ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 21503

back

Distances from reference structure (by RMSD)

20, 48, 5, 1, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 57, 0, 0, 0, 1, 44, 11, 22,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 B 0, 0.044, 0.414, 0.784, 1.408 max_d=1.408 avg_d=0.414 std_dev=0.370
C1' B 0, 0.178, 0.563, 0.949, 1.780 max_d=1.780 avg_d=0.563 std_dev=0.386
N1 A 0, 0.102, 0.505, 0.908, 2.095 max_d=2.095 avg_d=0.505 std_dev=0.403
C4 A 0, -0.037, 0.612, 1.262, 2.309 max_d=2.309 avg_d=0.612 std_dev=0.650
N3 A 0, -0.051, 0.744, 1.540, 2.517 max_d=2.517 avg_d=0.744 std_dev=0.796
O4' A 0, 0.372, 1.169, 1.966, 3.185 max_d=3.185 avg_d=1.169 std_dev=0.797
C2' B 0, 0.429, 1.251, 2.074, 3.718 max_d=3.718 avg_d=1.251 std_dev=0.823
C1' A 0, -0.001, 0.834, 1.669, 3.577 max_d=3.577 avg_d=0.834 std_dev=0.835
C2 A 0, -0.019, 0.831, 1.681, 2.744 max_d=2.744 avg_d=0.831 std_dev=0.850
N3 B 0, 0.219, 1.134, 2.048, 5.032 max_d=5.032 avg_d=1.134 std_dev=0.914
C6 A 0, 0.053, 0.996, 1.940, 2.584 max_d=2.584 avg_d=0.996 std_dev=0.944
C2 B 0, 0.074, 1.024, 1.974, 3.052 max_d=3.052 avg_d=1.024 std_dev=0.950
N9 A 0, -0.030, 0.929, 1.888, 3.155 max_d=3.155 avg_d=0.929 std_dev=0.959
C3' B 0, 0.253, 1.212, 2.171, 4.481 max_d=4.481 avg_d=1.212 std_dev=0.959
C6 B 0, 0.470, 1.514, 2.557, 2.999 max_d=2.999 avg_d=1.514 std_dev=1.043
O4' B 0, 0.184, 1.296, 2.408, 3.129 max_d=3.129 avg_d=1.296 std_dev=1.112
C5 A 0, -0.021, 1.120, 2.261, 2.946 max_d=2.946 avg_d=1.120 std_dev=1.141
C4' B 0, 0.377, 1.528, 2.680, 3.465 max_d=3.465 avg_d=1.528 std_dev=1.151
C4' A 0, 0.539, 1.762, 2.984, 4.496 max_d=4.496 avg_d=1.762 std_dev=1.223
C4 B 0, -0.141, 1.158, 2.456, 5.457 max_d=5.457 avg_d=1.158 std_dev=1.299
C5 B 0, 0.556, 1.961, 3.366, 4.940 max_d=4.940 avg_d=1.961 std_dev=1.405
O3' B 0, 0.409, 1.842, 3.275, 6.946 max_d=6.946 avg_d=1.842 std_dev=1.433
O6 A 0, 0.047, 1.502, 2.956, 3.922 max_d=3.922 avg_d=1.502 std_dev=1.454
O2' B 0, 0.530, 2.076, 3.623, 4.765 max_d=4.765 avg_d=2.076 std_dev=1.547
N2 A 0, -0.089, 1.553, 3.195, 5.145 max_d=5.145 avg_d=1.553 std_dev=1.642
O4 B 0, -0.212, 1.468, 3.148, 7.322 max_d=7.322 avg_d=1.468 std_dev=1.680
C8 A 0, -0.074, 1.662, 3.399, 4.558 max_d=4.558 avg_d=1.662 std_dev=1.736
C3' A 0, 0.487, 2.224, 3.961, 6.408 max_d=6.408 avg_d=2.224 std_dev=1.737
C2' A 0, 0.418, 2.171, 3.924, 6.048 max_d=6.048 avg_d=2.171 std_dev=1.753
O2 B 0, 0.210, 1.977, 3.744, 4.695 max_d=4.695 avg_d=1.977 std_dev=1.767
O3' A 0, 0.562, 2.414, 4.265, 8.521 max_d=8.521 avg_d=2.414 std_dev=1.851
N7 A 0, -0.082, 1.845, 3.773, 4.934 max_d=4.934 avg_d=1.845 std_dev=1.928
C5' A 0, 0.799, 2.791, 4.783, 5.800 max_d=5.800 avg_d=2.791 std_dev=1.992
C5' B 0, -0.065, 2.163, 4.392, 5.876 max_d=5.876 avg_d=2.163 std_dev=2.229
O2' A 0, 0.655, 2.899, 5.143, 6.722 max_d=6.722 avg_d=2.899 std_dev=2.244
O5' B 0, -0.006, 2.471, 4.947, 6.516 max_d=6.516 avg_d=2.471 std_dev=2.477
O5' A 0, 1.043, 3.738, 6.433, 7.598 max_d=7.598 avg_d=3.738 std_dev=2.695
OP1 A 0, 1.491, 4.907, 8.322, 9.680 max_d=9.680 avg_d=4.907 std_dev=3.415
P A 0, 1.333, 4.758, 8.183, 9.378 max_d=9.378 avg_d=4.758 std_dev=3.425
P B 0, -0.061, 3.600, 7.262, 9.396 max_d=9.396 avg_d=3.600 std_dev=3.661
OP2 B 0, 0.172, 3.844, 7.516, 9.798 max_d=9.798 avg_d=3.844 std_dev=3.672
OP2 A 0, 1.565, 5.593, 9.620, 10.613 max_d=10.613 avg_d=5.593 std_dev=4.028
OP1 B 0, 0.534, 4.577, 8.621, 10.780 max_d=10.780 avg_d=4.577 std_dev=4.044

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.08 0.01 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.32 0.01 0.25 0.01 0.96 0.48 0.41
C2 0.03 0.00 0.37 0.32 0.01 0.40 0.01 0.62 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.40 0.30 0.47 0.71 0.01 1.77 1.47 1.28
C2' 0.00 0.37 0.00 0.00 0.19 0.02 0.09 0.23 0.16 0.21 0.28 0.45 0.36 0.12 0.03 0.00 0.02 0.02 0.48 0.12 1.02 0.80 0.65
C3' 0.02 0.32 0.00 0.00 0.28 0.01 0.36 0.02 0.38 0.39 0.35 0.35 0.29 0.42 0.24 0.02 0.01 0.03 0.38 0.41 0.50 0.46 0.34
C4 0.02 0.01 0.19 0.28 0.00 0.16 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.16 0.24 0.25 0.01 1.40 0.76 0.70
C4' 0.01 0.40 0.02 0.01 0.16 0.00 0.11 0.01 0.13 0.37 0.27 0.54 0.40 0.29 0.10 0.34 0.02 0.01 0.01 0.12 0.35 0.21 0.14
C5 0.01 0.01 0.09 0.36 0.00 0.11 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.29 0.13 0.09 0.33 0.01 1.30 0.52 0.46
C5' 0.08 0.62 0.23 0.02 0.25 0.01 0.18 0.00 0.23 0.49 0.44 0.82 0.58 0.41 0.13 0.12 0.24 0.02 0.01 0.22 0.17 0.16 0.02
C6 0.01 0.01 0.16 0.38 0.01 0.13 0.01 0.23 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.25 0.15 0.18 0.25 0.01 1.44 0.69 0.64
C8 0.02 0.01 0.21 0.39 0.01 0.37 0.01 0.49 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.59 0.21 0.28 0.92 0.02 0.90 0.82 0.51
N1 0.03 0.00 0.28 0.35 0.01 0.27 0.01 0.44 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.27 0.20 0.35 0.46 0.01 1.68 1.17 1.04
N2 0.04 0.00 0.45 0.35 0.01 0.54 0.01 0.82 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.58 0.40 0.58 1.01 0.02 1.94 1.87 1.59
N3 0.03 0.01 0.36 0.29 0.01 0.40 0.01 0.58 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.40 0.32 0.48 0.65 0.01 1.64 1.31 1.16
N7 0.01 0.01 0.12 0.42 0.01 0.29 0.00 0.41 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.55 0.23 0.17 0.80 0.02 1.00 0.74 0.41
N9 0.00 0.02 0.03 0.24 0.01 0.10 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.23 0.10 0.02 0.36 0.01 1.12 0.46 0.38
O2' 0.02 0.40 0.00 0.02 0.18 0.34 0.29 0.12 0.25 0.59 0.27 0.58 0.40 0.55 0.23 0.00 0.06 0.24 0.44 0.33 0.88 0.91 0.57
O3' 0.32 0.30 0.02 0.01 0.16 0.02 0.13 0.24 0.15 0.21 0.20 0.40 0.32 0.23 0.10 0.06 0.00 0.21 0.45 0.19 0.50 0.48 0.43
O4' 0.01 0.47 0.02 0.03 0.24 0.01 0.09 0.02 0.18 0.28 0.35 0.58 0.48 0.17 0.02 0.24 0.21 0.00 0.13 0.12 0.82 0.56 0.44
O5' 0.25 0.71 0.48 0.38 0.25 0.01 0.33 0.01 0.25 0.92 0.46 1.01 0.65 0.80 0.36 0.44 0.45 0.13 0.00 0.33 0.02 0.02 0.00
O6 0.01 0.01 0.12 0.41 0.01 0.12 0.01 0.22 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.33 0.19 0.12 0.33 0.00 1.35 0.55 0.50
OP1 0.96 1.77 1.02 0.50 1.40 0.35 1.30 0.17 1.44 0.90 1.68 1.94 1.64 1.00 1.12 0.88 0.50 0.82 0.02 1.35 0.00 0.01 0.01
OP2 0.48 1.47 0.80 0.46 0.76 0.21 0.52 0.16 0.69 0.82 1.17 1.87 1.31 0.74 0.46 0.91 0.48 0.56 0.02 0.55 0.01 0.00 0.01
P 0.41 1.28 0.65 0.34 0.70 0.14 0.46 0.02 0.64 0.51 1.04 1.59 1.16 0.41 0.38 0.57 0.43 0.44 0.00 0.50 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.78 1.05 0.39 0.19 2.27 0.83 2.31 0.92 1.82 1.22 1.61 0.56 0.86 0.23 2.69 1.25 0.88 1.02 1.93 1.17
C2 0.44 0.63 0.52 0.16 1.15 0.83 1.40 1.02 1.22 0.70 0.87 0.80 1.28 0.21 1.24 1.14 0.73 0.97 1.76 1.12
C2' 1.00 1.43 0.72 0.48 2.67 0.81 2.60 0.87 2.04 1.49 2.04 0.96 1.04 0.36 3.20 1.29 1.00 0.96 1.78 1.13
C3' 1.07 1.35 0.80 0.59 2.61 0.98 2.64 1.07 2.10 1.50 1.91 0.90 1.08 0.49 3.13 1.41 1.14 1.11 2.05 1.31
C4 0.76 0.94 0.45 0.23 2.05 0.88 2.18 0.96 1.78 1.18 1.42 0.47 0.95 0.25 2.28 1.28 0.91 0.99 1.92 1.15
C4' 0.85 0.93 0.46 0.36 2.15 1.05 2.30 1.18 1.83 1.19 1.44 0.49 0.89 0.42 2.59 1.40 1.02 1.17 2.21 1.36
C5 0.90 1.11 0.51 0.34 2.14 0.97 2.35 1.08 1.96 1.33 1.54 0.73 0.80 0.37 2.33 1.37 1.20 1.34 2.21 1.45
C5' 0.90 0.86 0.61 0.52 2.08 1.15 2.29 1.28 1.83 1.17 1.32 0.54 1.02 0.61 2.51 1.45 1.14 1.28 2.37 1.49
C6 0.86 0.94 0.56 0.38 1.71 1.00 2.00 1.09 1.77 1.21 1.22 0.75 0.87 0.39 1.77 1.37 1.19 1.34 2.12 1.42
C8 0.97 1.31 0.49 0.34 2.56 0.98 2.67 1.12 2.14 1.47 1.87 0.87 0.66 0.41 2.94 1.40 1.31 1.48 2.41 1.62
N1 0.59 0.53 0.53 0.24 1.18 0.93 1.46 1.01 1.34 0.83 0.78 0.60 1.20 0.22 1.21 1.28 0.80 0.86 1.71 1.02
N2 0.25 0.90 0.64 0.22 0.85 0.80 1.00 1.22 0.88 0.46 0.99 1.31 1.46 0.35 0.95 0.98 0.99 1.44 2.00 1.54
N3 0.55 0.75 0.47 0.16 1.57 0.80 1.75 0.95 1.44 0.89 1.13 0.66 1.15 0.20 1.74 1.15 0.74 0.99 1.79 1.11
N7 1.01 1.37 0.55 0.41 2.47 1.03 2.66 1.22 2.17 1.50 1.85 1.06 0.61 0.48 2.75 1.42 1.49 1.74 2.61 1.84
N9 0.84 1.10 0.43 0.24 2.34 0.89 2.42 0.97 1.92 1.30 1.65 0.57 0.83 0.29 2.71 1.31 1.00 1.09 2.04 1.26
O2' 0.78 1.39 0.51 0.43 2.57 0.52 2.38 0.61 1.81 1.33 2.03 0.97 0.89 0.39 3.13 1.05 0.84 0.99 1.46 1.07
O3' 0.90 1.23 0.42 0.28 2.48 0.83 2.49 0.92 1.94 1.35 1.80 0.78 0.77 0.34 3.02 1.30 0.92 1.09 1.90 1.20
O4' 0.81 0.84 0.28 0.36 1.99 1.11 2.17 1.23 1.74 1.11 1.31 0.45 0.79 0.48 2.37 1.44 1.01 1.21 2.22 1.39
O5' 0.95 0.96 0.69 0.53 2.27 1.21 2.53 1.43 2.03 1.28 1.45 0.63 1.11 0.59 2.71 1.53 1.37 1.58 2.64 1.78
O6 0.98 1.12 0.65 0.52 1.63 1.08 1.98 1.25 1.79 1.26 1.25 1.16 0.67 0.56 1.68 1.39 1.55 1.86 2.50 1.86
OP1 2.06 1.92 1.29 1.56 2.82 2.32 3.08 2.31 2.71 2.19 2.18 1.66 0.98 1.81 3.16 2.66 1.88 2.00 2.99 2.18
OP2 1.55 1.42 0.85 1.01 2.66 1.92 3.04 2.14 2.58 1.82 1.81 1.03 0.74 1.14 3.04 2.25 1.92 2.27 3.21 2.41
P 1.48 1.34 0.85 0.99 2.51 1.80 2.83 1.94 2.39 1.70 1.71 1.01 0.82 1.14 2.89 2.12 1.70 1.95 2.96 2.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.07 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.23 0.02 0.01 0.21 0.31 0.61 0.19
C2 0.02 0.00 0.15 0.15 0.01 0.09 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.25 0.22 0.02 0.11 0.37 0.57 0.71 0.27
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.09 0.02 0.13 0.14 0.15 0.04 0.13 0.24 0.00 0.05 0.11 0.02 0.33 0.41 0.49 0.37
C3' 0.02 0.15 0.00 0.00 0.24 0.00 0.27 0.03 0.24 0.14 0.20 0.17 0.02 0.01 0.26 0.02 0.11 0.25 0.29 0.14
C4 0.02 0.01 0.09 0.24 0.00 0.10 0.01 0.23 0.01 0.01 0.01 0.02 0.23 0.14 0.00 0.04 0.49 0.80 0.98 0.33
C4' 0.01 0.09 0.02 0.00 0.10 0.00 0.15 0.01 0.15 0.06 0.09 0.16 0.18 0.03 0.11 0.00 0.02 0.22 0.38 0.06
C5 0.02 0.01 0.13 0.27 0.01 0.15 0.00 0.27 0.00 0.01 0.01 0.02 0.25 0.16 0.01 0.09 0.51 0.78 1.12 0.37
C5' 0.07 0.17 0.14 0.03 0.23 0.01 0.27 0.00 0.25 0.14 0.20 0.23 0.08 0.14 0.25 0.02 0.01 0.34 0.36 0.02
C6 0.02 0.01 0.15 0.24 0.01 0.15 0.00 0.25 0.00 0.01 0.01 0.01 0.24 0.13 0.02 0.12 0.47 0.63 1.03 0.34
N1 0.01 0.01 0.04 0.14 0.01 0.06 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.13 0.02 0.02 0.34 0.50 0.77 0.21
N3 0.02 0.00 0.13 0.20 0.01 0.09 0.01 0.20 0.01 0.01 0.00 0.02 0.25 0.17 0.01 0.08 0.44 0.71 0.82 0.31
O2 0.03 0.01 0.24 0.17 0.02 0.16 0.02 0.23 0.01 0.01 0.02 0.00 0.39 0.34 0.03 0.19 0.39 0.55 0.64 0.36
O2' 0.02 0.25 0.00 0.02 0.23 0.18 0.25 0.08 0.24 0.13 0.25 0.39 0.00 0.06 0.25 0.13 0.25 0.38 0.49 0.33
O3' 0.23 0.22 0.05 0.01 0.14 0.03 0.16 0.14 0.13 0.13 0.17 0.34 0.06 0.00 0.16 0.16 0.15 0.38 0.35 0.18
O4 0.02 0.02 0.11 0.26 0.00 0.11 0.01 0.25 0.02 0.02 0.01 0.03 0.25 0.16 0.00 0.06 0.52 0.88 1.02 0.38
O4' 0.01 0.11 0.02 0.02 0.04 0.00 0.09 0.02 0.12 0.02 0.08 0.19 0.13 0.16 0.06 0.00 0.16 0.26 0.67 0.19
O5' 0.21 0.37 0.33 0.11 0.49 0.02 0.51 0.01 0.47 0.34 0.44 0.39 0.25 0.15 0.52 0.16 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.31 0.57 0.41 0.25 0.80 0.22 0.78 0.34 0.63 0.50 0.71 0.55 0.38 0.38 0.88 0.26 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.61 0.71 0.49 0.29 0.98 0.38 1.12 0.36 1.03 0.77 0.82 0.64 0.49 0.35 1.02 0.67 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.27 0.37 0.14 0.33 0.06 0.37 0.02 0.34 0.21 0.31 0.36 0.33 0.18 0.38 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00