, 1.759, 3.035, 3.669 max_d=3.669 avg_d=1.759 std_dev=1.276
C2' A 0, 0.446, 1.757, 3.068, 3.761 max_d=3.761 avg_d=1.757 std_dev=1.311
C5 B 0, -0.134, 1.313, 2.759, 3.810 max_d=3.810 avg_d=1.313 std_dev=1.446
C1' A 0, -0.192, 1.256, 2.703, 3.949 max_d=3.949 avg_d=1.256 std_dev=1.447
O4' B 0, 0.139, 1.691, 3.243, 4.435 max_d=4.435 avg_d=1.691 std_dev=1.552
C2 B 0, -0.183, 1.400, 2.984, 4.642 max_d=4.642 avg_d=1.400 std_dev=1.583
N7 B 0, -0.052, 1.609, 3.270, 4.848 max_d=4.848 avg_d=1.609 std_dev=1.661
C3' A 0, 0.407, 2.114, 3.821, 5.024 max_d=5.024 avg_d=2.114 std_dev=1.707
O6 A 0, 0.624, 2.360, 4.096, 4.535 max_d=4.535 avg_d=2.360 std_dev=1.736
C2' B 0, -0.419, 1.326, 3.072, 5.228 max_d=5.228 avg_d=1.326 std_dev=1.745
C8 A 0, 0.648, 2.432, 4.215, 4.728 max_d=4.728 avg_d=2.432 std_dev=1.783
O4' A 0, 0.240, 2.145, 4.050, 5.597 max_d=5.597 avg_d=2.145 std_dev=1.905
C4' A 0, 0.103, 2.085, 4.067, 5.333 max_d=5.333 avg_d=2.085 std_dev=1.982
O2' A 0, 0.758, 2.773, 4.788, 5.031 max_d=5.031 avg_d=2.773 std_dev=2.015
N1 B 0, -0.296, 1.747, 3.790, 5.603 max_d=5.603 avg_d=1.747 std_dev=2.043
O5' B 0, 0.384, 2.430, 4.477, 6.681 max_d=6.681 avg_d=2.430 std_dev=2.047
C5' B 0, 0.314, 2.367, 4.419, 6.562 max_d=6.562 avg_d=2.367 std_dev=2.053
N7 A 0, 0.741, 2.809, 4.877, 5.019 max_d=5.019 avg_d=2.809 std_dev=2.068
C4' B 0, 0.023, 2.103, 4.183, 6.434 max_d=6.434 avg_d=2.103 std_dev=2.080
C3' B 0, -0.360, 1.722, 3.805, 6.581 max_d=6.581 avg_d=1.722 std_dev=2.082
N2 B 0, -0.152, 1.940, 4.033, 6.764 max_d=6.764 avg_d=1.940 std_dev=2.093
OP2 B 0, 0.751, 2.853, 4.955, 7.892 max_d=7.892 avg_d=2.853 std_dev=2.102
O2' B 0, -0.223, 1.893, 4.008, 6.259 max_d=6.259 avg_d=1.893 std_dev=2.116
C6 B 0, -0.247, 1.939, 4.126, 5.810 max_d=5.810 avg_d=1.939 std_dev=2.187
N2 A 0, 0.822, 3.063, 5.303, 6.041 max_d=6.041 avg_d=3.063 std_dev=2.241
C5' A 0, 0.569, 2.859, 5.149, 6.258 max_d=6.258 avg_d=2.859 std_dev=2.290
P B 0, 0.656, 3.040, 5.424, 8.353 max_d=8.353 avg_d=3.040 std_dev=2.384
O3' A 0, 0.641, 3.122, 5.603, 6.776 max_d=6.776 avg_d=3.122 std_dev=2.481
O5' A 0, 0.589, 3.137, 5.685, 6.744 max_d=6.744 avg_d=3.137 std_dev=2.548
OP1 B 0, 0.769, 3.525, 6.280, 9.073 max_d=9.073 avg_d=3.525 std_dev=2.755
O3' B 0, -0.345, 2.621, 5.586, 8.801 max_d=8.801 avg_d=2.621 std_dev=2.966
O6 B 0, -0.287, 2.760, 5.807, 7.974 max_d=7.974 avg_d=2.760 std_dev=3.047
P A 0, 0.641, 4.374, 8.107, 9.609 max_d=9.609 avg_d=4.374 std_dev=3.733
OP1 A 0, 0.885, 5.014, 9.143, 10.424 max_d=10.424 avg_d=5.014 std_dev=4.129
OP2 A 0, 0.789, 5.063, 9.337, 11.358 max_d=11.358 avg_d=5.063 std_dev=4.274

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.08 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.02 0.01 0.02 0.32 0.01 0.52 0.03 0.58 0.89 0.57
C2 0.04 0.00 0.34 0.31 0.01 0.26 0.01 0.40 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.60 0.34 0.30 0.92 0.02 1.06 1.65 1.10
C2' 0.00 0.34 0.00 0.00 0.18 0.01 0.10 0.21 0.17 0.17 0.27 0.41 0.33 0.10 0.03 0.01 0.04 0.01 0.54 0.13 0.75 0.80 0.57
C3' 0.02 0.31 0.00 0.00 0.28 0.01 0.37 0.02 0.39 0.39 0.35 0.32 0.27 0.43 0.24 0.02 0.01 0.02 0.25 0.43 0.36 0.30 0.17
C4 0.02 0.01 0.18 0.28 0.00 0.13 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.35 0.17 0.15 0.85 0.02 0.90 1.57 0.97
C4' 0.01 0.26 0.01 0.01 0.13 0.00 0.13 0.01 0.15 0.24 0.20 0.33 0.25 0.21 0.09 0.30 0.03 0.00 0.01 0.16 0.19 0.22 0.08
C5 0.01 0.01 0.10 0.37 0.01 0.13 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.33 0.16 0.06 0.97 0.02 0.98 1.91 1.14
C5' 0.08 0.40 0.21 0.02 0.17 0.01 0.15 0.00 0.19 0.29 0.30 0.52 0.37 0.26 0.08 0.10 0.21 0.01 0.01 0.20 0.15 0.18 0.02
C6 0.02 0.01 0.17 0.39 0.01 0.15 0.01 0.19 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.40 0.19 0.12 1.00 0.01 1.05 2.02 1.20
C8 0.02 0.01 0.17 0.39 0.01 0.24 0.01 0.29 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.34 0.23 0.20 1.00 0.03 0.88 1.82 1.10
N1 0.03 0.01 0.27 0.35 0.01 0.20 0.01 0.30 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.50 0.23 0.22 0.97 0.02 1.07 1.87 1.17
N2 0.05 0.01 0.41 0.32 0.01 0.33 0.01 0.52 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.72 0.45 0.36 0.95 0.03 1.16 1.66 1.17
N3 0.04 0.01 0.33 0.27 0.00 0.25 0.01 0.37 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.57 0.36 0.30 0.84 0.02 0.96 1.44 0.97
N7 0.02 0.01 0.10 0.43 0.01 0.21 0.00 0.26 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.34 0.27 0.12 1.06 0.03 0.99 2.10 1.24
N9 0.01 0.01 0.03 0.24 0.01 0.09 0.01 0.08 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.19 0.10 0.02 0.79 0.03 0.78 1.41 0.87
O2' 0.02 0.60 0.01 0.02 0.35 0.30 0.33 0.10 0.40 0.34 0.50 0.72 0.57 0.34 0.19 0.00 0.06 0.21 0.47 0.39 0.75 0.85 0.54
O3' 0.32 0.34 0.04 0.01 0.17 0.03 0.16 0.21 0.19 0.23 0.23 0.45 0.36 0.27 0.10 0.06 0.00 0.23 0.32 0.24 0.46 0.43 0.32
O4' 0.01 0.30 0.01 0.02 0.15 0.00 0.06 0.01 0.12 0.20 0.22 0.36 0.30 0.12 0.02 0.21 0.23 0.00 0.43 0.08 0.39 0.68 0.45
O5' 0.52 0.92 0.54 0.25 0.85 0.01 0.97 0.01 1.00 1.00 0.97 0.95 0.84 1.06 0.79 0.47 0.32 0.43 0.00 1.06 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.13 0.43 0.02 0.16 0.02 0.20 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.39 0.24 0.08 1.06 0.00 1.08 2.21 1.29
OP1 0.58 1.06 0.75 0.36 0.90 0.19 0.98 0.15 1.05 0.88 1.07 1.16 0.96 0.99 0.78 0.75 0.46 0.39 0.02 1.08 0.00 0.01 0.01
OP2 0.89 1.65 0.80 0.30 1.57 0.22 1.91 0.18 2.02 1.82 1.87 1.66 1.44 2.10 1.41 0.85 0.43 0.68 0.02 2.21 0.01 0.00 0.01
P 0.57 1.10 0.57 0.17 0.97 0.08 1.14 0.02 1.20 1.10 1.17 1.17 0.97 1.24 0.87 0.54 0.32 0.45 0.01 1.29 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.48 2.91 0.32 0.35 1.91 0.95 2.43 1.16 3.23 1.33 3.43 3.20 2.11 2.05 1.15 0.33 0.67 0.72 1.04 3.67 1.42 1.11 1.20
C2 0.45 2.10 0.60 0.46 1.55 1.00 1.94 1.23 2.39 1.08 2.40 2.15 1.68 1.65 0.94 0.84 0.94 0.83 1.09 2.60 1.33 0.74 1.15
C2' 0.72 2.98 0.54 0.59 1.99 1.05 2.48 1.19 3.24 1.44 3.44 3.33 2.22 2.12 1.29 0.49 0.93 0.93 1.20 3.69 1.52 1.28 1.33
C3' 0.89 3.22 0.66 0.71 2.18 1.19 2.70 1.32 3.54 1.61 3.76 3.55 2.39 2.32 1.45 0.53 0.96 1.07 1.28 4.03 1.65 1.31 1.41
C4 0.40 2.48 0.35 0.27 1.68 0.91 2.09 1.09 2.69 1.16 2.85 2.61 1.86 1.75 1.01 0.46 0.61 0.75 1.00 2.93 1.28 1.02 1.12
C4' 0.54 3.01 0.34 0.45 1.95 1.05 2.53 1.24 3.39 1.40 3.60 3.33 2.14 2.15 1.19 0.35 0.67 0.80 1.09 3.91 1.53 1.19 1.27
C5 0.41 2.10 0.30 0.25 1.47 0.83 1.82 0.94 2.26 1.14 2.36 2.20 1.59 1.61 0.93 0.46 0.58 0.76 0.95 2.43 1.19 1.18 1.10
C5' 0.57 2.82 0.41 0.45 1.85 1.02 2.44 1.19 3.26 1.43 3.41 3.11 1.99 2.14 1.16 0.48 0.61 0.83 1.09 3.79 1.49 1.34 1.30
C6 0.39 1.57 0.38 0.29 1.17 0.81 1.41 0.88 1.68 0.94 1.74 1.60 1.25 1.26 0.77 0.65 0.65 0.84 0.91 1.78 1.09 1.06 1.02
C8 0.45 2.47 0.25 0.27 1.66 0.82 2.16 0.94 2.77 1.35 2.89 2.71 1.78 1.94 1.07 0.34 0.57 0.70 0.98 3.10 1.29 1.39 1.20
N1 0.29 1.58 0.53 0.29 1.21 0.89 1.45 1.05 1.74 0.82 1.78 1.57 1.29 1.21 0.74 0.86 0.73 0.88 0.98 1.83 1.12 0.76 1.02
N2 0.62 2.06 0.80 0.71 1.57 1.09 2.03 1.37 2.44 1.27 2.34 2.18 1.72 1.90 1.01 1.06 1.33 0.87 1.22 2.73 1.52 0.79 1.32
N3 0.46 2.50 0.50 0.43 1.74 1.00 2.19 1.23 2.82 1.17 2.90 2.62 1.93 1.82 1.04 0.64 0.85 0.78 1.08 3.11 1.38 0.84 1.17
N7 0.49 2.14 0.30 0.34 1.49 0.79 1.96 0.87 2.42 1.33 2.47 2.33 1.57 1.85 1.01 0.43 0.67 0.74 0.95 2.69 1.25 1.44 1.20
N9 0.43 2.69 0.28 0.26 1.78 0.89 2.25 1.07 2.94 1.28 3.12 2.91 1.95 1.91 1.08 0.34 0.57 0.71 1.00 3.26 1.32 1.17 1.16
O2' 0.63 2.87 0.60 0.59 1.90 1.04 2.41 1.26 3.17 1.40 3.33 3.26 2.13 2.09 1.21 0.70 0.95 0.90 1.28 3.66 1.59 1.36 1.44
O3' 0.77 3.34 0.49 0.62 2.20 1.20 2.76 1.39 3.68 1.54 3.92 3.74 2.46 2.32 1.39 0.39 0.92 1.01 1.26 4.23 1.71 1.19 1.40
O4' 0.45 2.92 0.31 0.43 1.86 1.05 2.41 1.25 3.26 1.29 3.49 3.23 2.06 2.02 1.09 0.38 0.60 0.75 1.05 3.72 1.47 1.12 1.22
O5' 1.24 2.46 1.14 1.20 1.83 1.69 2.41 1.82 3.10 1.76 3.11 2.62 1.78 2.29 1.46 1.06 1.12 1.56 1.86 3.65 2.22 2.02 2.02
O6 0.58 1.15 0.46 0.51 0.91 0.77 1.14 0.74 1.27 1.02 1.24 1.25 0.97 1.21 0.75 0.77 0.92 0.90 0.86 1.38 1.08 1.22 1.04
OP1 1.09 2.17 1.00 1.06 1.55 1.58 2.17 1.73 2.84 1.61 2.80 2.39 1.50 2.13 1.23 1.01 0.94 1.47 1.69 3.45 2.04 2.00 1.91
OP2 2.28 2.26 2.25 2.22 2.31 2.61 2.81 2.74 3.18 2.68 2.87 2.12 2.02 2.99 2.33 2.14 1.96 2.55 2.94 3.75 3.29 3.20 3.14
P 1.40 2.13 1.35 1.35 1.73 1.82 2.33 1.96 2.92 1.91 2.79 2.21 1.57 2.37 1.54 1.29 1.16 1.73 2.06 3.52 2.42 2.32 2.26

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.10 0.03 0.02 0.04 0.06 0.05 0.02 0.01 0.03 0.34 0.01 0.24 0.03 0.37 0.31 0.23
C2 0.05 0.00 0.33 0.22 0.01 0.21 0.01 0.23 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.34 0.40 0.29 0.34 0.01 0.45 0.65 0.41
C2' 0.00 0.33 0.00 0.01 0.19 0.02 0.11 0.25 0.18 0.15 0.27 0.39 0.32 0.08 0.04 0.01 0.04 0.03 0.45 0.15 0.65 0.70 0.56
C3' 0.02 0.22 0.01 0.00 0.25 0.01 0.35 0.07 0.35 0.38 0.29 0.20 0.18 0.42 0.24 0.02 0.01 0.02 0.37 0.40 0.53 0.54 0.45
C4 0.02 0.01 0.19 0.25 0.00 0.09 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.24 0.22 0.15 0.42 0.02 0.51 0.66 0.47
C4' 0.01 0.21 0.02 0.01 0.09 0.00 0.14 0.01 0.12 0.30 0.14 0.30 0.21 0.27 0.11 0.31 0.02 0.01 0.02 0.16 0.24 0.27 0.08
C5 0.02 0.01 0.11 0.35 0.00 0.14 0.00 0.26 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.35 0.13 0.08 0.60 0.01 0.73 0.97 0.72
C5' 0.10 0.23 0.25 0.07 0.16 0.01 0.26 0.00 0.24 0.42 0.20 0.32 0.22 0.42 0.19 0.12 0.20 0.02 0.02 0.31 0.16 0.36 0.04
C6 0.03 0.01 0.18 0.35 0.01 0.12 0.01 0.24 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.38 0.17 0.14 0.60 0.01 0.76 1.07 0.75
C8 0.02 0.02 0.15 0.38 0.01 0.30 0.01 0.42 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.43 0.18 0.18 0.72 0.02 0.81 0.89 0.77
N1 0.04 0.01 0.27 0.29 0.01 0.14 0.01 0.20 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.35 0.28 0.23 0.46 0.01 0.59 0.89 0.59
N2 0.06 0.01 0.39 0.20 0.02 0.30 0.02 0.32 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.42 0.53 0.35 0.29 0.02 0.42 0.57 0.35
N3 0.05 0.01 0.32 0.18 0.01 0.21 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.30 0.42 0.29 0.29 0.01 0.40 0.51 0.33
N7 0.02 0.02 0.08 0.42 0.01 0.27 0.00 0.42 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.45 0.21 0.11 0.77 0.03 0.93 1.15 0.91
N9 0.01 0.02 0.04 0.24 0.01 0.11 0.01 0.19 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.22 0.13 0.02 0.44 0.02 0.51 0.54 0.45
O2' 0.03 0.34 0.01 0.02 0.24 0.31 0.35 0.12 0.38 0.43 0.35 0.42 0.30 0.45 0.22 0.00 0.06 0.22 0.45 0.43 0.69 0.86 0.60
O3' 0.34 0.40 0.04 0.01 0.22 0.02 0.13 0.20 0.17 0.18 0.28 0.53 0.42 0.21 0.13 0.06 0.00 0.22 0.41 0.18 0.62 0.60 0.49
O4' 0.01 0.29 0.03 0.02 0.15 0.01 0.08 0.02 0.14 0.18 0.23 0.35 0.29 0.11 0.02 0.22 0.22 0.00 0.18 0.11 0.16 0.31 0.16
O5' 0.24 0.34 0.45 0.37 0.42 0.02 0.60 0.02 0.60 0.72 0.46 0.29 0.29 0.77 0.44 0.45 0.41 0.18 0.00 0.70 0.03 0.02 0.01
O6 0.03 0.01 0.15 0.40 0.02 0.16 0.01 0.31 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.43 0.18 0.11 0.70 0.00 0.91 1.27 0.90
OP1 0.37 0.45 0.65 0.53 0.51 0.24 0.73 0.16 0.76 0.81 0.59 0.42 0.40 0.93 0.51 0.69 0.62 0.16 0.03 0.91 0.00 0.02 0.01
OP2 0.31 0.65 0.70 0.54 0.66 0.27 0.97 0.36 1.07 0.89 0.89 0.57 0.51 1.15 0.54 0.86 0.60 0.31 0.02 1.27 0.02 0.00 0.01
P 0.23 0.41 0.56 0.45 0.47 0.08 0.72 0.04 0.75 0.77 0.59 0.35 0.33 0.91 0.45 0.60 0.49 0.16 0.01 0.90 0.01 0.01 0.00