ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 21566

back

Distances from reference structure (by RMSD)

13, 18, 27, 19, 11, 7, 16, 29, 51, 33, 30, 55, 25, 4, 5, 13, 49, 16, 20, 59,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 B 0, 0.207, 0.558, 0.909, 1.708 max_d=1.708 avg_d=0.558 std_dev=0.351
C4 A 0, 0.088, 0.526, 0.964, 2.077 max_d=2.077 avg_d=0.526 std_dev=0.438
N9 A 0, 0.162, 0.660, 1.158, 1.934 max_d=1.934 avg_d=0.660 std_dev=0.498
N3 A 0, 0.265, 0.775, 1.286, 2.978 max_d=2.978 avg_d=0.775 std_dev=0.510
C5 A 0, 0.435, 0.961, 1.488, 2.185 max_d=2.185 avg_d=0.961 std_dev=0.526
C2 A 0, 0.272, 0.847, 1.423, 3.153 max_d=3.153 avg_d=0.847 std_dev=0.575
C1' B 0, 0.336, 0.964, 1.592, 3.034 max_d=3.034 avg_d=0.964 std_dev=0.628
N1 A 0, 0.355, 0.998, 1.640, 2.667 max_d=2.667 avg_d=0.998 std_dev=0.643
C8 A 0, 0.368, 1.019, 1.670, 2.725 max_d=2.725 avg_d=1.019 std_dev=0.651
C6 B 0, 0.390, 1.055, 1.719, 3.159 max_d=3.159 avg_d=1.055 std_dev=0.665
C6 A 0, 0.511, 1.192, 1.873, 2.993 max_d=2.993 avg_d=1.192 std_dev=0.681
N7 A 0, 0.568, 1.311, 2.054, 3.276 max_d=3.276 avg_d=1.311 std_dev=0.743
C1' A 0, 0.180, 0.956, 1.732, 3.100 max_d=3.100 avg_d=0.956 std_dev=0.776
C2 B 0, 0.518, 1.324, 2.130, 3.106 max_d=3.106 avg_d=1.324 std_dev=0.806
C5 B 0, 0.587, 1.409, 2.231, 4.461 max_d=4.461 avg_d=1.409 std_dev=0.822
C4 B 0, 0.422, 1.295, 2.168, 4.625 max_d=4.625 avg_d=1.295 std_dev=0.873
C2' B 0, 0.497, 1.374, 2.251, 3.483 max_d=3.483 avg_d=1.374 std_dev=0.877
O4' A 0, 0.219, 1.150, 2.081, 4.070 max_d=4.070 avg_d=1.150 std_dev=0.931
N3 B 0, 0.489, 1.452, 2.414, 3.561 max_d=3.561 avg_d=1.452 std_dev=0.962
N6 A 0, 0.691, 1.753, 2.816, 4.665 max_d=4.665 avg_d=1.753 std_dev=1.063
C4' A 0, 0.311, 1.416, 2.521, 4.773 max_d=4.773 avg_d=1.416 std_dev=1.105
C2' A 0, 0.365, 1.502, 2.640, 4.869 max_d=4.869 avg_d=1.502 std_dev=1.137
C3' B 0, 0.633, 1.818, 3.003, 4.715 max_d=4.715 avg_d=1.818 std_dev=1.185
O4' B 0, 0.531, 1.717, 2.902, 4.852 max_d=4.852 avg_d=1.717 std_dev=1.186
O4 B 0, 0.632, 1.856, 3.079, 5.893 max_d=5.893 avg_d=1.856 std_dev=1.224
C3' A 0, 0.381, 1.625, 2.869, 5.566 max_d=5.566 avg_d=1.625 std_dev=1.244
O2 B 0, 0.885, 2.215, 3.545, 5.078 max_d=5.078 avg_d=2.215 std_dev=1.330
C4' B 0, 0.751, 2.154, 3.556, 5.818 max_d=5.818 avg_d=2.154 std_dev=1.402
C5' A 0, 0.275, 1.681, 3.087, 6.499 max_d=6.499 avg_d=1.681 std_dev=1.406
O2' B 0, 0.821, 2.261, 3.700, 5.467 max_d=5.467 avg_d=2.261 std_dev=1.440
O3' B 0, 0.603, 2.121, 3.638, 5.301 max_d=5.301 avg_d=2.121 std_dev=1.518
O2' A 0, 0.497, 2.055, 3.613, 6.746 max_d=6.746 avg_d=2.055 std_dev=1.558
O5' A 0, 0.410, 2.085, 3.760, 7.612 max_d=7.612 avg_d=2.085 std_dev=1.675
O3' A 0, 0.490, 2.252, 4.014, 7.054 max_d=7.054 avg_d=2.252 std_dev=1.762
C5' B 0, 1.231, 3.334, 5.436, 8.104 max_d=8.104 avg_d=3.334 std_dev=2.102
P A 0, 0.385, 2.490, 4.594, 9.423 max_d=9.423 avg_d=2.490 std_dev=2.104
O5' B 0, 0.918, 3.181, 5.444, 9.084 max_d=9.084 avg_d=3.181 std_dev=2.263
OP2 A 0, 0.622, 3.078, 5.534, 10.835 max_d=10.835 avg_d=3.078 std_dev=2.456
OP1 A 0, 0.413, 3.081, 5.749, 9.721 max_d=9.721 avg_d=3.081 std_dev=2.668
P B 0, 1.425, 4.433, 7.440, 11.679 max_d=11.679 avg_d=4.433 std_dev=3.007
OP2 B 0, 1.373, 4.521, 7.669, 12.155 max_d=12.155 avg_d=4.521 std_dev=3.148
OP1 B 0, 1.762, 5.280, 8.797, 13.685 max_d=13.685 avg_d=5.280 std_dev=3.518

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.29 0.01 0.22 0.44 0.43 0.27
C2 0.04 0.00 0.31 0.33 0.01 0.30 0.01 0.60 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.27 0.33 0.27 0.57 0.87 1.16 0.82
C2' 0.01 0.31 0.00 0.01 0.16 0.02 0.08 0.18 0.14 0.15 0.24 0.31 0.11 0.09 0.03 0.00 0.04 0.02 0.41 0.55 0.59 0.47
C3' 0.02 0.33 0.01 0.00 0.25 0.01 0.31 0.03 0.32 0.36 0.32 0.30 0.35 0.37 0.21 0.02 0.01 0.02 0.34 0.48 0.38 0.30
C4 0.02 0.01 0.16 0.25 0.00 0.13 0.00 0.26 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.23 0.19 0.14 0.37 0.62 0.84 0.51
C4' 0.01 0.30 0.02 0.01 0.13 0.00 0.11 0.01 0.13 0.28 0.21 0.29 0.13 0.23 0.09 0.26 0.03 0.01 0.02 0.27 0.29 0.08
C5 0.02 0.01 0.08 0.31 0.00 0.11 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.30 0.17 0.06 0.48 0.73 1.05 0.62
C5' 0.06 0.60 0.18 0.03 0.26 0.01 0.19 0.00 0.26 0.42 0.45 0.56 0.24 0.36 0.13 0.10 0.19 0.02 0.01 0.32 0.36 0.02
C6 0.02 0.01 0.14 0.32 0.01 0.13 0.01 0.26 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.31 0.22 0.12 0.48 0.76 1.14 0.65
C8 0.02 0.02 0.15 0.36 0.01 0.28 0.01 0.42 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.30 0.19 0.16 0.73 0.87 1.10 0.83
N1 0.03 0.01 0.24 0.32 0.01 0.21 0.01 0.45 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.29 0.28 0.21 0.50 0.83 1.15 0.74
N3 0.04 0.00 0.31 0.30 0.00 0.29 0.01 0.56 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.25 0.33 0.27 0.52 0.76 0.99 0.72
N6 0.02 0.01 0.11 0.35 0.01 0.13 0.01 0.24 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.35 0.23 0.08 0.54 0.83 1.28 0.73
N7 0.01 0.02 0.09 0.37 0.01 0.23 0.00 0.36 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.34 0.20 0.09 0.71 0.91 1.27 0.86
N9 0.01 0.02 0.03 0.21 0.01 0.09 0.01 0.13 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.19 0.13 0.02 0.39 0.58 0.71 0.45
O2' 0.02 0.27 0.00 0.02 0.23 0.26 0.30 0.10 0.31 0.30 0.29 0.25 0.35 0.34 0.19 0.00 0.07 0.19 0.32 0.49 0.62 0.40
O3' 0.29 0.33 0.04 0.01 0.19 0.03 0.17 0.19 0.22 0.19 0.28 0.33 0.23 0.20 0.13 0.07 0.00 0.20 0.35 0.55 0.53 0.35
O4' 0.01 0.27 0.02 0.02 0.14 0.01 0.06 0.02 0.12 0.16 0.21 0.27 0.08 0.09 0.02 0.19 0.20 0.00 0.13 0.39 0.31 0.21
O5' 0.22 0.57 0.41 0.34 0.37 0.02 0.48 0.01 0.48 0.73 0.50 0.52 0.54 0.71 0.39 0.32 0.35 0.13 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.44 0.87 0.55 0.48 0.62 0.27 0.73 0.32 0.76 0.87 0.83 0.76 0.83 0.91 0.58 0.49 0.55 0.39 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.43 1.16 0.59 0.38 0.84 0.29 1.05 0.36 1.14 1.10 1.15 0.99 1.28 1.27 0.71 0.62 0.53 0.31 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.27 0.82 0.47 0.30 0.51 0.08 0.62 0.02 0.65 0.83 0.74 0.72 0.73 0.86 0.45 0.40 0.35 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.85 1.34 0.89 0.63 1.46 0.73 1.38 1.02 1.23 1.11 1.47 1.50 1.15 0.50 1.56 0.94 1.21 1.72 1.56 1.63
C2 0.83 1.68 0.74 0.53 1.97 0.69 1.66 0.92 1.32 1.23 2.01 1.85 1.10 0.65 2.24 0.99 1.05 1.71 1.61 1.54
C2' 1.07 1.53 1.04 0.85 1.67 0.89 1.60 1.19 1.45 1.31 1.68 1.67 1.16 0.55 1.78 1.08 1.43 1.89 1.87 1.87
C3' 1.07 1.54 0.92 0.60 1.65 0.74 1.59 1.06 1.43 1.31 1.66 1.70 0.95 0.39 1.75 1.03 1.35 1.88 1.88 1.87
C4 0.77 1.50 0.71 0.49 1.68 0.65 1.45 0.85 1.19 1.12 1.74 1.67 1.08 0.65 1.86 0.94 0.95 1.52 1.38 1.36
C4' 0.83 1.21 0.66 0.37 1.32 0.67 1.29 0.89 1.13 1.00 1.30 1.40 0.84 0.63 1.41 0.88 1.09 1.75 1.52 1.58
C5 0.89 1.64 0.75 0.54 1.86 0.76 1.58 0.89 1.29 1.24 1.90 1.77 1.11 0.77 2.06 1.08 0.92 1.44 1.30 1.24
C5' 0.93 1.10 0.69 0.71 1.02 0.88 0.96 0.81 0.83 0.89 1.08 1.35 0.88 1.18 1.10 0.97 0.74 1.34 1.10 1.10
C6 1.01 1.84 0.82 0.59 2.17 0.84 1.83 0.96 1.46 1.40 2.18 1.97 1.14 0.79 2.44 1.17 1.00 1.56 1.44 1.34
C8 0.72 1.27 0.66 0.46 1.35 0.68 1.19 0.79 1.01 0.98 1.40 1.39 1.05 0.75 1.44 0.95 0.80 1.21 1.03 1.03
N1 0.94 1.82 0.78 0.55 2.16 0.76 1.80 0.93 1.42 1.35 2.18 1.97 1.11 0.73 2.47 1.09 1.01 1.64 1.53 1.44
N3 0.78 1.55 0.75 0.54 1.77 0.66 1.53 0.93 1.25 1.15 1.82 1.74 1.09 0.60 1.99 0.93 1.08 1.72 1.62 1.58
N6 1.21 2.05 0.95 0.71 2.45 1.00 2.08 1.11 1.67 1.60 2.42 2.16 1.19 0.87 2.77 1.35 1.14 1.67 1.56 1.43
N7 0.92 1.52 0.78 0.60 1.68 0.85 1.47 0.93 1.23 1.20 1.71 1.62 1.13 0.85 1.81 1.13 0.91 1.33 1.18 1.11
N9 0.72 1.34 0.71 0.47 1.44 0.62 1.28 0.83 1.09 1.02 1.49 1.51 1.08 0.60 1.56 0.89 0.94 1.44 1.27 1.30
O2' 1.32 1.72 1.32 1.23 1.90 1.24 1.83 1.53 1.68 1.54 1.89 1.82 1.38 0.81 2.02 1.34 1.72 2.05 2.16 2.12
O3' 1.47 1.91 1.33 1.04 2.12 1.19 2.06 1.52 1.90 1.74 2.08 1.99 1.18 0.51 2.24 1.42 1.85 2.22 2.27 2.32
O4' 0.84 1.23 0.78 0.49 1.28 0.78 1.22 0.97 1.08 1.01 1.30 1.42 1.09 0.68 1.36 0.96 1.06 1.60 1.37 1.45
O5' 0.94 0.89 0.86 1.02 0.75 1.04 0.74 0.80 0.66 0.75 0.80 1.15 0.98 1.53 0.81 1.00 0.59 0.97 0.70 0.69
OP1 1.27 0.97 1.21 1.66 0.74 1.73 0.81 1.65 0.86 0.98 0.80 1.19 1.19 2.07 0.75 1.48 1.30 1.20 1.10 1.03
OP2 1.36 1.39 1.37 1.58 1.34 1.46 1.32 1.29 1.25 1.29 1.36 1.54 1.41 1.96 1.37 1.36 1.16 1.00 1.15 0.95
P 1.26 1.05 1.23 1.58 0.77 1.53 0.78 1.30 0.84 1.00 0.88 1.27 1.22 2.07 0.75 1.36 0.97 0.73 0.74 0.58

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.10 0.02 0.01 0.02 0.05 0.03 0.34 0.03 0.01 0.27 0.44 0.36 0.30
C2 0.03 0.00 0.21 0.24 0.01 0.13 0.01 0.23 0.01 0.01 0.01 0.01 0.26 0.26 0.02 0.17 0.32 0.68 0.49 0.35
C2' 0.01 0.21 0.00 0.01 0.06 0.02 0.15 0.23 0.20 0.03 0.15 0.36 0.01 0.04 0.08 0.02 0.56 0.68 0.76 0.69
C3' 0.02 0.24 0.01 0.00 0.38 0.01 0.41 0.03 0.37 0.23 0.31 0.24 0.02 0.01 0.41 0.02 0.31 0.33 0.50 0.33
C4 0.02 0.01 0.06 0.38 0.00 0.15 0.01 0.23 0.01 0.02 0.01 0.02 0.38 0.18 0.01 0.04 0.47 0.79 0.93 0.53
C4' 0.01 0.13 0.02 0.01 0.15 0.00 0.24 0.01 0.24 0.09 0.11 0.25 0.32 0.03 0.16 0.01 0.02 0.20 0.31 0.08
C5 0.02 0.01 0.15 0.41 0.01 0.24 0.00 0.33 0.01 0.01 0.01 0.02 0.45 0.25 0.01 0.14 0.60 0.82 1.08 0.68
C5' 0.10 0.23 0.23 0.03 0.23 0.01 0.33 0.00 0.31 0.13 0.22 0.40 0.10 0.24 0.25 0.02 0.01 0.27 0.35 0.02
C6 0.02 0.01 0.20 0.37 0.01 0.24 0.01 0.31 0.00 0.01 0.01 0.02 0.41 0.21 0.02 0.18 0.57 0.72 0.86 0.61
N1 0.01 0.01 0.03 0.23 0.02 0.09 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.02 0.22 0.15 0.02 0.02 0.35 0.58 0.49 0.36
N3 0.02 0.01 0.15 0.31 0.01 0.11 0.01 0.22 0.01 0.01 0.00 0.01 0.31 0.18 0.02 0.12 0.36 0.75 0.68 0.40
O2 0.05 0.01 0.36 0.24 0.02 0.25 0.02 0.40 0.02 0.02 0.01 0.00 0.38 0.45 0.03 0.29 0.40 0.77 0.51 0.47
O2' 0.03 0.26 0.01 0.02 0.38 0.32 0.45 0.10 0.41 0.22 0.31 0.38 0.00 0.06 0.41 0.22 0.43 0.59 0.85 0.63
O3' 0.34 0.26 0.04 0.01 0.18 0.03 0.25 0.24 0.21 0.15 0.18 0.45 0.06 0.00 0.21 0.24 0.33 0.50 0.52 0.33
O4 0.03 0.02 0.08 0.41 0.01 0.16 0.01 0.25 0.02 0.02 0.02 0.03 0.41 0.21 0.00 0.05 0.49 0.84 1.05 0.57
O4' 0.01 0.17 0.02 0.02 0.04 0.01 0.14 0.02 0.18 0.02 0.12 0.29 0.22 0.24 0.05 0.00 0.15 0.30 0.32 0.21
O5' 0.27 0.32 0.56 0.31 0.47 0.02 0.60 0.01 0.57 0.35 0.36 0.40 0.43 0.33 0.49 0.15 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.44 0.68 0.68 0.33 0.79 0.20 0.82 0.27 0.72 0.58 0.75 0.77 0.59 0.50 0.84 0.30 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.36 0.49 0.76 0.50 0.93 0.31 1.08 0.35 0.86 0.49 0.68 0.51 0.85 0.52 1.05 0.32 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.30 0.35 0.69 0.33 0.53 0.08 0.68 0.02 0.61 0.36 0.40 0.47 0.63 0.33 0.57 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00